单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
621	2025-03-25	Immunosuppressive JAG2+ tumor-associated neutrophils hamper PD-1 blockade response in ovarian cancer by mediating the differentiation of effector regulatory T cells 2025-Mar-22, Cancer communications (London, England) DOI:10.1002/cac2.70021 PMID:40120139	research paper	该研究揭示了JAG2+肿瘤相关中性粒细胞（TANs）在高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）中通过介导效应调节性T细胞（eTregs）的分化来阻碍PD-1阻断反应的机制	首次阐明了JAG2+ TANs通过Notch信号通路促进eTregs分化，从而导致免疫逃避和抗PD-1治疗抵抗的具体机制	研究主要基于HGSOC样本，其他类型卵巢癌或实体瘤的适用性需要进一步验证	阐明JAG2+ TANs在HGSOC肿瘤免疫抑制微环境中的作用机制	高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）患者样本和肿瘤相关中性粒细胞	肿瘤免疫学	卵巢癌	多重免疫组化、流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、体外共培养系统、肿瘤移植小鼠模型	患者来源肿瘤类器官（PDTOs）模型和异种移植模型	临床样本数据、单细胞转录组数据、流式细胞数据	304例HGSOC样本（274例构成两个独立队列，30例用于建立PDTOs）
622	2025-03-25	SENSITIVITY BASED MODEL AGNOSTIC SCALABLE EXPLANATIONS OF DEEP LEARNING 2025-Mar-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.21.639516 PMID:40093081	research paper	本文介绍了一种名为SensX的模型无关可解释AI框架，用于解释深度学习模型的内部机制	SensX在准确性和计算时间上优于当前最先进的XAI方法，并能扩展到解释具有超过150,000个特征的视觉变换器模型	NA	开发一种可扩展的模型无关解释方法，以揭示深度学习模型从数据中学到的机制关系	深度学习模型（特别是视觉变换器模型和用于单细胞RNA-seq数据注释的DNNs）	machine learning	NA	single-cell RNA-seq	DNNs, ViT	gene expression data, facial images	NA
623	2025-03-25	Analysis of Head and Neck Cancer scRNA-seq Data Identified PRDM6 Promotes Tumor Progression by Modulating Immune Gene Expression 2025-Mar-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.04.641548 PMID:40093183	研究论文	通过分析头颈癌单细胞RNA测序数据，发现PRDM6通过调节免疫基因表达促进肿瘤进展	首次揭示了PRDM6在促进肿瘤细胞增殖中的新作用，并发现HPV病毒致癌蛋白上调PRDM6表达	研究样本量有限，未进行大规模临床验证	探索头颈鳞状细胞癌中免疫应答基因的调控机制及其在肿瘤进展中的作用	头颈鳞状细胞癌患者样本	生物信息学	头颈癌	scRNA-seq	IRIS3	单细胞RNA测序数据	NA
624	2025-03-25	Systematic evaluation of single-cell multimodal data integration for comprehensive human reference atlas 2025-Mar-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.06.637075 PMID:40093094	research paper	本文系统评估了单细胞多模态数据整合方法，用于构建全面的人类参考图谱	开发了可解释的机器学习工具scOMM，并系统评估了整合策略，提高了细胞类型识别和分辨率	研究主要关注肾脏皮层，可能不适用于所有复杂组织	评估单细胞多模态数据整合方法在构建人类参考图谱中的应用	119,744个高质量核/细胞，来自19名捐赠者的肾脏皮层	single-cell analysis	NA	scRNA-seq, snRNA-seq, snATAC-seq	interpretable machine learning (scOMM)	single-cell multimodal data	119,744个高质量核/细胞，来自19名捐赠者
625	2025-03-25	Efficient count-based models improve power and robustness for large-scale single-cell eQTL mapping 2025-Mar-05, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2025.01.18.25320755 PMID:40093202	research paper	提出了一种名为jaxQTL的高效单细胞eQTL映射框架，用于分析大规模单细胞转录组数据	jaxQTL使用高效的基于计数的模型，能够识别低表达eGenes，并提高了对远端eQTLs的检测能力	虽然jaxQTL提高了eQTL的检测能力，但尚未完全解决GWAS与eQTLs之间的缺失联系	开发一种高效的单细胞eQTL映射方法，以识别疾病相关的eQTLs	单细胞转录组数据中的eQTLs	生物信息学	类风湿性关节炎	scRNA-seq	负二项模型	单细胞转录组数据	982个样本
