单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
721	2025-03-12	AcImpute: a constraint-enhancing smooth-based approach for imputing single-cell RNA sequencing data 2025-Mar-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae711 PMID:40037523	研究论文	本文提出了一种名为AcImpute的无监督方法，用于提高单细胞RNA测序数据的插补准确性，通过约束不同表达水平基因之间的平滑权重来防止过度平滑	AcImpute方法通过约束平滑权重，有效解决了基于平滑的插补方法中的过度平滑问题，提高了基因表达的恢复精度，并保持了细胞间的变异性	NA	提高单细胞RNA测序数据的插补准确性，以增强下游分析的有效性和准确性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	无监督方法	基因表达数据	NA
722	2025-03-12	Complement activation in tumor microenvironment after neoadjuvant therapy and its impact on pancreatic cancer outcomes 2025-Mar-03, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-00848-2 PMID:40032924	研究论文	本研究探讨了新辅助治疗（NAT）对胰腺导管腺癌（PDAC）癌细胞和肿瘤微环境（TME）的不同影响，并发现NAT通过上调TME中的补体基因表达，改善了患者的总体生存率	首次揭示了NAT通过上调TME中的补体基因表达，改善了PDAC患者的预后，并提出了局部补体动态作为新的生物标志物的潜力	样本量相对较小（23例NAT治疗和13例NAT未治疗的PDAC），需要更大规模的研究进一步验证	研究NAT对PDAC癌细胞和TME的影响，并探索补体基因表达在预后和治疗反应中的作用	胰腺导管腺癌（PDAC）患者	肿瘤微环境研究	胰腺癌	空间转录组学、单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	基因表达数据	23例NAT治疗和13例NAT未治疗的PDAC样本
723	2025-03-12	Endogenously generated Dutch-type Aβ nonfibrillar aggregates dysregulate presynaptic neurotransmission in the absence of detectable inflammation 2025-Mar-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.25.639746 PMID:40060689	研究论文	本研究探讨了荷兰型Aβ非纤维聚集体在无炎症情况下对突触前神经传递的失调作用	揭示了荷兰型Aβ非纤维聚集体在无炎症情况下对突触前神经传递的直接影响，并发现其与线粒体复合物I活性降低相关	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类样本	研究荷兰型Aβ非纤维聚集体对突触前神经传递的影响	转基因小鼠	神经科学	阿尔茨海默病	A11免疫组化、环状D,L-α-肽-FITC显微镜、单细胞RNA测序	NA	图像、RNA测序数据	转基因小鼠
724	2025-03-12	Inhibition of the Hippo pathway by verteporfin reduces the proliferation and stemness of rat hair follicle neural crest stem cells under hypoxia 2025-Mar, FASEB bioAdvances IF:2.5Q3 DOI:10.1096/fba.2025-00025 PMID:40060945	研究论文	本研究探讨了Hippo通路在缺氧条件下对毛囊神经嵴干细胞增殖和干性维持的调控作用	首次研究了Hippo信号通路在缺氧环境下对毛囊神经嵴干细胞生长的调控作用	研究仅在大鼠毛囊神经嵴干细胞中进行，未涉及人类细胞或其他类型的干细胞	研究Hippo通路在缺氧条件下对毛囊神经嵴干细胞的调控作用	大鼠毛囊神经嵴干细胞	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序、定量实时PCR、免疫荧光、Western blotting	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据	大鼠毛囊神经嵴干细胞
725	2025-03-11	Intensive stress impedes hair follicle growth through triggering cell cycle arrest of hair follicle stem cells 2025-Mar-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202403343R PMID:40059814	研究论文	本文研究了高强度压力对毛囊生长的影响及其机制，通过小鼠模型和单细胞RNA测序分析揭示了压力通过交感神经系统/去甲肾上腺素/cAMP途径抑制毛囊干细胞细胞周期的机制	首次揭示了高强度压力通过激活交感神经系统和cAMP信号通路抑制毛囊干细胞细胞周期的具体机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨高强度压力对毛囊生长的具体影响及其分子机制	小鼠毛囊干细胞	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠模型
726	2025-03-11	Spatial-Temporal Diversity of Extrachromosomal DNA Shapes Urothelial Carcinoma Evolution and Tumor-Immune Microenvironment 2025-Mar-11, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-24-1532 PMID:40062518	研究论文	本文通过计算分析方法研究了595例尿路上皮癌（UC）患者全基因组测序数据中的染色体外DNA（ecDNA），揭示了ecDNA在肿瘤进化和免疫微环境中的作用	首次系统性地分析了ecDNA在尿路上皮癌中的时空多样性及其对肿瘤进化和免疫微环境的影响，揭示了ecDNA通过结构重排驱动克隆进化的机制	研究主要基于尿路上皮癌患者的数据，可能不适用于其他类型的癌症	研究ecDNA在尿路上皮癌中的时空多样性及其对肿瘤进化和免疫微环境的影响	595例尿路上皮癌患者的全基因组测序数据	基因组学	尿路上皮癌	全基因组测序、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、RNA数据	595例尿路上皮癌患者
727	2025-03-11	Characterizing the Cellular Constituents of Proximal Airway Disease in Granulomatosis With Polyangiitis 2025-Mar-10, Otolaryngology--head and neck surgery : official journal of American Academy of Otolaryngology-Head and Neck Surgery DOI:10.1002/ohn.1197 PMID:40062629	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了肉芽肿性多血管炎（GPA）患者近端气道黏膜的细胞组成，揭示了GPA风险基因在免疫细胞中的表达定位	首次使用单细胞RNA测序技术详细描述了GPA患者近端气道黏膜的细胞组成，并发现了一种仅存在于GPA中的CD4-/CD8-炎症性T细胞亚群	研究样本量较小（GPA n=9，iSGS n=7，PIPS n=5，对照 n=10），且仅在单一三级医疗中心进行，可能限制结果的普遍性	旨在揭示GPA患者近端气道疾病的细胞组成及其病理机制	GPA患者、特发性声门下狭窄（iSGS）患者、插管后近端狭窄（PIPS）患者及对照组的近端气道样本	数字病理学	肉芽肿性多血管炎	单细胞RNA测序	Monocle 3	RNA测序数据	GPA n=9，iSGS n=7，PIPS n=5，对照 n=10
728	2025-03-11	Robust Spatial Cell-Type Deconvolution with Qualitative Reference for Spatial Transcriptomics 2025-Mar-09, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202401145 PMID:40059456	研究论文	本文提出了一种基于定性参考的空间转录组学细胞类型去卷积方法QR-SIDE，用于处理多细胞空间转录组数据	QR-SIDE方法通过自适应调整每个标记基因的贡献，提供了个体标记基因的空间异质性详细图谱，并结合Potts模型促进空间连续性，统一了细胞类型去卷积与空间聚类	在缺乏可靠参考数据集或存在异质批次效应的情况下，现有方法可能引入偏差	开发一种新的空间转录组学细胞类型去卷积方法，以提高细胞类型去卷积的准确性和鲁棒性	多细胞空间转录组数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Potts模型	空间转录组数据	模拟数据和三个真实空间转录组数据集（来自10x Visium和ST平台）
729	2025-03-11	Transcriptional reprogramming triggered by neonatal UV radiation or Lkb1 loss prevents BRAFV600E-induced growth arrest in melanocytes 2025-Mar-08, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03339-7 PMID:40057604	研究论文	本文探讨了新生儿UV辐射或Lkb1缺失如何通过转录重编程阻止BRAFV600E诱导的生长停滞，从而促进黑色素瘤的发展	揭示了新生儿UV辐射或Lkb1缺失通过转录重编程绕过BRAF诱导的生长停滞，促进黑色素瘤发展的新机制	研究主要依赖于小鼠模型和基因组分析，人类临床数据的应用可能有限	研究新生儿UV辐射或Lkb1缺失如何影响BRAFV600E诱导的生长停滞及黑色素瘤发展	黑色素细胞	癌症研究	黑色素瘤	基因组分析、单细胞转录组学	小鼠模型	基因组数据、临床数据、转录组数据	NA
730	2025-03-11	Integrated single-cell and spatial transcriptomic profiling reveals that CD177+ Tregs enhance immunosuppression through apoptosis and resistance to immunotherapy in hepatocellular carcinoma 2025-Mar-07, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03330-2 PMID:40055567	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序和严格筛选策略，发现CD177作为肿瘤浸润调节性T细胞（TiTregs）的特异性生物标志物，揭示了其在肝细胞癌（HCC）中的免疫抑制作用和潜在治疗靶点	首次鉴定出CD177作为TiTregs的特异性生物标志物，并揭示了其在HCC中的免疫抑制机制和潜在治疗价值	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人体临床试验中验证CD177抑制的效果	探索肿瘤浸润调节性T细胞（TiTregs）在肝细胞癌（HCC）中的免疫抑制机制及其作为治疗靶点的潜力	肝细胞癌（HCC）中的肿瘤浸润调节性T细胞（TiTregs）	癌症免疫学	肝细胞癌	单细胞转录组测序	CD177 Treg条件性敲除小鼠模型	单细胞转录组数据	NA
731	2025-03-11	Single-cell RNA-seq reveals the immune response of Co-infection with streptococcus pneumoniae after influenza A virus by a lung-on-chip: The molecular structure and mechanism of tight junction protein ZO-1 2025-Mar-06, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.141815 PMID:40057081	研究论文	本研究利用人类肺芯片模型和单细胞RNA测序技术，探讨了甲型流感病毒（IAV）与肺炎链球菌（SP）共感染对肺部免疫反应的影响，特别关注紧密连接蛋白ZO-1的分子结构和作用机制	首次结合人类肺芯片模型和单细胞RNA测序技术，揭示了IAV与SP共感染引起的复杂免疫反应，并明确了ZO-1在维持肺屏障完整性中的关键作用	研究依赖于体外模型，可能无法完全模拟体内复杂的免疫环境	探讨IAV与SP共感染对肺部免疫反应的影响，特别是ZO-1的作用机制	人类肺芯片模型中的肺细胞	数字病理学	肺炎	单细胞RNA测序	人类肺芯片模型	基因表达数据	未明确说明样本数量
732	2025-03-11	Spatially separated epithelium-associated and lamina propria neutrophils present distinct functional identities in the inflamed colon mucosa 2025-Mar-06, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.mucimm.2025.02.008 PMID:40057307	研究论文	本文研究了炎症性肠病（IBD）中结肠黏膜内不同空间位置的中性粒细胞（PMNs）的功能差异	首次揭示了结肠黏膜中不同空间位置的中性粒细胞（LPNs和EANs）具有不同的功能特性，并发现EANs可能作为疾病驱动因素	研究主要基于小鼠模型和人类样本的单细胞RNA测序，可能无法完全反映人类IBD的复杂性	探讨炎症性肠病（IBD）中结肠黏膜内不同空间位置的中性粒细胞的功能差异及其临床意义	结肠黏膜中的中性粒细胞（PMNs），特别是位于固有层黏膜（LPNs）和隐窝上皮（EANs）的中性粒细胞	生物医学研究	炎症性肠病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间RNA转录组学，实时活体成像	NA	RNA测序数据，活体成像数据	小鼠模型和人类IBD患者样本
733	2025-03-11	Neoplastic immune mimicry potentiates breast tumor progression 2025-Mar-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.17.633673 PMID:39896558	研究论文	本文探讨了乳腺癌进展中肿瘤细胞通过去分化程序增强适应性，并发现部分去分化的肿瘤细胞表达白细胞表面受体蛋白，称为“免疫拟态”	首次提出并验证了乳腺癌细胞通过表达白细胞表面受体蛋白进行免疫拟态的现象，并发现这种拟态与肿瘤的侵袭性和治疗抵抗性相关	研究主要基于单细胞RNA测序数据和细胞系模型，尚未在更大规模的临床样本中进行验证	研究乳腺癌进展中肿瘤细胞的去分化及其对肿瘤侵袭性和治疗抵抗性的影响	乳腺癌细胞、人类乳腺癌单细胞RNA测序数据集、乳腺癌细胞系、小鼠转基因和细胞系来源的乳腺肿瘤模型	肿瘤生物学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据、组织病理学样本	公共人类乳腺癌单细胞RNA测序数据集、乳腺癌细胞系、小鼠模型
734	2025-03-11	Pancreatic alpha and beta cell fate choice is directed by apical-basal polarity dynamics 2025-Mar-04, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.02.008 PMID:40056911	研究论文	本文探讨了细胞顶端-基底极性在胰腺内分泌祖细胞分化为α或β细胞命运中的调控作用	首次揭示了顶端-基底极性状态作为多能内分泌祖细胞分化为α或β细胞命运的关键调控因素	研究主要基于人类内分泌祖细胞，未涉及其他物种或细胞类型	研究细胞顶端-基底极性如何调控胰腺内分泌祖细胞的分化命运	人类胰腺内分泌祖细胞	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确提及样本数量
735	2025-03-11	ENPP1 promotes immune suppression, drug resistance, and adverse outcomes in bladder cancer: Potential for targeted therapy 2025-Mar-04, Cancer genetics IF:1.4Q4 DOI:10.1016/j.cancergen.2025.03.001 PMID:40058167	研究论文	本研究探讨了ENPP1在膀胱癌中的表达及其对肿瘤进展、凋亡和免疫微环境的影响	首次系统性地研究了ENPP1在膀胱癌中的作用，揭示了其与肿瘤进展、免疫浸润和化疗耐药性的关系	样本量较小，仅包括36名膀胱癌患者的本地临床队列	研究ENPP1在膀胱癌中的作用及其作为治疗靶点的潜力	膀胱癌患者和膀胱癌细胞系	生物信息学	膀胱癌	RT-qPCR, Western blotting, 免疫组化, scRNA-seq	NA	基因表达数据, 单细胞RNA测序数据	36名膀胱癌患者的本地临床队列, TCGA-BLCA和GEO数据集
736	2024-10-04	A Single-Cell RNA Sequencing Atlas of the Chronic Obstructive Pulmonary Disease Distal Lung to Predict Cell-Cell Communication 2025-Mar, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2024-0232LE PMID:39356793	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
737	2025-03-11	Integrated Single-Cell Transcriptome and eQTL Analyses Reveal the Role of PZP in Aging and Chronic Kidney Disease 2025-Mar, The journal of gene medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1002/jgm.70015 PMID:40058366	研究论文	本研究通过单细胞转录组和eQTL分析，探讨了PZP在衰老和慢性肾病（CKD）中的作用	首次揭示了CD8+中央记忆T细胞及其相关基因表达在衰老与CKD相互作用中的角色，并发现PZP作为关键遗传因素在CKD进展和衰老中的作用	研究样本主要来源于外周血，可能无法完全反映肾脏局部免疫细胞的变化	探索衰老与慢性肾病之间的遗传机制	年轻对照组、老年个体和CKD患者的外周血样本	生物信息学	慢性肾病	单细胞RNA测序、eQTL分析、孟德尔随机化分析	NA	RNA测序数据、基因组数据	来自UK Biobank和FinnGen等基因组队列的数据
738	2025-03-11	HBx/DTL Positive Feedback Loop Promotes HBV-Related Hepatocellular Carcinoma Progression 2025-Mar, Journal of medical virology IF:6.8Q1 DOI:10.1002/jmv.70284 PMID:40062428	研究论文	本研究探讨了HBV相关肝细胞癌（HCC）中HBx/DTL正反馈环路的作用及其对癌症进展的促进机制	揭示了HBx通过结合DTL启动子区域增强其转录，进而促进HCC细胞增殖和细胞周期进程的新机制，并发现DTL通过与Cullin4-RING泛素连接酶（CRL4s）相互作用稳定HBx，减少其泛素介导的降解	研究主要基于体外实验和裸鼠模型，未涉及人类临床试验，可能限制了结果的直接临床应用	探索HBV相关HCC的发病机制，特别是HBx/DTL正反馈环路在癌症进展中的作用	HBV阳性HCC样本、裸鼠模型	癌症研究	肝细胞癌	单细胞RNA测序、流式细胞术、Western blot分析、染色质免疫共沉淀-qPCR、Cut&Tag	NA	基因表达数据、蛋白质相互作用数据	HBV阳性HCC样本、裸鼠模型
739	2025-03-10	Engineered mesenchymal stromal cells with bispecific polyvalent peptides suppress excessive neutrophil infiltration and boost therapy 2025-Mar-07, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adt7387 PMID:40053594	研究论文	本文通过工程化改造间充质基质细胞（MSCs），利用双特异性多价肽抑制过度中性粒细胞浸润，提升治疗效果	利用DNA自组装技术将P-选择素和E-选择素靶向肽组装成双特异性多价结构，改造MSCs以提高其归巢效率并抑制中性粒细胞浸润	研究仅在急性肝衰竭小鼠模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	探索通过改造MSCs来抑制过度中性粒细胞浸润，以治疗炎症性疾病和组织损伤	间充质基质细胞（MSCs）和中性粒细胞	细胞工程	肝病	DNA自组装技术	NA	单细胞RNA测序数据	急性肝衰竭小鼠模型
740	2025-03-10	Genetically encoded tension heterogeneity sculpts cardiac trabeculation 2025-Mar-07, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.ads2998 PMID:40053597	研究论文	本文通过单细胞RNA测序、基因编码生物传感器和全活体成像技术，研究了心肌细胞命运决定的机制，特别是心肌壁中心肌细胞的分层和心肌小梁的形成	揭示了心肌细胞命运决定的内在机制，特别是通过PI3K活性和Arp2/3复合物的招募，驱动细胞分层，并通过Notch信号通路调控邻近心肌细胞的张力，从而形成心肌模式	未提及具体样本量或实验条件的限制	研究心肌细胞命运决定的机制，特别是心肌壁中心肌细胞的分层和心肌小梁的形成	心肌细胞	生物医学	心血管疾病	单细胞RNA测序、基因编码生物传感器、全活体成像	NA	基因表达数据、活体成像数据	NA