单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 923 篇文献，本页显示第 141 - 160 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 141 | 2025-04-02 |
Defining gastric cancer ecology: the crucial roles of TREM2+ macrophages and fibroblasts in tumor microenvironments
2025-Mar-28, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-07512-2
PMID:40155473
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research paper | 该研究探讨了TREM2+脂质相关巨噬细胞（LAM）和癌症相关成纤维细胞（CAFs）在胃癌微环境中的调控作用 | 揭示了CAFs通过CXCL12-CXCR4信号轴增强TREM2 LAMs的免疫抑制能力，促进胃癌细胞增殖并抑制凋亡的新机制 | 研究主要基于体外实验，需进一步在体内模型中验证 | 阐明胃癌微环境中TREM2+巨噬细胞和CAFs的相互作用机制及其对疾病进展的影响 | 胃癌微环境中的TREM2+脂质相关巨噬细胞和癌症相关成纤维细胞 | 肿瘤微环境研究 | 胃癌 | 单细胞RNA测序和批量RNA分析 | NA | RNA测序数据 | NA |
| 142 | 2025-04-02 |
Cytolytic γδ T-cells and IFNγ-producing CD4-lymphocytes characterise the early response to MTBVAC tuberculosis vaccine
2025-Mar-28, NPJ vaccines
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41541-025-01110-3
PMID:40155627
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research paper | 该研究深入分析了MTBVAC结核疫苗候选株引发的急性免疫反应，揭示了CD4和细胞毒性γδ T细胞的扩增特征 | 首次发现MTBVAC激活的γδ T细胞具有独特的细胞毒性CD16GZMB表型，类似于控制结核分枝杆菌感染的效应细胞 | 研究仅关注早期免疫反应，未评估长期保护效果 | 探究MTBVAC疫苗引发的早期免疫反应特征 | MTBVAC疫苗刺激后的免疫细胞反应 | 免疫学 | 结核病 | scRNA-seq, 流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据, 流式细胞数据 | 未明确说明样本数量 |
| 143 | 2025-04-02 |
DNA methylation memory of pancreatic acinar-ductal metaplasia transition state altering Kras-downstream PI3K and Rho GTPase signaling in the absence of Kras mutation
2025-Mar-28, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-025-01452-6
PMID:40156071
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research paper | 该研究探讨了在无致癌基因突变的情况下，胰腺腺泡-导管化生（ADM）过渡状态细胞如何获得并保留表观遗传记忆 | 揭示了ADM过渡状态下Kras下游PI3K和Rho GTPase信号通路的DNA甲基化记忆，即使在基因表达恢复正常后，这种差异甲基化仍然存在 | 研究主要基于转基因小鼠模型，人类样本验证有限 | 探究无致癌基因突变情况下ADM过渡状态的表观遗传记忆机制 | KLF4诱导的ADM转基因小鼠和人类胰腺上皮内瘤变（PanIN）样本 | 表观遗传学 | 胰腺导管腺癌（PDAC） | DNA甲基化组测序、转录组测序、单细胞空间转录组学 | 转基因小鼠模型 | DNA甲基化数据、转录组数据 | 转基因小鼠在不同时间点的ADM样本和人类PanIN样本 |
| 144 | 2025-04-02 |
sEV-mediated intercellular transformation from MGAT4AHigh to MGAT4ALow tumor cells via the HOTAIRM1/miR-196b-5p axis promotes apoptosis resistance in CTCL
2025-Mar-28, Oncogene
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41388-025-03356-6
PMID:40155530
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研究论文 | 该研究探讨了sEVs中介导的HOTAIRM1/miR-196b-5p/MGAT4A轴在CTCL中促进凋亡抵抗的机制 | 揭示了HOTAIRM1/miR-196b-5p/MGAT4A轴在CTCL中的作用机制，并展示了工程化sEVs在CTCL治疗中的潜在应用 | 研究主要基于体外和动物模型，尚未在临床环境中验证 | 探究HOTAIRM1/miR-196b-5p/MGAT4A轴在CTCL凋亡抵抗中的作用及其治疗潜力 | CTCL肿瘤细胞和良性CD4+ T细胞 | 肿瘤生物学 | 皮肤T细胞淋巴瘤(CTCL) | 全转录组测序、scRNA-Seq | NA | 基因表达数据 | NA |
