单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-04-02	Single cell-resolved cellular, transcriptional, and epigenetic changes in mouse T cell populations linked to age-associated immune decline 2025-Apr-08, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2425992122 PMID:40163732	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序和单细胞TCR测序，全面分析了小鼠脾脏T细胞在不同年龄阶段的细胞、转录和表观遗传变化	首次在多时间点对小鼠脾脏T细胞进行全面的单细胞多组学分析，揭示了年龄相关的T细胞功能和组成变化	研究仅针对小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	阐明衰老对T细胞生物学的具体影响	小鼠脾脏T细胞	免疫学	老年疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 单细胞ATAC测序(scATAC-seq), 单细胞TCR测序	NA	单细胞多组学数据	10个不同年龄组的小鼠脾脏T细胞
2	2025-04-02	Single-cell atlas profiling revealed cellular characteristics and dynamic changes after PD-1 blockade therapy of brain metastases from laryngeal squamous cell carcinoma 2025-Apr, Molecular and cellular biochemistry IF:3.5Q3 DOI:10.1007/s11010-024-05064-3 PMID:39085744	研究论文	通过单细胞RNA测序分析，揭示了喉鳞状细胞癌脑转移患者在PD-1阻断治疗后的细胞特征和动态变化	首次利用单细胞RNA测序技术分析了PD-1阻断治疗前后喉鳞状细胞癌脑转移的肿瘤样本，揭示了治疗对癌细胞和免疫细胞功能的影响	样本量有限，且仅针对喉鳞状细胞癌脑转移患者，结果可能不适用于其他癌症类型	研究PD-1阻断治疗对喉鳞状细胞癌脑转移患者的治疗效果及其机制	喉鳞状细胞癌脑转移患者的肿瘤样本	数字病理学	喉鳞状细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	配对的治疗前后转移肿瘤样本及原发喉鳞状细胞癌数据集
3	2025-04-02	Different inflammatory, fibrotic, and immunological signatures between pre-fibrotic and overt primary myelofibrosis 2025-Apr-01, Haematologica IF:8.2Q1 DOI:10.3324/haematol.2024.285598 PMID:39385733	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序分析了前纤维化和明显原发性骨髓纤维化（PMF）的骨髓抽吸物，揭示了不同细胞类型在PMF进展中的炎症、纤维化和免疫特征差异	首次通过单细胞RNA测序揭示了PMF进展中造血干细胞和祖细胞（HSPC）、巨核细胞和单核细胞亚群的炎症/纤维化特征变化，并发现EMT富集的巨核细胞亚群在明显PMF中显著增加	未发现PMF进展中的决定性亚群，样本量未明确说明	探究前纤维化和明显原发性骨髓纤维化（PMF）在炎症、纤维化和免疫特征上的差异	前纤维化PMF（pre-PMF）、明显PMF和其他骨髓增殖性肿瘤（MPN）患者的骨髓抽吸物	单细胞测序分析	原发性骨髓纤维化	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
4	2025-04-02	Central FGF19 signaling enhances energy homeostasis and adipose tissue thermogenesis through sympathetic activation in obese mice 2025-Apr-01, American journal of physiology. Endocrinology and metabolism DOI:10.1152/ajpendo.00488.2024 PMID:40059865	research paper	研究探讨了中枢FGF19信号通过激活交感神经增强肥胖小鼠能量稳态和脂肪组织产热的机制	揭示了FGF19不仅通过减少食物摄入，还能通过激活交感神经增强白色和棕色脂肪组织的产热作用	研究主要在肥胖小鼠模型中进行，人类中的效果尚不明确	探究中枢FGF19信号对肥胖小鼠能量稳态和脂肪组织产热的影响	饮食诱导的肥胖（DIO）小鼠	代谢研究	肥胖症	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	肥胖小鼠模型
5	2025-04-02	Machine Learning Unveils Sphingolipid Metabolism's Role in Tumour Microenvironment and Immunotherapy in Lung Cancer 2025-Apr, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70435 PMID:40159631	research paper	该研究通过机器学习揭示了鞘脂代谢在肺癌肿瘤微环境（TME）和免疫治疗中的作用	首次使用机器学习算法（Lasso回归和生存SVM）结合转录组分析和临床样本，识别了鞘脂代谢相关基因在肺癌TME中的关键作用，并发现ASAH1和SMPD1作为强预后标志物	研究依赖于TCGA和GTEx数据库的样本，可能存在数据偏差，且未进行实验验证	探究鞘脂代谢在肺癌TME和免疫治疗中的作用	肺癌（LUAD和LUSC）的肿瘤微环境及免疫细胞	machine learning	lung cancer	transcriptomic analysis, scRNA-seq, Lasso regression, survival SVM	Lasso regression, SVM	transcriptomic data, clinical samples, scRNA-seq data	TCGA和GTEx数据库的临床样本
