单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 750 篇文献，本页显示第 601 - 620 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 601 | 2025-03-29 |
K-Volume Clustering Algorithms for scRNA-Seq Data Analysis
2025-Mar-11, Biology
DOI:10.3390/biology14030283
PMID:40136539
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研究论文 | 本文提出了一种名为K-Volume的新型聚类算法，用于分析单细胞RNA测序数据 | 该算法使用由簇内点定义的总凸体积作为生物学相关且几何可解释的标准，同时通过非线性优化优化层次结构和每层的簇数 | NA | 解决计算生物学中高维和结构化数据聚类的关键挑战 | 单细胞和多组学数据集 | 计算生物学 | NA | scRNA-Seq | K-Volume聚类算法 | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 602 | 2025-03-29 |
Burn-Related Glycocalyx Derangement and the Emerging Role of MMP8 in Syndecan Shedding
2025-Mar-06, Biology
DOI:10.3390/biology14030269
PMID:40136525
|
research paper | 该研究探讨了烧伤后糖萼紊乱及MMP8在糖萼脱落中的新作用 | 首次提出MMP8在烧伤后糖萼脱落和肺损伤中的关键作用 | 样本量较小（28例患者），且为观察性研究 | 揭示烧伤后糖萼紊乱的分子机制及潜在治疗靶点 | 烧伤患者血清及体外肺组织模型 | 分子病理学 | 烧伤 | scRNA-seq, 微阵列转录组分析 | 体外肺组织模型 | 转录组数据, 血清蛋白数据 | 28例烧伤患者 |
| 603 | 2025-03-28 |
CellPhoneDB v5: inferring cell-cell communication from single-cell multiomics data
2025-Mar-25, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-024-01137-1
PMID:40133495
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研究论文 | 本文介绍了CellPhoneDB v5，一个用于从单细胞多组学数据推断细胞间通讯的生物信息学工具包 | 增加了约1000种非肽配体介导的相互作用，提供了新的查询方式，整合了空间转录组学和染色质可及性数据的新策略，并引入了交互式可视化模块CellPhoneDBViz | 需要基本的Python知识，且协议执行时间约为15分钟 | 提高细胞间通讯推断的精确度，为生理微环境中的组织生物学提供新见解 | 单细胞多组学数据中的细胞间通讯 | 生物信息学 | NA | 单细胞基因组学技术、空间转录组学技术、染色质可及性测定 | NA | 单细胞多组学数据 | NA |
| 604 | 2025-03-28 |
RBAD: the first database dedicated alterations of blood RNA in individuals with Alzheimer's disease and their clinical relevance
2025-Mar-25, Neural regeneration research
IF:5.9Q1
DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-01165
PMID:40145964
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research paper | 该研究开发了一个基于1468个血液样本的RNA数据库RBAD，专注于阿尔茨海默病患者血液RNA变化及其临床相关性 | 首次建立了专注于阿尔茨海默病血液RNA变化的网络分析平台RBAD，并发现了与患者生存率和认知衰退相关的RNA标志物 | 研究主要基于已有数据集，缺乏前瞻性临床验证 | 探索阿尔茨海默病患者血液RNA变化及其临床意义 | 阿尔茨海默病患者的血液RNA特征 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | RNA-seq, microRNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | RNA测序数据 | 1468个血液样本（包含人类和小鼠研究数据） |
| 605 | 2025-03-28 |
Single-cell RNA sequencing of the post-spinal cord injury dorsal root ganglia in cynomolgus monkeys: elucidation of the cellular immune microenvironment of the central nervous system
2025-Mar-25, Neural regeneration research
IF:5.9Q1
DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-00974
PMID:40145972
|
