单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
661	2025-03-16	Single-Cell RNA Sequencing Reveals an Atlas of Meihua Pig Testis Cells 2025-Mar-05, Animals : an open access journal from MDPI IF:2.7Q1 DOI:10.3390/ani15050752 PMID:40076035	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了梅花猪睾丸细胞的转录组图谱，并鉴定了不同发育阶段的细胞类型及其潜在标记基因	首次在梅花猪中应用单细胞RNA测序技术，构建了睾丸发育过程中生殖细胞和体细胞的单细胞发育图谱，并鉴定了精原细胞的候选标记基因TKTL1	研究仅限于梅花猪，未涉及其他物种或更广泛的样本	解析梅花猪睾丸发育过程中的细胞异质性及其转录组特征	梅花猪睾丸细胞	单细胞组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	13,839个梅花猪睾丸细胞
662	2025-03-16	MLLT3 Regulates Melanoma Stemness and Progression by Inhibiting HMGB1 Nuclear Entry and MAGEA1 M5C Modification 2025-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202408529 PMID:39716999	研究论文	本研究揭示了MLLT3作为转录因子在调节黑色素瘤干细胞特性和进展中的作用	首次发现MLLT3通过与HMGB1和YBX1的相互作用，抑制HMGB1核进入和MAGEA1的m5C修饰，从而调控黑色素瘤的干细胞特性和进展	NA	探讨MLLT3在黑色素瘤干细胞特性和进展中的调控机制	黑色素瘤干细胞	分子生物学	黑色素瘤	scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
663	2025-03-16	Spatial Transcriptomics Reveals Novel Mechanisms Involved in Perineural Invasion in Pancreatic Ductal Adenocarcinomas 2025-Mar-01, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17050852 PMID:40075699	研究论文	本研究利用空间转录组学技术揭示了胰腺导管腺癌（PDAC）中神经周围侵袭（PNI）的新机制	通过空间转录组学技术，首次揭示了PNI病灶对肿瘤微环境（TME）免疫景观的影响，并发现了内源性大麻素和多胺代谢在PNI、癌症生长和癌症疼痛中的作用	样本量较小，仅涉及13名PDAC患者	探索胰腺导管腺癌中神经周围侵袭的分子机制及其对肿瘤微环境的影响	胰腺导管腺癌患者的癌症和神经细胞	数字病理学	胰腺癌	Nanostring GeoMx Digital Spatial Profiler	NA	转录组数据	13名PDAC患者
664	2025-03-15	Hypoxia-Induced Senescent Fibroblasts Secrete IGF1 to Promote Cancer Stemness in Esophageal Squamous Cell Carcinoma 2025-Mar-14, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-1185 PMID:39661488	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，识别了一种与食管鳞状细胞癌（ESCC）肿瘤干细胞性相关的癌症相关成纤维细胞（CAF）亚群，即缺氧诱导的衰老成纤维细胞（hsCAF），并揭示了其通过分泌胰岛素样生长因子1（IGF1）促进肿瘤干细胞性的机制	首次识别并描述了缺氧诱导的衰老成纤维细胞（hsCAF）这一CAF亚群，并揭示了其在促进食管鳞状细胞癌（ESCC）肿瘤干细胞性和化疗抵抗中的关键作用	研究主要基于单细胞RNA测序数据，需要进一步的功能实验验证hsCAF的具体作用机制	阐明癌症相关成纤维细胞（CAF）在食管鳞状细胞癌（ESCC）中的具体作用及其对肿瘤干细胞性和化疗抵抗的影响	食管鳞状细胞癌（ESCC）患者样本中的癌症相关成纤维细胞（CAF）	数字病理学	食管鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	食管鳞状细胞癌（ESCC）患者样本
665	2025-03-15	Gene print-based cell subtypes annotation of human disease across heterogeneous datasets with gPRINT 2025-Mar-14, Protein & cell IF:13.6Q1 DOI:10.1093/procel/pwaf001 PMID:40083145	研究论文	本研究开发了gPRINT算法，用于在异质单细胞数据集中统一注释疾病特异性细胞亚型（DSCSs）	gPRINT算法受语音识别原理启发，将基因位置和表达信息转化为声纹，结合神经网络减少背景噪音对细胞身份标签映射的影响，实现了跨数据集自动细胞亚型注释	NA	开发一种自动化且统一的方法，用于跨数据集识别疾病特异性细胞亚型，以促进不同疾病状态下特定细胞亚型的阐明，并为探索疾病治疗靶点提供有力工具	人类疾病中的细胞亚型	生物信息学	纤维化相关疾病	单细胞测序	神经网络	单细胞基因表达数据	NA
666	2025-03-15	Exploring mechanisms of britannin against colorectal cancer based on experimentally validated network pharmacology 2025-Mar-13, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology DOI:10.1007/s00210-025-03995-2 PMID:40080155	研究论文	本研究探讨了britannin对结直肠癌的治疗机制，结合网络药理学和单细胞RNA测序技术，并通过体内外实验验证其效果	首次结合网络药理学和单细胞RNA测序技术，系统地探讨了britannin对结直肠癌的治疗机制，并验证了其对肿瘤微环境的调节作用	研究主要基于实验模型，尚未在临床环境中验证britannin的效果	探索britannin在结直肠癌治疗中的机制	结直肠癌细胞及肿瘤微环境	数字病理学	结直肠癌	网络药理学、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
667	2025-03-15	Predictive and personalized approaches for idiopathic pulmonary fibrosis: a Wnt-related gene set scoring framework integrating single-cell sequencing, spatial transcriptomics, and machine learning for diagnosis and prognosis 2025-Mar-13, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-025-01571-8 PMID:40080215	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
668	2025-03-15	The High Expression of PD-1 Defines A Subpopulation of Tfh Cells Responding to COVID-19 Vaccine in Humans 2025-Mar-13, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf019 PMID:40080696	研究论文	本文研究了COVID-19疫苗在人体中诱导的Tfh细胞亚群，特别是高表达PD-1的Tfh细胞在增强体液免疫反应中的作用	发现了一组高表达PD-1的经典Tfh细胞，这些细胞在加强疫苗接种后被显著激活，并且其比例与抗体滴度水平相关	研究主要关注Tfh细胞，未涉及其他免疫细胞类型在疫苗反应中的作用	研究COVID-19疫苗诱导的Tfh细胞反应，特别是高表达PD-1的Tfh细胞在体液免疫中的作用	COVID-19疫苗接种后的Tfh细胞	免疫学	COVID-19	单细胞测序和流式细胞术	NA	单细胞数据	未明确说明样本数量
669	2025-03-15	A high-resolution view of the immune and stromal cell response to Haemophilus ducreyi infection in human volunteers 2025-Mar-12, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.03885-24 PMID:39882906	研究论文	本文利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学技术，研究了人类志愿者皮肤对杜克雷嗜血杆菌感染的免疫和基质细胞反应	首次在单细胞水平上定义了人类皮肤对细胞外细菌病原体感染的免疫浸润的高分辨率视图，并确定了在未能自发清除感染并形成脓疱的志愿者中存在的细胞类型	样本量较小，仅涉及五名志愿者，且空间转录组学数据仅来自其中四名	研究杜克雷嗜血杆菌感染人类皮肤后的免疫和基质细胞反应	人类志愿者皮肤	免疫学	皮肤感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学	NA	RNA测序数据	五名志愿者的皮肤活检样本
670	2025-03-15	PLOD3 as a novel oncogene in prognostic and immune infiltration risk model based on multi-machine learning in cervical cancer 2025-Mar-11, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02031-2 PMID:40067513	研究论文	本研究基于多机器学习方法，开发了一种基于代谢相关基因的宫颈癌预后和免疫浸润风险模型，并发现PLOD3作为新的致癌基因	首次将多机器学习算法应用于宫颈癌的预后模型，结合代谢相关基因，发现PLOD3作为新的致癌基因，并揭示了其在肿瘤增殖中的作用	研究依赖于多数据库的整合数据，可能存在数据异质性问题，且模型的外部验证尚未进行	提高宫颈癌的预后准确性和治疗策略	宫颈癌患者及其代谢相关基因	机器学习	宫颈癌	基因组学、转录组学、空间转录组学、单细胞分析	随机生存森林、监督主成分分析	基因组数据、转录组数据、空间数据	112个关键代谢基因，337个关键基因
671	2025-03-15	Single-cell transcriptomics reveals the cellular dynamics of hexafluoropropylene oxide dimer acid in exerting mouse male reproductive toxicity 2025-Mar-11, Journal of animal science and biotechnology IF:6.3Q1 DOI:10.1186/s40104-025-01177-x PMID:40069855	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了六氟环氧丙烷二聚酸（GenX）对小鼠雄性生殖系统的毒性作用及其潜在的细胞和分子调控机制	首次系统地描述了GenX暴露对小鼠睾丸的细胞动态和转录组变化的影响，提供了理解其生殖毒性的宝贵资源	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他哺乳动物的数据	探索GenX暴露引起的雄性生殖毒性及其背后的细胞和分子调控机制	正常发育的小鼠	生物信息学	生殖系统疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
672	2025-03-15	Pharmacological blocking of microfibrillar-associated protein 4 reduces retinal neoangiogenesis and vascular leakage 2025-Mar-05, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.01.038 PMID:39863929	研究论文	本文研究了通过药理学方法阻断微纤维相关蛋白4（MFAP4）对视网膜新生血管和血管渗漏的影响	首次展示了抗MFAP4抗体hAS0326在抑制视网膜新生血管和血管渗漏中的潜在治疗效果	研究主要基于动物模型，尚未在人体中进行临床试验	探索MFAP4在视网膜疾病中的作用及其作为治疗靶点的潜力	视网膜新生血管和血管渗漏	药理学	视网膜疾病	单细胞转录组学	NA	实验数据	激光诱导的脉络膜新生血管小鼠模型、链脲佐菌素诱导的视网膜病变模型、DL-2-氨基己二酸诱导的视网膜病变非人灵长类模型
673	2025-03-15	Tissue nanotransfection-based endothelial PLCγ2-targeted epigenetic gene editing rescues perfusion and diabetic ischemic wound healing 2025-Mar-05, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.01.034 PMID:39863930	研究论文	本研究探讨了通过组织纳米转染技术（TNT）进行内皮PLCγ2靶向表观遗传基因编辑，以改善糖尿病缺血性伤口的灌注和愈合	首次使用CRISPR-dCas9去甲基化鸡尾酒结合TNT技术，针对糖尿病伤口边缘的内皮细胞PLCγ2基因进行特异性去甲基化，以增强VEGF治疗的血管新生效果	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证其效果	改善糖尿病缺血性伤口的灌注和愈合	糖尿病缺血性伤口的内皮细胞	表观遗传学	糖尿病	CRISPR-dCas9去甲基化、组织纳米转染（TNT）技术、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠模型
674	2025-03-15	Scaling up spatial transcriptomics for large-sized tissues: uncovering cellular-level tissue architecture beyond conventional platforms with iSCALE 2025-Mar-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.25.640190 PMID:40060412	研究论文	本文介绍了一种名为iSCALE的方法，用于预测超分辨率基因表达并自动注释大尺寸组织的细胞级组织结构，解决了现有空间转录组学平台的高成本、长周转时间、低分辨率、有限基因覆盖和小组织捕获区域的问题	iSCALE方法能够预测超分辨率基因表达并自动注释大尺寸组织的细胞级组织结构，突破了现有空间转录组学平台的限制	NA	开发一种能够分析大尺寸组织并自动注释细胞级组织结构的方法，以克服现有空间转录组学平台的局限性	大尺寸组织，特别是多发性硬化症人类脑样本	数字病理学	多发性硬化症	空间转录组学	NA	基因表达数据	多发性硬化症人类脑样本
675	2025-03-14	Single-cell RNA sequencing generates an atlas of normal tibia cartilage under mechanical loading conditions 2025-Mar-12, Molecular and cellular biochemistry IF:3.5Q3 DOI:10.1007/s11010-025-05234-x PMID:40072674	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）深入探讨了机械负荷对软骨细胞的影响，并生成了正常胫骨软骨在机械负荷条件下的图谱	首次使用单细胞RNA测序技术系统地分析了机械负荷对软骨细胞的影响，并鉴定了不同负荷条件下的关键基因	样本量相对较小，仅涉及6名捐赠者的11个软骨组织样本	研究机械负荷对软骨细胞的影响及其生物学过程	胫骨软骨组织中的软骨细胞	单细胞测序	骨关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	6名捐赠者的11个软骨组织样本，共132,685个细胞
676	2025-03-14	ZNF385A was identified as a novel colorectal cancer-related functional gene by analysis of the interaction and immune characteristics of oxidative stress and the inflammatory response 2025-Mar-10, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02024-1 PMID:40064736	研究论文	本研究通过分析氧化应激和炎症反应的相互作用及免疫特性，识别出ZNF385A作为结直肠癌相关的新功能基因	首次发现ZNF385A作为结直肠癌的新型致癌基因，并构建了包含七个特征的预后风险模型	需要进一步研究以验证模型在其他数据集中的普适性及ZNF385A的具体作用机制	探讨氧化应激和炎症反应与结直肠癌的关系，并识别相关功能基因	结直肠癌的单细胞RNA测序数据及肿瘤细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、定量聚合酶链反应（qPCR）、免疫组化	LASSO-Cox模型	RNA测序数据、临床病理参数	结直肠癌的单细胞RNA测序数据及肿瘤细胞样本
