单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 728 篇文献，本页显示第 81 - 100 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2025-06-21 |
In mice, discrete odors can selectively promote the neurogenesis of sensory neuron subtypes that they stimulate
2025-Mar-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.02.10.579748
PMID:38405728
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research paper | 研究发现特定气味能选择性促进小鼠嗅觉感觉神经元亚型的神经发生 | 揭示了特定气味经验能选择性‘放大’特定嗅觉感觉神经元亚型，表明持续的神经元发生部分具有适应性功能 | 研究仅在小鼠中进行，未涉及其他哺乳动物 | 探究嗅觉刺激如何及为何加速某些嗅觉感觉神经元亚型的神经发生速率 | 小鼠的嗅觉感觉神经元（OSNs） | 神经科学 | NA | scRNA-seq和亚型特异性OSN出生日期标记 | NA | 基因表达数据 | 小鼠 |
| 82 | 2025-06-20 |
Cell states and neighborhoods in distinct clinical stages of primary and metastatic esophageal adenocarcinoma
2025-Mar-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.17.608386
PMID:39229240
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研究论文 | 通过多组学分析探讨食管腺癌的疾病进展和治疗反应 | 识别了五种恶性细胞程序，并揭示了它们与表观遗传可塑性和临床结果的关联，以及预测了它们与微环境细胞类型的显著相互作用 | 研究结果需要在外部队列中进行进一步验证 | 解密食管腺癌的疾病进展和治疗反应 | 原发性和转移性食管腺癌肿瘤 | 数字病理学 | 食管腺癌 | 单核转录组和染色质可及性测序，空间分析 | NA | 转录组数据，染色质可及性数据，空间数据 | 一组原发性和转移性食管腺癌肿瘤样本 |
| 83 | 2025-06-20 |
Platelet-mediated circulating tumor cell evasion from natural killer cell killing through immune checkpoint CD155-TIGIT
2025-Mar-01, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000000934
PMID:38779918
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研究论文 | 研究揭示了循环肿瘤细胞（CTCs）如何通过与血小板结合上调CD155-TIGIT免疫检查点逃避免疫监视的机制 | 首次发现CTC-血小板粘附通过CD155-TIGIT通路逃逸NK细胞杀伤的机制，并证实阻断该通路可恢复免疫监视功能 | 研究主要关注CD155-TIGIT通路，未全面评估其他潜在逃逸机制 | 探究循环肿瘤细胞在血液传播过程中逃避免疫监视的分子机制 | 多种癌症患者的循环肿瘤细胞（CTCs）和血小板 | 肿瘤免疫学 | 肝癌（HCC）及其他多种癌症 | 单细胞RNA测序、多重免疫荧光、体外/离体/体内实验 | NA | 基因表达数据、临床生存数据 | 多种癌症患者的血液样本（具体数量未说明） |
| 84 | 2025-06-19 |
Coordinated regulation of cortical astrocyte maturation by OLIG1 and OLIG2 through BMP7 signaling modulation
2025-Mar-24, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao
DOI:10.1016/j.jgg.2025.03.008
PMID:40139307
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研究论文 | 本研究揭示了转录因子OLIG1和OLIG2通过调控BMP7信号通路在皮质星形胶质细胞成熟中的协同作用 | 首次发现OLIG1和OLIG2通过直接结合Bmp7增强子抑制其表达来调控星形胶质细胞成熟 | 研究主要聚焦于皮质星形胶质细胞，其他脑区星形胶质细胞的成熟机制仍需进一步探索 | 阐明调控皮质星形胶质细胞成熟的分子机制 | 皮质星形胶质细胞 | 神经科学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序、基因敲除、体内过表达 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据 | 未明确说明样本数量，使用基因工程小鼠模型 |
| 85 | 2025-06-16 |
Sequencing-free whole genome spatial transcriptomics at molecular resolution in intact tissue
2025-Mar-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.06.641951
PMID:40161724
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研究论文 | 开发了一种名为RAEFISH的新型图像空间转录组技术，能够在完整组织中实现全基因组水平的覆盖和单分子空间分辨率 | RAEFISH技术结合了全转录组覆盖和高空间分辨率的优势，克服了现有技术在覆盖范围或分辨率上的限制 | 尽管技术先进，但可能仍存在样本处理复杂性和成本较高的问题 | 开发一种能够在完整组织中实现高覆盖和高分辨率空间转录组分析的技术 | 人类和小鼠的转录组，包括几乎所有蛋白质编码转录本和数千种长链非编码RNA | 空间转录组学 | NA | RAEFISH（Reverse-padlock Amplicon Encoding FISH） | NA | 图像数据 | 针对23,000种人类转录本和22,000种小鼠转录本进行了分析 |
| 86 | 2025-06-14 |
CAD manipulates tumor intrinsic DHO/UBE4B/NF-κB pathway and fuels macrophage cross-talk, promoting HCC metastasis
2025-Mar-12, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001304
PMID:40073276
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研究论文 | 本研究揭示了CAD通过操纵肿瘤内在的DHO/UBE4B/NF-κB通路并促进巨噬细胞交互作用，从而推动HCC转移的机制 | 首次发现CAD通过调控DHO/UBE4B/NF-κB通路及巨噬细胞重编程促进HCC转移的新机制 | 研究样本量相对有限（159例HCC患者，其中37例伴有PVTT），且机制验证主要依赖体外和体内实验 | 阐明PVTT形成和肿瘤转移的机制，并寻找临床干预的潜在靶点 | 肝细胞癌（HCC）患者及其肿瘤微环境 | 肿瘤生物学 | 肝癌 | 多组学分析、代谢组学、转录组学、单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据、转录组数据、代谢组数据 | 159例HCC患者（含37例PVTT病例） |
| 87 | 2025-06-13 |
Single‑cell transcriptomic analysis revealed the tumor‑associated microenvironment of papillary thyroid carcinoma with metastasis
2025-Mar, Oncology letters
IF:2.5Q3
DOI:10.3892/ol.2025.14876
PMID:40496475
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术分析转移性甲状腺乳头状癌的肿瘤相关微环境 | 揭示了转移性甲状腺乳头状癌中免疫细胞群体的显著异质性，特别是M2巨噬细胞、DC2s和Tregs的存在与癌症进展和转移的关联 | NA | 探究甲状腺乳头状癌转移过程中的免疫微环境变化 | 转移性甲状腺乳头状癌及其相邻正常组织，以及无转移的甲状腺乳头状癌肿瘤 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA序列数据 | NA |
| 88 | 2025-06-13 |
Pharmacological insights into targeting PI3K/Akt and NF-κB pathways for treating endometriosis-associated infertility
2025 Mar-Apr, Pakistan journal of pharmaceutical sciences
IF:0.7Q4
PMID:40501243
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研究论文 | 本研究通过靶向PI3K/Akt和NF-κB信号通路，探讨子宫内膜异位症相关不孕的机制并识别潜在药物靶点 | 首次在子宫内膜异位症组织中发现了PI3K/Akt和NF-κB通路的增强表达，并通过体外和动物模型验证了这些通路抑制剂对子宫内膜细胞生长和生育能力的影响 | 研究样本量相对有限（300例患者），且未涉及长期随访数据 | 阐明子宫内膜异位症相关不孕的机制并开发靶向治疗方法 | 子宫内膜异位症患者（轻度、重度）和对照组 | 生殖医学 | 子宫内膜异位症 | 单细胞RNA测序、细胞培养、动物模型 | NA | 临床数据、分子生物学数据 | 300例患者（分轻度、重度和对照组） |
| 89 | 2025-06-10 |
Identification of a liver fibrosis and disease progression-related transcriptome signature in non-alcoholic fatty liver disease
2025-03, The international journal of biochemistry & cell biology
DOI:10.1016/j.biocel.2025.106751
PMID:39909111
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研究论文 | 本研究旨在建立一个转录组特征来区分非酒精性脂肪性肝病（NAFLD）患者的轻度或晚期纤维化，并监测疾病进展 | 通过差异基因表达分析确定了11个枢纽基因的特征，这些基因能够帮助识别NAFLD患者的纤维化阶段和疾病进展 | 研究依赖于公共数据库中的转录组数据，可能受到样本量和数据质量的限制 | 建立转录组特征以区分NAFLD患者的纤维化阶段和监测疾病进展 | 非酒精性脂肪性肝病（NAFLD）患者 | 数字病理学 | 非酒精性脂肪性肝病 | 转录组分析 | LASSO回归 | 转录组数据 | 六个批量转录组数据集和三个批量及一个单细胞转录组数据集 |
| 90 | 2025-06-10 |
The end of the genetic paradigm of cancer
2025-Mar, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3003052
PMID:40100793
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评论 | 本文探讨了癌症遗传范式面临的挑战，并提出了细胞状态动力学和组织场等非遗传因素在肿瘤发生中的作用 | 挑战了癌症作为‘遗传疾病’的传统观点，提出了细胞状态动力学和组织场等非遗传因素的重要性 | 未提供具体的实验数据或模型验证，更多是理论探讨 | 探讨癌症发生的非遗传因素，解决遗传范式与生物现实之间的不一致 | 癌症组织和正常组织的基因组测序及单细胞转录组数据 | 肿瘤生物学 | 癌症 | 基因组测序、单细胞转录组学 | NA | 基因组数据、转录组数据 | NA |
