单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2025-04-14	Decoding B Cells in Autoimmune Diseases Through ScRNA + BCR-Seq: Current Knowledge and Future Directions 2025-Apr-03, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14070539 PMID:40214492	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞B细胞受体测序（scBCR-seq）在自身免疫性疾病中解码B细胞的多维应用	揭示了B细胞亚群转录组与B细胞受体（BCR）克隆之间的动态关联，并探讨了双BCR B细胞和B/T双表型细胞在自身免疫中的潜在作用	未提及具体的技术瓶颈或研究限制	推动自身免疫性疾病的多组学研究和精准治疗范式的创新	B细胞在自身免疫性疾病中的作用	免疫学	自身免疫性疾病	scRNA-seq, scBCR-seq	NA	单细胞RNA测序数据, B细胞受体测序数据	NA
182	2025-04-14	Single-cell analysis of the epigenome and 3D chromatin architecture in the human retina 2025-Apr-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.28.630634 PMID:39764062	研究论文	通过单细胞多组学分析人类视网膜的基因表达、染色质可及性、DNA甲基化组和3D染色质结构	首次在人类视网膜中建立了单细胞转录组、表观基因组和3D基因组图谱，并开发了基于深度学习的序列预测器来解释非编码风险变异	研究仅针对人类视网膜，未涉及其他物种或组织的比较	研究人类视网膜的基因调控程序及相关疾病	人类视网膜、黄斑和视网膜色素上皮（RPE）/脉络膜	表观基因组学	眼科疾病	单细胞多组学分析	深度学习	基因组数据	23个视网膜细胞亚类中的420,824个候选调控元件
183	2025-04-14	Nanoparticles may influence mast cells gene expression profiles without affecting their degranulation function 2025-Apr-02, Nanomedicine : nanotechnology, biology, and medicine IF:4.7Q2 DOI:10.1016/j.nano.2025.102818 PMID:40185352	研究论文	开发并验证了一种体外方法，用于监测纳米颗粒对IgE依赖性肥大细胞脱颗粒功能的影响	首次通过单细胞测序揭示了纳米材料对肥大细胞基因表达谱的影响，而不仅仅是功能检测	研究仅限于体外实验，未涉及体内环境的影响	评估纳米颗粒对肥大细胞功能及基因表达的影响	肥大细胞	免疫学	过敏性疾病	单细胞测序	NA	基因表达数据	四种临床级纳米药物和三种商业研究级纳米材料
184	2025-04-14	Integrating multiple spatial transcriptomics data using community-enhanced graph contrastive learning 2025-Apr, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012948 PMID:40179111	研究论文	提出了一种名为Tacos的社区增强图对比学习方法，用于整合多个空间转录组数据	首次在基于图的方法中考虑了空间结构在切片内和切片间的异质性，并提出了社区增强的图对比学习方法	未明确提及方法的计算复杂度或对大规模数据的适用性	开发一种能够整合不同平台和生物条件下产生的空间转录组数据的方法	来自不同平台和不同生物条件的空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组测序	图对比学习	空间转录组数据	多个真实数据集（具体数量未提及）
185	2025-04-13	Accessing genetically defined cell types in the superior colliculus with transgenic mouse lines 2025-Apr-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112194 PMID:40212591	研究论文	本研究基于已发表的浅层上丘分子图谱，表征了10种转基因小鼠品系，以研究上丘神经元亚型的功能	揭示了形态学与转录组学神经元类型之间的相关性，并鉴定出可用于基因靶向上丘神经元类型的有用品系	部分测试小鼠中未观察到Cre或荧光表达与特定转录组神经元类型的对应关系	研究上丘神经元亚型的功能	转基因小鼠品系及其在上丘中的神经元亚型	神经科学	NA	转基因技术、单细胞转录组学	NA	分子图谱数据、荧光表达数据	10种转基因小鼠品系