626	2025-03-25	Asymmetric Histone Inheritance Regulates Differential Transcription Re-initiation and Cell Fate Decisions in Mouse Olfactory Horizontal Basal Cells 2025-Mar-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.02.641101 PMID:40093102	研究论文	本研究探讨了小鼠嗅觉上皮中细胞分裂模式和组蛋白遗传模式，揭示了不对称组蛋白遗传在成年干细胞谱系中的生物学意义	首次在哺乳动物成年干细胞谱系中发现不对称组蛋白遗传现象，并阐明其与组织再生和动物行为的关联	研究仅聚焦于小鼠嗅觉水平基底细胞，其他干细胞系统的适用性尚待验证	探索哺乳动物中表观遗传的机制及其在细胞命运决定中的作用	小鼠嗅觉上皮的水平基底细胞(HBCs)	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠嗅觉上皮组织
627	2025-03-24	DARLIN mouse for in vivo lineage tracing at high efficiency and clonal diversity 2025-Mar-21, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-025-01141-z PMID:40119004	研究论文	本文介绍了一种名为DARLIN的小鼠模型，用于在体内进行高效且具有克隆多样性的谱系追踪	DARLIN模型通过结合Cas9和末端脱氧核苷酸转移酶（TdT）来提高每个条形码阵列的编辑多样性，理论上可生成10个不同的谱系条形码，并在单细胞分析中恢复超过70%细胞的谱系条形码	需要熟悉测序文库生成和Linux操作，实验数据收集需要约1周时间，计算分析需要约1天时间	研究细胞在组织发育和稳态过程中的历史和动态	小鼠模型	生物信息学	NA	Cas9和末端脱氧核苷酸转移酶（TdT）	DARLIN小鼠模型	测序数据	NA
628	2025-03-23	Bioinformatic analysis of serpina1 expression in papillary thyroid carcinoma and its potential association with Hashimoto's thyroiditis 2025-Mar-19, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02079-0 PMID:40106166	研究论文	本文通过生物信息学分析探讨了SERPINA1在甲状腺乳头状癌（PTC）中的表达及其与桥本甲状腺炎（HT）的潜在关联	首次结合单细胞转录组数据和细胞间相互作用分析，揭示了SERPINA1在PTC和HT中的复杂作用机制	研究结果需要进一步实验验证，且样本来源局限于TCGA和GEO数据库	探讨SERPINA1基因在PTC中的作用及其与HT的关系	甲状腺乳头状癌（PTC）患者和桥本甲状腺炎（HT）患者	生物信息学	甲状腺癌	转录组数据分析、单细胞转录组分析、CIBERSORT工具、GSVA分析、CellChat分析	NA	转录组数据、单细胞转录组数据	来自TCGA和GEO数据库的PTC患者数据
629	2025-03-23	Embracing the heterogeneity of neural stem cells in the subventricular zone 2025-Mar-12, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102452 PMID:40118056	研究论文	本文通过整合六个已发表的单细胞RNA测序数据集，探讨了不同方法在识别小鼠脑室下区神经干细胞（NSCs）时的选择性差异	首次比较了不同NSC标记物在识别特定NSC状态时的选择性，并提供了一个优化NSC状态富集方法的框架	研究仅基于小鼠模型，未涉及人类数据，且未验证所有可能的NSC标记物	探讨不同方法在识别脑室下区神经干细胞时的选择性差异，并优化NSC状态富集方法	小鼠脑室下区的神经干细胞	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	六个已发表的小鼠脑室下区单细胞RNA测序数据集
630	2025-03-23	SAMD4A inhibits abdominal aortic aneurysm development and VSMC phenotypic transformation through targeting KDM2B 2025-Mar-11, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.03.018 PMID:40081568	研究论文	本文研究了RNA结合蛋白SAMD4A在抑制血管平滑肌细胞（VSMC）表型转化和腹主动脉瘤（AAA）形成中的作用	首次揭示了SAMD4A通过靶向KDM2B抑制AAA发展和VSMC表型转化的机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	确定SAMD4A是否抑制VSMC表型转化并抑制AAA形成	血管平滑肌细胞（VSMC）和腹主动脉瘤（AAA）	分子生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RNA免疫沉淀（RIP）测序、染色质免疫沉淀（ChIP）-qPCR	小鼠AAA模型	RNA测序数据	小鼠模型
631	2025-03-23	Disturbed Flow Induces Reprogramming of Endothelial Cells to Immune-like and Foam Cells under Hypercholesterolemia during Atherogenesis 2025-Mar-07, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4397799/v1 PMID:40092444	研究论文	本研究探讨了在动脉粥样硬化形成过程中，紊乱血流（d-flow）和高胆固醇血症如何共同诱导内皮细胞重编程为免疫样细胞和泡沫细胞	首次验证了紊乱血流和高胆固醇血症共同作用下的内皮细胞重编程假说，并发现了内皮细胞向免疫样细胞（EndIT）和泡沫细胞（EndFT）的转变	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中完全验证	研究紊乱血流和高胆固醇血症在动脉粥样硬化形成中的作用机制	小鼠内皮细胞	生物医学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），免疫组织化学染色	小鼠模型	单细胞RNA测序数据，免疫组织化学数据	95只小鼠，98,553个单细胞
632	2025-03-23	Single-Cell Landscape of Bronchoalveolar Lavage Fluid Identifies Specific Neutrophils during Septic Immunosuppression 2025-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202406218 PMID:39887584	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了脓毒症患者支气管肺泡灌洗液中的免疫细胞景观，揭示了中性粒细胞驱动的肺部免疫抑制程序	首次在脓毒症免疫抑制阶段的中性粒细胞中发现了CXCR2和CD274IL1RN亚群的显著增加，并揭示了从CXCR2到CD274IL1RN中性粒细胞亚群的发展轨迹	研究主要基于支气管肺泡灌洗液的样本，可能无法全面反映全身免疫状态	探索脓毒症免疫抑制阶段的肺部免疫细胞变化及其潜在治疗靶点	脓毒症患者的支气管肺泡灌洗液中的免疫细胞	数字病理学	脓毒症	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	脓毒症患者的支气管肺泡灌洗液样本
633	2025-03-23	Lepidopteran scale cells derive from sensory organ precursors through a canonical lineage 2025-Mar-01, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.204501 PMID:40052482	研究论文	本文通过发育和转录组学证据，揭示了鳞翅目昆虫鳞片的分化源自感觉器官前体细胞（SOP）	首次通过活体成像和单核RNA测序技术，揭示了鳞翅目昆虫鳞片分化的细胞谱系和基因表达模式，并发现了一个新的转录因子pdm3在鳞片分化中的作用	研究主要基于鳞翅目昆虫的早期蛹期翅膀，可能无法完全代表其他发育阶段或物种的鳞片分化机制	探索鳞翅目昆虫鳞片的起源和分化机制	鳞翅目昆虫的鳞片和感觉器官前体细胞（SOP）	发育生物学	NA	活体成像、单核RNA测序	NA	基因表达数据、影像数据	早期蛹期翅膀的细胞样本
634	2025-03-22	Screening Therapeutic Core Genes in Sepsis Using Network Pharmacology and Single-Cell RNA Sequencing 2025-Mar-20, Biochemical genetics IF:2.1Q3 DOI:10.1007/s10528-025-11075-6 PMID:40113718	研究论文	本研究采用网络药理学和单细胞RNA测序技术，筛选脓毒症中的核心治疗基因，并探讨金银花的潜在治疗机制	结合网络药理学和单细胞RNA测序技术，首次系统性地筛选并验证了脓毒症中的核心治疗基因及其与金银花成分的潜在相互作用	研究结果需要进一步的实验验证，特别是金银花成分与核心基因的具体作用机制尚未明确	阐明金银花在脓毒症中的潜在治疗机制，并筛选核心治疗基因	脓毒症患者和健康对照者的血液样本	生物信息学	脓毒症	RNA测序、单细胞RNA测序、网络药理学	NA	RNA测序数据	22名脓毒症患者和10名健康对照者
635	2025-03-22	The Role of Coagulation-Related Genes in Glioblastoma: A Comprehensive Analysis of the Tumor Microenvironment, Prognosis, and Treatment 2025-Mar-20, Biochemical genetics IF:2.1Q3 DOI:10.1007/s10528-025-11086-3 PMID:40113719	研究论文	本研究全面分析了凝血相关基因在胶质母细胞瘤（GBM）中的作用，包括肿瘤微环境、预后和治疗反应	首次从肿瘤微环境、凝血功能差异、治疗和预后等多个角度全面探讨了凝血相关基因在GBM中的作用，并构建了基于五个CRGs的风险特征模型	研究主要依赖于公开数据集和体外实验，缺乏大规模的临床验证	探讨凝血相关基因在GBM中的作用及其对预后和治疗的影响	胶质母细胞瘤（GBM）患者及其肿瘤微环境	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、免疫组化、CCK8实验、伤口愈合实验、克隆形成实验	LASSO回归、随机生存森林分析	SNP、拷贝数变异数据、单细胞RNA测序数据	461例GBM患者（TCGA队列）和CGGA693队列
636	2025-03-22	Downregulated STAT3 and STAT5B are prognostic biomarkers for colorectal cancer and are associated with immune infiltration 2025-Mar-18, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02085-2 PMID:40100436	研究论文	本研究探讨了STAT家族在结直肠癌中的表达、预后价值及免疫功能，发现STAT3和STAT5B在结直肠癌中显著下调，并与较好的预后相关	首次系统地评估了STAT家族在结直肠癌中的表达水平和预后价值，并探索了其与免疫功能和免疫浸润水平的关系	研究主要依赖于公共数据库和有限的临床样本，可能影响结果的普遍性	研究STAT家族在结直肠癌中的表达、预后价值及免疫功能	结直肠癌样本	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序、空间转录组学技术	NA	基因表达数据、临床数据	TCGA数据库644样本、GTEx数据库308样本、中国临床样本30样本
637	2025-03-21	Islet single-cell transcriptomic profiling during obesity-induced beta cell expansion in female mice 2025-Mar-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112031 PMID:40104055	研究论文	本文通过单细胞转录组学技术研究了肥胖诱导的雌性小鼠胰岛β细胞扩增过程中的分子机制	揭示了Xbp1和Myc在缓解未折叠蛋白反应（UPR）和刺激β细胞增殖中的协调转录机制	研究仅限于雌性小鼠，未涉及雄性小鼠或其他物种	探索肥胖诱导的β细胞增殖的分子机制，以寻找新的治疗靶点	雌性小鼠的胰岛β细胞	单细胞转录组学	糖尿病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	雌性KO小鼠的胰岛β细胞
638	2025-03-21	De novo TANC2 variants caused developmental and epileptic encephalopathy and epilepsy 2025-Mar-20, Epilepsia IF:6.6Q1 DOI:10.1111/epi.18358 PMID:40110879	研究论文	本研究探讨了TANC2基因与癫痫的关联及其表型变异的机制	首次将TANC2基因与癫痫和发育性癫痫性脑病（DEE）关联起来，并通过果蝇模型和单细胞RNA测序验证了其功能	样本量较小，仅包括六例不相关的病例	探索TANC2基因与癫痫的关联及其表型变异的机制	癫痫患者和果蝇模型	遗传学	癫痫	外显子测序、单细胞RNA测序	果蝇模型	基因序列数据、RNA表达数据	六例不相关的癫痫患者
639	2025-03-21	NKG2D-mediated cytotoxicity of CD4 cytotoxic T cells in multiple myeloma 2025-Mar-19, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024025875 PMID:40106762	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和T细胞受体测序，研究了多发性骨髓瘤患者骨髓中CD4+ T细胞的细胞毒性作用及其与NKG2D的关系	发现了CD4+细胞毒性T淋巴细胞（CTLs）在多发性骨髓瘤患者中的显著增加和克隆扩展，并揭示了其通过NKG2D介导的细胞毒性作用	研究局限于多发性骨髓瘤患者，未涉及其他类型的癌症	探讨CD4+ T细胞在多发性骨髓瘤中的抗肿瘤免疫作用	多发性骨髓瘤患者的骨髓CD4+ T细胞	免疫学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序，T细胞受体测序	NA	RNA序列数据	多发性骨髓瘤患者骨髓样本
640	2025-03-21	Independent signaling pathways provide a fail-safe mechanism to prevent tumorigenesis 2025-Mar-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.28.640798 PMID:40093137	研究论文	本文通过单细胞转录组学研究了促增殖信号对上皮细胞稳态的影响，揭示了EGFR-Ras和Hh信号通路在肿瘤发生中的独立作用	揭示了非相互作用的信号通路在转录水平上如何汇聚以防止恶性细胞行为的新机制	研究主要基于果蝇滤泡细胞系，可能需要在哺乳动物系统中进一步验证	研究促增殖信号对上皮细胞稳态的影响及其在肿瘤发生中的作用	果蝇滤泡细胞系	分子生物学	肿瘤	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA