单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2025-05-16	Pulmonary Myeloid Cells in Mild Cases of COVID-19 Upregulate the Intracellular Fc Receptor TRIM21 and Transcribe Proteasome-Associated Molecules 2025-Mar-19, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26062769 PMID:40141410	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术分析了轻度和重度COVID-19患者支气管肺泡灌洗液中的细胞群体，重点研究了TRIM21及其下游信号分子的转录情况	揭示了TRIM21在轻度COVID-19患者髓系细胞中的上调表达及其通过蛋白酶体途径减少病毒载量的潜在保护机制	研究仅基于转录组数据，缺乏蛋白质水平和功能验证	探究COVID-19患者肺部免疫细胞中Fc受体TRIM21的表达模式及其在病毒感染中的作用	健康人群和COVID-19患者（轻度和重度）的支气管肺泡灌洗液样本	免疫学	COVID-19	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，包含健康人群、轻度COVID-19患者和重度COVID-19患者三类
122	2025-05-16	Integrated Analysis of Bulk and Single-Cell RNA Sequencing Data Reveal a Novel Prognostic Signature of Combining Cuproptosis- and Ferroptosis-Related Genes in Hepatocellular Carcinoma 2025-Mar-19, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26062779 PMID:40141422	研究论文	通过整合分析批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，研究铜死亡和铁死亡相关基因在肝细胞癌中的预后特征	首次构建了基于铜死亡和铁死亡相关基因的评分模型，并揭示了其与免疫特征、药物敏感性和单细胞特征的关联	研究依赖于公共数据集，未进行实验验证	探索铜死亡和铁死亡相关基因在肝细胞癌预后和治疗中的作用	肝细胞癌患者	生物信息学	肝细胞癌	RNA测序（批量RNA测序和单细胞RNA测序）	CFRG评分模型、PCA、WGCNA	基因表达数据	未明确说明样本数量
123	2025-05-16	Diverse Subsets of γδT Cells and Their Specific Functions Across Liver Diseases 2025-Mar-19, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26062778 PMID:40141420	research paper	该文章探讨了γδT细胞在多种肝脏疾病中的功能多样性和调控机制	利用高通量单细胞测序和空间转录组学揭示了γδT细胞亚群（特别是Vδ1和Vδ2）的显著异质性及其在肝脏疾病中的不同免疫作用	γδT细胞的功能多样性和调控机制尚未完全理解	研究γδT细胞在肝脏疾病中的功能多样性和调控机制，探索其治疗潜力	γδT细胞及其亚群（Vδ1、Vδ2、γδT17等）	免疫学	肝脏疾病（病毒性肝炎、非酒精性脂肪肝病、酒精性肝病、肝纤维化、自身免疫性肝病和肝细胞癌）	高通量单细胞测序、空间转录组学	NA	单细胞测序数据、转录组数据	NA
124	2025-05-16	Inflammatory Transformation of Skin Basal Cells as a Key Driver of Cutaneous Aging 2025-Mar-14, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26062617 PMID:40141258	研究论文	本研究通过单细胞测序、转录组学和面部衰老相关的全基因组关联研究（GWAS）数据，全面调查了皮肤衰老过程中角质形成细胞亚群的异质性和发育轨迹	识别了基底细胞分化的两条不同路径，并揭示了衰老过程中IFI27细胞比例的增加及其炎症和免疫调节信号的活跃性	NA	揭示皮肤衰老的复杂细胞和分子机制，为新的诊断方法和治疗干预提供潜在靶点	角质形成细胞亚群（基底细胞、棘细胞和IFI27角质形成细胞）	生物医学研究	皮肤衰老	单细胞测序、转录组学、GWAS	NA	基因组数据、转录组数据	NA
125	2025-05-16	Single-Cell Analysis of Molecular Mechanisms in Rapid Antler Osteogenesis During Growth and Ossification Stages 2025-Mar-14, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26062642 PMID:40141284	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，全面分析了梅花鹿鹿角在生长和骨化阶段的快速成骨分子调控机制	首次在单细胞水平上揭示了鹿角生长和骨化阶段的基因表达模式及细胞间动态相互作用	研究仅针对梅花鹿鹿角，结果可能不适用于其他哺乳动物的骨再生过程	探究哺乳动物中唯一可完全再生骨组织（鹿角）的快速成骨分子机制	梅花鹿鹿角在生长和骨化阶段的细胞类型及其分子特征	单细胞组学	骨质疏松症	单细胞RNA测序（scRNA-seq），bulk RNA测序	NA	基因表达数据	梅花鹿鹿角在生长和骨化阶段的多种细胞类型（8种主要细胞类型及其亚群）
