单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-09-13	Plasma exosomes from individuals with type 2 diabetes drive breast cancer aggression in patient-derived organoids 2025-Apr-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.13.612950 PMID:39345362	研究论文	本研究揭示了2型糖尿病患者血浆外泌体通过调节肿瘤微环境中的免疫细胞和肿瘤异质性，驱动乳腺癌侵袭性增强的机制	首次开发了保留天然肿瘤浸润淋巴细胞的患者来源类器官模型，并发现T2D外泌体引起免疫抑制性TILs的13.6倍扩增	研究基于体外类器官模型，仍需体内实验验证；样本量可能有限	探究2型糖尿病如何通过外泌体信号影响乳腺癌进展和免疫微环境	2型糖尿病患者血浆外泌体及乳腺癌患者来源类器官	肿瘤免疫学	乳腺癌	单细胞RNA测序，患者来源类器官培养	NA	转录组数据，外泌体	来自乳腺癌肿瘤切除手术的患者来源类器官
2	2025-09-13	Histology-Based Virtual RNA Inference Identifies Pathways Associated with Metastasis Risk in Colorectal Cancer 2025-Apr-23, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2025.04.22.25326170 PMID:40313260	研究论文	本研究开发并验证了一种基于H&E组织切片的虚拟RNA推断方法，用于识别结直肠癌转移风险相关的通路	利用匹配的大规模空间转录组数据训练模型，直接从常规H&E图像推断近细胞分辨率的分子信息，无需昂贵空间转录组检测	仅凭组织学无法完全捕捉某些肿瘤相关通路	改进结直肠癌的筛查、预后评估和疾病管理方法	结直肠癌患者及其肿瘤微环境	数字病理学	结直肠癌	空间转录组学(Visium), H&E染色	UNI, ResNet-50, ViT, VMamba	图像, 基因表达数据	45名患者，超过300,000个Visium检测点
3	2025-09-13	Polymorphic tandem repeats influence cell type-specific gene expression across the human immune landscape 2025-Apr-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.02.621562 PMID:40291654	研究论文	本研究利用全基因组和单细胞RNA测序数据，探索人类免疫细胞类型特异性基因表达中串联重复序列（TRs）的多态性影响	首次大规模分析超过170万个多态性TR位点对血液细胞类型特异性基因表达的影响，并发现TRs是免疫介导和血液学性状遗传关联的可能介质	研究主要基于血液来源的细胞，可能无法完全代表其他组织类型的TRs影响	探究串联重复序列（TRs）在人类免疫景观中细胞类型特异性基因表达调控中的作用	人类免疫细胞	基因组学	免疫性疾病	全基因组测序，单细胞RNA测序	数量性状位点分析	基因组数据，单细胞转录组数据	1,925个个体，超过540万个血液来源细胞
4	2025-09-13	Mucosal tissue NK cells tune their function between optimal anti-pathogen activity and tissue protection 2025-Apr-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.04.647286 PMID:40291684	研究论文	本研究揭示了阴道黏膜组织中NK细胞在抗病原体反应与组织保护之间的功能平衡机制	发现阴道组织NK细胞具有独特的效应和组织保护功能特征，并证明其在稳态下保持功能静默但能快速响应炎症信号	NA	探究黏膜组织NK细胞在病原体防御和组织保护中的平衡功能	人类和小鼠阴道组织中的NK细胞	免疫学	疱疹病毒感染	scRNA-seq, 高参数流式细胞术	NA	单细胞转录组数据, 流式细胞数据	人类阴道组织样本和小鼠模型
5	2025-09-12	Stable isotope tracing in human plasma-like medium reveals metabolic and immune modulation of the glioblastoma microenvironment 2025-Apr-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.05.29.542774 PMID:37398280	研究论文	开发了一种使用人血浆样培养基（HPLM）的体外稳定同位素示踪方法，用于研究胶质母细胞瘤微环境中的代谢和免疫调控	整合HPLM优化了体外稳定同位素示踪方法，能够在生理营养水平和完整肿瘤微环境下研究胶质瘤代谢	NA	评估胶质瘤在生理营养水平和完整肿瘤微环境下的代谢特征	人胶质瘤外植体和胶质瘤干细胞样细胞系	肿瘤代谢研究	胶质母细胞瘤	稳定同位素示踪（15N2-谷氨酰胺）、空间转录组学	NA	代谢数据、转录组数据	人IDH野生型胶质母细胞瘤外植体和GSC单培养体系
