单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 714 篇文献，本页显示第 121 - 140 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 121 | 2025-10-06 |
Alevin-fry-atac enables rapid and memory frugal mapping of single-cell ATAC-seq data using virtual colors for accurate genomic pseudoalignment
2025-Mar-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.27.625771
PMID:39677745
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研究论文 | 本文介绍了一种用于单细胞ATAC-seq数据快速映射的新工具alevin-fry-atac，采用虚拟颜色增强的伪对齐方案 | 提出了一种改进的伪对齐方案，通过将参考基因组划分为'虚拟颜色'（重叠的固定最大范围区域），解决了大基因组参考映射的挑战 | NA | 开发快速、内存高效且准确的单细胞ATAC-seq数据处理方法 | 单细胞ATAC-seq数据的映射和处理 | 生物信息学 | NA | 单细胞ATAC-seq | 伪对齐算法 | 基因组测序数据 | NA | NA | 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 122 | 2025-10-06 |
Radiation-induced cellular plasticity primes glioblastoma for forskolin-mediated differentiation
2025-Mar-04, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2415557122
PMID:40009641
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研究论文 | 本研究利用辐射诱导的细胞可塑性状态，联合毛喉素促进胶质母细胞瘤细胞分化 | 发现辐射可诱导胶质瘤细胞进入多能状态，为毛喉素介导的分化治疗创造机会 | NA | 探索辐射联合毛喉素对胶质母细胞瘤分化治疗的效果 | 胶质母细胞瘤细胞系、胶质瘤干细胞、小鼠模型 | 肿瘤学 | 胶质母细胞瘤 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 极限稀释实验 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 123 | 2025-10-06 |
Spatial transcriptomics identifies molecular niche dysregulation associated with distal lung remodeling in pulmonary fibrosis
2025-Mar, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-025-02080-x
PMID:39901013
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学技术揭示了肺纤维化中远端肺重塑相关的分子生态位失调 | 开发了基于图像的空间转录组学方法，结合细胞基础和细胞不可知分析，首次在肺纤维化中识别出分子定义的多样化空间生态位 | 研究样本数量相对有限（35个肺组织），且主要关注肺纤维化特定病理阶段 | 解析肺纤维化疾病发病机制中的空间背景和分子变化 | 人类肺组织样本，包括对照和肺纤维化患者的远端肺组织 | 空间转录组学 | 肺纤维化 | 空间转录组学，机器学习，轨迹分析 | 机器学习模型 | 空间基因表达数据，图像数据 | 35个独特肺组织的160万个细胞 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 124 | 2025-10-06 |
CellBouncer, A Unified Toolkit for Single-Cell Demultiplexing and Ambient RNA Analysis, Reveals Hominid Mitochondrial Incompatibilities
2025-Mar-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.23.644821
PMID:40166335
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研究论文 | 开发了一个用于单细胞测序数据解复用和环境RNA分析的计算工具包CellBouncer | 提出能够分离和量化多物种、多个体细胞混合物，识别未知线粒体单倍型，分配脂质偶联条形码或CRISPR sgRNAs处理，并推断池组成的统一工具包 | NA | 开发用于分析混合单细胞测序数据的计算方法 | 多物种和多个体细胞混合物，四倍体复合细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | 计算工具包 | 单细胞测序数据 | 10个细胞融合系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 液滴单细胞测序 |
| 125 | 2025-10-06 |
Protocol to recover single-cell gene expression profiles from spatial transcriptomics data using cluster computing
2025-Mar-21, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.103636
PMID:39946238
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研究论文 | 提出一种从低分辨率空间转录组数据中恢复单细胞基因表达谱的计算协议 | 开发了scResolve协议，能够在集群计算环境中通过并行计算加速数据处理，从多细胞分辨率数据中恢复单细胞级表达谱 | NA | 解决空间转录组技术在单细胞分辨率分析上的限制 | 空间转录组数据 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium | Visium空间转录组技术 |
