单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
721	2025-03-01	Cellular heterogeneity and communication networks in gastric cancer: Single-cell analysis reveals β-hydroxybutyrylation-associated genes and immune infiltration characteristics 2025-Mar, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102270 PMID:39884220	研究论文	本研究利用单细胞测序技术解析了胃癌的细胞异质性和细胞间通讯网络，重点研究了β-羟基丁酰化（Kbhb）相关基因及其对肿瘤微环境的影响	首次在单细胞水平上鉴定了胃癌中与β-羟基丁酰化相关的基因，并揭示了这些基因在免疫浸润和肿瘤微环境重塑中的关键作用	研究主要基于TCGA数据集，样本来源和多样性可能有限，且未进行实验验证	解析胃癌的细胞异质性和细胞间通讯网络，探索β-羟基丁酰化相关基因的预后价值和治疗潜力	胃癌患者	数字病理学	胃癌	单细胞测序	风险评分模型	单细胞基因表达数据	189,700个单细胞样本
722	2025-03-01	Single-cell RNA sequencing integrated with bulk RNA sequencing analysis of clock circadian regulator with prognostic and immune microenvironment in thyroid cancer 2025-Mar, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102299 PMID:39892222	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和批量RNA测序分析，探讨了时钟昼夜节律调节器（CLOCK）在甲状腺癌进展及其免疫微环境中的作用	首次结合单细胞和批量RNA测序技术，揭示了CLOCK在甲状腺癌中的过表达及其对肿瘤生长和免疫微环境的影响	研究主要依赖于生物信息学分析和体外实验，需要进一步的体内实验验证	探索CLOCK在甲状腺癌中的作用及其潜在机制	甲状腺癌	数字病理学	甲状腺癌	单细胞RNA测序, 批量RNA测序	LASSO回归, Kaplan-Meier生存估计	RNA测序数据	小鼠模型和人类样本
723	2025-02-27	Pan-cancer characterization of m6A-mediated regulation of T cell exhaustion dynamics and clinical relevancies in human cancers 2025-Mar-11, Molecular therapy. Nucleic acids DOI:10.1016/j.omtn.2025.102465 PMID:39995977	研究论文	本文通过整合多组学数据，探讨了m6A修饰在T细胞耗竭（TEX）动态调控中的作用及其在癌症中的临床相关性	首次在泛癌水平上揭示了m6A修饰对TEX动态的调控作用，并基于m6A-TEX相互作用识别了三种泛癌亚型，每种亚型具有独特的分子特征、免疫表型和生存结果	研究主要基于多组学数据的整合分析，缺乏实验验证，且样本来源多样，可能存在异质性	探讨m6A修饰在T细胞耗竭动态调控中的作用及其在癌症中的临床相关性	T细胞耗竭（TEX）及其与m6A修饰的相互作用	癌症免疫治疗	癌症	多组学数据分析、单细胞RNA测序	NA	多组学数据、单细胞RNA测序数据、泛癌数据集、免疫治疗数据集	多种细胞系、单细胞RNA测序数据、泛癌数据集和免疫治疗数据集
724	2025-02-27	Liver transcriptome analysis reveals PSC-attributed gene set associated with fibrosis progression 2025-Mar, JHEP reports : innovation in hepatology IF:9.5Q1 DOI:10.1016/j.jhepr.2024.101267 PMID:39996122	研究论文	本研究通过RNA测序分析，识别了与原发性硬化性胆管炎（PSC）相关的胆道纤维化发展的基因特征	揭示了PSC特有的基因特征，这些特征与胆道纤维化的发展相关，可能有助于识别新的生物标志物和治疗靶点	样本量相对较小，且需要进一步的外部验证和机制研究	识别与PSC相关的胆道纤维化发展的基因特征	原发性硬化性胆管炎（PSC）、原发性胆汁性胆管炎（PBC）和代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MASLD）患者的肝活检样本	数字病理学	肝病	RNA测序	NA	RNA测序数据	47例肝活检样本（PSC 16例，PBC 15例，MASLD 16例），外部验证集73例PSC肝活检样本
725	2025-02-26	Resolving the bone - optimizing decalcification in spatial transcriptomics and molecular pathology 2025-Mar, Journal of histotechnology IF:0.6Q4 DOI:10.1080/01478885.2024.2446038 PMID:39723974	综述	本文探讨了在空间转录组学和分子病理学中优化骨组织脱钙的方法，以提高研究结果	提出了传统和现代脱钙方法的比较，并提供了技术和方法上的改进建议，以实现分子稳健的骨和钙化组织处理	未提及具体实验数据或样本量，可能缺乏实证支持	优化骨组织脱钙方法，以改善空间转录组学和分子病理学的研究结果	骨组织和钙化组织	分子病理学	NA	脱钙技术	NA	NA	NA
726	2025-02-26	Human placental extract improves liver cirrhosis in mice with regulation of macrophages and senescent cells 2025-Mar, Regenerative therapy IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.reth.2025.01.017 PMID:39991509	研究论文	本研究探讨了人胎盘提取物（HPE）对肝硬化小鼠模型的治疗效果及其机制	首次使用空间转录组学详细分析HPE对肝硬化的抗炎机制，特别是对巨噬细胞和衰老细胞的影响	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体试验中验证	开发肝硬化的新型治疗方法，替代肝移植	肝硬化小鼠模型	生物医学	肝硬化	实时PCR、免疫染色、空间转录组学	小鼠模型	基因表达数据、血清ALT水平数据	每组8只小鼠
727	2025-02-24	Tumor infiltration of inactive CD8 + T cells was associated with poor prognosis in Gastric Cancer 2025-Mar, Gastric cancer : official journal of the International Gastric Cancer Association and the Japanese Gastric Cancer Association IF:6.0Q1 DOI:10.1007/s10120-024-01577-4 PMID:39722065	研究论文	本研究探讨了胃癌复杂肿瘤免疫微环境中各种免疫细胞的功能，特别是CD8 + T细胞的浸润与预后的关系	通过单细胞RNA测序和免疫组化分析，揭示了CD8 + T细胞在胃癌中的活性状态及其与预后的关联	样本量相对较小（34例患者进行单细胞RNA测序），且仅分析了Epstein-Barr病毒阴性病例的TCR库	探讨胃癌肿瘤免疫微环境中CD8 + T细胞的功能及其对预后的影响	胃癌患者及其肿瘤组织中的CD8 + T细胞	肿瘤免疫学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组化	NA	RNA测序数据、免疫组化数据	34例胃癌患者的肿瘤和正常组织进行单细胞RNA测序，157例胃癌患者进行免疫组化分析
728	2025-02-23	Differential expression of the MYC-Notch axis drives divergent responses to the front-line therapy in central and peripheral extensive-stage small-cell lung cancer 2025-Mar, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.70112 PMID:39974662	研究论文	本研究比较了中央型和周围型广泛期小细胞肺癌（ES-SCLC）对一线治疗的反应差异，并通过单细胞RNA测序探讨了潜在的生物学机制	首次揭示了中央型和周围型ES-SCLC对一线治疗的不同反应，并发现MYC-Notch-non-NE轴的差异激活状态可能是导致这些差异的原因	样本量较小（9个治疗初期的ES-SCLC样本），需要更大规模的研究来验证结果	探讨中央型和周围型ES-SCLC对一线治疗的反应差异及其生物学机制	广泛期小细胞肺癌（ES-SCLC）患者	癌症研究	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	265名患者（临床数据）和9个治疗初期的ES-SCLC样本（scRNA-seq数据）
729	2025-02-21	ARP2/3 complex affects myofibroblast differentiation and migration in pancreatic ductal adenocarcinoma 2025-Mar-15, International journal of cancer IF:5.7Q1 DOI:10.1002/ijc.35246 PMID:39472297	研究论文	本研究探讨了ARP2/3复合物在胰腺导管腺癌（PDAC）中肌成纤维细胞分化和迁移的影响	揭示了ARP2/3复合物在癌症相关成纤维细胞（CAFs）迁移和分化中的关键作用，并提出了针对该复合物的治疗PDAC的新策略	研究主要基于小鼠模型和体外实验，需进一步验证其在人体中的效果	阐明ARP2/3复合物对PDAC进展中CAFs活动的影响及其与患者预后的关系	胰腺导管腺癌（PDAC）中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）	癌症研究	胰腺癌	微阵列分析、RNA测序（RNA-seq）、单细胞RNA测序（sc-RNA-seq）	NA	基因表达数据	p48; LSL-Kras小鼠模型、人类永生化胰腺星状细胞（PSCs）和原发性PDAC来源的CAFs
730	2025-02-21	Schwann Cell-Secreted S100B Promotes Wound Healing via Paracrine Modulation 2025-Mar, Journal of dental research IF:5.7Q1 DOI:10.1177/00220345241296103 PMID:39711160	研究论文	本研究探讨了Schwann细胞在腭黏膜伤口愈合中的关键作用及其通过S100B/RAGE/NF-κB/Notch旁分泌轴的机制	揭示了Schwann细胞通过分泌S100B蛋白在腭黏膜伤口愈合中的关键作用，并阐明了其通过RAGE受体激活NF-κB和Notch信号通路的机制	研究主要基于非人灵长类动物模型，尚未在人类中进行验证	探究Schwann细胞在腭黏膜伤口愈合中的作用及其分子机制	腭黏膜、颊附着龈和皮肤的伤口愈合	生物医学	伤口愈合	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、蛋白质组学分析	NA	基因表达数据、蛋白质数据	非人灵长类动物、大鼠和猴子的皮肤样本
