单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
861	2025-02-21	Helicobacter pylori induces GBA1 demethylation to inhibit ferroptosis in gastric cancer 2025-Mar, Molecular and cellular biochemistry IF:3.5Q3 DOI:10.1007/s11010-024-05105-x PMID:39283563	研究论文	本研究探讨了胃癌的潜在治疗靶点，重点关注与铁死亡相关的基因	揭示了幽门螺杆菌感染通过触发GBA1基因的去甲基化和上调，抑制胃癌细胞中的铁死亡，为胃癌治疗提供了新的潜在靶点	NA	探索胃癌治疗的新策略，特别是通过调控铁死亡相关基因	胃癌细胞及幽门螺杆菌感染模型	NA	胃癌	下一代测序（NGS）、qRT-PCR、Western blot、CCK-8、EdU、FerrOrange、GSH、MDA、C11-BODIPY、质谱分析	NA	基因表达数据、甲基化数据、单细胞测序数据、TCGA-STAD数据库数据	NA
862	2025-02-21	Single-Cell Transcriptome Identifies a Proinflammatory B-Cell Subset in Hepatitis B Virus Associated Acute-on-Chronic Liver Failure 2025-Mar, Journal of viral hepatitis IF:2.5Q3 DOI:10.1111/jvh.70012 PMID:39976290	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术，揭示了乙型肝炎病毒相关急性-慢性肝衰竭（ACLF）患者外周血中B细胞亚群的变化及其在炎症反应中的作用	首次在ACLF患者中通过单细胞转录组测序技术全面解析了B细胞亚群的变化，并发现幼稚B细胞在ACLF中的比例显著增加及其在炎症反应中的激活	研究样本量有限，且未深入探讨B细胞亚群变化的具体分子机制	探讨ACLF患者外周血中B细胞的免疫机制及其在疾病进展中的作用	乙型肝炎病毒相关急性-慢性肝衰竭（ACLF）患者和健康对照者的外周血单核细胞	数字病理学	肝病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据	临床ACLF患者和健康对照者的外周血单核细胞
863	2025-02-20	The Microscope and Beyond: Current Trends in the Characterization of Kidney Allograft Rejection From Tissue Samples 2025-Mar-01, Transplantation IF:5.3Q1 DOI:10.1097/TP.0000000000005153 PMID:39436268	review	本文回顾了当前和新兴的工具，这些工具有潜力从组织样本中增强对肾移植排斥反应的表征	讨论了数字病理工作流程的数字化、深度学习的应用、多重免疫组织化学、单细胞转录组学和空间转录组学等新兴技术，这些技术有望解决Banff系统的当前盲点	Banff分类仍然以活检为中心，主要依赖于半定量组织学评分系统，缺乏可重复性和粒度	增强对肾移植排斥反应的表征	肾移植排斥反应的组织样本	digital pathology	kidney disease	multiplex immunohistochemistry, transcriptomics, single-cell transcriptomics, spatial transcriptomics	deep learning	image, transcriptomics data	NA
864	2025-02-20	Follicular cytotoxic T cells is dysfunctional in chronic hepatitis B patients with non-alcoholic fatty liver disease 2025-Mar, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2024.167646 PMID:39743024	研究论文	本研究探讨了慢性乙型肝炎（CHB）患者中非酒精性脂肪肝病（NAFLD）对滤泡细胞毒性T细胞（Tfc）异质性的影响	首次揭示了CHB合并NAFLD患者中Tfc细胞的长期记忆特性和功能受损，并提出了通过维持氧化还原平衡来增强Tfc效应记忆细胞特性的创新治疗策略	样本量相对较小，且未探讨其他潜在机制	探索CHB患者中NAFLD对Tfc细胞异质性的影响	32名健康对照、36名未治疗的CHB患者和19名未治疗的CHB合并NAFLD患者	免疫学	慢性乙型肝炎、非酒精性脂肪肝病	多色流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	细胞数据、RNA测序数据	87名参与者（32名健康对照、36名CHB患者、19名CHB合并NAFLD患者）
865	2025-02-20	Longitudinal single-cell RNA sequencing reveals a heterogeneous response of plasma cells to colonic inflammation 2025-Mar, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2024.139307 PMID:39753172	研究论文	本研究通过纵向单细胞RNA测序揭示了浆细胞在结肠炎症中的异质性反应	首次在DSS诱导的小鼠结肠炎模型中，通过单细胞RNA测序技术全面分析了浆细胞在不同炎症阶段的动态变化，并识别了关键基因和转录因子的调控作用	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类样本，且样本量较小	研究浆细胞在结肠炎症中的动态变化及其调控机制	DSS诱导的结肠炎模型中的浆细胞	单细胞RNA测序	结肠炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	六周龄雄性C57BL/6小鼠
