单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-07-15	Mechanism of mitochondrial dysfunction on placental trophoblastic cells in intrahepatic cholestasis of pregnancy 2025-Apr-25, Journal of molecular histology IF:2.9Q3 DOI:10.1007/s10735-025-10427-1 PMID:40278950	研究论文	本研究探讨了妊娠期肝内胆汁淤积症(ICP)中胆汁酸诱导的胎盘滋养层细胞线粒体功能障碍的机制	揭示了NRF1/PGC-1α通路介导的线粒体转录机制损伤可能是ICP胎盘滋养层细胞线粒体功能障碍的原因	研究主要基于体外细胞模型，需要更多临床样本验证	探究ICP中胆汁酸诱导的线粒体功能障碍机制，为ICP治疗提供精准靶点	人类胎盘组织和ICP细胞模型	生殖医学	妊娠期肝内胆汁淤积症	单细胞测序、荧光共聚焦显微镜、电子显微镜	ICP细胞模型	基因表达数据、显微镜图像	未明确说明样本数量的人类胎盘组织和建立的ICP细胞模型
2	2025-07-15	Identification and characterization of early human photoreceptor states and cell-state-specific retinoblastoma-related features 2025-Apr-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.02.28.530247 PMID:38915659	研究论文	通过深度全长单细胞RNA测序技术，识别和描述了人类视锥细胞和视杆细胞的早期发育状态及其与视网膜母细胞瘤相关的特异性特征	首次揭示了视锥细胞和视杆细胞在发育过程中的不同状态，并发现了与视网膜母细胞瘤发生相关的视锥细胞特异性特征	研究主要基于单细胞RNA测序数据，需要进一步的实验验证	理解人类视锥细胞和视杆细胞发育的分子基础及其与视网膜母细胞瘤发生的关系	人类视锥细胞和视杆细胞的早期发育状态	单细胞转录组学	视网膜母细胞瘤	全长单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量
3	2025-07-15	Biological sex affects gene expression and functional variation across the human genome 2025-Apr-14, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2024.09.03.24313025 PMID:39281750	研究论文	研究人类基因组中性别对基因表达和功能变异的影响	通过单细胞RNA-seq技术识别出1200个具有显著性别偏向表达的基因，并发现79%的性别偏向基因是性别偏向表达转录因子的靶标	独立数据集中sb-eQTL的复制证据较为有限	探索性别对人类基因组基因表达和功能变异的遗传影响及其与疾病的关联	480个淋巴母细胞系	基因组学	自身免疫疾病	单细胞RNA-seq	机器学习与线性建模	基因表达数据	480个淋巴母细胞系
4	2025-07-12	Study on the mechanism of action of the active ingredient of Calculus Bovis in the treatment of sepsis by integrating single-cell sequencing and machine learning 2025-Apr-18, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000042184 PMID:40258762	研究论文	本研究通过整合单细胞测序和机器学习，探讨了牛黄活性成分在治疗脓毒症中的作用机制	结合网络药理学、RNA测序和多种机器学习模型（XGBoost、SVM、决策树、KNN）分析牛黄活性成分的治疗机制，并通过分子对接和分子动力学模拟验证结合亲和力与稳定性	研究依赖于公共数据库数据，未进行实验验证	探索牛黄活性成分在脓毒症治疗中的作用机制	牛黄活性成分及脓毒症相关基因	机器学习	脓毒症	RNA测序、单细胞RNA测序、分子对接、分子动力学模拟	XGBoost、SVM、Decision Tree、KNN	基因表达数据	来自中国国家基因库数据库的脓毒症数据及GSE65682数据库的预后相关基因数据
5	2025-07-11	A visual-omics foundation model to bridge histopathology image with transcriptomics 2025-Apr-16, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5183775/v1 PMID:40321764	研究论文	开发了一个名为OmiCLIP的视觉-组学基础模型，用于连接组织病理学图像和转录组学数据	首次将组织病理学图像与转录组学数据整合到一个基础模型中，并开发了Loki平台提供多种功能	未明确提及具体局限性	整合组织病理学图像和转录组学数据，提升计算生物学分析能力	组织病理学图像和转录组学数据	数字病理学	NA	scRNA-seq, 空间转录组学(ST)	OmiCLIP	图像, 转录组数据	220万对组织图像和转录组数据，涵盖32个器官
6	2025-07-11	The immune checkpoint regulator CD40 potentiates myocardial inflammation 2025-Apr, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-025-00633-1 PMID:40217124	research paper	本文探讨了CD40激动剂如何通过激活CCR2巨噬细胞和招募效应记忆CD8 T细胞来重塑心脏免疫环境，从而促进心肌炎症	揭示了CD40激动剂通过CCR2巨噬细胞和CD8 T细胞之间的正反馈环路促进心肌炎症的新机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	研究CD40激动剂对心肌炎症的潜在影响及其机制	CD40激动剂对心脏免疫环境的影响	免疫学	心血管疾病	单细胞测序、细胞耗竭研究	遗传小鼠模型	基因表达数据、免疫细胞数据	NA
7	2025-07-10	Astrocytes and Alcohol Throughout the Lifespan 2025-Apr-30, Biological psychiatry IF:9.6Q1 DOI:10.1016/j.biopsych.2025.04.013 PMID:40311830	review	本文综述了星形胶质细胞在酒精使用障碍（AUD）中的作用及其对酒精暴露的反应	首次系统回顾了星形胶质细胞在AUD中的作用，并讨论了酒精对星形胶质细胞调控的突触传递的影响	对星形胶质细胞亚群及其易受酒精影响的分子识别不足，需要进一步研究	评估星形胶质细胞在酒精暴露效应中的作用	星形胶质细胞及其在酒精使用障碍（AUD）和胎儿酒精谱系障碍（FASD）中的作用	神经科学	酒精使用障碍（AUD）和胎儿酒精谱系障碍（FASD）	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
8	2025-07-10	Spatial transcriptomics reveals regionally altered gene expression that drives retinal degeneration 2025-Apr-18, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07887-2 PMID:40251274	研究论文	本研究利用空间转录组学技术，探究了成年小鼠视网膜在光氧化应激下的时空基因表达变化，揭示了区域特异性转录组与视网膜退行性变的关系	首次在视网膜退行性变研究中应用空间转录组学技术，发现视神经头附近800微米区域是分子变化的关键驱动区，并鉴定出新的基因驱动因子和血管生成信号通路	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究视网膜退行性变的分子机制和空间特征	成年小鼠视网膜	数字病理学	年龄相关性黄斑变性	空间转录组学	NA	基因表达数据	未明确说明小鼠数量
9	2025-07-10	Fibroblast derived C3 promotes the progression of experimental periodontitis through macrophage M1 polarization and osteoclast differentiation 2025-04-17, International journal of oral science IF:10.8Q1 DOI:10.1038/s41368-025-00361-z PMID:40240339	研究论文	本研究通过分析牙周炎小鼠模型的单细胞测序数据，揭示了成纤维细胞来源的C3通过促进巨噬细胞M1极化和破骨细胞分化在牙周炎进展中的破坏性作用	首次明确了牙周炎中C3的主要来源及其通过巨噬细胞M1极化和破骨细胞分化促进疾病进展的机制	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证相对有限	探究牙周炎中C3的来源、作用及其分子机制	牙周炎小鼠模型和牙周炎患者的牙周组织	口腔医学	牙周炎	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	小鼠模型和人类牙周炎患者样本（具体数量未明确说明）
10	2025-07-08	USP4 depletion-driven RAB7A ubiquitylation impairs autophagosome-lysosome fusion and aggravates periodontitis 2025-04, Autophagy IF:14.6Q1 DOI:10.1080/15548627.2024.2429371 PMID:39663592	研究论文	本研究揭示了USP4减少驱动的RAB7A泛素化如何破坏自噬体-溶酶体融合，从而加剧牙周炎的进展	首次揭示了USP4和RAB7A之间的相互作用在牙周炎发病机制中的关键作用，并提出了USP4上调作为潜在治疗策略	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床样本分析相对有限	阐明自噬与牙周炎发病机制之间的精确相互作用	临床牙龈样本和实验性牙周炎小鼠	分子病理学	牙周炎	基因组学分析、组织学分析、蛋白质组学分析、ScRNA-seq	NA	基因组数据、组织学数据、蛋白质组数据	临床牙龈样本和实验性牙周炎小鼠（具体数量未明确说明）
11	2025-07-04	Plasma exosomes from individuals with type 2 diabetes drive breast cancer aggression in patient-derived organoids 2025-Apr-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.13.612950 PMID:39345362	研究论文	该研究探讨了2型糖尿病患者血浆外泌体如何通过影响肿瘤微环境中的免疫细胞，促进乳腺癌的侵袭性	首次开发了一种从乳腺癌切除标本中生成患者来源类器官（PDOs）的新方法，并保留了肿瘤浸润淋巴细胞（TILs），用于研究外泌体信号传导	研究仅关注了2型糖尿病对乳腺癌的影响，未涉及其他代谢疾病或癌症类型	研究2型糖尿病如何通过外泌体信号传导影响乳腺癌的侵袭性和免疫微环境	2型糖尿病患者的血浆外泌体和乳腺癌患者来源的类器官	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但涉及2型糖尿病和非糖尿病患者的血浆外泌体及乳腺癌患者来源的类器官
12	2025-07-04	Stable isotope tracing in human plasma-like medium reveals metabolic and immune modulation of the glioblastoma microenvironment 2025-Apr-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.05.29.542774 PMID:37398280	研究论文	本文介绍了一种在体外使用类人血浆培养基(HPLM)进行稳定同位素追踪的方法，用于研究胶质母细胞瘤微环境中的代谢和免疫调节	开发了在HPLM中培养胶质瘤外植体并进行稳定同位素追踪的新方法，能够更好地模拟体内微环境	NA	研究胶质瘤在生理营养水平和完整肿瘤微环境(TME)下的代谢特征	人胶质瘤外植体和胶质瘤干细胞样细胞系(GSC)	肿瘤代谢研究	胶质母细胞瘤	稳定同位素追踪(15N2-谷氨酰胺追踪)，空间转录组学	NA	代谢组数据，转录组数据	NA
13	2025-07-04	SORBET: Automated cell-neighborhood analysis of spatial transcriptomics or proteomics for interpretable sample classification via GNN 2025-Apr-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.30.573739 PMID:38260586	研究论文	介绍了一种名为SORBET的几何深度学习框架，用于分析空间转录组学或蛋白质组学数据，以进行可解释的样本分类	SORBET是首个在空间转录组学数据上进行表型预测的框架，利用图卷积网络分析相邻细胞图，并通过新颖的数据增强技术确保预测的稳健性	未明确提及具体限制，但可能受限于数据质量和样本量	通过整合空间信息与分子数据，准确预测临床表型，如免疫治疗反应	转移性黑色素瘤、非小细胞肺癌和结直肠癌样本	空间组学	黑色素瘤、非小细胞肺癌、结直肠癌	空间转录组学、空间蛋白质组学（IMC、CODEX）	GNN（图卷积网络）	空间转录组学数据、空间蛋白质组学数据	CosMx空间转录组学数据集（转移性黑色素瘤）、IMC和CODEX数据集（非小细胞肺癌和结直肠癌）
14	2025-07-04	Precision and Accuracy in Quantitative Measurement of Gene Expression from Single-Cell/Nuclei RNA Sequencing Data 2025-Apr-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.12.589216 PMID:38659857	研究论文	本研究系统评估了单细胞/单核RNA测序数据中基因表达定量测量的精确性和准确性，并提出了优化研究设计的实用指南	首次系统评估了sc/snRNA-Seq数据的定量精确性和准确性，开发了VICE工具用于评估数据质量和预测差异表达基因的真阳性率	研究主要基于单核吞噬细胞数据，可能不适用于所有细胞类型	提高单细胞/单核RNA测序研究的可靠性和可重复性	单细胞/单核RNA测序数据	生物医学研究	NA	sc/snRNA-Seq	NA	RNA测序数据	23个数据集，包含3,682,576个细胞，来自339个样本
15	2025-07-04	Sp140L Is a Novel Herpesvirus Restriction Factor 2025-Apr-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.13.628399 PMID:39713285	研究论文	该研究揭示了Sp140L作为一种新型疱疹病毒限制因子，其在抵抗疱疹病毒感染中的作用机制	首次发现Sp140L作为疱疹病毒的限制因子，并揭示了其在干扰素非依赖性先天免疫反应中的作用	研究主要关注EB病毒和疱疹病毒saimiri，对其他DNA病毒的适用性需要进一步验证	探究疱疹病毒如何逃避宿主防御机制，特别是EBNA-LP蛋白在其中的作用	EB病毒(EBV)和疱疹病毒saimiri	病毒学	多发性硬化症	单细胞RNA测序	EBNA-LP敲除模型	RNA-seq数据	未明确说明样本数量，使用EBNA-LP敲除感染的B细胞