6	2025-09-12	Large-scale single-cell profiling of stem cells uncovers redundant regulators of shoot development and yield trait variation 2025-Apr-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.04.583414 PMID:38496543	研究论文	通过大规模单细胞分析揭示植物茎尖干细胞中保守的调控因子及其与产量性状的关联	首次在玉米和拟南芥中高效捕获茎尖干细胞并进行跨物种比较，发现核糖体相关RNA结合蛋白和糖激酶基因家族等新型调控因子	NA	挖掘植物茎尖干细胞调控因子以指导作物工程化增产	玉米和拟南芥的茎尖干细胞	植物发育生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间转录组学	NA	单细胞转录组数据	数千个干细胞表达细胞（涵盖野生型和突变体）
7	2025-09-12	Precision and Accuracy in Quantitative Measurement of Gene Expression from Single-Cell/Nuclei RNA Sequencing Data 2025-Apr-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.12.589216 PMID:38659857	研究论文	本研究系统评估了单细胞/单核RNA测序数据中基因表达定量测量的精度和准确性，并提出了优化实验设计的实用指南	首次大规模系统评估sc/snRNA-Seq数据的定量精度和准确性，建立了基于数据的实验设计阈值，并开发了VICE工具来评估数据质量和预测差异表达结果的真实阳性率	研究主要基于技术重复和样本匹配数据评估，可能无法完全覆盖所有生物学变异来源	提高单细胞/单核RNA测序研究的可靠性和可重复性	单细胞和单核RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-Seq, snRNA-Seq	NA	基因表达数据	23个数据集，包含3,682,576个细胞，来自339个样本
8	2025-09-09	Astragalus polysaccharide reduces the severity of acute pancreatitis under a high-fat diet through enriching L. reuteri and propionate 2025-Apr, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.140021 PMID:39837455	研究论文	本研究探讨黄芪多糖通过富集罗伊氏乳杆菌和丙酸盐减轻高脂饮食下急性胰腺炎严重程度的机制	首次揭示黄芪多糖通过肠道菌群-胰腺轴调控机制缓解急性胰腺炎，并发现罗伊氏乳杆菌与丙酸盐的协同治疗作用	研究基于小鼠模型，人类临床应用效果仍需进一步验证	研究黄芪多糖对高脂饮食诱导的急性胰腺炎的保护作用及机制	小鼠模型	消化系统疾病研究	急性胰腺炎	单细胞RNA测序	动物疾病模型	基因表达数据、微生物组数据	小鼠实验样本
9	2025-09-08	Transmembrane Serine Protease TMPRSS11B promotes an acidified tumor microenvironment and immune suppression in lung squamous cell carcinoma 2025-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.01.646727 PMID:40235980	研究论文	本研究揭示跨膜丝氨酸蛋白酶TMPRSS11B通过促进肿瘤微环境酸化和免疫抑制驱动肺鳞癌进展	首次发现TMPRSS11B在Krt13+ hillock样细胞中的特异性表达，并证实其通过调节乳酸代谢导致肿瘤微环境酸化和M2样巨噬细胞浸润	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证	探究TMPRSS11B对肿瘤微环境及免疫系统的影响，寻找肺鳞癌治疗新靶点	肺鳞状细胞癌（LUSC）模型和免疫细胞	肿瘤免疫学	肺癌	RNA FISH、空间转录组学、超pH敏感纳米颗粒成像、代谢物分析	NA	分子表达数据、空间转录组数据、代谢物数据	免疫健全小鼠模型和SNL（Sftpc-Cre; Nkx2-1fl/fl; Trp53fl/fl）自体模型
10	2025-09-06	Adhesion-Related Pathways and Functional Polarization of Astrocytes in Traumatic Brain Injury: Insights from Single-cell RNA Sequencing 2025-04-27, Neuromolecular medicine IF:3.3Q2 DOI:10.1007/s12017-025-08858-w PMID:40287916	研究论文	通过单细胞RNA测序分析创伤性脑损伤后星形胶质细胞的功能异质性和粘附相关通路的调控作用	首次在TBI模型中系统识别星形胶质细胞A1/A2亚型的功能分化轨迹，并揭示细胞粘附通路在功能极化中的关键调控作用	研究基于小鼠模型，人类TBI中的适用性需要进一步验证	解析创伤性脑损伤后星形胶质细胞的功能异质性及其调控机制	小鼠皮层和海马区的星形胶质细胞	生物信息学	创伤性脑损伤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	伪时间轨迹分析	基因表达数据	创伤性脑损伤小鼠模型的皮层和海马组织样本
11	2025-09-05	Prunella vulgaris: A potential molecule for the treatment of hepatocellular carcinoma 2025-Apr-25, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000042267 PMID:40295240	研究论文	本研究系统评估了夏枯草（Prunella vulgaris）在肝细胞癌治疗中的潜力及其分子机制	首次通过多数据库整合和实验验证，识别出夏枯草治疗肝细胞癌的15个关键靶点基因及其与免疫细胞的关联机制	研究目前仅进行体外实验验证，尚未开展体内实验和临床验证	探索夏枯草治疗肝细胞癌的活性成分及其分子作用机制	肝细胞癌（HCC）相关靶点基因和夏枯草活性成分	NA	肝细胞癌	网络药理学分析、单细胞RNA测序、分子对接、体外实验	NA	基因表达数据、化合物靶点数据	185个药物靶点和635个HCC相关靶点（来源：TCMSP和GEO数据库）
12	2025-08-09	Identification and characterization of early human photoreceptor states and cell-state-specific retinoblastoma-related features 2025-Apr-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.02.28.530247 PMID:38915659	研究论文	通过深度全长单细胞RNA测序技术，研究人类视锥细胞和视杆细胞的发育状态及其在视网膜母细胞瘤发生中的特异性特征	揭示了先前未解决的视锥细胞和视杆细胞前体状态，并提出了早期视锥前体内在表达在视网膜母细胞瘤起始中的作用	研究主要基于单细胞RNA测序数据，可能需要进一步的实验验证	理解人类视锥细胞和视杆细胞发育的差异及其在视网膜母细胞瘤发生中的作用	人类视锥细胞和视杆细胞的发育状态	生物医学	视网膜母细胞瘤	全长单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
13	2025-08-09	Single-cell and spatial genomic landscape of non-small cell lung cancer brain metastases 2025-Apr, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-025-03530-z PMID:40016452	研究论文	本研究通过多模态单核RNA和T细胞受体测序、单细胞空间转录组和全基因组测序，探索了非小细胞肺癌脑转移的基因组和肿瘤微环境特征	揭示了脑转移瘤中染色体不稳定性（CIN）的显著特征，并发现了一个在脑转移中显著富集的具有神经样特征的癌细胞亚群	研究主要基于治疗初治患者的样本，可能无法完全反映治疗后的肿瘤生物学特征	深入理解非小细胞肺癌脑转移的生物学机制	非小细胞肺癌患者的脑转移瘤和原发肿瘤	基因组学	肺癌	单核RNA测序、T细胞受体测序、单细胞空间转录组、全基因组测序、多重免疫荧光	NA	基因组数据、转录组数据、空间转录组数据	初治患者样本（具体数量未明确说明）及独立验证队列（4,869名和12,275名患者）
14	2025-08-08	Activated polyreactive B cells are clonally expanded in autoantibody positive and patients with recent-onset type 1 diabetes 2025-Apr-22, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115425 PMID:40117290	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和BCR测序分析了自身反应性B细胞在1型糖尿病中的克隆扩增和基因表达变化	首次揭示了自身抗体阳性和新发1型糖尿病患者中胰岛抗原反应性B细胞的克隆扩增现象及其多反应性特征	样本量相对有限，且仅分析了外周血中的B细胞而未直接研究胰腺组织中的B细胞	探究1型糖尿病中自身反应性B细胞的作用机制	非糖尿病自身抗体阴性一级亲属、自身抗体阳性和新发1型糖尿病患者的胰岛抗原反应性B细胞	免疫学	1型糖尿病	单细胞RNA测序、BCR测序	NA	单细胞转录组数据、BCR序列数据	包含非糖尿病自身抗体阴性一级亲属、自身抗体阳性和新发1型糖尿病患者的样本
15	2025-08-08	SIGMAR1 screened by a GPCR-related classifier regulates endoplasmic reticulum stress in bladder cancer 2025-Apr-10, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06393-7 PMID:40211230	研究论文	本研究通过构建GPCR-TME分类器，识别了SIGMAR1作为调控膀胱癌内质网应激的关键因子，并验证了其在肿瘤生长和免疫细胞浸润中的作用	构建了GPCR-TME分类器，首次揭示了SIGMAR1在膀胱癌中调控内质网应激的具体机制及其对预后的影响	研究主要基于公共数据库和体外实验，临床样本验证和机制研究的深度有待进一步加强	探究GPCRs在膀胱癌中的作用机制，特别是SIGMAR1对肿瘤微环境和内质网应激的调控	膀胱癌组织样本、细胞系和裸鼠模型	癌症生物学	膀胱癌	scRNA-seq, WGCNA, GSEA, CIBERSORT, western blotting	GPCR-TME分类器	RNA测序数据、临床病理数据、免疫组化数据	公共数据库中的批量测序数据、单细胞RNA测序数据、免疫治疗反应数据和临床病理特征数据，以及体外实验和裸鼠模型
16	2025-07-29	Adipose-derived leptin and complement factor D mediate osteoarthritis severity and pain 2025-Apr-25, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adt5915 PMID:40279436	研究论文	探讨脂肪分泌的瘦素和补体因子D在骨关节炎严重程度和疼痛中的作用	揭示了瘦素通过调控补体因子D影响骨关节炎的结构和疼痛表型，证实了脂肪与关节之间的系统性交互作用	研究主要基于小鼠模型，人类相关性尚需进一步验证	阐明肥胖相关脂肪因子在骨关节炎发病机制中的具体作用	脂肪组织分泌的瘦素和补体因子D	骨关节炎研究	骨关节炎	空间转录组学、全球无监督多组学分析	小鼠模型（脂肪营养不良小鼠）	分子生物学数据、行为学数据	脂肪营养不良小鼠模型及脂肪移植实验
17	2025-07-29	Novel insights into kidney disease: the scRNA-seq and spatial transcriptomics approaches: a literature review 2025-Apr-08, BMC nephrology IF:2.2Q2 DOI:10.1186/s12882-025-04103-5 PMID:40200175	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（ST）在肾脏疾病研究中的应用与发展	结合scRNA-seq和ST技术，以前所未有的分辨率解析肾脏疾病中的细胞异质性，识别新的细胞亚群及其在肾脏微环境中的动态相互作用	NA	探讨scRNA-seq和ST技术在肾脏疾病研究中的应用及其对理解肾脏发育、稳态和疾病进展的细胞和分子机制的贡献	肾脏疾病中的细胞异质性和空间组织	生物医学研究	肾脏疾病	scRNA-seq, 空间转录组学（ST）	NA	单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据	NA
18	2025-07-26	USP4 depletion-driven RAB7A ubiquitylation impairs autophagosome-lysosome fusion and aggravates periodontitis 2025-04, Autophagy IF:14.6Q1 DOI:10.1080/15548627.2024.2429371 PMID:39663592	研究论文	本研究揭示了USP4减少驱动的RAB7A泛素化如何破坏自噬体-溶酶体融合，从而加剧牙周炎的进展	首次揭示了USP4和RAB7A之间的相互作用在牙周炎发病机制中的关键作用，并提出了USP4上调作为潜在治疗靶点	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床样本分析可能受到样本量和异质性的限制	阐明自噬与牙周炎发病机制之间的精确相互作用	临床牙龈样本和实验性牙周炎小鼠	分子病理学	牙周炎	基因组学分析、组织学分析、蛋白质组学分析、单细胞RNA测序(ScRNA-seq)	NA	基因组数据、组织学数据、蛋白质组数据	临床牙龈样本和实验性牙周炎小鼠(具体数量未明确说明)
19	2025-07-25	Mapping Small Extracellular Vesicle Secretion Potential in Healthy Human Gingiva Using Spatial Transcriptomics 2025-Apr-07, Current issues in molecular biology IF:2.8Q3 DOI:10.3390/cimb47040256 PMID:40699655	研究论文	本研究利用空间转录组学技术，对健康人类牙龈组织中小细胞外囊泡（sEVs）的分泌潜力进行了定位分析	首次在sEVs生物发生的特定背景下对牙龈转录组数据进行荟萃分析，揭示了牙龈组织中不同结构在sEVs生物发生中的作用	研究仅基于公开可用的转录组数据，未进行实验验证	探索健康人类牙龈组织中sEVs的生物发生机制	健康人类牙龈组织	空间转录组学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	公开可用的牙龈转录组数据
20	2025-07-24	Distinct adipose progenitor cells emerging with age drive active adipogenesis 2025-Apr-25, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adj0430 PMID:40273250	研究论文	研究揭示了中年时期脂肪祖细胞（APCs）在促进内脏脂肪形成中的关键作用及其机制	发现了一种新的脂肪祖细胞亚群CP-A，其在中年时期活跃增殖并促进脂肪生成，揭示了白血病抑制因子受体信号在此过程中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类中的相关性需要进一步验证	探究年龄依赖性脂肪重塑的分子机制	小鼠脂肪祖细胞（APCs）	细胞生物学	代谢性疾病	单细胞RNA测序、谱系追踪、移植实验	NA	基因表达数据	小鼠模型