单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
781	2025-03-06	Multiomic spatial atlas shows deleted in malignant brain tumors 1 (DMBT1) glycoprotein is lost in colonic dysplasia 2025-Mar-03, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6406 PMID:40026233	研究论文	本研究通过多组学空间图谱技术揭示了在结肠发育不良中，恶性脑肿瘤1缺失糖蛋白（DMBT1）的丢失现象	结合单细胞RNA测序、空间转录组学和免疫荧光技术，揭示了DMBT1在炎症与发育不良结肠中的双相调控机制，并发现了细菌与结肠肿瘤发生之间的潜在机制联系	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，可能无法完全代表人类结肠癌的复杂性	探讨结肠肿瘤发生过程中宿主与微生物的相互作用	结肠发育不良和正常结肠组织	数字病理学	结肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、免疫荧光	NA	RNA序列数据、图像数据	三种小鼠结肠肿瘤模型及人类腺瘤发育不良样本
782	2025-03-06	Single cell transcriptomic analysis reveals tumor immune infiltration by macrophage cells gene signature in lung adenocarcinoma 2025-Mar-03, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01834-7 PMID:40029500	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据分析，揭示了肺腺癌中肿瘤相关巨噬细胞的基因特征及其在肿瘤免疫浸润中的作用	利用单细胞RNA测序数据构建了一个新的肿瘤相关巨噬细胞基因特征（TGS）评分，用于预测肺腺癌患者的预后和免疫反应	研究样本量相对较小，仅包括19名肺腺癌患者的29个单细胞RNA测序样本	识别肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）相关的生物标志物，并探讨巨噬细胞浸润在肺腺癌中的意义	肺腺癌患者	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	LASSO Cox回归	RNA测序数据	19名肺腺癌患者的29个单细胞RNA测序样本
783	2025-03-06	Single-cell technology grows up: Leveraging high-resolution omics approaches to understand neurodevelopmental disorders 2025-Mar-03, Current opinion in neurobiology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.conb.2025.102990 PMID:40036988	review	本文探讨了利用单细胞和单核基因组技术创建高分辨率脑细胞图谱，以系统定义神经发育障碍（NDD）的病因	结合突变模型和基因组学方法，在细胞分辨率上系统定义NDD的病因，并应用单细胞和空间转录组学技术研究发育轨迹、细胞组成、电路活动和连接性	需要大规模实施这些方法以最大化洞察力并促进可重复性	理解神经发育障碍的病因，并在分子、细胞和电路水平上识别NDD之间的共同点	神经发育障碍（NDD）基因突变模型和人类组织	基因组学	神经发育障碍	单细胞和单核基因组技术、空间转录组学	NA	基因组数据、转录组数据	NA
784	2025-03-06	Integrated transcriptomic profiling reveals a STING-mediated Type II Interferon signature in SOD1-mutant amyotrophic lateral sclerosis models 2025-Mar-02, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07790-w PMID:40025162	研究论文	本文通过整合转录组学分析，揭示了SOD1突变型肌萎缩侧索硬化症（ALS）模型中STING介导的II型干扰素特征	发现了在ALS模型和患者中保守的干扰素刺激基因（ISGs）特征，并确定了STING-TBK1轴在II型ISGs诱导中的关键作用	研究主要基于小鼠模型和人类诱导多能干细胞（hiPSCs），可能无法完全反映人类ALS的复杂性	探讨ALS中炎症反应的分子机制，特别是SOD1突变型ALS	小鼠模型、人类诱导多能干细胞（hiPSCs）和ALS患者的尸检脊髓组织	生物信息学	肌萎缩侧索硬化症	整合转录组学分析、单细胞转录组学	NA	基因表达数据	小鼠模型、hiPSCs和ALS患者的尸检脊髓组织
785	2025-03-06	Unraveling aging from transcriptomics 2025-Mar, Trends in genetics : TIG IF:13.6Q1 DOI:10.1016/j.tig.2024.09.006 PMID:39424502	review	本文综述了转录组学技术在衰老研究中的应用及其最新突破	利用最新的转录组学技术（如bulk RNA-seq、单细胞转录组学和空间转录组学）在衰老研究中提供了前所未有的分辨率和规模	NA	阐明衰老的生物学机制及与年龄相关疾病的分子途径，促进健康长寿	不同类型的转录本（如mRNA、lncRNA、tRNA和miRNA）	生物信息学	老年疾病	bulk RNA-seq, 单细胞转录组学, 空间转录组学	NA	转录组数据	NA
786	2025-03-06	Cancer-associated fibroblast-derived MMP11 promotes tumor progression in pancreatic cancer 2025-Mar, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.16418 PMID:39639765	研究论文	本研究探讨了基质金属蛋白酶11（MMP11）在胰腺导管腺癌（PDAC）中的表达模式及其作用，揭示了MMP11在癌症相关成纤维细胞（CAFs）中的主要表达及其通过PI3K/AKT途径促进肿瘤侵袭的机制	首次揭示了MMP11在PDAC中的表达模式及其通过PI3K/AKT途径促进肿瘤侵袭的机制，明确了CAF与癌细胞之间的TGF-β1和MMP11介导的相互作用	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探讨MMP11在PDAC中的表达模式及其在肿瘤进展中的作用	胰腺导管腺癌（PDAC）组织和癌症相关成纤维细胞（CAFs）	癌症生物学	胰腺癌	单细胞RNA测序、共免疫荧光染色	NA	基因表达数据、免疫荧光图像	PDAC组织和CAFs细胞系（AsPC-1和BxPC-3）
787	2025-03-06	Single-Cell RNA Sequencing Reveals the Tumor Heterogeneity and Immunosuppressive Microenvironment in Urothelial Carcinoma 2025-Mar, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.16436 PMID:39726326	研究论文	本文通过单细胞RNA测序揭示了尿路上皮癌（UC）的肿瘤异质性和免疫抑制微环境	发现了具有上皮-间质转化（EMT）和癌症干细胞（CSC）特征的罕见上皮细胞亚型EP9，并揭示了不同UC亚型中ACKR1+内皮细胞、炎症性癌症相关成纤维细胞（iCAFs）、ESM1+内皮细胞、CD8+效应T细胞、Tregs、C1QC+巨噬细胞和LAMP3+树突状细胞的分布差异	样本量较小，仅涉及13名患者	研究尿路上皮癌的细胞异质性和微环境组成，以指导新疗法的开发	尿路上皮癌患者（膀胱、输尿管、肾盂）	数字病理学	尿路上皮癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	13名患者（4名膀胱UC，5名输尿管UC，4名肾盂UC）
788	2025-03-06	Integrative approaches to m6A and m5C RNA modifications in autism spectrum disorder revealing potential causal variants 2025-Mar, Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society IF:2.7Q2 DOI:10.1007/s00335-024-10095-8 PMID:39738578	研究论文	本研究通过整合基因组分析，结合m6A和m5C RNA修饰变异，识别与自闭症谱系障碍（ASD）相关的潜在因果变异	首次将m6A和m5C RNA修饰变异与ASD的因果变异识别相结合，并通过cis-eQTL、基因差异表达和基因富集分析进行验证	研究依赖于现有的基因组数据和基因表达数据集，实验验证仅在细胞系中进行，尚未在人体中进行验证	识别与自闭症谱系障碍（ASD）相关的潜在因果变异，为ASD的精准医学提供依据	自闭症谱系障碍（ASD）患者及其相关的RNA修饰变异	基因组学	自闭症谱系障碍	cis-eQTL分析、基因差异表达分析、基因富集分析、单细胞RNA-seq分析	NA	基因组数据、基因表达数据	20,708个常见的m6A-SNPs和2,407个常见的m5C-SNPs
789	2025-03-06	Lymphocytes-Associated Extracellular Vesicles Activate Natural Killer Cells in HNSCC 2025-Mar, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.16440 PMID:39749376	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中小细胞外囊泡（sEVs）的异质性，并揭示了T细胞通过分泌sEVs增强自然杀伤细胞（NK细胞）的细胞毒性能力	首次在单细胞水平上分析了HNSCC中sEVs的异质性，并揭示了T细胞通过sEVs间接增强NK细胞抗肿瘤功能的新机制	研究主要基于单细胞RNA测序数据，未进行体内实验验证sEVs的功能	探究HNSCC中小细胞外囊泡（sEVs）的异质性及其在抗肿瘤免疫中的作用	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中的小细胞外囊泡（sEVs）和自然杀伤细胞（NK细胞）	肿瘤免疫学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	SEVtras算法	RNA测序数据	NA
790	2025-03-06	Leveraging prior knowledge to infer gene regulatory networks from single-cell RNA-sequencing data 2025-Mar, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.1038/s44320-025-00088-3 PMID:39939367	review	本文探讨了如何利用先验知识从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络，以提高推断的可靠性	提出了一种整合先验知识的方法来增强基因调控网络推断的可靠性，并提出了一个标准化的基准测试框架	未提及具体方法的局限性	提高从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络的准确性	基因调控网络	生物信息学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	单细胞RNA测序数据	NA
791	2025-03-06	Dissecting tumor cell programs through group biology estimation in clinical single-cell transcriptomics 2025-Mar-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57377-6 PMID:40025015	研究论文	本文提出了一种名为BEANIE的非参数统计方法，用于临床单细胞RNA测序数据中基因签名的差异表达分析，以解决现有方法在假阳性率高、患者特异性层次结构表示不足及样本驱动混杂因素处理上的问题	BEANIE方法在特异性上优于现有方法，同时保持敏感性，能够提供跨不同肿瘤状态的独特和共享差异表达基因签名的生物学见解	NA	开发一种更稳健的差异表达分析方法，以支持临床癌症单细胞RNA测序研究中的病例/对照分析	乳腺癌、肺癌和黑色素瘤的临床单细胞RNA测序数据	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序	非参数统计方法	单细胞RNA测序数据	模拟和真实世界的临床数据集
792	2025-03-06	Chenodeoxycholic acid modulates cholestatic niche through FXR/Myc/P-selectin axis in liver endothelial cells 2025-Mar-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57351-2 PMID:40025016	研究论文	本文研究了胆汁淤积性肝病中内皮细胞通过FXR/Myc/P-选择素轴在肝损伤中的作用	发现了内皮细胞在胆汁淤积性肝损伤中的关键作用，并提出了通过靶向CDCA/FXR/Myc/P-选择素轴的治疗方法	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行大规模验证	探讨内皮细胞在胆汁淤积性肝病中的作用及其机制	小鼠模型和胆汁淤积性肝病患者的肝脏样本	生物医学	肝病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	多种小鼠模型和胆汁淤积性肝病患者的肝脏样本
793	2025-03-06	Unraveling the role of neuregulin-mediated astrocytes-OPCs axis in the pathogenesis of age-related macular degeneration and Parkinson's disease 2025-Mar-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-92103-8 PMID:40025106	研究论文	本研究探讨了年龄相关性黄斑变性（AMD）和帕金森病（PD）的共同分子和病理机制，特别是通过单细胞RNA测序和计算分析揭示的星形胶质细胞-少突胶质前体细胞（OPCs）信号轴	首次揭示了NRG介导的星形胶质细胞-OPCs信号轴在AMD和PD发病机制中的作用，并识别了与神经退行性损伤和线粒体功能障碍相关的基因模块	研究主要基于计算分析，需要进一步的实验验证来确认这些发现的生物学意义	探索AMD和PD的共同分子和病理机制，特别是星形胶质细胞-OPCs信号轴的作用	干性AMD视网膜和PD脑组织的单细胞RNA测序数据	数字病理学	年龄相关性黄斑变性, 帕金森病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）, 加权基因共表达网络分析（WGCNA）, 基因集富集分析（GSEA）	NA	RNA测序数据	干性AMD视网膜和PD脑组织的单细胞RNA测序数据集
794	2025-03-06	Unveiling tumor-infiltrating immune cell-driven immune-mediated drug resistance in clear cell renal cell carcinoma: prognostic insights and therapeutic strategies 2025-Mar-01, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01890-z PMID:40025304	研究论文	本研究探讨了肿瘤浸润免疫细胞（TIICs）在透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中的预后和治疗意义，旨在揭示药物抵抗的分子基础及潜在对策	通过整合转录组和单细胞RNA测序数据，构建了基于TIIC的预后模型，并验证了其在预测患者结果方面的优越性	研究依赖于现有数据集，可能受到样本量和数据质量的限制	揭示ccRCC中TIICs在药物抵抗中的作用，并开发针对肿瘤微环境的精准治疗策略	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）患者	数字病理学	肾癌	转录组分析，单细胞RNA测序	机器学习算法	RNA测序数据	多个队列的转录组和单细胞RNA测序数据
795	2025-03-06	Association between cancer-associated fibroblasts and prognosis of neoadjuvant chemoradiotherapy in esophageal squamous cell carcinoma: a bioinformatics analysis based on single-cell RNA sequencing 2025-Mar-01, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03709-x PMID:40025479	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了新辅助放化疗（NCRT）对食管鳞状细胞癌（ESCC）微环境的影响，并构建了预后模型	首次系统性地描述了NCRT后ESCC微环境中肿瘤相关成纤维细胞（CAFs）的亚型及其与预后的关系，并构建了基于myCAFs标志基因的预后模型	需要进一步的研究来验证这些发现并探索其临床意义	探讨新辅助放化疗对食管鳞状细胞癌微环境的影响	食管鳞状细胞癌（ESCC）患者	生物信息学	食管癌	单细胞RNA测序	预后模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
796	2025-03-06	cGAMP promotes inner blood-retinal barrier breakdown through P2RX7-mediated transportation into microglia 2025-Mar-01, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03391-w PMID:40025497	研究论文	本文揭示了cGAMP通过P2RX7介导的转运进入小胶质细胞，导致内血视网膜屏障（iBRB）破坏和视网膜变性的机制	研究发现cGAMP通过P2RX7转运进入小胶质细胞，激活STING通路，导致iBRB破坏和视网膜变性，这一机制在糖尿病视网膜病变（DR）中具有重要意义	研究主要基于动物模型和患者样本，尚未在更大规模的人群中进行验证	探讨cGAMP在iBRB破坏中的作用及其机制	糖尿病视网膜病变患者和db/db糖尿病小鼠	生物医学	糖尿病视网膜病变	单细胞RNA测序、组织学分析、分子生物学分析、生物信息学分析	NA	组织样本、行为数据	糖尿病视网膜病变患者和db/db糖尿病小鼠
797	2025-03-06	The role of oxidative stress-mediated fibro-adipogenic progenitor senescence in skeletal muscle regeneration and repair 2025-Mar-01, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04242-4 PMID:40025535	研究论文	本研究探讨了氧化应激介导的纤维脂肪祖细胞（FAPs）衰老在骨骼肌再生和修复中的作用	首次发现FAPs在损伤后经历衰老和氧化还原稳态失衡，并利用褪黑素通过激活AMPK信号通路增强FAPs的再生和修复能力	NA	研究骨骼肌损伤后FAPs的变化及其在再生和修复中的作用机制	C57BL/6小鼠的胫骨前肌（TA）和纤维脂肪祖细胞（FAPs）	生物医学	骨骼肌损伤	单细胞RNA测序、免疫荧光染色、Western blot、SA-β-Gal染色	CTX损伤模型	RNA测序数据、蛋白质表达数据	C57BL/6小鼠的胫骨前肌（TA）
798	2025-03-06	Identification and multi-omics analysis of essential coding and long non-coding genes in colorectal cancer 2025-Mar, Biochemistry and biophysics reports IF:2.3Q3 DOI:10.1016/j.bbrep.2025.101938 PMID:40034256	研究论文	本文通过整合CRISPR/Cas9基因筛选和单细胞RNA测序数据，识别了结直肠癌中的关键编码基因和长非编码基因，并进行了多组学分析	首次在单细胞水平上识别结直肠癌中的关键基因，并揭示了这些基因对肿瘤微环境的影响	研究主要基于细胞系和组织样本，未涉及临床患者数据的验证	识别结直肠癌中的关键基因并探索其作为治疗靶点的潜力	结直肠癌细胞系和组织样本	数字病理学	结直肠癌	CRISPR/Cas9基因筛选、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Hypergeometric Test (HT)、Personalized PageRank (PPR)	基因表达数据、DNA突变数据、DNA甲基化数据	8个全基因组CRISPR功能缺失筛选数据集和结直肠癌组织的单细胞RNA测序数据
799	2025-03-06	Single-cell analyses reveal metastasis mechanism and microenvironment remodeling of lymph node in intrahepatic cholangiocarcinoma 2025-Mar, JHEP reports : innovation in hepatology IF:9.5Q1 DOI:10.1016/j.jhepr.2024.101275 PMID:40041119	研究论文	本研究通过单细胞和多组学分析，系统探索了肝内胆管癌（iCCA）淋巴结转移（LNM）相关微环境的异质性，并验证了转移相关细胞亚群	首次通过单细胞转录组学分析揭示了iCCA淋巴结转移的独特生态系统，并识别了CD36+巨噬细胞和SAA1+肿瘤细胞在转移过程中的关键作用	样本量较小，仅分析了4名患者的单细胞转录组数据，可能限制了结果的普适性	探索iCCA淋巴结转移的微环境异质性及其机制	肝内胆管癌（iCCA）患者的原发肿瘤、癌旁肝组织和肿瘤引流淋巴结	数字病理学	肝内胆管癌	单细胞RNA测序、多重免疫组化、差异基因表达分析、功能富集分析、单细胞拷贝数变异评估、伪时间分析	NA	单细胞转录组数据、组织切片	4名患者的单细胞转录组数据，81份肿瘤及匹配的淋巴结组织切片
800	2025-03-05	Profiling Multiple CD8+ T-cell Functional Dimensions Enhances Breast Cancer Immune Assessment 2025-Mar-04, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0235 PMID:39715293	研究论文	本研究开发了基于bulk RNA测序的FuncDimen模型，用于评估CD8+ T细胞在五个功能维度上的表现，以增强乳腺癌的免疫评估	通过整合单细胞RNA测序和bulk RNA测序数据，开发了FuncDimen模型，能够从多个功能维度评估CD8+ T细胞的功能，从而更准确地预测乳腺癌的预后和免疫治疗反应	尽管FuncDimen模型在乳腺癌中表现出优越的预测性能，但其临床应用仍需进一步验证	提高乳腺癌免疫评估的准确性，特别是通过CD8+ T细胞的功能维度来预测预后和免疫治疗反应	乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序，bulk RNA测序	FuncDimen模型	RNA测序数据	乳腺癌队列及外部数据库中的样本