单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 714 篇文献，本页显示第 141 - 160 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 141 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics predict novel potential regulators of acute epithelial restitution in the ischemia-injured intestine
2025-Mar-01, American journal of physiology. Gastrointestinal and liver physiology
DOI:10.1152/ajpgi.00194.2024
PMID:39853303
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学预测缺血损伤肠道中急性上皮修复的新型潜在调节因子 | 首次在猪模型中通过单细胞转录组学识别出表达细胞迁移通路的吸收性肠细胞亚群，并预测CSF-1作为年龄依赖性修复反应的上游调节因子 | 研究基于猪模型，需进一步验证在人类中的适用性；初步体外实验需要更深入的体内验证 | 探索缺血损伤肠道上皮修复的年龄依赖性机制，识别潜在治疗靶点 | 幼年和新生猪的缺血损伤肠道黏膜上皮细胞 | 单细胞生物学 | 肠道缺血损伤 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 幼猪缺血空肠恢复期黏膜上皮细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 142 | 2025-10-06 |
Unveiling a novel cancer hallmark by evaluation of neural infiltration in cancer
2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf082
PMID:40052442
|
研究论文 | 通过评估肿瘤微环境中的神经浸润程度，揭示其作为癌症标志物的作用 | 提出癌症相关神经浸润评分(C-Neural评分)，首次系统评估神经浸润作为癌症标志物的重要性 | 研究基于回顾性数据分析，需要更多实验验证 | 探索神经浸润在肿瘤微环境中的作用及其作为癌症标志物的潜力 | 10种癌症类型的肿瘤样本 | 生物信息学 | 癌症 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | 预测评分模型 | 基因表达数据 | 40个批量RNA-seq数据集和55个单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 143 | 2025-10-06 |
Accurate trajectory inference in time-series spatial transcriptomics with structurally-constrained optimal transport
2025-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.19.644194
PMID:40166168
|
研究论文 | 提出一种基于最优传输的时空轨迹推断方法SOCS，用于时间序列空间转录组数据 | 开发了保持生物结构完整性的轨迹推断方法，能够维持空间连续生物单元在时间上的结构一致性 | NA | 改进时间序列空间转录组数据中的轨迹推断准确性 | 空间连续生物单元（如卵巢滤泡、肾小管和肾小球） | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 最优传输 | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 144 | 2025-10-06 |
Assessing spatial sequencing and imaging approaches to capture the molecular and pathological heterogeneity of archived cancer tissues
2025-03, The Journal of pathology
IF:5.6Q1
DOI:10.1002/path.6383
PMID:39846232
|
研究论文 | 评估空间转录组学和成像方法在捕获存档癌症组织分子和病理异质性方面的应用 | 首次系统评估多种空间转录组协议和成像方法在FFPE存档组织中的表现，整合基因表达谱与病理信息绘制新的分子图谱 | 研究仅使用皮肤来源的组织样本，存储时间范围为4-14年 | 评估空间转录组技术在存档癌症组织中解析异质性的技术性能和应用价值 | 福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)的皮肤癌组织 | 数字病理学 | 皮肤癌 | 空间转录组学, 单分子成像, 多重蛋白成像 | NA | 空间转录组数据, 成像数据 | 不同存储时间(4-14年)的FFPE组织样本，涵盖不同RNA质量 | NA | 空间转录组学, 单分子RNA成像, 多重蛋白成像 | NA | 两种测序基础的空间转录组协议, multiplex RNAScope, CODEX |
| 145 | 2025-10-06 |
In mice, discrete odors can selectively promote the neurogenesis of sensory neuron subtypes that they stimulate
2025-Mar-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.02.10.579748
PMID:38405728
|
研究论文 | 研究发现特定气味能选择性促进小鼠嗅觉感觉神经元亚型的神经发生 | 首次证明离散气味能特异性加速对其敏感的嗅觉神经元亚型的生成速率 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在其它哺乳动物中验证 | 探究嗅觉刺激如何影响特定嗅觉感觉神经元亚型的神经发生 | 小鼠嗅觉感觉神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序, 亚型特异性神经元出生日期标记 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 146 | 2025-10-06 |
