单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
641	2025-03-20	Targeting the histone reader ZMYND8 inhibits antiandrogen-induced neuroendocrine tumor transdifferentiation of prostate cancer 2025-Mar-18, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-025-00928-z PMID:40102673	研究论文	本文通过CRISPR‒Cas9筛选与单细胞RNA测序追踪肿瘤转变，揭示了抗雄激素治疗诱导的ZMYND8依赖的表观遗传编程在前列腺癌神经内分泌肿瘤转分化中的关键作用	揭示了ZMYND8依赖的表观遗传编程在前列腺癌神经内分泌肿瘤转分化中的关键作用，并开发了iZMYND8-34小分子抑制剂以阻断这一过程	NA	研究抗雄激素治疗诱导的前列腺癌神经内分泌肿瘤转分化的分子机制	前列腺癌神经内分泌肿瘤	表观遗传学	前列腺癌	CRISPR‒Cas9筛选, 单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
642	2025-03-20	Pan-cancer analysis and experimental verification of cytochrome B561 as a prognostic and therapeutic biomarker in breast cancer 2025-Mar-17, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02094-1 PMID:40091073	研究论文	本研究探讨了细胞色素B561（CYB561）在泛癌中的表达、其与免疫侵袭的关系及其在乳腺癌（BRCA）患者中的预后价值	首次在泛癌范围内分析CYB561的表达，并验证其在乳腺癌中的预后和治疗生物标志物作用	研究主要依赖于TCGA数据库，缺乏外部验证数据集	探讨CYB561在癌症中的表达模式及其作为乳腺癌预后和治疗生物标志物的潜力	乳腺癌患者及癌细胞系	生物信息学	乳腺癌	单细胞RNA测序，基因敲除	逻辑回归，Cox回归分析	基因表达数据，临床数据	TCGA数据库中的乳腺癌样本及实验验证的癌细胞系
643	2025-03-20	Single-cell RNA sequencing revealed cell landscape of tongue dorsal mucosa in rats with gastric intestinal metaplasia 2025-Mar-16, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-025-02386-z PMID:40090940	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了胃肠化生大鼠舌背黏膜的细胞景观	首次使用单细胞RNA测序技术揭示胃肠化生大鼠舌背黏膜的细胞景观，并发现与炎症反应和组织屏障完整性受损相关的基因表达变化	研究仅在大鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探讨胃肠化生对舌背黏膜细胞景观的影响	胃肠化生大鼠的舌背黏膜	数字病理	胃肠化生	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	胃肠化生大鼠模型
644	2025-03-19	IQGAP2 regulates blood-brain barrier immune dynamics 2025-Mar-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.111994 PMID:40071147	研究论文	本文探讨了IQGAP2蛋白在调节血脑屏障免疫动态中的作用	揭示了IQGAP2在维持血脑屏障免疫特权中的关键作用，并发现其在阿尔茨海默病中的表达减少	研究主要基于小鼠和斑马鱼模型，人类数据较少	研究IQGAP2在血脑屏障免疫细胞渗透中的作用	小鼠、斑马鱼和人类组织	分子生物学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序、免疫组织化学	NA	RNA测序数据、组织样本	小鼠、斑马鱼模型及人类组织样本
645	2025-03-19	Harnessing the Foundation Model for Exploration of Single-cell Expression Atlases in Plants 2025-Mar-17, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf024 PMID:40094454	研究论文	本文介绍了一种名为scPlantLLM的Transformer模型，用于处理植物单细胞RNA测序数据，以解决批次整合、细胞类型注释和基因调控网络推断等挑战	开发了scPlantLLM模型，采用顺序预训练策略，结合掩码语言建模和细胞类型注释任务，生成鲁棒且可解释的单细胞数据嵌入	NA	解决植物单细胞RNA测序数据中的批次整合、细胞类型注释和基因调控网络推断等挑战	植物单细胞RNA测序数据	自然语言处理	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Transformer	单细胞RNA测序数据	数百万个植物单细胞数据点
