单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-04-02	Integrated bulk and single-cell RNA sequencing unveils the temporal and spatial dynamics of epidermal cell adhesion 2025-Mar-28, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.142601 PMID:40158578	research paper	该研究通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序技术，揭示了牦牛表皮细胞在毛发周期中的时间和空间动态变化	结合批量转录组学和单细胞RNA测序技术，首次在牦牛毛发周期中鉴定了14种不同细胞群的时间和空间动态变化，并重建了表皮分化轨迹	研究仅针对牦牛模型，结果可能不完全适用于其他物种	探究毛发周期中表皮细胞行为的分子调控机制	牦牛表皮细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序, 批量转录组学	NA	RNA测序数据	涉及毛发周期中不同阶段(生长期、退行期和休止期)的牦牛表皮细胞样本
82	2025-04-02	Stromal Stiffness-Regulated IGF2BP2 in Pancreatic Cancer Drives Immune Evasion via Sphingomyelin Metabolism 2025-Mar-28, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2025.03.019 PMID:40158738	研究论文	本研究探讨了胰腺导管腺癌(PDAC)中m6A修饰与免疫逃逸的关联及机制，并提出了临床干预策略	首次揭示了基质硬度调控的IGF2BP2通过鞘磷脂代谢促进PDAC免疫逃逸的分子机制	研究主要基于体外模型和小鼠实验，临床转化仍需进一步验证	阐明m6A修饰与PDAC免疫逃逸的关系并开发治疗策略	胰腺导管腺癌(PDAC)患者样本和模型	肿瘤免疫学	胰腺癌	转录组分析、成像质谱流式、m6A定量、MeRIP、RIP、RNA pull-down、scRNA-seq、流式细胞术、mIHC	PDAC类器官、患者来源组织片段、人源化小鼠模型	转录组数据、蛋白质组数据、影像数据	122例PDAC患者多模态队列+6个独立验证队列
83	2025-04-02	Single-cell sequencing reveals the same heterogeneity of neutrophils in heatstroke-induced lung and liver injury 2025-Mar-28, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.mucimm.2025.03.005 PMID:40158777	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术揭示了热射病（HS）诱导的肺和肝损伤中中性粒细胞的异质性	研究发现中性粒细胞通过Cxcr2-Cxcl2受体-配体对介导的增强浸润是HS诱导肺损伤的显著特征，并揭示了Cd177+中性粒细胞在器官损伤中的关键作用及Cebpe作为其分化的关键转录调控因子	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	探索热射病（HS）诱导的多器官功能障碍（MODS）的机制	热射病小鼠模型的肺组织和肝组织	digital pathology	heatstroke	scRNA-seq	mouse model	RNA sequencing data	NA
84	2025-04-02	Epigenetic alteration of smooth muscle cells regulates endothelin-dependent blood pressure and hypertensive arterial remodeling 2025-Mar-27, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI186146 PMID:40146226	研究论文	研究平滑肌细胞(SMC)表观遗传变化如何调节内皮素依赖性血压和高血压动脉重塑	通过GWAS和精细定位发现KDM6 (JMJD3)位点的rs62059712变异与血压调节相关，并揭示了JMJD3在SMC中的功能机制	研究主要基于小鼠模型，人类数据验证有限	探索高血压中平滑肌细胞功能调控的遗传和表观遗传机制	平滑肌细胞(SMC)和高血压相关基因	心血管疾病	高血压	GWAS, 统计精细定位, scRNA-seq	SMC特异性Jmjd3缺陷小鼠模型(Jmjd3flox/floxMyh11CreERT)	基因组数据, 转录组数据	人类动脉单细胞RNA测序数据和小鼠模型
85	2025-04-02	TMEM55A-mediated PI5P signalling regulates alpha cell actin depolymerisation and glucagon secretion 2025-Mar-26, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-025-06411-9 PMID:40140059	research paper	研究揭示了TMEM55A通过调控细胞内PI5P和F-actin网络来调节α细胞胞吐作用和胰高血糖素分泌的新途径	发现了TMEM55A通过PI5P信号调控α细胞F-actin解聚和胰高血糖素分泌的新机制	研究主要基于体外实验，需要进一步在体内验证	验证TMEM55A及其潜在信号分子在α细胞功能和胰高血糖素分泌中的作用	人和小鼠的胰岛α细胞	细胞生物学	糖尿病	膜片钳电生理学、单细胞RNA测序、共聚焦显微镜	NA	电生理记录、RNA测序数据、显微镜图像	人和小鼠的胰岛α细胞