186	2025-04-13	FAO-fueled OXPHOS and NRF2-mediated stress resilience in MICs drive lymph node metastasis 2025-Apr-15, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2411241122 PMID:40215279	研究论文	本文研究了转移起始细胞（MICs）在淋巴结转移中的代谢重编程机制及其对食管鳞状细胞癌（ESCC）转移的促进作用	首次揭示了MICs依赖脂肪酸氧化（FAO）驱动的氧化磷酸化（OXPHOS）和NRF2-SLC7A11轴在淋巴结转移中的关键作用	研究主要基于食管鳞状细胞癌模型，结果在其他癌症类型中的普适性有待验证	探究肿瘤代谢重编程在淋巴结转移中的作用机制	转移起始细胞（MICs）和食管鳞状细胞癌（ESCC）	肿瘤代谢	食管鳞状细胞癌	单细胞RNA测序、转录组分析、脂质组学、代谢组学	NA	RNA测序数据、代谢数据	未明确说明样本数量
187	2025-04-13	LncRNA MIR181A1HG Deficiency Attenuates Vascular Inflammation and Atherosclerosis 2025-Apr-11, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325196 PMID:40047069	研究论文	该研究探讨了长链非编码RNA MIR181A1HG在调节血管炎症和动脉粥样硬化中的作用	首次揭示了MIR181A1HG通过诱骗Foxp1远离靶基因启动子并激活血管内皮中的NLRP3炎症小体来驱动血管炎症的机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究MIR181A1HG在血管炎症和动脉粥样硬化中的调控作用	内皮细胞、动脉粥样硬化病变	分子生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序、荧光素酶报告基因检测、染色质免疫沉淀	MIR181A1HG-/-ApoE-/-小鼠模型	基因表达数据	人类和小鼠动脉粥样硬化病变样本
188	2025-04-13	Dissecting FAP+ Cell Diversity in Pancreatic Cancer Uncovers an Interferon-Response Subtype of Cancer-Associated Fibroblasts with Tumor-Restraining Properties 2025-Apr-11, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-3252 PMID:40215177	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了胰腺导管腺癌(PDAC)中表达成纤维细胞激活蛋白-α(FAP)的间充质细胞，揭示了一种新的干扰素反应性癌症相关成纤维细胞(ifCAF)亚型，并证明其具有抑制肿瘤的特性	发现了一种新的干扰素反应性CAF亚型(ifCAF)，并证明STING激动剂可诱导该表型，从而抑制肿瘤细胞的侵袭性并诱导肿瘤相关中性粒细胞的抗肿瘤表型	研究主要基于体外实验和动物模型，需要进一步临床验证	解析PDAC中FAP+间质细胞的异质性并探索CAF亚型的调控机制	胰腺导管腺癌(PDAC)中的癌症相关成纤维细胞(CAF)	肿瘤微环境研究	胰腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，类器官共培养模型	NA	单细胞转录组数据	NA
189	2025-04-13	Psychological stress increases skin infection through the action of TGFβ to suppress immune-acting fibroblasts 2025-Apr-11, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.ads0519 PMID:40215323	研究论文	研究揭示了心理压力通过TGFβ抑制免疫活性成纤维细胞增加皮肤感染的机制	发现了心理压力通过TGFβ介导的脑-皮肤轴抑制成纤维细胞免疫功能的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性尚需进一步验证	探究心理压力增加皮肤感染的分子机制	小鼠模型中的皮肤成纤维细胞	免疫学	皮肤感染	单细胞转录组学、脂质组学分析	NA	基因表达数据、脂质组数据	NA
190	2025-04-13	Integrating Ambient Ionization Mass Spectrometry Imaging and Spatial Transcriptomics on the Same Cancer Tissues to Identify Gene-Metabolite Correlations 2025-Apr-11, Angewandte Chemie (International ed. in English) DOI:10.1002/anie.202502028 PMID:40216587	research paper	提出一种新方法，将解吸电喷雾电离质谱成像（DESI-MSI）空间代谢组学和Visium空间转录组学整合在同一组织切片上，以识别癌症特定区域中代谢物与RNA转录本之间的新关联	首次在同一组织切片上整合DESI-MSI空间代谢组学和Visium空间转录组学，克服了相邻连续切片间变异性的问题	NA	开发一种整合空间代谢组学和空间转录组学的方法，以更全面地理解癌症生物学	人类乳腺癌和肺癌组织	空间组学	乳腺癌, 肺癌	DESI-MSI, Visium空间转录组学	NA	质谱成像数据, 转录组数据	人类乳腺癌和肺癌组织样本（具体数量未提及）
191	2025-04-13	Single-Cell Transcriptome and RNA Sequencing Reveal Immune-Related Markers of Preeclampsia 2025-Apr-11, Reproductive sciences (Thousand Oaks, Calif.) DOI:10.1007/s43032-025-01843-5 PMID:40216654	研究论文	通过单细胞转录组和RNA测序技术，研究胎盘免疫微环境中调控子痫前期的关键靶基因	首次结合单细胞测序和RNA测序技术分析子痫前期胎盘免疫微环境，并鉴定出巨噬细胞相关的关键调控基因	研究样本量有限，且未进行功能验证实验	揭示子痫前期的发病机制并寻找关键调控基因	子痫前期和非子痫前期患者的胎盘组织	数字病理学	子痫前期	单细胞转录组测序, RNA测序	NA	基因表达数据	两个公开数据集(GSE234729和GSE25906)的样本
192	2025-04-13	Fibroblast hierarchy dynamics during mammary gland morphogenesis and tumorigenesis 2025-Apr-11, The EMBO journal DOI:10.1038/s44318-025-00422-3 PMID:40216939	研究论文	研究通过单细胞转录组分析揭示了小鼠乳腺发育和肿瘤发生过程中成纤维细胞的层次动态	首次对超过45,000个成纤维细胞进行纵向单细胞转录组分析，揭示了正常乳腺和肿瘤中成纤维细胞的层次结构和动态变化	研究仅基于小鼠模型，人类乳腺组织的适用性需要进一步验证	探索乳腺发育和肿瘤发生过程中成纤维细胞的动态变化和功能	小鼠乳腺组织中的成纤维细胞	单细胞转录组学	乳腺癌	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	超过45,000个小鼠乳腺成纤维细胞，涵盖5个不同发育阶段和肿瘤发生过程
193	2025-04-13	Mapping dynamic regulation of gene expression using single-cell transcriptomics and application to complex disease genetics 2025-Apr-10, HGG advances DOI:10.1016/j.xhgg.2024.100397 PMID:39741416	研究论文	利用单细胞转录组数据研究遗传变异如何影响人类生理和疾病中的生物过程，并开发了一个量化基因表达动态遗传调控的框架	开发了细胞类型特异性和细胞状态调整的基因表达遗传模型，能够量化基因表达的动态遗传调控及其细胞类型特异性	面临单细胞RNA测序数据稀疏性、复杂细胞状态表达模式以及人群规模研究参考资源有限等挑战	研究遗传变异对基因表达的调控及其在复杂疾病遗传学中的应用	中脑神经元在诱导多能干细胞分化过程中的基因表达	基因组学	精神分裂症	单细胞RNA测序	遗传模型	单细胞转录组数据	来自UK Biobank的超过1,500种表型的基因组资源
194	2025-04-13	Single-cell eQTL mapping reveals cell-type-specific genes associated with the risk of gastric cancer 2025-Apr-09, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100812 PMID:40112817	研究论文	通过单细胞eQTL分析揭示了与胃癌风险相关的细胞类型特异性基因	首次在胃癌研究中采用单细胞RNA测序技术进行eQTL分析，揭示了81%的eQTL具有细胞类型特异性效应	样本仅来自中国人群，可能限制结果的普适性	探索胃癌风险相关的细胞类型特异性基因调控机制	203名中国个体的399,683个胃细胞	基因组学	胃癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	eQTL分析	单细胞转录组数据	203名中国个体的399,683个胃细胞
195	2025-04-13	Development of a breast cancer invasion score to predict tumor aggressiveness and prognosis via PI3K/AKT/mTOR pathway analysis 2025-Apr-09, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-025-02422-y PMID:40204712	research paper	该研究通过分析乳腺癌单细胞RNA测序数据，开发了一个乳腺癌侵袭评分（BCIS）模型，用于预测肿瘤侵袭性和预后	首次开发了基于PI3K/AKT/mTOR通路分析的BCIS评分模型，能够区分侵袭性和非侵袭性乳腺癌细胞	研究样本量有限，仅分析了三个导管癌阶段的数据	探索乳腺癌侵袭性的分子特征并开发预后预测模型	乳腺癌细胞	digital pathology	breast cancer	scRNA-seq	LASSO Cox regression	RNA-seq data	TCGA-BRCA、GSE20685和METABRIC数据集
