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当前共找到 726 篇文献，本页显示第 141 - 160 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 141 | 2025-10-06 |
CellPie: a scalable spatial transcriptomics factor discovery method via joint non-negative matrix factorization
2025-Mar-20, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf251
PMID:40167331
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研究论文 | 提出了一种基于联合非负矩阵分解的空间转录组学因子发现方法CellPie | 通过联合分析空间RNA转录本和组织学图像特征，采用加速分层最小二乘法显著减少计算时间 | NA | 开发高效的空间转录组学因子发现方法 | 三种不同空间分辨率的人类癌症类型 | 空间转录组学 | 癌症 | 空间转录组学 | 非负矩阵分解 | 空间RNA转录数据, 组织学图像特征 | 三种人类癌症类型 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium HD | 高分辨率Visium HD数据集 |
| 142 | 2025-10-06 |
scVAEDer: integrating deep diffusion models and variational autoencoders for single-cell transcriptomics analysis
2025-Mar-21, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03519-4
PMID:40119479
|
研究论文 | 提出结合变分自编码器和深度扩散模型的scVAEDer方法，用于单细胞转录组数据的嵌入学习和分析 | 首次将变分自编码器与深度扩散模型相结合，学习同时保留全局结构和局部变异的单细胞数据表示 | NA | 开发用于单细胞转录组数据分析的深度学习方法 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 变分自编码器, 深度扩散模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 143 | 2025-10-06 |
Integrative single-cell analysis reveals transcriptional and epigenetic regulatory features of human developmental dysplasia of the hip
2025-Mar-26, Osteoarthritis and cartilage
IF:7.2Q1
DOI:10.1016/j.joca.2025.02.788
PMID:40154730
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研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序和染色质可及性分析揭示人类发育性髋关节发育不良的转录和表观遗传调控特征 | 首次在DDH软骨中发现具有独特分子特征的炎症性软骨细胞群体，并重建了软骨细胞的分化轨迹 | 样本量相对有限，需要更大规模的研究验证发现 | 理解DDH发展中的特定软骨细胞组成，识别有效的生物标志物，阐明驱动DDH进展的基因调控元件 | 人类发育性髋关节发育不良患者的软骨组织 | 数字病理学 | 发育性髋关节发育不良 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 免疫组织化学检测 | NA | 单细胞转录组数据, 染色质可及性数据, 组织图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 144 | 2025-10-06 |
Continuous replenishment of the dysfunctional CD8 T cell axis is associated with response to chemoimmunotherapy in advanced breast cancer
2025-Mar-18, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2025.101973
PMID:39983715
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研究论文 | 通过单细胞测序技术分析晚期乳腺癌患者对化疗免疫联合治疗的免疫应答机制 | 首次结合单细胞RNA测序和T细胞受体测序揭示化疗免疫治疗应答患者的CD8 T细胞动态变化特征 | 样本量较小（27例患者），仅针对三阴性乳腺癌 | 探究肿瘤免疫微环境如何影响晚期乳腺癌患者对化疗免疫联合治疗的应答 | 27例转移性三阴性乳腺癌患者的40份活检样本 | 单细胞测序分析 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 单细胞T细胞受体测序 | NA | 单细胞转录组数据, T细胞受体序列数据 | 27例患者的40份活检样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞TCR-seq | NA | NA |
| 145 | 2025-10-06 |
Identification of drug-resistant individual cells within tumors by semi-supervised transfer learning from bulk to single-cell transcriptome
2025-Mar-31, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-07959-3
PMID:40164749
|
研究论文 | 提出一种半监督少样本迁移学习方法SSDA4Drug，用于从批量转录组向单细胞转录组迁移药物敏感性知识，识别肿瘤中的耐药细胞 | 首次采用半监督对抗域适应方法从批量转录组向单细胞转录组迁移药物敏感性知识，仅需1-2个标记样本即可显著提升单细胞药物反应预测性能 | 未明确说明方法在更大规模数据集上的泛化能力及计算效率 | 开发单细胞水平药物反应预测方法，识别肿瘤中的耐药细胞亚群 | 肿瘤细胞（肺癌细胞、口腔鳞状细胞癌细胞、前列腺癌细胞） | 机器学习 | 肺癌 | 单细胞RNA测序，转录组分析 | 半监督对抗域适应，迁移学习 | 转录组数据 | 多个独立单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 146 | 2025-10-06 |
