单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
821	2025-03-01	Intratumoral Injection of Cytotoxic Drugs Plus Hapten Elicits Significant Immune Responses in Sentinel Lymph Nodes: Implications for Cancer Immunotherapy 2025-Mar-01, Pancreas IF:1.7Q3 DOI:10.1097/MPA.0000000000002439 PMID:39999315	研究论文	研究通过瘤内注射细胞毒性药物加半抗原对胰腺癌原发部位治疗后，前哨淋巴结（SLNs）的细胞和基因组变化	揭示了靶向治疗如何调节淋巴结微环境以增强局部免疫反应，并可能提高全身抗肿瘤效果	未提及具体样本量，可能影响结果的普遍性	定义前哨淋巴结的转移和远隔效应的机制	胰腺癌患者的前哨淋巴结	癌症免疫治疗	胰腺癌	scRNA-seq	NA	基因组数据	NA
822	2025-03-01	Targeting Zfp36 to combat cardiac hypertrophy: Insights into ferroptosis pathways 2025-Mar, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70247 PMID:40000392	研究论文	本研究探讨了Zfp36在心脏肥大中的调节作用，特别是通过Ythdc2/SLC7A11/GSH铁死亡途径的调节机制	首次证明了Zfp36通过抑制心肌细胞中的铁死亡来减轻心脏肥大，为针对铁死亡的治疗策略提供了新靶点	NA	研究Zfp36在心脏肥大中的调节功能及其在铁死亡中的作用机制	心肌细胞和心肌组织	生物医学	心血管疾病	单细胞测序分析	NA	基因表达数据	NA
823	2025-02-28	Monocyte-Derived cxcl12 Guides a Directional Migration of Blood Vessels in Zebrafish 2025-Mar, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.124.321588 PMID:39846165	研究论文	本研究通过活体成像和单细胞测序分析，揭示了斑马鱼胸鳍血管长距离迁移和吻合的分子机制	首次发现Cxcl12a作为信号分子，指导斑马鱼胸鳍血管与节间血管的长距离迁移和吻合，并鉴定出表达Cxcl12a的特定单核细胞群	研究仅限于斑马鱼模型，尚未在更高等的脊椎动物中验证	探索血管网络构建过程中血管生长到正确位置的分子机制	斑马鱼胸鳍血管和节间血管	发育生物学	NA	活体成像分析、全胚胎原位杂交、荧光原位杂交、单细胞测序分析	NA	图像数据、基因表达数据、单细胞测序数据	斑马鱼胚胎
824	2025-02-28	A Unique Signature for Cancer-Associated Fibroblasts in Melanoma Metastases 2025-03, Pigment cell & melanoma research IF:3.9Q2 DOI:10.1111/pcmr.70002 PMID:39924882	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析了约8400个癌症相关成纤维细胞（CAFs）和正常成纤维细胞的转录特征，并比较了小鼠黑色素瘤原发肿瘤和肺转移瘤中CAFs的遗传特征	揭示了原发肿瘤和转移瘤特异性CAF群体的不同亚群，并发现了肿瘤依赖的中性粒细胞与CAFs之间的相互作用，这种相互作用通过SAA3和IL1b相关信号通路介导	研究主要基于小鼠模型，人类样本的分析相对较少	研究黑色素瘤转移中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的独特特征及其潜在治疗影响	小鼠黑色素瘤原发肿瘤和肺转移瘤中的CAFs，以及人类黑色素瘤转移样本	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	约8400个CAFs和正常成纤维细胞
825	2025-02-27	Pan-cancer characterization of m6A-mediated regulation of T cell exhaustion dynamics and clinical relevancies in human cancers 2025-Mar-11, Molecular therapy. Nucleic acids DOI:10.1016/j.omtn.2025.102465 PMID:39995977	研究论文	本文通过整合多组学数据，探讨了m6A修饰在T细胞耗竭（TEX）动态调控中的作用及其在癌症中的临床相关性	首次在泛癌水平上揭示了m6A修饰对TEX动态的调控作用，并基于m6A-TEX相互作用识别了三种泛癌亚型，每种亚型具有独特的分子特征、免疫表型和生存结果	研究主要基于多组学数据的整合分析，缺乏实验验证，且样本来源多样，可能存在异质性	探讨m6A修饰在T细胞耗竭动态调控中的作用及其在癌症中的临床相关性	T细胞耗竭（TEX）及其与m6A修饰的相互作用	癌症免疫治疗	癌症	多组学数据分析、单细胞RNA测序	NA	多组学数据、单细胞RNA测序数据、泛癌数据集、免疫治疗数据集	多种细胞系、单细胞RNA测序数据、泛癌数据集和免疫治疗数据集
