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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 101 | 2026-05-19 |
scRNA-seq reveals involvement of monocytes in immune response in SLE patients
2025-03, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2025.110994
PMID:39818255
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序技术揭示单核细胞在系统性红斑狼疮患者免疫反应中的作用 | 首次通过单细胞RNA测序分析系统性红斑狼疮患者单核细胞的炎症因子表达,发现IRF1在单核细胞中高度表达,并验证了多种炎症因子的上调 | 未提及具体局限性 | 探索系统性红斑狼疮患者单核细胞在炎症反应中的机制,发现新的诊断靶点 | 系统性红斑狼疮患者和健康志愿者的外周血循环免疫细胞 | 生物信息学 | 系统性红斑狼疮 | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | SLE患者和健康志愿者外周血样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 102 | 2026-05-19 |
Single-cell transcriptome reveals three types of adipocytes associated with intramuscular fat content in pigs
2025-03, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2025.110998
PMID:39855485
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析,在猪肌肉组织中发现了三种与肌内脂肪含量相关的新型脂肪细胞类型 | 首次在猪肌肉组织中鉴定出三种此前未被描述的脂肪细胞亚型(Adipocyte 1、Adipocyte 2和Aregs),并揭示其与肌内脂肪含量的相关性以及跨物种保守性 | 未具体说明局限性 | 探究猪肌肉组织中细胞类型组成及其与肌内脂肪含量的关联机制 | 成年猪的肌肉组织 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、ATAC-seq | NA | 基因表达数据、染色质可及性数据 | 成年猪肌肉组织样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序及ATAC-seq |
| 103 | 2026-05-18 |
Bioengineered Extracellular Vesicles Delivering siMDM2 Sensitize Oxaliplatin Therapy Efficacy in Colorectal Cancer
2025-03, Advanced healthcare materials
IF:10.0Q1
DOI:10.1002/adhm.202403531
PMID:39440640
|
研究论文 | 结合单细胞转录组测序与动态网络生物标志物,发现线粒体电子传递链复合体I的早期抑制是结直肠癌铂类药物耐药的关键机制,并通过工程化细胞外囊泡递送siMDM2增强奥沙利铂疗效 | 首次利用单细胞转录组测序结合动态网络生物标志物(DNB)揭示结直肠癌铂类药物耐药早期事件,发现MDM2介导NDUFB8泛素化降解的机制,并构建工程化细胞外囊泡递送siMDM2的治疗策略 | 该研究主要基于小鼠模型和体外实验,缺乏大规模临床样本验证;工程化细胞外囊泡的制备和递送效率需进一步优化 | 阐明结直肠癌铂类药物耐药的早期分子机制并开发新型靶向治疗策略 | 结直肠癌细胞系、患者源性异种移植(PDX)模型及肝肺转移小鼠模型 | 数字病理学, 机器学习 | 结直肠癌 | 单细胞转录组测序, 电穿孔 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 104 | 2026-05-16 |
Identifying novel therapeutic targets in cystic fibrosis through advanced single-cell transcriptomics analysis
2025-Mar, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.109748
PMID:39921941
|
研究论文 | 通过先进的单细胞转录组学分析技术,本研究揭示了囊性纤维化气道上皮中的新型基因和调控网络,为开发靶向治疗策略提供了新靶点 | 本研究采用改进的分析方法,整合多源数据并利用全面的肺部参考面板进行标准化和映射,发现了此前未与囊性纤维化气道疾病关联的新型基因和调控网络 | NA | 通过增强的单细胞转录组学分析阐明囊性纤维化相关的分子机制,并识别新的治疗靶点 | 囊性纤维化患者和健康对照的肺组织样本 | 机器学习 | 囊性纤维化 | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 105 | 2026-05-15 |
