单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-06-04	Integrated analyses uncover new features of atypical memory B cells and novel targets for intervention 2025-03, Immunobiology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.imbio.2025.152877 PMID:39938454	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和免疫表型分析，揭示了非典型记忆B细胞（AMB）的转录组特征、免疫表型及其在系统性风湿性疾病中的潜在作用	首次全面描述了AMB的转录组特征和免疫表型，并发现其在系统性红斑狼疮、类风湿性关节炎和干燥综合征患者中的扩增现象	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步实验验证AMB在疾病中的具体作用机制	探究非典型记忆B细胞的免疫特征及其在系统性风湿性疾病中的致病作用	非典型记忆B细胞（AMB）及其在系统性红斑狼疮、类风湿性关节炎和干燥综合征患者中的表现	免疫学	系统性红斑狼疮, 类风湿性关节炎, 干燥综合征	单细胞RNA测序（scRNA-seq）, 生物信息学分析, CyTOF免疫表型分析	NA	转录组数据, 免疫表型数据	未明确说明样本数量，但涉及系统性红斑狼疮、类风湿性关节炎和干燥综合征患者的血液和组织样本
42	2025-06-04	Lymphocyte Subpopulations in the Healthy Human Lacrimal Gland and Their Variations With Age and Sex, Systematic Review 1960-2023 2025-Mar, Immunity, inflammation and disease DOI:10.1002/iid3.70167 PMID:40105662	系统性综述	本文通过系统性综述和荟萃分析，探讨了健康人类泪腺中淋巴细胞亚群及其随年龄和性别变化的规律	首次系统性地总结了1960-2023年间关于健康人类泪腺淋巴细胞亚群的研究，并进行了年龄分组的荟萃分析	研究中40岁以下个体和女性样本代表性不足，各研究对淋巴细胞浸润的量化标准存在较大差异	明确人类泪腺中主要淋巴细胞亚群及其随年龄和性别的变化规律	774名健康个体（其中722具尸体）的泪腺组织	免疫学	NA	苏木精-伊红染色、免疫组织化学、免疫荧光	NA	组织学数据	774名健康个体（722具尸体样本）
43	2025-06-03	Follicular cytotoxic T cells is dysfunctional in chronic hepatitis B patients with non-alcoholic fatty liver disease 2025-03, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2024.167646 PMID:39743024	研究论文	探讨慢性乙型肝炎(CHB)合并非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)患者中滤泡毒性T细胞(Tfc)的异质性及其功能失调	首次揭示了CHB合并NAFLD患者中Tfc细胞的记忆特性和功能受损，并提出通过维持氧化还原平衡增强Tfc效应记忆细胞特性的创新治疗策略	样本量相对较小(32名健康对照、36名CHB患者和19名CHB+NAFLD患者)，且为横断面研究	探索CHB合并NAFLD患者中Tfc细胞的异质性及其功能状态	慢性乙型肝炎患者、非酒精性脂肪性肝病患者及其Tfc细胞	免疫学	慢性乙型肝炎、非酒精性脂肪性肝病	多色流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	流式细胞数据、单细胞RNA测序数据	87人(32名健康对照、36名CHB患者和19名CHB+NAFLD患者)
44	2025-06-01	LINC02363: a potential biomarker for early diagnosis and treatment of sepsis 2025-Mar-15, BMC immunology IF:2.9Q3 DOI:10.1186/s12865-025-00702-x PMID:40089725	研究论文	本研究通过转录组数据分析，识别出与脓毒症相关的关键基因LINC02363，并验证其作为脓毒症诊断和治疗新生物标志物的潜力	首次发现LINC02363作为脓毒症潜在生物标志物，并通过多组学分析验证其功能	样本来源单一（仅来自CNGBdb），需要更大规模临床验证	寻找脓毒症早期诊断和治疗的新型生物标志物	脓毒症患者转录组数据	生物信息学	脓毒症	转录组测序，WGCNA，单细胞测序，qPCR	NA	基因表达数据	包含2348个LncRNAs和5125个mRNAs的转录组数据集
45	2025-06-01	Integrating Metabolic RNA Labeling-Based Time-Resolved Single-Cell RNA Sequencing with Spatial Transcriptomics for Spatiotemporal Transcriptomic Analysis 2025-03, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202401297 PMID:39390840	研究论文	该论文提出了一种整合代谢RNA标记的时间分辨单细胞RNA测序与空间转录组学的新方法，用于时空转录组分析	首次将时间分辨scRNA-seq与空间转录组学整合，用于胶质母细胞瘤的时空转录组分析，揭示了EZH2介导的间质转化途径及肿瘤微环境中的细胞间通讯机制	NA	开发一种新的时空转录组分析方法，以揭示基因表达的复杂调控机制	胶质母细胞瘤(GBM)细胞	单细胞测序	胶质母细胞瘤	代谢RNA标记的时间分辨scRNA-seq (Well-TEMP-seq), 空间转录组学	NA	单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据	NA
46	2025-05-31	scMEDAL for the interpretable analysis of single-cell transcriptomics data with batch effect visualization using a deep mixed effects autoencoder 2025-Mar-13, ArXiv PMID:39606715	研究论文	本文提出了一种名为scMEDAL的框架，用于单细胞转录组数据的可解释性分析，并通过深度混合效应自编码器进行批次效应可视化	scMEDAL通过两个互补的自编码器网络分别建模批次不变和批次特异性效应，结合对抗学习和贝叶斯自编码器，增强了数据的准确性和可解释性	未明确提及具体限制，但可能涉及计算复杂度或特定数据类型的适用性	解决单细胞RNA测序数据中技术和生物批次效应的混淆问题，提高数据分析和解释的准确性	单细胞转录组数据	生物信息学	自闭症、白血病、心血管疾病	scRNA-seq	深度混合效应自编码器（包括对抗学习和贝叶斯自编码器）	单细胞转录组数据	涉及多种条件、细胞类型及技术和生物效应的综合评估，具体样本量未明确
47	2025-05-31	Alevin-fry-atac enables rapid and memory frugal mapping of single-cell ATAC-seq data using virtual colors for accurate genomic pseudoalignment 2025-Mar-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.27.625771 PMID:39677745	研究论文	本文介绍了一种新的伪对齐方案，用于快速且内存高效地处理单细胞ATAC-seq数据	提出了一种改进的伪对齐方案，通过将参考基因组划分为'虚拟颜色'来优化处理大型基因组参考	未明确提及具体限制，但可能包括对特定类型基因组数据的适用性或准确性验证的局限性	开发一种快速、内存高效且准确的单细胞ATAC-seq数据处理方法	单细胞ATAC-seq数据	基因组学	NA	单细胞ATAC-seq	伪对齐算法	基因组序列数据	未明确提及具体样本数量
48	2025-05-31	Tumor cell villages define the co-dependency of tumor and microenvironment in liver cancer 2025-Mar-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.07.642107 PMID:40161587	研究论文	该研究通过空间单细胞成像和单细胞RNA测序技术，分析了50个肿瘤生物样本中的超过200万个细胞，开发了一种基于深度学习的策略来空间映射肿瘤细胞状态及其周围结构	提出了空间动态网络（SDN）概念，揭示了肿瘤细胞状态如何组织成独特的集群或'村庄'，每个村庄由独特的SDN支持，并展示了这些村庄与患者预后的关联	研究样本量相对有限（50个肿瘤生物样本），且仅针对肝癌	理解肿瘤空间景观如何形成及其对肿瘤适应性的影响	肝癌肿瘤细胞及其微环境	数字病理学	肝癌	空间单细胞成像, 单细胞RNA测序	深度学习	图像, RNA序列数据	50个肿瘤生物样本中的超过200万个细胞
49	2025-05-31	Graph neural networks for single-cell omics data: a review of approaches and applications 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf109 PMID:40091193	综述	本文系统回顾了图神经网络（GNNs）在单细胞组学数据分析中的应用及其六种变体	首次系统总结了GNNs在单细胞组学数据中的107个成功应用案例，并整理了77个公开可用的单细胞数据集	当前研究可能存在方法学上的不足，未来需要进一步探索改进方向	探讨图神经网络在单细胞组学数据分析中的应用现状与未来发展	单细胞组学数据（包括表观基因组学、转录组学、空间转录组学、蛋白质组学和多组学数据）	机器学习	NA	单细胞测序技术	GNN及其六种变体	单细胞组学数据	涉及77个公开单细胞数据集
50	2025-05-31	Recent Innovations and Technical Advances in High-Throughput Parallel Single-Cell Whole-Genome Sequencing Methods 2025-03, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202400789 PMID:38979872	综述	本文综述了高通量并行单细胞全基因组测序方法的最新技术进展和应用	总结了高通量单细胞全基因组测序在策略设计、数据效率和并行处理平台等方面的技术进展	总成本较高	探讨高通量单细胞全基因组测序方法的技术进展及其应用	单细胞全基因组测序方法	基因组学	NA	单细胞全基因组测序(scWGS)	NA	基因组数据	NA
51	2025-05-31	A best practices framework for spatial biology studies in drug discovery and development: enabling successful cohort studies using digital spatial profiling 2025-Mar, Journal of histotechnology IF:0.6Q4 DOI:10.1080/01478885.2024.2391683 PMID:39225147	研究论文	本文提出了一个最佳实践框架，用于药物发现和开发中的空间生物学研究，特别是利用数字空间分析（DSP）技术进行成功的队列研究	提出了基于数字空间分析（DSP）的框架，克服了传统空间转录组学平台在通量和转录组覆盖上的限制，实现了可扩展的全转录组和超高多重蛋白分析	DSP方法不提供单细胞分辨率	提升空间生物学工具在药物发现和开发中的应用，加深对疾病生物学的理解并识别潜在的治疗靶点和生物标志物	固体组织样本	数字病理学	NA	数字空间分析（DSP）	NA	组织图像	NA
52	2025-05-31	Comprehensive Analysis of Uric Acid and Myasthenia Gravis: IGF1R as a Protective Factor and Potential Therapeutic Target 2025-Mar, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.70361 PMID:40152081	research paper	该研究通过荟萃分析、孟德尔随机化和生物信息学方法，探讨了尿酸（UA）与重症肌无力（MG）的关系，并确定了IGF1R作为潜在的保护因子和治疗靶点	首次通过多方法学分析揭示了UA与MG的关联，并发现IGF1R在MG中的保护作用及潜在治疗药物	研究主要基于公共数据库和回顾性临床数据，需要进一步实验验证IGF1R的具体作用机制	探究UA与MG的关系及其分子机制，寻找潜在治疗靶点	重症肌无力患者及相关生物标志物	生物信息学	重症肌无力	荟萃分析、孟德尔随机化、生物信息学分析、虚拟筛选、分子对接	NA	基因组数据、临床数据	公共数据库（TCGA、GEO）数据及临床中心患者数据
53	2025-05-30	Role of Galactosylceramide Metabolism in Satellite Glial Cell Dysfunction and Neuron-Glia Interactions in Painful Diabetic Peripheral Neuropathy 2025-03-07, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14060393 PMID:40136642	research paper	本研究探讨了半乳糖神经酰胺（GalCer）在糖尿病周围神经病变（DPN）进展过程中卫星胶质细胞（SGCs）功能障碍和神经元-胶质细胞相互作用中的作用	首次揭示了GalCer代谢在SGC功能障碍和神经元-胶质细胞相互作用中的核心作用，并识别出GalCer代谢作为潜在治疗靶点	研究仅基于大鼠模型，尚未在人类样本中验证	探究GalCer在糖尿病周围神经病变（DPN）进展中的作用机制	卫星胶质细胞（SGCs）和神经元-胶质细胞相互作用	神经科学	糖尿病周围神经病变	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、靶向质谱分析和免疫荧光分析	大鼠模型	RNA测序数据、质谱数据和图像数据	NA
54	2025-05-29	Immune-featured stromal niches associate with response to neoadjuvant immunotherapy in oral squamous cell carcinoma 2025-Mar-18, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102024 PMID:40107247	研究论文	本研究通过单细胞测序和空间转录组学分析了22名口腔鳞状细胞癌患者的肿瘤样本，探讨了肿瘤基质细胞在肿瘤微环境中的作用及其与免疫治疗反应的关系	首次揭示了免疫化疗应答者中SELP高内皮小静脉和APOD肌成纤维癌相关成纤维细胞的显著上调，以及STMN1毛细血管内皮细胞的下降，这些变化特异于免疫化疗组	样本量较小（仅22名患者），且仅针对口腔鳞状细胞癌	探讨肿瘤基质细胞在肿瘤微环境中的作用及其与免疫治疗反应的关系	22名口腔鳞状细胞癌患者的肿瘤样本	数字病理学	口腔鳞状细胞癌	单细胞测序, 空间转录组学	NA	单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据	22名口腔鳞状细胞癌患者的配对肿瘤样本
55	2025-05-29	Neuroinflammatory pathways and potential therapeutic targets in neonatal post-hemorrhagic hydrocephalus 2025-Mar, Pediatric research IF:3.1Q1 DOI:10.1038/s41390-024-03733-z PMID:39725707	review	本文综述了新生儿出血后脑积水（PHH）的分子病理生理学及新兴治疗方法	探讨了神经炎症通路、免疫介质及调控基因在PHH中的作用，并评估了基因组学、表观基因组学和蛋白质组学技术在识别关键分子靶点中的应用	新兴疗法如间充质干细胞干预在新生儿群体中的安全性及其对大脑发育的潜在影响尚未解决	研究PHH的病理生理学机制并探索针对性治疗方法	新生儿出血后脑积水（PHH）及其相关分子机制	神经科学	新生儿疾病	全基因组/外显子测序、蛋白质组学、表观遗传学、单细胞转录组学	NA	分子数据	NA