866	2025-02-20	LncRNA-MEG3/miR-93-5p/SMAD7 axis mediates proliferative and inflammatory phenotypes of fibroblast-like synoviocytes in rheumatoid arthritis 2025-Mar, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2024.139390 PMID:39755314	研究论文	本文通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据集，揭示了类风湿性关节炎（RA）滑膜的细胞景观、分化轨迹、转录组特征和免疫浸润特征，并探讨了MEG3在RA加重和逆转中的作用和机制	首次揭示了MEG3/miR-93-5p/SMAD7轴在RA滑膜成纤维细胞增殖和炎症表型中的调控作用，为RA的发病机制提供了新的见解	研究主要基于体外实验和单细胞测序数据，缺乏体内实验验证，且样本量有限	探讨类风湿性关节炎（RA）的细胞、分子和免疫学机制，特别是MEG3在RA中的作用	类风湿性关节炎（RA）滑膜中的成纤维细胞	生物信息学	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序	NA	RNA测序数据	97个组间差异基因的单细胞转录组数据
867	2025-02-20	Single-cell RNA sequencing and machine learning provide candidate drugs against drug-tolerant persister cells in colorectal cancer 2025-Mar, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2025.167693 PMID:39870146	研究论文	本文利用单细胞RNA测序（scRNA-Seq）数据和机器学习模型，识别患者来源的类器官中的药物耐受持久性（DTP）细胞，并通过计算筛选针对这些细胞的候选药物	结合单细胞RNA测序和机器学习模型，首次在家族性腺瘤性息肉病（FAP）相关的结直肠癌中识别并筛选针对DTP细胞的候选药物	研究仅基于三个患者来源的类器官样本，样本量较小，可能限制结果的普适性	识别并筛选针对结直肠癌中药物耐受持久性（DTP）细胞的候选药物	患者来源的类器官（PDOs）中的DTP细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	机器学习模型	单细胞RNA测序数据	三个患者来源的类器官样本（良性肿瘤、恶性肿瘤和正常组织）
868	2025-02-19	Platelet-mediated circulating tumor cell evasion from natural killer cell killing through immune checkpoint CD155-TIGIT 2025-Mar-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000000934 PMID:38779918	研究论文	本研究揭示了循环肿瘤细胞（CTCs）通过血小板介导的CD155-TIGIT免疫检查点逃避免疫监视的机制	首次发现CTC-血小板粘附通过上调CD155抑制NK细胞杀伤，揭示了CD155-TIGIT相互作用在CTC逃避免疫监视中的关键作用	研究主要基于体外和动物实验，临床样本量有限，需进一步验证	探究循环肿瘤细胞如何逃避免疫监视并促进癌症转移	循环肿瘤细胞（CTCs）和血小板	肿瘤免疫学	癌症	单细胞RNA测序、多重免疫荧光	NA	RNA测序数据、免疫荧光图像	多种癌症类型的血液样本
869	2025-02-19	scCrab: A Reference-Guided Cancer Cell Identification Method based on Bayesian Neural Networks 2025-Mar, Interdisciplinary sciences, computational life sciences DOI:10.1007/s12539-024-00655-6 PMID:39348073	研究论文	本文提出了一种基于贝叶斯神经网络（BNN）和多头自注意力机制的参考引导自动癌细胞识别方法scCrab	scCrab方法首次结合了贝叶斯神经网络和多头自注意力机制，并能够整合外部参考数据作为先验信息，显著提高了癌细胞识别的性能	NA	开发一种高效的自动癌细胞识别方法，以提高癌症早期诊断的准确性和效率	癌细胞	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	贝叶斯神经网络（BNN）	单细胞RNA测序数据	多个数据集
870	2025-02-19	EfficientNet-resDDSC: A Hybrid Deep Learning Model Integrating Residual Blocks and Dilated Convolutions for Inferring Gene Causality in Single-Cell Data 2025-Mar, Interdisciplinary sciences, computational life sciences DOI:10.1007/s12539-024-00667-2 PMID:39578307	研究论文	本文提出了一种名为EfficientNet-resDDSC的混合深度学习模型，用于从单细胞数据中推断基因间的因果关系	该模型结合了残差块和深度可分离扩张卷积，增强了模型在初级阶段的低层次特征提取能力，并扩大了模型的感受野而不增加计算负担	NA	构建基因调控网络（GRNs），以揭示基因间的因果关系	单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据	机器学习	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	EfficientNet-resDDSC（结合残差块和深度可分离扩张卷积的EfficientNet）	单细胞RNA测序数据	四个数据集