research paper | 该研究通过单细胞RNA测序技术，分析了脊髓损伤后食蟹猴背根神经节中的免疫细胞微环境变化及其对轴突再生的影响 | 首次在食蟹猴模型中全面解析脊髓损伤后背根神经节的转录组特征，并揭示了巨噬细胞亚群在免疫微环境中的关键作用 | 研究仅基于食蟹猴模型，结果向人类临床应用的转化需要进一步验证 | 阐明脊髓损伤后背根神经节免疫微环境的细胞组成及其功能机制 | 食蟹猴中胸段挫伤模型的背根神经节和脊髓细胞 | digital pathology | spinal cord injury | single-cell RNA sequencing | NA | RNA-seq数据 | 食蟹猴中胸段挫伤模型的背根神经节和脊髓组织样本 |
| 606 | 2025-03-27 |
Checkpoint kinase 1 in colorectal cancer: Upregulation of expression and promotion of cell proliferation
2025-Mar-24, World journal of clinical oncology
IF:2.6Q3
DOI:10.5306/wjco.v16.i3.101725
PMID:40130044
|
研究论文 | 本研究探讨了检查点激酶1（CHEK1）在结直肠癌（CRC）中的表达及其对癌细胞增殖的促进作用 | 首次通过单细胞RNA测序和组织微阵列数据全面分析CHEK1在CRC中的表达和功能，并探索其作为治疗靶点的潜力 | 数据集多样性有限，需要进一步研究其具体机制 | 研究CHEK1在CRC中的表达和功能，探索其作为新型治疗靶点的潜力 | 结直肠癌细胞和组织 | 癌症研究 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序、免疫组织化学、分子对接、CRISPR敲除实验 | NA | RNA测序数据、组织微阵列数据、公共数据库mRNA表达数据 | GSE144735数据集中的CRC细胞及多个公共数据库中的mRNA表达数据 |
| 607 | 2025-03-27 |
Bulk and single-cell RNA sequencing reveal the roles of neutrophils in pediatric Crohn's disease
2025-Mar-22, Pediatric research
IF:3.1Q1
DOI:10.1038/s41390-025-03961-x
PMID:40121337
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research paper | 本研究通过单细胞和批量RNA测序技术，探索了中性粒细胞在儿童克罗恩病中的作用及其潜在生物标志物和治疗靶点 | 揭示了中性粒细胞在克罗恩病中的数量和功能状态变化，及其与其他细胞类型的增强相互作用，提出了中性粒细胞作为治疗靶点的潜力 | 研究样本仅限于回肠和结肠活检样本，可能无法全面反映克罗恩病的整体情况 | 探索克罗恩病的分子机制、细胞类型及其潜在生物标志物和治疗靶点 | 儿童克罗恩病患者的中性粒细胞 | digital pathology | Crohn's disease | single-cell RNA sequencing, bulk RNA sequencing | NA | RNA sequencing data | 回肠和结肠活检样本 |
| 608 | 2025-03-27 |
Mapping Gene Expression in Whole Larval Brains of Bicyclus anynana Butterflies
2025-Mar-13, Methods and protocols
IF:2.3Q3
DOI:10.3390/mps8020031
PMID:40126249
|
研究论文 | 优化了杂交链反应3.0（HCR v3.0）协议，以可视化非洲蝴蝶幼虫大脑中多个RNA分子的表达 | 优化了聚丙烯酰胺凝胶固定、固定和样品渗透步骤，并在单细胞分辨率下绘制了十个基因在幼虫全脑组织中的表达域 | 未提及具体局限性 | 研究蝴蝶幼虫大脑在分子水平上的行为变化 | 非洲蝴蝶（Bicyclus anynana）的幼虫大脑 | 分子生物学 | NA | 杂交链反应3.0（HCR v3.0） | NA | RNA分子表达数据 | 未提及具体样本数量 |
| 609 | 2025-03-27 |
Single-Cell Transcriptomic Approaches for Decoding Non-Coding RNA Mechanisms in Colorectal Cancer
2025-Mar-10, Non-coding RNA
IF:3.6Q2
DOI:10.3390/ncrna11020024
PMID:40126348
|
综述 | 本文综述了单细胞转录组学方法在解码结直肠癌中非编码RNA机制方面的最新进展 | 强调了单细胞生物信息学方法在非编码RNA分析中的应用，包括序列和结构基础的方法、机器学习应用以及多组学数据整合 | 未提及具体的研究局限性 | 综述单细胞生物信息学在结直肠癌非编码RNA研究中的现状并展望未来方向 | 结直肠癌中的非编码RNA | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 机器学习 | 转录组数据 | NA |
| 610 | 2025-03-27 |
Spatially Resolved Single-Cell Transcriptome Analysis of Mycosis Fungoides Reveals Distinct Biomarkers GNLY and FYB1 Compared With Psoriasis and Chronic Spongiotic Dermatitis
2025-Mar, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.modpat.2024.100681
PMID:39675427