| 145 | 2025-04-02 |
Stromal Stiffness-Regulated IGF2BP2 in Pancreatic Cancer Drives Immune Evasion via Sphingomyelin Metabolism
2025-Mar-28, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2025.03.019
PMID:40158738
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研究论文 | 本研究探讨了胰腺导管腺癌(PDAC)中m6A修饰与免疫逃逸的关联及机制，并提出了临床干预策略 | 首次揭示了基质硬度调控的IGF2BP2通过鞘磷脂代谢促进PDAC免疫逃逸的分子机制 | 研究主要基于体外模型和小鼠实验，临床转化仍需进一步验证 | 阐明m6A修饰与PDAC免疫逃逸的关系并开发治疗策略 | 胰腺导管腺癌(PDAC)患者样本和模型 | 肿瘤免疫学 | 胰腺癌 | 转录组分析、成像质谱流式、m6A定量、MeRIP、RIP、RNA pull-down、scRNA-seq、流式细胞术、mIHC | PDAC类器官、患者来源组织片段、人源化小鼠模型 | 转录组数据、蛋白质组数据、影像数据 | 122例PDAC患者多模态队列+6个独立验证队列 |
| 146 | 2025-04-02 |
Epigenetic alteration of smooth muscle cells regulates endothelin-dependent blood pressure and hypertensive arterial remodeling
2025-Mar-27, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI186146
PMID:40146226
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研究论文 | 研究平滑肌细胞(SMC)表观遗传变化如何调节内皮素依赖性血压和高血压动脉重塑 | 通过GWAS和精细定位发现KDM6 (JMJD3)位点的rs62059712变异与血压调节相关，并揭示了JMJD3在SMC中的功能机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类数据验证有限 | 探索高血压中平滑肌细胞功能调控的遗传和表观遗传机制 | 平滑肌细胞(SMC)和高血压相关基因 | 心血管疾病 | 高血压 | GWAS, 统计精细定位, scRNA-seq | SMC特异性Jmjd3缺陷小鼠模型(Jmjd3flox/floxMyh11CreERT) | 基因组数据, 转录组数据 | 人类动脉单细胞RNA测序数据和小鼠模型 |
| 147 | 2025-04-02 |
TMEM55A-mediated PI5P signalling regulates alpha cell actin depolymerisation and glucagon secretion
2025-Mar-26, Diabetologia
IF:8.4Q1
DOI:10.1007/s00125-025-06411-9
PMID:40140059
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research paper | 研究揭示了TMEM55A通过调控细胞内PI5P和F-actin网络来调节α细胞胞吐作用和胰高血糖素分泌的新途径 | 发现了TMEM55A通过PI5P信号调控α细胞F-actin解聚和胰高血糖素分泌的新机制 | 研究主要基于体外实验，需要进一步在体内验证 | 验证TMEM55A及其潜在信号分子在α细胞功能和胰高血糖素分泌中的作用 | 人和小鼠的胰岛α细胞 | 细胞生物学 | 糖尿病 | 膜片钳电生理学、单细胞RNA测序、共聚焦显微镜 | NA | 电生理记录、RNA测序数据、显微镜图像 | 人和小鼠的胰岛α细胞 |
| 148 | 2025-04-02 |
Integrative spatial omics reveals distinct tumor-promoting multicellular niches and immunosuppressive mechanisms in Black American and White American patients with TNBC
2025-Mar-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.17.585428
PMID:38562769
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research paper | 该研究通过整合空间组学技术，揭示了非裔美国人和白人三阴性乳腺癌患者中不同的肿瘤促进多细胞生态位和免疫抑制机制 | 首次使用成像质谱流式和空间转录组学相结合的多组学方法，系统比较了不同种族TNBC患者的肿瘤微环境特征 | 样本量相对有限，且仅针对美国黑人和白人患者群体 | 探究三阴性乳腺癌临床结果种族差异的生物学机制 | 自我认定为非裔美国人(BA)和白人(WA)的三阴性乳腺癌患者 | digital pathology | breast cancer | imaging mass cytometry, spatial transcriptomics | NA | spatial omics data | BA和WA TNBC患者样本 |
| 149 | 2025-04-02 |
Human long noncoding RNA VILMIR is induced by major respiratory viral infections and modulates the host interferon response
2025-Mar-25, Journal of virology
IF:4.0Q2
DOI:10.1128/jvi.00141-25
PMID:40130878
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research paper | 该研究通过大规模转录组数据分析，发现并验证了一种新型长链非编码RNA VILMIR，其在多种呼吸道病毒感染中被诱导表达，并调控宿主干扰素反应 | 首次鉴定出VILMIR作为一种新型干扰素刺激基因(ISG)，在流感、SARS-CoV-2和RSV等多种呼吸道病毒感染中发挥调控作用 | VILMIR的具体作用机制尚未完全阐明，需要进一步研究 | 鉴定在人类呼吸道病毒感染中起关键作用的新型lncRNA靶点 | 人类上皮细胞系(A549、SUP-T1、THP-1)和COVID-19患者的支气管肺泡灌洗液样本 | 分子生物学 | 呼吸道病毒感染(流感、COVID-19、RSV) | RNA-seq(包括bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq) | NA | 转录组数据 | 多种人类细胞系和COVID-19患者样本 |
| 150 | 2025-04-02 |
TNFR1-mediated senescence and lack of TNFR2-signaling limit human intervertebral disc cell repair potential in degenerative conditions
2025-Mar-24, Osteoarthritis and cartilage
IF:7.2Q1
DOI:10.1016/j.joca.2025.02.791
PMID:40139648
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research paper | 该研究探讨了在疼痛性椎间盘退变（IVDD）进展中，促炎性TNFα受体1（TNFR1）和促修复性TNFR2信号的作用机制及治疗靶点 | 研究发现IVDD条件下hAF细胞的代谢率降低、炎症反应减弱和衰老现象主要由TNFR1信号主导，而TNFR2信号在原生IVD细胞中缺失，提示增强TNFR2信号可能需要引入其他表达TNFR2的细胞 | 研究未涉及TNFR2信号在IVD修复中的具体作用机制，且样本来源有限 | 识别疼痛性椎间盘退变（IVDD）进展中的机制和治疗靶点 | IVDD组织和细胞，人类纤维环（hAF）细胞 | 生物医学 | 椎间盘退变 | scRNA-seq, bulk RNA-seq, 多重蛋白阵列 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据 | IVDD和尸检来源的组织和细胞 |
| 151 | 2025-04-02 |
CellBouncer, A Unified Toolkit for Single-Cell Demultiplexing and Ambient RNA Analysis, Reveals Hominid Mitochondrial Incompatibilities
2025-Mar-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.23.644821
PMID:40166335
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research paper | 介绍了一个名为CellBouncer的计算工具包，用于解复用和分析来自合并实验的单细胞测序数据 | CellBouncer能够分离和量化多物种和多个体细胞混合物，识别细胞中未知的线粒体单倍型，从脂质缀合条形码或CRISPR sgRNAs分配处理，并推断池组成，性能优于现有方法 | NA | 开发一个计算工具包，用于解复用和分析单细胞测序数据，以支持合并实验的设计 | 单细胞测序数据，特别是来自合并实验的数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | NA | 单细胞测序数据 | 10个细胞融合系 |
| 152 | 2025-04-02 |
CellPie: a scalable spatial transcriptomics factor discovery method via joint non-negative matrix factorization
2025-Mar-20, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf251
PMID:40167331
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研究论文 | 介绍了一种名为CellPie的快速无监督因子发现方法，用于联合非负矩阵分解空间RNA转录本和组织学图像特征 | CellPie采用加速分层最小二乘法显著减少计算时间，适用于高维空间转录组数据集 | NA | 开发一种高效的空间转录组学因子发现方法 | 空间RNA转录本和组织学图像特征 | 空间转录组学 | 癌症 | 非负矩阵分解(NMF) | NA | 空间RNA转录本和组织学图像 | 三种不同空间分辨率的人类癌症类型数据集，包括高分辨率Visium HD数据集 |
| 153 | 2025-04-02 |
scMEDAL for the interpretable analysis of single-cell transcriptomics data with batch effect visualization using a deep mixed effects autoencoder
2025-Mar-19, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-6081478/v1
PMID:40166015
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research paper | 介绍了一种名为scMEDAL的框架，用于单细胞转录组数据的可解释性分析，通过深度混合效应自编码器进行批次效应可视化 | scMEDAL通过两个互补的自编码器网络分别建模批次不变和批次特异性效应，结合对抗学习和贝叶斯自编码器，增强了数据的准确性和可解释性 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中技术和生物批次效应的混淆问题 | 单细胞转录组数据 | 生物信息学 | 自闭症、白血病、心血管疾病 | scRNA-seq | 深度混合效应自编码器（deep mixed effects autoencoder） | 单细胞转录组数据 | NA |
| 154 | 2025-04-02 |
A tissue-scale strategy for sensing threats in barrier organs
2025-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.19.644134
PMID:40166266
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research paper | 研究揭示了屏障器官在组织尺度上采用分层威胁感知策略，以平衡宿主保护与组织损伤 | 通过单分子成像和空间转录组学技术，发现了屏障器官中PRR表达的空间梯度导致细胞类型特异性威胁感知概率的分层策略 | 研究主要基于流感感染的肺部模型，可能不适用于所有屏障器官或感染类型 | 探究屏障器官如何评估威胁并调整免疫反应以平衡宿主保护与组织损伤 | 流感感染中的肺部组织 | 免疫学 | 流感 | 单分子成像, 空间转录组学 | NA | 图像, 转录组数据 | NA |
| 155 | 2025-04-02 |
Spatial analysis of IPMNs defines a paradoxical KRT17-positive, low-grade epithelial population harboring malignant features
2025-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.18.643943
PMID:40166305
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research paper | 该研究通过空间转录组学分析IPMNs，发现了一个具有恶性特征的KRT17阳性低级别上皮细胞亚群 | 识别出IPMN中KRT17阳性低级别上皮细胞亚群，这些细胞具有恶性转录特征，可能代表向高级别不典型增生过渡的状态 | 研究样本量有限，需要更大规模的验证 | 探究IPMN进展过程中的转录变化，提高对IPMN恶性风险的评估准确性 | 胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤(IPMN)患者样本 | digital pathology | pancreatic cancer | spatial transcriptomics, single cell RNA sequencing, immunofluorescence | NA | transcriptomic data, imaging data | 包含IPMN疾病全谱的患者样本(低级别不典型增生、高级别不典型增生和IPMN来源的癌) |
| 156 | 2025-04-02 |
VISTA Uncovers Missing Gene Expression and Spatial-induced Information for Spatial Transcriptomic Data Analysis
2025-Mar-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.26.609718
PMID:40166134
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research paper | 本文介绍了一种名为VISTA的新方法，旨在预测空间转录组学（SST）数据中未观测到的基因表达水平 | VISTA通过变分推理和几何深度学习联合建模scRNA-seq数据和SST数据，并引入不确定性量化，填补了SST数据中基因表达缺失的空白 | 尽管VISTA在SST数据中表现出色，但其性能可能受到SST技术本身基因数量限制的影响 | 解决空间转录组学（SST）数据中基因表达缺失的问题，提升空间诱导细胞状态和特征的理解 | 空间转录组学（SST）数据和单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据 | digital pathology | NA | scRNA-seq, SST | variational inference, geometric deep learning | gene expression data | 四个SST数据集 |
| 157 | 2025-04-02 |
Integrated 'omics analysis reveals human milk oligosaccharide biosynthesis programs in human lactocytes
2025-Mar-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.17.643803
PMID:40166160
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研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序数据和特定HMO浓度测量，揭示了人乳寡糖（HMO）在乳腺中的复杂生物合成途径 | 鉴定了已知HMO合成基因在乳腺上皮细胞亚群中的差异表达模式，并提名了几个与HMO浓度变化相关的候选基因，同时发现了可能调控HMO生物合成基因表达的新基因模式和转录因子 | 研究主要基于单细胞RNA测序数据，可能未完全覆盖HMO生物合成的所有调控机制 | 揭示人乳寡糖（HMO）在乳腺中的生物合成途径及其调控机制 | 乳腺上皮细胞（lactocytes） | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA测序数据 | 未明确提及样本数量 |
| 158 | 2025-04-02 |
Inhibition of astrocyte signaling leads to sex-specific changes in microglia phenotypes in a diet-based model of small cerebral vessel disease
2025-Mar-17, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-6198453/v1
PMID:40166012
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research paper | 研究探讨了在高同型半胱氨酸血症（HHcy）饮食模型中，星形胶质细胞信号对微胶质细胞表型的性别特异性影响 | 揭示了星形胶质细胞通过CN/NFAT信号通路对微胶质细胞表型的性别特异性调控机制 | 研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类样本 | 探究星形胶质细胞信号在HHcy诱导的小脑血管疾病中对微胶质细胞表型的影响 | C57BL/6J小鼠的星形胶质细胞和微胶质细胞 | 神经科学 | 小脑血管疾病 | 免疫组织化学、单细胞RNA测序（scRNAseq） | NA | 基因表达数据、免疫组织化学图像 | 7至8周龄的雄性和雌性C57BL/6J小鼠 |
| 159 | 2025-04-02 |
Androgen Signaling in Type 2 Innate Lymphoid Cells Drives Sex Differences in Helicobacter -Induced Gastric Inflammation and Atrophy
2025-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.14.643321
PMID:40166158
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research paper | 研究雄激素信号在2型先天淋巴细胞中的作用及其对幽门螺杆菌诱导的胃炎症和萎缩的性别差异的影响 | 揭示了雄激素通过调节ILC2活性抑制幽门螺杆菌诱导的胃炎症，为男性胃癌发病率与年龄相关的增加提供了机制性解释 | 研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证 | 探讨雄激素如何影响幽门螺杆菌感染的胃炎症反应并导致疾病进展的性别差异 | 雄激素和2型先天淋巴细胞（ILC2s）在幽门螺杆菌感染中的作用 | 免疫学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序，ILC2和T细胞缺陷小鼠模型 | 小鼠模型 | 基因表达数据 | 雄性和雌性C57BL/6小鼠 |
| 160 | 2025-04-02 |
Single-cell multiomics reveals disrupted glial gene regulatory programs in Alzheimer's disease via interpretable machine learning
2025-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.14.643349
PMID:40166228
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研究论文 | 本研究通过单细胞多组学技术和可解释机器学习，揭示了阿尔茨海默病中胶质细胞基因调控程序的紊乱 | 结合单细胞转录组和染色质可及性数据，开发了多组学整合分析流程，并发现了SLC家族基因在多种胶质细胞类型中的重要作用 | 样本量相对有限（26个人脑样本），且仅针对胶质细胞亚群进行研究 | 探究阿尔茨海默病的细胞和分子机制 | 人脑胶质细胞亚群 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | scRNA-seq, scATAC-seq | 可解释机器学习 | 单细胞多组学数据 | 26个人脑样本 |