本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 641 | 2025-10-07 |
Tumor Prognostic Risk Model Related to Monocytes/Macrophages in Hepatocellular Carcinoma Based on Machine Learning and Multi-Omics
2025-Mar-10, Biological procedures online
IF:3.7Q1
DOI:10.1186/s12575-025-00270-9
PMID:40065214
|
研究论文 | 本研究基于单细胞RNA测序数据构建了与单核细胞/巨噬细胞相关的肝细胞癌预后风险模型 | 首次基于单核细胞/巨噬细胞相关基因构建单基因UQCRH预后模型,并揭示其与药物敏感性和免疫治疗反应的关系 | 样本量相对有限,仅使用10个HCC组织活检样本进行单细胞分析 | 探索肝细胞癌中单核细胞/巨噬细胞相关基因表达谱,构建预后模型并研究其与耐药性和免疫治疗反应的关系 | 肝细胞癌患者、HCC细胞系 | 机器学习 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,Western blot | 机器学习预后模型 | 基因表达数据,临床数据 | 10个HCC组织活检样本(24,597个细胞),TCGA数据集外部验证 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 642 | 2025-10-07 |
FK506-binding proteins: Emerging target and therapeutic opportunity in multiple tumors
2025-Mar-08, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.141914
PMID:40064252
|
综述 | 总结FK506结合蛋白家族在多种肿瘤中的双重功能及其作为诊断和预后生物标志物的潜力 | 首次系统阐述FKBP家族成员在不同肿瘤类型中促进或抑制肿瘤发生的双重功能 | 尚未结合单细胞测序技术解析FKBP亚型的空间分布,缺乏临床验证数据 | 探讨FKBP家族作为肿瘤治疗靶点和诊断标志物的潜力 | FK506结合蛋白家族及其在肿瘤信号通路调控中的作用 | 肿瘤生物学 | 多种肿瘤 | 单细胞测序 | NA | 文献数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 643 | 2025-10-07 |
Nuclear receptor 4A1 facilitates complete Freund's adjuvant-induced inflammatory pain in rats by promoting ferroptosis in spinal glial cells
2025-Mar, Brain, behavior, and immunity
DOI:10.1016/j.bbi.2024.12.152
PMID:39722371
|
研究论文 | 本研究揭示核受体NR4A1通过促进脊髓胶质细胞铁死亡加剧CFA诱导的炎性疼痛的分子机制 | 首次发现NR4A1是三种脊髓胶质细胞共有的铁死亡相关基因,并阐明其通过转录激活MAPK3诱导脂质过氧化的新通路 | 研究仅在大鼠模型中进行,尚未在人类样本验证 | 探究炎性疼痛发展过程中铁死亡发生的分子机制 | 大鼠脊髓星形胶质细胞、小胶质细胞和少突胶质细胞 | 分子病理学 | 炎性疼痛 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, 蛋白质印迹, 免疫染色, 蛋白质组学分析, 染色质免疫沉淀, 双荧光素酶报告基因检测 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据 | 大鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 644 | 2025-10-07 |
Primed Mesenchymal Stem Cells by IFN-γ and IL-1β Ameliorate Acute Respiratory Distress Syndrome through Enhancing Homing Effect and Immunomodulation
2025-Mar-01, Biomolecules & therapeutics
IF:3.0Q2
DOI:10.4062/biomolther.2025.004
PMID:39973472
|
研究论文 | 本研究探讨了经IFN-γ和IL-1β预处理的间充质干细胞通过增强归巢效应和免疫调节改善急性呼吸窘迫综合征的治疗效果 | 首次发现IFN-γ和IL-1β联合预处理的MSCs能显著增强对T细胞活性的抑制,同时调节巨噬细胞因子表达,并通过空间转录组学阐明其治疗机制 | 研究仅限于LPS诱导的小鼠ARDS模型,未涉及其他病因导致的ARDS | 评估预处理MSCs对ARDS的治疗效果及其作用机制 | 间充质干细胞、T细胞、巨噬细胞、LPS诱导的ARDS小鼠模型 | 细胞治疗 | 急性呼吸窘迫综合征 | 混合淋巴细胞反应、共培养实验、RNA测序、空间转录组学 | NA | 基因表达数据、空间转录组数据 | LPS诱导的ARDS小鼠模型 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 645 | 2025-10-07 |
Lactylation modification in cancer: mechanisms, functions, and therapeutic strategies
2025-Mar-08, Experimental hematology & oncology
IF:9.4Q1
DOI:10.1186/s40164-025-00622-x
PMID:40057816
|
综述 | 全面总结乳酸化修饰在癌症中的机制、功能及治疗策略 | 首次系统阐述组蛋白乳酸化这一新型翻译后修饰在癌症中的作用机制 | 乳酸化修饰机制研究仍存在诸多障碍和挑战 | 探索乳酸化修饰在癌症中的分子机制及治疗潜力 | 癌症细胞及肿瘤微环境 | 分子生物学 | 癌症 | 单细胞转录组学、空间转录组学 | NA | NA | NA | NA | single-cell RNA-seq, spatial transcriptomics | NA | NA |
| 646 | 2025-10-07 |
Role of GPX3+ astrocytes in breast cancer brain metastasis activated by circulating tumor cell exosomes
2025-Mar-07, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-025-00833-9
PMID:40055530
|
研究论文 | 本研究揭示了循环肿瘤细胞外泌体激活GPX3+星形胶质细胞驱动乳腺癌脑转移的新机制 | 首次发现CTC外泌体通过激活GPX3+星形胶质细胞促进IL-1β产生和Th17细胞分化,从而形成转移前微环境 | 使用小鼠模型,需要进一步验证人类临床样本中的相关性 | 探究乳腺癌脑转移的分子机制,特别是GPX3+星形胶质细胞在转移过程中的作用 | 乳腺癌脑转移小鼠模型中的GPX3+星形胶质细胞和循环肿瘤细胞 | 癌症生物学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序,代谢组学 | 条件性基因敲除模型 | 基因表达数据,代谢物数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 647 | 2025-10-07 |
Heat Shock Protein Family A Member 1A Attenuates Apoptosis and Oxidative Stress via ERK/JNK Pathway in Hyperplastic Prostate
2025-Mar, MedComm
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/mco2.70129
PMID:40066224
|
研究论文 | 本研究探讨热休克蛋白HSPA1A通过ERK/JNK信号通路抑制细胞凋亡和氧化应激在前列腺增生中的作用机制 | 首次揭示HSPA1A在良性前列腺增生中的表达上调及其通过ERK/JNK通路调控细胞凋亡和氧化应激的新机制 | 研究样本量有限,临床相关性分析仅基于单中心数据 | 探究HSPA1A在良性前列腺增生发病机制中的作用 | 前列腺增生组织样本、BPH-1和WPMY-1细胞系、睾酮诱导的大鼠BPH模型 | 分子病理学 | 前列腺增生 | RNA测序, 单细胞测序, 组织芯片分析 | NA | 基因表达数据, 组织切片, 细胞实验数据 | 139例BPH组织标本 | NA | 单细胞RNA测序, 组织芯片 | NA | NA |
| 648 | 2025-10-07 |
Complement activation in tumor microenvironment after neoadjuvant therapy and its impact on pancreatic cancer outcomes
2025-Mar-03, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-025-00848-2
PMID:40032924
|
研究论文 | 本研究探讨新辅助治疗对胰腺癌肿瘤微环境中补体激活的影响及其与患者预后的关系 | 首次揭示新辅助治疗通过上调肿瘤微环境中补体基因表达改善胰腺癌患者预后的新机制 | 样本量有限(36例患者),需要更大规模研究验证 | 研究新辅助治疗对胰腺癌肿瘤微环境的影响及其临床意义 | 胰腺导管腺癌(PDAC)患者 | 空间转录组学 | 胰腺癌 | 空间转录组学, 单核RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 36例PDAC患者(23例接受新辅助治疗,13例未接受) | NA | 空间转录组学, 单核RNA测序 | NA | NA |
| 649 | 2025-10-07 |
Inhibition of the Hippo pathway by verteporfin reduces the proliferation and stemness of rat hair follicle neural crest stem cells under hypoxia
2025-Mar, FASEB bioAdvances
IF:2.5Q3
DOI:10.1096/fba.2025-00025
PMID:40060945
|
研究论文 | 本研究探讨了Hippo信号通路在缺氧条件下调控大鼠毛囊神经嵴干细胞增殖和干性维持的作用 | 首次在缺氧环境下研究Hippo通路对毛囊神经嵴干细胞的调控作用,并利用verteporfin抑制该通路 | 研究仅使用大鼠细胞模型,缺乏人体细胞验证 | 探究Hippo信号通路在缺氧条件下对毛囊神经嵴干细胞功能的调控机制 | 大鼠毛囊神经嵴干细胞 | 干细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序,实时定量PCR,免疫荧光,Western blotting,CCK8检测 | NA | 基因表达数据,蛋白质表达数据,细胞图像 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 650 | 2025-03-11 |
Corrigendum to "ScRNA-seq reveals trained immunity-engaged Th17 cell activation against Edwardsiella piscicida-induced intestinal inflammation in teleost" [Microbiol. Res. 289 (2024) 127912]
2025-Mar-08, Microbiological research
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.micres.2025.128137
PMID:40058996
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 651 | 2025-10-07 |
Endothelial senescence induced by PAI-1 promotes endometrial fibrosis
2025-Mar-06, Cell death discovery
IF:6.1Q1
DOI:10.1038/s41420-025-02377-0
PMID:40050610
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序发现纤溶酶原激活物抑制剂-1(PAI-1)诱导的内皮细胞衰老促进子宫内膜纤维化的机制 | 首次揭示PAI-1通过uPAR受体诱导内皮细胞衰老在宫腔粘连发病机制中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床验证尚需进一步研究 | 探究宫腔粘连中子宫内膜纤维化的分子机制 | 宫腔粘连患者和小鼠模型中的内皮细胞与基质细胞 | 单细胞生物学 | 妇科疾病 | 单细胞测序 | NA | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 652 | 2025-10-07 |
Targeting Caveolin-1 for enhanced rotator cuff repair: findings from single-cell RNA sequencing
2025-Mar-05, Cell death discovery
IF:6.1Q1
DOI:10.1038/s41420-025-02359-2
PMID:40044676
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析肩袖损伤组织中细胞亚群的异质性,并评估Caveolin-1对脂肪细胞浸润的调控作用 | 首次在单细胞水平揭示Cav-1表达与成脂活性的负相关性,并验证其作为治疗靶点的潜力 | NA | 探索Caveolin-1在肩袖损伤修复中的作用机制 | 肩袖损伤组织中的细胞亚群 | 单细胞测序 | 肩袖损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 653 | 2025-10-07 |
PCBP2 promotes immune evasion via cGAS-STING pathway in biochemical recurrence of prostate cancer
2025-Mar, APL bioengineering
IF:6.6Q1
DOI:10.1063/5.0250173
PMID:40051782
|
研究论文 | 本研究探索前列腺癌中癌症内在免疫逃逸相关基因,并开发了预测生化复发的风险特征 | 首次发现PCBP2通过抑制cGAS-STING通路促进前列腺癌免疫逃逸,并建立了基于CIERGs的生化复发预测模型 | 研究主要基于公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 探索前列腺癌免疫逃逸机制并开发生化复发预测模型 | 前列腺癌患者和癌细胞系 | 生物信息学 | 前列腺癌 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | LASSO回归, 非负矩阵分解 | 基因表达数据 | TCGA-PRAD和GSE70769队列数据 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 654 | 2025-10-07 |
Heterogeneities of Site-Specific N-Glycosylation in the Hippocampus of Depression-like Behavior Models in Mice Induced by Acute Stress and Chronic Stress
2025-Mar-07, Journal of proteome research
IF:3.8Q1
DOI:10.1021/acs.jproteome.4c00655
PMID:39992808
|
研究论文 | 通过整合N-糖蛋白组学和蛋白质组学分析,研究急性和慢性应激诱导的小鼠抑郁样行为模型中海马区糖蛋白和位点特异性糖基化的异质性 | 首次在急性和慢性应激抑郁模型中系统分析海马区位点特异性N-糖基化异质性,并发现两种应激模式对糖基化的不同影响模式 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类样本中验证;样本量相对有限 | 探索应激诱导抑郁的糖基化机制 | 对照组、急性应激组和慢性温和应激组小鼠的海马组织 | 蛋白质组学 | 抑郁症 | N-糖蛋白组学、蛋白质组学、单细胞RNA测序 | tSNE | 蛋白质组数据、糖基化数据、单细胞转录组数据 | 三组小鼠海马组织(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 655 | 2025-03-08 |
Erratum for the Research Article "Highly multiplexed spatial transcriptomics in bacteria" by A. Sarfatis et al
2025-Mar-07, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adx0881
PMID:40048545
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 656 | 2024-10-04 |
Unravelling lipidomic disruptions across multiple tissues in Chd8-mutant ASD mice through integration of lipidomics and single-cell transcriptomics
2025-Mar-06, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2024-332972
PMID:39358004
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 657 | 2025-10-07 |
Adipose-derived stem cells attenuate rheumatoid arthritis by restoring CX3CR1+ synovial lining macrophage barrier
2025-Mar-05, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-025-04144-5
PMID:40038808
|
研究论文 | 本研究探讨了脂肪来源干细胞通过恢复CX3CR1+滑膜巨噬细胞屏障来缓解类风湿关节炎的机制 | 首次揭示ADSCs通过线粒体转移改善CX3CR1+巨噬细胞能量代谢并促进屏障修复的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,临床转化需要进一步验证 | 探究ADSCs治疗类风湿关节炎的分子机制及其与CX3CR1+巨噬细胞的相互作用 | 血清转移诱导的关节炎模型小鼠和CX3CR1+滑膜巨噬细胞 | 单细胞生物学 | 类风湿关节炎 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 线粒体移植 | NA | 基因表达数据 | 关节炎模型小鼠(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 658 | 2025-10-07 |
Benchmarking copy number aberrations inference tools using single-cell multi-omics datasets
2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf076
PMID:40037644
|
研究论文 | 本研究对五种从单细胞RNA测序数据推断拷贝数变异的计算方法进行了全面性能评估 | 首次对单细胞多组学数据集中的拷贝数变异推断工具进行独立综合基准测试 | 仅评估了五种计算方法,可能未涵盖所有可用工具 | 评估和比较从单细胞RNA测序数据推断拷贝数变异的计算工具性能 | 五种最先进的拷贝数变异推断计算方法 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 659 | 2025-10-07 |
Single cell immunoprofile of synovial fluid in rheumatoid arthritis with TNF/JAK inhibitor treatment
2025-Mar-04, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-57361-0
PMID:40038288
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析类风湿关节炎患者滑膜液中免疫细胞的特征及其在TNF/JAK抑制剂治疗后的变化 | 首次在单细胞水平揭示滑膜液来源的致病细胞(SPP1巨噬细胞和CXCL13CD4 T细胞)在类风湿关节炎治疗中的功能作用及细胞间通讯机制 | 样本量有限,主要关注滑膜液细胞而未全面分析其他组织类型 | 研究类风湿关节炎患者滑膜液中致病细胞在TNF/JAK抑制剂治疗过程中的变化机制 | 类风湿关节炎患者的滑膜液样本和胶原诱导关节炎小鼠模型 | 单细胞组学 | 类风湿关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 类风湿关节炎患者滑膜液样本(治疗前后对比) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 660 | 2025-10-07 |
E3 ubiquitin ligase RNF128 promotes Lys63-linked polyubiquitination on SRB1 in macrophages and aggravates atherosclerosis
2025-Mar-04, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-57404-6
PMID:40038329
|
研究论文 | 本研究揭示E3泛素连接酶RNF128通过促进SRB1的Lys63多聚泛素化加重动脉粥样硬化 | 首次发现RNF128在动脉粥样硬化巨噬细胞中的特异性表达及其通过调控SRB1循环的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性需进一步验证 | 探究RNF128在动脉粥样硬化发病机制中的作用 | 巨噬细胞、泡沫细胞形成过程 | 分子生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、分子机制研究 | NA | 基因表达数据、分子相互作用数据 | ApoE和LDLR缺陷的雄性和雌性小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |