单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
681	2025-03-13	Identification of conserved gene expression changes across common glomerular diseases by spatial transcriptomics 2025-Mar-11, Journal of nephrology IF:2.7Q2 DOI:10.1007/s40620-025-02233-5 PMID:40067649	研究论文	本研究通过空间转录组学分析，识别了多种肾小球疾病中共有的基因表达变化	首次使用空间转录组学技术分析多种肾小球疾病中共有的基因表达变化，揭示了潜在的分子机制	样本量相对较小，且仅分析了肾小球疾病中的基因表达变化，未涉及其他肾脏疾病	研究目的是识别多种肾小球疾病中共有的基因表达变化，以揭示其潜在的分子机制	研究对象为肾小球疾病患者和健康对照者的肾活检标本	空间转录组学	肾小球疾病	空间转录组学分析，GeoMx Digital Spatial Profiler	NA	基因表达数据	肾小球疾病患者和健康对照者的肾活检标本，具体样本数量未明确
682	2025-03-13	Lactylation modification in cancer: mechanisms, functions, and therapeutic strategies 2025-Mar-08, Experimental hematology & oncology IF:9.4Q1 DOI:10.1186/s40164-025-00622-x PMID:40057816	review	本文综述了乳酸化修饰在癌症中的机制、功能及治疗策略	乳酸化修饰作为一种新发现的翻译后修饰，在癌症中的作用机制和功能被详细探讨	当前研究在揭示乳酸化修饰机制方面仍存在许多障碍	探讨乳酸化修饰在癌症中的机制、功能及潜在治疗策略	癌症细胞及肿瘤微环境	癌症研究	癌症	单细胞转录组学和空间转录组学	NA	NA	NA
683	2025-03-13	Role of GPX3+ astrocytes in breast cancer brain metastasis activated by circulating tumor cell exosomes 2025-Mar-07, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-00833-9 PMID:40055530	研究论文	本研究探讨了循环肿瘤细胞（CTC）衍生的外泌体在乳腺癌脑转移过程中激活GPX3+星形胶质细胞的作用	揭示了CTC通过激活GPX3+星形胶质细胞促进乳腺癌脑转移的新机制，并提出了新的治疗靶点	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	探索乳腺癌脑转移的机制，特别是CTC衍生的外泌体对GPX3+星形胶质细胞的激活作用	乳腺癌脑转移中的GPX3+星形胶质细胞和循环肿瘤细胞（CTC）	癌症研究	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和代谢组学	小鼠模型	RNA序列数据和代谢物数据	NA
684	2025-03-13	PerC B-Cells Activation via Thermogenetics-Based CXCL12 Generator for Intraperitoneal Immunity Against Metastatic Disseminated Tumor Cells 2025-Mar, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.) DOI:10.1002/adma.202411731 PMID:39865939	研究论文	本文描述了一种基于热遗传学的CXCL12生成器，用于激活腹膜腔B细胞亚群，以通过外源性抗原呈递实现腹膜内抗肿瘤免疫	提出了一种不依赖树突状细胞的下一代腹膜内免疫疗法，通过热遗传学方法调控CXCL12表达，避免细胞因子风暴，并识别了在腹膜内免疫疗法中起关键作用的抗原呈递B细胞群	NA	开发一种新型腹膜内免疫疗法，以激活腹膜腔B细胞亚群，增强腹膜内抗肿瘤免疫	腹膜腔B细胞亚群和腹膜转移的肿瘤细胞	免疫疗法	胃癌	热遗传学，单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
685	2025-03-13	Heat Shock Protein Family A Member 1A Attenuates Apoptosis and Oxidative Stress via ERK/JNK Pathway in Hyperplastic Prostate 2025-Mar, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.70129 PMID:40066224	研究论文	本文研究了热休克蛋白家族A成员1A（HSPA1A）在良性前列腺增生（BPH）中的作用及其通过ERK/JNK信号通路减轻细胞凋亡和氧化应激的机制	首次揭示了HSPA1A在BPH中的上调表达及其通过ERK/JNK信号通路减轻细胞凋亡和氧化应激的作用	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人体中进行验证	探讨HSPA1A在BPH发病机制中的作用及其潜在的治疗靶点	前列腺细胞（BPH-1和WPMY-1细胞）和睾酮诱导的BPH大鼠模型	生物医学	前列腺增生	RNA测序、单细胞测序、组织芯片分析	NA	基因表达数据、组织样本	139例BPH组织样本
686	2025-03-12	Complement activation in tumor microenvironment after neoadjuvant therapy and its impact on pancreatic cancer outcomes 2025-Mar-03, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-00848-2 PMID:40032924	研究论文	本研究探讨了新辅助治疗（NAT）对胰腺导管腺癌（PDAC）癌细胞和肿瘤微环境（TME）的不同影响，并发现NAT通过上调TME中的补体基因表达，改善了患者的总体生存率	首次揭示了NAT通过上调TME中的补体基因表达，改善了PDAC患者的预后，并提出了局部补体动态作为新的生物标志物的潜力	样本量相对较小（23例NAT治疗和13例NAT未治疗的PDAC），需要更大规模的研究进一步验证	研究NAT对PDAC癌细胞和TME的影响，并探索补体基因表达在预后和治疗反应中的作用	胰腺导管腺癌（PDAC）患者	肿瘤微环境研究	胰腺癌	空间转录组学、单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	基因表达数据	23例NAT治疗和13例NAT未治疗的PDAC样本
687	2025-03-12	Endogenously generated Dutch-type Aβ nonfibrillar aggregates dysregulate presynaptic neurotransmission in the absence of detectable inflammation 2025-Mar-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.25.639746 PMID:40060689	研究论文	本研究探讨了荷兰型Aβ非纤维聚集体在无炎症情况下对突触前神经传递的失调作用	揭示了荷兰型Aβ非纤维聚集体在无炎症情况下对突触前神经传递的直接影响，并发现其与线粒体复合物I活性降低相关	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类样本	研究荷兰型Aβ非纤维聚集体对突触前神经传递的影响	转基因小鼠	神经科学	阿尔茨海默病	A11免疫组化、环状D,L-α-肽-FITC显微镜、单细胞RNA测序	NA	图像、RNA测序数据	转基因小鼠
688	2025-03-12	Inhibition of the Hippo pathway by verteporfin reduces the proliferation and stemness of rat hair follicle neural crest stem cells under hypoxia 2025-Mar, FASEB bioAdvances IF:2.5Q3 DOI:10.1096/fba.2025-00025 PMID:40060945	研究论文	本研究探讨了Hippo通路在缺氧条件下对毛囊神经嵴干细胞增殖和干性维持的调控作用	首次研究了Hippo信号通路在缺氧环境下对毛囊神经嵴干细胞生长的调控作用	研究仅在大鼠毛囊神经嵴干细胞中进行，未涉及人类细胞或其他类型的干细胞	研究Hippo通路在缺氧条件下对毛囊神经嵴干细胞的调控作用	大鼠毛囊神经嵴干细胞	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序、定量实时PCR、免疫荧光、Western blotting	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据	大鼠毛囊神经嵴干细胞
689	2025-03-11	Spatial-Temporal Diversity of Extrachromosomal DNA Shapes Urothelial Carcinoma Evolution and Tumor-Immune Microenvironment 2025-Mar-11, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-24-1532 PMID:40062518	研究论文	本文通过计算分析方法研究了595例尿路上皮癌（UC）患者全基因组测序数据中的染色体外DNA（ecDNA），揭示了ecDNA在肿瘤进化和免疫微环境中的作用	首次系统性地分析了ecDNA在尿路上皮癌中的时空多样性及其对肿瘤进化和免疫微环境的影响，揭示了ecDNA通过结构重排驱动克隆进化的机制	研究主要基于尿路上皮癌患者的数据，可能不适用于其他类型的癌症	研究ecDNA在尿路上皮癌中的时空多样性及其对肿瘤进化和免疫微环境的影响	595例尿路上皮癌患者的全基因组测序数据	基因组学	尿路上皮癌	全基因组测序、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、RNA数据	595例尿路上皮癌患者
690	2025-03-11	Neoplastic immune mimicry potentiates breast tumor progression 2025-Mar-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.17.633673 PMID:39896558	研究论文	本文探讨了乳腺癌进展中肿瘤细胞通过去分化程序增强适应性，并发现部分去分化的肿瘤细胞表达白细胞表面受体蛋白，称为“免疫拟态”	首次提出并验证了乳腺癌细胞通过表达白细胞表面受体蛋白进行免疫拟态的现象，并发现这种拟态与肿瘤的侵袭性和治疗抵抗性相关	研究主要基于单细胞RNA测序数据和细胞系模型，尚未在更大规模的临床样本中进行验证	研究乳腺癌进展中肿瘤细胞的去分化及其对肿瘤侵袭性和治疗抵抗性的影响	乳腺癌细胞、人类乳腺癌单细胞RNA测序数据集、乳腺癌细胞系、小鼠转基因和细胞系来源的乳腺肿瘤模型	肿瘤生物学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据、组织病理学样本	公共人类乳腺癌单细胞RNA测序数据集、乳腺癌细胞系、小鼠模型
