单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 722 篇文献，本页显示第 61 - 80 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2025-10-05 |
Genome-wide prediction of dominant and recessive neurodevelopmental disorder-associated genes
2025-Mar-06, American journal of human genetics
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.ajhg.2025.02.001
PMID:40015282
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研究论文 | 提出一种利用机器学习加速神经发育障碍风险基因识别的计算方法 | 首次证明仅使用单细胞RNA测序数据训练的模型能稳健预测NDD风险基因，并发现单等位基因和双等位基因遗传模式在发育中人皮层中的表达差异 | 未明确说明样本规模和具体数据来源的局限性 | 加速神经发育障碍风险基因的发现和识别 | 自闭症谱系障碍、发育性和癫痫性脑病、发育迟缓相关的风险基因 | 机器学习 | 神经发育障碍 | 单细胞RNA测序, 机器学习 | 半监督机器学习框架(mantis-ml) | 基因表达数据, 蛋白互作数据, 遗传耐受度指标 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 62 | 2025-10-06 |
A Phase I Clinical Trial Adding OX40 Agonism to In Situ Therapeutic Cancer Vaccination in Patients with Low-Grade B-cell Lymphoma Highlights Challenges in Translation from Mouse to Human Studies
2025-Mar-03, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2770
PMID:39745391
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研究论文 | 评估OX40激动剂联合原位癌症疫苗治疗低级别B细胞淋巴瘤的I期临床试验 | 首次在人体中测试OX40激动剂BMS986178联合TLR9激动剂SD101和低剂量放疗的协同治疗效果 | 样本量较小（14例患者），临床结果不如临床前小鼠模型理想，存在种属差异和T细胞亚群复杂性等转化障碍 | 评估T细胞共刺激受体激动剂在癌症免疫治疗中的安全性和有效性 | 低级别B细胞淋巴瘤患者 | 癌症免疫治疗 | B细胞淋巴瘤 | 流式细胞术，单细胞RNA测序 | NA | 临床数据，分子生物学数据 | 14例患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 63 | 2025-10-06 |
Spatiotemporal Profiling Defines Persistence and Resistance Dynamics during Targeted Treatment of Melanoma
2025-Mar-03, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-0690
PMID:39700408
|
研究论文 | 本研究利用空间转录组学分析黑色素瘤靶向治疗过程中的克隆谱系演化，揭示了耐药性的时空动态机制 | 首次结合空间转录组学和深度学习分析，在患者来源异种移植模型中实时追踪治疗过程中的克隆进化，识别了持久性细胞状态的关键特征和潜在治疗脆弱性窗口 | 研究基于患者来源异种移植模型，可能与人类体内真实情况存在差异；样本规模相对有限 | 阐明BRAF突变黑色素瘤靶向治疗中耐药性产生的时空动态机制 | BRAF突变黑色素瘤患者来源异种移植模型 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 空间转录组学，深度学习，系统发育追踪 | 深度学习模型 | 空间转录组数据，组织病理切片图像 | 患者来源异种移植模型样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 64 | 2025-10-06 |
Systematic reconstruction of molecular pathway signatures using scalable single-cell perturbation screens
2025-Mar, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-025-01622-z
PMID:40011560
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研究论文 | 本研究利用单细胞扰动测序技术系统重建分子通路特征 | 开发了改进的计算框架Mixscale处理扰动效率的细胞变异，并优化了差异表达基因列表和保守分子特征的学习方法 | NA | 系统识别信号调节因子在不同生物环境中的靶标 | 六种细胞系和五种生物信号环境中的1500多个扰动 | 功能基因组学 | NA | Perturb-seq, 组合索引, 下一代测序 | Mixscale计算框架 | 单细胞测序数据 | 超过1500个扰动，涉及六种细胞系 | NA | 单细胞测序, 扰动测序 | NA | NA |
| 65 | 2025-10-06 |
Erythroid progenitor cell-mediated spleen-tumor interaction deteriorates cancer immunity
2025-Mar-04, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2417473122
PMID:40014568
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研究论文 | 本研究揭示了红细胞祖细胞介导的脾脏-肿瘤相互作用如何通过免疫抑制机制恶化癌症免疫 | 首次发现红细胞祖细胞在脾脏与肿瘤之间建立免疫抑制桥梁的新机制 | 研究主要聚焦头颈鳞状细胞癌，在其他癌症类型中的普适性需进一步验证 | 探索肿瘤发展过程中系统性免疫的动态变化及其对免疫治疗的影响 | 红细胞祖细胞、脾脏-肿瘤相互作用、癌症免疫微环境 | 免疫学 | 头颈鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序, RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 66 | 2025-10-06 |
A microfluidic platform for anterior-posterior human endoderm patterning via countervailing morphogen gradients in vitro
2025-Mar-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.111744
PMID:40040808
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研究论文 | 本研究开发了一种微流控平台，通过对抗性形态发生素梯度在体外实现人类内胚层前后轴模式形成 | 利用广泛可用的微流控设备使hPSC来源的内胚层细胞暴露于前部化和后部化信号的对抗性梯度中，实现空间模式化培养 | NA | 研究形态发生素梯度如何空间模式化组织，这是发育生物学的基本问题 | hPSC来源的内胚层细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 微流控平台 |
| 67 | 2025-10-06 |
Enhancing TREM2 expression activates microglia and modestly mitigates tau pathology and neurodegeneration
2025-Mar-23, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-025-03420-8
PMID:40122810
|
研究论文 | 本研究通过增强TREM2表达激活小胶质细胞，适度减轻tau病理和神经退行性病变 | 首次在PS19 tauopathy小鼠模型中证明TREM2-WT过表达可适度降低磷酸化tau水平并保护神经元完整性，而T47H变异体则表现为功能丧失 | 研究仅在小鼠模型中进行，对人类疾病的直接适用性尚需验证；治疗效果仅为适度改善 | 探究TREM2在tau病理和神经退行性病变中的作用机制 | PS19 tauopathy小鼠模型，人类野生型TREM2（TREM2-WT）和R47H变异体（TREM2-R47H） | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | PS19 tauopathy小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 68 | 2025-10-06 |
Charting Postnatal Heart Development Using In Vivo Single-Cell Functional Genomics
2025-Mar-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.10.642473
PMID:40161658
|
研究论文 | 通过整合单核转录组学和基于图像的空间转录组学，构建了出生后心脏发育的时空图谱，并开发了PIP-seq技术功能验证心肌细胞成熟调控因子 | 开发了PIP-seq（基于探针的Indel可检测扰动测序）高通量平台，能够同时捕获sgRNA表达、扰动状态和单核分辨率转录组谱 | NA | 解析出生后心脏发育过程中心肌细胞成熟的调控机制 | 出生后心脏发育过程中的心肌细胞 | 单细胞功能基因组学 | 心血管疾病 | 单核转录组学, 空间转录组学, PIP-seq | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单核RNA测序, 空间转录组学, 扰动测序 | NA | PIP-seq（基于探针的Indel可检测扰动测序）平台 |
| 69 | 2025-10-06 |
Lymphocyte Subpopulations in the Healthy Human Lacrimal Gland and Their Variations With Age and Sex, Systematic Review 1960-2023
2025-03, Immunity, inflammation and disease
DOI:10.1002/iid3.70167
PMID:40105662
|
系统综述 | 系统回顾1960-2023年间关于健康人泪腺中淋巴细胞亚群及其随年龄和性别变化的研究 | 首次对健康人泪腺淋巴细胞亚群进行系统综述并纳入meta分析 | 40岁以下个体代表性不足(12.6%)，女性代表性不足(38.9%)，研究间定义和量化标准存在高度变异性 | 定义人泪腺中主要淋巴细胞亚群及其随年龄和性别的变化 | 774名健康个体(其中722名为尸体) | 免疫学 | NA | 苏木精-伊红染色,免疫组织化学,免疫荧光 | NA | 组织病理学数据 | 20项观察性研究，774名健康个体 | NA | NA | NA | NA |
| 70 | 2025-10-06 |
Developmental molecular signatures define de novo cortico-brainstem circuit for skilled forelimb movement
2025-Mar-26, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-6150344/v1
PMID:40196004
|
研究论文 | 本研究识别了一种早期发育形成并持续至成年期的直接皮层-脑干神经回路，该回路对前肢精细运动控制至关重要 | 首次发现限制性投射至脑干的皮层神经元亚群（CBN），并鉴定出其发育期分子标志物神经肽Y（Npy） | NA | 探索皮层向脑干投射在精细运动控制中的发育机制和功能作用 | 小鼠皮层下脑投射神经元（SCPN）中的皮层-脑干神经元（CBN） | 神经科学 | NA | 流式细胞分选（FACS），单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 71 | 2025-10-06 |
Benchmarking spatial transcriptomics technologies with the multi-sample SpatialBenchVisium dataset
2025-Mar-28, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03543-4
PMID:40156041
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研究论文 | 本研究通过构建SpatialBenchVisium数据集，对10x Genomics Visium空间转录组技术进行基准测试 | 创建了首个包含多种组织处理方案的空间转录组参考数据集，系统比较了不同样本处理方法的数据质量 | 研究仅针对小鼠脾脏组织，未验证其他组织类型 | 评估空间转录组技术的性能和数据质量 | 小鼠脾脏组织在疟疾感染反应中的空间基因表达 | 空间转录组学 | 疟疾感染 | 空间转录组技术，单细胞RNA测序 | NA | 空间基因表达数据，单细胞RNA测序数据 | 多个小鼠脾脏组织样本 | 10x Genomics | 空间转录组学，单细胞RNA-seq | 10x Visium | 10x Visium平台，包含新鲜冷冻和FFPE样本处理，支持手动和CytAssist组织放置 |
| 72 | 2025-10-06 |
Dissecting tumor cell programs through group biology estimation in clinical single-cell transcriptomics
2025-Mar-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-57377-6
PMID:40025015
|
研究论文 | 提出了一种名为BEANIE的非参数统计方法，用于临床单细胞转录组学中基因特征的差异表达分析 | 开发了能够处理临床单细胞RNA测序数据中患者特异性层次结构和样本驱动混杂因素的新方法 | NA | 解决临床癌症单细胞RNA测序研究中差异表达分析方法假阳性高的问题 | 乳腺癌、肺癌和黑色素瘤的临床单细胞转录组数据 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 非参数统计方法 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 73 | 2025-10-06 |
Integration of lipidomics with targeted, single cell, and spatial transcriptomics defines an unresolved pro-inflammatory state in colon cancer
2025-Mar-06, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2024-332535
PMID:39658263
|
研究论文 | 本研究通过整合脂质组学与靶向、单细胞和空间转录组学，揭示了结肠癌中存在未解决的促炎症状态 | 首次将脂质组学与多种转录组学技术整合，系统揭示了结肠癌中脂质类别转换缺陷导致的促炎症状态持续存在 | 样本量相对有限（40例非靶向分析，81例靶向分析），需要更大规模研究验证 | 探索结直肠癌中脂质失调是否由炎症消退失败驱动 | 人类结直肠癌组织和正常配对样本 | 多组学整合分析 | 结直肠癌 | 液相色谱串联质谱(LC-MS/MS), 定量逆转录PCR, 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | 脂质组数据, 基因表达数据, 空间转录组数据 | 40对（非靶向分析）和81对（靶向分析）人结直肠癌与正常配对样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 脂质组学 | NA | NA |
| 74 | 2025-10-06 |
TRain: T-cell receptor automated immunoinformatics
2025-Mar-06, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-025-06074-8
PMID:40050726
|
研究论文 | 开发了一个名为TRain的自动化生物信息学工具，用于简化从T细胞受体序列到三维TCR-pMHC复合物结构预测的流程 | 首次提供了一个整合的自动化流程，将单细胞测序数据转换为完整的TCR氨基酸序列，并自动化进行TCR结构建模和与pMHC的对接预测 | 依赖于现有的TCR特异性建模流程和RosettaDock工具，可能受限于这些工具的准确性和局限性 | 开发自动化工具简化TCR-pMHC复合物结构预测流程 | T细胞受体和肽-MHC复合物 | 生物信息学 | 免疫相关疾病 | 单细胞测序，蛋白质结构建模，分子对接 | RosettaDock | 序列数据，结构数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 75 | 2025-10-06 |
Targeting of arachidonic acid-modulated autophagy to enhance the sensitivity of ROS1 + or ALK + non-small cell lung cancer to crizotinib therapy
2025-Mar-31, Translational lung cancer research
IF:4.0Q1
DOI:10.21037/tlcr-2025-105
PMID:40248722
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研究论文 | 本研究揭示了花生四烯酸通过调节自噬流促进ROS1+或ALK+非小细胞肺癌对克唑替尼耐药的机制 | 首次发现STAT3磷酸化失活和PTGS2下调导致花生四烯酸积累，进而通过促进自噬流驱动克唑替尼耐药的新机制 | 研究主要基于细胞系模型，尚未进行体内动物实验验证 | 阐明克唑替尼耐药机制并寻找克服耐药的新治疗策略 | ROS1+或ALK+非小细胞肺癌细胞系(HCC78和H3122) | 癌症生物学 | 非小细胞肺癌 | 单细胞RNA测序,代谢组学分析 | 细胞耐药模型 | 基因表达数据,代谢物数据 | 2种细胞系,3个类器官样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 76 | 2025-10-06 |
Integrative spatial omics reveals distinct tumor-promoting multicellular niches and immunosuppressive mechanisms in Black American and White American patients with TNBC
2025-Mar-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.17.585428
PMID:38562769
|
研究论文 | 本研究通过整合空间多组学分析揭示了三阴性乳腺癌中黑人与白人患者肿瘤微环境的种族差异 | 首次结合成像质谱流式技术和空间转录组学系统比较不同种族TNBC患者的肿瘤微环境特征 | 样本量有限，研究结果需要在更大队列中验证 | 探究三阴性乳腺癌临床结局种族差异的生物学机制 | 自我认同为黑人和白人的三阴性乳腺癌患者 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 成像质谱流式技术,空间转录组学 | NA | 图像,空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 77 | 2025-10-06 |
Protocol to boost the robustness and accuracy of spatial transcriptomics algorithms using ensemble techniques
2025-Mar-21, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.103608
PMID:39879360
|
研究论文 | 提出一种使用加权集成方法提升空间转录组学算法稳健性和准确性的协议 | 开发了WEST协议，首次将集成技术系统应用于空间转录组学算法优化 | NA | 提升空间转录组学算法的稳健性和准确性 | 空间转录组学数据分析算法 | 空间转录组学 | NA | 集成学习 | 加权集成方法 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 78 | 2025-10-06 |
Distinct single-cell transcriptional profile in CD4+ T-lymphocytes among obese children with asthma
2025-Mar-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology
DOI:10.1152/ajplung.00270.2024
PMID:39868576
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了肥胖哮喘儿童与正常体重哮喘儿童CD4+ T淋巴细胞的转录组差异 | 首次在单细胞水平揭示肥胖哮喘儿童独特的CD4+ T细胞转录特征，发现IL-7R、IL-32、PARP-1等新通路 | 样本量较小（8名参与者），需要进一步验证 | 表征肥胖哮喘儿童与正常体重哮喘儿童的单细胞CD4+转录谱差异 | 肥胖和正常体重哮喘儿童的CD4+ T淋巴细胞 | 单细胞转录组学 | 哮喘 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 8名哮喘儿童（4名肥胖，4名正常体重） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 79 | 2025-10-06 |
When is prostate cancer really cancer?
2025-Mar-01, Journal of the National Cancer Institute
DOI:10.1093/jnci/djae200
PMID:39350309
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综述 | 探讨前列腺癌分级组1是否应被归类为癌症的国际研讨会观点总结 | 提出基于空间转录组学证据重新定义前列腺癌诊断标准，挑战传统病理学分类 | 患者在没有癌症诊断情况下是否愿意接受持续监测尚不明确 | 降低前列腺癌死亡率同时减少过度诊断和过度治疗带来的危害 | 前列腺癌分级组1的诊断标准和临床意义 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 空间转录组学 | NA | 组织切片 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 80 | 2025-10-06 |
Tissue nanotransfection-based endothelial PLCγ2-targeted epigenetic gene editing rescues perfusion and diabetic ischemic wound healing
2025-Mar-05, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2025.01.034
PMID:39863930
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研究论文 | 本研究通过组织纳米转染技术靶向内皮细胞PLCγ2基因的表观遗传编辑，改善糖尿病缺血性伤口的灌注和愈合 | 首次结合单细胞RNA测序指导的CRISPR-dCas9去甲基化技术与组织纳米转染技术，靶向改善糖尿病伤口内皮细胞功能 | 研究主要关注PLCγ2基因，未探讨其他可能影响糖尿病伤口愈合的基因或通路 | 改善糖尿病缺血性伤口的血管化和愈合效果 | 糖尿病缺血性伤口的内皮细胞 | 基因编辑与再生医学 | 糖尿病并发症 | 单细胞RNA测序, CRISPR-dCas9表观遗传编辑, 组织纳米转染 | NA | 基因表达数据, 表观遗传数据 | 人类伤口边缘样本（五个内皮细胞亚群）和鼠类糖尿病缺血伤口模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |