单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 726 篇文献，本页显示第 121 - 140 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 121 | 2025-10-06 |
Follicular cytotoxic T cells is dysfunctional in chronic hepatitis B patients with non-alcoholic fatty liver disease
2025-03, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease
DOI:10.1016/j.bbadis.2024.167646
PMID:39743024
|
研究论文 | 本研究探讨了慢性乙型肝炎合并非酒精性脂肪肝病患者中滤泡细胞毒性T细胞的异质性和功能状态 | 首次揭示CHB合并NAFLD患者中Tfc细胞的记忆特性和功能受损机制，发现氧化还原平衡调节可部分恢复效应记忆表型 | 样本量相对有限（87例），且为单中心研究 | 探索慢性乙型肝炎合并非酒精性脂肪肝病患者中滤泡细胞毒性T细胞的异质性和功能状态 | 32名健康对照、36名初治CHB患者、19名初治CHB+NAFLD患者 | 免疫学 | 慢性乙型肝炎, 非酒精性脂肪肝病 | 多色流式细胞术, 单细胞RNA测序, 细胞共培养 | NA | 流式细胞数据, 单细胞转录组数据 | 87例（32健康对照+36 CHB患者+19 CHB+NAFLD患者） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 122 | 2025-10-06 |
LINC02363: a potential biomarker for early diagnosis and treatment of sepsis
2025-Mar-15, BMC immunology
IF:2.9Q3
DOI:10.1186/s12865-025-00702-x
PMID:40089725
|
研究论文 | 通过生物信息学分析鉴定LINC02363作为脓毒症早期诊断和治疗的潜在生物标志物 | 首次发现LINC02363在脓毒症中显著上调，并通过多组学分析验证其作为新型生物标志物的潜力 | 样本来源单一，需要更大规模的多中心研究验证 | 识别在脓毒症中起关键作用的lncRNAs，为脓毒症诊断和治疗提供潜在生物标志物 | 脓毒症患者转录组数据 | 生物信息学 | 脓毒症 | 转录组测序, 单细胞测序, qPCR, WGCNA, GSEA | NA | 基因表达数据 | 从中国国家基因库获取的脓毒症患者转录组数据 | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组测序 | NA | NA |
| 123 | 2025-10-06 |
Integrating Metabolic RNA Labeling-Based Time-Resolved Single-Cell RNA Sequencing with Spatial Transcriptomics for Spatiotemporal Transcriptomic Analysis
2025-03, Small methods
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/smtd.202401297
PMID:39390840
|
研究论文 | 本研究通过整合代谢RNA标记的时间分辨单细胞RNA测序与空间转录组学，实现了胶质母细胞瘤的时空转录组分析 | 首次将时间分辨单细胞RNA测序与空间转录组学整合，提出时空分析新范式，揭示了胶质母细胞瘤中EZH2介导间质转化的新机制 | 技术整合复杂度较高，可能受限于两种技术的分辨率和灵敏度差异 | 开发时空转录组分析方法，解析胶质母细胞瘤中基因调控网络和细胞间通讯机制 | 胶质母细胞瘤细胞和肿瘤微环境中的细胞群体 | 空间转录组学 | 胶质母细胞瘤 | 代谢RNA标记时间分辨单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据,空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | Well-TEMP-seq | 代谢RNA标记时间分辨Well-TEMP-seq |
| 124 | 2025-10-06 |
scMEDAL for the interpretable analysis of single-cell transcriptomics data with batch effect visualization using a deep mixed effects autoencoder
2025-Mar-13, ArXiv
PMID:39606715
|
研究论文 | 提出scMEDAL框架，使用深度混合效应自编码器进行单细胞转录组数据的可解释分析及批次效应可视化 | 通过两个互补的自编码器网络分别建模批次不变和批次特异性效应，支持回顾性分析和在不同批次下的细胞表达预测 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中技术和生物批次效应的混淆问题 | 单细胞转录组数据 | 单细胞分析 | 自闭症、白血病、心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | 深度混合效应自编码器、对抗学习、贝叶斯自编码器 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 125 | 2025-10-06 |
Tumor cell villages define the co-dependency of tumor and microenvironment in liver cancer
2025-Mar-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.07.642107
PMID:40161587
|