| 91 | 2025-06-07 |
Identification of Causal Plasma Proteins in Hepatocellular Carcinoma via Two-Sample Mendelian Randomization and Integrative Transcriptomic‒Proteomic Analysis
2025-03-01, Cancer research communications
IF:2.0Q3
DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0553
PMID:39991825
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研究论文 | 通过双样本孟德尔随机化和整合转录组-蛋白质组分析，识别与肝细胞癌（HCC）有因果关系的血浆蛋白 | 利用UK Biobank Pharma Proteomics Project的大规模血浆蛋白质组数据，结合孟德尔随机化方法，识别出7种与HCC有潜在因果关系的血浆蛋白，并通过单细胞RNA测序数据和分子对接验证了这些蛋白的潜在药物靶点 | 研究依赖于现有数据库的数据，可能受限于样本量和数据覆盖范围 | 识别肝细胞癌的早期诊断和治疗靶点 | 肝细胞癌（HCC）患者和潜在的血浆蛋白标志物 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 双样本孟德尔随机化（MR）、整合转录组-蛋白质组分析、单细胞RNA测序、分子对接 | NA | 蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据 | UK Biobank Pharma Proteomics Project的蛋白质组数据及单细胞数据集GSE166635 |
| 92 | 2025-06-06 |
BubR1 Controls Heart Development by Promoting Expression of Cardiogenesis Regulators
2025-Mar-18, Journal of the American Heart Association
IF:5.0Q1
DOI:10.1161/JAHA.124.038286
PMID:40055864
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研究论文 | 该研究揭示了BubR1在心脏发育中的关键作用，通过促进心脏生成调节因子的表达来确保心脏形态发生的正确时机 | 首次揭示了BubR1通过调控关键心脏生成基因的表达和Wnt信号通路来影响心脏发育的分子机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类心脏发育的差异可能影响结果的普适性 | 探究BubR1基因突变导致先天性心脏缺陷的分子机制 | 小鼠胚胎心脏发育过程 | 发育生物学 | 先天性心脏病 | 单细胞RNA测序、轨迹分析、CellChat分析 | 条件性基因敲除小鼠模型 | 单细胞转录组数据 | 未明确说明具体样本数量，使用条件性Bub1b敲除小鼠胚胎 |
| 93 | 2025-06-06 |
Pharmacological activation of STAT1-GSDME pyroptotic circuitry reinforces epigenetic immunotherapy for hepatocellular carcinoma
2025-Mar-06, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2024-332281
PMID:39486886
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研究论文 | 本研究通过药理学激活STAT1-GSDME焦亡回路，增强表观遗传免疫疗法对肝细胞癌的治疗效果 | 揭示了选择性HDAC抑制剂CXD101与ICB联合治疗通过STAT1-GSDME焦亡回路增强抗肿瘤免疫的新机制 | 研究主要基于临床前模型，临床转化效果需进一步验证 | 开发针对肝细胞癌免疫检查点阻断(ICB)耐药的新型联合治疗策略 | 肝细胞癌(HCC)患者和ICB耐药模型 | 肿瘤免疫治疗 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序、单细胞多组学分析、染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq) | NA | 基因表达数据、表观遗传数据 | 来自pembrolizumab临床试验(NCT03419481)的HCC患者样本和4种ICB耐药模型 |
| 94 | 2025-06-06 |
Deep learning in single-cell and spatial transcriptomics data analysis: advances and challenges from a data science perspective
2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf136
PMID:40185158
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review | 本文综述了深度学习在单细胞和空间转录组数据分析中的进展与挑战，从数据科学的角度进行了系统分析 | 系统地评估了58种计算方法在21个数据集上的性能，揭示了模型性能在不同基准数据集和评估指标间的显著差异，并提出了未来发展的三个关键方向 | 高质量标注数据集仍然有限，且生物组织的复杂相关性使得准确重建细胞状态和空间环境具有挑战性 | 探讨深度学习在单细胞和空间转录组数据分析中的应用及其面临的挑战 | 单细胞和空间转录组数据 | machine learning | NA | 单细胞测序、空间转录组 | 深度学习 | 基因表达、表观遗传修饰、代谢物水平、空间位置等多模态数据 | 21个数据集来自9个基准测试 |
| 95 | 2025-06-06 |
When is prostate cancer really cancer?
