单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
761	2025-03-08	A creatine efflux transporter in oligodendrocytes 2025-Mar, The FEBS journal DOI:10.1111/febs.17382 PMID:39792585	研究论文	本文研究了转运蛋白SLC22A15在少突胶质细胞中控制肌酸释放的功能	首次确定SLC22A15为少突胶质细胞中控制肌酸释放的关键转运蛋白，填补了脑内肌酸代谢理解的关键空白	研究主要基于体外实验，尚未在体内验证SLC22A15的功能	探索肌酸从产生细胞释放的机制	少突胶质细胞和SLC22A15转运蛋白	生物医学	NA	质谱分析、单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据、质谱数据	293细胞、人类和小鼠的mRNA数据
762	2025-03-08	Techniques and analytic workflow for spatial transcriptomics and its application to allergy and inflammation 2025-Mar, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2025.01.009 PMID:39837466	综述	本文综述了空间转录组学技术及其在过敏和炎症研究中的应用，重点介绍了数据处理和分析方法	通过保留细胞的空间定位信息，空间转录组学技术提供了传统转录组学方法无法获得的组织结构和细胞相互作用的关键见解	NA	总结空间转录组学领域的最新发展及其在过敏和炎症研究中的应用	过敏和炎症相关疾病	数字病理学	过敏和炎症	空间转录组学	NA	单细胞基因表达数据	NA
763	2025-03-08	Modeling GATA2 deficiency in mice: the R396Q mutation disrupts normal hematopoiesis 2025-Mar, Leukemia IF:12.8Q1 DOI:10.1038/s41375-024-02508-z PMID:39774796	研究论文	本文描述了一种模拟GATA2缺陷的小鼠模型，特别是R396Q突变对正常造血功能的影响	本研究首次创建了一种模拟GATA2缺陷中与白血病进展相关的R396Q突变的小鼠模型，揭示了该突变对造血干细胞功能和特定干细胞亚群的内在偏好的影响	尽管该模型揭示了GATA2缺陷的一些关键机制，但仍需进一步研究以验证这些发现是否适用于人类患者	研究GATA2缺陷中R396Q突变对造血功能的影响及其与白血病进展的关联	GATA2缺陷小鼠模型	生物医学研究	白血病	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	NA
764	2025-03-08	Topical TYK2 inhibitor ameliorates psoriasis-like dermatitis via the AKT-SP1-NGFR-AP1 pathway in keratinocytes 2025-Mar, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70256 PMID:40038877	研究论文	本研究探讨了局部应用TYK2抑制剂对银屑病的疗效及其作用机制	揭示了TYK2抑制剂通过AKT-SP1-NGFR-AP1通路调节角质形成细胞炎症反应的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体中进行验证	研究局部应用TYK2抑制剂对银屑病的治疗效果及其作用机制	银屑病小鼠模型和人类角质形成细胞	皮肤病学	银屑病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、RNA测序、双荧光素酶报告基因检测、ChIP-qPCR	NA	基因表达数据、细胞表型数据	银屑病小鼠模型和人类角质形成细胞
765	2025-03-07	LncRNA MIR181A1HG Deficiency Attenuates Vascular Inflammation and Atherosclerosis 2025-Mar-06, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325196 PMID:40047069	研究论文	本研究探讨了长链非编码RNA MIR181A1HG在调节血管炎症和动脉粥样硬化中的作用	首次揭示了MIR181A1HG通过诱骗Foxp1远离靶基因启动子并激活NLRP3炎症小体在血管内皮中的作用，提出其作为未来血管炎症疾病治疗靶点的潜力	研究主要基于小鼠模型，人类样本的应用和验证仍需进一步研究	研究MIR181A1HG在调节血管炎症和动脉粥样硬化中的作用及其分子机制	人类和小鼠的动脉粥样硬化病变	生物医学	心血管疾病	单细胞RNA测序、荧光素酶报告基因检测、染色质免疫共沉淀	MIR181A1HG-/-ApoE-/-小鼠模型	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	人类和小鼠的动脉粥样硬化病变样本
766	2025-03-07	The Hypoxia-Associated High-Risk Cell Subpopulation Distinctly Enhances the Progression of Glioma 2025-Mar-06, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202416231 PMID:40047299	研究论文	本研究通过单细胞测序技术识别出一种与胶质瘤进展相关的独特细胞亚群，并探讨其在胶质瘤从低级别向高级别转化中的关键作用	首次聚焦于低级别胶质瘤（LGG）起源的高风险细胞亚群，并发现其与胶质瘤进展的密切关联	研究主要基于实验室和动物模型，临床应用的可行性和效果尚需进一步验证	探讨低级别胶质瘤向胶质母细胞瘤（GBM）转化的机制，并寻找潜在的治疗靶点	低级别胶质瘤（LGG）样本	数字病理学	胶质瘤	单细胞测序（scRNA-seq）、多重免疫荧光染色	NA	单细胞RNA测序数据、免疫荧光图像	多个队列的低级别胶质瘤样本
767	2025-03-07	Consensus nonnegative matrix factorization reveals metastatic gene expression program and identifies E74-like ETS transcription factor 3 confers to the lymph nodes metastasis in papillary thyroid cancer 2025-Mar-06, Endocrine IF:3.0Q2 DOI:10.1007/s12020-025-04205-y PMID:40048012	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，利用共识非负矩阵分解方法揭示了甲状腺乳头状癌中的基因表达程序，并识别出ELF3基因在淋巴结转移中的关键作用	首次使用共识非负矩阵分解方法识别甲状腺乳头状癌中的基因表达程序，并发现ELF3基因在肿瘤侵袭和血管生成中的核心作用	研究主要基于体外实验，缺乏体内实验验证	探索甲状腺乳头状癌的转录异质性及其与淋巴结转移的关系	甲状腺乳头状癌（PTC）	生物信息学	甲状腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk RNA-seq）	共识非负矩阵分解（cNMF）	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
768	2025-03-06	EPAS1 induction drives myocardial degeneration in desmoplakin-cardiomyopathy 2025-Mar-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.111895 PMID:40034852	研究论文	本文通过空间转录组学分析，揭示了EPAS1在DSP心肌病中的心肌退化调控作用	首次发现EPAS1在DSP心肌病中作为线粒体稳态的潜在调节因子，并揭示了其在心肌细胞中的功能异常	研究样本量有限，仅基于一名患者的移植心脏和少量遗传性心肌病患者的移植心脏	探究DSP心肌病中心肌退化的分子机制	携带致病性DSP基因变异的心肌细胞	分子生物学	心肌病	空间转录组学	NA	基因表达数据	一名DSP心肌病患者的移植心脏及少量遗传性心肌病患者的移植心脏
769	2025-03-06	A microfluidic platform for anterior-posterior human endoderm patterning via countervailing morphogen gradients in vitro 2025-Mar-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.111744 PMID:40040808	研究论文	本文介绍了一种微流控平台，通过体外应用相反的形态发生素梯度来实现人类内胚层的前后模式化	使用微流控设备在体外应用相反的形态发生素梯度，成功实现了人类内胚层细胞的空间模式化	该研究依赖于体外实验，可能无法完全模拟体内复杂的发育环境	研究形态发生素梯度如何空间模式化组织，特别是人类内胚层的前后模式化	人类多能干细胞（hPSC）衍生的内胚层细胞	发育生物学	NA	微流控技术，单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	NA
770	2025-03-06	Saltiness Enhancement of Soy Peptides by Modulating Amiloride-Insensitive Salt-Responsive Cells and Interacting with Cell Membranes 2025-Mar-05, Journal of agricultural and food chemistry IF:5.7Q1 DOI:10.1021/acs.jafc.4c12256 PMID:39993222	研究论文	本研究探讨了大豆肽E、DG和9AA通过调节阿米洛利不敏感的盐响应细胞和与细胞膜相互作用来增强咸味的机制	揭示了特定大豆肽通过氢键和水桥与TMC4形成稳定键合，以及通过改变膜电位间接调节味觉受体功能的机制	研究仅针对特定的大豆肽，未广泛测试其他类型的肽	探索大豆肽增强咸味的机制，以支持食品工业中的减盐策略	大豆肽E、DG和9AA	食品科学	NA	钙成像、单细胞RNA测序、分子动力学模拟	NA	生物化学数据	三种大豆肽（E、DG、9AA）
771	2025-03-06	scHeteroNet: A Heterophily-Aware Graph Neural Network for Accurate Cell Type Annotation and Novel Cell Detection 2025-Mar-05, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202412095 PMID:40042052	研究论文	本文介绍了一种名为scHeteroNet的新型图神经网络框架，旨在利用单细胞RNA测序数据中的异质性进行精确的细胞类型注释和新细胞检测	scHeteroNet通过整合来自直接和扩展细胞邻域的信息，捕捉复杂的细胞间相互作用，并引入了一种创新的新细胞类型传播机制，能够稳健地检测以前未表征的细胞类型	NA	提高单细胞RNA测序数据中细胞类型注释和新细胞检测的准确性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	图神经网络（GNN）	单细胞RNA测序数据	多样化的单细胞RNA测序数据集
772	2025-03-06	Mathematical Modeling Predicts Optimal Immune Checkpoint Inhibitor and Radiotherapy Combinations and Timing of Administration 2025-Mar-04, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0610 PMID:39666379	研究论文	本文通过数学建模预测了免疫检查点抑制剂与放疗的最佳组合及给药时间	首次通过单细胞RNA测序和空间转录组分析揭示了放疗期间淋巴细胞介导的分子相互作用动态变化，并构建了数学模型预测不同时间点给药的效果	研究仅基于食管癌患者的组织样本，结果可能不适用于其他类型癌症	探索放疗与免疫检查点抑制剂联合治疗的最佳给药时间点和药物组合	食管癌患者的组织样本	数字病理	食管癌	单细胞RNA测序, 空间转录组分析	数学模型	RNA测序数据, 空间转录组数据	食管癌患者的组织样本
773	2025-03-06	Vitamin A treatment restores vision failures arising from Leber's hereditary optic neuropathy-linked mtDNA mutation 2025-Mar-04, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.188962 PMID:40036074	研究论文	本文研究了维生素A治疗对由Leber遗传性视神经病变（LHON）相关的线粒体DNA突变引起的视力障碍的恢复作用	揭示了LHON相关的线粒体DNA突变导致视网膜细胞特异性缺陷的机制，并首次展示了维生素A补充对恢复视网膜功能和结构的显著效果	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探索LHON相关线粒体DNA突变对视网膜细胞的影响及维生素A的治疗潜力	携带LHON相关ND6P25L突变的小鼠模型	NA	Leber遗传性视神经病变	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
774	2025-03-06	PERK+ macrophages drive immunotherapy resistance in lymph node metastases of oral squamous cell carcinoma 2025-Mar-04, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-3135 PMID:40036693	研究论文	本研究评估了口腔鳞状细胞癌（OSCC）患者淋巴结转移的病理反应率，并探索了改善治疗效果的潜在靶点	首次系统评估了OSCC患者淋巴结转移的病理反应率，并发现PERK+巨噬细胞在免疫治疗抵抗中的作用	研究样本量有限，且主要基于小鼠模型，需进一步临床试验验证	评估OSCC患者淋巴结转移的病理反应率，并探索改善治疗效果的潜在靶点	OSCC患者及其淋巴结转移	数字病理学	口腔鳞状细胞癌	单细胞转录组学、空间转录组学、多重免疫组化	小鼠模型	转录组数据、免疫组化数据	参与随机双臂II期临床试验的OSCC患者
775	2025-03-06	CD36 Promotes Iron Accumulation and Dysfunction in CD8+ T Cells via the p38-CEBPB-TfR1 Axis in Early-stage Hepatocellular Carcinoma 2025-Mar-04, Clinical and molecular hepatology IF:14.0Q1 DOI:10.3350/cmh.2024.0948 PMID:40037690	研究论文	本文揭示了CD36通过p38-CEBPB-TfR1轴在早期肝细胞癌中促进CD8+ T细胞铁积累和功能障碍的机制	发现了CD36通过调控铁摄取蛋白TfR1的表达，导致CD8+ T细胞功能障碍的新机制，并提出了通过激活NRF2来恢复T细胞功能的潜在治疗方法	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步研究	探索早期肝细胞癌中CD8+ T细胞功能障碍的机制	早期肝细胞癌中的CD8+ T细胞	免疫学	肝细胞癌	单细胞RNA测序，流式细胞术	小鼠HCC模型	RNA测序数据，流式细胞数据	小鼠和人类早期肝细胞癌样本