677	2025-03-14	Tumor Prognostic Risk Model Related to Monocytes/Macrophages in Hepatocellular Carcinoma Based on Machine Learning and Multi-Omics 2025-Mar-10, Biological procedures online IF:3.7Q1 DOI:10.1186/s12575-025-00270-9 PMID:40065214	研究论文	本研究基于机器学习和多组学数据，探索了肝细胞癌中单核细胞/巨噬细胞相关基因表达谱，构建了一个预后模型，并研究了其与药物耐药性和免疫治疗反应的关系	首次基于单核细胞/巨噬细胞相关基因构建了肝细胞癌的预后模型，并验证了其与药物敏感性和免疫治疗反应的关系	样本量较小，仅使用了10个HCC组织活检样本的scRNA-seq数据	构建肝细胞癌的预后模型，并研究其与药物耐药性和免疫治疗反应的关系	肝细胞癌患者	机器学习	肝细胞癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), Western blot, 空间转录组学分析	单基因模型	RNA测序数据, 蛋白质印迹数据, 空间转录组数据	10个HCC组织活检样本，共24,597个细胞
678	2025-03-14	Nuclear receptor 4A1 facilitates complete Freund's adjuvant-induced inflammatory pain in rats by promoting ferroptosis in spinal glial cells 2025-Mar, Brain, behavior, and immunity DOI:10.1016/j.bbi.2024.12.152 PMID:39722371	研究论文	本研究探讨了核受体4A1（NR4A1）在完全弗氏佐剂（CFA）诱导的炎症性疼痛中的作用，发现NR4A1通过促进脊髓胶质细胞的铁死亡来加剧疼痛	首次揭示了NR4A1在CFA诱导的炎症性疼痛中通过促进铁死亡的机制，并发现MAPK3是NR4A1的靶蛋白	研究主要基于大鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨炎症性疼痛中铁死亡发生的分子机制	大鼠脊髓胶质细胞（星形胶质细胞、小胶质细胞和少突胶质细胞）	神经科学	炎症性疼痛	RNA测序（bulk和单细胞RNA测序）、Western blotting、免疫染色、蛋白质组学分析、染色质免疫共沉淀、双荧光素酶报告基因检测	NA	RNA测序数据、蛋白质数据	CFA处理的大鼠
679	2025-03-14	Primed Mesenchymal Stem Cells by IFN-γ and IL-1β Ameliorate Acute Respiratory Distress Syndrome through Enhancing Homing Effect and Immunomodulation 2025-Mar-01, Biomolecules & therapeutics IF:3.0Q2 DOI:10.4062/biomolther.2025.004 PMID:39973472	研究论文	本研究探讨了通过IFN-γ和IL-1β预处理的间充质干细胞（MSCs）在急性呼吸窘迫综合征（ARDS）中的治疗潜力及其机制	研究发现，IFN-γ和IL-1β预处理的MSCs相比未处理的MSCs，在抑制T细胞活性和调节巨噬细胞炎症反应方面表现出更强的效果，并揭示了其通过调节NFκB和TNF-α信号通路增强疗效的机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索预处理的MSCs在ARDS中的治疗潜力及其作用机制	间充质干细胞（MSCs）和LPS诱导的ARDS小鼠模型	细胞治疗	急性呼吸窘迫综合征	RNA测序、混合淋巴细胞反应（MLR）实验、空间转录组学分析	NA	基因表达数据、细胞实验数据	LPS诱导的ARDS小鼠模型
680	2025-03-13	Modeling epilepsy by loss-of-function of the CUG-binding protein Elav-like family member 2 in zebrafish with multi-omics analysis 2025-Mar-11, Chinese medical journal IF:7.5Q1 DOI:10.1097/CM9.0000000000003398 PMID:40066778	研究论文	本研究利用斑马鱼模型和多组学分析探讨了CELF2基因突变在癫痫中的致病机制	首次建立了CELF2基因敲除和敲低的斑马鱼模型，并通过行为学和电生理学分析确认了癫痫样表型，同时结合蛋白质组学和代谢组学分析揭示了CELF2缺陷对代谢途径的影响	研究主要基于斑马鱼模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探讨CELF2基因突变在癫痫中的致病机制	斑马鱼模型和一名与CELF2基因突变相关的婴儿癫痫痉挛综合征患者	生物医学	癫痫	全外显子测序、CRISPR/Cas9技术、蛋白质组学分析、代谢组学分析、单细胞测序	斑马鱼模型	基因序列数据、蛋白质组数据、代谢组数据、单细胞测序数据	一名患者和多个斑马鱼模型