871	2025-02-19	Single-cell RNA-seq reveals diverse molecular signatures associated with Methotrexate resistance in primary central nervous system lymphoma cells 2025-Mar, Journal of neuro-oncology IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s11060-024-04893-y PMID:39636551	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了与原发性中枢神经系统淋巴瘤（PCNSL）细胞中甲氨蝶呤耐药相关的多种分子特征	首次在单细胞水平上对甲氨蝶呤耐药的PCNSL细胞进行了基因表达网络分析，并识别出关键基因和潜在的治疗药物	研究局限于体外培养的PCNSL细胞，未涉及体内模型或临床试验	探索甲氨蝶呤耐药的分子机制，为复发性PCNSL的挽救性化疗提供新策略	原发性中枢神经系统淋巴瘤（PCNSL）细胞	生物信息学	淋巴瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq），加权基因共表达网络分析（WGCNA）	NA	单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但涉及亲代和甲氨蝶呤耐药的PCNSL细胞
872	2025-02-07	Correction to: Single-cell RNA-seq reveals diverse molecular signatures associated with Methotrexate resistance in primary central nervous system lymphoma cells 2025-Mar, Journal of neuro-oncology IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s11060-024-04922-w PMID:39913048	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
873	2025-02-18	Deciphering programmed cell death mechanisms in osteosarcoma for prognostic modeling 2025-Mar, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24269 PMID:38622876	研究论文	本研究探讨了程序性细胞死亡（PCD）基因在骨肉瘤（OS）中的作用，并利用先进的生物信息学方法开发了一个预后模型	通过单细胞测序数据和大规模测序数据的综合分析，识别了PCD相关基因的表达和通路评分，并开发了一个基于五个关键基因的预后模型	研究依赖于公开数据库的数据，可能存在数据偏差	研究目的是探讨PCD基因在骨肉瘤中的作用，并开发一个有效的预后模型	骨肉瘤（OS）	生物信息学	骨肉瘤	单细胞测序、一致性聚类、ssGSEA、LASSO算法	预后模型	基因表达数据	来自GEO和TARGET数据库的测序数据
874	2025-02-18	Integrative analysis of the bladder cancer from a cell cycle NCAM1 perspective at both single cell and bulk resolution 2025-Mar, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24260 PMID:38581187	研究论文	本文通过单细胞和批量分辨率分析膀胱癌的细胞周期相关基因，特别是NCAM1，探讨其在膀胱癌中的潜在生物标志物和治疗靶点作用	首次从细胞周期角度综合分析膀胱癌，特别是NCAM1在膀胱癌中的抑制细胞增殖作用	临床预后评估有限，需要进一步验证	探索膀胱癌的细胞周期相关基因作为预后预测生物标志物和治疗靶点的潜力	膀胱癌（BLCA）患者和细胞系	数字病理学	膀胱癌	RNA-seq, scRNA-seq, RT-qPCR, CCK-8细胞活力测定	NA	转录组数据, 单细胞RNA-seq数据	TCGA-BLCA和GSE190888队列的数据
875	2025-02-18	RETRACTION: Prognostic Value and Potential Mechanism of Cellular Senescence and Tumor Microenvironment in Hepatocellular Carcinoma: Insights From Bulk Transcriptomics and Single-Cell Sequencing Analysis 2025-Mar, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24453 PMID:39584580	撤稿	本文因同行评审过程存在问题而被撤稿	NA	同行评审过程存在问题	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
876	2025-02-18	Revolutionizing prognosis: Introducing cell death index (CDI) as a powerful prognostic tool for CSCC patients 2025-Mar, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24265 PMID:39887534	研究论文	本研究引入了一种新的预后指标——细胞死亡指数（CDI），用于宫颈鳞状细胞癌（CSCC）患者的预后评估	首次提出细胞死亡指数（CDI）作为CSCC患者的预后工具，并构建了基于23个基因的预后模型	研究依赖于公开的RNA-seq和scRNA-seq数据集，可能受到数据质量和样本量的限制	开发一种新的预后指标，以改善CSCC患者的预后评估和治疗策略	宫颈鳞状细胞癌（CSCC）患者	数字病理学	宫颈癌	RNA-seq, scRNA-seq	预后模型	基因表达数据	从GEO和TCGA数据库下载的RNA-seq和scRNA-seq数据集
877	2025-02-17	Multi-omics profiles reveal immune microenvironment alterations associated with PD-L1 checkpoint in acute pancreatitis in the early phase 2025-Mar-05, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.151451 PMID:39922059	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了急性胰腺炎早期阶段与PD-L1检查点相关的免疫微环境变化	首次整合单细胞RNA测序、数字空间分析和飞行时间细胞术（CyTOF）等多组学技术，全面解析急性胰腺炎早期免疫微环境的动态变化	研究主要集中于早期阶段的急性胰腺炎，未探讨疾病进展或慢性阶段的变化	探究急性胰腺炎早期阶段免疫微环境的动态变化及其与PD-1/PD-L1检查点的关系	小鼠模型和人类急性胰腺炎患者的胰腺及血液样本	数字病理学	急性胰腺炎	单细胞RNA测序、数字空间分析、飞行时间细胞术（CyTOF）、bulk-RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据、空间分析数据、CyTOF数据、bulk-RNA测序数据	小鼠模型和人类急性胰腺炎患者的胰腺及血液样本
878	2025-02-14	DRIM modulates Src activation and regulates angiogenic functions in vascular endothelial cells 2025-Mar, Cell biology international IF:3.3Q3 DOI:10.1002/cbin.12265 PMID:39648301	研究论文	本研究探讨了DRIM蛋白在血管内皮细胞中的作用及其通过调节Src激酶影响细胞生长、迁移和血管生成的功能	首次发现DRIM在血管内皮细胞中丰富表达，并揭示了其在调节Src激酶活性及下游信号通路中的关键作用	研究主要基于体外实验，缺乏体内实验验证DRIM在血管生成中的具体作用	探究DRIM蛋白在血管内皮细胞中的功能及其分子机制	人类血管内皮细胞	细胞生物学	NA	单细胞测序分析、蛋白质分馏法、细胞成像、蛋白质组学分析、蛋白质相互作用测定	NA	蛋白质数据、细胞成像数据	NA
879	2025-02-14	Syringin inhibits the crosstalk between macrophages and fibroblast-like synoviocytes to treat rheumatoid arthritis via PDE4 2025-Mar, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156401 PMID:39842374	研究论文	本文研究了丁香苷（SRG）通过抑制巨噬细胞和成纤维样滑膜细胞（FLS）之间的相互作用，以及通过调节磷酸二酯酶4（PDE4）来治疗类风湿性关节炎（RA）的机制	本研究首次通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）揭示了SRG在RA治疗中的多细胞调控机制，特别是通过PDE4调节巨噬细胞和FLS之间的相互作用	SRG在体外对RA-FLS没有直接作用，仅通过巨噬细胞的调节间接影响FLS	探讨SRG在治疗类风湿性关节炎中的药理机制	胶原诱导的关节炎（CIA）大鼠模型、THP-1细胞、RA-FLS	生物医学	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	CIA大鼠模型	基因表达数据	CIA大鼠模型、THP-1细胞、RA-FLS
880	2025-02-14	Tiaogeng decoction improves mild cognitive impairment in menopausal APP/PS1 mice through the ERs/NF-κ b/AQP1 signaling pathway 2025-Mar, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156391 PMID:39848022	研究论文	本研究探讨了调羹汤（TGD）通过ERs/NF-κb/AQP1信号通路改善绝经后轻度认知障碍（MCI）的药理机制	首次揭示了TGD可能通过调节ERs/NF-κb/AQP1信号通路，促进雌激素分泌，激活AQP1，减少Aβ沉积，逆转MCI神经炎症损伤，改善轻度认知障碍，并预防阿尔茨海默病（AD）的发生	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探讨TGD在预防绝经后MCI中的药理机制	绝经后APP/PS1小鼠	神经科学	阿尔茨海默病	RNA-seq, 单细胞测序, Western blotting, RT-qPCR, 透射电子显微镜	APP/PS1小鼠模型	基因表达数据, 蛋白质表达数据	不同组别的小鼠海马组织