646	2025-03-19	A Gremlin 1-expressing splenic niche cell population restrains chronic myeloid leukemia by antagonizing the BMP pathway 2025-Mar-17, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-025-00933-2 PMID:40097655	研究论文	本文探讨了脾脏在白血病发病机制中的关键作用，特别是Gremlin 1表达的脾脏微环境细胞群通过拮抗BMP通路抑制慢性髓性白血病（CML）的进展	揭示了Gremlin 1及其表达的脾脏微环境细胞群在抑制CML中的新机制，这是首次发现脾脏通过这种方式对抗白血病	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证尚不充分	研究脾脏微环境在慢性髓性白血病中的作用机制	小鼠模型和人类样本中的脾脏微环境细胞群	生物医学	慢性髓性白血病	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	小鼠模型和人类样本
647	2025-03-19	Kinesin family member 14 expression and its clinical implications in colorectal cancer 2025-Mar-15, World journal of gastrointestinal oncology IF:2.5Q3 DOI:10.4251/wjgo.v17.i3.102696 PMID:40092935	研究论文	本研究评估了Kinesin家族成员14（KIF14）在结直肠癌（CRC）中的表达及其临床意义，并探讨了其与氯化硝基喹啉（NC）的相互作用	首次通过多中心高通量数据和单细胞测序技术验证了KIF14在CRC中的表达及其作为治疗靶点的潜力	研究样本量有限，且未进行大规模临床试验验证KIF14作为治疗靶点的有效性	评估KIF14在CRC中的临床意义及其作为治疗靶点的潜力	结直肠癌（CRC）患者和细胞系	癌症研究	结直肠癌	免疫组织化学染色、高通量数据分析、单细胞测序、CRISPR敲除筛选、全基因组测序、分子对接	NA	蛋白质表达数据、mRNA水平数据、单细胞测序数据	208名CRC患者、2436个CRC样本、1320个非癌性结直肠组织对照
648	2025-03-19	Advances and global trends of precancerous lesions of gastric cancer: A bibliometric analysis 2025-Mar-15, World journal of gastrointestinal oncology IF:2.5Q3 DOI:10.4251/wjgo.v17.i3.102111 PMID:40092937	综述	本文通过文献计量学方法，全面回顾了胃癌前病变（PLGC）的研究现状，分析了发展趋势和研究热点	利用文献计量学工具（如VOSviewer、CiteSpace等）对2004年至2023年间发表的PLGC相关研究进行了系统分析，揭示了研究热点和未来方向	研究主要基于Web of Science数据库，可能未涵盖所有相关文献，且未深入探讨具体研究方法的局限性	全面回顾胃癌前病变的研究现状，分析发展趋势和研究热点，为未来研究提供指导	胃癌前病变（PLGC）相关研究	文献计量学	胃癌	单细胞测序、空间分辨分析、多组学方法、人工智能、机器学习	NA	文献数据	4097篇文章
649	2025-03-19	Artificial intelligence-driven integration of single-cell RNA sequencing and transcriptome analysis to decipher APOE's role in gastric cancer prognosis and therapy 2025-Mar-13, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02100-6 PMID:40082390	研究论文	本研究利用人工智能驱动的单细胞RNA测序和转录组分析，探索了胃肿瘤微环境，并识别了新的预后标志物和治疗靶点	结合人工智能技术，首次揭示了APOE在胃癌中的免疫抑制作用及其通过M2巨噬细胞极化促进肿瘤进展的机制	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仍需进一步扩展	探索胃癌的肿瘤微环境，识别新的预后标志物和治疗靶点	胃癌患者的单细胞RNA测序和转录组数据	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），转录组分析	AI增强的分析方法	RNA测序数据	胃癌患者的单细胞RNA测序和转录组数据集
650	2025-03-19	Single-cell transcriptomic analyses reveal heterogeneity and key subsets associated with survival and response to PD-1 blockade in cervical squamous cell carcinoma 2025-Mar-13, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03725-x PMID:40082876	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了宫颈鳞状细胞癌（CSCC）肿瘤微环境的异质性及其与生存和PD-1阻断治疗反应相关的关键细胞亚群	首次在CSCC中通过单细胞RNA测序结合TCGA数据，识别了10种主要细胞类型和35个基质及免疫细胞亚群，并发现PCLAF+ TAEpis与CD8+ T细胞数量、患者生存率及抗PD-1治疗反应呈负相关	研究样本量有限，且主要基于单中心数据，需要更大规模的多中心研究验证	探讨CSCC肿瘤微环境的异质性及其对PD-1阻断治疗反应的影响	宫颈鳞状细胞癌（CSCC）患者肿瘤组织中的细胞	数字病理	宫颈癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据、TCGA数据	50,649个细胞
651	2025-03-19	Disturbed Flow Induces Reprogramming of Endothelial Cells to Immune-like and Foam Cells under Hypercholesterolemia during Atherogenesis 2025-Mar-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.06.641843 PMID:40093090	研究论文	本研究探讨了在动脉粥样硬化形成过程中，紊乱血流（d-flow）和高胆固醇血症条件下内皮细胞向免疫样细胞和泡沫细胞的重编程	首次验证了d-flow和高胆固醇血症共同作用下内皮细胞向免疫样细胞和泡沫细胞的重编程，并提供了单细胞RNA测序和免疫组化染色证据	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中完全验证	研究动脉粥样硬化形成过程中内皮细胞的重编程机制	小鼠的颈动脉内皮细胞	生物医学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），免疫组化染色	NA	单细胞RNA测序数据，免疫组化数据	95只小鼠，98,553个单细胞
652	2025-03-19	Dynamic responses to rejection in the transplanted human heart revealed through spatial transcriptomics 2025-Mar-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.28.640852 PMID:40093136	研究论文	本研究利用基于图像的空间转录组学在亚细胞分辨率下对纵向人类心脏活检样本进行分析，以表征62名成人和儿童心脏移植受者在组织学诊断的排斥反应期间和之后的转录异质性	首次在亚细胞分辨率下应用空间转录组学技术，揭示了心脏移植排斥反应期间的转录异质性，并识别了与长期预后相关的基因	研究样本量相对较小（62名受者），且主要依赖于组织学诊断的排斥反应，可能存在诊断变异性的问题	研究心脏移植后排斥反应的分子表型，以分层治疗反应并改善移植后的短期和长期结果	62名成人和儿童心脏移植受者	数字病理学	心血管疾病	空间转录组学	NA	图像	62名心脏移植受者
653	2025-03-18	Identification of DIO2 as a Molecular Therapeutic Target for Depression in Chronic Rhinosinusitis: A Comprehensive Bioinformatics and Experimental Study 2025-Mar-16, Biochemical genetics IF:2.1Q3 DOI:10.1007/s10528-025-11085-4 PMID:40089956	研究论文	本研究通过综合生物信息学和实验方法，识别了DIO2作为慢性鼻窦炎（CRS）与抑郁症共病的分子治疗靶点	首次通过机器学习和单细胞RNA测序技术，识别了CRS与抑郁症共病的共享枢纽基因，并验证了DIO2在CRS相关抑郁症中的关键作用	研究主要依赖于公共数据库的基因表达数据，实验验证仅限于动物模型，尚未在人类临床试验中得到验证	探索慢性鼻窦炎与抑郁症共病的分子机制，并识别潜在的治疗靶点	慢性鼻窦炎患者和抑郁症患者的基因表达数据	生物信息学	慢性鼻窦炎, 抑郁症	差异表达基因分析, 加权基因共表达网络分析, 单细胞RNA测序	随机森林, LASSO回归	基因表达数据	来自GEO数据库的基因表达数据集，具体样本数量未明确说明
654	2025-03-18	Smoothie: Efficient Inference of Spatial Co-expression Networks from Denoised Spatial Transcriptomics Data 2025-Mar-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.26.640406 PMID:40060619	研究论文	本文介绍了一种名为Smoothie的方法，用于从去噪的空间转录组数据中高效推断空间共表达网络	Smoothie通过高斯平滑去噪空间转录组数据，并构建和整合全基因组共表达网络，具有快速运行时间和低内存使用的特点	NA	研究空间基因表达的相关性，以揭示基因在组织中的共表达模式	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组学	NA	空间转录组数据	超过1亿个空间解析点
655	2025-03-16	Mapping glioma progression: single-cell RNA sequencing illuminates cell-cell interactions and immune response variability 2025-Mar-12, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01903-x PMID:40072722	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了胶质瘤微环境的复杂性，特别是恶性胶质瘤细胞与巨噬细胞/单核细胞之间的相互作用及其对肿瘤进展和治疗反应的影响	利用单细胞RNA测序技术深入分析了胶质瘤样本，识别了多种细胞亚群和巨噬细胞/单核细胞亚型，揭示了它们通过特定途径的相互作用，并开发了一个基于风险评分的预后模型	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本选择的限制	探索胶质瘤微环境中恶性细胞与免疫细胞的相互作用及其对肿瘤进展和治疗反应的影响	胶质瘤细胞和巨噬细胞/单核细胞	数字病理学	胶质瘤	单细胞RNA测序	预后模型	RNA-seq数据	来自TCGA和CGGA数据库的胶质瘤样本
656	2025-03-16	Transcription factor networks and novel immune biomarkers reveal key prognostic and therapeutic insights in ovarian cancer 2025-Mar-12, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01788-w PMID:40074978	研究论文	本研究通过分析卵巢癌单细胞RNA测序数据，构建了一个基于转录因子调控网络的9基因风险模型，用于预测卵巢癌的预后和免疫治疗效果	首次利用单细胞RNA测序数据构建卵巢癌的转录因子调控网络，并开发了一个9基因风险模型，同时鉴定了三个新的免疫相关生物标志物	研究主要基于单细胞RNA测序数据，样本量可能有限，且需要进一步验证模型在其他独立队列中的有效性	研究卵巢癌肿瘤微环境中的转录因子调控网络，开发预后预测模型并探索新的免疫治疗靶点	卵巢癌肿瘤微环境中的免疫细胞和转录因子	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），qPCR，免疫组化（IHC）	Lasso回归，ConsensusClusterPlus	单细胞RNA测序数据，免疫组化数据	未明确提及具体样本数量，但使用了138种GDSC数据库药物进行敏感性预测
657	2025-03-16	Integrative whole slide image and spatial transcriptomics analysis with QuST and QuPath 2025-Mar-12, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-00841-9 PMID:40075141	研究论文	本文介绍了一种名为QuST的QuPath扩展工具，用于在单细胞水平上整合全切片图像（WSI）和空间转录组学（ST）分析	提出了QuST工具，首次在单细胞水平上整合WSI和ST分析，为疾病生物学研究提供了新的视角	面临训练模式准备和分辨率差异等挑战	增强对疾病的理解，特别是在数字病理学领域	全切片图像（WSI）和空间转录组学（ST）数据	数字病理学	NA	空间转录组学（ST）	NA	图像和转录组数据	NA
658	2025-03-16	Fatty acid metabolism shapes immune responses in chronic lymphocytic leukemia 2025-Mar-12, Biomarker research IF:9.5Q1 DOI:10.1186/s40364-025-00753-7 PMID:40075418	研究论文	本研究探讨了脂肪酸代谢在慢性淋巴细胞白血病（CLL）中的特征及其对免疫反应的影响，构建了相关的预后评分，并研究了脂肪酸代谢在CLL发展中的调控作用和机制	构建了基于脂肪酸代谢基因表达的预后风险评分，揭示了相关的免疫表型差异，并探索了脂肪酸氧化在CLL发展中的调控作用	研究主要基于RNA测序数据，缺乏对脂肪酸代谢在CLL中具体分子机制的深入实验验证	阐明脂肪酸代谢在CLL中的特征及其对免疫反应的影响，构建预后评分并探索其调控机制	慢性淋巴细胞白血病（CLL）患者和健康对照	肿瘤免疫学	慢性淋巴细胞白血病	RNA测序（bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq）	Cox-LASSO回归	RNA测序数据	CLL患者和健康对照的RNA测序数据
659	2025-03-16	From inflammation to remodelling: A novel BASP1+ monocyte subset as a catalyst for acute aortic dissection 2025-Mar-06, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.03.003 PMID:40057028	研究论文	本文研究了BASP1+单核细胞亚群在急性主动脉夹层（AAD）发展中的作用及其机制	首次揭示了BASP1+单核细胞亚群在AAD中的关键作用及其通过特定信号通路促进炎症和血管重塑的机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本的应用和验证仍需进一步研究	探讨BASP1+单核细胞亚群在AAD发展中的作用及其机制	人类外周血和主动脉组织中的单核细胞/巨噬细胞	生物医学	心血管疾病	scRNA-seq, 免疫荧光, 激光散斑成像, 超声成像, Co-IP, ChIP测序	BASP1-CreER/Lyz2-DreER-tdT报告小鼠	基因表达数据, 图像数据	人类外周血和主动脉组织样本, BASP1-CreER/Lyz2-DreER-tdT报告小鼠
660	2025-03-16	Single-cell transcriptomics of clinical grade adipose-derived regenerative cells reveals consistency between donors independent of gender and BMI 2025-Mar-05, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04234-4 PMID:40038777	研究论文	本文通过单细胞转录组测序技术研究了临床级脂肪来源再生细胞（ADRCs）的异质性，发现不同供体之间的ADRCs组成和质量具有高度一致性，不受性别和BMI的影响	首次通过单细胞RNA测序技术全面绘制了ADRCs的异质性图谱，并发现供体、性别和BMI对ADRCs组成的影响较小	研究仅基于两项细胞试验干预研究，样本量可能有限，且未探讨其他潜在影响因素	探讨供体、性别和BMI对脂肪来源再生细胞（ADRCs）组成和质量的影响	临床级脂肪来源再生细胞（ADRCs）	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	两项细胞试验干预研究中的ADRCs样本