126	2025-05-16	Impact of Peripheral Inflammation on Blood-Brain Barrier Dysfunction and Its Role in Neurodegenerative Diseases 2025-Mar-09, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26062440 PMID:40141084	综述	探讨外周炎症对血脑屏障功能障碍的影响及其在神经退行性疾病中的作用	强调了肠-脑轴在血脑屏障完整性中的关键作用，以及肠道菌群失调和慢性炎症通过免疫和代谢途径对屏障破坏的贡献	关于血脑屏障功能障碍的精确机制仍存在关键知识空白	研究外周炎症、肠道菌群和血脑屏障功能障碍之间的分子机制，及其在神经退行性疾病中的作用	血脑屏障、外周炎症、肠道菌群、神经退行性疾病	神经科学	阿尔茨海默病、帕金森病	单细胞转录组学、器官芯片模型	NA	文献数据	涵盖2015年至2025年的出版物
127	2025-05-16	Construction of T-Cell-Related Prognostic Risk Models and Prediction of Tumor Immune Microenvironment Regulation in Pancreatic Adenocarcinoma via Integrated Analysis of Single-Cell RNA-Seq and Bulk RNA-Seq 2025-Mar-07, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26062384 PMID:40141028	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，构建了与T细胞相关的预后风险模型，并预测了胰腺腺癌的肿瘤免疫微环境调控	首次基于T细胞标记基因构建了胰腺腺癌的预后风险模型，并探索了该模型与免疫治疗效果的相关性	研究依赖于公开数据库的数据，未进行独立的外部验证	预测胰腺腺癌患者的预后和免疫治疗效果	胰腺腺癌患者	数字病理学	胰腺癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq	预后风险模型	RNA测序数据	来自GEO和TCGA数据库的胰腺腺癌样本
128	2025-05-16	scSAMAC: saliency-adjusted masking induced attention contrastive learning for single-cell clustering 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf128 PMID:40131310	研究论文	提出了一种名为scSAMAC的新方法，用于单细胞数据的聚类分析，该方法结合了对比学习和负二项损失到变分自编码器中，以提高聚类的鲁棒性和泛化能力	scSAMAC方法通过基因特征显著性调整构建掩码模块，选择对聚类阶段更具影响力的特征，并模拟数据缺失事件，同时开发了包含软k均值损失、Wasserstein距离和对比损失的新损失函数，以充分利用数据信息并提高聚类性能	NA	提高单细胞数据的聚类性能，以便更好地分析下游所需的清晰细胞类型	单细胞测序数据	机器学习	NA	单细胞测序技术	变分自编码器（VAE）	单细胞测序数据	NA
129	2025-05-16	The Spatial Transcriptomic Atlas of Human Limbus and Vital Niche Microenvironment Regulating the Fate of Limbal Epithelial Stem Cells 2025-Mar-03, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.3.52 PMID:40131296	研究论文	本研究利用空间转录组技术生成了人类角膜缘的空间图谱，并揭示了角膜缘上皮干细胞（LESCs）与微环境之间的深层相互作用	首次绘制了人类角膜缘的空间转录组图谱，并发现GPHB5可能作为LESCs的新型潜在生物标志物	样本量相对较小，仅分析了每个样本中的400多个位点	揭示角膜缘微环境对LESCs命运的调控机制	人类角膜缘组织及角膜缘上皮干细胞（LESCs）	空间转录组学	角膜疾病	空间转录组技术、单细胞RNA测序	NA	空间转录组数据、单细胞RNA测序数据	每个样本分析超过400个位点
130	2025-05-16	A Comprehensive Analysis of Epoxide Hydrolase 2 (EPHX2) in Pan-Cancer 2025-Mar, Cancer reports (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/cnr2.70188 PMID:40129060	研究论文	本研究全面分析了环氧水解酶2（EPHX2）在泛癌中的表达、诊断和预后意义，并探讨了其在肿瘤免疫微环境中的潜在作用	首次详细描述了EPHX2在泛癌中的预后景观，并探索了其与肿瘤免疫浸润的潜在关系	EPHX2在不同类型癌症中的保护或有害作用机制尚不完全清楚	详细描述EPHX2在泛癌中的预后景观，并探索其与肿瘤免疫微环境的潜在关系	环氧水解酶2（EPHX2）及其在人类恶性肿瘤中的表达和作用	生物信息学	泛癌	基因集变异分析（GSVA）、qPCR实验、单细胞测序	NA	基因表达数据、免疫治疗数据、药物敏感性数据	33种肿瘤的遗传变异数据及多种癌细胞系的qPCR验证
131	2025-05-16	Identification of RCC2 as a Risk Gene Associated With Basal Cell Carcinoma and Experimental Validation 2025-Mar, Experimental dermatology IF:3.5Q1 DOI:10.1111/exd.70082 PMID:40129067	研究论文	通过多组学孟德尔随机化分析和体外实验验证，鉴定出与基底细胞癌风险相关的基因RCC2	首次通过多组学孟德尔随机化分析结合体外实验验证，发现RCC2基因与基底细胞癌风险相关，并证实抑制RCC2可抑制A431细胞增殖	研究主要基于体外细胞实验，尚未进行体内动物模型验证	鉴定基底细胞癌的新型风险基因并探索其治疗潜力	基底细胞癌相关基因和A431细胞系	生物信息学	基底细胞癌	孟德尔随机化分析、eQTL/mQTL/pQTL分析、转录组分析、siRNA转染	NA	多组学数据（基因组、表观组、转录组）和细胞实验数据	GEO数据库转录组数据和A431细胞系
132	2025-05-15	Insights into the single-cell transcriptome characteristics of porcine endometrium with embryo loss 2025-Mar-31, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202402212RR PMID:40105155	研究论文	本研究通过构建单细胞转录组图谱，揭示了猪子宫内膜在胚胎丢失和成功妊娠状态下的分子特征和细胞亚群差异	首次在猪模型中系统比较胚胎丢失与成功妊娠子宫内膜的单细胞转录组特征，发现纤毛细胞在胚胎丢失组织中更活跃，并揭示了与胚胎附着相关的信号网络差异	研究仅聚焦于围植入期，未涵盖整个妊娠过程；样本量可能有限	探究猪生殖障碍的子宫内膜微环境分子机制	猪子宫内膜组织（胚胎丢失组与成功妊娠组）	单细胞转录组学	生殖障碍	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	未明确说明样本数量（包含胚胎丢失和成功妊娠两组子宫内膜组织）
133	2025-05-15	Investigating the Prognostic Role of Telomerase-Related Cellular Senescence Gene Signatures in Breast Cancer Using Machine Learning 2025-Mar-30, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13040826 PMID:40299459	research paper	本研究通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，建立了一个与端粒维持和细胞衰老相关的基因特征，用于乳腺癌的预后预测	提出了一个包含19个关键端粒和衰老相关基因的新型预后特征，并通过多独立队列验证了其预测准确性	研究依赖于公共数据库数据，可能受到样本选择和批次效应的影响	研究端粒和细胞衰老相关基因特征在乳腺癌预后中的作用	乳腺癌患者	digital pathology	breast cancer	RNA-seq, scRNA-seq, IHC	random survival forests, ridge regression	RNA sequencing data, protein expression data	来自TCGA和GEO数据库的多个独立队列数据
134	2025-05-15	Migrasome-Related Genes as Potential Prognosis and Immunotherapy Response Predictors for Colorectal Cancer 2025-Mar-26, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13040799 PMID:40299331	research paper	该研究通过生物信息学分析迁移体相关基因，识别出T1MP1、CXCL8和MGP在结直肠癌预后和免疫治疗反应中的重要作用	首次探索迁移体相关基因在结直肠癌预后和免疫治疗反应中的潜在作用，并识别出三个关键基因作为预后生物标志物	研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证	探索迁移体相关基因在结直肠癌预后和免疫治疗反应中的作用	结直肠癌患者和迁移体相关基因	生物信息学	结直肠癌	WGCNA, 单细胞RNA-seq, 回归分析	风险模型	基因表达数据	TCGA-CRC数据集和GSE231559单细胞RNA-seq数据集
135	2025-05-15	Adhesion-Assisted Antioxidant-Engineered Mesenchymal Stromal Cells for Enhanced Cardiac Repair in Myocardial Infarction 2025-03-25, ACS nano IF:15.8Q1 DOI:10.1021/acsnano.5c00820 PMID:40073336	research paper	本研究通过化学修饰间充质基质细胞（MSCs）增强其在心肌梗死（MI）中的存活和修复能力	使用抗VCAM1和聚多巴胺（PD）化学修饰MSCs，显著提高细胞存活率并促进心脏修复	研究仅在大鼠模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	提高MSCs在心肌梗死治疗中的疗效	间充质基质细胞（MSCs）和心肌梗死（MI）模型	再生医学	心血管疾病	化学修饰、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	大鼠模型
136	2025-05-15	An atlas of early human mandibular endochondral and osteogenic paracrine signaling regions of Meckel's cartilage 2025-Mar-25, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2420466122 PMID:40096606	研究论文	通过单细胞RNA测序和单细胞空间转录组学分析，建立了人类胎儿7至15周后受孕的Meckel软骨时空图谱，揭示了其在下颌骨骨化中的作用	揭示了Meckel软骨通过两种不同机制参与下颌骨骨化，前部MC可分化为成骨细胞，中间MC通过细胞间通讯促进膜内骨化	研究主要基于人类胎儿样本，可能无法完全反映成人或疾病状态下的情况	探究Meckel软骨在下颌骨骨化中的作用机制	人类胎儿7至15周后受孕的Meckel软骨	发育生物学	口腔颅面疾病	单细胞RNA测序, 单细胞空间转录组学分析	小鼠体内谱系追踪模型	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	人类胎儿7至15周后受孕的样本
137	2025-05-15	Dnmt3a-mediated hypermethylation of FoxO3 promotes redox imbalance during osteoclastogenesis 2025-Mar-25, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2418023122 PMID:40106360	研究论文	本研究揭示了Dnmt3a介导的FoxO3高甲基化在破骨细胞生成过程中促进氧化还原失衡的作用机制	首次发现Dnmt3a通过调控FoxO3启动子甲基化影响破骨细胞生成，为骨质疏松治疗提供了新的表观遗传靶点	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限	探究FoxO3在破骨细胞生成和骨质疏松中的作用机制	FoxO3转录因子、Dnmt3a甲基转移酶、破骨细胞	表观遗传学	骨质疏松症	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	Lysm-Cre;FoxO3 OVX小鼠模型	基因表达数据、甲基化数据	人类股骨头样本和小鼠模型
138	2025-05-15	IGF1 Signaling Regulates Neuropeptide Expression in Hypothalamic Neurons Under Physiological and Pathological Conditions 2025-Mar-24, Endocrinology IF:3.8Q2 DOI:10.1210/endocr/bqaf051 PMID:40105689	研究论文	本研究探讨了胰岛素样生长因子1（IGF1）在下丘脑神经元中的作用及其调控机制	揭示了IGF1信号在生理和病理条件下对下丘脑神经元神经肽表达的调控作用，并发现高胰岛素血症是导致细胞IGF1抵抗的新机制	研究主要基于小鼠和人类模型，可能无法完全反映人体内的复杂情况	探究IGF1在下丘脑神经元中的作用及其调控机制	下丘脑神经元，特别是NPY/AgRP和POMC神经元	神经科学	代谢性疾病	RT-qPCR, 单细胞RNA测序	小鼠和人类模型	基因表达数据	NA
139	2025-05-15	Constructing a disease-specific ceRNA coregulatory network for keratoconus diagnosis and landscape of the immune environment 2025-Mar-22, International ophthalmology IF:1.4Q3 DOI:10.1007/s10792-025-03488-4 PMID:40119981	research paper	该研究构建了圆锥角膜(KC)的疾病特异性ceRNA共调控网络，用于KC的早期诊断和免疫环境分析	首次构建了KC的疾病特异性PPI和ceRNA网络，开发了基于ElasticNet算法的诊断模型和列线图，并揭示了KC患者的免疫微环境特征	研究依赖于公共数据库的转录组数据，样本量可能有限	确定KC的潜在疾病特异性基因标志物并分析其免疫环境	圆锥角膜(KC)患者	digital pathology	keratoconus	RNA-seq, 单细胞测序分析	ElasticNet	转录组数据	来自GEO和ArrayExpress数据库的KC患者和对照组数据
140	2025-05-15	Inhibition of stromal MAOA leading activation of WNT5A enhance prostate cancer immunotherapy by involving the transition of cancer-associated fibroblasts 2025-Mar-22, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010555 PMID:40121032	研究论文	该研究探讨了基质细胞中MAOA抑制通过激活WNT5A增强前列腺癌免疫治疗的机制	揭示了MAOA在基质细胞中通过WNT5A-Ca2+-NFATC1信号通路调节CD8+ T细胞活性的新机制，并提出了MAOA抑制剂与免疫检查点抑制剂联合治疗的新策略	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人类临床试验中验证	阐明MAOA在前列腺癌免疫微环境中的作用并探索其治疗潜力	前列腺癌基质细胞和免疫微环境	肿瘤免疫学	前列腺癌	单细胞测序、体外共培养、小鼠移植瘤模型、双人源化小鼠模型	动物模型（C57BL/6J小鼠）	基因表达数据、免疫细胞活性数据	未明确说明具体样本量，涉及小鼠模型和体外细胞实验