Immunosuppressive microenvironment of liver restrains chemotherapeutic efficacy in triple-negative breast cancer
2025-Mar-06, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-010871
PMID:40050043
|
研究论文 | 本研究揭示了三阴性乳腺癌肝转移灶化疗疗效减弱的免疫微环境机制 | 首次通过单细胞RNA测序比较肝转移灶与原发灶免疫微环境差异，发现巨噬细胞活化不足导致CD8+T细胞浸润受阻是肝转移灶化疗耐药的关键机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床样本验证有限；免疫抑制机制可能涉及更多未探索的细胞类型和信号通路 | 探究三阴性乳腺癌肝转移灶化疗疗效减弱的免疫微环境机制 | 三阴性乳腺癌肝转移灶和原发灶的肿瘤微环境 | 单细胞测序分析 | 三阴性乳腺癌 | 单细胞RNA测序，免疫组织化学，伤口愈合实验，集落形成实验，流式细胞术 | 小鼠肿瘤模型 | 单细胞RNA测序数据，组织切片图像，流式细胞数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 147 | 2025-10-06 |
Decoding the blueprints of embryo development with single-cell and spatial omics
2025-03, Seminars in cell & developmental biology
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.semcdb.2025.01.002
PMID:39889540
|
综述 | 深入探讨单细胞和空间组学技术在胚胎发育研究中的最新进展与应用前景 | 系统梳理单细胞测序技术和空间转录组学在胚胎发育研究中的独特优势与创新应用策略 | NA | 解析胚胎发育过程中细胞分化和形态发生的分子机制 | 胚胎发育过程 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序, 空间转录组学, 多组学技术 | NA | 转录组数据, 多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 148 | 2025-10-06 |
Cell states and neighborhoods in distinct clinical stages of primary and metastatic esophageal adenocarcinoma
2025-Mar-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.17.608386
PMID:39229240
|
研究论文 | 通过多组学分析揭示食管腺癌原发和转移性肿瘤的细胞状态、表观遗传可塑性及空间定位特征 | 首次在食管腺癌中整合单核转录组、染色质可及性测序和空间分析，识别了五种恶性细胞程序及其与表观遗传可塑性的关联 | 样本量未明确说明，需依赖外部数据集进行验证 | 解析食管腺癌疾病进展和治疗反应的细胞机制 | 原发性和转移性食管腺癌肿瘤组织 | 数字病理学 | 食管腺癌 | 单核转录组测序, 染色质可及性测序, 空间分析 | NA | 转录组数据, 表观遗传数据, 空间数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 149 | 2025-10-06 |
Platelet-mediated circulating tumor cell evasion from natural killer cell killing through immune checkpoint CD155-TIGIT
2025-Mar-01, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000000934
PMID:38779918
|
研究论文 | 本研究揭示了血小板通过CD155-TIGIT免疫检查点帮助循环肿瘤细胞逃避自然杀伤细胞杀伤的新机制 | 首次发现血小板黏附通过FAK/JNK/c-Jun信号通路上调CTC的CD155表达，并特异性通过TIGIT受体（而非CD96或DNAM1）抑制NK细胞活性 | NA | 探索循环肿瘤细胞在血液传播过程中如何逃避免疫监视的机制 | 循环肿瘤细胞、血小板、自然杀伤细胞 | 肿瘤免疫学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序、多重免疫荧光、体外实验、离体实验、体内实验 | NA | RNA测序数据、图像数据 | 多种癌症类型的血液样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 150 | 2025-10-06 |
Single‑cell transcriptomic analysis revealed the tumor‑associated microenvironment of papillary thyroid carcinoma with metastasis
2025-Mar, Oncology letters
IF:2.5Q3
DOI:10.3892/ol.2025.14876
PMID:40496475
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示了转移性甲状腺乳头状癌的肿瘤相关微环境特征 | 首次在单细胞水平上系统比较了转移性PTC、非转移性PTC和正常组织中免疫细胞的异质性，发现M2巨噬细胞、DC2s和Tregs与淋巴结转移相关 | 样本数量有限，仅分析了单个转移性PTC病例 | 探究甲状腺乳头状癌转移的免疫微环境机制 | 转移性甲状腺乳头状癌患者组织、非转移性PTC组织和癌旁正常组织 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 1例转移性PTC患者的多组组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 151 | 2025-10-06 |
