单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
741	2025-03-06	A microfluidic platform for anterior-posterior human endoderm patterning via countervailing morphogen gradients in vitro 2025-Mar-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.111744 PMID:40040808	研究论文	本文介绍了一种微流控平台，通过体外应用相反的形态发生素梯度来实现人类内胚层的前后模式化	使用微流控设备在体外应用相反的形态发生素梯度，成功实现了人类内胚层细胞的空间模式化	该研究依赖于体外实验，可能无法完全模拟体内复杂的发育环境	研究形态发生素梯度如何空间模式化组织，特别是人类内胚层的前后模式化	人类多能干细胞（hPSC）衍生的内胚层细胞	发育生物学	NA	微流控技术，单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	NA
742	2025-03-06	Saltiness Enhancement of Soy Peptides by Modulating Amiloride-Insensitive Salt-Responsive Cells and Interacting with Cell Membranes 2025-Mar-05, Journal of agricultural and food chemistry IF:5.7Q1 DOI:10.1021/acs.jafc.4c12256 PMID:39993222	研究论文	本研究探讨了大豆肽E、DG和9AA通过调节阿米洛利不敏感的盐响应细胞和与细胞膜相互作用来增强咸味的机制	揭示了特定大豆肽通过氢键和水桥与TMC4形成稳定键合，以及通过改变膜电位间接调节味觉受体功能的机制	研究仅针对特定的大豆肽，未广泛测试其他类型的肽	探索大豆肽增强咸味的机制，以支持食品工业中的减盐策略	大豆肽E、DG和9AA	食品科学	NA	钙成像、单细胞RNA测序、分子动力学模拟	NA	生物化学数据	三种大豆肽（E、DG、9AA）
743	2025-03-06	scHeteroNet: A Heterophily-Aware Graph Neural Network for Accurate Cell Type Annotation and Novel Cell Detection 2025-Mar-05, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202412095 PMID:40042052	研究论文	本文介绍了一种名为scHeteroNet的新型图神经网络框架，旨在利用单细胞RNA测序数据中的异质性进行精确的细胞类型注释和新细胞检测	scHeteroNet通过整合来自直接和扩展细胞邻域的信息，捕捉复杂的细胞间相互作用，并引入了一种创新的新细胞类型传播机制，能够稳健地检测以前未表征的细胞类型	NA	提高单细胞RNA测序数据中细胞类型注释和新细胞检测的准确性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	图神经网络（GNN）	单细胞RNA测序数据	多样化的单细胞RNA测序数据集
744	2025-03-06	Mathematical Modeling Predicts Optimal Immune Checkpoint Inhibitor and Radiotherapy Combinations and Timing of Administration 2025-Mar-04, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0610 PMID:39666379	研究论文	本文通过数学建模预测了免疫检查点抑制剂与放疗的最佳组合及给药时间	首次通过单细胞RNA测序和空间转录组分析揭示了放疗期间淋巴细胞介导的分子相互作用动态变化，并构建了数学模型预测不同时间点给药的效果	研究仅基于食管癌患者的组织样本，结果可能不适用于其他类型癌症	探索放疗与免疫检查点抑制剂联合治疗的最佳给药时间点和药物组合	食管癌患者的组织样本	数字病理	食管癌	单细胞RNA测序, 空间转录组分析	数学模型	RNA测序数据, 空间转录组数据	食管癌患者的组织样本
745	2025-03-06	Vitamin A treatment restores vision failures arising from Leber's hereditary optic neuropathy-linked mtDNA mutation 2025-Mar-04, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.188962 PMID:40036074	研究论文	本文研究了维生素A治疗对由Leber遗传性视神经病变（LHON）相关的线粒体DNA突变引起的视力障碍的恢复作用	揭示了LHON相关的线粒体DNA突变导致视网膜细胞特异性缺陷的机制，并首次展示了维生素A补充对恢复视网膜功能和结构的显著效果	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探索LHON相关线粒体DNA突变对视网膜细胞的影响及维生素A的治疗潜力	携带LHON相关ND6P25L突变的小鼠模型	NA	Leber遗传性视神经病变	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
746	2025-03-06	PERK+ macrophages drive immunotherapy resistance in lymph node metastases of oral squamous cell carcinoma 2025-Mar-04, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-3135 PMID:40036693	研究论文	本研究评估了口腔鳞状细胞癌（OSCC）患者淋巴结转移的病理反应率，并探索了改善治疗效果的潜在靶点	首次系统评估了OSCC患者淋巴结转移的病理反应率，并发现PERK+巨噬细胞在免疫治疗抵抗中的作用	研究样本量有限，且主要基于小鼠模型，需进一步临床试验验证	评估OSCC患者淋巴结转移的病理反应率，并探索改善治疗效果的潜在靶点	OSCC患者及其淋巴结转移	数字病理学	口腔鳞状细胞癌	单细胞转录组学、空间转录组学、多重免疫组化	小鼠模型	转录组数据、免疫组化数据	参与随机双臂II期临床试验的OSCC患者
747	2025-03-06	CD36 Promotes Iron Accumulation and Dysfunction in CD8+ T Cells via the p38-CEBPB-TfR1 Axis in Early-stage Hepatocellular Carcinoma 2025-Mar-04, Clinical and molecular hepatology IF:14.0Q1 DOI:10.3350/cmh.2024.0948 PMID:40037690	研究论文	本文揭示了CD36通过p38-CEBPB-TfR1轴在早期肝细胞癌中促进CD8+ T细胞铁积累和功能障碍的机制	发现了CD36通过调控铁摄取蛋白TfR1的表达，导致CD8+ T细胞功能障碍的新机制，并提出了通过激活NRF2来恢复T细胞功能的潜在治疗方法	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步研究	探索早期肝细胞癌中CD8+ T细胞功能障碍的机制	早期肝细胞癌中的CD8+ T细胞	免疫学	肝细胞癌	单细胞RNA测序，流式细胞术	小鼠HCC模型	RNA测序数据，流式细胞数据	小鼠和人类早期肝细胞癌样本
748	2025-03-06	Single-cell Atlas of Developing Mouse Palates Reveals Cellular and Molecular Transitions in Periderm Cell Fate 2025-Mar-04, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf013 PMID:40037804	研究论文	本研究通过单细胞转录组学探索了小鼠腭部发育过程中的细胞和分子转变，特别是关于periderm细胞的亚群和发育轨迹	揭示了periderm细胞在腭部发育中的四个亚群及其细胞命运的两条不同轨迹，并发现了claudin家族基因和Arhgap29在腭板接触前的非粘附功能，以及Pitx2在腭板接触时的粘附作用	研究局限于小鼠模型，未涉及人类样本	理解腭部发育过程中的细胞和分子机制，特别是periderm细胞的命运决定	小鼠胚胎腭部发育过程中的细胞	单细胞转录组学	腭裂	单细胞转录组测序	NA	单细胞转录组数据	小鼠胚胎从E10.5到E16.5的腭部样本
749	2025-03-06	spatialGE Is a User-Friendly Web Application That Facilitates Spatial Transcriptomics Data Analysis 2025-Mar-03, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-2346 PMID:39636739	研究论文	本文介绍了spatialGE，一个用户友好的网络应用程序，旨在简化空间转录组学数据分析	开发了一个无需编程技能即可进行空间转录组学数据分析的网络应用程序，支持多种分析流程和技术	未明确提及具体的技术限制或应用范围限制	简化空间转录组学数据分析，使其对更广泛的科研人员可用	空间转录组学数据	生物信息学	黑色素瘤转移和默克尔细胞癌	空间转录组学技术（如10× Visium和NanoString CosMx）	NA	空间转录组学数据	两个数据集：黑色素瘤转移的10× Visium样本和默克尔细胞癌的NanoString CosMx视野样本
750	2025-03-06	Spatiotemporal Profiling Defines Persistence and Resistance Dynamics during Targeted Treatment of Melanoma 2025-Mar-03, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-0690 PMID:39700408	研究论文	本研究通过空间转录组学在患者来源的异种移植模型中捕捉了治疗期间的克隆谱系演化，揭示了BRAF突变黑色素瘤在靶向治疗中的持久性和耐药性动态	利用空间转录组学和深度学习技术，结合转录组学和组织学数据，识别了表型不同的细胞群体，并揭示了治疗期间状态变化和谱系选择的时空分辨率	研究主要依赖于患者来源的异种移植模型，可能无法完全反映人类肿瘤的复杂性	理解BRAF突变黑色素瘤在靶向治疗中的持久性和耐药性动态，以识别防止治疗失败的策略	BRAF突变黑色素瘤	数字病理学	黑色素瘤	空间转录组学, 深度学习	深度学习模型	转录组数据, 组织学图像	患者来源的异种移植模型
751	2025-03-06	Apolipoprotein E is a marker of all chondrocytes in the growth plate resting zone 2025-Mar-03, Bone research IF:14.3Q1 DOI:10.1038/s41413-025-00407-2 PMID:40025030	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和荧光原位杂交技术，发现载脂蛋白E（Apoe）是生长板静止区软骨细胞的全面标记物	首次发现Apoe作为小鼠和人类生长板静止区软骨细胞的全面标记物，解决了以往标记物仅部分标记的问题	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步扩大	寻找生长板静止区软骨细胞的全面标记物	小鼠和人类生长板静止区软骨细胞	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq），荧光原位杂交（FISH）	NA	基因表达数据，图像数据	小鼠生长板软骨细胞，人类生长板软骨细胞
752	2025-03-06	Single cell transcriptomic analysis reveals tumor immune infiltration by macrophage cells gene signature in lung adenocarcinoma 2025-Mar-03, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01834-7 PMID:40029500	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据分析，揭示了肺腺癌中肿瘤相关巨噬细胞的基因特征及其在肿瘤免疫浸润中的作用	利用单细胞RNA测序数据构建了一个新的肿瘤相关巨噬细胞基因特征（TGS）评分，用于预测肺腺癌患者的预后和免疫反应	研究样本量相对较小，仅包括19名肺腺癌患者的29个单细胞RNA测序样本	识别肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）相关的生物标志物，并探讨巨噬细胞浸润在肺腺癌中的意义	肺腺癌患者	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	LASSO Cox回归	RNA测序数据	19名肺腺癌患者的29个单细胞RNA测序样本
753	2025-03-06	Single-cell technology grows up: Leveraging high-resolution omics approaches to understand neurodevelopmental disorders 2025-Mar-03, Current opinion in neurobiology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.conb.2025.102990 PMID:40036988	review	本文探讨了利用单细胞和单核基因组技术创建高分辨率脑细胞图谱，以系统定义神经发育障碍（NDD）的病因	结合突变模型和基因组学方法，在细胞分辨率上系统定义NDD的病因，并应用单细胞和空间转录组学技术研究发育轨迹、细胞组成、电路活动和连接性	需要大规模实施这些方法以最大化洞察力并促进可重复性	理解神经发育障碍的病因，并在分子、细胞和电路水平上识别NDD之间的共同点	神经发育障碍（NDD）基因突变模型和人类组织	基因组学	神经发育障碍	单细胞和单核基因组技术、空间转录组学	NA	基因组数据、转录组数据	NA
754	2025-03-06	Integrated transcriptomic profiling reveals a STING-mediated Type II Interferon signature in SOD1-mutant amyotrophic lateral sclerosis models 2025-Mar-02, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07790-w PMID:40025162	研究论文	本文通过整合转录组学分析，揭示了SOD1突变型肌萎缩侧索硬化症（ALS）模型中STING介导的II型干扰素特征	发现了在ALS模型和患者中保守的干扰素刺激基因（ISGs）特征，并确定了STING-TBK1轴在II型ISGs诱导中的关键作用	研究主要基于小鼠模型和人类诱导多能干细胞（hiPSCs），可能无法完全反映人类ALS的复杂性	探讨ALS中炎症反应的分子机制，特别是SOD1突变型ALS	小鼠模型、人类诱导多能干细胞（hiPSCs）和ALS患者的尸检脊髓组织	生物信息学	肌萎缩侧索硬化症	整合转录组学分析、单细胞转录组学	NA	基因表达数据	小鼠模型、hiPSCs和ALS患者的尸检脊髓组织
755	2025-03-06	Unraveling aging from transcriptomics 2025-Mar, Trends in genetics : TIG IF:13.6Q1 DOI:10.1016/j.tig.2024.09.006 PMID:39424502	review	本文综述了转录组学技术在衰老研究中的应用及其最新突破	利用最新的转录组学技术（如bulk RNA-seq、单细胞转录组学和空间转录组学）在衰老研究中提供了前所未有的分辨率和规模	NA	阐明衰老的生物学机制及与年龄相关疾病的分子途径，促进健康长寿	不同类型的转录本（如mRNA、lncRNA、tRNA和miRNA）	生物信息学	老年疾病	bulk RNA-seq, 单细胞转录组学, 空间转录组学	NA	转录组数据	NA
756	2025-03-06	Cancer-associated fibroblast-derived MMP11 promotes tumor progression in pancreatic cancer 2025-Mar, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.16418 PMID:39639765	研究论文	本研究探讨了基质金属蛋白酶11（MMP11）在胰腺导管腺癌（PDAC）中的表达模式及其作用，揭示了MMP11在癌症相关成纤维细胞（CAFs）中的主要表达及其通过PI3K/AKT途径促进肿瘤侵袭的机制	首次揭示了MMP11在PDAC中的表达模式及其通过PI3K/AKT途径促进肿瘤侵袭的机制，明确了CAF与癌细胞之间的TGF-β1和MMP11介导的相互作用	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探讨MMP11在PDAC中的表达模式及其在肿瘤进展中的作用	胰腺导管腺癌（PDAC）组织和癌症相关成纤维细胞（CAFs）	癌症生物学	胰腺癌	单细胞RNA测序、共免疫荧光染色	NA	基因表达数据、免疫荧光图像	PDAC组织和CAFs细胞系（AsPC-1和BxPC-3）
757	2025-03-06	Single-Cell RNA Sequencing Reveals the Tumor Heterogeneity and Immunosuppressive Microenvironment in Urothelial Carcinoma 2025-Mar, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.16436 PMID:39726326	研究论文	本文通过单细胞RNA测序揭示了尿路上皮癌（UC）的肿瘤异质性和免疫抑制微环境	发现了具有上皮-间质转化（EMT）和癌症干细胞（CSC）特征的罕见上皮细胞亚型EP9，并揭示了不同UC亚型中ACKR1+内皮细胞、炎症性癌症相关成纤维细胞（iCAFs）、ESM1+内皮细胞、CD8+效应T细胞、Tregs、C1QC+巨噬细胞和LAMP3+树突状细胞的分布差异	样本量较小，仅涉及13名患者	研究尿路上皮癌的细胞异质性和微环境组成，以指导新疗法的开发	尿路上皮癌患者（膀胱、输尿管、肾盂）	数字病理学	尿路上皮癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	13名患者（4名膀胱UC，5名输尿管UC，4名肾盂UC）
758	2025-03-06	Integrative approaches to m6A and m5C RNA modifications in autism spectrum disorder revealing potential causal variants 2025-Mar, Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society IF:2.7Q2 DOI:10.1007/s00335-024-10095-8 PMID:39738578	研究论文	本研究通过整合基因组分析，结合m6A和m5C RNA修饰变异，识别与自闭症谱系障碍（ASD）相关的潜在因果变异	首次将m6A和m5C RNA修饰变异与ASD的因果变异识别相结合，并通过cis-eQTL、基因差异表达和基因富集分析进行验证	研究依赖于现有的基因组数据和基因表达数据集，实验验证仅在细胞系中进行，尚未在人体中进行验证	识别与自闭症谱系障碍（ASD）相关的潜在因果变异，为ASD的精准医学提供依据	自闭症谱系障碍（ASD）患者及其相关的RNA修饰变异	基因组学	自闭症谱系障碍	cis-eQTL分析、基因差异表达分析、基因富集分析、单细胞RNA-seq分析	NA	基因组数据、基因表达数据	20,708个常见的m6A-SNPs和2,407个常见的m5C-SNPs
759	2025-03-06	Lymphocytes-Associated Extracellular Vesicles Activate Natural Killer Cells in HNSCC 2025-Mar, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.16440 PMID:39749376	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中小细胞外囊泡（sEVs）的异质性，并揭示了T细胞通过分泌sEVs增强自然杀伤细胞（NK细胞）的细胞毒性能力	首次在单细胞水平上分析了HNSCC中sEVs的异质性，并揭示了T细胞通过sEVs间接增强NK细胞抗肿瘤功能的新机制	研究主要基于单细胞RNA测序数据，未进行体内实验验证sEVs的功能	探究HNSCC中小细胞外囊泡（sEVs）的异质性及其在抗肿瘤免疫中的作用	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中的小细胞外囊泡（sEVs）和自然杀伤细胞（NK细胞）	肿瘤免疫学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	SEVtras算法	RNA测序数据	NA
760	2025-03-06	Leveraging prior knowledge to infer gene regulatory networks from single-cell RNA-sequencing data 2025-Mar, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.1038/s44320-025-00088-3 PMID:39939367	review	本文探讨了如何利用先验知识从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络，以提高推断的可靠性	提出了一种整合先验知识的方法来增强基因调控网络推断的可靠性，并提出了一个标准化的基准测试框架	未提及具体方法的局限性	提高从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络的准确性	基因调控网络	生物信息学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	单细胞RNA测序数据	NA