2025-Mar-01, Journal of the National Cancer Institute
DOI:10.1093/jnci/djae200
PMID:39350309
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research paper | 探讨前列腺癌（尤其是Grade Group 1）是否应被标记为'癌症'，基于其惰性特征及现代诊断路径的调整 | 提出重新定义GG1前列腺癌的标签，基于其无转移能力及在现代诊断中的'偶然发现'性质，并探讨了空间转录组学对癌症定义的挑战 | 未明确说明研究样本量及具体研究方法，更多是基于讨论和现有研究的总结 | 减少前列腺癌死亡率，同时最小化过度诊断和过度治疗带来的危害 | Grade Group 1前列腺癌及其诊断标签 | NA | prostate cancer | 空间转录组学 | NA | NA | NA |
| 96 | 2025-06-05 |
Proximal tubule cells contribute to the thin descending limb of the loop of Henle during mouse kidney development
2025-Mar-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.14.633065
PMID:39868227
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研究论文 | 本研究通过整合多个非突变发育小鼠肾脏的单细胞RNA测序数据集，揭示了近端小管细胞在Henle环薄降支形成过程中的贡献 | 首次发现近端小管细胞可以转化为Henle环薄降支细胞，并揭示了转录因子Hnf4a在调节这一过程中的关键作用 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类肾脏发育中验证 | 探究Henle环薄降支细胞在肾脏发育中的形成机制 | 小鼠肾脏发育过程中的近端小管细胞和Henle环薄降支细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 谱系追踪 | NA | 基因表达数据 | 多个非突变发育小鼠肾脏数据集 |
| 97 | 2025-06-05 |
Single-cell transcriptome analysis reveals atypical monocytes circulating ahead of acute graft-versus-host disease clinical onset
2025-Mar-14, Journal of leukocyte biology
IF:3.6Q2
DOI:10.1093/jleuko/qiae229
PMID:39432735
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示了在急性移植物抗宿主病（aGVHD）临床发作前循环中的非典型单核细胞 | 发现了在aGVHD临床发作前18天即可检测到的特定单核细胞和细胞毒性T细胞亚群，这些细胞具有特定的标志物上调 | 样本量较小，仅包括3名aGVHD患者和4名对照 | 探索aGVHD的早期诊断标志物和预防策略 | 接受异基因造血干细胞移植（HSCT）的患者 | 单细胞转录组学 | 急性移植物抗宿主病（aGVHD） | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据 | 3名aGVHD患者和4名对照 |
| 98 | 2025-06-05 |
CoupleVAE: coupled variational autoencoders for predicting perturbational single-cell RNA sequencing data
2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf126
PMID:40178283
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研究论文 | 提出了一种名为CoupleVAE的新型深度学习方法，用于预测扰动后的单细胞RNA测序数据 | CoupleVAE由两个耦合的VAE组成，通过耦合器在潜在空间中进行更复杂的细胞状态转换 | NA | 预测单细胞扰动响应，以理解生物体的功能和行为 | 单细胞RNA测序数据 | 计算生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | VAE（变分自编码器） | 单细胞RNA测序数据 | 三个真实数据集（感染、刺激和跨物种预测） |
| 99 | 2025-06-05 |
Single-cell transcriptomic analysis and luteolin treatment reveal three adipogenic genes, including Aspn, Htra1 and Efemp1
2025-03, Biochimica et biophysica acta. Molecular and cell biology of lipids
DOI:10.1016/j.bbalip.2024.159585
PMID:39662603
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析比较肥胖和瘦小鼠的脂肪干细胞和祖细胞（ASPCs），发现了三个脂肪生成基因Aspn、Htra1和Efemp1，并研究了黄酮类化合物木犀草素对这些基因的影响 | 首次在肥胖和瘦小鼠的ASPCs中鉴定出三个脂肪生成相关基因，并揭示木犀草素可通过上调这些基因抑制脂肪生成 | 研究仅基于小鼠模型和3T3-L1细胞系，未在人体中进行验证 | 探究肥胖与瘦小鼠脂肪干细胞和祖细胞的转录组差异，寻找新的脂肪生成调控基因 | 小鼠皮下脂肪组织中的脂肪干细胞和祖细胞（ASPCs）及3T3-L1细胞系 | 转录组学 | 肥胖症 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 三个独立的小鼠单细胞RNA测序数据集 |
| 100 | 2025-06-04 |
20 years of stemness: From stem cells to hypertranscription and back
2025-03-11, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102406
PMID:39919752
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评论 | 回顾过去20年干细胞转录组学的发展，从微阵列技术到单细胞RNA测序的应用，并探讨干细胞超转录状态的发现 | 揭示了干细胞超转录状态的存在，并指出2002年的干细胞特征基因签名实际上是超转录的标记 | 文章为回顾性分析，未涉及新的实验数据 | 探讨干细胞转录组学的发展历程及其在生理和疾病研究中的意义 | 胚胎干细胞和成体干细胞 | 转录组学 | NA | 微阵列技术、单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |