单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
641	2025-03-18	Smoothie: Efficient Inference of Spatial Co-expression Networks from Denoised Spatial Transcriptomics Data 2025-Mar-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.26.640406 PMID:40060619	研究论文	本文介绍了一种名为Smoothie的方法，用于从去噪的空间转录组数据中高效推断空间共表达网络	Smoothie通过高斯平滑去噪空间转录组数据，并构建和整合全基因组共表达网络，具有快速运行时间和低内存使用的特点	NA	研究空间基因表达的相关性，以揭示基因在组织中的共表达模式	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组学	NA	空间转录组数据	超过1亿个空间解析点
642	2025-03-16	Mapping glioma progression: single-cell RNA sequencing illuminates cell-cell interactions and immune response variability 2025-Mar-12, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01903-x PMID:40072722	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了胶质瘤微环境的复杂性，特别是恶性胶质瘤细胞与巨噬细胞/单核细胞之间的相互作用及其对肿瘤进展和治疗反应的影响	利用单细胞RNA测序技术深入分析了胶质瘤样本，识别了多种细胞亚群和巨噬细胞/单核细胞亚型，揭示了它们通过特定途径的相互作用，并开发了一个基于风险评分的预后模型	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本选择的限制	探索胶质瘤微环境中恶性细胞与免疫细胞的相互作用及其对肿瘤进展和治疗反应的影响	胶质瘤细胞和巨噬细胞/单核细胞	数字病理学	胶质瘤	单细胞RNA测序	预后模型	RNA-seq数据	来自TCGA和CGGA数据库的胶质瘤样本
643	2025-03-16	Transcription factor networks and novel immune biomarkers reveal key prognostic and therapeutic insights in ovarian cancer 2025-Mar-12, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01788-w PMID:40074978	研究论文	本研究通过分析卵巢癌单细胞RNA测序数据，构建了一个基于转录因子调控网络的9基因风险模型，用于预测卵巢癌的预后和免疫治疗效果	首次利用单细胞RNA测序数据构建卵巢癌的转录因子调控网络，并开发了一个9基因风险模型，同时鉴定了三个新的免疫相关生物标志物	研究主要基于单细胞RNA测序数据，样本量可能有限，且需要进一步验证模型在其他独立队列中的有效性	研究卵巢癌肿瘤微环境中的转录因子调控网络，开发预后预测模型并探索新的免疫治疗靶点	卵巢癌肿瘤微环境中的免疫细胞和转录因子	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），qPCR，免疫组化（IHC）	Lasso回归，ConsensusClusterPlus	单细胞RNA测序数据，免疫组化数据	未明确提及具体样本数量，但使用了138种GDSC数据库药物进行敏感性预测
644	2025-03-16	Integrative whole slide image and spatial transcriptomics analysis with QuST and QuPath 2025-Mar-12, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-00841-9 PMID:40075141	研究论文	本文介绍了一种名为QuST的QuPath扩展工具，用于在单细胞水平上整合全切片图像（WSI）和空间转录组学（ST）分析	提出了QuST工具，首次在单细胞水平上整合WSI和ST分析，为疾病生物学研究提供了新的视角	面临训练模式准备和分辨率差异等挑战	增强对疾病的理解，特别是在数字病理学领域	全切片图像（WSI）和空间转录组学（ST）数据	数字病理学	NA	空间转录组学（ST）	NA	图像和转录组数据	NA
645	2025-03-16	Fatty acid metabolism shapes immune responses in chronic lymphocytic leukemia 2025-Mar-12, Biomarker research IF:9.5Q1 DOI:10.1186/s40364-025-00753-7 PMID:40075418	研究论文	本研究探讨了脂肪酸代谢在慢性淋巴细胞白血病（CLL）中的特征及其对免疫反应的影响，构建了相关的预后评分，并研究了脂肪酸代谢在CLL发展中的调控作用和机制	构建了基于脂肪酸代谢基因表达的预后风险评分，揭示了相关的免疫表型差异，并探索了脂肪酸氧化在CLL发展中的调控作用	研究主要基于RNA测序数据，缺乏对脂肪酸代谢在CLL中具体分子机制的深入实验验证	阐明脂肪酸代谢在CLL中的特征及其对免疫反应的影响，构建预后评分并探索其调控机制	慢性淋巴细胞白血病（CLL）患者和健康对照	肿瘤免疫学	慢性淋巴细胞白血病	RNA测序（bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq）	Cox-LASSO回归	RNA测序数据	CLL患者和健康对照的RNA测序数据
646	2025-03-16	From inflammation to remodelling: A novel BASP1+ monocyte subset as a catalyst for acute aortic dissection 2025-Mar-06, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.03.003 PMID:40057028	研究论文	本文研究了BASP1+单核细胞亚群在急性主动脉夹层（AAD）发展中的作用及其机制	首次揭示了BASP1+单核细胞亚群在AAD中的关键作用及其通过特定信号通路促进炎症和血管重塑的机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本的应用和验证仍需进一步研究	探讨BASP1+单核细胞亚群在AAD发展中的作用及其机制	人类外周血和主动脉组织中的单核细胞/巨噬细胞	生物医学	心血管疾病	scRNA-seq, 免疫荧光, 激光散斑成像, 超声成像, Co-IP, ChIP测序	BASP1-CreER/Lyz2-DreER-tdT报告小鼠	基因表达数据, 图像数据	人类外周血和主动脉组织样本, BASP1-CreER/Lyz2-DreER-tdT报告小鼠
647	2025-03-16	Single-cell transcriptomics of clinical grade adipose-derived regenerative cells reveals consistency between donors independent of gender and BMI 2025-Mar-05, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04234-4 PMID:40038777	研究论文	本文通过单细胞转录组测序技术研究了临床级脂肪来源再生细胞（ADRCs）的异质性，发现不同供体之间的ADRCs组成和质量具有高度一致性，不受性别和BMI的影响	首次通过单细胞RNA测序技术全面绘制了ADRCs的异质性图谱，并发现供体、性别和BMI对ADRCs组成的影响较小	研究仅基于两项细胞试验干预研究，样本量可能有限，且未探讨其他潜在影响因素	探讨供体、性别和BMI对脂肪来源再生细胞（ADRCs）组成和质量的影响	临床级脂肪来源再生细胞（ADRCs）	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	两项细胞试验干预研究中的ADRCs样本
648	2025-03-16	Single-Cell RNA Sequencing Reveals an Atlas of Meihua Pig Testis Cells 2025-Mar-05, Animals : an open access journal from MDPI IF:2.7Q1 DOI:10.3390/ani15050752 PMID:40076035	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了梅花猪睾丸细胞的转录组图谱，并鉴定了不同发育阶段的细胞类型及其潜在标记基因	首次在梅花猪中应用单细胞RNA测序技术，构建了睾丸发育过程中生殖细胞和体细胞的单细胞发育图谱，并鉴定了精原细胞的候选标记基因TKTL1	研究仅限于梅花猪，未涉及其他物种或更广泛的样本	解析梅花猪睾丸发育过程中的细胞异质性及其转录组特征	梅花猪睾丸细胞	单细胞组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	13,839个梅花猪睾丸细胞
649	2025-03-16	MLLT3 Regulates Melanoma Stemness and Progression by Inhibiting HMGB1 Nuclear Entry and MAGEA1 M5C Modification 2025-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202408529 PMID:39716999	研究论文	本研究揭示了MLLT3作为转录因子在调节黑色素瘤干细胞特性和进展中的作用	首次发现MLLT3通过与HMGB1和YBX1的相互作用，抑制HMGB1核进入和MAGEA1的m5C修饰，从而调控黑色素瘤的干细胞特性和进展	NA	探讨MLLT3在黑色素瘤干细胞特性和进展中的调控机制	黑色素瘤干细胞	分子生物学	黑色素瘤	scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
650	2025-03-16	Spatial Transcriptomics Reveals Novel Mechanisms Involved in Perineural Invasion in Pancreatic Ductal Adenocarcinomas 2025-Mar-01, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17050852 PMID:40075699	研究论文	本研究利用空间转录组学技术揭示了胰腺导管腺癌（PDAC）中神经周围侵袭（PNI）的新机制	通过空间转录组学技术，首次揭示了PNI病灶对肿瘤微环境（TME）免疫景观的影响，并发现了内源性大麻素和多胺代谢在PNI、癌症生长和癌症疼痛中的作用	样本量较小，仅涉及13名PDAC患者	探索胰腺导管腺癌中神经周围侵袭的分子机制及其对肿瘤微环境的影响	胰腺导管腺癌患者的癌症和神经细胞	数字病理学	胰腺癌	Nanostring GeoMx Digital Spatial Profiler	NA	转录组数据	13名PDAC患者
651	2025-03-15	Hypoxia-Induced Senescent Fibroblasts Secrete IGF1 to Promote Cancer Stemness in Esophageal Squamous Cell Carcinoma 2025-Mar-14, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-1185 PMID:39661488	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，识别了一种与食管鳞状细胞癌（ESCC）肿瘤干细胞性相关的癌症相关成纤维细胞（CAF）亚群，即缺氧诱导的衰老成纤维细胞（hsCAF），并揭示了其通过分泌胰岛素样生长因子1（IGF1）促进肿瘤干细胞性的机制	首次识别并描述了缺氧诱导的衰老成纤维细胞（hsCAF）这一CAF亚群，并揭示了其在促进食管鳞状细胞癌（ESCC）肿瘤干细胞性和化疗抵抗中的关键作用	研究主要基于单细胞RNA测序数据，需要进一步的功能实验验证hsCAF的具体作用机制	阐明癌症相关成纤维细胞（CAF）在食管鳞状细胞癌（ESCC）中的具体作用及其对肿瘤干细胞性和化疗抵抗的影响	食管鳞状细胞癌（ESCC）患者样本中的癌症相关成纤维细胞（CAF）	数字病理学	食管鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	食管鳞状细胞癌（ESCC）患者样本
652	2025-03-15	Exploring mechanisms of britannin against colorectal cancer based on experimentally validated network pharmacology 2025-Mar-13, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology DOI:10.1007/s00210-025-03995-2 PMID:40080155	研究论文	本研究探讨了britannin对结直肠癌的治疗机制，结合网络药理学和单细胞RNA测序技术，并通过体内外实验验证其效果	首次结合网络药理学和单细胞RNA测序技术，系统地探讨了britannin对结直肠癌的治疗机制，并验证了其对肿瘤微环境的调节作用	研究主要基于实验模型，尚未在临床环境中验证britannin的效果	探索britannin在结直肠癌治疗中的机制	结直肠癌细胞及肿瘤微环境	数字病理学	结直肠癌	网络药理学、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
653	2025-03-15	Predictive and personalized approaches for idiopathic pulmonary fibrosis: a Wnt-related gene set scoring framework integrating single-cell sequencing, spatial transcriptomics, and machine learning for diagnosis and prognosis 2025-Mar-13, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-025-01571-8 PMID:40080215	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
654	2025-03-15	The High Expression of PD-1 Defines A Subpopulation of Tfh Cells Responding to COVID-19 Vaccine in Humans 2025-Mar-13, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf019 PMID:40080696	研究论文	本文研究了COVID-19疫苗在人体中诱导的Tfh细胞亚群，特别是高表达PD-1的Tfh细胞在增强体液免疫反应中的作用	发现了一组高表达PD-1的经典Tfh细胞，这些细胞在加强疫苗接种后被显著激活，并且其比例与抗体滴度水平相关	研究主要关注Tfh细胞，未涉及其他免疫细胞类型在疫苗反应中的作用	研究COVID-19疫苗诱导的Tfh细胞反应，特别是高表达PD-1的Tfh细胞在体液免疫中的作用	COVID-19疫苗接种后的Tfh细胞	免疫学	COVID-19	单细胞测序和流式细胞术	NA	单细胞数据	未明确说明样本数量
655	2025-03-15	A high-resolution view of the immune and stromal cell response to Haemophilus ducreyi infection in human volunteers 2025-Mar-12, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.03885-24 PMID:39882906	研究论文	本文利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学技术，研究了人类志愿者皮肤对杜克雷嗜血杆菌感染的免疫和基质细胞反应	首次在单细胞水平上定义了人类皮肤对细胞外细菌病原体感染的免疫浸润的高分辨率视图，并确定了在未能自发清除感染并形成脓疱的志愿者中存在的细胞类型	样本量较小，仅涉及五名志愿者，且空间转录组学数据仅来自其中四名	研究杜克雷嗜血杆菌感染人类皮肤后的免疫和基质细胞反应	人类志愿者皮肤	免疫学	皮肤感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学	NA	RNA测序数据	五名志愿者的皮肤活检样本
656	2025-03-15	PLOD3 as a novel oncogene in prognostic and immune infiltration risk model based on multi-machine learning in cervical cancer 2025-Mar-11, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02031-2 PMID:40067513	研究论文	本研究基于多机器学习方法，开发了一种基于代谢相关基因的宫颈癌预后和免疫浸润风险模型，并发现PLOD3作为新的致癌基因	首次将多机器学习算法应用于宫颈癌的预后模型，结合代谢相关基因，发现PLOD3作为新的致癌基因，并揭示了其在肿瘤增殖中的作用	研究依赖于多数据库的整合数据，可能存在数据异质性问题，且模型的外部验证尚未进行	提高宫颈癌的预后准确性和治疗策略	宫颈癌患者及其代谢相关基因	机器学习	宫颈癌	基因组学、转录组学、空间转录组学、单细胞分析	随机生存森林、监督主成分分析	基因组数据、转录组数据、空间数据	112个关键代谢基因，337个关键基因
657	2025-03-15	Single-cell transcriptomics reveals the cellular dynamics of hexafluoropropylene oxide dimer acid in exerting mouse male reproductive toxicity 2025-Mar-11, Journal of animal science and biotechnology IF:6.3Q1 DOI:10.1186/s40104-025-01177-x PMID:40069855	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了六氟环氧丙烷二聚酸（GenX）对小鼠雄性生殖系统的毒性作用及其潜在的细胞和分子调控机制	首次系统地描述了GenX暴露对小鼠睾丸的细胞动态和转录组变化的影响，提供了理解其生殖毒性的宝贵资源	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他哺乳动物的数据	探索GenX暴露引起的雄性生殖毒性及其背后的细胞和分子调控机制	正常发育的小鼠	生物信息学	生殖系统疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
658	2025-03-15	Pharmacological blocking of microfibrillar-associated protein 4 reduces retinal neoangiogenesis and vascular leakage 2025-Mar-05, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.01.038 PMID:39863929	研究论文	本文研究了通过药理学方法阻断微纤维相关蛋白4（MFAP4）对视网膜新生血管和血管渗漏的影响	首次展示了抗MFAP4抗体hAS0326在抑制视网膜新生血管和血管渗漏中的潜在治疗效果	研究主要基于动物模型，尚未在人体中进行临床试验	探索MFAP4在视网膜疾病中的作用及其作为治疗靶点的潜力	视网膜新生血管和血管渗漏	药理学	视网膜疾病	单细胞转录组学	NA	实验数据	激光诱导的脉络膜新生血管小鼠模型、链脲佐菌素诱导的视网膜病变模型、DL-2-氨基己二酸诱导的视网膜病变非人灵长类模型
659	2025-03-15	Tissue nanotransfection-based endothelial PLCγ2-targeted epigenetic gene editing rescues perfusion and diabetic ischemic wound healing 2025-Mar-05, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.01.034 PMID:39863930	研究论文	本研究探讨了通过组织纳米转染技术（TNT）进行内皮PLCγ2靶向表观遗传基因编辑，以改善糖尿病缺血性伤口的灌注和愈合	首次使用CRISPR-dCas9去甲基化鸡尾酒结合TNT技术，针对糖尿病伤口边缘的内皮细胞PLCγ2基因进行特异性去甲基化，以增强VEGF治疗的血管新生效果	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证其效果	改善糖尿病缺血性伤口的灌注和愈合	糖尿病缺血性伤口的内皮细胞	表观遗传学	糖尿病	CRISPR-dCas9去甲基化、组织纳米转染（TNT）技术、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠模型
660	2025-03-15	Scaling up spatial transcriptomics for large-sized tissues: uncovering cellular-level tissue architecture beyond conventional platforms with iSCALE 2025-Mar-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.25.640190 PMID:40060412	研究论文	本文介绍了一种名为iSCALE的方法，用于预测超分辨率基因表达并自动注释大尺寸组织的细胞级组织结构，解决了现有空间转录组学平台的高成本、长周转时间、低分辨率、有限基因覆盖和小组织捕获区域的问题	iSCALE方法能够预测超分辨率基因表达并自动注释大尺寸组织的细胞级组织结构，突破了现有空间转录组学平台的限制	NA	开发一种能够分析大尺寸组织并自动注释细胞级组织结构的方法，以克服现有空间转录组学平台的局限性	大尺寸组织，特别是多发性硬化症人类脑样本	数字病理学	多发性硬化症	空间转录组学	NA	基因表达数据	多发性硬化症人类脑样本