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research paper | 通过空间分辨单细胞转录组分析，研究蕈样肉芽肿（MF）与银屑病及慢性海绵性皮炎的差异生物标志物GNLY和FYB1 | 首次利用空间分辨单细胞转录组技术鉴定出GNLY和FYB1作为区分MF与银屑病及慢性海绵性皮炎的特异性生物标志物 | 样本量相对有限（150例患者），且免疫组化验证的敏感性和特异性仍有提升空间 | 探索区分蕈样肉芽肿与炎症性皮肤病的诊断标志物 | 蕈样肉芽肿、银屑病和慢性海绵性皮炎患者的表皮内T细胞 | digital pathology | skin disease | spatially resolved single-cell transcriptome analysis, immunohistochemistry | NA | transcriptomic data, immunohistochemical data | 150例患者（56例MF，48例银屑病，46例慢性湿疹） |
| 611 | 2024-11-07 |
Metabolic reprogramming landscape of pan-cancer by single-cell transcriptome data integration
2025-Mar-30, Science bulletin
IF:18.8Q1
DOI:10.1016/j.scib.2024.10.026
PMID:39500689
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 612 | 2025-03-26 |
SOX2 commands LIM homeobox transcription factors in choroid plexus development and tumorigenesis
2025-Mar-25, Neuro-oncology
IF:16.4Q1
DOI:10.1093/neuonc/noaf085
PMID:40128799
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研究论文 | 本研究探讨了转录因子SOX2在脉络丛发育和肿瘤形成中的作用 | 揭示了SOX2通过调控LMX1A和LMX1B的表达维持祖细胞特性，在脉络丛肿瘤形成中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限 | 探索脉络丛肿瘤的分子机制和潜在治疗靶点 | 脉络丛肿瘤（包括CPP和CPC） | 肿瘤生物学 | 脑肿瘤 | 单细胞转录组学、表观遗传学、空间转录组学 | 小鼠模型 | 基因组数据、转录组数据 | 未明确提及具体样本数量，包括小鼠模型和人类肿瘤样本 |
| 613 | 2025-03-26 |
Dissecting endothelial cell heterogeneity with new tools
2025-Mar-23, Cell regeneration (London, England)
DOI:10.1186/s13619-025-00223-3
PMID:40121354
|
综述 | 本文综述了当前对内皮细胞异质性的理解，包括器官内和器官间的异质性，并探讨了新技术如单细胞RNA测序和血管类器官在研究中的应用 | 整合单细胞RNA测序与高通量测序技术，探索内皮细胞异质性在表观遗传水平和空间分辨背景下的表现，以及利用血管类器官研究人类内皮细胞异质性 | 未提及具体实验数据或样本量的限制 | 深入理解内皮细胞异质性及其对人类血管疾病的影响 | 血管内皮细胞 | 生物医学 | 血管疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 高通量测序, 血管类器官 | NA | 转录组数据 | NA |
| 614 | 2025-03-26 |
Protocol for directly selecting cell type marker genes for single-cell clustering analyses by Festem
2025-Mar-21, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.103514
PMID:39700012
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研究论文 | 介绍了一种名为Festem的协议，用于直接选择细胞类型标记基因以进行单细胞RNA测序数据的聚类分析 | Festem方法通过期望最大化测试直接选择细胞类型标记基因，简化了下游单细胞RNA测序数据的聚类过程 | NA | 优化单细胞RNA测序数据的聚类分析 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型标记基因 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | Festem | 基因表达数据 | NA |
| 615 | 2025-03-26 |
Protocol for high-resolution 3D spatial transcriptomics using Open-ST
2025-Mar-21, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.103521
PMID:39708325
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研究论文 | 介绍了一种使用Open-ST进行高效高分辨率2D/3D空间转录组学的实验方案 | 将Illumina流动池重新利用为空间条形码捕获区域，并详细描述了生成与组织学数据对齐的2D/3D分子图谱的计算工作流程 | 未提及具体的实验样本数量或验证结果 | 开发一种高效高分辨率的空间转录组学方法，以揭示健康和疾病中的分子机制 | 任何组织，包括临床样本 | 空间转录组学 | NA | Open-ST, Illumina流动池重新利用 | NA | 分子图谱, 组织学数据 | NA |
| 616 | 2025-03-26 |
Protocol to boost the robustness and accuracy of spatial transcriptomics algorithms using ensemble techniques