Pharmacological insights into targeting PI3K/Akt and NF-κB pathways for treating endometriosis-associated infertility
2025 Mar-Apr, Pakistan journal of pharmaceutical sciences
IF:0.7Q4
PMID:40501243
|
研究论文 | 本研究通过靶向PI3K/Akt和NF-κB信号通路探讨子宫内膜异位症相关不孕的机制及潜在药物治疗靶点 | 首次在子宫内膜异位症不孕研究中系统整合单细胞RNA测序、细胞培养和动物模型验证PI3K/Akt和NF-κB通路的治疗潜力 | 样本量有限（300例），缺乏多中心验证数据 | 阐明子宫内膜异位症相关不孕的分子机制并识别潜在药物靶点 | 300例子宫内膜异位症患者（轻度和重度）及对照组人群 | 生殖医学 | 子宫内膜异位症 | 单细胞RNA测序，细胞培养，动物模型 | 动物模型 | 临床数据，分子表达数据，单细胞测序数据 | 300例患者（分轻度、重度和对照组） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 152 | 2025-10-06 |
Identification of a liver fibrosis and disease progression-related transcriptome signature in non-alcoholic fatty liver disease
2025-03, The international journal of biochemistry & cell biology
DOI:10.1016/j.biocel.2025.106751
PMID:39909111
|
研究论文 | 本研究通过建立11个枢纽基因的转录组特征来识别非酒精性脂肪肝病患者的肝纤维化程度和疾病进展 | 首次建立了包含11个枢纽基因的转录组特征，能够区分NAFLD患者的轻度或晚期纤维化，并在单细胞水平验证了该特征与肝星状细胞活化的相关性 | 研究主要基于公共数据库的转录组数据，需要进一步实验验证基因特征的临床适用性 | 建立能够识别NAFLD患者肝纤维化程度和监测疾病进展的转录组特征 | 非酒精性脂肪肝病患者和肝星状细胞 | 生物信息学 | 非酒精性脂肪肝病 | 转录组测序，单细胞转录组测序，LASSO回归分析 | LASSO回归模型 | 基因表达数据 | 6个批量转录组数据集和1个单细胞转录组数据集 | NA | 批量RNA测序，单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 153 | 2025-10-06 |
The end of the genetic paradigm of cancer
2025-Mar, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3003052
PMID:40100793
|
评论文章 | 本文讨论基因组测序和单细胞转录组学如何挑战癌症作为'遗传疾病'的传统观点 | 提出需要超越遗传范式，结合细胞状态动态和组织场概念来解释癌症发生机制 | 主要基于理论讨论，缺乏具体实验验证数据 | 探讨癌症发生机制的理论框架，挑战体细胞突变理论 | 癌症基因组数据和生物学理论 | 癌症生物学 | 癌症 | 基因组测序, 单细胞转录组学 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 154 | 2025-10-06 |
Identification of Causal Plasma Proteins in Hepatocellular Carcinoma via Two-Sample Mendelian Randomization and Integrative Transcriptomic‒Proteomic Analysis
2025-03-01, Cancer research communications
IF:2.0Q3
DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0553
PMID:39991825
|
研究论文 | 通过两样本孟德尔随机化和整合转录组-蛋白质组分析鉴定肝细胞癌中的因果血浆蛋白 | 首次结合大规模血浆蛋白质组数据和孟德尔随机化方法鉴定肝细胞癌的因果血浆蛋白，并通过单细胞RNA测序数据和分子对接验证 | 研究依赖于UK Biobank Pharma Proteomics Project的数据，样本来源相对单一 | 鉴定肝细胞癌的早期诊断和治疗靶点 | 肝细胞癌患者和相关的血浆蛋白质 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 两样本孟德尔随机化，单细胞RNA测序，分子对接 | 孟德尔随机化模型 | 蛋白质组数据，基因组数据，单细胞RNA测序数据 | UK Biobank Pharma Proteomics Project的大规模样本 | NA | 蛋白质组学，单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 155 | 2025-10-06 |
BubR1 Controls Heart Development by Promoting Expression of Cardiogenesis Regulators
2025-Mar-18, Journal of the American Heart Association
IF:5.0Q1
DOI:10.1161/JAHA.124.038286
PMID:40055864
|
研究论文 | 本研究通过心脏特异性敲除BubR1基因，揭示了其在心脏发育中的关键调控作用 | 首次发现BubR1通过调控关键心脏发育基因表达和Wnt信号通路来确保心脏形态发生的正常时序 | 研究仅限于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证 | 探究BubR1基因突变导致先天性心脏缺陷的分子机制 | 小鼠胚胎心脏发育过程 | 发育生物学 | 先天性心脏病 | 单细胞RNA测序，轨迹分析，CellChat信号通路分析 | 基因敲除小鼠模型 | 单细胞转录组数据 | 条件性基因敲除小鼠胚胎 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 156 | 2025-10-06 |
Pharmacological activation of STAT1-GSDME pyroptotic circuitry reinforces epigenetic immunotherapy for hepatocellular carcinoma
2025-Mar-06, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2024-332281
PMID:39486886
|
研究论文 | 本研究通过药理学激活STAT1-GSDME焦亡回路，开发了一种针对肝细胞癌的表观遗传免疫治疗新策略 | 首次揭示了选择性I类HDAC抑制剂CXD101通过STAT1-GSDME焦亡回路增强免疫检查点阻断治疗的机制 | 研究主要基于临床前模型，临床转化效果需进一步验证 | 开发克服肝细胞癌免疫检查点阻断耐药的新型联合疗法 | 肝细胞癌患者和ICB耐药原位及自发模型 | 表观遗传学与免疫治疗 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, 单细胞多组学, 染色质免疫沉淀测序 | NA | 基因表达数据, 表观遗传数据, 免疫表型数据 | 来自pembrolizumab试验的肝细胞癌患者队列和4种ICB耐药模型 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 157 | 2025-10-06 |
Proximal tubule cells contribute to the thin descending limb of the loop of Henle during mouse kidney development
2025-Mar-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.14.633065
PMID:39868227
|
研究论文 | 本研究通过整合小鼠肾脏单细胞RNA测序数据和谱系追踪实验，揭示了近端小管细胞在肾脏发育过程中对髓袢降支细段形成的贡献 | 首次发现近端小管细胞可分化形成髓袢降支细段细胞，并证实转录因子Hnf4a在此过程中的关键调控作用 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类或其他物种中验证 | 探究肾脏发育过程中髓袢降支细段细胞的起源和形成机制 | 发育中的小鼠肾脏细胞 | 发育生物学 | 肾脏发育疾病 | 单细胞RNA测序，谱系追踪，基因敲除 | NA | 单细胞基因表达数据 | 整合多个非突变发育小鼠肾脏数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 158 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptome analysis reveals atypical monocytes circulating ahead of acute graft-versus-host disease clinical onset
2025-Mar-14, Journal of leukocyte biology
IF:3.6Q2
DOI:10.1093/jleuko/qiae229
PMID:39432735
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析发现急性移植物抗宿主病临床发病前循环中的非典型单核细胞 | 首次在aGVHD临床发病前长达18天的血液样本中发现特定单核细胞和细胞毒性T细胞亚群，并鉴定出CD163/SIGLEC1共表达单核细胞作为早期生物标志物 | 样本量较小（3例患者+1例对照），需要更大规模研究验证 | 探索急性移植物抗宿主病的早期诊断生物标志物 | 异基因造血干细胞移植患者的外周血单个核细胞 | 数字病理学 | 移植物抗宿主病 | 单细胞RNA测序，流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据，流式细胞数据 | 3例aGVHD患者+4例对照患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 159 | 2025-10-06 |
CoupleVAE: coupled variational autoencoders for predicting perturbational single-cell RNA sequencing data
2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf126
PMID:40178283
|
研究论文 | 提出一种名为CoupleVAE的耦合变分自编码器方法，用于预测扰动后的单细胞RNA测序数据 | 通过两个耦合的VAE和连接器实现潜在空间中更复杂的单细胞状态转换，在三个真实数据集上验证了其优越性能 | NA | 预测单细胞扰动响应，解决计算生物学领域的关键挑战 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 变分自编码器(VAE) | 基因表达数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 160 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomic analysis and luteolin treatment reveal three adipogenic genes, including Aspn, Htra1 and Efemp1
2025-03, Biochimica et biophysica acta. Molecular and cell biology of lipids
DOI:10.1016/j.bbalip.2024.159585
PMID:39662603
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析发现Aspn、Htra1和Efemp1是木犀草素可上调的脂肪生成抑制基因 | 首次通过比较肥胖与瘦小鼠脂肪干祖细胞的单细胞转录组数据，鉴定出三个新的脂肪生成抑制基因，并发现木犀草素能逆转这些基因的表达下调 | 研究主要基于小鼠模型和3T3-L1细胞系，尚未在人类样本中验证 | 鉴定新的脂肪生成相关基因并探索木犀草素的调控作用 | 小鼠皮下脂肪组织中的脂肪干祖细胞和3T3-L1前脂肪细胞系 | 单细胞组学 | 肥胖 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 三个独立单细胞RNA测序数据集 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |