单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
881	2025-02-10	Decoding the blueprints of embryo development with single-cell and spatial omics 2025-Mar, Seminars in cell & developmental biology IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.semcdb.2025.01.002 PMID:39889540	综述	本文深入探讨了单细胞和空间组学技术在胚胎发育研究中的最新技术进展及其应用	提供了单细胞和空间多组学方法的最新进展，并系统整理了这些技术在胚胎发育领域的应用	未具体提及技术的局限性	探讨单细胞和空间组学技术在胚胎发育研究中的应用及其潜力	胚胎发育过程中的细胞分化和基因表达变化	生物信息学	NA	单细胞测序、空间转录组学	NA	转录组数据、多组学数据	NA
882	2025-02-10	Unveiling the role of MDH1 in breast cancer drug resistance through single-cell sequencing and schottenol intervention 2025-Mar, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111608 PMID:39818404	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序数据揭示了乳腺癌和正常上皮细胞的转录组特征，并探讨了MDH1基因在乳腺癌药物耐药性中的作用	通过单细胞RNA测序揭示了乳腺癌的异质性，并首次发现MDH1基因在乳腺癌药物敏感性中的关键调控作用，以及Schottenol通过下调MDH1表达抑制乳腺癌细胞增殖的机制	研究主要基于单细胞RNA测序数据，未涉及其他组学数据的整合分析，且样本量未明确说明	揭示MDH1基因在乳腺癌药物耐药性中的作用，并探索Schottenol作为克服乳腺癌药物耐药性的潜在策略	乳腺癌细胞、正常上皮细胞、肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）及髓系细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明
883	2025-02-09	Single-cell transcriptomics reveals intratumor heterogeneity and the potential roles of cancer stem cells and myCAFs in colorectal cancer liver metastasis and recurrence 2025-Mar-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217452 PMID:39805388	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术全面描绘了结直肠癌原发灶和肝转移灶的转录组景观，揭示了癌细胞亚群与肌成纤维细胞样CAFs（myCAFs）之间的新型细胞间相互作用	发现了具有干细胞样特征和转移潜能的癌细胞亚群（stem/TA-like细胞），并揭示了myCAFs通过旁分泌信号（如FN1-CD44和GDF15-TGFBR2配体-受体对）在肝转移过程中的潜在作用	未明确说明样本量及具体实验设计的细节	探讨结直肠癌肝转移和复发的分子机制，特别是癌细胞亚群和myCAFs的作用	结直肠癌原发灶和肝转移灶的癌细胞亚群及myCAFs	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	NA
884	2025-02-09	Immune mechanisms in multiple sclerosis: CD3 levels on CD28+ CD4+ T cells link antibody responses to human herpesvirus 6 2025-Mar, Cytokine IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.cyto.2025.156866 PMID:39884183	研究论文	本研究通过孟德尔随机化分析探讨了抗体介导的免疫反应与多发性硬化症（MS）之间的联系，并揭示了CD28+ CD4+ T细胞上CD3水平通过改变人类疱疹病毒6（HHV-6）的比例对MS进展的影响	揭示了CD28+ CD4+ T细胞上CD3水平通过改变HHV-6比例对MS进展的影响，为HHV-6介导的MS生物学机制提供了新的见解	抗体介导的免疫反应与MS之间的确切因果关系仍不明确	探讨抗体介导的免疫反应与多发性硬化症（MS）之间的关联，并识别可能参与MS发病和进展的特定感染病原体	多发性硬化症（MS）患者和对照组	免疫学	多发性硬化症	单细胞测序，孟德尔随机化分析	NA	基因表达数据	MS患者和对照组
885	2025-02-08	Creatine promotes endometriosis progression by inducing M2 polarization of peritoneal macrophages 2025-Mar-01, Reproduction (Cambridge, England) DOI:10.1530/REP-24-0278 PMID:39679878	研究论文	本研究揭示了肌酸（CR）通过诱导腹膜巨噬细胞的M2极化，促进子宫内膜异位症（EM）的血管生成、纤维化和病变进展，为潜在的治疗策略提供了新的见解	首次发现肌酸在子宫内膜异位症中通过诱导腹膜巨噬细胞的M2极化，促进病变进展，为治疗提供了新的靶点	研究主要基于体外实验，需要进一步的体内实验验证	探讨肌酸在子宫内膜异位症中的作用机制	子宫内膜异位症患者的腹膜巨噬细胞	NA	子宫内膜异位症	单细胞测序、RNA测序	NA	基因表达数据	子宫内膜异位症患者与无病女性的腹膜巨噬细胞
886	2025-02-08	TEAD3 and TEAD4 play overlapping role in bovine preimplantation development 2025-Mar-01, Reproduction (Cambridge, England) DOI:10.1530/REP-24-0307 PMID:39679917	研究论文	本研究探讨了TEAD3和TEAD4在牛胚胎植入前发育中对滋养外胚层命运决定的重叠作用	揭示了TEAD3和TEAD4在牛胚胎植入前发育中的冗余功能，与小鼠模型中的发现形成对比	研究仅限于牛胚胎，未涉及其他哺乳动物	确定TEAD3在牛胚胎植入前发育中的功能角色	牛胚胎植入前发育	发育生物学	NA	单细胞RNA测序、RNA干扰、碱基编辑技术	NA	RNA测序数据、免疫荧光数据	未明确提及样本数量
887	2025-02-08	Microglial Responses to Alzheimer's Disease Pathology: Insights From "Omics" Studies 2025-Mar, Glia IF:5.4Q1 DOI:10.1002/glia.24666 PMID:39760224	综述	本文综述了利用多种组学技术研究阿尔茨海默病（AD）中小胶质细胞反应的方法和发现	综合了多种组学技术（如转录组学、表观基因组学、空间转录组学、蛋白质组学、脂质组学和代谢组学）在小鼠AD模型中的应用，揭示了小胶质细胞表型和分子模式的异质性	主要基于小鼠模型的研究，可能无法完全反映人类AD的复杂性	探讨小胶质细胞在阿尔茨海默病病理中的作用机制	小胶质细胞和阿尔茨海默病小鼠模型	数字病理学	老年病	转录组学、表观基因组学、空间转录组学、蛋白质组学、脂质组学、代谢组学	NA	组学数据	NA
888	2025-02-08	Assessing spatial sequencing and imaging approaches to capture the molecular and pathological heterogeneity of archived cancer tissues 2025-Mar, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6383 PMID:39846232	研究论文	本文评估了空间转录组学（ST）和成像方法在捕捉存档癌症组织分子和病理异质性方面的应用	本文创新性地优化了两种测序协议，使其能够处理具有挑战性的福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织，并评估了多种成像方法在量化肿瘤异质性方面的表现	研究主要针对皮肤来源的FFPE组织，且样本存储时间跨度较大（4至14年），可能影响结果的普遍性	评估空间转录组学和成像方法在存档癌症组织中的应用，以解析其分子和病理异质性	存档的癌症组织，特别是福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织	数字病理学	癌症	空间转录组学（ST）、多路RNA单分子成像（RNAScope）、多路蛋白成像（CODEX）	NA	图像、基因表达数据	存储时间跨度4至14年的FFPE组织样本
889	2025-02-08	GALNT5 promotes migration and invasion of pancreatic ductal adenocarcinoma cells by activating Erk signaling pathway 2025-Mar, Biochimica et biophysica acta. General subjects DOI:10.1016/j.bbagen.2025.130769 PMID:39870120	研究论文	本文研究了GALNT5在胰腺导管腺癌（PDAC）中的迁移和侵袭作用及其机制	首次发现GALNT5通过激活Erk信号通路促进PDAC细胞的迁移和侵袭	未涉及GALNT5在其他类型癌症中的作用	探讨GALNT5在PDAC中的功能及其分子机制	胰腺导管腺癌细胞	癌症研究	胰腺癌	RNA-Seq, 单细胞测序	NA	RNA-Seq数据, 单细胞测序数据	TCGA和GTEx数据库中的RNA-Seq数据, 公开可用的单细胞测序数据
890	2025-02-06	Gal-3 activates Tyro3 to ameliorate ferroptosis of hippocampal neurons after traumatic brain injury 2025-Mar-11, Molecular therapy. Nucleic acids DOI:10.1016/j.omtn.2024.102433 PMID:39902149	研究论文	本文研究了创伤性脑损伤（TBI）后海马神经元的铁死亡机制，并探讨了Gal-3通过激活Tyro3来改善神经元铁死亡的作用	首次揭示了Tyro3在TBI后神经元铁死亡中的关键作用，并发现Gal-3通过激活Tyro3具有神经保护作用	研究主要基于动物模型，尚未在人类中进行验证	探讨TBI后海马神经元铁死亡的机制及其潜在治疗靶点	创伤性脑损伤后的海马神经元	生物信息学	创伤性脑损伤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
891	2025-02-05	Glial 'omics in ischemia: Acute stroke and chronic cerebral small vessel disease 2025-Mar, Glia IF:5.4Q1 DOI:10.1002/glia.24634 PMID:39463002	研究论文	本文探讨了胶质细胞在急性中风和慢性脑小血管疾病中的多组学研究	通过单细胞RNA测序和多模态空间转录组分析，识别了缺血暴露下的小胶质细胞和星形胶质细胞的新亚型及其功能	NA	阐明胶质细胞在急性缺血性中风和慢性脑小血管疾病中的反应机制	小胶质细胞和星形胶质细胞	数字病理学	中风	单细胞RNA测序、空间转录组分析	NA	RNA测序数据	NA
892	2025-02-05	Single-cell transcriptomic analysis and luteolin treatment reveal three adipogenic genes, including Aspn, Htra1 and Efemp1 2025-Mar, Biochimica et biophysica acta. Molecular and cell biology of lipids DOI:10.1016/j.bbalip.2024.159585 PMID:39662603	研究论文	本文通过单细胞转录组分析比较了肥胖和瘦小鼠的脂肪干细胞和祖细胞（ASPCs），并揭示了三个脂肪生成基因Aspn、Htra1和Efemp1	通过单细胞RNA测序数据集分析，识别了肥胖和瘦小鼠ASPCs中的差异基因，并发现这些基因在3T3-L1细胞分化中的表达变化，以及木犀草素对这些基因表达的逆转作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类样本中进行验证	识别与肥胖相关的脂肪生成基因，并探讨木犀草素对这些基因的影响	肥胖和瘦小鼠的脂肪干细胞和祖细胞（ASPCs）	生物信息学	肥胖	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	三个独立的单细胞RNA测序数据集
893	2025-02-05	The next generation of regenerative dentistry: From tooth development biology to periodontal tissue, dental pulp, and whole tooth reconstruction in the clinical setting 2025-Mar, Regenerative therapy IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.reth.2025.01.002 PMID:39885872	review	本文综述了牙齿发育的基础过程、基础研究的最新发现以及牙科再生医学中的临床应用，探讨了实现牙齿和牙周组织完全再生的潜力	本文结合单细胞RNA测序和空间转录组学等最新技术，探讨了从牙齿发育生物学到牙周组织、牙髓及全牙重建的再生牙科新方向	尽管技术进展显著，但牙齿和牙周组织的完全再生在临床应用中仍未实现	探讨实现牙齿和牙周组织完全再生的科学基础和临床潜力	牙齿、牙周组织、牙髓及全牙重建	再生医学	牙科疾病	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	分子数据	NA
894	2025-02-05	Hepatic HSD17B6 is dispensable for diet-induced fatty liver disease in mice 2025-Mar, Biochemistry and biophysics reports IF:2.3Q3 DOI:10.1016/j.bbrep.2025.101924 PMID:39896111	研究论文	本研究探讨了HSD17B6在饮食诱导的脂肪肝疾病中的作用	首次揭示了HSD17B6在肝脏中的表达与脂肪肝疾病的相关性，并发现其肝脏特异性缺失不影响脂肪肝疾病的发展	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究HSD17B6在饮食诱导的脂肪肝疾病中的作用	小鼠模型	代谢疾病研究	脂肪肝疾病	单细胞RNA测序, AAV8介导的基因编辑	基因敲除小鼠模型	RNA测序数据, 蛋白质组数据	小鼠模型
895	2025-02-05	Single-cell RNA sequencing provides new insights into the interaction between astrocytes and neurons after spinal cord injury in mice 2025-Mar, Biochemistry and biophysics reports IF:2.3Q3 DOI:10.1016/j.bbrep.2025.101917 PMID:39896108	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了小鼠脊髓损伤后不同阶段及正常组织中星形胶质细胞和神经元亚型的动态变化及其功能，揭示了特定星形胶质细胞亚型在脊髓损伤过程中可能向神经元转化的机制	发现了一种特定亚型的星形胶质细胞，其具有独特的基因表达特征，并在脊髓损伤过程中可能转化为神经元，同时揭示了糖酵解途径在这一细胞转化过程中的重要作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨脊髓损伤后星形胶质细胞与神经元之间的相互作用及其在疾病进展中的机制	小鼠脊髓损伤模型中的星形胶质细胞和神经元	数字病理学	脊髓损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	小鼠脊髓损伤模型及正常组织样本
896	2025-02-03	Identify and analyze ferroptosis-related molecular modules and immune signatures in epilepsy using microarray-based transcriptome profiling and single-cell sequencing 2025-Mar-20, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2025.149227 PMID:39848347	研究论文	本研究通过微阵列转录组分析和单细胞测序技术，识别并分析了癫痫中铁死亡相关分子模块和免疫特征	首次结合机器学习算法和单细胞测序技术，揭示了癫痫中铁死亡相关基因的分子机制和免疫特征，并建立了癫痫诊断模型	研究主要依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	探索癫痫中铁死亡相关基因的分子机制和免疫特征	癫痫患者的血液和脑组织样本	生物信息学	癫痫	微阵列转录组分析, 单细胞测序, RT-qPCR, Western Blot	机器学习算法	转录组数据, 单细胞数据	来自GEO数据库的癫痫患者血液和脑组织数据集
897	2025-02-03	A3AR antagonism mitigates metabolic dysfunction-associated steatotic liver disease by exploiting monocyte-derived Kupffer cell necroptosis and inflammation resolution 2025-Mar, Metabolism: clinical and experimental DOI:10.1016/j.metabol.2024.156114 PMID:39732364	研究论文	本研究探讨了选择性A3AR拮抗剂FM101通过诱导单核细胞来源的Kupffer细胞坏死性凋亡和炎症消退，改善代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MASLD）的机制	首次揭示了A3AR在MASLD中的作用机制，并证明了FM101通过诱导线粒体功能障碍和坏死性凋亡来改善MASLD的潜力	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行临床试验	研究A3AR拮抗剂对MASLD的治疗效果及其机制	MASLD患者和高脂饮食喂养的小鼠	代谢疾病研究	代谢功能障碍相关脂肪性肝病	空间转录组学	A3AR敲除小鼠模型	基因表达数据、组织病理学数据	MASLD患者样本和高脂饮食喂养的小鼠样本
898	2025-01-26	Persistent pre-exhausted CD8+ T cells shape the tumor immune microenvironment in anaplastic thyroid cancer 2025-Mar-01, Endocrine-related cancer IF:4.1Q2 DOI:10.1530/ERC-24-0169 PMID:39752183	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了未分化甲状腺癌（ATC）和乳头状甲状腺癌（PTC）的肿瘤免疫微环境，特别关注了预耗竭CD8+ T细胞的普遍性和生物标志物	首次通过单细胞RNA测序技术全面分析了ATC和PTC的肿瘤免疫微环境，并识别了预耗竭CD8+ T细胞的潜在生物标志物GNLY	未来研究需要进一步探索GNLY及其他已识别生物标志物在甲状腺癌免疫反应中的功能影响	了解未分化甲状腺癌的肿瘤免疫微环境，以开发靶向免疫疗法	未分化甲状腺癌（ATC）和乳头状甲状腺癌（PTC）的肿瘤免疫微环境	数字病理学	甲状腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	多个独立的ATC和PTC单细胞转录组数据集
899	2025-01-25	Developing and experimental validating a T cell senescence-related gene signature to predict prognosis and immunotherapeutic sensitivity in non-small cell lung cancer 2025-Mar-15, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2025.149233 PMID:39800199	研究论文	本文开发并实验验证了一个与T细胞衰老相关的基因特征，用于预测非小细胞肺癌（NSCLC）的预后和免疫治疗敏感性	首次整合了SLC2A1、TNS4和GGTLC1基因构建风险模型，用于预测NSCLC的预后和免疫治疗反应	研究依赖于公开数据集和少量本地医院样本，可能影响结果的广泛适用性	研究T细胞衰老相关基因在NSCLC中的预后意义及其对免疫治疗敏感性的预测能力	非小细胞肺癌（NSCLC）患者及其T细胞	数字病理学	肺癌	scRNA-seq、多变量Cox回归	风险模型	基因表达数据、临床数据	TCGA-NSCLC数据集用于训练，8个独立的GEO NSCLC队列用于验证，10对癌旁和NSCLC组织样本用于实验验证
900	2025-01-25	The XCL1-XCR1 axis supports intestinal tissue residency and antitumor immunity 2025-Mar-03, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20240776 PMID:39841133	研究论文	本文探讨了XCL1-XCR1轴在肠道组织驻留和抗肿瘤免疫中的作用	揭示了XCL1-XCR1轴在指导肠道CD8+ TRM空间分化和肿瘤控制中的非细胞自主作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本的分析较少	研究XCL1-XCR1轴在肠道组织驻留和抗肿瘤免疫中的作用	肠道组织驻留记忆T细胞（TRM）和肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）	免疫学	肿瘤	靶向空间转录组学	小鼠遗传模型	基因表达数据	小鼠模型和人类TIL及TRM样本