731	2025-02-21	Potential therapeutic effect of dimethyl fumarate on Treg/Th17 cell imbalance in biliary atresia 2025-Mar, Clinical immunology (Orlando, Fla.) DOI:10.1016/j.clim.2025.110439 PMID:39863040	研究论文	本研究探讨了二甲基富马酸（DMF）对胆道闭锁（BA）患者Treg/Th17细胞失衡的潜在治疗效果及其机制	首次将DMF应用于BA患者Treg/Th17细胞失衡的治疗研究，并揭示了其通过Nrf2/抗氧化反应元件（ARE）途径的作用机制	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证DMF的疗效	探索DMF对BA患者Treg/Th17细胞失衡的调节作用及其潜在机制	胆道闭锁（BA）患者的Treg和Th17细胞	免疫学	胆道闭锁	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、酶联免疫吸附试验（ELISA）、q-PCR、Western blot	小鼠模型	基因表达数据、细胞频率数据、生化标志物数据、细胞因子数据	BA患者和胆总管囊肿（CC）患者的肝脏样本、BA小鼠模型
732	2025-02-21	Unveiling ferroptosis genes and inhibitors in diabetic retinopathy through single-cell analysis and docking simulations 2025-Mar, Biochemistry and biophysics reports IF:2.3Q3 DOI:10.1016/j.bbrep.2025.101932 PMID:39968183	研究论文	本文通过单细胞分析和对接模拟揭示了糖尿病视网膜病变中的铁死亡基因和抑制剂	首次通过单细胞RNA测序数据集识别铁死亡相关基因，并利用分子对接和模拟技术探索药物与靶蛋白的相互作用稳定性	研究依赖于公开的单细胞RNA测序数据集，可能受限于数据的质量和样本量	探讨铁死亡在糖尿病视网膜病变中的作用，以推动对该复杂疾病的理解并开发创新治疗方法	糖尿病视网膜病变患者	生物信息学	糖尿病视网膜病变	单细胞RNA测序，分子对接，分子动力学模拟	NA	单细胞RNA测序数据	NA
733	2025-02-19	Single-cell RNA-seq reveals diverse molecular signatures associated with Methotrexate resistance in primary central nervous system lymphoma cells 2025-Mar, Journal of neuro-oncology IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s11060-024-04893-y PMID:39636551	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了与原发性中枢神经系统淋巴瘤（PCNSL）细胞中甲氨蝶呤耐药相关的多种分子特征	首次在单细胞水平上对甲氨蝶呤耐药的PCNSL细胞进行了基因表达网络分析，并识别出关键基因和潜在的治疗药物	研究局限于体外培养的PCNSL细胞，未涉及体内模型或临床试验	探索甲氨蝶呤耐药的分子机制，为复发性PCNSL的挽救性化疗提供新策略	原发性中枢神经系统淋巴瘤（PCNSL）细胞	生物信息学	淋巴瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq），加权基因共表达网络分析（WGCNA）	NA	单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但涉及亲代和甲氨蝶呤耐药的PCNSL细胞
734	2025-02-07	Correction to: Single-cell RNA-seq reveals diverse molecular signatures associated with Methotrexate resistance in primary central nervous system lymphoma cells 2025-Mar, Journal of neuro-oncology IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s11060-024-04922-w PMID:39913048	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
735	2025-02-18	RETRACTION: Prognostic Value and Potential Mechanism of Cellular Senescence and Tumor Microenvironment in Hepatocellular Carcinoma: Insights From Bulk Transcriptomics and Single-Cell Sequencing Analysis 2025-Mar, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24453 PMID:39584580	撤稿	本文因同行评审过程存在问题而被撤稿	NA	同行评审过程存在问题	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
736	2025-02-18	Revolutionizing prognosis: Introducing cell death index (CDI) as a powerful prognostic tool for CSCC patients 2025-Mar, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24265 PMID:39887534	研究论文	本研究引入了一种新的预后指标——细胞死亡指数（CDI），用于宫颈鳞状细胞癌（CSCC）患者的预后评估	首次提出细胞死亡指数（CDI）作为CSCC患者的预后工具，并构建了基于23个基因的预后模型	研究依赖于公开的RNA-seq和scRNA-seq数据集，可能受到数据质量和样本量的限制	开发一种新的预后指标，以改善CSCC患者的预后评估和治疗策略	宫颈鳞状细胞癌（CSCC）患者	数字病理学	宫颈癌	RNA-seq, scRNA-seq	预后模型	基因表达数据	从GEO和TCGA数据库下载的RNA-seq和scRNA-seq数据集
737	2025-02-14	DRIM modulates Src activation and regulates angiogenic functions in vascular endothelial cells 2025-Mar, Cell biology international IF:3.3Q3 DOI:10.1002/cbin.12265 PMID:39648301	研究论文	本研究探讨了DRIM蛋白在血管内皮细胞中的作用及其通过调节Src激酶影响细胞生长、迁移和血管生成的功能	首次发现DRIM在血管内皮细胞中丰富表达，并揭示了其在调节Src激酶活性及下游信号通路中的关键作用	研究主要基于体外实验，缺乏体内实验验证DRIM在血管生成中的具体作用	探究DRIM蛋白在血管内皮细胞中的功能及其分子机制	人类血管内皮细胞	细胞生物学	NA	单细胞测序分析、蛋白质分馏法、细胞成像、蛋白质组学分析、蛋白质相互作用测定	NA	蛋白质数据、细胞成像数据	NA
738	2025-02-14	Kushenol O Regulates GALNT7/NF-κB axis-Mediated Macrophage M2 Polarization and Efferocytosis in Papillary Thyroid Carcinoma 2025-Mar, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156373 PMID:39864368	研究论文	本研究探讨了kushenol O对甲状腺乳头状癌（PTC）细胞增殖和侵袭能力的影响及其潜在作用机制	首次揭示了kushenol O通过调节GALNT7/NF-κB轴介导的巨噬细胞M2极化和efferocytosis在PTC中的作用	研究主要基于细胞实验，缺乏体内实验验证	探讨kushenol O在PTC治疗中的潜在机制	甲状腺乳头状癌细胞	肿瘤免疫学	甲状腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、qRT-PCR、EdU检测、CCK-8	NA	基因表达数据、细胞实验数据	PTC细胞系
739	2025-02-12	Fibroblast Activation Protein-α Expression in Cancer-Associated Fibroblasts Shows the Poor Survival of Colorectal Cancer via Immune-Mediated Pathways : Implications of FAP in Cancer-Associated Fibroblasts Link Immune Dysregulation to Adverse Survival in Colorectal Cancer 2025-Mar, Annals of surgical oncology IF:3.4Q1 DOI:10.1245/s10434-024-16593-y PMID:39623187	研究论文	本研究探讨了癌症相关成纤维细胞（CAFs）中成纤维细胞激活蛋白-α（FAP）的表达对结直肠癌（CRC）患者生存的影响及其与肿瘤免疫微环境（TIME）的关系	通过免疫组织化学染色和单细胞RNA测序技术，揭示了FAP高表达与CRC患者生存率低及免疫抑制性肿瘤微环境的相关性	研究样本量相对较小，且主要依赖于回顾性数据，可能影响结果的普遍性	探讨FAP在CRC患者生存和肿瘤免疫微环境中的作用	178名接受手术切除的CRC患者及10名未治疗的CRC患者的CAFs	数字病理学	结直肠癌	免疫组织化学染色（IHC），单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	病理切片图像，基因表达数据	178名患者的180个病理切片，10名未治疗患者的CAFs
740	2025-02-10	Hypoxia regulates small extracellular vesicle biogenesis and cargo sorting through HIF-1α/HRS signaling pathway in head and neck squamous cell carcinoma 2025-Mar, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2024.111546 PMID:39631619	研究论文	本研究探讨了缺氧条件下头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）细胞中小细胞外囊泡（sEVs）的生物生成和货物分选的机制	揭示了缺氧通过HIF-1α/HRS信号通路调控sEVs生物生成和货物分选的新机制	研究主要集中于HNSCC细胞，未涉及其他类型癌症细胞	研究缺氧对头颈部鳞状细胞癌中小细胞外囊泡生物生成和货物分选的影响	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）细胞	细胞生物学	头颈部鳞状细胞癌	空间转录组学和免疫组织化学	NA	细胞实验数据	NA