6	2025-04-02	Transitional CXCL14+ cancer-associated fibroblasts enhance tumour metastasis and confer resistance to EGFR-TKIs, revealing therapeutic vulnerability to filgotinib in lung adenocarcinoma 2025-Apr, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70281 PMID:40162549	research paper	该研究通过整合单细胞RNA测序数据，识别出一种独特的CXCL14+肌纤维母细胞性癌症相关成纤维细胞（myCAFs）亚群，并揭示了其在肺腺癌（LUAD）肿瘤转移和EGFR-TKIs耐药中的作用	发现了CXCL14+ myCAFs亚群在肺腺癌中的关键作用，并确定了Filgotinib作为逆转EGFR-TKIs耐药的有效药物	研究主要基于单细胞RNA测序和体外实验，临床样本验证仍需进一步扩大	探究癌症相关成纤维细胞（CAFs）在肺腺癌肿瘤转移和EGFR-TKIs耐药中的具体作用机制	肺腺癌（LUAD）患者和肿瘤微环境中的CXCL14+ myCAFs亚群	digital pathology	lung cancer	scRNA-seq, spatial transcriptomics, immunohistochemistry, ELISA	NA	single-cell RNA sequencing data, spatial transcriptomic data, clinical tissue samples	多个独立LUAD队列的临床组织样本和患者血浆样本
7	2025-04-02	Integrated multi-omics analyses provide new insights into genomic variation landscape and regulatory network candidate genes associated with walnut endocarp 2025-Apr, The Plant journal : for cell and molecular biology DOI:10.1111/tpj.70113 PMID:40162720	研究论文	本研究通过整合多组学分析，揭示了核桃内果皮发育和壳厚度的遗传变异和调控网络候选基因	构建了核桃品种'湘灵'的高质量基因组组装和八个核桃物种的图形结构泛基因组，通过GWAS鉴定了与核桃驯化和改良相关的19个位点，并通过多组学分析揭示了与次生细胞生物合成和木质素积累相关的候选基因	研究主要集中于核桃内果皮发育和壳厚度的遗传变异，对其他性状的遗传基础研究较少	系统阐明核桃内果皮发育和壳厚度的遗传变异和调控网络	波斯核桃（Juglans regia）及其八个近缘种	基因组学	NA	多组学分析（包括转录组学、代谢组学、DNA甲基化和空间转录组学）和GWAS	NA	基因组序列、转录组数据、代谢组数据、DNA甲基化数据和空间转录组数据	285个核桃种质资源
8	2025-04-02	scPANDA: PAN-Blood Data Annotator with a 10-Million Single-Cell Atlas 2025-Apr-01, Chinese medical sciences journal = Chung-kuo i hsueh k'o hsueh tsa chih DOI:10.24920/004472 PMID:40164519	research paper	开发了一个名为scPANDA的PAN-blood单细胞数据注释工具，利用包含1000万个细胞的图谱进行精确的细胞类型注释	利用大规模单细胞图谱进行细胞类型注释，采用三层推断方法逐步细化细胞类型	未提及具体的技术限制或潜在问题	提高血液系统中细胞类型注释的准确性和可靠性	血液系统中的单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	来自16项研究的1000万个细胞
9	2025-04-02	Enhancer Extrachromosomal Circular DNA ANKRD28 Elicits Drug Resistance via POU2F2-Mediated Transcriptional Network in Multiple Myeloma 2025-Apr-01, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202415695 PMID:40167268	研究论文	本文研究了多发性骨髓瘤(MM)中药物抵抗的机制，特别是通过增强子环状DNA ANKRD28 (eccANKRD28)介导的转录网络	首次揭示了非编码环状DNA作为增强子在多发性骨髓瘤药物抵抗中的作用，并阐明了POU2F2介导的转录调控网络	研究主要基于体外和动物模型，临床样本数量有限，需要进一步验证	探索多发性骨髓瘤药物抵抗的分子机制	多发性骨髓瘤患者血清样本和耐药细胞系	表观遗传学	多发性骨髓瘤	H3K27ac ChIP-seq, scRNA-seq, scATAC-seq, CUT&Tag, CRISPR/Cas9	NA	基因组数据、转录组数据、表观遗传数据	多发性骨髓瘤患者血清样本和耐药细胞系(具体数量未明确说明)
10	2025-04-01	Single-cell RNA sequencing identifies endothelial-derived HBEGF as promoting pancreatic beta cell proliferation in mice via the EGFR-Kmt5a-H4K20me pathway 2025-Apr, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-024-06341-y PMID:39694915	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究发现内皮细胞衍生的HBEGF通过EGFR-Kmt5a-H4K20me通路促进小鼠胰腺β细胞增殖	首次揭示了内皮细胞衍生的HBEGF通过Kmt5a-H4K20me信号通路调控β细胞增殖的分子机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探索调控胰腺β细胞生理性增殖的分子机制	小鼠胰腺β细胞	单细胞组学	糖尿病	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	43,724个胰岛内分泌和非内分泌细胞（包括15,569个β细胞）
11	2025-04-01	Expression of co-signaling molecules TIM-3/Galectin-9 at the maternal-fetal interface 2025-Apr, Placenta IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.placenta.2025.03.002 PMID:40068377	研究论文	研究母胎界面共信号分子TIM-3/Galectin-9的表达及其在维持免疫耐受微环境中的作用	首次系统研究了Galectin-9和TIM-3在母胎界面的分布和功能，揭示了其与妊娠维持的潜在关联	研究主要聚焦于表达分析，功能机制研究有待深入	探究母胎界面免疫耐受微环境的分子机制	母胎界面的免疫细胞和胎盘细胞	生殖免疫学	妊娠相关疾病	单细胞转录组学、空间转录组学、多重免疫组化	NA	转录组数据、蛋白质表达数据	永生化人子宫内膜基质细胞及母胎界面组织样本
12	2025-04-01	Endothelial FOSL1 drives angiotensin II-induced myocardial injury via AT1R-upregulated MYH9 2025-Apr, Acta pharmacologica Sinica IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41401-024-01410-9 PMID:39592734	研究论文	本研究探讨了FOSL1/MYH9轴在血管紧张素II（Ang II）诱导的心肌损伤中的作用及其分子机制	揭示了FOSL1通过直接结合MYH9启动子激活其转录，进而导致血管功能障碍的新机制，并发现FOSL1是心肌缺血再灌注诱导的内皮细胞损伤的潜在治疗靶点	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，尚未在人体中进行验证	阐明Ang II诱导心肌损伤的分子机制并探索潜在治疗靶点	小鼠心肌血管重塑及人脐静脉内皮细胞	心血管疾病	心血管疾病	单细胞测序、双荧光素酶报告基因检测、染色质免疫共沉淀	小鼠心肌缺血再灌注模型	基因表达数据、蛋白质水平数据	未明确说明具体样本数量，但涉及小鼠模型和人脐静脉内皮细胞实验
13	2025-03-30	M2 macrophages regulate nucleus pulposus cell extracellular matrix synthesis through the OPN-CD44 axis in intervertebral disc degeneration 2025-Apr, Osteoarthritis and cartilage IF:7.2Q1 DOI:10.1016/j.joca.2024.12.007 PMID:39842659	research paper	本研究探讨了M2巨噬细胞通过OPN-CD44轴调节髓核细胞外基质合成在椎间盘退变中的作用	揭示了巨噬细胞通过OPN-CD44轴调节髓核细胞外基质合成的新机制，为椎间盘退变的治疗提供了新靶点	研究主要基于体外和小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步研究	探究巨噬细胞在椎间盘退变中的作用机制	巨噬细胞和髓核细胞	生物医学	椎间盘退变	单细胞转录组测序、免疫组织化学、体外共培养	小鼠模型	基因表达数据、蛋白质表达数据	人类髓核样本、腰椎不稳小鼠和纤维环穿刺小鼠
14	2025-03-30	Targeted editing of CCL5 with CRISPR-Cas9 nanoparticles enhances breast cancer immunotherapy 2025-Apr, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1 DOI:10.1007/s10495-024-02032-6 PMID:39870938	研究论文	本研究探讨了使用CRISPR-Cas9技术与FCPCV纳米颗粒靶向编辑CCL5基因，以增强乳腺癌免疫治疗的疗效	创新性地结合CRISPR-Cas9技术与FCPCV纳米颗粒靶向编辑CCL5基因，为乳腺癌免疫治疗提供了新策略	研究中未提及长期副作用或临床应用的具体障碍	提高乳腺癌免疫治疗的疗效	乳腺癌细胞和人源化小鼠模型	基因编辑与免疫治疗	乳腺癌	CRISPR-Cas9, scRNA-seq	人源化小鼠模型	基因表达数据	未明确提及具体样本数量，但包括体外实验和体内小鼠模型
15	2025-03-29	Single-cell RNA-seq reveals that granulosa cells are a target of phthalate toxicity in the ovary 2025-Apr-01, Toxicological sciences : an official journal of the Society of Toxicology IF:3.4Q2 DOI:10.1093/toxsci/kfaf001 PMID:39752319	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示了邻苯二甲酸盐在卵巢中对颗粒细胞的毒性作用	首次在单细胞水平上揭示了邻苯二甲酸盐对卵巢颗粒细胞的特异性毒性作用及其分子机制	研究仅使用小鼠模型，结果可能不完全适用于人类	探究邻苯二甲酸盐对卵巢细胞的毒性作用机制	小鼠卵巢颗粒细胞	生殖毒理学	生殖系统疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	小鼠卵泡培养物(处理组和对照组)
16	2025-03-28	Computer-assisted interpretation, in-depth exploration and single cell type annotation of RNA sequence data using k-means clustering algorithm 2025-Apr, Computer methods in biomechanics and biomedical engineering IF:1.7Q3 DOI:10.1080/10255842.2023.2300685 PMID:38235728	research paper	该论文提出了一种计算机辅助方法，用于单细胞RNA测序数据的解释、深入探索和细胞类型注释	采用k-means聚类算法和轮廓验证进行细胞类型注释，减少了人工操作的需求并提高了结果的一致性	依赖于已知数据库的基因谱匹配，可能受限于数据库的覆盖范围和准确性	开发一种自动化方法来解释和注释单细胞RNA测序数据，以辅助医学研究	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	digital pathology	NA	scRNA-seq	k-means clustering	RNA sequence data	NA
17	2025-03-28	The role of TIGIT-CD226-PVR axis in mediating T cell exhaustion and apoptosis in NSCLC 2025-Apr, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1 DOI:10.1007/s10495-024-02052-2 PMID:39725799	研究论文	本研究探讨了TIGIT-CD226-PVR信号轴在非小细胞肺癌（NSCLC）中T细胞耗竭和凋亡中的调控作用	揭示了TIGIT-CD226-PVR信号轴在CD27+/CD127+T细胞亚群中的高度活性及其与功能衰退和耗竭的密切关联，并通过实验证明调控该轴可显著恢复T细胞增殖和效应功能	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索NSCLC中T细胞耗竭和凋亡的分子机制，以提高免疫治疗效果	非小细胞肺癌（NSCLC）中的CD27+/CD127+T细胞	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞测序技术	小鼠模型	基因表达数据	NA
18	2025-03-28	Restorative Effects of Short-Chain Fatty Acids on Corneal Homeostasis Disrupted by Antibiotic-Induced Gut Dysbiosis 2025-Apr, The American journal of pathology DOI:10.1016/j.ajpath.2024.11.010 PMID:39732390	研究论文	研究探讨了抗生素诱导的肠道菌群失调（AIGD）和无菌条件对小鼠角膜昼夜节律基因表达、屏障完整性、神经密度和免疫细胞活性的影响，并发现短链脂肪酸（SCFAs）能显著恢复AIGD小鼠的角膜完整性	首次揭示了肠道菌群通过调节昼夜节律基因表达和维持屏障功能对角膜生理的关键作用，并发现SCFAs在恢复角膜完整性中的潜在治疗价值	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究肠道菌群对角膜稳态的影响及SCFAs的修复作用	小鼠角膜	微生物组学	角膜功能障碍	RNA测序、单细胞测序	小鼠模型	基因表达数据	NA
19	2025-03-28	Integrating single-cell sequencing and machine learning to uncover the role of mitophagy in subtyping and prognosis of esophageal cancer 2025-Apr, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1 DOI:10.1007/s10495-024-02061-1 PMID:39948301	研究论文	本研究通过整合单细胞测序和机器学习技术，探讨了线粒体自噬相关基因在食管癌分型和预后中的作用	首次利用单细胞测序分析食管癌微环境异质性，并通过机器学习算法识别出两个核心基因HSPD1和MAP1LC3B，构建了预后模型	研究结果需要更多独立队列验证，分子对接结果需要实验验证	阐明线粒体自噬相关基因在食管癌分型和预后中的分子机制	食管癌患者	数字病理学	食管癌	RNA-seq, 单细胞测序	LASSO回归, Random Forest, XGBoost	基因表达数据	TCGA数据库中的食管癌患者数据，两个外部验证队列
20	2025-03-28	Single-cell insights into HNSCC tumor heterogeneity and programmed cell death pathways 2025-Apr, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102341 PMID:40068384	研究论文	该研究利用单细胞测序技术揭示头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）的肿瘤异质性，并探索程序性细胞死亡通路	通过单细胞测序识别了HNSCC中C2 MALAT1+肿瘤亚群的独特特征，并开发了新的预后模型MTRS	研究可能受限于样本量或特定亚群的分析深度	解析HNSCC的肿瘤异质性，寻找治疗靶点并优化预后模型	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）的肿瘤亚群	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	LASSO回归	单细胞RNA测序数据	NA