The neutrophil extracellular trap-related gene FPR1 (formyl peptide receptor 1) as a potential prognostic and therapeutic target in osteosarcoma
2025-Mar-31, BMC musculoskeletal disorders
IF:2.2Q3
DOI:10.1186/s12891-024-08231-1
PMID:40165145
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研究论文 | 本研究探讨了中性粒细胞胞外诱捕网相关基因FPR1在骨肉瘤中的预后价值和生物学功能 | 首次构建了骨肉瘤中NET相关基因预后模型，并在单细胞分辨率验证了FPR1的抑癌作用和免疫调节功能 | 研究主要基于公共数据库分析，需要进一步实验验证 | 探究FPR1基因在骨肉瘤中的预后意义和生物学功能 | 骨肉瘤患者和骨肉瘤细胞系 | 生物信息学 | 骨肉瘤 | LASSO算法, 单细胞RNA测序, CIBERSORT算法, CCK-8检测, Transwell实验 | 预后模型 | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | TARGET和GEO数据库中的骨肉瘤数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 147 | 2025-10-06 |
Enhancing anti-CD3 mAb-mediated diabetes remission in autoimmune diabetes through regulation of dynamin-related protein 1(Drp1)-mediated mitochondrial dynamics in exhausted CD8+T-cell subpopulations
2025-Mar-31, BMC medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1186/s12916-025-04001-5
PMID:40165248
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研究论文 | 本研究通过调控耗竭CD8+T细胞中线粒体动力学，增强抗CD3单抗在自身免疫性糖尿病中的治疗效果 | 首次发现富亮氨酸重复激酶2通过磷酸化动力相关蛋白1调控线粒体分裂，影响耗竭CD8+T细胞亚群间的相互转化 | 研究主要基于小鼠模型，人体验证样本有限 | 探索通过调控T细胞能量代谢增强糖尿病免疫治疗效果的机制 | NOD小鼠、NY8.3小鼠、HEK-293T细胞系、原代细胞及1型糖尿病患者外周血单个核细胞 | 免疫学 | 1型糖尿病 | 流式细胞术、单细胞RNA测序、批量RNA测序、T细胞受体测序 | NA | 基因表达数据、蛋白质数据、细胞表型数据 | 小鼠模型和1型糖尿病患者PBMCs | NA | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | NA | NA |
| 148 | 2025-10-06 |
Chromosome-level genome assembly and single-cell analysis unveil molecular mechanisms of arm regeneration in the ophiuroid Ophiura sarsii vadicola
2025-Mar-31, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03542-5
PMID:40165295
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研究论文 | 本研究通过染色体级别基因组组装和单细胞分析揭示了蛇尾类动物臂再生的分子机制 | 首次报道了Ophiura sarsii vadicola的染色体级别基因组，并结合单细胞RNA测序揭示了再生过程中的细胞动态变化 | NA | 探究蛇尾类动物臂再生的分子机制 | 蛇尾类动物Ophiura sarsii vadicola | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 149 | 2025-10-06 |
Dynamic single-cell transcriptomic reveals the cellular heterogeneity and a novel fibroblast subpopulation in laryngotracheal stenosis
2025-Mar-31, Biology direct
IF:5.7Q1
DOI:10.1186/s13062-025-00639-6
PMID:40165307
|
研究论文 | 本研究通过动态单细胞转录组测序揭示了喉气管狭窄发展过程中的细胞异质性，并发现了一种新型成纤维细胞亚群 | 首次对喉气管狭窄进行动态单细胞RNA测序，发现并鉴定了一个表达软骨生成标志物的新型成纤维细胞亚群CIRF | 研究基于大鼠模型，结果向人类临床转化的有效性需要进一步验证 | 探索喉气管狭窄发展过程中的细胞异质性及其分子机制 | 喉气管狭窄大鼠模型的喉气管组织 | 单细胞转录组学 | 喉气管狭窄 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 喉气管狭窄大鼠模型多个时间点的组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 150 | 2025-10-06 |
Exploring the mechanisms of PANoptosis in osteoarthritis and the therapeutic potential of andrographolide through bioinformatics and single-cell analysis
2025-Mar-31, Biology direct
IF:5.7Q1
DOI:10.1186/s13062-025-00629-8
PMID:40165317