研究论文 | 本研究通过空间单细胞成像和单细胞RNA测序分析肝癌样本，开发深度学习策略揭示肿瘤细胞状态的空间组织模式及其与微环境的共依赖性 | 提出'肿瘤细胞村庄'概念和空间动态网络(SDN)分析方法，首次系统揭示肿瘤细胞状态与微环境的空间共依赖关系 | 研究样本量相对有限(50个肿瘤样本)，分析方法在更大队列中的普适性有待验证 | 探索肿瘤空间景观的形成机制及其对肿瘤适应性的影响 | 肝癌肿瘤样本中的细胞空间组织和微环境相互作用 | 数字病理学 | 肝癌 | 空间单细胞成像, 单细胞RNA测序 | 深度学习 | 图像, 基因表达数据 | 50个肿瘤样本中的200多万个细胞 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 126 | 2025-10-06 |
Recent Innovations and Technical Advances in High-Throughput Parallel Single-Cell Whole-Genome Sequencing Methods
2025-03, Small methods
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/smtd.202400789
PMID:38979872
|
综述 | 本文综述了高通量平行单细胞全基因组测序方法的技术进展与创新 | 重点介绍了高通量scWGS在策略设计、数据效率、平行处理平台及其在人类基因组应用方面的最新技术进展 | 存在总成本限制的挑战 | 总结和讨论高通量单细胞全基因组测序方法的技术进步 | 单细胞全基因组测序技术方法 | 基因组学 | 癌症 | 单细胞全基因组测序 | NA | 基因组数据 | NA | NA | 单细胞全基因组测序 | NA | NA |
| 127 | 2025-10-06 |
A best practices framework for spatial biology studies in drug discovery and development: enabling successful cohort studies using digital spatial profiling
2025-Mar, Journal of histotechnology
IF:0.6Q4
DOI:10.1080/01478885.2024.2391683
PMID:39225147
|
指南框架 | 提出用于药物研发中空间生物学研究的最佳实践框架，通过数字空间分析技术促进成功的队列研究 | 首次为空间生物学研究建立标准化实践指南，利用数字空间分析技术实现可扩展的全转录组和超多重蛋白分析 | 数字空间分析方法不提供单细胞分辨率 | 改进药物研发中的组织分析，促进生物标志物发现 | 固体组织样本 | 空间生物学 | NA | 数字空间分析 | NA | 空间转录组数据、蛋白质数据 | NA | NA | 空间转录组学、数字空间分析 | NA | NA |
| 128 | 2025-10-06 |
Comprehensive Analysis of Uric Acid and Myasthenia Gravis: IGF1R as a Protective Factor and Potential Therapeutic Target
2025-Mar, CNS neuroscience & therapeutics
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/cns.70361
PMID:40152081
|
研究论文 | 本研究通过综合分析揭示了尿酸与重症肌无力之间的关联，并确定IGF1R作为保护因子和潜在治疗靶点 | 首次通过孟德尔随机化和生物信息学分析确定IGF1R在尿酸与重症肌无力关系中的关键作用，并筛选出靶向IGF1R的潜在治疗药物 | 研究主要基于公共数据库和单中心患者数据，需要进一步实验验证 | 探讨尿酸与重症肌无力的关系及其分子机制，寻找潜在治疗靶点 | 重症肌无力患者、公共数据库(TCGA、GEO)数据、临床中心患者数据 | 生物信息学 | 重症肌无力 | meta分析、孟德尔随机化、生物信息学分析、虚拟筛选、分子对接、单细胞RNA-seq | NA | 基因组数据、表达数据、临床数据 | 公共数据库数据和临床中心患者数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 129 | 2025-10-06 |
A Latent Activated Olfactory Stem Cell State Revealed by Single-Cell Transcriptomic and Epigenomic Profiling
2025-Mar-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.10.26.564041
PMID:37961539
|
研究论文 | 通过单细胞转录组和表观基因组分析揭示嗅觉上皮干细胞在损伤诱导再生过程中的潜在激活状态 | 首次结合单细胞基因表达和染色质可及性分析，发现处于静息状态但表观遗传预激活的嗅觉干细胞亚群 | 研究聚焦于嗅觉上皮特定再生过程，结论在其他神经再生系统中的普适性需进一步验证 | 解析损伤诱导再生过程中嗅觉上皮干细胞命运决定的分子机制 | 谱系追踪的单个嗅觉上皮干细胞 | 单细胞组学 | 神经再生 | 单细胞测序，染色质可及性分析 | NA | 单细胞转录组数据，表观基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 130 | 2025-10-06 |
Role of Galactosylceramide Metabolism in Satellite Glial Cell Dysfunction and Neuron-Glia Interactions in Painful Diabetic Peripheral Neuropathy
2025-03-07, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells14060393
PMID:40136642
|
研究论文 | 本研究探讨了半乳糖神经酰胺代谢在痛性糖尿病周围神经病变中卫星胶质细胞功能障碍和神经元-胶质细胞相互作用中的作用 | 首次揭示半乳糖神经酰胺耗竭是痛性糖尿病周围神经病变中卫星胶质细胞功能障碍的核心介质，并识别出易受影响的卫星胶质细胞亚群 | 研究仅使用大鼠模型，需要进一步在人类样本中验证 | 研究半乳糖神经酰胺在糖尿病周围神经病变进展过程中对卫星胶质细胞功能和神经元-胶质细胞相互作用的影响 | 痛性糖尿病周围神经病变大鼠模型的背根神经节卫星胶质细胞和神经元 | 神经科学 | 糖尿病周围神经病变 | 单细胞RNA测序、靶向质谱分析、免疫荧光分析 | NA | 基因表达数据、质谱数据、图像数据 | 痛性糖尿病周围神经病变大鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 131 | 2025-10-06 |
GALNT5 promotes migration and invasion of pancreatic ductal adenocarcinoma cells by activating Erk signaling pathway
2025-03, Biochimica et biophysica acta. General subjects
DOI:10.1016/j.bbagen.2025.130769
PMID:39870120
|
研究论文 | 本研究揭示了GALNT5通过激活Erk信号通路促进胰腺导管腺癌细胞的迁移和侵袭 | 首次通过TCGA和GTEx数据鉴定GALNT5为PDAC中最显著上调的糖基化相关基因，并阐明其通过Erk信号通路促进肿瘤进展的机制 | 研究主要基于细胞系实验，缺乏体内动物模型验证 | 探究GALNT5在胰腺导管腺癌进展中的作用机制 | 胰腺导管腺癌细胞系（PANC-1、MIAPaCa-2、AsPC-1） | 癌症生物学 | 胰腺癌 | RNA-seq，单细胞测序 | NA | 基因表达数据，单细胞测序数据 | TCGA和GTEx数据库的RNA-seq数据，公开可用的单细胞测序数据 | NA | RNA-seq，单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 132 | 2025-10-06 |
Immune-featured stromal niches associate with response to neoadjuvant immunotherapy in oral squamous cell carcinoma
2025-Mar-18, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102024
PMID:40107247
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序和空间转录组学分析口腔鳞状细胞癌患者对免疫治疗的应答机制 | 首次在口腔鳞癌中揭示免疫特征性基质微环境与免疫治疗应答的关联，发现SELP高内皮微静脉和APOD肌成纤维细胞在免疫化疗应答者中特异性上调 | 样本量较小（22例患者），且为单中心研究 | 探究肿瘤基质细胞在口腔鳞癌免疫治疗应答中的作用机制 | 22例口腔鳞状细胞癌患者的配对肿瘤标本 | 数字病理学 | 口腔鳞状细胞癌 | 单细胞测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据 | 22例患者 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 133 | 2025-10-06 |
Neuroinflammatory pathways and potential therapeutic targets in neonatal post-hemorrhagic hydrocephalus
2025-Mar, Pediatric research
IF:3.1Q1
DOI:10.1038/s41390-024-03733-z
PMID:39725707
|
综述 | 本文综述了新生儿出血后脑积水的神经炎症通路分子机制及潜在治疗靶点 | 系统整合了神经炎症通路、免疫介质和表观遗传机制在PHH中的作用，并评估了基于干细胞的创新疗法 | 新型疗法在新生儿群体中的安全性及其对大脑发育的潜在影响尚未完全明确 | 探讨PHH的病理生理机制并评估新兴治疗方法 | 早产儿出血后脑积水及其分子机制 | NA | 新生儿脑积水 | 全基因组/外显子组测序, 蛋白质组学, 表观遗传学, 单细胞转录组学 | NA | NA | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA |
| 134 | 2025-10-06 |
Tissue-resident memory CD8 T cell diversity is spatiotemporally imprinted
2025-Mar, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-08466-x
PMID:39843748
|
研究论文 | 本研究揭示了小肠组织中驻留记忆CD8 T细胞多样性的空间印记机制 | 开发了计算方法来捕获细胞沿小肠三个解剖轴的位置，并可视化细胞类型和基因表达的时空分布 | NA | 探索组织驻留记忆CD8 T细胞多样性的起源和空间分布机制 | 人类样本和小鼠急性系统性病毒感染模型中的病原体特异性T细胞 | 空间转录组学 | 病毒感染 | 空间转录组学，单转录本分辨率分析，光学编码基因扰动策略 | NA | 空间转录组数据，基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 135 | 2025-10-06 |
A comprehensive spatio-cellular map of the human hypothalamus
2025-Mar, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-08504-8
PMID:39910307
|
研究论文 | 通过整合单核测序和空间转录组学技术，构建了人类下丘脑的综合空间细胞转录图谱HYPOMAP | 首次创建了人类下丘脑的空间细胞转录图谱，发现人与小鼠在特定神经元类型和GPCR表达水平上的显著差异，并识别出与BMI相关的新基因CORO1A | 研究主要基于转录组数据，功能验证和机制研究相对有限 | 构建人类下丘脑的细胞组成和空间分布图谱，探索其与代谢疾病的关联 | 人类下丘脑细胞 | 空间转录组学 | 代谢疾病 | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 433,369个下丘脑细胞 | NA | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 136 | 2025-10-06 |
Systemic coordination of whole-body tissue remodeling during local regeneration in sea anemones
2025-03-10, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2024.11.001
PMID:39615481
|
研究论文 | 本研究揭示了海葵局部再生过程中触发的系统性稳态响应及其协调全身组织重塑的机制 | 首次在刺胞动物中证明局部再生会引发系统性稳态响应，并发现金属蛋白酶的表达水平和活性与组织损失程度成比例 | 研究仅限于刺胞动物Nematostella vectensis，在更高等生物中的适用性有待验证 | 探索再生过程中系统性分子过程的功能相关性和协调机制 | 刺胞动物Nematostella vectensis | 发育生物学 | NA | 空间转录组学、内源蛋白标记、活体成像 | NA | 空间转录组数据、蛋白质表达数据、活体成像数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 137 | 2025-10-06 |
Evaluating genetic-ancestry inference from single-cell RNA-seq data
2025-Mar-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.25.645175
PMID:40196550
|
研究论文 | 提出评估从单细胞RNA测序数据推断遗传祖先方法的框架 | 首次系统评估从scRNA-seq数据推断遗传祖先的方法有效性 | 仅基于四个数据集进行评估，样本多样性有限 | 评估从单细胞RNA测序数据推断遗传祖先的准确性 | 196名来自人类细胞图谱的捐赠者 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | ADMIXTURE等群体遗传学工具 | 单细胞RNA测序数据 | 196名捐赠者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 138 | 2025-10-06 |
Contribution of germline and somatic mutations to risk of neuromyelitis optica spectrum disorder
2025-Mar-12, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2025.100776
PMID:39986280
|
研究论文 | 本研究通过基因组关联分析和单细胞RNA测序，揭示了种系和体细胞突变在视神经脊髓炎谱系障碍发病机制中的作用 | 首次整合种系变异和体细胞嵌合染色体变异分析，发现CCR6风险变异和21q缺失在NMOSD中的致病机制 | 样本量相对有限（240例患者），主要基于日本人群，可能限制结果的普适性 | 探索视神经脊髓炎谱系障碍的遗传背景和发病机制 | 日本人群中的NMOSD患者和健康对照 | 基因组学 | 自身免疫性疾病 | 全基因组关联分析, 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据, 单细胞转录组数据 | 基因组分析：240例患者和50,578例对照；单细胞RNA测序：25例患者和101例对照 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 139 | 2025-10-06 |
EfficientNet-resDDSC: A Hybrid Deep Learning Model Integrating Residual Blocks and Dilated Convolutions for Inferring Gene Causality in Single-Cell Data
2025-Mar, Interdisciplinary sciences, computational life sciences
DOI:10.1007/s12539-024-00667-2
PMID:39578307
|
研究论文 | 提出一种结合残差块和空洞卷积的混合深度学习模型EfficientNet-resDDSC，用于从单细胞数据推断基因因果关系 | 在EfficientNet-B0基础上引入残差块增强低层特征提取能力，结合深度可分离卷积和空洞卷积扩大感受野而不增加计算量 | NA | 构建基因调控网络以揭示基因间的因果关系 | 单细胞RNA测序数据中的基因调控关系 | 机器学习 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | EfficientNet, 残差网络, 空洞卷积, 深度可分离卷积 | 单细胞基因表达数据 | 四个数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 140 | 2025-10-06 |
Correlative analysis of metallomic gene expression and metal ion content within the mouse hippocampus
2025-Mar-28, Metallomics : integrated biometal science
IF:2.9Q3
DOI:10.1093/mtomcs/mfaf009
PMID:40175292
|
研究论文 | 本研究通过整合X射线荧光显微镜元素成像与空间转录组学，揭示小鼠海马区金属离子含量与金属相关基因表达的相关性 | 首次建立多模态模板将元素映射与空间转录组学相结合，揭示海马亚区金属组异质性的分子基础 | 研究仅限于小鼠海马区，未验证其他脑区或物种 | 探究大脑金属稳态的生理需求及其富集机制 | 小鼠海马区及其亚区 | 空间生物学 | 神经系统疾病 | X射线荧光显微镜，空间转录组学 | NA | 元素成像数据，基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |