单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-04-02	Understanding the cellular and molecular heterogeneity in colorectal cancer through the use of single-cell RNA sequencing 2025-Mar-30, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102374 PMID:40163910	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术揭示了结直肠癌的细胞和分子异质性	利用单细胞RNA测序技术对结直肠癌肿瘤微环境中的细胞类型及其相互作用进行了深入分析，并构建了基于C3 B细胞标记基因的预测模型	样本量相对较小（51,204个细胞），且仅针对结直肠癌进行研究	深入了解结直肠癌的分子和细胞组成	结直肠癌肿瘤微环境中的细胞类型及其相互作用	digital pathology	colorectal cancer	single-cell RNA sequencing (scRNA-seq)	predictive model	RNA-seq data	51,204个细胞
42	2025-04-02	Regulatory role of CD177+ neutrophils in BMP signaling pathway and its implications for inflammatory bowel disease, sepsis, and intestinal tumors 2025-Mar-29, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102336 PMID:40158420	研究论文	探讨CD177+中性粒细胞在BMP信号通路中的调控作用及其对炎症性肠病、败血症和肠道肿瘤的影响	首次揭示CD177+中性粒细胞通过调控BMP信号通路影响多种疾病的发病机制	需要进一步的临床验证以转化为有效的治疗策略	探索CD177+中性粒细胞在BMP信号通路中的调控作用及其对疾病的影响	炎症性肠病(IBD)、败血症和肠道肿瘤	生物信息学	炎症性肠病、败血症、肠道肿瘤	生物信息学分析(WGCNA、功能富集分析)、单细胞分析、体外实验(CCK-8、流式细胞术、qRT-PCR等)	NA	基因表达数据、单细胞转录组数据	来自GEO数据库的IBD和败血症基因表达数据
43	2025-04-02	Pan-HDAC inhibitor LAQ824 inhibits the progression of pancreatic ductal adenocarcinoma and suppresses immune escape by promoting antigen presentation 2025-Mar-29, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114528 PMID:40158429	研究论文	本研究探讨了泛组蛋白去乙酰化酶抑制剂LAQ824在胰腺导管腺癌(PDAC)中的治疗潜力及其在调节免疫逃逸机制中的作用	首次揭示了LAQ824通过上调MHC-I介导的抗原提呈来增强PDAC的免疫原性，并确定了HDAC1是PDAC细胞中MHC-I的关键抑制因子	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	评估LAQ824对PDAC的治疗效果及其免疫调节机制	胰腺导管腺癌(PDAC)	肿瘤学	胰腺癌	IHC、流式细胞术、RNA测序、单细胞RNA测序	小鼠皮下肿瘤模型	基因表达数据、免疫组化数据、流式细胞数据	C57BL/6J小鼠模型和体外培养的PDAC细胞
44	2025-04-02	The characterization and validation of regulated cell death-related genes in chronic rhinosinusitis with nasal polyps 2025-Mar-29, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114509 PMID:40158428	research paper	本研究系统调查了调控细胞死亡（RCD）机制在慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）发病和进展中的作用	首次全面描绘了CRSwNP中RCD亚型的激活模式，并构建了细胞死亡指数（CDI），展示了其诊断潜力	研究主要基于转录组数据，需要进一步的实验验证	探究RCD机制在CRSwNP发病和进展中的作用	慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）患者	生物信息学	慢性鼻窦炎伴鼻息肉	转录组分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、qRT-PCR	WGCNA、LASSO回归	基因表达数据	多个GEO数据集（GSE136825、GSE23552等）及临床样本
45	2025-04-02	scRCA: A Siamese network-based pipeline for annotating cell types using noisy single-cell RNA-seq reference data 2025-Mar-29, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110068 PMID:40158457	研究论文	本文介绍了一种基于Siamese网络的scRCA流程，用于利用含有噪声的单细胞RNA-seq参考数据准确注释细胞类型	提出了一种新的计算流程scRCA，能够处理参考数据中的噪声，并通过解释器评估注释的可靠性	未明确提及具体限制，但可能依赖于参考数据的质量和覆盖范围	开发一种能够利用含有噪声的参考数据进行高质量细胞类型注释的计算流程	单细胞RNA测序数据和细胞类型注释	生物信息学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Siamese网络	基因表达数据	14个数据集和4名多发性骨髓瘤患者的独立数据集
46	2025-04-02	Sequencing-free whole genome spatial transcriptomics at molecular resolution in intact tissue 2025-Mar-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.06.641951 PMID:40161724	research paper	开发了一种名为RAEFISH的新型空间转录组学技术，能够在完整组织中实现全基因组覆盖并保留单分子空间分辨率	RAEFISH技术结合了全转录组覆盖和高空间分辨率的优势，克服了现有技术的局限性	虽然技术具有创新性，但未提及在大规模应用中的成本、时间或技术复杂性等潜在限制	开发一种能够在完整组织中进行高覆盖、高分辨率空间转录组分析的技术	人类和小鼠的转录组，包括几乎全部的蛋白质编码转录组和数千种长链非编码RNA	digital pathology	NA	RAEFISH, 空间转录组学, in situ hybridization, in situ sequencing	NA	image	人类23,000种转录物种和小鼠22,000种转录物种，包括单细胞培养物和组织切片
47	2025-04-02	Roles of innate immune system and receptor Dectin-1 in synovium and cartilage homeostasis of osteoarthritis 2025-Mar-29, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.142669 PMID:40164261	research paper	本研究探讨了先天免疫系统及其受体Dectin-1在骨关节炎滑膜和软骨稳态中的作用	揭示了先天免疫相关基因和通路在骨关节炎滑膜中的表达模式，并强调了Dectin-1在巨噬细胞中的作用	需要进一步探索先天免疫在骨关节炎中的具体机制	研究先天免疫在骨关节炎滑膜炎中的机制	骨关节炎患者的滑膜组织和巨噬细胞	生物医学	骨关节炎	RNA测序、单细胞测序、STRING数据库、机器学习算法	OA诊断模型	RNA测序数据、单细胞测序数据	NA
48	2025-04-02	Peripartum dapagliflozin improves late life maternal cardiovascular outcomes in a mouse model of superimposed preeclampsia 2025-Mar-29, American journal of obstetrics and gynecology IF:8.7Q1 DOI:10.1016/j.ajog.2025.03.035 PMID:40164294	研究论文	本研究探讨了在妊娠期和产后立即给予SGLT2抑制剂（达格列净）对叠加子痫前期小鼠模型的短期和长期产科及心血管影响	首次在叠加子痫前期模型中测试了SGLT2抑制剂在妊娠期和产后立即给予的心血管保护效果，并揭示了其抗纤维化和代谢作用机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	评估SGLT2抑制剂在妊娠期和产后对叠加子痫前期心血管风险的潜在保护作用	BPH/2J小鼠模型	心血管疾病研究	心血管疾病	连续超声心动图、空间转录组学、Masson三色染色	BPH/2J小鼠模型	生理参数、分子标记、组织病理学数据	BPH/2J怀孕小鼠（具体数量未明确说明）
49	2025-04-02	A practical guide for single-cell transcriptome data analysis in neuroscience 2025-Mar-29, Neuroscience research IF:2.4Q3 DOI:10.1016/j.neures.2025.03.006 PMID:40164433	教程	本文为神经科学领域的单细胞转录组数据分析提供实用指南，涵盖从质量控制到差异表达分析的关键步骤	专注于神经科学领域，提供基于Seurat R包的单细胞RNA测序数据分析实用教程，强调结果的生物学解释	主要依赖Seurat工具包，可能不涵盖其他分析工具或最新方法	提高神经科学领域单细胞RNA测序研究的可靠性和可重复性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	神经系统疾病	scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
50	2025-04-02	Cell Function Graphics: TOGGLE delineates fate and function within individual cell types via single-cell transcriptomics 2025-Mar-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.01.631041 PMID:40060433	研究论文	本文介绍了一种名为TOGGLE的高分辨率分析方法，用于在单细胞转录组学中揭示细胞命运和功能的多样性	开发了TOGGLE方法及创新的Graph Diffusion Functional Map，显著降低噪声，更清晰地展示RNA功能分组并捕捉高维数据中更细微的功能差异	未提及具体样本量或实验验证结果	克服相同类型细胞间基因表达相似性带来的功能异质性识别挑战	单细胞转录组数据中的功能RNA	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组测序	Graph Diffusion Functional Map	RNA-seq数据	NA
51	2025-04-02	A Krüppel-like factor establishes cellular heterogeneity during schistosome tegumental maintenance 2025-Mar-28, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1013002 PMID:40153400	research paper	该研究揭示了Krüppel样因子4（klf4）在血吸虫皮层细胞异质性建立中的关键作用	首次发现klf4转录因子对皮层相关谱系（TRL）的维持至关重要，并揭示了其在调控皮层细胞群体平衡中的作用	研究仅针对Schistosoma mansoni，未在其他血吸虫物种中验证	探究血吸虫皮层细胞异质性建立的分子机制	血吸虫（Schistosoma mansoni）及其皮层细胞	分子生物学	寄生虫病	RNA干扰（RNAi）、单细胞RNA测序（scRNAseq）、批量RNA测序（bulk RNAseq）	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量
52	2025-04-02	Different fibroblast subtypes propel spatially defined ileal inflammation through TNFR1 signalling in murine ileitis 2025-Mar-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57570-7 PMID:40155385	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了小鼠TNF依赖性回肠炎中不同成纤维细胞亚型通过TNFR1信号传导在空间上驱动炎症的机制	首次明确了不同成纤维细胞亚型（telocytes、trophocytes、PdgfraCd81细胞）在回肠炎发生发展中的空间特异性作用，并阐明了TNFR1信号通路的关键调控机制	研究基于小鼠模型，在人类克罗恩病中的直接适用性需要进一步验证	探究成纤维细胞亚型在TNF依赖性回肠炎发生发展中的空间特异性作用机制	Tnf基因突变小鼠的回肠组织	数字病理学	克罗恩病	单细胞RNA测序	Tnf小鼠模型	单细胞转录组数据	未明确说明样本数量（使用Tnf突变小鼠和野生型对照）
53	2025-04-02	Defining gastric cancer ecology: the crucial roles of TREM2+ macrophages and fibroblasts in tumor microenvironments 2025-Mar-28, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07512-2 PMID:40155473	research paper	该研究探讨了TREM2+脂质相关巨噬细胞（LAM）和癌症相关成纤维细胞（CAFs）在胃癌微环境中的调控作用	揭示了CAFs通过CXCL12-CXCR4信号轴增强TREM2 LAMs的免疫抑制能力，促进胃癌细胞增殖并抑制凋亡的新机制	研究主要基于体外实验，需进一步在体内模型中验证	阐明胃癌微环境中TREM2+巨噬细胞和CAFs的相互作用机制及其对疾病进展的影响	胃癌微环境中的TREM2+脂质相关巨噬细胞和癌症相关成纤维细胞	肿瘤微环境研究	胃癌	单细胞RNA测序和批量RNA分析	NA	RNA测序数据	NA
54	2025-04-02	Cytolytic γδ T-cells and IFNγ-producing CD4-lymphocytes characterise the early response to MTBVAC tuberculosis vaccine 2025-Mar-28, NPJ vaccines IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41541-025-01110-3 PMID:40155627	research paper	该研究深入分析了MTBVAC结核疫苗候选株引发的急性免疫反应，揭示了CD4和细胞毒性γδ T细胞的扩增特征	首次发现MTBVAC激活的γδ T细胞具有独特的细胞毒性CD16GZMB表型，类似于控制结核分枝杆菌感染的效应细胞	研究仅关注早期免疫反应，未评估长期保护效果	探究MTBVAC疫苗引发的早期免疫反应特征	MTBVAC疫苗刺激后的免疫细胞反应	免疫学	结核病	scRNA-seq, 流式细胞术	NA	单细胞转录组数据, 流式细胞数据	未明确说明样本数量
55	2025-04-02	DNA methylation memory of pancreatic acinar-ductal metaplasia transition state altering Kras-downstream PI3K and Rho GTPase signaling in the absence of Kras mutation 2025-Mar-28, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-025-01452-6 PMID:40156071	research paper	该研究探讨了在无致癌基因突变的情况下，胰腺腺泡-导管化生（ADM）过渡状态细胞如何获得并保留表观遗传记忆	揭示了ADM过渡状态下Kras下游PI3K和Rho GTPase信号通路的DNA甲基化记忆，即使在基因表达恢复正常后，这种差异甲基化仍然存在	研究主要基于转基因小鼠模型，人类样本验证有限	探究无致癌基因突变情况下ADM过渡状态的表观遗传记忆机制	KLF4诱导的ADM转基因小鼠和人类胰腺上皮内瘤变（PanIN）样本	表观遗传学	胰腺导管腺癌（PDAC）	DNA甲基化组测序、转录组测序、单细胞空间转录组学	转基因小鼠模型	DNA甲基化数据、转录组数据	转基因小鼠在不同时间点的ADM样本和人类PanIN样本
56	2025-04-02	sEV-mediated intercellular transformation from MGAT4AHigh to MGAT4ALow tumor cells via the HOTAIRM1/miR-196b-5p axis promotes apoptosis resistance in CTCL 2025-Mar-28, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03356-6 PMID:40155530	研究论文	该研究探讨了sEVs中介导的HOTAIRM1/miR-196b-5p/MGAT4A轴在CTCL中促进凋亡抵抗的机制	揭示了HOTAIRM1/miR-196b-5p/MGAT4A轴在CTCL中的作用机制，并展示了工程化sEVs在CTCL治疗中的潜在应用	研究主要基于体外和动物模型，尚未在临床环境中验证	探究HOTAIRM1/miR-196b-5p/MGAT4A轴在CTCL凋亡抵抗中的作用及其治疗潜力	CTCL肿瘤细胞和良性CD4+ T细胞	肿瘤生物学	皮肤T细胞淋巴瘤(CTCL)	全转录组测序、scRNA-Seq	NA	基因表达数据	NA
57	2025-04-02	Integrated bulk and single-cell RNA sequencing unveils the temporal and spatial dynamics of epidermal cell adhesion 2025-Mar-28, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.142601 PMID:40158578	research paper	该研究通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序技术，揭示了牦牛表皮细胞在毛发周期中的时间和空间动态变化	结合批量转录组学和单细胞RNA测序技术，首次在牦牛毛发周期中鉴定了14种不同细胞群的时间和空间动态变化，并重建了表皮分化轨迹	研究仅针对牦牛模型，结果可能不完全适用于其他物种	探究毛发周期中表皮细胞行为的分子调控机制	牦牛表皮细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序, 批量转录组学	NA	RNA测序数据	涉及毛发周期中不同阶段(生长期、退行期和休止期)的牦牛表皮细胞样本
58	2025-04-02	Stromal Stiffness-Regulated IGF2BP2 in Pancreatic Cancer Drives Immune Evasion via Sphingomyelin Metabolism 2025-Mar-28, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2025.03.019 PMID:40158738	研究论文	本研究探讨了胰腺导管腺癌(PDAC)中m6A修饰与免疫逃逸的关联及机制，并提出了临床干预策略	首次揭示了基质硬度调控的IGF2BP2通过鞘磷脂代谢促进PDAC免疫逃逸的分子机制	研究主要基于体外模型和小鼠实验，临床转化仍需进一步验证	阐明m6A修饰与PDAC免疫逃逸的关系并开发治疗策略	胰腺导管腺癌(PDAC)患者样本和模型	肿瘤免疫学	胰腺癌	转录组分析、成像质谱流式、m6A定量、MeRIP、RIP、RNA pull-down、scRNA-seq、流式细胞术、mIHC	PDAC类器官、患者来源组织片段、人源化小鼠模型	转录组数据、蛋白质组数据、影像数据	122例PDAC患者多模态队列+6个独立验证队列
59	2025-04-02	Single-cell sequencing reveals the same heterogeneity of neutrophils in heatstroke-induced lung and liver injury 2025-Mar-28, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.mucimm.2025.03.005 PMID:40158777	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术揭示了热射病（HS）诱导的肺和肝损伤中中性粒细胞的异质性	研究发现中性粒细胞通过Cxcr2-Cxcl2受体-配体对介导的增强浸润是HS诱导肺损伤的显著特征，并揭示了Cd177+中性粒细胞在器官损伤中的关键作用及Cebpe作为其分化的关键转录调控因子	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	探索热射病（HS）诱导的多器官功能障碍（MODS）的机制	热射病小鼠模型的肺组织和肝组织	digital pathology	heatstroke	scRNA-seq	mouse model	RNA sequencing data	NA
60	2025-04-02	Epigenetic alteration of smooth muscle cells regulates endothelin-dependent blood pressure and hypertensive arterial remodeling 2025-Mar-27, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI186146 PMID:40146226	研究论文	研究平滑肌细胞(SMC)表观遗传变化如何调节内皮素依赖性血压和高血压动脉重塑	通过GWAS和精细定位发现KDM6 (JMJD3)位点的rs62059712变异与血压调节相关，并揭示了JMJD3在SMC中的功能机制	研究主要基于小鼠模型，人类数据验证有限	探索高血压中平滑肌细胞功能调控的遗传和表观遗传机制	平滑肌细胞(SMC)和高血压相关基因	心血管疾病	高血压	GWAS, 统计精细定位, scRNA-seq	SMC特异性Jmjd3缺陷小鼠模型(Jmjd3flox/floxMyh11CreERT)	基因组数据, 转录组数据	人类动脉单细胞RNA测序数据和小鼠模型