16	2025-07-03	Prior chemotherapy deteriorates T-cell quality for CAR T-cell therapy in B-cell non-Hodgkin's lymphoma 2025-Apr-09, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010709 PMID:40210237	research paper	该研究探讨了化疗对B细胞非霍奇金淋巴瘤患者T细胞功能的影响，以及这些影响如何影响CAR T细胞疗法的效果	首次系统评估了化疗对T细胞功能的影响，并提出了在化疗前采集T细胞以提高CAR T细胞疗法效果的新策略	研究样本量有限，仅针对B细胞非霍奇金淋巴瘤患者	评估化疗对T细胞功能的影响及其对CAR T细胞疗法效果的影响	B细胞非霍奇金淋巴瘤患者的T细胞	免疫治疗	B细胞非霍奇金淋巴瘤	多参数流式细胞术、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、全基因组DNA甲基化阵列、体外功能测试	NA	细胞样本、基因表达数据、甲基化数据	两个B细胞非霍奇金淋巴瘤患者队列(治疗前和治疗后)
17	2025-07-02	T-B cell cooperation in ectopic lymphoid follicles propagates CNS autoimmunity 2025-04-25, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adn2784 PMID:40279405	研究论文	本研究探讨了脑膜异位淋巴滤泡（eLF）样结构在多发性硬化症中的作用，揭示了T细胞与B细胞在其中的合作机制	首次通过单细胞RNA测序和活体成像技术直接观察T17-B细胞在eLF中的长期抗原特异性接触及其对自身反应性T细胞的再激活作用	研究基于实验性自身免疫性脑脊髓炎模型，结果向人类疾病的直接转化需要进一步验证	阐明中枢神经系统自身免疫中T-B细胞协作的分子机制	实验性自身免疫性脑脊髓炎模型中的T细胞和B细胞	免疫学	多发性硬化症	单细胞RNA测序、活体成像	T17过继转移实验性自身免疫性脑脊髓炎模型	基因表达数据、影像数据	NA
18	2025-07-02	Single-Cell Analysis Combined with Mendelian Randomization Identifies Genes Associated with Prostate Cancer Cells 2025-Apr-23, The world journal of men's health DOI:10.5534/wjmh.240298 PMID:40583027	研究论文	本研究通过整合单细胞数据与孟德尔随机化分析，探讨了与前列腺癌细胞囊膜侵袭相关的预后基因	结合单细胞测序与孟德尔随机化分析，识别出与前列腺癌进展相关的关键基因TMEM59	样本量较小，仅包含6例前列腺癌病例的单细胞数据	研究前列腺癌囊膜侵袭相关的预后基因	前列腺癌细胞	数字病理学	前列腺癌	单细胞测序, 孟德尔随机化分析, 免疫组化	hdWGCNA, Seurat	单细胞测序数据, SNP数据, 临床数据	6例前列腺癌病例的单细胞数据, 来自TCGA和GEO的临床与基因表达数据
19	2025-07-02	Identification of Recurrence-associated Gene Signatures and Machine Learning-based Prediction in IDH-Wildtype Histological Glioblastoma 2025-Apr-14, Journal of molecular neuroscience : MN IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12031-025-02345-4 PMID:40227386	研究论文	本研究通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)和机器学习方法，识别了IDH野生型组织学胶质母细胞瘤(GBM)复发相关的基因特征，并建立了预测模型	发现了8个与GBM复发显著相关的基因，并首次建立了基于随机森林的高精度预测模型	研究样本量相对有限，且仅针对IDH野生型GBM	探索GBM复发的分子机制并开发预测模型	IDH野生型组织学胶质母细胞瘤	数字病理学	胶质母细胞瘤	WGCNA, RT-qPCR, scRNA-seq, 机器学习	随机森林(RF)	转录组数据, 单细胞RNA测序数据	CGGA-693队列(n=190), CGGA-325队列(n=111), 外加两个scRNA-seq数据集
20	2025-07-02	Psychological stress increases skin infection through the action of TGFβ to suppress immune-acting fibroblasts 2025-04-11, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.ads0519 PMID:40215323	研究论文	研究心理压力如何通过TGFβ抑制免疫活性成纤维细胞增加皮肤感染	揭示了心理压力通过TGFβ介导的脑-皮肤轴抑制成纤维细胞的抗菌肽产生，从而增加皮肤感染的机制	研究主要基于小鼠模型，人类相关性尚需进一步验证	探究心理压力导致皮肤感染的分子机制	小鼠模型中的皮肤成纤维细胞	免疫学	皮肤感染	单细胞转录组学、脂质组学分析	小鼠压力模型	基因表达数据、脂质组数据	未明确说明的小鼠样本