196	2025-04-13	CCL3 correlates with ferroptosis in intervertebral disc degeneration and its prognostic significance 2025-Apr-09, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-94989-w PMID:40204911	研究论文	本研究探讨了CCL3与铁死亡在椎间盘退变(IVDD)中的相关性及其预后意义	首次揭示了CCL3通过pAMPK/AMPK通路调控细胞凋亡并影响IVDD进展的机制，并评估了其作为IVDD诊断和预后生物标志物的潜力	需要进一步研究以探索针对CCL3的治疗策略	阐明铁死亡的潜在机制和CCL3在IVDD中的作用，以确定其诊断和预后意义	椎间盘退变(IVDD)患者	数字病理学	椎间盘退变	单细胞测序、qRT-PCR、Western blotting	NA	基因表达数据、蛋白质数据	来自TCGA数据库的单细胞测序数据及人类组织样本
197	2025-04-13	Immune checkpoint TIM-3 regulates microglia and Alzheimer's disease 2025-Apr-09, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08852-z PMID:40205047	research paper	该研究探讨了免疫检查点分子TIM-3在小胶质细胞中的功能及其在阿尔茨海默病中的作用	揭示了TIM-3通过TGFβ信号通路维持小胶质细胞稳态的新机制，并提出了靶向小胶质细胞TIM-3治疗阿尔茨海默病的潜在策略	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	探究TIM-3在小胶质细胞中的功能及其在阿尔茨海默病发病机制中的作用	小胶质细胞和阿尔茨海默病转基因小鼠模型（5×FAD）	神经科学	阿尔茨海默病	单核RNA测序（single-nucleus RNA sequencing）、单细胞RNA测序（single-cell RNA sequencing）	转基因小鼠模型（5×FAD）	RNA测序数据	转基因小鼠模型（具体数量未提及）
198	2025-04-13	Revealing tumor microenvironment communication through m6A single-cell analysis and elucidating immunotherapeutic potentials for cutaneous melanoma (CM) 2025-Apr-09, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-025-06176-z PMID:40205154	研究论文	通过单细胞RNA测序分析揭示黑色素瘤微环境中m6A RNA甲基化的作用及其免疫治疗潜力	首次在皮肤黑色素瘤中探索m6A RNA甲基化在肿瘤微环境中的作用，并鉴定出COL3A1基因作为关键调控因子	研究仅基于三个公开数据库的皮肤黑色素瘤样本，样本量较小	探究m6A RNA甲基化在皮肤黑色素瘤肿瘤微环境中的调控作用及其免疫治疗潜力	皮肤黑色素瘤肿瘤微环境中的m6A RNA甲基化调控因子	数字病理学	皮肤黑色素瘤	单细胞RNA测序，非负矩阵分解(NMF)分析	NMF	单细胞RNA测序数据	3个皮肤黑色素瘤样本
199	2025-04-13	A single-cell atlas of bladder cancer unveils dynamic cellular composition and endothelial functional shifts during progression 2025-Apr-09, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02297-6 PMID:40205274	research paper	该研究通过单细胞RNA测序揭示了膀胱癌进展过程中内皮细胞的动态组成和功能变化	发现了MIBC特异性ADAM10+内皮细胞亚群及其在肿瘤进展中的潜在作用	研究仅基于公共数据集，缺乏实验验证	阐明膀胱癌进展中内皮细胞的异质性和功能状态	47名膀胱癌患者的单细胞RNA测序数据	digital pathology	bladder cancer	scRNA-seq	CellChat	RNA sequencing data	47名患者
200	2025-04-13	Comprehensive analysis of scRNA-seq and bulk RNA-seq data via machine learning and bioinformatics reveals the role of lysine metabolism-related genes in gastric carcinogenesis 2025-Apr-09, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14051-w PMID:40205350	研究论文	通过机器学习和生物信息学方法综合分析scRNA-seq和bulk RNA-seq数据，揭示了赖氨酸代谢相关基因在胃癌发生中的作用	创新性地鉴定了两个关键基因SLC7A7和VIM作为赖氨酸代谢相关基因参与胃癌发生，并建立了可靠的预后风险列线图	NA	探究赖氨酸代谢相关基因在胃癌发生中的作用	胃癌细胞及其亚型	生物信息学	胃癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq, 细胞和分子生物学方法	机器学习	RNA-seq数据	临床样本和体外实验