Cancer associated fibroblasts in cancer development and therapy
2025-03-28, Journal of hematology & oncology
IF:29.5Q1
DOI:10.1186/s13045-025-01688-0
PMID:40156055
|
综述 | 综述了癌症相关成纤维细胞在肿瘤发展和治疗中的多方面作用及其作为治疗靶点的潜力 | 基于单细胞RNA测序研究,强调了CAF的异质性和可塑性,并提出包括ECM调节、直接消除、中断CAF-TME串扰和CAF正常化等多种靶向策略 | 未提及具体局限性 | 总结CAF在癌症发展中的基础知识和新进展,探讨其作为治疗靶点的潜力 | 癌症相关成纤维细胞(CAF) | 机器学习 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 106 | 2026-05-15 |
Asymmetric Histone Inheritance Regulates Differential Transcription Re-initiation and Cell Fate Decisions in Mouse Olfactory Horizontal Basal Cells
2025-Mar-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.02.641101
PMID:40093102
|
research paper | 通过损伤诱导再生模型研究小鼠嗅觉上皮中水平基底细胞的不对称组蛋白遗传及其对细胞命运决定的影响 | 首次在哺乳动物成体干细胞中揭示不对称组蛋白遗传模式,并发现其调控干细胞转录因子p63差异富集和异步转录重新起始 | 研究主要基于小鼠模型,人类嗅觉上皮中是否存类似机制尚需验证;未深入探讨组蛋白不对称遗传的分子机制 | 阐明哺乳动物体细胞分裂中表观遗传物质的分配模式及其对组织再生和行为的影响 | 小鼠嗅觉上皮水平基底细胞(HBCs) | machine learning, digital pathology | NA | 单细胞RNA测序、免疫荧光、组蛋白标记 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 小鼠嗅觉上皮组织及配对子代细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 107 | 2026-05-15 |
Cancer-Associated Fibroblasts in Intrahepatic Cholangiocarcinoma: Insights into Origins, Heterogeneity, Lymphangiogenesis, and Peritoneal Metastasis
2025-03, The American journal of pathology
DOI:10.1016/j.ajpath.2024.07.009
PMID:39117110
|
综述 | 系统总结了肝内胆管癌中癌症相关成纤维细胞的起源、异质性、淋巴管生成和腹膜转移机制 | 整合了最新的细胞谱系追踪、单细胞RNA测序和生物标志物分析成果,揭示了CAFs的多亚型复杂性及其潜在的抑癌与促转移双重作用 | 未涉及CAFs在免疫治疗中的具体作用机制及临床转化策略的详细讨论 | 评估肝内胆管癌中CAFs的起源、表型和功能复杂性,并阐明其在淋巴管生成和腹膜转移中的作用 | 肝内胆管癌中的癌症相关成纤维细胞 | 数字病理学 | 胆管癌 | 单细胞RNA测序,细胞谱系追踪 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 108 | 2026-05-12 |
CSsingle: A Unified Tool for Robust Decomposition of Bulk and Spatial Transcriptomic Data Across Diverse Single-Cell References
2025-Mar-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.07.588458
PMID:38645128
|
research paper | 介绍CSsingle,一种通过解决细胞异质性关键挑战来增强bulk和空间转录组数据分解的统一工具 | CSsingle利用ERCC spike-in对照进行细胞大小校正,能准确考虑不同细胞类型间RNA含量差异,实现精确的bulk数据反卷积,并在空间转录组数据中实现精细尺度分析 | 未明确提及局限性 | 开发一种统一工具,用于将bulk和空间转录组数据与单细胞RNA-seq数据整合,推进复杂生物系统和疾病过程的研究 | bulk和空间转录组数据,以及单细胞RNA-seq参考数据 | machine learning | 食管腺癌,巴雷特食管,食管鳞状细胞癌 | RNA-seq, 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 超过700个正常和患病样本(来自胃食管组织) | NA | bulk RNA-seq, 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 109 | 2025-10-07 |
