单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
701	2025-03-09	Progressive T cell exhaustion and predominance of aging tissue associated macrophages with advancing disease stage in penile squamous cell carcinoma 2025-Mar-05, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-89760-0 PMID:40044748	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了阴茎鳞状细胞癌（PSCC）肿瘤免疫微环境的变化，揭示了疾病进展和HPV感染状态对免疫细胞浸润的影响	首次通过单细胞RNA测序技术系统分析了PSCC肿瘤免疫微环境的变化，揭示了疾病进展和HPV感染状态对免疫细胞浸润的显著影响	样本量较小，仅包括10个PSCC组织样本，可能限制了结果的普遍性	评估PSCC肿瘤免疫微环境在疾病进展和HPV感染状态下的变化，识别晚期PSCC中的潜在免疫逃逸机制	阴茎鳞状细胞癌（PSCC）组织样本	数字病理学	阴茎癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	10个PSCC组织样本，包括阴茎、淋巴结和远处转移部位，其中4个为匹配的阴茎和淋巴结样本
702	2025-03-09	New mouse models for exploring renal tumor extension into the inferior vena cava 2025-Mar-05, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07757-x PMID:40044768	研究论文	本研究开发了两种用于探索肾肿瘤延伸至下腔静脉的鼠模型	首次在BALB/c和BALB/c-nu/nu小鼠中开发了两种下腔静脉肿瘤血栓（IVCTT）模型，并使用人类肿瘤细胞系在BALB/c nu/nu小鼠中成功创建了IVCTT模型	NA	阐明肾肿瘤延伸至下腔静脉的发病机制，识别治疗靶点，并筛选有效药物	BALB/c和BALB/c-nu/nu小鼠，以及人类肿瘤细胞系	肿瘤学	肾癌	单细胞转录组测序，免疫组织化学，多重免疫组织化学	鼠模型	基因表达数据，组织图像	BALB/c和BALB/c-nu/nu小鼠
703	2025-03-09	Bystander neuronal progenitors in forebrain organoids promote protective antiviral responses 2025-Mar-05, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03381-y PMID:40045355	研究论文	本文研究了神经元间相互作用在介导内在神经元免疫中的作用及其对限制病毒感染的贡献	揭示了在三维前脑类器官中，感染神经元与旁观神经祖细胞之间的抗病毒相互作用由I型干扰素信号介导，并发现了表达独特抗病毒基因的旁观神经祖细胞区域	在二维培养中，这种动态反应未能限制病毒传播	探讨神经元内在免疫反应在介导保护性抗病毒反应中的能力	神经元和神经祖细胞	神经科学	病毒性脑炎	空间转录组学	NA	NA	NA
704	2025-03-09	Unveiling the key mechanisms of FOLR2+ macrophage-mediated antitumor immunity in breast cancer using integrated single-cell RNA sequencing and bulk RNA sequencing 2025-Mar-05, Breast cancer research : BCR IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s13058-025-01980-4 PMID:40045365	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和批量RNA测序技术，结合体内外实验，深入探讨了FOLR2+巨噬细胞在乳腺癌中的免疫功能和机制	揭示了FOLR2+巨噬细胞通过CXCL9-CXCR3轴激活CD8 T细胞，从而在乳腺癌中发挥抗肿瘤免疫作用的新机制	NA	探讨FOLR2+巨噬细胞在乳腺癌中的免疫功能和机制	乳腺癌患者的肿瘤组织和FOLR2+巨噬细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序, 批量RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
705	2025-03-09	Cell-Type Specific miRNA Regulatory Network Responses to ABA Stress Revealed by Time Series Transcriptional Atlases in Arabidopsis 2025-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202415083 PMID:39792694	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了拟南芥在ABA胁迫下不同时间点的miRNA调控网络响应，揭示了miRNA在植物发育和应激反应中的动态和细胞类型特异性作用	首次在单细胞水平上构建了ABA诱导的miRNA调控网络，揭示了miRNA在细胞类型特异性响应中的快速动态变化及其在调控网络中的枢纽作用	研究仅限于拟南芥，未涉及其他植物物种	研究miRNA在ABA胁迫下的动态和细胞类型特异性调控网络	拟南芥	植物分子生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA-seq数据	不同时间点的拟南芥单细胞样本
706	2025-03-09	Mannose Promotes β-Amyloid Pathology by Regulating BACE1 Glycosylation in Alzheimer's Disease 2025-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202409105 PMID:39807036	研究论文	本文探讨了单糖甘露糖在阿尔茨海默病（AD）病理中的作用，发现甘露糖通过调节BACE1的糖基化促进β-淀粉样蛋白（Aβ）的生成，从而加剧AD的病理进展	首次揭示了甘露糖通过调节BACE1的糖基化促进Aβ生成的具体机制，并提出了限制膳食甘露糖摄入作为AD治疗的潜在策略	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行大规模验证	研究甘露糖在阿尔茨海默病病理中的作用及其机制	AD小鼠模型及AD患者的血清样本	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序、代谢组学	NA	RNA测序数据、代谢组数据	AD小鼠及AD患者的血清样本
707	2025-03-09	Identification of increased dedifferentiation along the Prom1+ cancer cells in Müllerian adenosarcoma with sarcomatous overgrowth 2025-Mar, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-02943-4 PMID:39920368	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和生物信息学分析，揭示了Müllerian腺肉瘤中Prom1+癌细胞的分化异质性及其在肿瘤发展中的作用	首次揭示了Prom1+癌细胞在Müllerian腺肉瘤中的分化异质性，并发现E2F1是Prom1谱系去分化的主要转录因子	研究样本量较小，且主要基于单细胞RNA测序数据，需要进一步实验验证	研究Müllerian腺肉瘤中Prom1+癌细胞的分化异质性及其在肿瘤发展中的作用	Müllerian腺肉瘤（MA）及其肉瘤过度生长（MASO）的肿瘤组织	生物信息学	子宫肉瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	MASO和配对的正常组织
708	2025-03-09	PCBP2 promotes immune evasion via cGAS-STING pathway in biochemical recurrence of prostate cancer 2025-Mar, APL bioengineering IF:6.6Q1 DOI:10.1063/5.0250173 PMID:40051782	研究论文	本研究探讨了前列腺癌（PCa）中与免疫逃逸相关的基因（CIERGs），并开发了用于预测生化复发（BCR）的签名	通过单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，鉴定了48个与BCR显著相关的CIERGs，并开发了一个基于CIERGs的风险签名，揭示了PCBP2通过抑制cGAS-STING通路促进PCa细胞增殖、迁移和侵袭的机制	研究主要依赖于公共数据库的数据，可能缺乏实验验证的广泛性	探索前列腺癌中与免疫逃逸相关的基因，并开发预测生化复发的签名	前列腺癌患者	数字病理学	前列腺癌	RNA-seq, scRNA-seq	LASSO回归	RNA测序数据	TCGA-PRAD和GSE70769队列的数据
709	2025-03-09	Prognostic and Therapeutic Significance of Cancer-Associated Fibroblasts Genes in Osteosarcoma Based on Bulk and Single-Cell RNA Sequencing Data 2025-Mar, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70424 PMID:40045162	研究论文	本研究通过批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，探索了癌症相关成纤维细胞（CAF）基因在骨肉瘤中的预后和治疗意义	构建了一个基于11个CAF相关基因的风险模型，用于预测骨肉瘤患者的预后，并提供了新的治疗策略	研究样本量较小，仅包含6名骨肉瘤患者和46,544个细胞	发现新的风险模型以更准确地预测和改善骨肉瘤患者的预后	骨肉瘤患者及其肿瘤微环境中的细胞	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（RNA-seq）	Lasso-Cox回归分析	RNA测序数据	6名骨肉瘤患者和46,544个细胞
710	2025-03-08	Heterogeneities of Site-Specific N-Glycosylation in the Hippocampus of Depression-like Behavior Models in Mice Induced by Acute Stress and Chronic Stress 2025-Mar-07, Journal of proteome research IF:3.8Q1 DOI:10.1021/acs.jproteome.4c00655 PMID:39992808	研究论文	本文通过整合N-糖蛋白组学和蛋白质组学分析，研究了急性应激和慢性应激诱导的抑郁样行为模型小鼠海马中糖蛋白和位点特异性糖基化的异质性	首次在抑郁样行为模型中系统分析了急性应激和慢性应激对海马糖基化的影响，并鉴定了与糖基化相关的基因	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类样本，且未深入探讨糖基化变化与抑郁行为之间的因果关系	探讨急性应激和慢性应激对抑郁样行为模型小鼠海马糖基化的影响	小鼠海马组织	糖生物学	抑郁症	N-糖蛋白组学、蛋白质组学、ScRNA-seq	NA	蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据	控制组、急性应激组和慢性应激组小鼠海马组织