86	2025-04-02	Integrative spatial omics reveals distinct tumor-promoting multicellular niches and immunosuppressive mechanisms in Black American and White American patients with TNBC 2025-Mar-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.17.585428 PMID:38562769	research paper	该研究通过整合空间组学技术，揭示了非裔美国人和白人三阴性乳腺癌患者中不同的肿瘤促进多细胞生态位和免疫抑制机制	首次使用成像质谱流式和空间转录组学相结合的多组学方法，系统比较了不同种族TNBC患者的肿瘤微环境特征	样本量相对有限，且仅针对美国黑人和白人患者群体	探究三阴性乳腺癌临床结果种族差异的生物学机制	自我认定为非裔美国人(BA)和白人(WA)的三阴性乳腺癌患者	digital pathology	breast cancer	imaging mass cytometry, spatial transcriptomics	NA	spatial omics data	BA和WA TNBC患者样本
87	2025-04-02	Comparative single cell analysis of transcriptional bursting reveals the role of genome organization on de novo transcript origination 2025-Mar-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.29.591771 PMID:38746255	research paper	该研究通过比较单细胞转录组分析，揭示了基因组组织在新生转录本起源中的作用	发现物种和细胞类型特异性差异之间的强相关性，并识别出198个核心基因集，这些基因能稳健预测细胞类型身份	研究仅针对三个近缘物种，可能限制了结果的广泛适用性	探究基因组组织对精子发生过程中分子进化的影响	精子发生过程中的细胞类型和新生转录本	基因组学	NA	scRNA-Seq, RNA fluorescence in situ hybridization (FISH)	NA	单细胞转录组数据	三个近缘物种的精子发生过程细胞
88	2025-04-02	Human long noncoding RNA VILMIR is induced by major respiratory viral infections and modulates the host interferon response 2025-Mar-25, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.00141-25 PMID:40130878	research paper	该研究通过大规模转录组数据分析，发现并验证了一种新型长链非编码RNA VILMIR，其在多种呼吸道病毒感染中被诱导表达，并调控宿主干扰素反应	首次鉴定出VILMIR作为一种新型干扰素刺激基因(ISG)，在流感、SARS-CoV-2和RSV等多种呼吸道病毒感染中发挥调控作用	VILMIR的具体作用机制尚未完全阐明，需要进一步研究	鉴定在人类呼吸道病毒感染中起关键作用的新型lncRNA靶点	人类上皮细胞系(A549、SUP-T1、THP-1)和COVID-19患者的支气管肺泡灌洗液样本	分子生物学	呼吸道病毒感染(流感、COVID-19、RSV)	RNA-seq(包括bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq)	NA	转录组数据	多种人类细胞系和COVID-19患者样本
89	2025-04-02	TNFR1-mediated senescence and lack of TNFR2-signaling limit human intervertebral disc cell repair potential in degenerative conditions 2025-Mar-24, Osteoarthritis and cartilage IF:7.2Q1 DOI:10.1016/j.joca.2025.02.791 PMID:40139648	research paper	该研究探讨了在疼痛性椎间盘退变（IVDD）进展中，促炎性TNFα受体1（TNFR1）和促修复性TNFR2信号的作用机制及治疗靶点	研究发现IVDD条件下hAF细胞的代谢率降低、炎症反应减弱和衰老现象主要由TNFR1信号主导，而TNFR2信号在原生IVD细胞中缺失，提示增强TNFR2信号可能需要引入其他表达TNFR2的细胞	研究未涉及TNFR2信号在IVD修复中的具体作用机制，且样本来源有限	识别疼痛性椎间盘退变（IVDD）进展中的机制和治疗靶点	IVDD组织和细胞，人类纤维环（hAF）细胞	生物医学	椎间盘退变	scRNA-seq, bulk RNA-seq, 多重蛋白阵列	NA	基因表达数据, 蛋白质数据	IVDD和尸检来源的组织和细胞
