单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2025-05-11	Knowledge of the genetics of human pain gained over the last decade from next-generation sequencing 2025-Apr, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2025.107667 PMID:39988004	review	本文回顾了过去十年中利用下一代测序（NGS）技术在人类疼痛遗传学领域取得的进展	揭示了SCN9A和NTRK1等基因的突变谱，开发了基于NGS的预测模型，并发现了非编码RNA的新治疗途径	面临复杂数据分析和罕见遗传变异功能未知的挑战	探索疼痛感知的分子和细胞基础，改善个性化疼痛管理	人类疼痛相关基因和遗传变异	遗传学	疼痛相关疾病（如遗传性感觉神经病变、骨关节炎、类风湿性关节炎）	NGS（下一代测序）、单细胞转录组学	NGS-based classifier	基因组数据、转录组数据	NA
182	2025-05-11	Single-cell RNA sequencing reveals ECM remodeling-tumor stiffness-FAK as a key driver of vestibular schwannoma progression 2025-Apr, Progress in neurobiology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.pneurobio.2025.102730 PMID:39988022	research paper	该研究通过单细胞RNA测序揭示了细胞外基质重塑-肿瘤硬度-FAK在前庭神经鞘瘤进展中的关键作用	首次揭示了ECM重塑-肿瘤硬度-FAK信号通路在前庭神经鞘瘤进展中的机制，并验证了FAK作为潜在治疗靶点	研究主要基于体外实验，需要进一步体内验证	探究肿瘤硬度-FAK信号通路在前庭神经鞘瘤进展中的作用	前庭神经鞘瘤(VS)	肿瘤生物学	前庭神经鞘瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量
183	2025-05-11	Network-based analysis of Alzheimer's Disease genes using multi-omics network integration with graph diffusion 2025-Apr, Journal of biomedical informatics IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbi.2025.104797 PMID:39993589	research paper	该研究通过整合多组学网络数据，分析阿尔茨海默病基因的网络特性，挑战了传统认为AD基因主要是网络中心节点的观点	利用多组学网络整合和图扩散方法构建高质量网络，发现AD基因并非总是高度中心化的节点，而是分布在不同的中心性四分位数中	研究仅关注已知AD基因的网络特性，可能忽略了其他潜在相关基因	探究阿尔茨海默病基因在生物网络中的特性	阿尔茨海默病相关基因	生物信息学	阿尔茨海默病	microarray, 单细胞RNA测序, 单核RNA测序	图扩散方法	基因表达数据	NA
184	2025-05-11	A novel coarsened graph learning method for scalable single-cell data analysis 2025-Apr, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.109873 PMID:39999493	研究论文	提出了一种名为FACH的新型图粗化学习方法，用于可扩展的单细胞数据分析	利用特征感知的图粗化哈希技术（FACH），结合局部敏感哈希，显著提高了单细胞数据处理的效率和适应性	未明确提及具体局限性	解决大规模单细胞数据图表示的计算挑战，提高分析效率和准确性	单细胞RNA测序和质谱流式细胞术数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序, 质谱流式细胞术	图神经网络	单细胞数据	未明确提及具体样本量，但提到在Baron Human数据集上达到88.1%的分类准确率
185	2025-05-11	Enhanced single-cell RNA-seq embedding through gene expression and data-driven gene-gene interaction integration 2025-Apr, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.109880 PMID:39999494	研究论文	提出了一种新的单细胞RNA测序嵌入方法，整合基因表达谱和数据驱动的基因-基因相互作用	通过构建Cell-Leaf Graph和K-Nearest Neighbor Graph，结合图神经网络，更全面地表示细胞状态	未提及具体的技术实现细节或计算资源需求	提高单细胞RNA测序数据的嵌入质量，以更好地理解细胞异质性和功能	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	随机森林模型, 图神经网络	基因表达数据	多个数据集（未提及具体数量）
186	2025-05-11	Transfer learning of multicellular organization via single-cell and spatial transcriptomics 2025-Apr, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012991 PMID:40258090	research paper	提出了一种名为iSORT的迁移学习方法，通过整合单细胞RNA测序和空间转录组数据来解析细胞的空间组织	iSORT能够以单细胞尺度发现空间模式，识别驱动模式的空间组织基因（SOGs），并利用SpaRNA速度概念推断伪生长轨迹	NA	解析生物组织中复杂的基因表达和多细胞模式	人类皮层、小鼠胚胎、小鼠大脑、果蝇胚胎和人类发育心脏等生物系统	生物信息学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（ST）	神经网络	基因表达数据、空间位置数据	多种生物系统样本，包括正常和动脉粥样硬化动脉
187	2025-05-10	Targeting VSIG4+ tissue-resident macrophages enhances T cell cytotoxicity and immunotherapy efficacy in cancer 2025-Apr-29, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.04.011 PMID:40339578	研究论文	本研究探讨了VSIG4+组织驻留巨噬细胞在癌症中的作用及其对T细胞细胞毒性和免疫治疗效果的增强作用	发现VSIG4过表达的TRM衍生TAM亚群在多种癌症中存在，并揭示了VSIG4通过直接或间接方式促进免疫抑制效应的机制，同时鉴定出MEF2C作为维持VSIG4表达的关键转录因子	研究主要基于临床前模型，尚未在人体临床试验中验证	探索TRM衍生的TAM亚群在癌症中的作用及其对免疫治疗的影响	VSIG4+组织驻留巨噬细胞及其衍生的TAM亚群	肿瘤免疫学	睾丸癌、肝细胞癌、肺癌、胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、谱系追踪	NA	RNA测序数据	NA
188	2025-05-10	Lactate drives senescence-resistant lineages in hepatocellular carcinoma via histone H2B lactylation of NDRG1 2025-Apr-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217567 PMID:39978571	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序轨迹分析重建肝细胞癌（HCC）的克隆演化，揭示了LDHA-NDRG1轴在肿瘤异质性和抗衰老机制中的关键作用	揭示了LDHA介导的组蛋白H2B在NDRG1上的K58位点乳酸化修饰，这一表观遗传机制将代谢重编程与衰老逃逸联系起来	研究主要基于小鼠模型和公共数据集，需要在人类患者中进行进一步验证	探索肝细胞癌的肿瘤异质性机制并开发精准治疗策略	肝细胞癌（HCC）的克隆演化及LDHA-NDRG1轴	癌症生物学	肝细胞癌	单细胞RNA测序，加权基因共表达网络分析	14基因预后模型	RNA测序数据	公共HCC数据集及转移性HCC小鼠模型
189	2025-05-10	Single-Cell RNA Sequencing Outperforms Single-Nucleus RNA Sequencing in Analyzing Pancreatic Cell Diversity and Gene Expression in Goats 2025-Apr-21, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26083916 PMID:40332786	研究论文	本研究比较了单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核RNA测序（snRNA-seq）在分析山羊胰腺细胞多样性和基因表达方面的效果	首次在山羊胰腺研究中比较了scRNA-seq和snRNA-seq的效果，发现scRNA-seq在检测细胞类型多样性和关键基因表达谱方面更优	研究仅使用了3只10日龄健康雌性山羊的胰腺组织，样本量较小	比较scRNA-seq和snRNA-seq在山羊胰腺研究中的效果	山羊胰腺组织	基因组学	NA	scRNA-seq, snRNA-seq	NA	RNA测序数据	3只10日龄健康雌性山羊的胰腺组织
190	2025-05-10	Personalized Stem Cell-Based Regeneration in Spinal Cord Injury Care 2025-Apr-19, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26083874 PMID:40332538	综述	本文探讨了干细胞工程和再生医学在脊髓损伤治疗中的新进展，特别是通过神经干细胞/祖细胞、诱导多能干细胞和间充质干细胞的移植	结合患者特异性变异、生物工程创新和转录组学引导的精准医学，定义了脊髓损伤治疗的新前沿	患者特异性因素如细胞衰老、遗传和表观遗传变异、损伤微环境和合并症影响干细胞疗法的疗效	探索干细胞疗法在脊髓损伤治疗中的临床应用	脊髓损伤患者	再生医学	脊髓损伤	单细胞转录组学、CRISPR介导的低免疫原性工程、生物材料递送平台	NA	NA	NA
191	2025-05-10	Identifying Aberrant 1CM-Related Pathways by Multi-Omics Analysis and Validating Tumor Inhibitory Effect of One-Carbon Donor Betaine in Gastric Cancer 2025-Apr-18, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26083841 PMID:40332533	研究论文	通过多组学分析识别胃癌中异常的1CM相关通路，并验证一碳供体甜菜碱对胃癌的抑制作用	首次通过多组学联合分析揭示胃癌中1CM相关通路的异常激活，并发现甜菜碱作为一碳供体对胃癌细胞的抑制作用	样本量有限，特别是转录组测序仅使用了6对组织样本，需要更大规模的验证	阐明胃癌中代谢重编程的分子机制，特别是1CM相关通路的作用	胃癌患者和健康个体的血浆样本、胃癌组织	代谢组学	胃癌	代谢组学分析、转录组测序、单细胞测序、Random Forest分析	NA	代谢组数据、转录组数据、单细胞数据	334例血浆样本（胃癌患者和健康个体）、6对组织样本
192	2025-05-10	The Complementary Role of Morphology in Understanding Microglial Functional Heterogeneity 2025-Apr-17, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26083811 PMID:40332469	综述	本文探讨了小胶质细胞在稳态、发育阶段和疾病状态下的异质性，重点整合了转录组数据和形态学分析	通过整合转录组数据和形态学分析，深入理解小胶质细胞的异质性及其在不同条件下的功能	未提及具体实验样本量或数据来源的详细描述	揭示小胶质细胞的异质性及其在发育和疾病中的功能	小胶质细胞	神经科学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据、形态学数据	NA
193	2025-05-10	Spatial Analysis Identifies CD147 as a Novel Marker of High-Grade Childhood Posterior Fossa Ependymoma 2025-Apr-16, Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology DOI:10.1016/j.labinv.2025.104175 PMID:40250710	research paper	该研究通过空间表型分析发现CD147是儿童后颅窝高级别室管膜瘤的新标志物	首次揭示CD147+小胶质细胞在PFA-EPN肿瘤微环境中的关键作用及其与CD8+T细胞排斥的关系	样本量较小（G2组5例，G3组7例），且仅针对后颅窝A型室管膜瘤	探索儿童后颅窝室管膜瘤肿瘤微环境的异质性及其与肿瘤分级的关系	儿童后颅窝A型室管膜瘤（WHO 2级和3级）肿瘤样本	digital pathology	ependymoma	多重免疫荧光染色、单细胞RNA测序	NA	组织图像、基因表达数据	12例肿瘤样本（G2组5例，G3组7例）
194	2025-05-10	IRF5 Mediates Artery Inflammation in Salt-Sensitive Hypertension by Regulating STAT1 and STAT2 Phosphorylation to Increase ESM1 Transcription: Insights from Bioinformatics and Mechanistic Analysis 2025-Apr-15, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26083722 PMID:40332339	研究论文	本研究揭示了IRF5通过调节STAT1和STAT2的磷酸化促进ESM1转录，从而在盐敏感性高血压中调节动脉炎症的分子机制	首次发现IRF5通过调控STAT1和STAT2磷酸化促进ESM1转录的机制，并验证了其在盐敏感性高血压中的作用	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本验证较少	探究盐敏感性高血压中动脉炎症的分子机制	盐敏感性高血压小鼠模型和人/小鼠主动脉内皮细胞	生物信息学与分子机制研究	心血管疾病	scRNA-seq, RNA测序, ChIP-qPCR, 荧光素酶报告基因检测	DOCA-盐诱导高血压小鼠模型	基因表达数据, 蛋白质数据	未明确说明具体样本数量，包括小鼠模型和人/小鼠主动脉内皮细胞
195	2025-05-10	Single-Cell Transcriptomic Analysis of the Potential Mechanisms of Follicular Development in Stra8-Deficient Mice 2025-Apr-15, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26083734 PMID:40332359	研究论文	通过单细胞转录组分析探讨Stra8缺陷小鼠卵泡发育的潜在机制	使用单细胞RNA测序技术构建了野生型和Stra8缺陷小鼠卵巢细胞的全面转录图谱，揭示了Stra8在生殖细胞分化和卵泡形成中的复杂作用	研究仅限于胚胎期E14.5和E16.5阶段的小鼠卵巢细胞，未涉及其他发育阶段或其他物种	探讨Stra8缺陷对小鼠卵泡发育的影响及其分子机制	野生型和Stra8缺陷小鼠的卵巢细胞	生殖生物学	生殖系统疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	14,755个单细胞，来自野生型和Stra8缺陷小鼠的卵巢
196	2025-05-10	Novel Link Between Myeloid-Specific Adenosine Deaminase 2 and CXCL10-CXCR3 Axis in Infectious ARDS 2025-Apr-13, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26083678 PMID:40332245	research paper	研究发现骨髓特异性腺苷脱氨酶2（ADA2）与CXCL10-CXCR3轴在感染性ARDS中的新联系	揭示了ADA2与CXCL10及其受体CXCR3之间的新联系，以及在COVID-19相关ARDS中的关键作用	研究基于已发表的转录组数据，未进行实验验证	探究ARDS的病理生理特征及其与COVID-19的关联	COVID-19引起的ARDS患者肺部单核细胞	生物医学	ARDS, COVID-19	空间转录组学, 单细胞RNA测序	NA	转录组数据	已发表数据集中的COVID-19相关ARDS肺部样本
197	2025-05-10	Integrating Machine Learning and Bulk and Single-Cell RNA Sequencing to Decipher Diverse Cell Death Patterns for Predicting the Prognosis of Neoadjuvant Chemotherapy in Breast Cancer 2025-Apr-13, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26083682 PMID:40332226	研究论文	整合机器学习和批量及单细胞RNA测序技术，解析乳腺癌新辅助化疗预后中的多种细胞死亡模式	首次整合机器学习和批量及单细胞RNA测序技术，构建基于程序性细胞死亡相关基因的预后风险模型，用于预测乳腺癌新辅助化疗的临床结果	研究依赖于回顾性数据，需要前瞻性研究进一步验证模型的预测能力	探索程序性细胞死亡模式与乳腺癌新辅助化疗预后之间的关系，并构建预测模型	921名接受新辅助化疗的乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	批量RNA测序, 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 免疫组化(IHC)	机器学习算法组合	RNA测序数据, 临床数据	921名乳腺癌患者来自7个多中心队列
198	2025-05-10	Current Research Trends in Glioblastoma: Focus on Receptor Tyrosine Kinases 2025-Apr-09, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26083503 PMID:40332008	review	本文综述了当前胶质母细胞瘤（GBM）研究中受体酪氨酸激酶（RTK）的研究趋势及其在多组学方法中的应用	整合多组学技术（包括基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学）来全面理解RTK在GBM中的作用，揭示了新的治疗靶点和生物标志物	RTK信号通路的复杂性需要更广泛的整合视角，目前的研究仍面临挑战	通过多组学方法提高GBM患者的诊断准确性和治疗效果	胶质母细胞瘤（GBM）及其受体酪氨酸激酶（RTK）信号通路	digital pathology	glioblastoma	multi-omics (genomics, transcriptomics, proteomics, metabolomics), single-cell transcriptomics	NA	molecular data (genomic, transcriptomic, proteomic, metabolomic)	NA
199	2025-05-10	Stress-Induced Cholesterol Metabolic Dysregulation and Differentiation Trajectory Shift in Oligodendrocytes Synergistically Drive Demyelination 2025-Apr-09, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26083517 PMID:40332029	研究论文	本研究通过整合单细胞转录组学、谱系追踪和功能干预，揭示了应激诱导的少突胶质细胞胆固醇代谢紊乱和分化轨迹改变共同驱动脱髓鞘的新机制	从少突胶质细胞的动态角度揭示了'代谢失衡、分化阻滞和免疫激活'三者协同驱动应激性脱髓鞘的新机制	研究仅在小鼠模型中开展，尚未在人类样本中验证	探究应激诱导脱髓鞘的动态调控网络	少突胶质细胞（OLG）	神经科学	抑郁症	单细胞转录组学、谱系追踪	约束应激小鼠模型	转录组数据	NA
200	2025-05-10	Single-Cell RNA Sequencing of Baseline Immune Profiles After Third Vaccination Associated with Subsequent SARS-CoV-2 Infection in Naïve Individuals 2025-Apr-08, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26083494 PMID:40331973	研究论文	通过单细胞RNA测序分析疫苗接种后基线免疫特征与后续SARS-CoV-2感染的关系	揭示了疫苗接种后长期保护与突破性感染个体基线免疫亚群的分子特征差异	样本来自先前纵向研究，可能受限于原始研究设计	识别与增强SARS-CoV-2保护相关的分子特征	接种ChAdOx1/ChAdOx1/BNT162b2疫苗后未感染和突破性感染个体	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 酶联免疫斑点试验(ELISPOT)	NA	基因表达数据	来自先前纵向研究的受试者样本(数量未明确说明)