826	2025-02-27	Integrating spatial transcriptomics and single-nucleus RNA-seq revealed the specific inhibitory effects of TGF-β on intramuscular fat deposition 2025-Mar, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-024-2696-5 PMID:39422812	研究论文	本研究通过结合空间转录组学和单核RNA测序技术，揭示了TGF-β对肌肉内脂肪沉积的特定抑制作用	首次结合空间转录组学和单核RNA测序技术，揭示了TGF-β信号通路在肌肉内脂肪沉积中的空间异质性及其特定抑制作用	研究主要基于猪和小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探讨TGF-β信号通路在肌肉内脂肪沉积中的作用及其对肌肉修复的影响	猪的背最长肌和小鼠模型	生物信息学	肌肉萎缩	空间转录组学（ST），单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	RNA测序数据	不同肌肉内脂肪含量的猪背最长肌样本和肥胖小鼠模型
827	2025-02-27	Liver transcriptome analysis reveals PSC-attributed gene set associated with fibrosis progression 2025-Mar, JHEP reports : innovation in hepatology IF:9.5Q1 DOI:10.1016/j.jhepr.2024.101267 PMID:39996122	研究论文	本研究通过RNA测序分析，识别了与原发性硬化性胆管炎（PSC）相关的胆道纤维化发展的基因特征	揭示了PSC特有的基因特征，这些特征与胆道纤维化的发展相关，可能有助于识别新的生物标志物和治疗靶点	样本量相对较小，且需要进一步的外部验证和机制研究	识别与PSC相关的胆道纤维化发展的基因特征	原发性硬化性胆管炎（PSC）、原发性胆汁性胆管炎（PBC）和代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MASLD）患者的肝活检样本	数字病理学	肝病	RNA测序	NA	RNA测序数据	47例肝活检样本（PSC 16例，PBC 15例，MASLD 16例），外部验证集73例PSC肝活检样本
828	2025-02-26	A best practices framework for spatial biology studies in drug discovery and development: enabling successful cohort studies using digital spatial profiling 2025-Mar, Journal of histotechnology IF:0.6Q4 DOI:10.1080/01478885.2024.2391683 PMID:39225147	research paper	本文介绍了一种用于药物发现和开发的空间生物学研究的最佳实践框架，旨在通过数字空间分析（DSP）方法促进成功的队列研究	提出了数字空间分析（DSP）方法，能够在单一组织切片上进行可扩展的全转录组和超高通量蛋白质分析，克服了传统方法在空间背景保留和样本分析数量上的限制	DSP方法不提供单细胞分辨率，且当前空间转录组学平台的转录组覆盖范围有限，通量较低	旨在通过空间生物学工具提升药物发现和开发中的组织分析能力	固体组织样本	digital pathology	NA	Digital Spatial Profiling (DSP)	NA	tissue samples	NA
829	2025-02-26	Resolving the bone - optimizing decalcification in spatial transcriptomics and molecular pathology 2025-Mar, Journal of histotechnology IF:0.6Q4 DOI:10.1080/01478885.2024.2446038 PMID:39723974	综述	本文探讨了在空间转录组学和分子病理学中优化骨组织脱钙的方法，以提高研究结果	提出了传统和现代脱钙方法的比较，并提供了技术和方法上的改进建议，以实现分子稳健的骨和钙化组织处理	未提及具体实验数据或样本量，可能缺乏实证支持	优化骨组织脱钙方法，以改善空间转录组学和分子病理学的研究结果	骨组织和钙化组织	分子病理学	NA	脱钙技术	NA	NA	NA
830	2025-02-26	Single-cell RNA sequencing in ovarian cancer: Current progress and future prospects 2025-Mar, Progress in biophysics and molecular biology DOI:10.1016/j.pbiomolbio.2025.01.002 PMID:39778630	review	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在卵巢癌研究中的应用，包括肿瘤发展、异质性、肿瘤微环境和治疗抵抗的研究	填补了现有文献中缺乏对多篇研究结果进行综合总结的空白	讨论了scRNA-seq在卵巢癌研究中的局限性和未来方向	总结和比较不同研究中使用scRNA-seq理解卵巢癌发展、异质性、肿瘤微环境和治疗抵抗的结果	卵巢癌	生物信息学	卵巢癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
831	2025-02-26	Biological and clinical significance of tumour-infiltrating lymphocytes in the era of immunotherapy: a multidimensional approach 2025-Mar, Nature reviews. Clinical oncology DOI:10.1038/s41571-024-00984-x PMID:39820025	综述	本文讨论了肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）在免疫治疗时代的生物学和临床意义，并提出了系统研究TILs的概念框架	提出了一个系统研究TILs的概念框架，并总结了TILs在免疫检查点抑制剂治疗中的生物学特性和生物标志物潜力	大多数研究集中在主要TIL亚群的丰度上，但尚未开发出标准化的量化策略或分析其他关键方面，如它们的功能特征、空间分布和/或排列、肿瘤抗原反应性、克隆多样性和异质性	探讨TILs在免疫治疗中的生物学和临床意义，并支持该领域的未来发展	肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）	免疫学	实体瘤	单细胞转录组学、蛋白质组学、高维空间平台和先进计算模型	NA	NA	NA
832	2025-02-26	GAMG alleviates liver fibrosis through inducing ferroptosis in inflammatory macrophages via the IRF1/SLC7A11 signaling pathway 2025-Mar, Redox biology IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.redox.2025.103509 PMID:39904190	研究论文	本研究探讨了GAMG通过IRF1/SLC7A11信号通路诱导炎症巨噬细胞铁死亡，从而缓解肝纤维化的机制	首次揭示了GAMG通过激活IRF1/SLC7A11轴诱导炎症巨噬细胞铁死亡的新机制，为肝纤维化治疗提供了新策略	研究中未详细探讨GAMG在其他类型细胞中的作用及其潜在的副作用	研究GAMG在肝纤维化中的作用及其机制	肝纤维化小鼠模型和炎症巨噬细胞	生物医学	肝纤维化	单细胞RNA测序、质谱代谢组学分析	NA	RNA测序数据、代谢组学数据	肝纤维化小鼠模型和炎症巨噬细胞
833	2025-02-26	Inhibition of glutathione peroxidase 4 suppresses gastric cancer peritoneal metastasis via regulation of RCC2 homeostasis 2025-Mar, Redox biology IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.redox.2025.103519 PMID:39908861	研究论文	本研究探讨了谷胱甘肽过氧化物酶4（GPx4）在胃癌腹膜转移中的作用及其分子机制	揭示了GPx4通过调节RCC2的稳态促进胃癌腹膜转移的分子机制，并发现GPx4抑制通过促进ROS诱导的RCC2泛素化和降解来抑制胃癌进展和转移	研究中使用的样本量有限，且主要依赖于体外和体内实验，需要进一步临床验证	探讨GPx4在胃癌腹膜转移中的作用及其分子机制，以寻找新的治疗靶点	胃癌细胞和腹膜转移模型	癌症研究	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、蛋白质组学分析	NA	RNA测序数据、蛋白质组数据	回顾性临床样本和实验模型
834	2025-02-26	Distinct single-cell transcriptional profile in CD4+ T-lymphocytes among obese children with asthma 2025-Mar-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology DOI:10.1152/ajplung.00270.2024 PMID:39868576	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，比较了肥胖与正常体重哮喘儿童的CD4+ T细胞转录组差异，揭示了肥胖哮喘儿童的独特分子机制	首次在单细胞水平上揭示了肥胖哮喘儿童CD4+ T细胞的独特转录组特征，并发现了与严重哮喘和类固醇抵抗相关的新通路	样本量较小（8名参与者），需要进一步研究以验证结果并探索潜在的治疗靶点	探讨肥胖哮喘儿童的CD4+ T细胞转录组特征，以揭示其与哮喘严重性和类固醇抵抗相关的分子机制	肥胖与正常体重哮喘儿童的CD4+ T细胞	生物信息学	哮喘	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	8名哮喘儿童（4名肥胖，4名正常体重）
835	2025-02-26	Deciphering key roles of B cells in prognostication and tailored therapeutic strategies for lung adenocarcinoma: a multi-omics and machine learning approach towards predictive, preventive, and personalized treatment strategies 2025-Mar, The EPMA journal DOI:10.1007/s13167-024-00390-4 PMID:39991096	研究论文	本研究利用多组学和机器学习方法揭示了B细胞在肺腺癌（LUAD）中的预后作用，并开发了预测、预防和个性化治疗（PPPM）策略	通过整合多组学数据和机器学习算法，开发了Scissor+相关B细胞评分（SRBS），并验证了其在预测预后和个性化治疗中的价值	研究结果需要进一步实验验证，且样本量可能限制了结果的普适性	揭示B细胞在肺腺癌中的预后作用，并开发个性化治疗策略	肺腺癌（LUAD）患者	机器学习	肺癌	多组学数据整合（bulk RNA, ATAC-seq, 单细胞RNA, 空间转录组测序）	多种机器学习算法	多组学数据	训练集和验证集中的肺腺癌患者样本
836	2025-02-26	Human placental extract improves liver cirrhosis in mice with regulation of macrophages and senescent cells 2025-Mar, Regenerative therapy IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.reth.2025.01.017 PMID:39991509	研究论文	本研究探讨了人胎盘提取物（HPE）对肝硬化小鼠模型的治疗效果及其机制	首次使用空间转录组学详细分析HPE对肝硬化的抗炎机制，特别是对巨噬细胞和衰老细胞的影响	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体试验中验证	开发肝硬化的新型治疗方法，替代肝移植	肝硬化小鼠模型	生物医学	肝硬化	实时PCR、免疫染色、空间转录组学	小鼠模型	基因表达数据、血清ALT水平数据	每组8只小鼠
837	2025-02-25	Cancer-Associated Fibroblasts in Intrahepatic Cholangiocarcinoma: Insights into Origins, Heterogeneity, Lymphangiogenesis, and Peritoneal Metastasis 2025-Mar, The American journal of pathology DOI:10.1016/j.ajpath.2024.07.009 PMID:39117110	研究论文	本文探讨了肝内胆管癌（iCCA）中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的起源、异质性、淋巴管生成和腹膜转移的作用	通过细胞谱系追踪研究、单细胞RNA测序和生物标志物分析，揭示了CAFs的起源和生物学复杂性，并强调了其在淋巴管生成和腹膜转移中的机制	尽管揭示了CAFs的多重作用，但其在iCCA中的具体分子机制仍需进一步研究	研究肝内胆管癌中癌症相关成纤维细胞的起源、异质性及其在淋巴管生成和腹膜转移中的作用	肝内胆管癌（iCCA）中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）	数字病理学	肝内胆管癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
838	2025-02-25	Parenchymal and inflammatory responses to ozone exposure in the aging healthy and surfactant protein C mutant lung 2025-Mar-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology DOI:10.1152/ajplung.00261.2024 PMID:39832482	研究论文	本研究探讨了臭氧暴露对健康老龄小鼠和表面活性蛋白C突变小鼠肺部的结构和免疫反应的影响	通过空间转录组学揭示了老龄小鼠肺部炎症和细胞外基质组织信号的年龄依赖性变化，并强调了在风险人群中模拟环境暴露的重要性	研究未明确环境压力和遗传突变在联合作用下的影响	理解臭氧暴露对老龄和表面活性蛋白C突变小鼠肺部的结构和免疫反应的影响	年轻（8-14周龄）、中年（44-52周龄）和老年（>80周龄）小鼠	呼吸病理学	呼吸系统疾病	空间转录组学	NA	基因表达数据	不同年龄组的小鼠
839	2025-02-24	Discrete placental gene expression signatures accompany diabetic disease classifications during pregnancy 2025-Mar, American journal of obstetrics and gynecology IF:8.7Q1 DOI:10.1016/j.ajog.2024.05.014 PMID:38763341	研究论文	本研究通过整合RNA测序、单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了妊娠糖尿病亚型与胎盘基因表达特征之间的关系	首次结合高分辨率技术（如单细胞RNA测序和空间转录组学）与严格的糖尿病亚型分类，揭示了胎盘细胞亚群和组织微环境中与糖尿病亚型相关的独特基因表达特征	研究样本量相对有限（n=54用于RNA-seq，n=122用于验证），且未涵盖所有可能的糖尿病亚型	探讨妊娠糖尿病亚型（GDMA1、GDMA2和T2DM）与胎盘基因表达特征之间的关系	妊娠糖尿病亚型（GDMA1、GDMA2和T2DM）患者的胎盘组织	数字病理学	妊娠糖尿病	RNA-seq、scRNA-seq、空间转录组学、RT-qPCR	机器学习模型（未具体说明模型类型）	基因表达数据	RNA-seq样本量n=54，验证队列n=122
840	2025-02-24	Tumor infiltration of inactive CD8 + T cells was associated with poor prognosis in Gastric Cancer 2025-Mar, Gastric cancer : official journal of the International Gastric Cancer Association and the Japanese Gastric Cancer Association IF:6.0Q1 DOI:10.1007/s10120-024-01577-4 PMID:39722065	研究论文	本研究探讨了胃癌复杂肿瘤免疫微环境中各种免疫细胞的功能，特别是CD8 + T细胞的浸润与预后的关系	通过单细胞RNA测序和免疫组化分析，揭示了CD8 + T细胞在胃癌中的活性状态及其与预后的关联	样本量相对较小（34例患者进行单细胞RNA测序），且仅分析了Epstein-Barr病毒阴性病例的TCR库	探讨胃癌肿瘤免疫微环境中CD8 + T细胞的功能及其对预后的影响	胃癌患者及其肿瘤组织中的CD8 + T细胞	肿瘤免疫学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组化	NA	RNA测序数据、免疫组化数据	34例胃癌患者的肿瘤和正常组织进行单细胞RNA测序，157例胃癌患者进行免疫组化分析