A Unique Signature for Cancer-Associated Fibroblasts in Melanoma Metastases
2025-03, Pigment cell & melanoma research
IF:3.9Q2
DOI:10.1111/pcmr.70002
PMID:39924882
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析黑色素瘤原发灶和肺转移灶中的癌症相关成纤维细胞,揭示了转移灶特异性CAF的独特特征 | 首次系统比较黑色素瘤原发灶和转移灶中CAF的转录特征,发现转移灶特异性CAF亚群及其与中性粒细胞的肿瘤依赖性串扰机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限 | 探索黑色素瘤转移过程中癌症相关成纤维细胞的异质性和功能特征 | 小鼠黑色素瘤原发灶和肺转移灶中的癌症相关成纤维细胞,以及人类黑色素瘤转移样本 | 单细胞生物学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 约8400个CAF和正常成纤维细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 110 | 2026-05-08 |
Identification of novel biomarkers for atherosclerosis using single-cell RNA sequencing and machine learning
2025-03, Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society
IF:2.7Q2
DOI:10.1007/s00335-024-10077-w
PMID:39400603
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序和机器学习方法鉴定动脉粥样硬化的新型生物标志物 | 整合单细胞RNA测序、WGCNA和多种机器学习技术(LASSO和SVM-RFE)来筛选并验证动脉粥样硬化生物标志物,并通过免疫浸润分析和多水平实验验证 | 未提及具体局限性 | 开发可靠的动脉粥样硬化相关生物标志物,为诊断和治疗提供新视角 | 动脉粥样硬化患者样本和正常对照样本,以及小鼠和人类样本 | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、WGCNA、LASSO、SVM-RFE、CIBERSORT | LASSO、SVM-RFE | 基因表达数据 | 未明确说明具体样本量(涉及GEO数据集及小鼠/人类样本) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 111 | 2026-05-08 |
Integrative approaches to m6A and m5C RNA modifications in autism spectrum disorder revealing potential causal variants
2025-03, Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society
IF:2.7Q2
DOI:10.1007/s00335-024-10095-8
PMID:39738578
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研究论文 | 整合m6A和m5C RNA修饰分析,识别自闭症谱系障碍的潜在因果变异 | 首次整合m6A和m5C RNA修饰变异与自闭症谱系障碍的基因组关联分析,发现关键因果变异并验证其功能 | 基于公共数据集的分析,缺乏实验验证;仅关注常见变异,未涵盖罕见变异 | 通过整合基因组学和RNA修饰分析,识别自闭症谱系障碍的因果变异及其调控机制 | 自闭症谱系障碍相关的m6A和m5C变异 | 基因组学 | 自闭症谱系障碍 | NA | NA | 基因组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 112 | 2026-05-08 |
Immune Cell Biology in Peripheral Nervous System Injury
2025-03, Neurorehabilitation and neural repair
IF:3.7Q1
DOI:10.1177/15459683241304325
PMID:39744962
|
综述 | 本文总结了外周神经系统损伤后免疫细胞在损伤与修复过程中的关键作用 | 通过单细胞测序分析为巨噬细胞表型争议提供新见解 | 未提及具体研究方法或数据分析的局限性 | 总结免疫细胞在外周神经系统损伤与修复中的作用机制 | 外周神经系统损伤中的免疫细胞(巨噬细胞、中性粒细胞、淋巴细胞等) | 机器学习和数字病理学(基于单细胞测序分析的应用) | 外周神经系统损伤 | 单细胞测序 | NA | 文本和测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 113 | 2026-05-03 |
DNTT-mediated DNA damage response drives inotuzumab ozogamicin resistance in B-cell acute lymphoblastic leukemia