| 126 | 2025-10-06 |
Exploration of Conserved Human Adipose Subpopulations Using Targeted Single-Nuclei RNA Sequencing Data Sets
2025-Mar-18, Journal of the American Heart Association
IF:5.0Q1
DOI:10.1161/JAHA.124.038465
PMID:40094187
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序数据探索人类脂肪组织中保守的周细胞亚群及其成脂分化潜力 | 首次在人类多种脂肪组织中鉴定出表达PPARG的周细胞亚群，并发现其具有独特的组织特异性基因表达特征 | 人类与小鼠脂肪细胞群体的差异可能限制动物模型研究的直接应用 | 分子定义人类脂肪组织中的祖细胞群体并测试人类周细胞的成脂潜力 | 人类脂肪组织中的周细胞和脂肪祖细胞，包括血管周围、棕色和白色脂肪组织 | 单细胞生物学 | 代谢疾病 | 单细胞RNA测序，免疫荧光染色，体外分化实验 | NA | 单细胞RNA测序数据，图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 127 | 2025-10-06 |
Exploring and mitigating shortcomings in single-cell differential expression analysis with a new statistical paradigm
2025-Mar-17, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03525-6
PMID:40098192
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研究论文 | 提出GLIMES统计框架以解决单细胞差异表达分析中的关键挑战 | 开发了基于广义泊松/二项混合效应模型的新统计范式，直接利用UMI计数和零比例而非相对丰度 | 方法验证主要基于模拟数据和三个案例研究，需要更广泛的实验验证 | 改进单细胞转录组学中的差异表达分析方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 广义泊松/二项混合效应模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 128 | 2025-10-06 |
Heterozygous GAA knockout is nonconsequential on metabolism and the spatial liver transcriptome in high-fat diet-induced obese and prediabetic mice
2025-Mar, Physiological reports
IF:2.2Q3
DOI:10.14814/phy2.70276
PMID:40108792
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研究论文 | 本研究探讨杂合GAA基因敲除对高脂饮食诱导肥胖小鼠肝脏代谢和空间转录组的影响 | 首次使用空间转录组学技术分析高脂饮食对门静脉周围和肝静脉周围肝细胞转录组的差异影响 | 研究仅使用小鼠模型，结果可能不直接适用于人类 | 评估GAA基因杂合敲除对肝脏代谢和代谢健康的影响 | 高脂饮食诱导的肥胖和糖尿病前期小鼠模型 | 空间转录组学 | 代谢疾病 | 空间转录组学分析 | 基因敲除小鼠模型 | 空间转录组数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 129 | 2025-10-06 |
Crafted experiments to evaluate feature selection methods for single-cell RNA-seq data
2025-Mar, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaf023
PMID:40109353
|
研究论文 | 提出了一种基于真实数据集信号扰动的实验构建方法，用于评估单细胞RNA测序数据的特征选择方法 | 开发了基于真实数据集信号扰动的实验构建新方法，解决了单细胞RNA测序数据分析方法评估中缺乏真实基准数据集的挑战 | 未提及具体的数据集规模或实验验证的局限性 | 评估单细胞RNA测序数据的特征选择方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | GOF（基于单变量分布的特征选择方法套件） | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 130 | 2025-10-06 |
Comparative analysis of nuclei isolation methods for brain single-nucleus RNA sequencing
2025-Mar-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.25.645306
PMID:40196571
|
研究论文 | 比较三种不同细胞核分离方法对脑组织单核RNA测序数据质量的影响 | 首次系统评估不同细胞核分离方法对snRNA-seq数据质量的影响，揭示方法依赖性差异 | 研究仅针对脑组织，未涵盖其他组织类型 | 评估不同细胞核分离方法对单核RNA测序数据质量的影响 | 脑组织细胞核 | 单细胞测序 | NA | 单核RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单核RNA测序 | NA | NA |
| 131 | 2025-10-06 |
SUV39H1 maintains cancer stem cell chromatin state and properties in glioblastoma
2025-Mar-10, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.186344
