单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 726 篇文献，本页显示第 61 - 80 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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| 61 | 2025-10-06 |
Endogenously generated Dutch-type Aβ nonfibrillar aggregates dysregulate presynaptic neurotransmission in the absence of detectable inflammation
2025-Mar-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.25.639746
PMID:40060689
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研究论文 | 本研究探讨荷兰型Aβ非纤维聚集体对突触前神经传递的调控作用及其分子机制 | 首次揭示内源性非纤维Aβ聚集体在无炎症反应情况下直接导致突触前功能异常 | 研究仅使用转基因小鼠模型，未在人类样本中验证 | 探究荷兰型Aβ非纤维聚集体对神经突触功能的影响机制 | 转基因小鼠模型 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序, 免疫组织化学, 电子显微镜, 线粒体复合物活性检测 | 转基因小鼠模型 | 基因表达数据, 图像数据, 生理功能数据 | 转基因小鼠样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 62 | 2025-10-06 |
Integrated single-cell and spatial analysis identifies context-dependent myeloid-T cell interactions in head and neck cancer immune checkpoint blockade response
2025-Mar-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.24.644582
PMID:40196610
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和空间分析技术，揭示了头颈癌免疫检查点阻断治疗反应中髓系细胞与T细胞相互作用的背景依赖性 | 首次系统性地结合10X Visium和Nanostring CosMx空间组学技术，识别了头颈癌ICB应答者中空间受限的配体-受体相互作用和细胞邻域结构 | 样本量相对有限，空间分析仅涵盖8名ICB治疗患者，需要更多验证研究 | 阐明头颈癌免疫检查点阻断治疗反应中免疫细胞相互作用的时空特征 | 头颈鳞状细胞癌患者肿瘤微环境中的免疫细胞 | 空间转录组学 | 头颈癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 空间蛋白质组学, 生物信息学分析 | NA | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据, 空间蛋白质组数据 | 26名患者的522,399个单细胞，以及8名ICB治疗患者的空间RNA-Seq数据 | 10X Genomics, Nanostring | 空间转录组学, 单细胞空间组学 | 10X Visium, CosMx | 10X Visium点阵空间转录组学, Nanostring CosMx单细胞空间组学（包含435个配体和受体的RNA基因panel） |
| 63 | 2025-10-06 |
Islet single-cell transcriptomic profiling during obesity-induced beta cell expansion in female mice
2025-Mar-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.112031
PMID:40104055
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组技术揭示了肥胖雌性小鼠中胰岛β细胞增殖的协调转录机制 | 首次在肥胖雌性小鼠模型中通过单细胞转录组学识别出经历未折叠蛋白反应、应激解决和细胞周期进程的不同β细胞群体，并发现Xbp1和Myc在缓解UPR和刺激β细胞增殖中的协调作用 | 研究仅针对雌性小鼠模型，结果可能不适用于雄性或其他物种 | 探索肥胖诱导的β细胞增殖的分子机制 | 雌性基因敲除小鼠的胰岛β细胞 | 单细胞生物学 | 糖尿病 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 雌性基因敲除小鼠胰岛 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 64 | 2025-10-06 |
Alevin-fry-atac enables rapid and memory frugal mapping of single-cell ATAC-seq data using virtual colors for accurate genomic pseudoalignment
2025-Mar-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.27.625771
PMID:39677745
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研究论文 | 本文介绍了一种用于单细胞ATAC-seq数据快速映射的新工具alevin-fry-atac，采用虚拟颜色增强的伪对齐方案 | 提出了一种改进的伪对齐方案，通过将参考基因组划分为'虚拟颜色'（重叠的固定最大范围区域），解决了大基因组参考映射的挑战 | NA | 开发快速、内存高效且准确的单细胞ATAC-seq数据处理方法 | 单细胞ATAC-seq数据的映射和处理 | 生物信息学 | NA | 单细胞ATAC-seq | 伪对齐算法 | 基因组测序数据 | NA | NA | 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 65 | 2025-10-06 |
Radiation-induced cellular plasticity primes glioblastoma for forskolin-mediated differentiation
2025-Mar-04, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2415557122
PMID:40009641
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研究论文 | 本研究利用辐射诱导的细胞可塑性状态，联合毛喉素促进胶质母细胞瘤细胞分化 | 发现辐射可诱导胶质瘤细胞进入多能状态，为毛喉素介导的分化治疗创造机会 | NA | 探索辐射联合毛喉素对胶质母细胞瘤分化治疗的效果 | 胶质母细胞瘤细胞系、胶质瘤干细胞、小鼠模型 | 肿瘤学 | 胶质母细胞瘤 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 极限稀释实验 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 66 | 2025-10-06 |
Spatial transcriptomics identifies molecular niche dysregulation associated with distal lung remodeling in pulmonary fibrosis
2025-Mar, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-025-02080-x
PMID:39901013
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学技术揭示了肺纤维化中远端肺重塑相关的分子生态位失调 | 开发了基于图像的空间转录组学方法，结合细胞基础和细胞不可知分析，首次在肺纤维化中识别出分子定义的多样化空间生态位 | 研究样本数量相对有限（35个肺组织），且主要关注肺纤维化特定病理阶段 | 解析肺纤维化疾病发病机制中的空间背景和分子变化 | 人类肺组织样本，包括对照和肺纤维化患者的远端肺组织 | 空间转录组学 | 肺纤维化 | 空间转录组学，机器学习，轨迹分析 | 机器学习模型 | 空间基因表达数据，图像数据 | 35个独特肺组织的160万个细胞 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 67 | 2025-10-06 |
A Single-Cell Transcriptome Atlas of Epithelial Subpopulations in HPV-Positive and HPV-Negative Head and Neck Cancers
2025-03-24, Viruses
DOI:10.3390/v17040461
PMID:40284904
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研究论文 | 通过分析HPV阳性和阴性头颈癌的单细胞转录组数据，识别上皮肿瘤细胞亚群及其特征 | 首次系统比较HPV阳性和阴性头颈癌中上皮细胞亚群的转录组特征，重点关注共享或富集的亚群 | 基于已发表的单细胞RNA测序数据进行分析，未进行新的实验验证 | 优化头颈癌治疗方案，识别新的生物标志物和治疗靶点 | 头颈鳞状细胞癌（HNSCC）患者的上皮细胞亚群 | 单细胞转录组学 | 头颈癌 | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 68 | 2025-10-06 |
CellBouncer, A Unified Toolkit for Single-Cell Demultiplexing and Ambient RNA Analysis, Reveals Hominid Mitochondrial Incompatibilities
2025-Mar-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.23.644821
PMID:40166335
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研究论文 | 开发了一个用于单细胞测序数据解复用和环境RNA分析的计算工具包CellBouncer | 提出能够分离和量化多物种、多个体细胞混合物，识别未知线粒体单倍型，分配脂质偶联条形码或CRISPR sgRNAs处理，并推断池组成的统一工具包 | NA | 开发用于分析混合单细胞测序数据的计算方法 | 多物种和多个体细胞混合物，四倍体复合细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | 计算工具包 | 单细胞测序数据 | 10个细胞融合系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 液滴单细胞测序 |
| 69 | 2025-10-06 |
Protocol to recover single-cell gene expression profiles from spatial transcriptomics data using cluster computing
2025-Mar-21, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.103636
PMID:39946238
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研究论文 | 提出一种从低分辨率空间转录组数据中恢复单细胞基因表达谱的计算协议 | 开发了scResolve协议，能够在集群计算环境中通过并行计算加速数据处理，从多细胞分辨率数据中恢复单细胞级表达谱 | NA | 解决空间转录组技术在单细胞分辨率分析上的限制 | 空间转录组数据 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium | Visium空间转录组技术 |
| 70 | 2025-10-06 |
Spatial analysis of IPMNs defines a paradoxical KRT17-positive, low-grade epithelial population harboring malignant features
2025-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.18.643943
PMID:40166305
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研究论文 | 通过空间转录组学分析发现IPMN中存在具有恶性特征的KRT17阳性低级别上皮细胞亚群 | 首次在组织学低级别IPMN中识别出表达恶性转录特征的KRT17阳性上皮细胞亚群 | 需要进一步研究验证该细胞亚群与癌症进展的直接因果关系 | 研究IPMN进展过程中的转录变化，识别高风险病变特征 | 胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤(IPMN)患者样本 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 空间转录组学,单细胞RNA测序,免疫荧光 | NA | 空间转录组数据,单细胞RNA测序数据,图像数据 | 包含IPMN疾病全谱系的多个患者样本 | Nanostring | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | Nanostring GeoMx | GeoMx空间转录组平台 |
| 71 | 2025-10-06 |
Exploration of Conserved Human Adipose Subpopulations Using Targeted Single-Nuclei RNA Sequencing Data Sets
2025-Mar-18, Journal of the American Heart Association
IF:5.0Q1
DOI:10.1161/JAHA.124.038465
PMID:40094187
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序数据探索人类脂肪组织中保守的周细胞亚群及其成脂分化潜力 | 首次在人类多种脂肪组织中鉴定出表达PPARG的周细胞亚群，并发现其具有独特的组织特异性基因表达特征 | 人类与小鼠脂肪细胞群体的差异可能限制动物模型研究的直接应用 | 分子定义人类脂肪组织中的祖细胞群体并测试人类周细胞的成脂潜力 | 人类脂肪组织中的周细胞和脂肪祖细胞，包括血管周围、棕色和白色脂肪组织 | 单细胞生物学 | 代谢疾病 | 单细胞RNA测序，免疫荧光染色，体外分化实验 | NA | 单细胞RNA测序数据，图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 72 | 2025-10-06 |
Exploring and mitigating shortcomings in single-cell differential expression analysis with a new statistical paradigm
2025-Mar-17, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03525-6
PMID:40098192
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研究论文 | 提出GLIMES统计框架以解决单细胞差异表达分析中的关键挑战 | 开发了基于广义泊松/二项混合效应模型的新统计范式，直接利用UMI计数和零比例而非相对丰度 | 方法验证主要基于模拟数据和三个案例研究，需要更广泛的实验验证 | 改进单细胞转录组学中的差异表达分析方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 广义泊松/二项混合效应模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 73 | 2025-10-06 |
The XCL1-XCR1 axis supports intestinal tissue residency and antitumor immunity
2025-Mar-03, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20240776
PMID:39841133
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研究论文 | 本研究揭示了XCL1-XCR1轴在肠道组织驻留记忆T细胞形成和抗肿瘤免疫中的关键作用 | 首次证明XCL1-XCR1轴通过非细胞自主方式指导肠道CD8+ TRM空间分化和肿瘤控制 | NA | 探索组织驻留记忆T细胞分化调控机制及其在抗肿瘤免疫中的作用 | 小鼠模型和人类肿瘤浸润淋巴细胞 | 免疫学 | 肿瘤 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 74 | 2025-10-06 |
Techniques and analytic workflow for spatial transcriptomics and its application to allergy and inflammation
2025-Mar, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2025.01.009
PMID:39837466
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综述 | 本文综述了空间转录组学技术及其在过敏和炎症研究中的应用，重点关注数据处理和分析方法 | 通过保留细胞空间定位信息，为传统转录组学方法无法获取的组织结构和细胞相互作用提供关键见解 | NA | 总结空间转录组学领域的最新进展及其在过敏和炎症研究中的应用 | 过敏和炎症疾病，包括特应性皮炎和慢性阻塞性肺疾病 | 空间转录组学 | 过敏性疾病,炎症性疾病 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据,空间定位数据 | NA | NA | 空间转录组学,单细胞分辨率平台 | NA | NA |
| 75 | 2025-10-06 |
Heterozygous GAA knockout is nonconsequential on metabolism and the spatial liver transcriptome in high-fat diet-induced obese and prediabetic mice
2025-Mar, Physiological reports
IF:2.2Q3
DOI:10.14814/phy2.70276
PMID:40108792
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研究论文 | 本研究探讨杂合GAA基因敲除对高脂饮食诱导肥胖小鼠肝脏代谢和空间转录组的影响 | 首次使用空间转录组学技术分析高脂饮食对门静脉周围和肝静脉周围肝细胞转录组的差异影响 | 研究仅使用小鼠模型，结果可能不直接适用于人类 | 评估GAA基因杂合敲除对肝脏代谢和代谢健康的影响 | 高脂饮食诱导的肥胖和糖尿病前期小鼠模型 | 空间转录组学 | 代谢疾病 | 空间转录组学分析 | 基因敲除小鼠模型 | 空间转录组数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 76 | 2025-10-06 |
Crafted experiments to evaluate feature selection methods for single-cell RNA-seq data
2025-Mar, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaf023
PMID:40109353
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研究论文 | 提出了一种基于真实数据集信号扰动的实验构建方法，用于评估单细胞RNA测序数据的特征选择方法 | 开发了基于真实数据集信号扰动的实验构建新方法，解决了单细胞RNA测序数据分析方法评估中缺乏真实基准数据集的挑战 | 未提及具体的数据集规模或实验验证的局限性 | 评估单细胞RNA测序数据的特征选择方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | GOF（基于单变量分布的特征选择方法套件） | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 77 | 2025-10-06 |
Comparative analysis of nuclei isolation methods for brain single-nucleus RNA sequencing
2025-Mar-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.25.645306
PMID:40196571
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研究论文 | 比较三种不同细胞核分离方法对脑组织单核RNA测序数据质量的影响 | 首次系统评估不同细胞核分离方法对snRNA-seq数据质量的影响，揭示方法依赖性差异 | 研究仅针对脑组织，未涵盖其他组织类型 | 评估不同细胞核分离方法对单核RNA测序数据质量的影响 | 脑组织细胞核 | 单细胞测序 | NA | 单核RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单核RNA测序 | NA | NA |
| 78 | 2025-10-06 |
SUV39H1 maintains cancer stem cell chromatin state and properties in glioblastoma
2025-Mar-10, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.186344
PMID:40059829
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研究论文 | 本研究揭示了组蛋白甲基转移酶SUV39H1在胶质母细胞瘤干细胞维持中的关键作用及其作为治疗靶点的潜力 | 首次发现SUV39H1通过超级增强子介导的激活在胶质母细胞瘤干细胞中特异性高表达，并证明其通过调控染色质可及性维持肿瘤干细胞特性 | NA | 探究SUV39H1在胶质母细胞瘤干细胞维持中的作用机制及治疗潜力 | 胶质母细胞瘤干细胞 | 肿瘤生物学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序,全细胞RNA测序,ATAC测序 | NA | 基因表达数据,染色质可及性数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,ATAC-seq | NA | NA |
| 79 | 2025-10-06 |
Systematic evaluation of single-cell multimodal data integration for comprehensive human reference atlas
2025-Mar-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.06.637075
PMID:40093094
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研究论文 | 系统评估单细胞多模态数据整合方法在构建全面人类肾脏参考图谱中的应用 | 开发了可解释的机器学习工具scOMM，首次系统评估了单细胞多模态数据整合策略在复杂组织中的应用效果 | 研究主要聚焦于肾脏皮层组织，在其他组织类型中的适用性需要进一步验证 | 建立稳健的多模态参考图谱生成框架，推进单细胞分析技术发展 | 人类肾脏皮层组织中的细胞核/细胞 | 单细胞组学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序, 单核ATAC测序 | 机器学习 | 单细胞多模态数据 | 19名捐赠者的119,744个高质量细胞核/细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 单核RNA-seq, 单核ATAC-seq | NA | NA |
| 80 | 2025-10-06 |
Microglial Responses to Alzheimer's Disease Pathology: Insights From "Omics" Studies
2025-Mar, Glia
IF:5.4Q1
DOI:10.1002/glia.24666
PMID:39760224
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综述 | 本文综述了通过多种组学技术研究阿尔茨海默病小鼠模型中微胶质细胞反应的文献 | 整合多种组学技术（转录组学、表观基因组学、空间转录组学等）系统分析AD小鼠模型中微胶质细胞的异质性和分子模式变化 | 主要基于小鼠模型研究，人类组织研究数据有限，机制仍不明确 | 阐明微胶质细胞在阿尔茨海默病发病机制中的作用和分子机制 | 阿尔茨海默病小鼠模型中的微胶质细胞 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 转录组学、表观基因组学、空间转录组学、蛋白质组学、脂质组学、代谢组学 | NA | 组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量组织转录组学 | NA | NA |