2025-Mar-13, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2024026085
PMID:39791601
|
研究论文 | 通过全基因组CRISPR筛选发现DNTT缺失是B细胞急性淋巴细胞白血病对Inotuzumab ozogamicin耐药的主要驱动因素 | 首次揭示DNTT通过调控DNA损伤反应介导InO耐药机制,并利用单细胞RNA测序验证了白血病内异质性 | 未在更大临床样本中验证DNTT作为生物标志物的预测效能,且未探讨其他潜在耐药机制 | 阐明B细胞急性淋巴细胞白血病对Inotuzumab ozogamicin耐药的遗传基础 | B细胞急性淋巴细胞白血病细胞系、患者样本及异种移植模型 | 机器学习 | B细胞急性淋巴细胞白血病 | CRISPR筛选 | NA | 基因表达数据 | 儿童肿瘤组AALL1621试验中的B-ALL患者样本及患者来源异种移植模型 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 114 | 2026-05-03 |
Novel biallelic MCMDC2 variants were associated with meiotic arrest and nonobstructive azoospermia
2025-03-01, Asian journal of andrology
IF:3.0Q1
DOI:10.4103/aja202495
PMID:39789727
|
研究论文 | 通过全外显子组测序发现MCMDC2基因双等位基因变异与减数分裂停滞和非梗阻性无精症相关 | 首次在非梗阻性无精症患者中鉴定了MCMDC2基因的四种双等位基因有害变异,并揭示其导致减数分裂停滞和精子发生障碍 | 研究样本量有限(768名患者),仅发现0.5%的变异频率,且未在其他人群中进行验证 | 探索非梗阻性无精症的遗传病因,鉴定MCMDC2基因变异与男性不育的关联 | 非梗阻性无精症患者 | 机器学习 | 男性不育 | 全外显子组测序, 单细胞RNA测序, 免疫荧光染色, 苏木精-伊红染色 | NA | 基因序列数据, 单细胞转录组数据, 组织切片图像 | 768名非梗阻性无精症患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 115 | 2026-05-02 |
Impdh1 was identified as a key protein promotes diabetic vasculopathy by intervention of vascular endothelial cell pyroptosis
2025-03-13, BMC cardiovascular disorders
IF:2.0Q3
DOI:10.1186/s12872-025-04604-z
PMID:40082765
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研究论文 | 通过scRNA-seq和bulk RNA-seq分析,鉴定Impdh1为关键蛋白,通过干预血管内皮细胞焦亡促进糖尿病血管病变 | 首次通过单细胞RNA测序和批量RNA测序联合分析,鉴定Impdh1为与糖尿病血管病变相关的焦亡关键分子,并验证其在血管内皮细胞焦亡中的保护作用 | 未明确提及临床验证,且样本来源于小鼠模型和公共数据集,可能不完全代表人体病理过程 | 探索糖尿病血管病变中血管内皮细胞焦亡的分子机制及关键蛋白Impdh1的作用 | 糖尿病小鼠模型及GSE169332数据集中的血管内皮细胞 | 数字病理学 | 糖尿病血管病变 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 实时定量逆转录PCR, 免疫组织化学, 免疫荧光 | NA | 基因表达数据 | GSE169332数据集(scRNA-seq数据)及糖尿病小鼠主动脉组织样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 116 | 2026-04-30 |
Molecular and cellular neurocardiology in heart disease
2025-03, The Journal of physiology
DOI:10.1113/JP284739
PMID:38778747
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综述 | 本文更新并扩展了关于心脏病分子和细胞神经生物学的基础,重点讨论了心脏自主神经发育、新型细胞内通路和神经可塑性的最新发现 | 利用患者特异性干细胞研究交感神经损伤,通过空间转录组学和新型成像技术发现治疗心脏自主神经功能障碍的分子靶点 | 文中强调了尚未解答的问题和存在争议的领域 | 探讨心脏病的分子和细胞神经心脏学机制及治疗潜力 | 心脏自主神经系统、神经化学通路、患者特异性干细胞 | 机器学习, 数字病理学 | 心血管疾病 | 空间转录组学 | NA | 文本 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 117 | 2026-04-30 |
Biophysical modelling of intrinsic cardiac nervous system neuronal electrophysiology based on single-cell transcriptomics
2025-03, The Journal of physiology
DOI:10.1113/JP287595
PMID:40077928
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研究论文 | 基于单细胞转录组数据开发心脏内在神经系统神经元电生理模型的计算库 | 首次利用单神经元转录组数据构建心脏内在神经系统神经元电生理模型计算库,通过循环阈值选择离子通道组合,结合被动电学特性约束模型参数,成功预测了与实验观察一致的神经元相位和强直反应分布 | 未明确提及 | 构建心脏内在神经系统神经元电生理多尺度计算模型,研究其在心脏调节和病理中的功能作用 | 心脏内在神经系统(ICNS)神经元 | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据 | 单细胞转录组数据中的ICNS神经元 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 118 | 2026-04-25 |
Integrating spatial transcriptomics and single-nucleus RNA-seq revealed the specific inhibitory effects of TGF-β on intramuscular fat deposition
2025-03, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-024-2696-5
PMID:39422812
|
研究论文 | 通过整合空间转录组和单核RNA测序,揭示TGF-β对肌内脂肪沉积的特异性抑制作用 | 首次结合空间转录组与单核RNA-seq技术,揭示TGF-β信号通路在不同脂肪含量猪肌内脂肪中的空间异质性及其对脂肪沉积的抑制作用,并发现肥胖小鼠中TGF-β抑制可加速肌肉修复 | 体外实验仅使用猪内皮细胞模拟高脂环境,且体内实验局限于小鼠模型,需进一步验证在人类中的适用性 | 研究TGF-β信号通路对肌内脂肪沉积的调控机制,探索其对肌肉萎缩和修复的潜在治疗靶点 | 猪背最长肌组织(不同肌内脂肪含量)、肥胖小鼠肌肉损伤模型 | 数字病理学 | 肌营养不良、肥胖相关肌肉萎缩 | 空间转录组学、单核RNA测序 | NA | 空间转录组数据、单核RNA-seq数据 | 不同肌内脂肪含量的猪背最长肌样本(具体数量未说明)、肥胖小鼠样本(具体数量未说明) | NA | 空间转录组学、单核RNA测序 | NA | NA |
| 119 | 2026-04-20 |
A comprehensive spatio-cellular map of the human hypothalamus
2025-03, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-08504-8
PMID:39910307
|
研究论文 | 本研究通过整合433,369个人类下丘脑细胞的单核测序与空间转录组学数据,构建了首个全面的人类下丘脑空间-细胞转录图谱(HYPOMAP) | 首次创建了人类下丘脑的高分辨率空间-细胞转录图谱,揭示了人类与小鼠在特定神经元类型(如POMC神经元)和GPCR表达水平上的关键差异,并发现了与BMI相关的新基因(CORO1A) | 研究主要基于转录组数据,功能验证和神经环路层面的分析仍需进一步探索 | 构建人类下丘脑的细胞组成与空间分布图谱,为代谢、生殖和昼夜节律等疾病的治疗靶点发现提供资源 | 人类下丘脑组织 | 空间转录组学 | 代谢性疾病 | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据, 空间基因表达数据 | 433,369个下丘脑细胞 | NA | 单核RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 120 | 2026-04-20 |
Modulation of cell fate by shock wave therapy in ischaemic heart disease
2025-Mar, European heart journal open
DOI:10.1093/ehjopen/oeaf011
PMID:40201592
|
研究论文 | 本研究探讨了心脏冲击波疗法通过激活TLR3受体,促进心脏成纤维细胞向内皮细胞转分化,从而改善缺血性心肌病的心肌灌注和功能 | 首次揭示了冲击波疗法通过机械刺激激活TLR3信号通路,诱导染色质重塑和表观遗传可塑性,从而促进成纤维细胞向内皮细胞转分化的新机制 | 研究主要基于体外细胞实验和转基因小鼠模型,尚未在大型动物或临床患者中进行验证 | 探究冲击波疗法改善缺血性心肌病心脏功能的细胞和分子机制 | 人类心脏成纤维细胞、Fsp1-Cre/LacZ转基因小鼠模型 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、ATAC-seq、RNA轨迹分析 | NA | 单细胞转录组数据、染色质可及性数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, ATAC-seq | NA | NA |