776	2025-03-06	Single-cell Atlas of Developing Mouse Palates Reveals Cellular and Molecular Transitions in Periderm Cell Fate 2025-Mar-04, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf013 PMID:40037804	研究论文	本研究通过单细胞转录组学探索了小鼠腭部发育过程中的细胞和分子转变，特别是关于periderm细胞的亚群和发育轨迹	揭示了periderm细胞在腭部发育中的四个亚群及其细胞命运的两条不同轨迹，并发现了claudin家族基因和Arhgap29在腭板接触前的非粘附功能，以及Pitx2在腭板接触时的粘附作用	研究局限于小鼠模型，未涉及人类样本	理解腭部发育过程中的细胞和分子机制，特别是periderm细胞的命运决定	小鼠胚胎腭部发育过程中的细胞	单细胞转录组学	腭裂	单细胞转录组测序	NA	单细胞转录组数据	小鼠胚胎从E10.5到E16.5的腭部样本
777	2025-03-06	Potential Crosstalk Between ANXA1+ Epithelial Cells and FABP4+ TAM Cells of Ferroptosis-Related Molecular Clusters Promotes an Immunosuppressive Microenvironment in Non-Small Cell Lung Cancer 2025-Mar-04, Molecular carcinogenesis IF:3.0Q2 DOI:10.1002/mc.23899 PMID:40040274	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了非小细胞肺癌中铁死亡激活的异质性，并识别了六个与铁死亡相关的分子簇，探讨了ANXA1+上皮细胞和FABP4+TAM亚群在肺癌进展和肿瘤微环境重塑中的关键作用	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了非小细胞肺癌中铁死亡激活的异质性，并建立了基于铁死亡相关分子簇的新型标志物，用于预测生存和免疫治疗反应	研究样本量相对较小（n=18），可能影响结果的普遍性	探讨铁死亡如何通过重塑肿瘤微环境影响非小细胞肺癌的进展	非小细胞肺癌患者	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	风险评分模型	RNA测序数据	85,562个细胞，18个样本
778	2025-03-06	spatialGE Is a User-Friendly Web Application That Facilitates Spatial Transcriptomics Data Analysis 2025-Mar-03, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-2346 PMID:39636739	研究论文	本文介绍了spatialGE，一个用户友好的网络应用程序，旨在简化空间转录组学数据分析	开发了一个无需编程技能即可进行空间转录组学数据分析的网络应用程序，支持多种分析流程和技术	未明确提及具体的技术限制或应用范围限制	简化空间转录组学数据分析，使其对更广泛的科研人员可用	空间转录组学数据	生物信息学	黑色素瘤转移和默克尔细胞癌	空间转录组学技术（如10× Visium和NanoString CosMx）	NA	空间转录组学数据	两个数据集：黑色素瘤转移的10× Visium样本和默克尔细胞癌的NanoString CosMx视野样本
779	2025-03-06	Spatiotemporal Profiling Defines Persistence and Resistance Dynamics during Targeted Treatment of Melanoma 2025-Mar-03, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-0690 PMID:39700408	研究论文	本研究通过空间转录组学在患者来源的异种移植模型中捕捉了治疗期间的克隆谱系演化，揭示了BRAF突变黑色素瘤在靶向治疗中的持久性和耐药性动态	利用空间转录组学和深度学习技术，结合转录组学和组织学数据，识别了表型不同的细胞群体，并揭示了治疗期间状态变化和谱系选择的时空分辨率	研究主要依赖于患者来源的异种移植模型，可能无法完全反映人类肿瘤的复杂性	理解BRAF突变黑色素瘤在靶向治疗中的持久性和耐药性动态，以识别防止治疗失败的策略	BRAF突变黑色素瘤	数字病理学	黑色素瘤	空间转录组学, 深度学习	深度学习模型	转录组数据, 组织学图像	患者来源的异种移植模型
780	2025-03-06	Apolipoprotein E is a marker of all chondrocytes in the growth plate resting zone 2025-Mar-03, Bone research IF:14.3Q1 DOI:10.1038/s41413-025-00407-2 PMID:40025030	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和荧光原位杂交技术，发现载脂蛋白E（Apoe）是生长板静止区软骨细胞的全面标记物	首次发现Apoe作为小鼠和人类生长板静止区软骨细胞的全面标记物，解决了以往标记物仅部分标记的问题	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步扩大	寻找生长板静止区软骨细胞的全面标记物	小鼠和人类生长板静止区软骨细胞	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq），荧光原位杂交（FISH）	NA	基因表达数据，图像数据	小鼠生长板软骨细胞，人类生长板软骨细胞