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研究论文 | 通过生物信息学和单细胞分析探索骨关节炎中PANoptosis机制及穿心莲内酯的治疗潜力 | 首次系统分析骨关节炎中PANoptosis相关基因，并发现穿心莲内酯作为潜在治疗药物 | 研究主要基于生物信息学分析和体外实验，需要进一步体内实验验证 | 探索骨关节炎中PANoptosis机制及寻找治疗药物 | 骨关节炎软骨组织和软骨细胞 | 生物信息学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序,分子对接,Western blotting,qRT-PCR | NA | 基因表达数据,单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 151 | 2025-10-06 |
scRNA-seq of the intestine reveals the key role of mast cells in early gut dysfunction associated with acute pancreatitis
2025-Mar-28, World journal of gastroenterology
IF:4.3Q1
DOI:10.3748/wjg.v31.i12.103094
PMID:40182603
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究急性胰腺炎早期肠道功能障碍中肥大细胞的关键作用 | 首次在单细胞水平揭示急性胰腺炎早期肠道屏障功能障碍中肥大细胞通过分泌CCL5促进中性粒细胞和巨噬细胞浸润的新机制 | 研究样本量相对有限，仅包含正常组和两个不同时间点的急性胰腺炎模型 | 探索急性胰腺炎相关肠道损伤的生物学过程和机制，寻找早期预防或治疗肠道屏障损伤的潜在靶点 | 小鼠小肠组织细胞 | 单细胞组学 | 急性胰腺炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 33232个细胞，包含正常组、AP1组(4次雨蛙素注射)和AP2组(8次雨蛙素注射) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 152 | 2025-10-06 |
A single-cell atlas of spatial and temporal gene expression in the mouse cranial neural plate
2025-Mar-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.25.609458
PMID:39229123
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序构建了小鼠胚胎颅神经管闭合过程中时空基因表达图谱 | 首次系统分析了颅神经板闭合过程中870个基因的空间调控表达模式，并揭示了SHH信号在前脑、中脑和后脑中的不同转录调控程序 | 研究仅限于小鼠模型，未涉及其他物种验证 | 研究早期哺乳动物大脑发育过程中的转录调控事件 | 小鼠胚胎颅神经板 | 单细胞基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 六个连续发育阶段的小鼠胚胎样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 153 | 2025-10-06 |
MAEST: accurately spatial domain detection in spatial transcriptomics with graph masked autoencoder
2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf086
PMID:40052440
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研究论文 | 提出一种名为MAEST的图神经网络模型，用于空间转录组数据中的空间域检测 | 使用图掩码自编码器进行去噪和表示精炼，结合图对比学习防止特征崩溃，集成单跳和多跳表示捕获局部和全局空间关系 | 未在摘要中明确说明 | 提高空间转录组数据中空间域识别的准确性和鲁棒性 | 人类大脑、小鼠海马体、嗅球、大脑和胚胎等多种组织的空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组技术 | 图神经网络(GNN)、图掩码自编码器、图对比学习 | 基因表达谱空间数据 | 多个数据集，包括人类大脑、小鼠海马体、嗅球、大脑和胚胎 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 154 | 2025-10-06 |
Inferring gene regulatory networks from time-series scRNA-seq data via GRANGER causal recurrent autoencoders
2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf089
PMID:40062616
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研究论文 | 提出一种名为GRANGER的无监督深度学习方法，用于从时间序列单细胞RNA测序数据推断基因调控网络 | 整合循环变分自编码器、格兰杰因果关系、稀疏诱导惩罚和基于负二项分布的损失函数，专门针对时间序列scRNA-seq数据的高噪声和稀疏性问题 | 未明确提及具体局限性 | 开发能够准确推断时间序列单细胞RNA测序数据中基因调控网络的新方法 | 小鼠全脑单细胞RNA测序数据和五个转录调控因子(E2f7, Gbx1, Sox10, Prox1, Onecut2) | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 循环变分自编码器 | 时间序列单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 155 | 2025-10-06 |
scMUG: deep clustering analysis of single-cell RNA-seq data on multiple gene functional modules
2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf138
PMID:40188497