711	2025-03-08	Unraveling asthma through single-cell RNA sequencing in understanding disease mechanisms 2025-Mar-07, The Journal of asthma : official journal of the Association for the Care of Asthma DOI:10.1080/02770903.2025.2472358 PMID:40014380	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）的基本原理及其在哮喘研究中的应用，旨在增强对哮喘病理生理学的理解并指导未来研究方向	利用scRNA-seq技术揭示了哮喘中免疫细胞亚型的多样性及其在疾病进展中的具体作用，为开发靶向治疗策略提供了理论基础	数据整合方法需要进一步优化，当前发现的临床适用性有限，未来研究应克服这些限制，改进细胞类型注释，并扩展至纵向和临床数据	阐明scRNA-seq的基本原理并总结其在哮喘研究中的应用，以增强对哮喘病理生理学的理解	哮喘的细胞类型异质性及其功能状态，特别是免疫细胞和气道重塑	数字病理学	哮喘	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
712	2025-03-08	Erratum for the Research Article "Highly multiplexed spatial transcriptomics in bacteria" by A. Sarfatis et al 2025-Mar-07, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adx0881 PMID:40048545	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
713	2025-03-08	Transcriptomic profiling reveals mechanism, therapeutic potential, and prognostic value of cancer stemness characteristic in nasopharyngeal carcinoma 2025-Mar-07, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-025-01561-w PMID:40053129	研究论文	本文通过生物信息学和机器学习技术，结合单细胞RNA测序和大规模转录组数据集，研究了鼻咽癌中的干细胞特性，并识别了与癌症干细胞相关的特征	首次在鼻咽癌中识别并验证了与癌症干细胞相关的特征（STEM-signature），并发现了四种与干细胞特性相关的miRNA，这些miRNA可能作为治疗靶点	研究主要依赖于生物信息学分析和实验室基础实验，临床验证和样本量可能有限	研究鼻咽癌中癌症干细胞特性的机制、治疗潜力和预后价值	鼻咽癌细胞及其干细胞特性	生物信息学	鼻咽癌	单细胞RNA测序、生物信息学分析、机器学习	LASSO Cox回归模型	RNA-seq数据、转录组数据	未明确提及具体样本数量，但使用了单细胞RNA测序和大规模转录组数据集
714	2024-10-04	Unravelling lipidomic disruptions across multiple tissues in Chd8-mutant ASD mice through integration of lipidomics and single-cell transcriptomics 2025-Mar-06, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-332972 PMID:39358004	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
715	2025-03-08	Pharmacological activation of STAT1-GSDME pyroptotic circuitry reinforces epigenetic immunotherapy for hepatocellular carcinoma 2025-Mar-06, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-332281 PMID:39486886	研究论文	本研究通过药物激活STAT1-GSDME焦亡回路，增强表观遗传免疫治疗对肝细胞癌的效果	揭示了STAT1-GSDME焦亡回路在增强免疫治疗中的新机制，并开发了一种可转化的组合治疗方法	研究主要基于实验室模型，需要在更多临床样本中验证其效果	识别与免疫检查点阻断（ICB）耐药相关的可药物化组蛋白去乙酰化酶（HDACs），并开发针对肝细胞癌（HCC）患者的治疗方法	肝细胞癌（HCC）患者和ICB耐药的肿瘤模型	表观遗传学	肝细胞癌	单细胞RNA测序、单细胞多组学、染色质免疫沉淀测序	ICB耐药的肝细胞癌模型	基因表达数据、多组学数据	来自pembrolizumab试验（NCT03419481）的HCC患者样本和4种ICB耐药模型
716	2025-03-08	Immunosuppressive microenvironment of liver restrains chemotherapeutic efficacy in triple-negative breast cancer 2025-Mar-06, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010871 PMID:40050043	研究论文	本文探讨了三阴性乳腺癌（TNBC）肝转移与原发性肿瘤在化疗效果上的差异及其免疫微环境的影响	揭示了TNBC肝转移肿瘤化疗效果较差的免疫相关机制，并提出了通过增强巨噬细胞活性或使用NET抑制剂来改善化疗效果的新策略	研究主要依赖于小鼠模型和公开数据库的单细胞RNA测序数据，可能无法完全反映人类患者的复杂情况	研究TNBC肝转移与原发性肿瘤在化疗效果上的差异及其免疫微环境的影响	三阴性乳腺癌（TNBC）的肝转移肿瘤和原发性肿瘤	肿瘤学	乳腺癌	单细胞RNA测序、免疫组化、伤口愈合实验、集落形成实验、流式细胞术	小鼠模型	RNA测序数据、图像数据	NA
717	2025-03-08	A Single-Cell Transcriptome Atlas Characterizes the Immune Landscape of Human Testes During Aging 2025-Mar-06, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70032 PMID:40051066	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了33个年龄在21至69岁之间的人类睾丸样本中的免疫细胞，揭示了年龄对睾丸免疫细胞的影响	首次系统地描述了人类睾丸在衰老过程中免疫细胞的变化，特别是单核细胞和MRC1组织驻留巨噬细胞的年龄相关变化	样本量相对较小，且仅涵盖了21至69岁的年龄范围，可能无法全面反映所有年龄段的免疫变化	研究衰老对人类睾丸免疫细胞的影响及其分子机制	人类睾丸样本中的免疫细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	33个年龄在21至69岁之间的人类睾丸样本
718	2025-03-08	Adipose-derived stem cells attenuate rheumatoid arthritis by restoring CX3CR1+ synovial lining macrophage barrier 2025-Mar-05, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04144-5 PMID:40038808	研究论文	本研究探讨了脂肪来源干细胞（ADSCs）通过恢复CX3CR1+滑膜巨噬细胞屏障来缓解类风湿性关节炎（RA）的机制	揭示了ADSCs通过线粒体转移改善CX3CR1+巨噬细胞的能量代谢特征，并促进屏障恢复的新机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	探讨ADSCs在RA治疗中的作用机制，特别是其与CX3CR1+巨噬细胞的相互作用	血清转移诱导的关节炎模型小鼠	细胞治疗	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（bulk RNA-seq）	NA	RNA测序数据	血清转移诱导的关节炎模型小鼠
719	2025-03-08	Discovering root causal genes with high-throughput perturbations 2025-Mar-05, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.100949 PMID:40042510	研究论文	本文提出了一种利用高通量扰动技术（Perturb-seq）识别根因基因的新方法，以开发针对疾病早期阶段的治疗方法	首次提出利用Perturb-seq技术从单细胞RNA-seq数据中学习基因间的因果顺序，并将其应用于批量RNA-seq数据以识别特定患者的根因基因	RNA-seq数据存在测量误差、高维性和非线性等挑战，可能影响根因果效应的准确估计	识别根因基因，以开发针对疾病早期阶段的治疗方法	基因表达水平	生物信息学	黄斑变性和多发性硬化症	Perturb-seq, 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq	NA	RNA-seq数据	NA
720	2025-03-08	GCLink: a graph contrastive link prediction framework for gene regulatory network inference 2025-Mar-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf074 PMID:39960893	研究论文	本文提出了一种名为GCLink的图对比链接预测框架，用于从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络	GCLink引入了图对比学习策略，通过聚合基因的特征和邻域信息来学习其表示，减少了对样本量的依赖，并提高了预测潜在基因调控相互作用的能力	尽管GCLink在大多数情况下优于其他最先进的方法，但其在数据集有限的情况下表现仍需进一步验证	研究目的是开发一种能够从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络的新方法	研究对象是基因调控网络及其在单细胞RNA测序数据中的应用	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	图对比学习模型	单细胞RNA测序数据	多个真实单细胞RNA测序数据集