单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2025-05-17	BRD4 as the key lactylation related gene in heart failure identified through bioinformatics analysis 2025-Apr-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-91506-x PMID:40169651	research paper	通过生物信息学分析识别出BRD4作为心力衰竭中与乳酸化修饰相关的关键基因	首次利用多种生物信息学分析方法确定BRD4是心力衰竭中关键的乳酸化相关基因，为研究心力衰竭中酰化相关机制奠定了基础	研究依赖于公开数据集和体外细胞模型，未进行大规模临床验证	识别与心力衰竭进展相关的乳酸化修饰基因并探讨其生物学意义	心力衰竭患者基因表达数据及体外细胞模型	生物信息学	心血管疾病	LASSO, WGCNA, ROC曲线分析, 基因集富集分析, 免疫细胞浸润分析, 单细胞测序	NA	基因表达数据	GSE5406数据集和GSE161470单细胞测序数据集
182	2025-05-17	Integrating single-cell RNA sequencing, WGCNA, and machine learning to identify key biomarkers in hepatocellular carcinoma 2025-Apr-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-95493-x PMID:40169794	研究论文	通过整合单细胞RNA测序、WGCNA和机器学习技术，识别肝细胞癌的关键生物标志物	结合单细胞RNA测序、WGCNA和三种机器学习算法，识别出肝细胞癌的潜在诊断标志物，并利用分子对接技术验证药物与核心蛋白的结合能力	研究依赖于公开数据库的数据，未进行实验验证	识别肝细胞癌的诊断和治疗生物标志物	肝细胞癌（HCC）患者	生物信息学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、WGCNA、分子对接	机器学习算法（未具体说明）、逻辑回归	基因表达数据	从GEO数据库下载的微阵列和单细胞RNA测序数据集
183	2025-05-17	STopover captures spatial colocalization and interaction in the tumor microenvironment using topological analysis in spatial transcriptomics data 2025-Apr-01, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-025-01457-1 PMID:40170080	研究论文	介绍了一种名为STopover的新方法，利用空间分辨转录组学数据和拓扑分析来研究肿瘤微环境	通过逐步降低特征阈值提取连通组件，利用Jaccard指数量化空间重叠，并通过转录组谱置换评估统计显著性	NA	阐明基于免疫肿瘤学的肿瘤-免疫相互作用	肿瘤微环境中的免疫和基质细胞浸润模式	数字病理学	肺癌, 乳腺癌	空间分辨转录组学(SRT)	NA	转录组数据	NA
184	2025-05-17	Landscape of T Cells in Tuberculous Pleural Effusion 2025-Apr, The clinical respiratory journal DOI:10.1111/crj.70066 PMID:40170555	研究论文	本研究探讨了结核性胸腔积液(TPE)患者胸腔积液(PE)和外周血(PB)中T淋巴细胞亚群的表达模式、调控机制和功能	首次在单细胞水平上分析了TPE患者PE和PB中T淋巴细胞亚群的分布及其功能特性	样本量较小(仅4例TPE患者)，可能影响结果的普遍性	了解TPE患者PE和PB中T细胞的分布模式和动态变化	结核性胸腔积液患者的胸腔积液和外周血中的T淋巴细胞亚群	免疫学	结核病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), T-SNE投影, Gene Set Variation Analysis (GSVA), 伪时间分析, ELISA	NA	单细胞转录组数据, 细胞因子数据	4例TPE患者的PE和PB样本
185	2025-05-17	scTrans: Sparse attention powers fast and accurate cell type annotation in single-cell RNA-seq data 2025-Apr, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012904 PMID:40184563	research paper	本文介绍了一种名为scTrans的新型单细胞Transformer模型，用于快速准确地注释单细胞RNA测序数据中的细胞类型	scTrans采用稀疏注意力机制，利用所有非零基因，有效降低输入数据维度同时最小化信息损失	NA	提高单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的速度和准确性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	Transformer	基因表达数据	31种不同小鼠组织的近百万个细胞
186	2025-05-17	CD4+CD25- T-Cell-Secreted IFN-γ Promotes Corneal Nerve Degeneration in Diabetic Mice 2025-Apr-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.4.15 PMID:40192636	研究论文	本研究探讨了糖尿病性角膜病变中角膜神经退化与树突状细胞（DCs）增多之间的关系	发现CD4+CD25- T细胞通过分泌IFN-γ促进角膜神经退化，而非DCs或CD8+ T细胞	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探索糖尿病性角膜病变中角膜神经退化的机制	糖尿病小鼠的角膜神经和免疫细胞	免疫学	糖尿病	单细胞RNA测序、共培养实验、抗体阻断	NA	基因表达数据、图像数据	糖尿病小鼠和健康小鼠的角膜样本
187	2025-05-17	Circadian Rhythm Disruption in Triple-Negative Breast Cancer: Molecular Insights and Treatment Strategies 2025-Apr, Journal of pineal research IF:8.3Q1 DOI:10.1111/jpi.70042 PMID:40193174	研究论文	探讨昼夜节律紊乱（CRD）对三阴性乳腺癌（TNBC）的影响，通过分析RNA测序数据、代谢组学特征和肿瘤微环境评估，揭示CRD与代谢重编程和免疫逃逸的关系	首次将昼夜节律紊乱与TNBC的代谢重编程和免疫逃逸联系起来，并提出了CRDscore作为预后指标	研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证	探索昼夜节律紊乱对三阴性乳腺癌的影响及其潜在治疗策略	三阴性乳腺癌（TNBC）患者	数字病理学	乳腺癌	bulk和单细胞RNA测序、代谢组学分析	CYCLOPS（周期性结构循环排序）	RNA测序数据、代谢组学数据	未明确提及具体样本数量
188	2025-05-16	Latent epigenetic programs in Müller glia contribute to stress and disease response in the retina 2025-04-21, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.12.014 PMID:39753128	研究论文	该研究通过整合单细胞RNA测序和单细胞染色质可及性测序数据，揭示了Müller胶质细胞在视网膜发育和应激反应中的潜在表观遗传程序	首次在单细胞分辨率下鉴定了Müller胶质细胞中染色质可及性与基因表达的关系，并提出了'可塑性基因'的新概念	研究主要基于小鼠模型，人类样本数据可能有限	探索视网膜发育和疾病响应中细胞类型特异的染色质结构变化	人类和小鼠视网膜中的Müller胶质细胞	表观遗传学	视网膜疾病	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞测序数据	人类和小鼠发育中的视网膜样本
189	2025-05-16	Map3k3 I441M Knock-In Mouse Model of Cerebral Cavernous Malformations 2025-Apr, Stroke IF:7.8Q1 DOI:10.1161/STROKEAHA.124.049935 PMID:40127145	研究论文	本研究建立了一个Map3k3I441M敲入小鼠模型，用于研究脑海绵状血管瘤(CCMs)的发病机制和治疗方法	首次建立了Map3k3I441M敲入小鼠模型，更准确地模拟了人类CCMs的单等位基因突变特征	模型仍需与PI3K信号通路激活相结合才能在成年小鼠中有效形成CCM样病变	研究脑海绵状血管瘤(CCMs)的发病机制和探索潜在治疗方法	Map3k3I441M敲入小鼠模型	神经血管疾病研究	脑海绵状血管瘤	基因敲入技术、磁共振成像、单细胞RNA测序、免疫染色	小鼠疾病模型	影像数据、基因表达数据	多种基因修饰小鼠模型(包括Map3k3I441M敲入小鼠、Ptenfl/fl小鼠等)
190	2025-05-16	Machine Learning Unveils Sphingolipid Metabolism's Role in Tumour Microenvironment and Immunotherapy in Lung Cancer 2025-Apr, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70435 PMID:40159631	研究论文	本研究通过机器学习揭示了鞘脂代谢在肺癌肿瘤微环境（TME）和免疫治疗中的作用	首次使用机器学习算法（Lasso回归和生存SVM）结合转录组分析和单细胞RNA测序数据，识别了与肺癌TME中免疫异质性相关的鞘脂代谢基因，并发现ASAH1和SMPD1作为强预后标志物	研究主要依赖于TCGA和GTEx数据库的临床样本，可能受到样本来源和数据质量的限制	探究鞘脂代谢在肺癌肿瘤微环境中的作用及其对免疫治疗的影响	肺癌（LUAD和LUSC）肿瘤微环境中的鞘脂代谢相关基因和免疫细胞	机器学习	肺癌	转录组分析、scRNA-seq、Lasso回归、生存SVM	Lasso回归、生存SVM	转录组数据、单细胞RNA测序数据、临床样本数据	TCGA和GTEx数据库中的临床样本
