单细胞与空转测序相关文章

本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!

如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!

Sample Image
添加微信请说明来意
Sample Image
微信赞赏

除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。

当前筛选条件: [分区不过滤] [IF不过滤] [发表日期:202504-202504] [清除筛选条件]
当前共找到 715 篇文献,本页显示第 1 - 20 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
1 2026-09-21
A comprehensive bioinformatics analysis identifies mitophagy biomarkers and potential Molecular mechanisms in hypertensive nephropathy
2025-04, Journal of biomolecular structure & dynamics IF:2.7Q2
研究论文 通过生物信息学分析结合单细胞RNA测序,鉴定高血压肾病中线粒体自噬相关生物标志物及潜在分子机制 首次系统性地将转录组学与单细胞RNA测序相结合,全面分析高血压肾病中线粒体自噬的作用,鉴定出七个线粒体自噬相关差异表达基因,并揭示了近端小管细胞中线粒体自噬的关键调控转录因子 摘要中未明确说明研究的局限性,如样本量有限、缺乏实验验证等 探究线粒体自噬在高血压肾病中的作用,鉴定潜在的诊断和治疗生物标志物 高血压肾病患者 数字病理学 高血压肾病 转录组测序,单细胞RNA测序 机器学习 基因表达数据,图像 NA NA 单细胞RNA测序,批量RNA测序 NA NA
2 2026-09-21
Integrative analysis of genetic variability and functional traits in lung adenocarcinoma epithelial cells via single-cell RNA sequencing, GWAS, bayesian deconvolution, and machine learning
2025-04, Genes & genomics IF:1.6Q3
研究论文 本研究通过整合单细胞RNA测序、全基因组关联研究、贝叶斯解卷积和机器学习技术,解析了肺腺癌上皮细胞的遗传变异和功能特征 首次将单细胞RNA测序与全基因组关联研究通过贝叶斯解卷积和机器学习进行整合分析,揭示了遗传变异对肺腺癌上皮细胞群体的影响,并识别了新的预后基因如F12、GOLM1和S100P 摘要中未明确说明样本量大小、具体使用的机器学习模型类型以及贝叶斯解卷积的具体方法细节 揭示肺腺癌上皮细胞的遗传和功能复杂性,探索肿瘤进展、预后及免疫-上皮细胞相互作用机制 肺腺癌上皮细胞及其肿瘤微环境中的免疫细胞 机器学习 肺癌 单细胞RNA测序, 全基因组关联研究 NA 文本, 图像 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
3 2026-09-21
Identifiability for Gaussian Processes with Holomorphic Kernels
2025-Apr, ... International Conference on Learning Representations
PMID:41695776
研究论文 本文提出了一个理论框架,用于确定在零点全纯的核函数的参数可识别性,并应用于高斯过程。 首次针对零点全纯核函数建立参数可识别性理论框架,填补了现有研究仅关注Matérn型核函数的空白。 摘要未明确列出研究局限性。 建立高斯过程核参数可识别性的理论框架,特别是针对零点全纯的核函数。 高斯过程核函数,包括平方指数核、周期核、有理二次核及其组合。 机器学习 NA NA 高斯过程 NA NA NA NA NA NA
4 2026-09-20
Adipose-derived leptin and complement factor D mediate osteoarthritis severity and pain
2025-Apr-25, Science advances IF:11.7Q1
研究论文 该研究利用脂肪萎缩小鼠模型、脂肪垫植入、异时联体共生及空间转录组学等方法,揭示脂肪分泌的瘦素和补体因子D介导骨关节炎严重程度与疼痛的机制 首次证明脂肪分泌因子是膝骨关节炎发生所必需的,揭示了脂肪-关节之间的交叉对话,并通过无监督多组学分析发现瘦素通过调控adipsin(补体因子D)活性来调节骨关节炎结构和疼痛表型 研究主要基于小鼠模型,脂肪-关节交叉对话的具体分子机制尚未完全阐明,瘦素和补体因子D在人类骨关节炎中的转化应用仍需进一步验证 探究瘦素在骨关节炎严重程度和疼痛中的具体作用,以及脂肪组织与关节之间的相互作用机制 脂肪萎缩小鼠、野生型小鼠的脂肪垫组织及骨关节炎模型 机器学习, 空间转录组学 骨关节炎 空间转录组学, 多组学分析 NA 图像, 文本 NA 10x Genomics 空间转录组学 10x Visium NA
5 2026-09-19
FABP5+ lipid-loaded macrophages process tumour-derived unsaturated fatty acid signal to suppress T-cell antitumour immunity
2025-04, Journal of hepatology IF:26.8Q1
研究论文 该研究通过单细胞RNA测序揭示了肝细胞癌中一群FABP5+脂质负载巨噬细胞通过摄取肿瘤来源的不饱和脂肪酸并经FABP5-PPARγ信号通路增强免疫抑制功能,从而抑制T细胞抗肿瘤免疫 首次鉴定出肝细胞癌中FABP5+脂质负载肿瘤相关巨噬细胞亚群,并阐明肿瘤细胞释放的长链不饱和脂肪酸通过FABP5激活PPARγ从而赋予巨噬细胞免疫抑制特性的机制,提出靶向FABP5改善肿瘤免疫治疗疗效的新策略 摘要中未明确提及研究局限性 阐明脂质代谢增强肿瘤相关巨噬细胞促肿瘤效应的机制,特别是FABP5介导的不饱和脂肪酸代谢在调节抗肿瘤T细胞免疫和免疫治疗疗效中的作用 小鼠和人肝细胞癌肿瘤样本中的肿瘤相关巨噬细胞 数字病理学 肝癌 单细胞RNA测序 NA 文本 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
6 2026-09-16
Innate immune training in the neonatal response to sepsis
2025-04-30, Molecular medicine (Cambridge, Mass.)
