单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
701	2025-03-06	Single-cell Atlas of Developing Mouse Palates Reveals Cellular and Molecular Transitions in Periderm Cell Fate 2025-Mar-04, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf013 PMID:40037804	研究论文	本研究通过单细胞转录组学探索了小鼠腭部发育过程中的细胞和分子转变，特别是关于periderm细胞的亚群和发育轨迹	揭示了periderm细胞在腭部发育中的四个亚群及其细胞命运的两条不同轨迹，并发现了claudin家族基因和Arhgap29在腭板接触前的非粘附功能，以及Pitx2在腭板接触时的粘附作用	研究局限于小鼠模型，未涉及人类样本	理解腭部发育过程中的细胞和分子机制，特别是periderm细胞的命运决定	小鼠胚胎腭部发育过程中的细胞	单细胞转录组学	腭裂	单细胞转录组测序	NA	单细胞转录组数据	小鼠胚胎从E10.5到E16.5的腭部样本
702	2025-03-06	spatialGE Is a User-Friendly Web Application That Facilitates Spatial Transcriptomics Data Analysis 2025-Mar-03, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-2346 PMID:39636739	研究论文	本文介绍了spatialGE，一个用户友好的网络应用程序，旨在简化空间转录组学数据分析	开发了一个无需编程技能即可进行空间转录组学数据分析的网络应用程序，支持多种分析流程和技术	未明确提及具体的技术限制或应用范围限制	简化空间转录组学数据分析，使其对更广泛的科研人员可用	空间转录组学数据	生物信息学	黑色素瘤转移和默克尔细胞癌	空间转录组学技术（如10× Visium和NanoString CosMx）	NA	空间转录组学数据	两个数据集：黑色素瘤转移的10× Visium样本和默克尔细胞癌的NanoString CosMx视野样本
703	2025-03-06	Spatiotemporal Profiling Defines Persistence and Resistance Dynamics during Targeted Treatment of Melanoma 2025-Mar-03, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-0690 PMID:39700408	研究论文	本研究通过空间转录组学在患者来源的异种移植模型中捕捉了治疗期间的克隆谱系演化，揭示了BRAF突变黑色素瘤在靶向治疗中的持久性和耐药性动态	利用空间转录组学和深度学习技术，结合转录组学和组织学数据，识别了表型不同的细胞群体，并揭示了治疗期间状态变化和谱系选择的时空分辨率	研究主要依赖于患者来源的异种移植模型，可能无法完全反映人类肿瘤的复杂性	理解BRAF突变黑色素瘤在靶向治疗中的持久性和耐药性动态，以识别防止治疗失败的策略	BRAF突变黑色素瘤	数字病理学	黑色素瘤	空间转录组学, 深度学习	深度学习模型	转录组数据, 组织学图像	患者来源的异种移植模型
704	2025-03-06	Single cell transcriptomic analysis reveals tumor immune infiltration by macrophage cells gene signature in lung adenocarcinoma 2025-Mar-03, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01834-7 PMID:40029500	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据分析，揭示了肺腺癌中肿瘤相关巨噬细胞的基因特征及其在肿瘤免疫浸润中的作用	利用单细胞RNA测序数据构建了一个新的肿瘤相关巨噬细胞基因特征（TGS）评分，用于预测肺腺癌患者的预后和免疫反应	研究样本量相对较小，仅包括19名肺腺癌患者的29个单细胞RNA测序样本	识别肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）相关的生物标志物，并探讨巨噬细胞浸润在肺腺癌中的意义	肺腺癌患者	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	LASSO Cox回归	RNA测序数据	19名肺腺癌患者的29个单细胞RNA测序样本
705	2025-03-06	Cancer-associated fibroblast-derived MMP11 promotes tumor progression in pancreatic cancer 2025-Mar, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.16418 PMID:39639765	研究论文	本研究探讨了基质金属蛋白酶11（MMP11）在胰腺导管腺癌（PDAC）中的表达模式及其作用，揭示了MMP11在癌症相关成纤维细胞（CAFs）中的主要表达及其通过PI3K/AKT途径促进肿瘤侵袭的机制	首次揭示了MMP11在PDAC中的表达模式及其通过PI3K/AKT途径促进肿瘤侵袭的机制，明确了CAF与癌细胞之间的TGF-β1和MMP11介导的相互作用	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探讨MMP11在PDAC中的表达模式及其在肿瘤进展中的作用	胰腺导管腺癌（PDAC）组织和癌症相关成纤维细胞（CAFs）	癌症生物学	胰腺癌	单细胞RNA测序、共免疫荧光染色	NA	基因表达数据、免疫荧光图像	PDAC组织和CAFs细胞系（AsPC-1和BxPC-3）
706	2025-03-06	Single-Cell RNA Sequencing Reveals the Tumor Heterogeneity and Immunosuppressive Microenvironment in Urothelial Carcinoma 2025-Mar, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.16436 PMID:39726326	研究论文	本文通过单细胞RNA测序揭示了尿路上皮癌（UC）的肿瘤异质性和免疫抑制微环境	发现了具有上皮-间质转化（EMT）和癌症干细胞（CSC）特征的罕见上皮细胞亚型EP9，并揭示了不同UC亚型中ACKR1+内皮细胞、炎症性癌症相关成纤维细胞（iCAFs）、ESM1+内皮细胞、CD8+效应T细胞、Tregs、C1QC+巨噬细胞和LAMP3+树突状细胞的分布差异	样本量较小，仅涉及13名患者	研究尿路上皮癌的细胞异质性和微环境组成，以指导新疗法的开发	尿路上皮癌患者（膀胱、输尿管、肾盂）	数字病理学	尿路上皮癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	13名患者（4名膀胱UC，5名输尿管UC，4名肾盂UC）
707	2025-03-06	Unveiling tumor-infiltrating immune cell-driven immune-mediated drug resistance in clear cell renal cell carcinoma: prognostic insights and therapeutic strategies 2025-Mar-01, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01890-z PMID:40025304	研究论文	本研究探讨了肿瘤浸润免疫细胞（TIICs）在透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中的预后和治疗意义，旨在揭示药物抵抗的分子基础及潜在对策	通过整合转录组和单细胞RNA测序数据，构建了基于TIIC的预后模型，并验证了其在预测患者结果方面的优越性	研究依赖于现有数据集，可能受到样本量和数据质量的限制	揭示ccRCC中TIICs在药物抵抗中的作用，并开发针对肿瘤微环境的精准治疗策略	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）患者	数字病理学	肾癌	转录组分析，单细胞RNA测序	机器学习算法	RNA测序数据	多个队列的转录组和单细胞RNA测序数据
708	2025-03-06	Association between cancer-associated fibroblasts and prognosis of neoadjuvant chemoradiotherapy in esophageal squamous cell carcinoma: a bioinformatics analysis based on single-cell RNA sequencing 2025-Mar-01, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03709-x PMID:40025479	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了新辅助放化疗（NCRT）对食管鳞状细胞癌（ESCC）微环境的影响，并构建了预后模型	首次系统性地描述了NCRT后ESCC微环境中肿瘤相关成纤维细胞（CAFs）的亚型及其与预后的关系，并构建了基于myCAFs标志基因的预后模型	需要进一步的研究来验证这些发现并探索其临床意义	探讨新辅助放化疗对食管鳞状细胞癌微环境的影响	食管鳞状细胞癌（ESCC）患者	生物信息学	食管癌	单细胞RNA测序	预后模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
709	2025-03-06	Identification and multi-omics analysis of essential coding and long non-coding genes in colorectal cancer 2025-Mar, Biochemistry and biophysics reports IF:2.3Q3 DOI:10.1016/j.bbrep.2025.101938 PMID:40034256	研究论文	本文通过整合CRISPR/Cas9基因筛选和单细胞RNA测序数据，识别了结直肠癌中的关键编码基因和长非编码基因，并进行了多组学分析	首次在单细胞水平上识别结直肠癌中的关键基因，并揭示了这些基因对肿瘤微环境的影响	研究主要基于细胞系和组织样本，未涉及临床患者数据的验证	识别结直肠癌中的关键基因并探索其作为治疗靶点的潜力	结直肠癌细胞系和组织样本	数字病理学	结直肠癌	CRISPR/Cas9基因筛选、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Hypergeometric Test (HT)、Personalized PageRank (PPR)	基因表达数据、DNA突变数据、DNA甲基化数据	8个全基因组CRISPR功能缺失筛选数据集和结直肠癌组织的单细胞RNA测序数据
710	2025-03-06	Single-cell analyses reveal metastasis mechanism and microenvironment remodeling of lymph node in intrahepatic cholangiocarcinoma 2025-Mar, JHEP reports : innovation in hepatology IF:9.5Q1 DOI:10.1016/j.jhepr.2024.101275 PMID:40041119	研究论文	本研究通过单细胞和多组学分析，系统探索了肝内胆管癌（iCCA）淋巴结转移（LNM）相关微环境的异质性，并验证了转移相关细胞亚群	首次通过单细胞转录组学分析揭示了iCCA淋巴结转移的独特生态系统，并识别了CD36+巨噬细胞和SAA1+肿瘤细胞在转移过程中的关键作用	样本量较小，仅分析了4名患者的单细胞转录组数据，可能限制了结果的普适性	探索iCCA淋巴结转移的微环境异质性及其机制	肝内胆管癌（iCCA）患者的原发肿瘤、癌旁肝组织和肿瘤引流淋巴结	数字病理学	肝内胆管癌	单细胞RNA测序、多重免疫组化、差异基因表达分析、功能富集分析、单细胞拷贝数变异评估、伪时间分析	NA	单细胞转录组数据、组织切片	4名患者的单细胞转录组数据，81份肿瘤及匹配的淋巴结组织切片
711	2025-03-05	Profiling Multiple CD8+ T-cell Functional Dimensions Enhances Breast Cancer Immune Assessment 2025-Mar-04, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0235 PMID:39715293	研究论文	本研究开发了基于bulk RNA测序的FuncDimen模型，用于评估CD8+ T细胞在五个功能维度上的表现，以增强乳腺癌的免疫评估	通过整合单细胞RNA测序和bulk RNA测序数据，开发了FuncDimen模型，能够从多个功能维度评估CD8+ T细胞的功能，从而更准确地预测乳腺癌的预后和免疫治疗反应	尽管FuncDimen模型在乳腺癌中表现出优越的预测性能，但其临床应用仍需进一步验证	提高乳腺癌免疫评估的准确性，特别是通过CD8+ T细胞的功能维度来预测预后和免疫治疗反应	乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序，bulk RNA测序	FuncDimen模型	RNA测序数据	乳腺癌队列及外部数据库中的样本
712	2025-03-05	Single-cell eQTL mapping reveals cell subtype-specific genetic control and mechanism in malignant transformation of colorectal cancer 2025-Mar-04, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-24-1561 PMID:40029140	研究论文	本研究通过单细胞转录组、空间转录组和单核多组学技术，揭示了结直肠癌（CRC）发展过程中的细胞和分子变化及动态细胞间相互作用	创建了CRC单细胞eQTL图谱，识别了16,833对显著关联，其中76%为细胞类型特异性，且多基因风险评分显著提高了CRC风险预测	NA	揭示结直肠癌恶性转化的细胞亚型特异性遗传控制和机制	142个多阶段样本的751,531个单细胞转录组、空间转录组和单核多组学数据	数字病理学	结直肠癌	单细胞转录组、空间转录组、单核多组学	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据、单核多组学数据	142个多阶段样本
713	2025-03-05	Plasma Exosomes Derived from Patients with Primary Immune Thrombocytopenia Attenuate TBX21+ Regulatory T Cell-Mediated Immune Suppression via MiR-363-3p 2025-Mar-04, Inflammation IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s10753-025-02275-8 PMID:40032779	研究论文	本研究探讨了原发性免疫性血小板减少症（ITP）患者血浆外泌体通过miR-363-3p减弱TBX21+调节性T细胞介导的免疫抑制的机制	揭示了ITP患者外泌体通过miR-363-3p调控ARID3A/SPI1/TBX21轴，从而减弱调节性T细胞功能的机制	研究中未明确外泌体中miR-363-3p的具体来源及其在其他免疫细胞中的作用	探究ITP患者调节性T细胞功能减弱的分子机制	原发性免疫性血小板减少症（ITP）患者	免疫学	原发性免疫性血小板减少症	Treg功能检测、细胞因子分析、单细胞测序	NA	单细胞测序数据、血浆外泌体数据	ITP患者样本
714	2024-09-13	From genes to geography: Mapping allergic disease landscapes with spatial transcriptomics 2025-Mar, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.08.025 PMID:39260791	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
715	2025-03-05	Single-cell RNA sequencing of chronic idiopathic erythroderma defines disease-specific markers 2025-Mar, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.11.037 PMID:39694280	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和T细胞受体测序，研究了慢性特发性红皮病（CIE）的分子疾病图谱，并与红皮病性皮肤T细胞淋巴瘤（eCTCL）、中重度特应性皮炎、银屑病及健康对照组进行了比较	首次通过单细胞RNA测序和T细胞受体测序，揭示了CIE患者血液和皮肤中CD8A+KLRK1+ T细胞克隆的低水平但一致的扩增模式，并发现了CIE特有的致病特征	样本量较小，仅包括5名CIE患者，可能影响结果的普遍性	建立慢性特发性红皮病（CIE）的分子疾病图谱，以改善对其致病机制的理解并发现未来的治疗靶点	慢性特发性红皮病（CIE）患者、红皮病性皮肤T细胞淋巴瘤（eCTCL）患者、中重度特应性皮炎患者、银屑病患者及健康对照个体	数字病理学	皮肤病	单细胞RNA测序、T细胞受体测序	NA	RNA测序数据	5名CIE患者、8名eCTCL患者、15名中重度特应性皮炎患者、10名银屑病患者及20名健康对照个体
716	2025-03-04	TCF7 functions as a prognostic biomarker in bladder cancer by strengthening EMT and stemness associated with TGF-β/SMAD3 signaling 2025-Mar-01, Molecular and cellular biochemistry IF:3.5Q3 DOI:10.1007/s11010-025-05241-y PMID:40025258	研究论文	本研究探讨了TCF7在膀胱癌进展中的作用及其调控机制，发现TCF7通过转录调控TGFBR1影响TGF-β/SMAD3通路，从而促进EMT和干细胞特性	揭示了TCF7通过转录调控TGFBR1影响TGF-β/SMAD3通路的新机制，为膀胱癌的诊断、治疗和预后提供了潜在策略	TCF7在膀胱癌中的具体生物学功能和转录调控机制仍需进一步研究	研究TCF7在膀胱癌进展中的作用及其调控机制	膀胱癌	癌症研究	膀胱癌	单细胞测序	NA	基因表达数据	NA
717	2025-03-03	Single-cell RNA sequencing reveals a key regulator ZmEREB14 affecting shoot apex development and yield formation in maize 2025-Mar, Plant biotechnology journal IF:10.1Q1 DOI:10.1111/pbi.14537 PMID:39630144	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术揭示了影响玉米顶端分生组织发育和产量形成的关键调控因子ZmEREB14	首次在单细胞分辨率下揭示了玉米顶端分生组织的异质性，并鉴定了调控其发育的关键转录因子ZmEREB14	研究仅基于5天龄的玉米顶端分生组织，未涵盖其他发育阶段	探究玉米顶端分生组织发育的分子机制及其对产量形成的影响	玉米顶端分生组织	植物生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	约12,700个细胞
718	2025-03-01	Single-cell sequencing revealed the necessity of macrophages in brain microenvironment remodeling by breast cancer metastasis 2025-Mar, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102287 PMID:39837060	研究论文	本研究通过单细胞测序技术揭示了乳腺癌脑转移中巨噬细胞在脑微环境重塑中的必要性	首次在小鼠模型中进行乳腺癌脑转移的单细胞RNA测序，揭示了巨噬细胞亚群在中枢神经系统中的变化及其在免疫逃逸和营养供应中的作用	研究样本量较小，仅分析了三个脑手术标本和小鼠模型的数据	全面研究脑肿瘤微环境，识别促进脑转移的促肿瘤机制及关键分子	乳腺癌脑转移的脑手术标本和小鼠模型	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	三个脑手术标本和小鼠模型
719	2025-03-01	Comprehensive analysis and experiments identified ANXA1 as an unfavorable prognosticator in glioma 2025-Mar, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102286 PMID:39842212	研究论文	本文通过生物信息学分析和实验验证了ANXA1在胶质瘤中的不利预后作用	首次通过单细胞测序技术揭示了ANXA1在胶质母细胞瘤细胞中的高表达及其在免疫细胞中的富集情况	ANXA1在胶质瘤中的促癌机制及其与患者功能状态的相关性需要进一步研究	探讨ANXA1在胶质瘤中的预后价值及其对细胞增殖、迁移和侵袭的影响	胶质瘤患者和胶质瘤细胞	数字病理学	胶质瘤	实时定量PCR、Western blotting、单细胞测序	NA	基因表达数据、实验数据	两个队列的胶质瘤患者样本
720	2025-03-01	CD47 is a tumor cell-derived exosomal signature and regulates tumor immune microenvironment and immunotherapy responses 2025-Mar, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102291 PMID:39864342	研究论文	本文探讨了CD47作为肿瘤细胞来源的外泌体标志物，在调节肿瘤免疫微环境和免疫治疗反应中的作用	研究发现CD47是肿瘤来源外泌体的标志物，能够区分免疫热和免疫冷肿瘤，并反映免疫治疗反应	研究主要基于转录组和单细胞RNA测序数据，未涉及实验验证	识别能够区分免疫热和免疫冷肿瘤并反映免疫治疗反应的肿瘤来源外泌体标志物	卵巢癌、乳腺癌及其他妇科癌症患者	肿瘤免疫学	卵巢癌、乳腺癌	转录组测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据、单细胞RNA测序数据	大量转录组和单细胞RNA测序数据集，包括卵巢癌、乳腺癌及其他妇科癌症患者