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研究论文 | 本文提出了一种整合基因功能模块信息的单细胞RNA测序数据深度聚类分析方法scMUG | 首次将基因功能关联信息整合到单细胞RNA测序聚类分析中，并提出了结合局部密度和全局分布的新型相似性度量方法 | NA | 解决单细胞RNA测序数据的高维稀疏性问题，提升细胞聚类分析性能 | 人类单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度聚类 | 基因表达数据 | 9个人类单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 156 | 2025-10-06 |
Exploring the regulatory role of CNPY3 as a prognostic biomarker on human glioma cell migration, invasion and immune infiltration
2025-Mar, Cancer biomarkers : section A of Disease markers
IF:2.2Q3
DOI:10.1177/18758592251328162
PMID:40171811
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研究论文 | 本研究探讨CNPY3作为预后生物标志物在胶质瘤细胞迁移、侵袭和免疫浸润中的调控作用 | 首次系统研究CNPY3在胶质瘤中的调控机制，揭示其与免疫微环境和肿瘤细胞迁移侵袭的关系 | 研究主要基于公共数据库分析和体外细胞实验，缺乏体内实验验证 | 探索CNPY3作为预后生物标志物在胶质瘤中的调控作用 | 人类胶质瘤细胞和公共数据库中的胶质瘤临床数据 | 生物信息学 | 胶质瘤 | 生物信息学分析，细胞划痕实验，transwell实验，单细胞测序 | COX回归分析，GSVA分析 | 基因表达数据，临床数据，单细胞测序数据 | 公共数据库中的胶质瘤样本和U87MG细胞系 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 157 | 2025-10-06 |
Biophysical and Biochemical Roles of Shear Stress on Endothelium: A Revisit and New Insights
2025-Mar-28, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325685
PMID:40146803
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综述 | 回顾血流剪切应力对内皮细胞的生物物理特性和生化效应及其在心血管病理生理中的作用 | 整合生物物理与生化视角探讨剪切应力机制，涵盖单细胞测序、空间组学等新兴技术 | 未涉及具体实验数据，主要基于现有文献综合分析 | 阐明剪切应力在血管稳态维持和心血管疾病发展中的作用机制 | 内皮细胞及心血管系统 | 生物医学工程 | 心血管疾病 | 单细胞测序, 空间组学, 代谢组学, 多组学技术 | NA | 文献数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 158 | 2025-10-06 |
Dynamic cellular composition and immune landscape revealed by single-cell transcriptome profiling in a brain arteriovenous malformation
2025-Mar-27, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-025-01590-5
PMID:40146346
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研究论文 | 通过单细胞转录组测序揭示脑动静脉畸形中的动态细胞组成和免疫景观变化 | 首次在脑动静脉畸形中应用单细胞RNA测序技术，发现单核细胞-内皮细胞相互作用的抑制和NK细胞相互作用的促进可能是疾病进展的新机制 | 仅分析了一个bAVM样本和三个健康对照样本，样本量较小 | 探索脑动静脉畸形的免疫机制和细胞组成变化 | 脑动静脉畸形组织和健康脑组织 | 单细胞测序 | 脑血管疾病 | 单细胞RNA测序 | 细胞聚类分析 | 单细胞转录组数据 | 1个bAVM样本和3个健康对照样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 159 | 2025-10-06 |
Uncovering Hippo pathway-related biomarkers in acute myocardial infarction via scRNA-seq binding transcriptomics
2025-Mar-26, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-94820-6
PMID:40133574
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序识别急性心肌梗死中Hippo信号通路相关生物标志物 | 首次结合单细胞RNA测序和机器学习算法鉴定出五个AMI特异性生物标志物，并预测了179种潜在治疗药物 | 研究样本量有限，需要在更大队列中验证生物标志物的临床价值 | 探索急性心肌梗死的发病机制并寻找诊断生物标志物 | 急性心肌梗死患者和对照人群 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, qRT-PCR, Western blot | 机器学习算法 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 160 | 2025-10-06 |
Clonal expansion dictates the efficacy of mitochondrial lineage tracing in single cells
2025-Mar-26, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03540-7
PMID:40134031
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研究论文 | 本研究通过计算建模和单细胞基因组学探讨了mtDNA变异作为细胞谱系追踪标记的有效性 | 揭示了克隆扩增程度决定线粒体谱系追踪效果的关键机制，并开发了谱系信息评分系统 | 研究主要基于计算模拟和特定生物场景，需要在更多实验条件下验证 | 评估mtDNA变异作为内源性条形码在单细胞水平追踪人类细胞谱系的有效性 | 线粒体DNA变异在不同生物环境中的克隆动态 | 计算生物学 | NA | 单细胞基因组学, 计算建模 | 计算模型 | 基因组数据 | NA | NA | 单细胞基因组学 | NA | NA |