691	2024-10-04	A Single-Cell RNA Sequencing Atlas of the Chronic Obstructive Pulmonary Disease Distal Lung to Predict Cell-Cell Communication 2025-Mar, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2024-0232LE PMID:39356793	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
692	2025-03-10	Endothelial senescence induced by PAI-1 promotes endometrial fibrosis 2025-Mar-06, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-025-02377-0 PMID:40050610	研究论文	本文研究了PAI-1诱导的内皮细胞衰老如何促进子宫内膜纤维化	通过单细胞测序和实验验证，揭示了PAI-1在子宫内膜纤维化中的作用机制，并提出了抑制PAI-1作为治疗子宫内膜纤维化的新策略	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探讨子宫内膜纤维化的病理机制及潜在治疗方法	子宫内膜纤维化患者和小鼠模型	生物医学	子宫内膜纤维化	单细胞测序	小鼠模型	基因表达数据	IUA患者和小鼠模型
693	2025-03-09	Targeting Caveolin-1 for enhanced rotator cuff repair: findings from single-cell RNA sequencing 2025-Mar-05, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-025-02359-2 PMID:40044676	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术探索了肩袖损伤组织中细胞亚群的异质性，并评估了Caveolin-1（Cav-1）的调节作用	首次通过单细胞RNA测序揭示了Cav-1在肩袖损伤中的负相关作用及其通过运动或靶向治疗调节的潜力	研究主要基于动物模型，尚未在人类临床试验中验证	探索Cav-1在肩袖损伤修复中的作用及其作为治疗靶点的潜力	肩袖损伤组织中的细胞亚群	生物医学研究	肩袖损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Cav-1敲除和过表达模型	RNA测序数据	动物模型中的肩袖损伤组织
694	2025-03-09	PCBP2 promotes immune evasion via cGAS-STING pathway in biochemical recurrence of prostate cancer 2025-Mar, APL bioengineering IF:6.6Q1 DOI:10.1063/5.0250173 PMID:40051782	研究论文	本研究探讨了前列腺癌（PCa）中与免疫逃逸相关的基因（CIERGs），并开发了用于预测生化复发（BCR）的签名	通过单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，鉴定了48个与BCR显著相关的CIERGs，并开发了一个基于CIERGs的风险签名，揭示了PCBP2通过抑制cGAS-STING通路促进PCa细胞增殖、迁移和侵袭的机制	研究主要依赖于公共数据库的数据，可能缺乏实验验证的广泛性	探索前列腺癌中与免疫逃逸相关的基因，并开发预测生化复发的签名	前列腺癌患者	数字病理学	前列腺癌	RNA-seq, scRNA-seq	LASSO回归	RNA测序数据	TCGA-PRAD和GSE70769队列的数据
695	2025-03-08	Unraveling asthma through single-cell RNA sequencing in understanding disease mechanisms 2025-Mar-07, The Journal of asthma : official journal of the Association for the Care of Asthma DOI:10.1080/02770903.2025.2472358 PMID:40014380	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）的基本原理及其在哮喘研究中的应用，旨在增强对哮喘病理生理学的理解并指导未来研究方向	利用scRNA-seq技术揭示了哮喘中免疫细胞亚型的多样性及其在疾病进展中的具体作用，为开发靶向治疗策略提供了理论基础	数据整合方法需要进一步优化，当前发现的临床适用性有限，未来研究应克服这些限制，改进细胞类型注释，并扩展至纵向和临床数据	阐明scRNA-seq的基本原理并总结其在哮喘研究中的应用，以增强对哮喘病理生理学的理解	哮喘的细胞类型异质性及其功能状态，特别是免疫细胞和气道重塑	数字病理学	哮喘	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