2025-Mar-21, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.103608
PMID:39879360
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研究论文 | 提出了一种使用加权集成方法（WEST）增强空间转录组学算法稳健性和准确性的协议 | 使用集成技术提升现有算法的稳健性和准确性，通过相似性矩阵识别空间域并获得新的嵌入 | 未提及具体实验验证结果或与其他方法的比较 | 提升空间转录组学算法的稳健性和准确性 | 空间转录组学数据 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 加权集成方法（WEST） | 基因表达数据 | NA |
| 617 | 2025-03-25 |
Time, the final frontier
2025-Mar-24, Molecular oncology
IF:5.0Q1
DOI:10.1002/1878-0261.70025
PMID:40126098
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研究论文 | 本文主张将时间动态整合到癌症研究中，强调从传统的终点实验向数据驱动的连续方法的根本转变 | 提出将时间动态整合到癌症研究中，开发先进的活体成像技术、创新的时间组学方法和新型计算工具 | 未提及具体的技术实施细节或实验验证结果 | 探索肿瘤的时间动态变化，以更全面地理解肿瘤的异质性和进化 | 肿瘤及其微环境 | 数字病理学 | 癌症 | 活体成像技术、时间组学方法 | NA | 时间序列数据 | NA |
| 618 | 2025-03-25 |
eNAMPT Is a Novel DAMP and Therapeutic Target in Human and Murine Pulmonary Fibrosis
2025-Mar-24, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2024-0342OC
PMID:40126452
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research paper | 该研究探讨了eNAMPT作为人类和临床前IPF治疗靶点的潜力，并评估了ALT-100单克隆抗体的治疗效果 | 首次将eNAMPT鉴定为肺纤维化的新型DAMP和治疗靶点，并展示了ALT-100单抗的治疗潜力 | 研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，需要更大规模的临床试验验证 | 探索eNAMPT在肺纤维化中的作用并评估其作为治疗靶点的潜力 | IPF患者和小鼠模型 | NA | 肺纤维化 | bulk和单细胞RNA测序 | NA | 血液、PBMCs、肺组织样本 | IPF患者样本和C57Bl6小鼠模型 |
| 619 | 2025-03-25 |
Endothelial-like cancer-associated fibroblasts facilitate pancreatic cancer metastasis via vasculogenic mimicry and paracrine signalling
2025-Mar-23, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2024-333638
PMID:40122596
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research paper | 该研究识别了一种新型的前肿瘤性癌症相关成纤维细胞(CAF)亚型，该亚型通过血管生成拟态和旁分泌信号促进胰腺癌转移 | 发现FAPα+CD144+内皮样CAFs(endoCAFs)并通过CD144-β-catenin-STAT3信号轴阐明其促进转移的机制，开发了靶向siRNA递送纳米系统 | 未明确说明样本量大小，且机制研究主要在动物模型中进行 | 鉴定胰腺导管腺癌(PDAC)中具有血管生成拟态功能的新型CAF亚型并探索其促转移机制 | 胰腺导管腺癌(PDAC)微环境中的FAPα+CD144+内皮样CAFs | 肿瘤微环境 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序、mIHC、细胞因子阵列分析、RNA测序、IP-质谱、ChIP和荧光素酶分析 | KPC小鼠模型(LSL-KrasG12D/+, LSL-Trp53R172H/+和Pdx1-Cre) | 基因表达数据、蛋白质数据 | NA |
| 620 | 2025-03-25 |
Mapping molecular landscapes in triple-negative breast cancer: insights from spatial transcriptomics
2025-Mar-22, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology
DOI:10.1007/s00210-025-04057-3
PMID:40119898
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review | 本文综述了空间转录组学在三阴性乳腺癌肿瘤微环境研究中的应用及其在精准医学中的潜力 | 利用空间转录组学技术揭示三阴性乳腺癌的肿瘤微环境异质性，识别空间生物标志物，并预测免疫治疗反应 | 需要进一步发展空间转录组学技术、计算工具和多中心合作以促进其临床应用 | 探讨空间转录组学在三阴性乳腺癌研究中的应用及其对精准医学的贡献 | 三阴性乳腺癌的肿瘤微环境 | digital pathology | breast cancer | spatial transcriptomics | AI-based spatial analysis | transcriptomic data | NA |