研究论文 本文研究了新生儿接种卡介苗(BCG)通过重编程髓系造血功能,提高对多微生物脓毒症的存活率 揭示了BCG疫苗接种通过同时重编程多个髓系亚群(包括LSK、GMPs和CD11b+Gr1+细胞)来改善新生儿对多微生物脓毒症的存活率,并利用单细胞RNA测序全面阐明了BCG对髓系转录景观的广泛影响 摘要中未明确提及研究局限性 探究新生儿期BCG疫苗接种对后续多微生物脓毒症感染的保护性免疫应答机制 新生儿小鼠及其脾细胞 免疫学 脓毒症 单细胞RNA测序 NA 文本(基因表达数据) NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
7 2026-09-16
scRNA-seq reveals that VEGF signaling mediates the response to neoadjuvant anlotinib combined with PD-1 blockade therapy in non-small cell lung cancer
2025-04-25, Journal of translational medicine IF:6.1Q1
研究论文 该研究利用单细胞RNA测序技术,分析了接受新辅助安罗替尼联合PD-1阻断治疗的非小细胞肺癌患者的免疫细胞、基质细胞和癌细胞的动态变化,揭示了VEGF信号通路在治疗反应和耐药机制中的作用 首次通过单细胞RNA测序揭示了VEGF信号通路介导非小细胞肺癌对新辅助安罗替尼联合PD-1阻断治疗的反应,发现了内皮细胞ZEB1可能上调FLT1表达以响应安罗替尼,以及VEGFR+内皮细胞特征可预测NSCLC患者生存 样本量较小,仅涉及9例NSCLC患者进行单细胞RNA测序分析,需要更大规模的临床验证 探索非小细胞肺癌患者对新辅助安罗替尼联合PD-1阻断治疗的潜在耐药机制并预测疗效 非小细胞肺癌患者 数字病理学 肺癌 单细胞RNA测序 NA 图像, 文本 约47,000个单细胞来自9例NSCLC患者,包括3例初治患者、3例治疗后主要病理缓解患者和3例非主要病理缓解患者,以及135例NSCLC患者用于免疫组化验证 NA 单细胞RNA测序 NA NA
8 2026-09-16
Spatiotemporal transcriptomics reveals key gene regulation for grain yield and quality in wheat
2025-Apr-11, Genome biology IF:10.1Q1
研究论文 本研究利用空间转录组学技术,覆盖小麦籽粒发育早期(授粉后4至12天),对小麦籽粒进行细胞类型分类并鉴定关键调控基因 首次提供小麦籽粒发育早期的全面时空转录数据集,鉴定出10种不同细胞类型及其192个标记基因,并通过共表达和基序分析发现TaABI3-B1等关键调控基因 研究仅覆盖授粉后4至12天的早期发育阶段,未涉及后期发育阶段;空间转录组学的分辨率可能限制对某些稀有细胞类型的鉴定 揭示小麦籽粒产量和品质相关的关键基因调控机制,为小麦产量改良提供遗传资源 小麦籽粒(授粉后4至12天的发育早期阶段) 空间转录组学 NA 空间转录组学 WGCNA 空间转录组数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
9 2026-09-16
Polymorphic tandem repeats influence cell type-specific gene expression across the human immune landscape
2025-Apr-09, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该研究利用全基因组和单细胞RNA测序数据,探索了多态性串联重复序列(TRs)对人类免疫细胞类型特异性基因表达的影响 首次大规模系统性研究多态性串联重复序列(TRs)在人类免疫细胞类型特异性基因表达中的作用,识别了超过62,000个单细胞表达数量性状TR位点(sc-eTRs),并揭示了TRs作为免疫介导和血液学性状遗传关联的潜在介质 研究主要基于血液来源细胞,可能无法完全代表其他组织中的TRs调控功能;此外,TRs的准确检测和分析仍存在技术挑战 探索多态性串联重复序列(TRs)变异对人类血液细胞类型特异性基因表达的影响 来自1,925个个体的超过540万个血液来源细胞 机器学习 NA 全基因组测序, 单细胞RNA测序 NA 基因组数据, 转录组数据 1,925个个体的超过540万个血液来源细胞,超过170万个多态性TR位点 NA 全基因组测序, 单细胞RNA-seq NA NA
10 2026-09-16
Divergent PTEN-p53 interaction upon DNA damage in a human thyroid organoid model with germline PTEN mutations
2025-04-01, Endocrine-related cancer IF:4.1Q2
研究论文 该研究利用CRISPR-Cas9基因编辑技术构建携带不同胚系PTEN突变的人诱导多能干细胞来源的甲状腺类器官,通过bulk和单细胞RNA测序分析辐射诱导的DNA损伤反应,揭示PTEN M134R变异体与甲状腺癌易感性相关的分子机制 首次利用人诱导多能干细胞衍生的功能性甲状腺类器官模型,结合CRISPR-Cas9基因编辑技术,比较甲状腺癌相关(PTEN M134R)与非相关(PTEN G132D)胚系PTEN突变在辐射诱导DNA损伤后的转录组差异,揭示PTEN-p53物理互作在决定甲状腺癌易感性中的作用 研究仅基于体外类器官模型,缺乏体内动物实验验证;仅比较了两种PTEN变异体,未涵盖更多临床相关的PTEN突变类型;样本量有限 探究不同胚系PTEN突变类型在电离辐射诱导DNA损伤后如何改变DNA损伤反应,揭示特定PTEN变异体与分化型甲状腺癌易感性之间的分子机制 携带PTEN WT/G132D和PTEN WT/M134R杂合突变的人诱导多能干细胞衍生的甲状腺类器官,以及野生型对照 数字病理学 甲状腺癌 CRISPR-Cas9基因编辑, bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq NA 文本(转录组数据) 野生型及两种杂合PTEN突变的人诱导多能干细胞系(PTEN WT/G132D和PTEN WT/M134R)衍生的甲状腺类器官 NA bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq NA NA
11 2026-09-13
Integrating multiple spatial transcriptomics data using community-enhanced graph contrastive learning
2025-04, PLoS computational biology IF:3.8Q1
研究论文 提出了一种基于社区增强图对比学习的方法Tacos,用于整合多个空间转录组学数据 Tacos考虑了切片内和切片间空间结构的异质性,使用社区增强图对比学习进行整合 摘要中未提及 整合来自不同平台或不同生物学条件的多个空间转录组学数据 空间转录组学数据 空间转录组学 NA 空间转录组学 图对比学习 空间转录组学数据 多个真实数据集 NA 空间转录组学 NA NA
12 2026-09-13
SpaMask: Dual masking graph autoencoder with contrastive learning for spatial transcriptomics
2025-04, PLoS computational biology IF:3.8Q1
研究论文 提出了一种结合双重掩码图自编码器和对比学习的SpaMask方法,用于空间转录组数据的空间域识别 首次在空间转录组分析中同时引入节点掩码和边掩码机制,结合掩码图自编码器和掩码图对比学习模块,有效缓解了数据高稀疏性导致的不稳定性 未明确讨论方法在大规模数据集上的可扩展性以及掩码比例选择的敏感性 提升空间转录组数据中空间域识别的聚类准确性和批效应校正能力 空间转录组数据中的空间点(spot)及其空间邻域关系 机器学习 NA 空间转录组学 图神经网络, 图自编码器, 对比学习 图像, 文本 来自5个不同平台的8个数据集 NA 空间转录组学 NA NA
13 2026-09-10
Putative function and prognostic molecular marker of mast cells in colorectal cancer
2025-04-08, BMC medical genomics IF:2.1Q3
研究论文 本研究通过单细胞转录组数据分析结直肠癌中肥大细胞的功能、与恶性细胞的分子通讯,并构建基于肥大细胞标志物的预后分类模型 首次系统地解析结直肠癌中肥大细胞的异质性、功能及其与恶性细胞的分子通讯,并基于肥大细胞标志物构建并验证预后分类模型 未提供明确的局限性信息 剖析结直肠癌中的肥大细胞,表征其在肿瘤发展中的作用,协调肥大细胞与恶性细胞间的分子通讯,并构建和验证基于肥大细胞标志物的预后分类模型 结直肠癌患者样本及肥大细胞系(P815和MC-9)和结直肠癌细胞系(MC38) 基因组学、免疫学 结直肠癌 单细胞转录组测序、qRT-PCR、细胞共培养、细胞迁移和侵袭实验 LASSO回归、Cox回归模型 单细胞转录组数据、基因表达数据 单细胞转录组公共数据集GSE146771(包含10186个高质量细胞) NA 单细胞RNA-seq NA NA
14 2026-09-10
FOSB is a key factor in the genetic link between inflammatory bowel disease and acute myocardial infarction: multiple bioinformatics analyses and validation
2025-04-03, BMC medical genomics IF:2.1Q3
研究论文 本研究通过多生物信息学分析和验证,探讨炎症性肠病与急性心肌梗死之间的遗传关联,并找到关键基因FOSB。 首次通过多组学分析和机器学习方法系统识别IBD和AMI共享的关键基因,并结合单细胞测序和药物预测,为共病机制提供新见解。 研究基于公共数据库,样本数量和多样性有限,且未进行功能验证实验。 揭示炎症性肠病与急性心肌梗死共病的遗传机制,寻找潜在诊断标志物和治疗靶点。 炎症性肠病(克罗恩病和溃疡性结肠炎)和急性心肌梗死患者的相关基因表达数据(微阵列数据、单细胞测序数据)。 生物信息学、机器学习 炎症性肠病、急性心肌梗死 微阵列分析、差异表达基因分析、WGCNA、机器学习(LASSO、随机森林、Boruta)、qRT-PCR、Western blotting、单细胞测序、CMap数据库分析 LASSO、随机森林、Boruta 基因表达数据(微阵列数据)、单细胞测序数据 IBD和AMI相关微阵列数据集,特定样本数量未在摘要中提供 NCBI GEO 微阵列分析、单细胞RNA测序 GEO微阵列数据集(具体平台未指定) 未指定具体平台配置,使用NCBI GEO数据库中的现有数据集
15 2026-09-04
Comparison of Lean, Obese, and Weight-Loss Models Reveals TREM2 Deficiency Attenuates Breast Cancer Growth Uniquely in Lean Mice and Alters Clonal T-cell Populations
2025-04-03, Cancer research IF:12.5Q1
研究论文 本研究比较了瘦、肥胖和减重小鼠模型,发现TREM2缺乏仅在瘦小鼠中抑制乳腺癌生长并改变克隆性T细胞群体 首次揭示TREM2缺乏对乳腺癌的影响依赖于体重史,并联合单细胞RNA测序和VDJ测序分析肿瘤及邻近脂肪组织中免疫景观的差异 未提及具体限制 探讨TREM2缺乏对绝经后乳腺癌生长的影响,并考虑体重史条件,以及抗PD-1疗法在不同体重模型中的疗效 瘦、肥胖和减重小鼠模型中的乳腺癌肿瘤及肿瘤邻近乳腺脂肪组织免疫细胞 免疫学、癌症研究 乳腺癌 单细胞RNA测序、VDJ测序 小鼠模型 单细胞转录组和免疫组库数据 小鼠模型(具体数量未提供) NA 单细胞RNA测序、VDJ测序 NA NA
16 2026-09-03
Hypoxia Promotes Malignant Progression of Colorectal Cancer by Inducing POSTN+ Cancer-Associated Fibroblast Formation
2025-04, Molecular carcinogenesis IF:3.0Q2
研究论文 本研究通过生物信息学分析和体外实验,探索了缺氧通过诱导POSTN+癌症相关成纤维细胞形成促进结直肠癌恶性进展的机制 首次识别出与缺氧密切相关的POSTN+癌症相关成纤维细胞亚群,并构建了基于此的预后模型以预测患者生存和免疫治疗反应 摘要中未提及具体局限性 阐明缺氧如何调控结直肠癌免疫微环境,特别是诱导POSTN+癌症相关成纤维细胞形成的机制,并开发预测预后的模型 结直肠癌患者及其肿瘤组织中的癌症相关成纤维细胞亚群 数字病理学 结直肠癌 RNA测序、单细胞RNA测序 机器学习模型 基因表达数据(批量RNA-seq和单细胞RNA-seq) 来自TCGA和GEO数据库的结直肠癌患者样本,具体数量未披露 NA 批量RNA测序、单细胞RNA测序 NA NA
17 2026-09-02
Endogenous CD4+ T Cells That Recognize ALK and the NPM1::ALK Fusion Protein Can Be Expanded from Human Peripheral Blood
2025-04-02, Cancer immunology research IF:8.1Q1
研究论文 本研究首次在人类外周血中检测到针对ALK融合蛋白的CD4+ T细胞,并鉴定出其表位及T细胞受体 首次发现并扩展了人类外周血中针对ALK和NPM1::ALK融合蛋白的CD4+ T细胞,并鉴定出特定表位和HLA-DR13限制性T细胞受体 样本量较小(10名患者和6名健康供者),且未进行体内功能验证 探索ALK特异性CD4+ T细胞在外周血中的存在及其在ALK阳性恶性肿瘤免疫治疗中的潜在应用 ALK阳性间变性大细胞淋巴瘤缓解期患者和健康供者的外周血CD4+ T细胞 免疫学 间变性大细胞淋巴瘤 TCRαβ单细胞测序 TCR报告细胞系(58α-β-) 外周血细胞、肽段刺激数据 10名患者和6名健康供者 NA 单细胞TCR测序 NA NA
18 2026-09-02
PKCδ Germline Variants and Genetic Deletion in Mice Augment Antitumor Immunity through Regulation of Myeloid Cells
2025-04-02, Cancer immunology research IF:8.1Q1
研究论文 本研究通过结合种系变异分析和单细胞RNA测序,发现蛋白激酶Cδ(PKCδ)在调节髓系细胞状态和抗肿瘤免疫中发挥关键作用,可作为癌症免疫治疗的潜在靶点。 首次通过种系变异与肿瘤免疫基因特征关联分析,将PKCδ鉴定为癌症免疫治疗的新靶点,并利用单细胞RNA测序揭示其在髓系细胞中调控巨噬细胞M1/M2极化状态。 摘要中未提及局限性。 寻找与肿瘤T细胞浸润相关的种系变异,以鉴定癌症免疫治疗的新靶点。 小鼠模型和临床样本,包括基因敲除小鼠、抗PD-L1治疗模型及临床肿瘤样本。 免疫学、癌症研究 癌症 单细胞RNA测序、基因敲除 基因敲除小鼠模型 基因表达数据、单细胞转录组数据 小鼠模型及临床样本(具体数量未在摘要中提供) NA 单细胞RNA测序 NA NA
19 2026-08-30
Different inflammatory, fibrotic, and immunological signatures between pre-fibrotic and overt primary myelofibrosis
2025-04-01, Haematologica IF:8.2Q1
研究论文 利用单细胞RNA测序分析原发性骨髓纤维化(PMF)进展过程中骨髓细胞的炎症、纤维化和免疫学特征变化 首次在PMF进展中揭示巨核细胞亚群(尤其是EMT富集亚群)及HSPC、单核细胞和淋巴细胞的炎症/纤维化及免疫功能障碍的亚群特异性 未发现PMF进展中的决定性细胞亚群,且样本量可能有限 阐明PMF从纤维化前期向显性期进展的细胞机制,特别是巨核细胞亚群和其他造血细胞的功能变化 骨髓抽吸样本中的造血细胞,包括造血干细胞和祖细胞(HSPC)、巨核细胞、CD14+单核细胞、T细胞和NK细胞 数字病理学、机器学习 原发性骨髓纤维化 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 包含pre-PMF、显性PMF及其他骨髓增殖性肿瘤的病例 10x Genomics 单细胞RNA-seq 10x Chromium 10x Chromium Single Cell 3'
20 2026-08-30
Microglia-Derived IL-6 Promotes Müller Glia Reprogramming and Proliferation in Zebrafish Retina Regeneration
2025-04-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1
研究论文 本研究揭示了斑马鱼视网膜再生过程中,小胶质细胞来源的IL-6通过调节Jak1-Stat3信号通路促进Müller胶质细胞重编程和增殖的作用。 首次明确IL-6是斑马鱼视网膜损伤后激活Stat3信号通路的关键细胞因子,并揭示了其通过阶段性促炎和抗炎机制调节Müller胶质细胞重编程的新机制。 本研究主要基于斑马鱼模型,其在哺乳动物中的潜在应用尚需进一步验证。 探索IL-6在斑马鱼视网膜再生中的表达和功能。 斑马鱼视网膜中的Müller胶质细胞、小胶质细胞和神经细胞。 数字病理学 视网膜损伤 单细胞RNA测序、PCR、吗啉寡核苷酸、重组蛋白、药物处理 不适用 基因表达数据、图像 斑马鱼视网膜样本,具体数量未提供 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium单细胞RNA测序平台
回到顶部