56	2025-05-29	Tissue-resident memory CD8 T cell diversity is spatiotemporally imprinted 2025-Mar, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08466-x PMID:39843748	research paper	该研究探讨了小肠组织中组织驻留记忆CD8 T细胞（T细胞）的多样性及其空间时间印记机制	揭示了小肠不同组织微环境如何驱动T细胞的表型异质性，并开发了新的计算方法和基因扰动策略来研究T细胞的分化	研究主要基于小鼠模型和人类样本的空间转录组学，可能不完全反映人体内的全部复杂性	探究组织驻留记忆CD8 T细胞多样性的起源及其在小肠中的空间分布	组织驻留记忆CD8 T细胞	免疫学	NA	空间转录组学、光学编码基因扰动策略	NA	转录组数据、空间分布数据	人类样本和小鼠模型
57	2025-05-29	A comprehensive spatio-cellular map of the human hypothalamus 2025-Mar, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08504-8 PMID:39910307	research paper	该研究通过单核测序和空间转录组学技术，构建了一个全面的人类下丘脑空间细胞转录图谱'HYPOMAP'	首次结合单核测序和空间转录组学技术，对人类下丘脑进行全面的转录组分析，并发现了一些与BMI相关的基因	研究主要基于转录组数据，可能未涵盖所有细胞类型和功能的复杂性	构建人类下丘脑的空间细胞转录图谱，并探索其与代谢等疾病的关系	人类下丘脑细胞	生物信息学	代谢疾病	单核测序, 空间转录组学	NA	转录组数据	433,369个人类下丘脑细胞
58	2025-05-28	A Phase I Clinical Trial Adding OX40 Agonism to In Situ Therapeutic Cancer Vaccination in Patients with Low-Grade B-cell Lymphoma Highlights Challenges in Translation from Mouse to Human Studies 2025-Mar-03, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2770 PMID:39745391	research paper	该研究是一项I期临床试验，评估在低级别B细胞淋巴瘤患者中，将OX40激动剂与SD101原位疫苗联合使用的效果	首次在人体临床试验中测试OX40激动剂与TLR9激动剂SD101联合使用的效果，探索从小鼠模型到人类研究的转化挑战	临床结果与临床前小鼠模型结果存在显著差异，治疗效果不如单独使用TLR9激动剂和低剂量放疗	评估OX40激动剂与SD101联合治疗低级别B细胞淋巴瘤的安全性和有效性	14名低级别B细胞淋巴瘤患者	癌症免疫治疗	B细胞淋巴瘤	流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	临床数据、分子生物学数据	14名患者
59	2025-05-27	Systemic coordination of whole-body tissue remodeling during local regeneration in sea anemones 2025-03-10, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.11.001 PMID:39615481	研究论文	本研究探讨了海葵在局部再生过程中全身组织重塑的系统性协调机制	揭示了局部再生触发全身稳态反应的机制，并发现金属蛋白酶在其中的关键作用	研究仅在海葵中进行，尚未在其他生物体验证	理解再生过程中全身反应的协调机制	海葵(Nematostella vectensis)的再生过程	发育生物学	NA	空间转录组学、内源蛋白标记、活体成像	NA	分子表达数据、影像数据	NA
60	2025-05-24	Evaluating genetic-ancestry inference from single-cell RNA-seq data 2025-Mar-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.25.645175 PMID:40196550	research paper	该研究提出了一个评估从单细胞RNA测序数据推断遗传祖先方法的框架	提出了一个评估遗传祖先推断方法的框架，并验证了现有工具在单细胞RNA测序数据中的准确性	研究中使用的遗传多态性数量有限，且单细胞RNA测序的变异检测不完美	评估从单细胞RNA测序数据推断遗传祖先的方法，以确保数据集的遗传同质性和人类遗传多样性的代表性	196名来自人类细胞图谱四个单细胞RNA测序数据集的捐赠者	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	ADMIXTURE	RNA测序数据	196名捐赠者