191	2025-05-16	Transitional CXCL14+ cancer-associated fibroblasts enhance tumour metastasis and confer resistance to EGFR-TKIs, revealing therapeutic vulnerability to filgotinib in lung adenocarcinoma 2025-Apr, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70281 PMID:40162549	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析，识别出一种独特的CXCL14+肌成纤维性癌症相关成纤维细胞（myCAFs）亚群，该亚群在肺腺癌（LUAD）中促进肿瘤转移并导致对EGFR-TKIs的耐药性，同时发现Filgotinib可逆转这种耐药性	首次识别出CXCL14+ myCAFs亚群在LUAD中的关键作用，并发现Filgotinib作为逆转EGFR-TKIs耐药性的潜在治疗药物	研究主要基于体外和动物实验，临床验证仍需进一步扩大样本量	探究癌症相关成纤维细胞（CAFs）在肺腺癌转移和EGFR-TKIs耐药性中的作用	肺腺癌（LUAD）患者和模型	癌症生物学	肺腺癌	scRNA-seq, 空间转录组学, 免疫组织化学, ELISA	NA	单细胞RNA测序数据, 临床样本数据	多个独立LUAD队列的临床组织样本和患者血浆样本
192	2025-05-16	Integrated multi-omics analyses provide new insights into genomic variation landscape and regulatory network candidate genes associated with walnut endocarp 2025-Apr, The Plant journal : for cell and molecular biology DOI:10.1111/tpj.70113 PMID:40162720	研究论文	该研究通过整合多组学分析，揭示了核桃内果皮发育和壳厚度的遗传变异和调控网络	构建了核桃品种'湘灵'的高质量基因组组装和八个核桃物种的图形结构泛基因组，通过GWAS鉴定了与核桃驯化和改良相关的位点，并通过多组学分析发现了与次生细胞生物合成和木质素积累相关的候选基因	研究仅针对核桃品种'湘灵'和八个核桃物种，可能无法完全代表所有核桃品种的遗传多样性	系统阐明核桃壳发育的基因组景观和基因调控网络	波斯核桃（Juglans regia）及其内果皮/壳	基因组学	NA	多组学分析（转录组学、代谢组学、DNA甲基化、空间转录组学）、GWAS	NA	基因组数据、转录组数据、代谢组数据、DNA甲基化数据、空间转录组数据	285个核桃种质资源
193	2025-05-16	Emerging targets for advancing endometrial therapeutics 2025-04, Reproductive biomedicine online IF:3.7Q1 DOI:10.1016/j.rbmo.2024.104785 PMID:40287196	review	本文综述了子宫内膜研究的最新靶点，包括单细胞RNA测序、空间转录组学、微生物组、类器官模型、月经血分析以及较少研究的子宫内膜老化	强调了子宫内膜研究中的新兴技术和方法，如单细胞RNA测序和空间转录组学	未提及具体的研究数据或实验结果，主要是对现有研究的总结和展望	推进子宫内膜治疗的研究和理解	子宫内膜及其在妇科病理学中的作用	生物医学研究	妇科疾病	单细胞RNA测序, 空间转录组学, 微生物组分析, 类器官模型	NA	NA	NA
194	2025-05-16	Programmed Cell Death 10 (PDCD10) Is a Candidate Tumor-associated Gene in Esophageal Squamous Cell Carcinoma 2025-Apr, Anticancer research IF:1.6Q4 DOI:10.21873/anticanres.17527 PMID:40155014	研究论文	本研究通过分析染色体扩增区域，识别了食管鳞状细胞癌(ESCC)中新的候选肿瘤相关基因PDCD10，并评估了其与临床病理因素及预后的关联	首次将PDCD10识别为ESCC中的候选肿瘤相关基因，并发现其高表达与不良预后相关，同时鉴定了两种潜在的治疗药物	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证	识别ESCC中新的肿瘤相关基因并探索其治疗潜力	食管鳞状细胞癌(ESCC)	肿瘤基因组学	食管癌	DNA拷贝数变异分析、单细胞RNA测序、免疫组化	NA	基因组数据、表达数据	来自TCGA和CCLE的ESCC病例数据及细胞系数据
195	2025-05-15	Integration of Transcriptomic and Single-Cell Data to Uncover Senescence- and Ferroptosis-Associated Biomarkers in Sepsis 2025-Apr-11, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13040942 PMID:40299574	research paper	该研究通过整合转录组学和单细胞数据，揭示了脓毒症中与衰老和铁死亡相关的生物标志物	首次结合WGCNA和scRNA-seq技术，识别脓毒症中铁死亡和衰老相关的关键基因，并评估其诊断潜力及药物相互作用	需要进一步的临床验证和精准医学应用研究	探索脓毒症的病理生理机制，并寻找诊断和靶向治疗的生物标志物	脓毒症患者	生物信息学	脓毒症	WGCNA, scRNA-seq, 分子对接	NA	转录组数据, 单细胞RNA测序数据	公共数据集(GSE57065, GSE65682, GSE26378)
196	2025-05-15	Revealing tumor microenvironment communication through m6A single-cell analysis and elucidating immunotherapeutic potentials for cutaneous melanoma (CM) 2025-Apr-09, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-025-06176-z PMID:40205154	研究论文	通过m6A单细胞分析揭示皮肤黑色素瘤肿瘤微环境中的通讯机制，并探讨其免疫治疗潜力	首次在皮肤黑色素瘤中研究m6A修饰的作用，并发现COL3A1基因作为黑色素瘤-成纤维细胞相互作用的关键调节因子	研究仅基于三个皮肤黑色素瘤样本的公开数据，样本量较小	探索m6A RNA甲基化在皮肤黑色素瘤肿瘤微环境中的作用及其免疫治疗潜力	皮肤黑色素瘤的肿瘤微环境细胞	肿瘤微环境分析	皮肤黑色素瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 非负矩阵分解(NMF)分析	NMF聚类模型	单细胞RNA测序数据	3个皮肤黑色素瘤样本(来自公共数据库GSE215121)
197	2025-05-15	Comprehensive Integrated Analysis Reveals the Spatiotemporal Microevolution of Cancer Cells in Patients with Bone-Metastatic Prostate Cancer 2025-Apr-09, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13040909 PMID:40299503	研究论文	本研究通过单细胞转录组学系统分析了前列腺癌骨转移的异质性和微环境适应性	整合了迄今为止最大的单细胞转录组数据集，揭示了上皮癌细胞在转移过程中的关键进化轨迹，并鉴定了一个新的上皮亚群NEndoCs	传统聚类方法在面对癌症上皮细胞显著异质性时存在挑战	系统表征前列腺癌骨转移的异质性和微环境适应性	前列腺癌骨转移患者	数字病理学	前列腺癌	单细胞转录组学	无监督聚类	单细胞转录组数据	124个样本（包括原发前列腺肿瘤、不同骨转移部位和非恶性组织），602,497个高质量单细胞转录组
198	2025-05-15	Immune Regulation and Disulfidptosis in Atherosclerosis Influence Disease Progression and Therapy 2025-Apr-09, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13040926 PMID:40299531	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和生物信息学方法，探讨了免疫调节和二硫键凋亡在动脉粥样硬化中的作用及其对疾病进展和治疗的影响	首次将二硫键凋亡与动脉粥样硬化联系起来，并确定了CTSC、TGFBI和GMFG作为关键生物标志物，开发了高精度的诊断风险评分模型	研究主要基于单细胞RNA测序数据，可能受到样本量和测序深度的限制	探究动脉粥样硬化的分子机制，寻找新的治疗靶点和诊断方法	动脉粥样硬化斑块中的免疫细胞和平滑肌细胞	生物信息学	心血管疾病	scRNA-seq, WGCNA, 机器学习	诊断风险评分模型	单细胞RNA测序数据	NA
199	2025-05-15	Exploring Immune-Related Ferroptosis Genes in Thyroid Cancer: A Comprehensive Analysis 2025-Apr-08, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13040903 PMID:40299520	研究论文	本研究探索甲状腺癌中免疫相关铁死亡基因（IRFGs），以发现新的治疗靶点	整合了批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，构建了一个稳健的预后模型，并鉴定了与免疫细胞浸润和免疫反应密切相关的IRFGs	研究样本可能不足以代表所有甲状腺癌亚型，且需要进一步的实验验证	发现甲状腺癌中免疫相关铁死亡基因（IRFGs）作为新的治疗靶点，并改进预后评估	甲状腺癌患者及其肿瘤微环境（TME）中的免疫相关铁死亡基因	生物信息学	甲状腺癌	CIBERSORTx, WGCNA, LASSO Cox回归, Pearson相关性分析, 单细胞RNA测序（scRNA-seq）, qRT-PCR	预后风险评分模型	RNA测序数据	TCGA-THCA数据集中的甲状腺癌样本，具体数量未明确说明
200	2025-05-15	Exploring Human Brain Metabolism via Genome-Scale Metabolic Modeling with Highlights on Multiple Sclerosis 2025-Apr-02, ACS chemical neuroscience IF:4.1Q2 DOI:10.1021/acschemneuro.5c00006 PMID:40091499	研究论文	本研究通过基因组尺度代谢模型（GEMs）探索人脑代谢，特别关注多发性硬化症（MS）	整合单细胞RNA-seq数据和全局Human1，通过tINIT算法重建脑细胞特异性GEMs，并生成组合脑模型iHumanBrain2690	NA	理解脑生理和疾病状态下的复杂代谢	神经元、星形胶质细胞、小胶质细胞、少突胶质细胞及其前体细胞	系统生物学	多发性硬化症	单细胞RNA-seq, tINIT算法	GEMs	RNA-seq数据	NA