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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 621 | 2025-10-07 |
Spatial Transcriptomics Reveals Novel Mechanisms Involved in Perineural Invasion in Pancreatic Ductal Adenocarcinomas
2025-Mar-01, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers17050852
PMID:40075699
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研究论文 | 利用空间转录组学技术研究胰腺导管腺癌神经侵袭的新机制 | 首次使用空间转录组学揭示神经侵袭病灶对肿瘤微环境免疫景观的影响,并发现内源性大麻素和多胺代谢在神经侵袭中的作用 | 样本量较小(13例患者),需要更大规模研究验证发现 | 探索胰腺导管腺癌中神经侵袭的分子机制 | 胰腺导管腺癌患者的神经侵袭和非神经侵袭病灶 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 空间转录组学,全转录组分析 | NA | 空间转录组数据 | 13例PDAC患者 | Nanostring | 空间转录组学 | GeoMx Digital Spatial Profiler | GeoMx数字空间分析系统 |
| 622 | 2025-10-07 |
CO-Releasing Polyoxometalates Nanozyme with Gut Mucosal Immunity and Microbiota Homeostasis Remodeling Effects for Restoring Intestinal Barrier Integrity
2025-Mar-13, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202500116
PMID:40079617
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研究论文 | 本研究开发了一种一氧化碳释放多金属氧酸盐纳米酶,用于修复炎症性肠病中的肠道屏障完整性 | 首次将五羰基锰溴化物与钼基多金属氧酸盐纳米簇配位合成具有靶向积累、活性氧清除和一氧化碳释放多重功能的纳米酶 | NA | 开发治疗炎症性肠病的新型多功能纳米治疗剂 | 肠道上皮屏障、肠道黏膜免疫和微生物群稳态 | 纳米医学 | 炎症性肠病 | 16S rRNA测序,单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据,微生物组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,16S rRNA测序 | NA | NA |
| 623 | 2025-03-15 |
Predictive and personalized approaches for idiopathic pulmonary fibrosis: a Wnt-related gene set scoring framework integrating single-cell sequencing, spatial transcriptomics, and machine learning for diagnosis and prognosis
2025-Mar-13, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-025-01571-8
PMID:40080215
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 624 | 2025-10-07 |
The High Expression of PD-1 Defines A Subpopulation of Tfh Cells Responding to COVID-19 Vaccine in Humans
2025-Mar-13, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf019
PMID:40080696
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序和流式细胞术发现COVID-19疫苗加强接种后PD-1高表达的经典T滤泡辅助细胞亚群与抗体滴度相关 | 首次鉴定出PD-1高表达cTfh细胞亚群在COVID-19疫苗免疫应答中的作用,并开发了病毒诱导T细胞受体识别算法 | 研究样本量有限,未明确PD-1高表达cTfh细胞的具体调控机制 | 探究COVID-19疫苗加强接种后CD4+T细胞特别是Tfh细胞的免疫应答特征 | 人类疫苗接种后的免疫细胞 | 免疫学 | COVID-19 | 单细胞测序,流式细胞术 | 轨迹分析 | 单细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 625 | 2025-10-07 |
A high-resolution view of the immune and stromal cell response to Haemophilus ducreyi infection in human volunteers
2025-Mar-12, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.03885-24
PMID:39882906
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序和空间转录组学技术,首次在单细胞水平上揭示了人类皮肤对杜克雷嗜血杆菌感染的免疫和基质细胞反应 | 首次结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术,在单细胞水平上解析人类皮肤对细菌感染的免疫反应,并确定了差异表达转录本的细胞来源 | 样本量较小(5名志愿者),且仅研究了形成脓疱的感染者 | 研究人类皮肤对杜克雷嗜血杆菌感染的细胞免疫反应 | 人类志愿者皮肤感染模型中的免疫和基质细胞 | 单细胞生物学 | 细菌感染性疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 流式细胞术, 批量RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据, 空间基因表达数据 | 5名志愿者的配对脓疱和模拟感染伤口活检样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 626 | 2025-10-07 |
PLOD3 as a novel oncogene in prognostic and immune infiltration risk model based on multi-machine learning in cervical cancer
2025-Mar-11, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02031-2
PMID:40067513
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研究论文 | 基于多机器学习方法构建宫颈癌预后和免疫浸润风险模型,并鉴定PLOD3作为新型致癌基因 | 首次将多机器学习算法与代谢相关基因结合构建宫颈癌预后模型,并发现PLOD3作为新型致癌基因 | 模型验证主要依赖公共数据库数据,需要进一步临床验证 | 提高宫颈癌预后预测准确性和开发治疗策略 | 宫颈癌患者和细胞 | 机器学习 | 宫颈癌 | 基因组学、转录组学、空间转录组学、单细胞分析、功能实验 | 监督主成分分析、随机生存森林 | 基因组数据、转录组数据、空间数据 | 基于多个数据库的样本,识别112个关键代谢基因和337个WGCNA基因 | NA | 空间转录组学, 单细胞分析 | NA | NA |
| 627 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptomics reveals the cellular dynamics of hexafluoropropylene oxide dimer acid in exerting mouse male reproductive toxicity
2025-Mar-11, Journal of animal science and biotechnology
IF:6.3Q1
DOI:10.1186/s40104-025-01177-x
PMID:40069855
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示了六氟环氧丙烷二聚体酸(GenX)对小鼠雄性生殖系统的毒性作用及细胞动态变化 | 首次系统揭示了GenX暴露导致的睾丸细胞动态变化和转录组改变,包括精原干细胞平衡失调和体细胞-生殖细胞相互作用的紊乱 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类或其他物种中验证 | 探索GenX暴露引起的雄性生殖毒性及其潜在的细胞和分子调控机制 | 正常发育的小鼠睾丸组织 | 单细胞生物学 | 生殖系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | GenX暴露的小鼠睾丸组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 628 | 2025-10-07 |
PbImpute: Precise Zero Discrimination and Balanced Imputation in Single-Cell RNA Sequencing Data
2025-Mar-10, Journal of chemical information and modeling
IF:5.6Q1
DOI:10.1021/acs.jcim.4c02125
PMID:39957720
|
研究论文 | 提出一种精确平衡的单细胞RNA测序数据插补方法PbImpute,通过多阶段处理实现技术性丢失零与生物零的精确区分和平衡插补 | 独特地将零膨胀负二项分布建模与静态和动态修复机制相结合,在过度插补和不足插补之间实现最佳平衡 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中零计数(dropout zeros)对下游分析的挑战 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 零膨胀负二项分布模型, 图嵌入神经网络 | 基因表达数据 | 模拟和真实单细胞RNA测序数据集(包括PBMC数据) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 629 | 2025-10-07 |
Single-cell copy number calling and event history reconstruction
2025-Mar-04, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf072
PMID:39946094
|
研究论文 | 开发了用于单细胞浅层全基因组DNA测序数据的拷贝数变异分析统计模型和算法 | 提出SCICoNE模型,通过重建肿瘤拷贝数事件历史来推断单个细胞的拷贝数谱 | 仅在两例乳腺癌样本上验证了实用性,需要更多临床样本验证 | 解决浅层全基因组DNA测序数据中拷贝数变异识别的统计和计算挑战 | 肿瘤单细胞拷贝数变异 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞浅层全基因组DNA测序 | 统计模型,MCMC算法 | DNA测序数据 | 两例乳腺癌样本 | NA | 单细胞全基因组DNA测序 | NA | NA |
| 630 | 2025-10-07 |
AsaruSim: a single-cell and spatial RNA-Seq Nanopore long-reads simulation workflow
2025-Mar-04, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf087
PMID:39985444
|
研究论文 | 开发了一个用于模拟单细胞和空间RNA-Seq Nanopore长读长数据的仿真工作流程 | 首个能够有效模拟单细胞RNA测序长读长数据集独特复杂性的先进仿真工具 | NA | 为单细胞长读长研究的异构体检测方法评估和优化提供仿真工具 | 人类外周血单个核细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 长读长测序 | NA | RNA测序数据 | NA | Oxford Nanopore | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | Nanopore | 长读长测序技术 |
| 631 | 2025-10-07 |
COME: contrastive mapping learning for spatial reconstruction of single-cell RNA sequencing data
2025-Mar-04, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf083
PMID:39992219
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研究论文 | 提出了一种名为COME的对比映射学习方法,用于从单细胞RNA测序数据中重建空间信息 | 采用对比学习框架学习空间转录组和单细胞RNA测序数据之间的映射关系,能够精确识别细胞-斑点关系并恢复缺失基因的空间结构 | NA | 开发一种能够从单细胞RNA测序数据中重建空间信息的新方法 | 单细胞RNA测序数据和空间转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组 | 对比学习 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组 | NA | NA |
| 632 | 2025-10-07 |
Murine Aortic Valve Cell Heterogeneity at Birth
2025-Mar-13, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.124.322280
PMID:40079140
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析新生小鼠主动脉瓣细胞异质性 | 发现了一个仅存在于出生后第1天的新型瓣膜内皮细胞亚群和三个先前未被认识的瓣膜间质细胞亚群 | 仅针对出生后第1天的小鼠主动脉瓣进行研究,未涵盖其他发育阶段 | 探索心脏瓣膜结构功能关系的建立机制,特别是在出生后成熟阶段 | 小鼠主动脉瓣结构 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组学,谱系追踪 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 出生后第1天小鼠主动脉瓣样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 633 | 2025-10-07 |
Distinct cellular mechanisms underlie chemotherapies and PD-L1 blockade combinations in triple-negative breast cancer
2025-Mar-10, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2025.01.007
PMID:39919737
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序数据,揭示了不同化疗药物与PD-L1阻断剂联合治疗三阴性乳腺癌的细胞机制差异 | 发现纳布紫杉醇与紫杉醇在联合PD-L1阻断时对T细胞和髓系细胞的不同调控作用,并首次揭示肥大细胞在协调抗肿瘤免疫反应中的关键作用 | 机制研究仍需进一步验证,临床样本量有限 | 探究三阴性乳腺癌中化疗与免疫检查点阻断联合治疗的细胞机制 | 三阴性乳腺癌患者和小鼠模型 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | 已发表和新产生的三阴性乳腺癌患者scRNA-seq数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 634 | 2025-10-07 |
Microglial reprogramming enhances antitumor immunity and immunotherapy response in melanoma brain metastases
2025-Mar-10, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2025.01.008
PMID:39919736
|
研究论文 | 本研究通过激活小胶质细胞中的Rela/NF-κB通路促进黑色素瘤脑转移,并发现靶向该通路可增强抗肿瘤免疫和免疫检查点抑制剂疗效 | 首次揭示小胶质细胞中Rela/NF-κB通路在黑色素瘤脑转移中的作用机制,并提出通过小胶质细胞重编程增强抗肿瘤免疫的新策略 | 主要基于临床前模型研究,人体验证数据有限 | 探索黑色素瘤脑转移的生物学机制及脑免疫微环境在治疗反应中的作用 | 黑色素瘤脑转移模型和小胶质细胞 | 肿瘤免疫学 | 黑色素瘤 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 635 | 2025-10-07 |
ZNF385A was identified as a novel colorectal cancer-related functional gene by analysis of the interaction and immune characteristics of oxidative stress and the inflammatory response
2025-Mar-10, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02024-1
PMID:40064736
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研究论文 | 本研究通过分析氧化应激与炎症反应的相互作用及免疫特征,鉴定ZNF385A为结直肠癌相关新功能基因 | 首次发现ZNF385A作为结直肠癌新型致癌基因,并构建了包含7个特征的预后风险模型 | 研究主要基于生物信息学分析,实验验证仅限于SW620细胞系和异种移植模型 | 探索氧化应激和炎症反应与结直肠癌的关系,寻找新的预后标志物和治疗靶点 | 结直肠癌组织和细胞系 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序,qPCR,免疫组化,EDU检测,集落形成实验,ROS检测,transwell实验,异种移植模型 | LASSO-Cox风险模型 | 单细胞RNA测序数据,基因表达数据 | 结直肠癌单细胞RNA测序数据,具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 636 | 2025-10-07 |
Tumor Prognostic Risk Model Related to Monocytes/Macrophages in Hepatocellular Carcinoma Based on Machine Learning and Multi-Omics
2025-Mar-10, Biological procedures online
IF:3.7Q1
DOI:10.1186/s12575-025-00270-9