PMID:40059829
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研究论文 | 本研究揭示了组蛋白甲基转移酶SUV39H1在胶质母细胞瘤干细胞维持中的关键作用及其作为治疗靶点的潜力 | 首次发现SUV39H1通过超级增强子介导的激活在胶质母细胞瘤干细胞中特异性高表达，并证明其通过调控染色质可及性维持肿瘤干细胞特性 | NA | 探究SUV39H1在胶质母细胞瘤干细胞维持中的作用机制及治疗潜力 | 胶质母细胞瘤干细胞 | 肿瘤生物学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序,全细胞RNA测序,ATAC测序 | NA | 基因表达数据,染色质可及性数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,ATAC-seq | NA | NA |
| 132 | 2025-10-06 |
An international perspective on the future of systemic sclerosis research
2025-Mar, Nature reviews. Rheumatology
DOI:10.1038/s41584-024-01217-2
PMID:39953141
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综述 | 本文从国际视角探讨系统性硬化症研究的未来发展方向 | 整合单细胞RNA测序、空间生物学、人工智能等前沿技术，提出全球合作研究框架 | 未提供具体研究数据，主要基于现有研究进展的展望性分析 | 推动系统性硬化症的机制理解和个性化治疗发展 | 系统性硬化症患者群体 | 自然语言处理 | 系统性硬化症 | 单细胞RNA测序、新一代测序、空间生物学、转录组学、基因组学、蛋白质组学、代谢组学、微生物组分析、人工智能 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 133 | 2025-10-06 |
Tracking HIV persistence across T cell lineages during early ART-treated HIV-1-infection using a reservoir-marking humanized mouse model
2025-Mar-06, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-57368-7
PMID:40044684
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研究论文 | 开发HIV-1诱导谱系追踪系统，通过单细胞RNA测序追踪早期ART治疗期间HIV在不同T细胞谱系中的持久性 | 首创HIV-1诱导谱系追踪系统，可永久标记感染细胞并检测稀有潜伏感染细胞 | 基于人源化小鼠模型，可能与人类真实感染情况存在差异 | 研究HIV在ART治疗期间在不同T细胞谱系中的持久性机制 | HIV-1感染的人源化小鼠模型中的CD4 T细胞 | 单细胞组学 | HIV感染 | 单细胞RNA测序 | 人源化小鼠模型 | 单细胞转录组数据 | 人源化小鼠模型中的稀有潜伏感染细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 134 | 2025-10-06 |
CRISPRi-based screens in iAssembloids to elucidate neuron-glia interactions
2025-Mar-05, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2024.12.016
PMID:39814010
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研究论文 | 开发了一种基于CRISPRi筛选的iAssembloids系统，用于研究神经元与胶质细胞相互作用的分子机制 | 首次将CRISPRi筛选技术应用于3D共培养的iPSC衍生神经元和胶质细胞系统，建立了可扩展的因果分子机制研究平台 | 基于体外培养系统，可能无法完全模拟体内大脑环境的复杂性 | 阐明神经元与胶质细胞相互作用的分子机制，特别是对神经元存活和死亡的控制 | iPSC衍生的神经元和胶质细胞 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | CRISPRi筛选，单细胞转录组学 | iAssembloids 3D共培养系统 | 基因表达数据，功能筛选数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 135 | 2025-10-06 |
A single-cell sequencing-based analysis of a 13-year-old with maxillary sinus NUT carcinoma
2025-Mar, Oral oncology
IF:4.0Q2
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析13岁上颌窦NUT癌患者的肿瘤异质性和免疫微环境特征 | 首次在NUT癌中应用单细胞测序技术揭示肿瘤上皮细胞的异质性和免疫微环境特征 | 仅分析单例患者样本，样本量有限 | 探索NUT癌的肿瘤生物学特性和潜在治疗靶点 | 13岁上颌窦NUT癌患者的肿瘤组织 | 数字病理学 | NUT癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 1例患者肿瘤组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 136 | 2025-10-06 |
Biophysical modelling of intrinsic cardiac nervous system neuronal electrophysiology based on single-cell transcriptomics
2025-Mar, The Journal of physiology
DOI:10.1113/JP287595
PMID:40077928
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研究论文 | 基于单细胞转录组数据开发心脏内在神经系统神经元电生理计算模型库 | 首次基于单细胞转录组数据建立心脏内在神经系统神经元电生理模型库，填补分子水平基因表达与细胞水平电生理数据之间的空白 | 模型依赖于转录组数据的阈值设定，且电生理数据稀缺可能限制模型验证 | 研究心脏内在神经系统神经元电生理特性及其在心脏调控中的功能作用 | 心脏内在神经系统神经元 | 计算生物学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组测序 | 计算电生理模型 | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 137 | 2025-10-06 |
Parenchymal and inflammatory responses to ozone exposure in the aging healthy and surfactant protein C mutant lung
2025-Mar-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology
DOI:10.1152/ajplung.00261.2024
PMID:39832482
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研究论文 | 本研究探讨臭氧暴露对年轻、中年和老年小鼠肺组织的结构和免疫反应影响，特别关注表面活性蛋白C突变的影响 | 首次结合年龄因素和SP-C基因突变，利用空间转录组学分析臭氧暴露对肺组织的区域特异性影响 | 研究仅使用小鼠模型，结果向人类外推需谨慎；仅考察了急性暴露效应，缺乏长期暴露数据 | 理解臭氧暴露在老年和遗传易感群体中加剧肺损伤的机制 | 年轻(8-14周)、中年(44-52周)和老年(>80周)小鼠，包括野生型和SP-C突变型 | 呼吸毒理学 | 呼吸系统疾病 | 流式细胞术, 空间转录组学 | 动物模型 | 图像, 转录组数据, 流式细胞数据 | 多年龄段小鼠群体(具体数量未明确) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 138 | 2025-10-06 |
Effects of maternal edible THC consumption on offspring lung growth and function in a rhesus macaque model
2025-Mar-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology
DOI:10.1152/ajplung.00360.2024
PMID:39903192
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研究论文 | 本研究通过恒河猴模型探讨母体食用THC对后代肺发育和功能的影响 | 首次在灵长类动物模型中系统评估产前食用THC对后代肺发育的长期影响，并整合影像学、肺功能测试和多组学分析 | 样本量有限，仅使用恒河猴模型，结果外推到人类需谨慎 | 确定子宫内THC暴露是否对后代肺发育和功能产生有害影响 | 怀孕恒河猴及其后代婴儿 | NA | NA | 磁共振成像, 肺功能测试, 批量RNA测序, 全基因组亚硫酸氢盐测序, 空间RNA测序 | NA | 影像数据, 生理功能数据, 分子数据 | 怀孕恒河猴及其后代婴儿 | NA | 批量RNA测序, 全基因组亚硫酸氢盐测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 139 | 2025-10-06 |
[Research Advances in the Replication of Animal Models for Periodontal Diseases]
2025-Mar-20, Sichuan da xue xue bao. Yi xue ban = Journal of Sichuan University. Medical science edition
DOI:10.12182/20250360103
PMID:40599292
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综述 | 本文综述了近年来牙周病动物模型建模方法与特点，并提出整合空间转录组学等技术的多模态评估框架 | 提出整合空间转录组学、单细胞测序和荧光成像技术的多模态评估框架以解决现有模型局限 | 现有牙周炎动物模型难以同时捕捉疾病复杂性、追踪动态修复过程并满足转化需求 | 研究牙周病动物模型的建模方法与评估体系 | 啮齿类动物牙周病模型 | NA | 牙周病 | 空间转录组学, 单细胞测序, 荧光成像 | NA | NA | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞测序 | NA | NA |
| 140 | 2025-10-06 |
Human Neonatal MR1T Cells Have Diverse TCR Usage, are Less Cytotoxic and are Unable to Respond to Many Common Childhood Pathogens
2025-Mar-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.17.643805
PMID:40166301
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序分析新生儿和成人MR1T细胞的差异，发现新生儿MR1T细胞具有更丰富的TCR多样性、较低的细胞毒性和对常见儿童病原体反应能力不足的特点 | 首次系统比较新生儿与成人MR1T细胞的TCR多样性、功能表型和病原体识别能力差异，并通过结构生物学揭示新生儿MAIT TCR与抗原结合亲和力降低的分子机制 | 样本量较小（新生儿和成人各5例），且仅研究了脐带血来源的细胞 | 探究新生儿MR1T细胞的免疫特性及其与新生儿感染易感性的关系 | 新生儿脐带血和成人外周血中的MR1T细胞 | 免疫学 | 新生儿败血症 | 单细胞RNA测序, 单细胞TCR测序, 结构生物学分析 | NA | 单细胞转录组数据, TCR序列数据, 结构生物学数据 | 5例新生儿脐带血样本和5例成人外周血样本 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞TCR测序 | NA | NA |