单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-07-22	Protocol to recover single-cell gene expression profiles from spatial transcriptomics data using cluster computing 2025-Mar-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103636 PMID:39946238	研究论文	提出了一种名为scResolve的计算协议，用于从低分辨率空间转录组数据中恢复单细胞基因表达谱	开发了scResolve协议，利用集群计算环境加速数据处理，实现从多细胞分辨率数据中恢复单细胞基因表达谱	未提及具体恢复精度或验证方法，可能受限于原始数据的质量和分辨率	解决空间转录组技术在单细胞分辨率分析上的限制	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组技术（如Visium）	NA	基因表达数据	NA
42	2025-07-22	Spatial analysis of IPMNs defines a paradoxical KRT17-positive, low-grade epithelial population harboring malignant features 2025-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.18.643943 PMID:40166305	研究论文	本研究通过空间转录组学分析IPMNs，发现了一个具有恶性特征的KRT17阳性低级别上皮细胞亚群	识别出低级别IPMN上皮细胞中表达恶性转录特征的KRT17阳性亚群，这一发现可能改变IPMN患者的治疗策略	研究样本量有限，需要更大规模的验证研究	探究IPMN进展过程中的转录变化，寻找更准确的早期诊断标志物	胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤(IPMN)患者样本	数字病理学	胰腺癌	空间转录组学(Nanostring GeoMx), 单细胞RNA测序	NA	转录组数据	包含IPMN疾病全谱的患者样本(低级别异型增生、高级别异型增生和IPMN来源的癌)
43	2025-07-22	Exploration of Conserved Human Adipose Subpopulations Using Targeted Single-Nuclei RNA Sequencing Data Sets 2025-Mar-18, Journal of the American Heart Association IF:5.0Q1 DOI:10.1161/JAHA.124.038465 PMID:40094187	研究论文	通过靶向单核RNA测序数据集探索人类脂肪组织中保守的亚群	分子定义人类脂肪组织中的祖细胞群，并测试人类壁细胞的成脂潜能	研究主要基于体外实验，体内验证不足	分子定义人类脂肪组织中的祖细胞群并测试其成脂潜能	人类脂肪组织中的壁细胞（周细胞和平滑肌细胞）	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	多种人类脂肪组织（包括血管周围、棕色和白色脂肪组织）
44	2025-07-22	Exploring and mitigating shortcomings in single-cell differential expression analysis with a new statistical paradigm 2025-Mar-17, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03525-6 PMID:40098192	研究论文	本文提出了一种新的统计框架GLIMES，用于解决单细胞差异表达分析中的主要挑战，并通过案例研究和模拟验证了其优越性	GLIMES框架利用UMI计数和零比例，在广义泊松/二项混合效应模型中考虑批次效应和样本内变异，提高了差异表达基因检测的准确性和生物解释性	研究未涉及所有现有的单细胞差异表达分析方法，且模拟实验可能无法完全反映真实生物系统的复杂性	改进单细胞转录组学中的差异表达分析方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	广义泊松/二项混合效应模型	单细胞转录组数据	三个案例研究和多种实验场景的模拟数据
45	2025-07-22	Androgen Signaling in Type 2 Innate Lymphoid Cells Drives Sex Differences in Helicobacter -Induced Gastric Inflammation and Atrophy 2025-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.14.643321 PMID:40166158	研究论文	本研究探讨雄激素如何影响幽门螺杆菌感染引起的胃部炎症反应，并揭示其在疾病进展性别差异中的作用	首次揭示雄激素通过调节2型先天淋巴细胞(ILC2)的活化来抑制幽门螺杆菌诱导的胃部炎症，为男性胃癌发病率随年龄增长而上升提供了机制解释	研究主要基于小鼠模型，人类相关性需要进一步验证	探究雄激素信号在幽门螺杆菌诱导的胃部炎症和萎缩中的性别差异机制	C57BL/6小鼠(雄性和雌性)	免疫学	胃癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，ILC2和T细胞缺陷小鼠模型	NA	基因表达数据，病理学数据	未明确说明小鼠数量
46	2025-07-22	Integration of lipidomics with targeted, single cell, and spatial transcriptomics defines an unresolved pro-inflammatory state in colon cancer 2025-Mar-06, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-332535 PMID:39658263	research paper	该研究通过整合脂质组学与靶向、单细胞和空间转录组学，揭示了结肠癌中未解决的促炎症状态	首次将脂质组学与多种转录组学技术整合，揭示了结肠癌中脂质调节异常与炎症未解决的关联	样本量相对较小（40例非靶向和81例靶向分析），且未涉及机制验证实验	探索结直肠癌中脂质失调是否由炎症未能解决所驱动	人类结直肠癌（CRC）及正常配对样本	digital pathology	colon cancer	LC-MS/MS, 定量逆转录-PCR, 空间转录组学, scRNASEQ	NA	脂质组学数据, 基因表达数据, 转录组数据	40例人类CRC及正常配对样本（非靶向分析），81例人类CRC及正常配对样本（靶向分析）
47	2025-07-22	Disturbed Flow Induces Reprogramming of Endothelial Cells to Immune-like and Foam Cells under Hypercholesterolemia during Atherogenesis 2025-Mar-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.06.641843 PMID:40093090	研究论文	本研究探讨了在动脉粥样硬化形成过程中，紊乱血流（d-flow）与高胆固醇血症共同作用下，内皮细胞向免疫样细胞和泡沫细胞的重新编程机制	首次验证了双打击假说，即紊乱血流是高胆固醇血症条件下内皮细胞完全重编程为免疫样细胞和泡沫细胞的初始诱因，并发现了内皮细胞向泡沫细胞转变（EndFT）的新现象	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证仍需进一步研究	阐明动脉粥样硬化形成过程中内皮细胞重编程的分子机制	小鼠动脉内皮细胞	心血管生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组织化学染色	小鼠动脉粥样硬化模型	单细胞转录组数据、组织学图像数据	95只小鼠的98,553个单细胞
48	2025-07-22	The XCL1-XCR1 axis supports intestinal tissue residency and antitumor immunity 2025-Mar-03, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20240776 PMID:39841133	研究论文	本研究探讨了XCL1-XCR1轴在肠道组织驻留记忆T细胞（TRM）分化和抗肿瘤免疫中的作用	揭示了XCL1-XCR1轴在指导肠道CD8+ TRM空间分化和肿瘤控制中的非细胞自主作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本的分析相对有限	阐明TRM分化和功能的细胞相互作用机制	肠道组织驻留记忆T细胞（TRM）和肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）	免疫学	肿瘤	靶向空间转录组学	小鼠遗传模型	基因表达数据和空间转录组数据	小鼠模型和人类TIL及TRM样本
49	2025-07-22	Techniques and analytic workflow for spatial transcriptomics and its application to allergy and inflammation 2025-Mar, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2025.01.009 PMID:39837466	综述	本文总结了空间转录组学技术及其在过敏和炎症研究中的应用，重点关注数据处理和分析方法	通过保留细胞的空间定位信息，为理解组织结构和细胞间相互作用提供了传统转录组学无法获得的关键见解	NA	探索空间转录组学技术在过敏和炎症研究领域的应用	过敏和炎症相关疾病（如特应性皮炎和慢性阻塞性肺病）中的细胞网络和相互作用	空间转录组学	过敏和炎症相关疾病	空间转录组学技术	NA	单细胞基因表达数据与细胞定位信息	NA
50	2025-07-22	Dissecting tumor cell programs through group biology estimation in clinical single-cell transcriptomics 2025-Mar-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57377-6 PMID:40025015	研究论文	提出了一种非参数统计方法BEANIE，用于临床单细胞RNA测序数据中基因签名的差异表达分析	BEANIE方法解决了现有方法在临床单细胞RNA测序数据分析中产生大量假阳性、无法充分体现患者特异性层次结构以及未考虑样本驱动混杂因素的问题	方法仅在乳腺癌、肺癌和黑色素瘤的模拟和真实临床数据集中进行了验证，未涉及其他癌症类型	开发一种更稳健的差异表达分析方法，用于临床癌症单细胞RNA测序研究	临床单细胞RNA测序数据中的基因签名差异表达	生物信息学	乳腺癌, 肺癌, 黑色素瘤	单细胞RNA测序	非参数统计方法(BEANIE)	基因表达数据	模拟和真实临床数据集(具体数量未提及)
51	2025-07-22	Heterozygous GAA knockout is nonconsequential on metabolism and the spatial liver transcriptome in high-fat diet-induced obese and prediabetic mice 2025-Mar, Physiological reports IF:2.2Q3 DOI:10.14814/phy2.70276 PMID:40108792	研究论文	本研究探讨了杂合性GAA敲除对高脂饮食诱导的肥胖和糖尿病前期小鼠肝脏代谢和空间转录组的影响	首次使用空间转录组学技术分析高脂饮食诱导的肥胖小鼠门静脉周围和静脉周围肝细胞的转录组变化，并评估GAA杂合敲除对这些变化的影响	研究仅在小鼠模型中进行，结果可能无法直接推广到人类	评估GAA杂合敲除对肝脏代谢和代谢健康的影响	高脂饮食诱导的肥胖和糖尿病前期小鼠	代谢研究	肥胖症	空间转录组学分析	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明具体数量，使用GAA杂合敲除小鼠和野生型对照小鼠
52	2025-07-22	Crafted experiments to evaluate feature selection methods for single-cell RNA-seq data 2025-Mar, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaf023 PMID:40109353	research paper	本文提出了一种基于扰动真实数据信号的新方法，用于评估单细胞RNA测序数据的特征选择方法	提出了一种基于扰动真实数据信号的新方法，用于评估特征选择方法，并开发了一个名为GOF的开源R包	缺乏真实数据集用于评估新的基因选择和/或聚类方法	评估单细胞RNA测序数据的特征选择方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	NA
53	2025-07-21	Comparative analysis of nuclei isolation methods for brain single-nucleus RNA sequencing 2025-Mar-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.25.645306 PMID:40196571	研究论文	比较分析用于大脑单核RNA测序的核分离方法	首次系统比较了三种不同机制的核分离方法对核完整性和后续数据质量的影响	研究仅针对大脑组织，未涵盖其他组织类型	评估不同核分离方法对单核RNA测序数据质量的影响	大脑组织中的细胞核	基因组学	NA	单核RNA测序(snRNA-seq)	NA	RNA测序数据	三种不同核分离方法处理的脑组织样本
54	2025-03-22	Spatial Transcriptomics Reveals Differential Inflammatory Pathways in Discoid Lupus Erythematosus and Lichen Planus 2025-Mar-18, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2025.02.148 PMID:40113031	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
55	2025-07-21	SUV39H1 maintains cancer stem cell chromatin state and properties in glioblastoma 2025-Mar-10, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.186344 PMID:40059829	research paper	该研究揭示了SUV39H1在维持胶质母细胞瘤干细胞（GSCs）染色质状态和特性中的关键作用，并探讨了其作为治疗靶点的潜力	首次发现SUV39H1通过超级增强子介导的激活在GSCs中高表达，并证明其调控G2/M细胞周期进程、干细胞维持和细胞死亡通路	研究主要基于体外和动物模型，临床转化效果需进一步验证	探索SUV39H1在胶质母细胞瘤干细胞维持中的作用及其作为治疗靶点的潜力	胶质母细胞瘤干细胞（GSCs）	癌症生物学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA-seq、全细胞RNA-seq、ATAC-seq	患者来源的异种移植模型	基因表达数据、染色质可及性数据	未明确提及具体样本数量，但使用了患者来源的GSCs和异种移植模型
56	2025-07-21	Systematic evaluation of single-cell multimodal data integration for comprehensive human reference atlas 2025-Mar-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.06.637075 PMID:40093094	研究论文	本文系统评估了单细胞多模态数据整合方法在构建全面人类参考图谱中的应用	开发了可解释的机器学习工具scOMM，并系统评估了数据整合策略，发现水平整合和垂直整合对细胞类型识别的不同影响	研究主要聚焦于肾脏皮层组织，在其他复杂组织中的适用性有待验证	评估单细胞多模态数据整合方法在构建人类参考图谱中的效果	肾脏皮层组织的单细胞数据	单细胞组学	NA	scRNA-seq, snRNA-seq, snATAC-seq	scOMM (机器学习工具)	单细胞多模态组学数据	19名捐赠者的119,744个高质量核/细胞
57	2025-07-21	Microglial Responses to Alzheimer's Disease Pathology: Insights From "Omics" Studies 2025-Mar, Glia IF:5.4Q1 DOI:10.1002/glia.24666 PMID:39760224	综述	本文综述了关于小胶质细胞对阿尔茨海默病病理反应的'组学'研究方法和发现	综合应用多种组学技术揭示小胶质细胞在阿尔茨海默病中的异质性和分子模式变化	主要基于小鼠模型研究，人类组织研究数据有限	阐明小胶质细胞在阿尔茨海默病发病机制中的作用	小胶质细胞在阿尔茨海默病中的反应	神经科学	阿尔茨海默病	转录组学、表观基因组学、空间转录组学、蛋白质组学、脂质组学、代谢组学	NA	组学数据	NA
58	2025-07-21	An international perspective on the future of systemic sclerosis research 2025-Mar, Nature reviews. Rheumatology DOI:10.1038/s41584-024-01217-2 PMID:39953141	review	本文探讨了系统性硬化症（SSc）研究的未来国际视角，强调了该疾病的复杂性、当前研究的局限性以及新兴技术带来的机遇	综述了单细胞RNA测序、下一代测序、空间生物学等新兴技术在SSc研究中的应用潜力，以及全球合作和标准化协议的重要性	疾病分类、临床异质性以及缺乏可靠的生物标志物和动物模型是当前研究的主要挑战	推动系统性硬化症的诊断、治疗和护理方面的突破	系统性硬化症（SSc）患者	医学研究	系统性硬化症	单细胞RNA测序、下一代测序、空间生物学、转录组学、基因组学、蛋白质组学、代谢组学、微生物组分析、人工智能	NA	分子生物学数据、临床数据	NA
59	2025-07-20	eNAMPT Is a Novel DAMP and Therapeutic Target in Human and Murine Pulmonary Fibrosis 2025-Mar-24, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2024-0342OC PMID:40126452	研究论文	该研究探讨了eNAMPT作为人类和临床前IPF治疗靶点的潜力，并评估了ALT-100单克隆抗体的治疗效果	首次将eNAMPT鉴定为肺纤维化的新型DAMP和治疗靶点，并验证了ALT-100单抗的治疗效果	研究主要基于动物模型和小样本人类数据，需要更大规模的临床试验验证	探索肺纤维化的新型治疗靶点和策略	人类IPF患者和实验性博来霉素诱导的小鼠肺纤维化模型	肺部疾病研究	肺纤维化	单细胞RNA测序(scRNAseq)、批量RNA测序	NA	血液、PBMCs、肺组织样本的生化、组织学和基因表达数据	人类IPF患者样本和C57Bl6小鼠模型
60	2025-07-20	Tracking HIV persistence across T cell lineages during early ART-treated HIV-1-infection using a reservoir-marking humanized mouse model 2025-Mar-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57368-7 PMID:40044684	研究论文	本文介绍了一种名为HILT的系统，用于在人类化小鼠模型中追踪HIV-1感染早期ART治疗期间病毒在不同T细胞谱系中的持久性	开发了HIV-1诱导的谱系追踪（HILT）系统，能够不可逆地标记感染细胞，检测罕见的潜伏感染细胞	研究基于人类化小鼠模型，可能无法完全反映人类免疫系统的复杂性	研究HIV-1在ART治疗期间在不同T细胞谱系中的持久性机制	HIV-1感染的人类化小鼠模型中的CD4 T细胞	病毒学	HIV感染	单细胞RNA测序	人类化小鼠模型	基因表达数据	免疫缺陷小鼠移植基因修饰造血干细胞后形成的人类免疫系统