PMID:40065214
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研究论文 | 本研究基于单细胞RNA测序数据构建了与单核细胞/巨噬细胞相关的肝细胞癌预后风险模型 | 首次基于单核细胞/巨噬细胞相关基因构建单基因UQCRH预后模型,并揭示其与药物敏感性和免疫治疗反应的关系 | 样本量相对有限,仅使用10个HCC组织活检样本进行单细胞分析 | 探索肝细胞癌中单核细胞/巨噬细胞相关基因表达谱,构建预后模型并研究其与耐药性和免疫治疗反应的关系 | 肝细胞癌患者、HCC细胞系 | 机器学习 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,Western blot | 机器学习预后模型 | 基因表达数据,临床数据 | 10个HCC组织活检样本(24,597个细胞),TCGA数据集外部验证 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 637 | 2025-10-07 |
FK506-binding proteins: Emerging target and therapeutic opportunity in multiple tumors
2025-Mar-08, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.141914
PMID:40064252
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综述 | 总结FK506结合蛋白家族在多种肿瘤中的双重功能及其作为诊断和预后生物标志物的潜力 | 首次系统阐述FKBP家族成员在不同肿瘤类型中促进或抑制肿瘤发生的双重功能 | 尚未结合单细胞测序技术解析FKBP亚型的空间分布,缺乏临床验证数据 | 探讨FKBP家族作为肿瘤治疗靶点和诊断标志物的潜力 | FK506结合蛋白家族及其在肿瘤信号通路调控中的作用 | 肿瘤生物学 | 多种肿瘤 | 单细胞测序 | NA | 文献数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 638 | 2025-10-07 |
Nuclear receptor 4A1 facilitates complete Freund's adjuvant-induced inflammatory pain in rats by promoting ferroptosis in spinal glial cells
2025-Mar, Brain, behavior, and immunity
DOI:10.1016/j.bbi.2024.12.152
PMID:39722371
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研究论文 | 本研究揭示核受体NR4A1通过促进脊髓胶质细胞铁死亡加剧CFA诱导的炎性疼痛的分子机制 | 首次发现NR4A1是三种脊髓胶质细胞共有的铁死亡相关基因,并阐明其通过转录激活MAPK3诱导脂质过氧化的新通路 | 研究仅在大鼠模型中进行,尚未在人类样本验证 | 探究炎性疼痛发展过程中铁死亡发生的分子机制 | 大鼠脊髓星形胶质细胞、小胶质细胞和少突胶质细胞 | 分子病理学 | 炎性疼痛 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, 蛋白质印迹, 免疫染色, 蛋白质组学分析, 染色质免疫沉淀, 双荧光素酶报告基因检测 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据 | 大鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 639 | 2025-10-07 |
Primed Mesenchymal Stem Cells by IFN-γ and IL-1β Ameliorate Acute Respiratory Distress Syndrome through Enhancing Homing Effect and Immunomodulation
2025-Mar-01, Biomolecules & therapeutics
IF:3.0Q2
DOI:10.4062/biomolther.2025.004
PMID:39973472
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研究论文 | 本研究探讨了经IFN-γ和IL-1β预处理的间充质干细胞通过增强归巢效应和免疫调节改善急性呼吸窘迫综合征的治疗效果 | 首次发现IFN-γ和IL-1β联合预处理的MSCs能显著增强对T细胞活性的抑制,同时调节巨噬细胞因子表达,并通过空间转录组学阐明其治疗机制 | 研究仅限于LPS诱导的小鼠ARDS模型,未涉及其他病因导致的ARDS | 评估预处理MSCs对ARDS的治疗效果及其作用机制 | 间充质干细胞、T细胞、巨噬细胞、LPS诱导的ARDS小鼠模型 | 细胞治疗 | 急性呼吸窘迫综合征 | 混合淋巴细胞反应、共培养实验、RNA测序、空间转录组学 | NA | 基因表达数据、空间转录组数据 | LPS诱导的ARDS小鼠模型 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 640 | 2025-10-07 |
Modeling epilepsy by loss-of-function of the CUG-binding protein Elav-like family member 2 in zebrafish with multi-omics analysis
2025-Mar-11, Chinese medical journal
IF:7.5Q1
DOI:10.1097/CM9.0000000000003398
PMID:40066778
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研究论文 | 通过斑马鱼模型和多组学分析研究CELF2基因功能缺失与癫痫的关联机制 | 首次建立CELF2基因敲除/敲低的斑马鱼癫痫模型,并结合单细胞测序、蛋白质组学和代谢组学多维度解析致病机制 | 研究主要基于斑马鱼模型,人类临床样本数量有限 | 探究CELF2基因突变在癫痫发病中的致病机制 | 斑马鱼模型和一名婴儿癫痫痉挛综合征患者 | 多组学分析 | 癫痫 | 全外显子组测序, CRISPR/Cas9, 单细胞测序, 蛋白质组学, 代谢组学 | 斑马鱼基因敲除模型 | 基因组数据, 行为数据, 电生理数据, 蛋白质组数据, 代谢组数据 | 1名患者+斑马鱼模型群体 | NA | 单细胞测序, 全外显子组测序 | NA | NA |