90	2025-04-02	CellBouncer, A Unified Toolkit for Single-Cell Demultiplexing and Ambient RNA Analysis, Reveals Hominid Mitochondrial Incompatibilities 2025-Mar-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.23.644821 PMID:40166335	research paper	介绍了一个名为CellBouncer的计算工具包，用于解复用和分析来自合并实验的单细胞测序数据	CellBouncer能够分离和量化多物种和多个体细胞混合物，识别细胞中未知的线粒体单倍型，从脂质缀合条形码或CRISPR sgRNAs分配处理，并推断池组成，性能优于现有方法	NA	开发一个计算工具包，用于解复用和分析单细胞测序数据，以支持合并实验的设计	单细胞测序数据，特别是来自合并实验的数据	生物信息学	NA	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	10个细胞融合系
91	2025-04-02	BASELINE: A CRISPR Base Editing Platform for Mammalian-Scale Single-Cell Lineage Tracing 2025-Mar-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.19.644238 PMID:40166145	research paper	介绍了一种名为BASELINE的CRISPR碱基编辑平台，用于哺乳动物规模的单细胞谱系追踪	使用Cas12a腺嘌呤碱基编辑器在细胞基因组中不可逆地编辑核苷酸，实现了高分辨率的谱系树构建，信息记录量是现有技术的50倍	在细胞工程中，小型、更分散的系统可能具有挑战性	开发一种高分辨率、大规模的细胞谱系追踪技术	哺乳动物细胞，特别是胰腺癌模型中的细胞	基因编辑	胰腺癌	CRISPR, Cas12a腺嘌呤碱基编辑, 单细胞测序	NA	基因组数据	NA
92	2025-04-02	CellPie: a scalable spatial transcriptomics factor discovery method via joint non-negative matrix factorization 2025-Mar-20, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf251 PMID:40167331	研究论文	介绍了一种名为CellPie的快速无监督因子发现方法，用于联合非负矩阵分解空间RNA转录本和组织学图像特征	CellPie采用加速分层最小二乘法显著减少计算时间，适用于高维空间转录组数据集	NA	开发一种高效的空间转录组学因子发现方法	空间RNA转录本和组织学图像特征	空间转录组学	癌症	非负矩阵分解(NMF)	NA	空间RNA转录本和组织学图像	三种不同空间分辨率的人类癌症类型数据集，包括高分辨率Visium HD数据集
93	2025-04-02	scMEDAL for the interpretable analysis of single-cell transcriptomics data with batch effect visualization using a deep mixed effects autoencoder 2025-Mar-19, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6081478/v1 PMID:40166015	research paper	介绍了一种名为scMEDAL的框架，用于单细胞转录组数据的可解释性分析，通过深度混合效应自编码器进行批次效应可视化	scMEDAL通过两个互补的自编码器网络分别建模批次不变和批次特异性效应，结合对抗学习和贝叶斯自编码器，增强了数据的准确性和可解释性	NA	解决单细胞RNA测序数据中技术和生物批次效应的混淆问题	单细胞转录组数据	生物信息学	自闭症、白血病、心血管疾病	scRNA-seq	深度混合效应自编码器（deep mixed effects autoencoder）	单细胞转录组数据	NA
94	2025-04-02	Accurate trajectory inference in time-series spatial transcriptomics with structurally-constrained optimal transport 2025-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.19.644194 PMID:40166168	research paper	提出了一种基于最优传输的时空轨迹推断方法SOCS，用于时间序列空间转录组数据，以保持生物结构单元的完整性	SOCS方法在轨迹推断中保持了生物结构单元的空间连贯性，相比现有方法能产生更合理的轨迹估计	未提及具体的应用限制或数据规模限制	提高时间序列空间转录组数据中轨迹推断的准确性	时间序列空间转录组数据	computational biology	NA	spatial transcriptomics	Optimal Transport	gene expression data	NA
95	2025-04-02	Lineage Tracing Reveals Clone-Specific Responses to Doxorubicin in Triple-Negative Breast Cancer 2025-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.18.643980 PMID:40166195	research paper	该研究利用谱系追踪系统ClonMapper结合单细胞RNA测序技术，探索了三阴性乳腺癌对阿霉素的克隆特异性反应	揭示了在阿霉素治疗过程中，三阴性乳腺癌中存在两种转录组学上不同的克隆亚群，并且克隆持久性表现出与克隆身份无关的治疗反应	研究仅基于模型进行，未涉及临床患者样本，可能无法完全反映人类三阴性乳腺癌的复杂性	阐明三阴性乳腺癌对阿霉素治疗的克隆特异性反应机制	三阴性乳腺癌模型中的克隆群体	digital pathology	breast cancer	scRNA-seq, lineage-tracing	NA	RNA-seq数据	NA
96	2025-04-02	Spatial Transcriptomics Identifies Immune-Stromal Niches Associated with Cancer in Adult Dermatomyositis 2025-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.19.644147 PMID:40166232	研究论文	本研究通过空间转录组学和单细胞转录组学分析，揭示了成人皮肌炎（DM）中与癌症相关的独特免疫和基质微环境	首次全面绘制了成人皮肌炎中免疫和基质细胞的空间分布图，并发现了与癌症相关的独特免疫-基质微环境	研究样本可能有限，且未涉及其他自身免疫性疾病的广泛比较	探索成人皮肌炎中免疫和基质微环境的特征及其与癌症的关联	成人皮肌炎（DM）和皮肤红斑狼疮（CLE）患者的皮肤组织	数字病理学	皮肌炎	空间转录组学、单细胞转录组学	NA	转录组数据	未明确说明样本数量，但涉及DM和CLE患者的皮肤组织
97	2025-04-02	A tissue-scale strategy for sensing threats in barrier organs 2025-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.19.644134 PMID:40166266	research paper	研究揭示了屏障器官在组织尺度上采用分层威胁感知策略，以平衡宿主保护与组织损伤	通过单分子成像和空间转录组学技术，发现了屏障器官中PRR表达的空间梯度导致细胞类型特异性威胁感知概率的分层策略	研究主要基于流感感染的肺部模型，可能不适用于所有屏障器官或感染类型	探究屏障器官如何评估威胁并调整免疫反应以平衡宿主保护与组织损伤	流感感染中的肺部组织	免疫学	流感	单分子成像, 空间转录组学	NA	图像, 转录组数据	NA
98	2025-04-02	Spatial analysis of IPMNs defines a paradoxical KRT17-positive, low-grade epithelial population harboring malignant features 2025-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.18.643943 PMID:40166305	research paper	该研究通过空间转录组学分析IPMNs，发现了一个具有恶性特征的KRT17阳性低级别上皮细胞亚群	识别出IPMN中KRT17阳性低级别上皮细胞亚群，这些细胞具有恶性转录特征，可能代表向高级别不典型增生过渡的状态	研究样本量有限，需要更大规模的验证	探究IPMN进展过程中的转录变化，提高对IPMN恶性风险的评估准确性	胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤(IPMN)患者样本	digital pathology	pancreatic cancer	spatial transcriptomics, single cell RNA sequencing, immunofluorescence	NA	transcriptomic data, imaging data	包含IPMN疾病全谱的患者样本(低级别不典型增生、高级别不典型增生和IPMN来源的癌)
99	2025-04-02	Machine learning predictions from unpredictable chaos 2025-Mar-19, ArXiv PMID:40166748	research paper	本文介绍了一种名为混沌学习的新型多尺度拓扑范式，能够从混沌系统中进行准确预测	首次提出混沌学习范式，通过多尺度拓扑拉普拉斯算子将现实世界数据嵌入混沌动力系统，实现前所未有的定量预测	NA	探索混沌系统中的预测可能性，改变对混沌的传统认知	混沌系统（如Lorenz和Rossler吸引子）和现实世界数据（脑电波、蛋白质数据、单细胞RNA测序数据和图像数据）	machine learning	NA	multiscale topological Laplacians	NA	脑电波数据、蛋白质数据、单细胞RNA测序数据、图像数据	28个数据集（10个脑电波数据集、4个基准蛋白质数据集、13个单细胞RNA测序数据集和1个图像数据集）
100	2025-04-02	VISTA Uncovers Missing Gene Expression and Spatial-induced Information for Spatial Transcriptomic Data Analysis 2025-Mar-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.26.609718 PMID:40166134	research paper	本文介绍了一种名为VISTA的新方法，旨在预测空间转录组学（SST）数据中未观测到的基因表达水平	VISTA通过变分推理和几何深度学习联合建模scRNA-seq数据和SST数据，并引入不确定性量化，填补了SST数据中基因表达缺失的空白	尽管VISTA在SST数据中表现出色，但其性能可能受到SST技术本身基因数量限制的影响	解决空间转录组学（SST）数据中基因表达缺失的问题，提升空间诱导细胞状态和特征的理解	空间转录组学（SST）数据和单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据	digital pathology	NA	scRNA-seq, SST	variational inference, geometric deep learning	gene expression data	四个SST数据集