单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 709 篇文献，本页显示第 61 - 80 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2026-08-12 |
Single-cell RNA sequencing of peripheral blood mononuclear cells from bronchopulmonary dysplasia
2025-03, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70276
PMID:40097329
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序和T/B细胞受体谱分析，揭示了支气管肺发育不良早产儿外周血单核细胞的免疫细胞图谱，并在小鼠模型中验证了BTLA-TNFRSF14信号轴的治疗潜力 | 首次整合单细胞RNA测序与T/B细胞受体谱分析，全面解析BPD的免疫微环境，并发现BTLA-TNFRSF14信号轴在疾病发病中的关键作用，通过药理学阻断验证了其治疗潜力 | 未提及 | 阐明支气管肺发育不良的免疫学机制，为靶向免疫调节治疗奠定基础 | 支气管肺发育不良早产儿和健康对照组的外周血单核细胞，以及BPD小鼠模型 | 单细胞转录组学 | 支气管肺发育不良 | 单细胞RNA测序、T/B细胞受体谱分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 未提及具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 62 | 2026-08-11 |
Accurate trajectory inference in time-series spatial transcriptomics with structurally-constrained optimal transport
2025-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.19.644194
PMID:40166168
|
研究论文 | 提出一种基于结构约束最优传输的轨迹推断方法SOCS，用于时间序列空间转录组数据，以保持生物学结构的完整性并提高轨迹推断的准确性 | 引入结构约束的最优传输方法，在轨迹推断中同时保持基因表达相似性、全局几何结构和生物学单元的空间连续性 | 未在摘要中提及明显局限性 | 开发一种能够在时间序列空间转录组数据中准确推断细胞发育轨迹的方法，并保持生物学结构的完整性 | 时间序列空间转录组数据中的发育轨迹，以及卵巢滤泡、肾小管和肾小球等空间连续结构单元 | 机器学习和空间转录组学 | NA | 空间转录组测序 | 最优传输模型 | 空间转录组数据 | 未在摘要中指定具体样本数量 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 63 | 2026-08-11 |
Targeting Zfp36 to combat cardiac hypertrophy: Insights into ferroptosis pathways
2025-03, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70247
PMID:40000392
|
研究论文 | 本研究探讨Zfp36在心肌肥大中通过调控铁死亡途径的作用机制，发现Zfp36通过Ythdc2/SLC7A11/GSH通路抑制铁死亡，减轻心肌肥大 | 首次证明Zfp36通过抑制心肌细胞铁死亡来减轻心肌肥大，并揭示其调控Ythdc2 mRNA降解进而影响SLC7A11表达的新机制 | 摘要中未提及具体研究局限性 | 探究Zfp36在心肌肥大相关铁死亡中的调控功能及其潜在机制 | 心肌细胞和心肌组织（经血管紧张素II处理或主动脉缩窄诱导） | 分子生物学 | 心肌肥大 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 64 | 2026-08-11 |
Topical TYK2 inhibitor ameliorates psoriasis-like dermatitis via the AKT-SP1-NGFR-AP1 pathway in keratinocytes
2025-03, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70256
PMID:40038877
|
研究论文 | 本研究探索了局部应用TYK2抑制剂BMS-986165对银屑病小鼠模型的治疗效果及其机制，发现其通过AKT-SP1-NGFR-AP1通路抑制角质形成细胞的炎症反应 | 首次探索了选择性TYK2抑制剂局部给药治疗银屑病的潜力，并揭示了一个未被充分研究的调控机制，即TYK2通过AKT-SP1-NGFR-AP1通路调控角质形成细胞炎症 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床转化性需进一步验证；局部给药的长期安全性和有效性未评估 | 评估局部应用TYK2抑制剂治疗银屑病的疗效，并阐明其潜在的作用机制 | 咪喹莫特诱导的银屑病小鼠模型及人角质形成细胞 | 数字病理学 | 银屑病 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、RNA测序、双荧光素酶报告基因、ChIP-qPCR | NA | 基因表达数据 | 涉及小鼠皮肤样本和人角质形成细胞，具体数量未提及 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 65 | 2026-07-29 |
Molecular evidence for pre-chordate origins of ovarian cell types and neuroendocrine control of reproduction
2025-Mar-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.24.644836
PMID:40196654
|
研究论文 | 利用海星作为非脊索动物后口动物代表，通过单细胞RNA测序和3D成像揭示卵巢细胞类型及其空间组织，为卵子发生和神经内分泌控制进化提供分子证据 | 首次在非脊索动物后口动物海星中发现与哺乳动物相似的卵原干细胞、颗粒样细胞和膜样细胞，并证实存在类似脊椎动物下丘脑-垂体-性腺轴的内在神经内分泌系统 | 未提供具体限制信息 | 探究卵巢细胞类型及其信号相互作用的进化起源 | 海星卵巢细胞类型 | 数字病理学 | 未涉及 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 海星卵巢组织样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序结合高分辨率3D成像 |
| 66 | 2026-07-28 |
A Comprehensive Analysis of Epoxide Hydrolase 2 (EPHX2) in Pan-Cancer
2025-03, Cancer reports (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/cnr2.70188
PMID:40129060
|
研究论文 | 全面分析环氧化物水解酶2 (EPHX2) 在泛癌中的表达、预后及免疫浸润作用 | 首次系统评估EPHX2在泛癌中的预后意义及其与肿瘤微环境中免疫浸润的关系，并预测其免疫治疗和药物敏感性 | 主要基于生物信息学分析，实验验证仅限于qPCR检测多种癌细胞系中的EPHX2表达 | 详细呈现EPHX2在泛癌中的预后图谱并探索其与肿瘤微环境中免疫浸润的潜在关系 | 33种肿瘤类型及其相应正常组织 | 数字病理学 | 癌症 | qPCR | NA | 基因表达数据 | 多种癌细胞系 | NA | NA | NA | NA |
| 67 | 2026-07-10 |
CellBouncer, A Unified Toolkit for Single-Cell Demultiplexing and Ambient RNA Analysis, Reveals Hominid Mitochondrial Incompatibilities
2025-Mar-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.23.644821
PMID:40166335
|
研究论文 | 提出CellBouncer工具包用于单细胞测序中的多路分解和背景RNA分析，并揭示人科线粒体不相容性 | 首次统一处理单细胞测序数据中的多路分解与背景RNA分析，并发现跨物种线粒体不相容性 | 可能受限于特定实验设计和细胞融合模型，通用性需进一步验证 | 开发并验证用于合并实验单细胞测序数据的计算工具 | 细胞混合物（多物种、多个体）、线粒体单倍型、脂质偶联条形码、CRISPR sgRNA和四倍体复合细胞 | 自然语言处理 | NA | 单细胞测序 | NA | 图像 | 10个细胞融合系的细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 68 | 2026-07-10 |
Immune mechanisms in multiple sclerosis: CD3 levels on CD28+ CD4+ T cells link antibody responses to human herpesvirus 6
2025-03, Cytokine
IF:3.7Q2
DOI:10.1016/j.cyto.2025.156866
PMID:39884183
|
研究论文 | 通过孟德尔随机化分析和单细胞测序，研究抗体介导的免疫反应与多发性硬化症之间的关系，揭示CD3水平在CD28+ CD4+ T细胞上通过改变人疱疹病毒6型抗体比例影响MS进展 | 首次通过孟德尔随机化结合单细胞测序，发现CD3在特定T细胞上的水平通过调节HHV-6抗体反应影响MS进展的因果关系 | 未明确提及研究局限性，可能包括样本量有限或因果推断的假设限制 | 探究抗体介导的免疫反应与多发性硬化症之间的因果关系，并识别潜在的感染病原体 | MS患者与对照组的免疫细胞浸润及抗体反应关联 | 机器学习 | 多发性硬化症 | 单细胞测序 | NA | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 69 | 2026-07-05 |
Protocol for directly selecting cell type marker genes for single-cell clustering analyses by Festem
2025-Mar-21, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.103514
PMID:39700012
|
研究论文 | 提出Festem协议，直接从单细胞RNA测序数据中选择细胞类型标记基因，以优化下游聚类分析 | 利用期望最大化检验（Festem）直接选择细胞类型标记基因，无需预先聚类即可识别关键基因，提高单细胞数据分析的效率和可解释性 | 未提及具体局限，但依赖单细胞RNA测序数据质量和参数设置可能影响结果 | 开发一种直接选择细胞类型标记基因的方法，以简化单细胞聚类分析流程 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型标记基因 | 机器学习 | 不适用 | 单细胞RNA测序 | 不适用 | 基因表达数据 | 不适用 | 不适用 | 单细胞RNA测序 | 不适用 | 不适用 |
| 70 | 2026-07-03 |
The trabecular and compact myocardium of adult vertebrate ventricles are transcriptionally similar despite morphological differences
2025-03, Annals of the New York Academy of Sciences
IF:4.1Q1
DOI:10.1111/nyas.15296
PMID:39934982
|
研究论文 | 揭示了成年脊椎动物心室中致密心肌和小梁心肌在转录组水平上的相似性，尽管形态存在差异 | 通过空间转录组学和多物种转录组比较，首次系统证明成年心脏中致密层与小梁层心肌的转录组高度相似，挑战了传统认为致密心肌具有内在独特性的观点 | 未明确说明，但可能包括样本量有限、无法完全排除细微差异以及功能验证不足 | 研究脊椎动物心室致密心肌与小梁心肌在转录水平上是否存在根本差异 | 成年小鼠、人类胚胎、成年斑胸草雀、斑马鱼和金枪鱼的心脏组织 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 空间转录组学、单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 小鼠胚胎和成年心脏样本，人类胚胎心脏数据，以及成年斑胸草雀、斑马鱼和金枪鱼的心脏样本 | 10x Genomics | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | 10x Visium | 10x Visium空间转录组技术用于小鼠胚胎心脏；单细胞转录组数据来自人类胚胎 |
| 71 | 2026-07-01 |
A high-resolution view of the immune and stromal cell response to Haemophilus ducreyi infection in human volunteers
2025-03-12, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.03885-24
PMID:39882906
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序和空间转录组学，高分辨率解析人类志愿者感染杜克雷嗜血杆菌后的免疫与基质细胞反应 | 首次在单细胞水平上定义人类皮肤对细胞外细菌病原体感染的免疫浸润特征，揭示了脓疱形成过程中的细胞类型和空间定位 | NA | 表征人类皮肤感染杜克雷嗜血杆菌后的细胞免疫反应，确定差异表达转录本的细胞来源 | 五名人类志愿者的皮肤活检样本（脓疱和模拟感染伤口） | 数字病理学 | 软下疳（生殖器溃疡疾病） | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | RNA序列数据、空间转录组数据 | 5名志愿者（scRNA-seq），其中4名同时用于空间转录组分析 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单细胞3'测序和10x Visium空间转录组学 |
| 72 | 2026-07-01 |
Single-Cell RNA Sequencing to Guide Autologous Preterm Cord Mesenchymal Stromal Cell Therapy
2025-03, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.202403-0569OC
PMID:39586004
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析早产脐带间充质干细胞转录组，指导自体细胞治疗支气管肺发育不良 | 首次利用单细胞RNA测序比较足月与早产脐带间充质干细胞的转录组差异，并关联妊娠并发症对治疗潜力的影响，发现NEGR和NRNX信号通路在治疗性干细胞中的独特作用 | 未明确提及样本量较小对结果普适性的限制，以及体内实验仅使用大鼠模型可能无法完全模拟人类BPD病理 | 探究妊娠相关并发症（先兆子痫和绒毛膜羊膜炎）是否改变脐带间充质干细胞的治疗潜力 | 足月与早产脐带间充质干细胞，以及人新生儿真皮成纤维细胞 | 单细胞转录组学 | 支气管肺发育不良 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 5名足月供体、16名早产供体的脐带间充质干细胞，以及人新生儿真皮成纤维细胞 | NA | 单细胞RNA测序、单核RNA测序 | NA | 使用公开新生儿肺单核RNA测序数据 |
| 73 | 2026-06-19 |
Single-cell transcriptome analysis reveals cellular heterogeneity in the aortas of Takayasu arteritis
2025-03-10, Arthritis research & therapy
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s13075-025-03523-w
PMID:40065428
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示大动脉炎患者主动脉的细胞异质性 | 首次在单细胞水平上描绘了大动脉炎患者主动脉的细胞图谱，发现多种免疫和结构细胞的亚型特异性基因表达特征以及补体信号通路在外周血T细胞中的上调 | 样本量较小（仅3例患者主动脉样本和8例外周血样本），对照组数据来自公开数据库可能存在批次效应 | 探究大动脉炎主动脉组织的细胞异质性并发现潜在治疗靶点 | 大动脉炎患者的主动脉组织及外周血CD4+和CD8+ T细胞 | 机器学习和生物信息学 | 大动脉炎 | 单细胞转录组测序和批量RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据和批量RNA测序数据 | 3例患者主动脉样本和8例患者及8例健康志愿者的外周血T细胞 | Illumina | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | Illumina NovaSeq | 单细胞转录组分析和批量RNA测序 |
| 74 | 2026-06-17 |
Role of TGF-β/SMAD/YAP/TAZ signaling in skeletal muscle fibrosis
2025-03-01, American journal of physiology. Cell physiology
DOI:10.1152/ajpcell.00541.2024
PMID:39925133
|
research paper | 本研究探讨了TGF-β/SMAD/YAP/TAZ信号通路在骨骼肌纤维化中的作用机制 | 首次阐明YAP/TAZ作为机械敏感转录调控因子在TGF-β诱导的肌肉纤维化中决定纤维/脂肪祖细胞向肌成纤维细胞分化的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型和体外细胞培养，其结论在人类肌肉纤维化疾病中的适用性尚需进一步验证 | 探究YAP/TAZ在TGF-β介导的骨骼肌纤维化中的作用及其作为治疗靶点的可能性 | 骨骼肌纤维/脂肪祖细胞、小鼠模型 | machine learning | 肌肉纤维化 | 空间转录组学分析 | NA | 空间转录组数据 | 小鼠模型样本 | NA | spatial transcriptomics | NA | NA |
| 75 | 2026-06-17 |
Endogenously generated Dutch-type Aβ nonfibrillar aggregates dysregulate presynaptic neurotransmission in the absence of detectable inflammation
2025-Mar-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.25.639746
PMID:40060689
|
研究论文 | 研究内源性生成的荷兰型Aβ非纤维聚集体在无检测到炎症情况下对突触前神经传递的失调作用 | 首次揭示荷兰型Aβ非纤维聚集体在无炎症条件下直接导致突触前神经传递异常和线粒体功能障碍 | 未明确非纤维聚集体如何具体引发突触功能异常的分子机制，且仅关注单一小鼠模型 | 探究荷兰型Aβ非纤维聚集体对突触前神经传递和线粒体功能的影响及其与炎症的关系 | 表达荷兰型Aβ突变的小鼠模型（Dutch mice） | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序, 电子传递链催化测量, 免疫组织化学, 荧光显微镜 | NA | 基因表达数据, 电生理数据, 代谢数据 | 多个时间点的小鼠脑组织样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台用于分析兴奋性神经元转录组 |
| 76 | 2026-06-07 |
Splenic TNF-α signaling potentiates the innate-to-adaptive transition of antiviral NK cells
2025-03-11, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2025.02.012
PMID:40023159
|
研究论文 | 研究脾脏TNF-α信号在病毒感染期间促进NK细胞从先天到适应性转变的机制 | 首次揭示脾脏微环境通过TNF-α/TNFR2信号轴和NF-κB双通路调控NK细胞适应性分化，为生成适应性NK细胞免疫提供新见解 | 未涉及其他组织器官中NK细胞适应性转变的比较，以及长期记忆反应维持机制尚未阐明 | 探究病毒感染期间脾脏TNF-α信号如何调控NK细胞从先天免疫向适应性免疫的转变 | 小鼠脾脏NK细胞及髓系细胞 | 免疫学 | 病毒感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 巨细胞病毒感染后小鼠脾脏NK细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'端测序 |
| 77 | 2026-06-07 |
A creatine efflux transporter in oligodendrocytes
2025-03, The FEBS journal
DOI:10.1111/febs.17382
PMID:39792585
|
研究论文 | 本研究揭示了少突胶质细胞中肌酸外排转运蛋白SLC22A15的功能，填补了脑肌酸代谢关键环节 | 首次鉴定SLC22A15为少突胶质细胞中受控肌酸释放的关键转运蛋白，并发现其通过一对一交换机制实现肌酸释放，区别于其他永久性外排转运蛋白 | 研究主要基于体外293细胞和mRNA表达谱分析，缺乏体内功能验证和动物模型数据 | 探究少突胶质细胞中肌酸从产生细胞释放的分子机制 | 人源和大鼠SLC22A15转运蛋白及其在293细胞中的异源表达 | 分子生物学、神经科学 | 神经发育障碍（肌酸缺乏相关） | 质谱分析、单细胞RNA测序 | NA | 质谱数据、单细胞RNA测序数据、mRNA表达谱 | 人类和小鼠组织样本（具体数量未提及） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 78 | 2026-06-02 |
Correlative analysis of metallomic gene expression and metal ion content within the mouse hippocampus
2025-03-28, Metallomics : integrated biometal science
IF:2.9Q3
DOI:10.1093/mtomcs/mfaf009
PMID:40175292
|
研究论文 | 通过X射线荧光显微镜和空间转录组学相结合的多模态方法，研究小鼠海马体中金属组基因表达与金属离子含量的相关性 | 首次将元素图谱与空间转录组学结合，揭示海马体关键亚区金属异质性的分子基础 | 文中未提及具体局限 | 揭示海马体神经金属组图谱的分子基础及其区域异质性机制 | 小鼠海马体及其亚区 | 空间转录组学 | 神经系统疾病 | X射线荧光显微镜, 空间转录组学 | NA | 图像, 转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 79 | 2026-05-30 |
Single-cell transcriptomic sequencing identifies subcutaneous patient-derived xenograft recapitulated medulloblastoma
2025-03, Animal models and experimental medicine
IF:3.8Q2
DOI:10.1002/ame2.12399
PMID:38477441
|
研究论文 | 通过单细胞转录组测序比较皮下患者来源异种移植模型、颅内患者来源异种移植模型和基因工程小鼠模型对髓母细胞瘤的再现程度 | 首次在单细胞水平上比较了三种髓母细胞瘤实验模型（sPDX、iPDX和GEMM）的转录组再现性 | 未明确提及 | 在单细胞水平比较皮下患者来源异种移植、颅内患者来源异种移植和基因工程小鼠模型对髓母细胞瘤的再现能力 | 来自6名患者的原发性SHH和G3亚型髓母细胞瘤样本，以及相应的sPDX、iPDX模型和Patch+/- GEMM模型 | 数字病理学 | 髓母细胞瘤 | 单细胞RNA测序，批量RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 6名患者的髓母细胞瘤样本，3个GEMM模型 | NA | 单细胞RNA测序，批量RNA测序 | NA | NA |
| 80 | 2026-05-28 |
Single-cell transcriptomics reveals inter-ethnic variation in immune response to Falciparum malaria
2025-03-06, American journal of human genetics
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.ajhg.2025.01.020
PMID:39970911
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学揭示富拉尼族与莫西族儿童对恶性疟原虫免疫应答的种族差异 | 首次从单细胞层面系统解析非洲不同种族对疟疾免疫保护的细胞和分子基础，并鉴定出种族特异性的单细胞表达数量性状位点 | 研究中未提及针对机制验证的进一步实验，单细胞数据规模可能未完全覆盖免疫系统的全部异质性 | 探究不同种族人群对恶性疟原虫免疫应答差异的分子和细胞机制 | 布基纳法索农村126名感染和未感染恶性疟原虫的富拉尼族和莫西族儿童的外周血单核细胞 | 机器学习 | 疟疾 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 126名儿童（感染和未感染的富拉尼族与莫西族）及超过7万个单细胞，涵盖30种亚型 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序平台对PBMC进行转录组分析 |