696	2025-03-08	Fuzzy-Based Identification of Transition Cells to Infer Cell Trajectory for Single-Cell Transcriptomics 2025-Mar, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology IF:1.4Q2 DOI:10.1089/cmb.2023.0432 PMID:39670822	研究论文	本文提出了一种基于模糊聚类的新型单细胞轨迹推断方法scFCTI，用于识别不稳定细胞状态中的过渡细胞，并重构包含过渡路径的单细胞轨迹	引入模糊聚类和量化细胞不确定性，能够识别不稳定细胞状态中的过渡细胞，并获得更精确的单细胞轨迹重构	未提及具体局限性	开发一种新的单细胞轨迹推断方法，以更准确地识别细胞发育过程中的过渡细胞并重构细胞轨迹	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	模糊聚类	单细胞RNA测序数据	五个真实数据集和四个不同结构的模拟数据集
697	2025-03-06	EPAS1 induction drives myocardial degeneration in desmoplakin-cardiomyopathy 2025-Mar-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.111895 PMID:40034852	研究论文	本文通过空间转录组学分析，揭示了EPAS1在DSP心肌病中的心肌退化调控作用	首次发现EPAS1在DSP心肌病中作为线粒体稳态的潜在调节因子，并揭示了其在心肌细胞中的功能异常	研究样本量有限，仅基于一名患者的移植心脏和少量遗传性心肌病患者的移植心脏	探究DSP心肌病中心肌退化的分子机制	携带致病性DSP基因变异的心肌细胞	分子生物学	心肌病	空间转录组学	NA	基因表达数据	一名DSP心肌病患者的移植心脏及少量遗传性心肌病患者的移植心脏
698	2025-03-06	A microfluidic platform for anterior-posterior human endoderm patterning via countervailing morphogen gradients in vitro 2025-Mar-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.111744 PMID:40040808	研究论文	本文介绍了一种微流控平台，通过体外应用相反的形态发生素梯度来实现人类内胚层的前后模式化	使用微流控设备在体外应用相反的形态发生素梯度，成功实现了人类内胚层细胞的空间模式化	该研究依赖于体外实验，可能无法完全模拟体内复杂的发育环境	研究形态发生素梯度如何空间模式化组织，特别是人类内胚层的前后模式化	人类多能干细胞（hPSC）衍生的内胚层细胞	发育生物学	NA	微流控技术，单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	NA
699	2025-03-06	Mathematical Modeling Predicts Optimal Immune Checkpoint Inhibitor and Radiotherapy Combinations and Timing of Administration 2025-Mar-04, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0610 PMID:39666379	研究论文	本文通过数学建模预测了免疫检查点抑制剂与放疗的最佳组合及给药时间	首次通过单细胞RNA测序和空间转录组分析揭示了放疗期间淋巴细胞介导的分子相互作用动态变化，并构建了数学模型预测不同时间点给药的效果	研究仅基于食管癌患者的组织样本，结果可能不适用于其他类型癌症	探索放疗与免疫检查点抑制剂联合治疗的最佳给药时间点和药物组合	食管癌患者的组织样本	数字病理	食管癌	单细胞RNA测序, 空间转录组分析	数学模型	RNA测序数据, 空间转录组数据	食管癌患者的组织样本
700	2025-03-06	CD36 Promotes Iron Accumulation and Dysfunction in CD8+ T Cells via the p38-CEBPB-TfR1 Axis in Early-stage Hepatocellular Carcinoma 2025-Mar-04, Clinical and molecular hepatology IF:14.0Q1 DOI:10.3350/cmh.2024.0948 PMID:40037690	研究论文	本文揭示了CD36通过p38-CEBPB-TfR1轴在早期肝细胞癌中促进CD8+ T细胞铁积累和功能障碍的机制	发现了CD36通过调控铁摄取蛋白TfR1的表达，导致CD8+ T细胞功能障碍的新机制，并提出了通过激活NRF2来恢复T细胞功能的潜在治疗方法	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步研究	探索早期肝细胞癌中CD8+ T细胞功能障碍的机制	早期肝细胞癌中的CD8+ T细胞	免疫学	肝细胞癌	单细胞RNA测序，流式细胞术	小鼠HCC模型	RNA测序数据，流式细胞数据	小鼠和人类早期肝细胞癌样本