单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 709 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2026-08-27 |
Platelet-mediated circulating tumor cell evasion from natural killer cell killing through immune checkpoint CD155-TIGIT
2025-03-01, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000000934
PMID:38779918
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和多免疫荧光技术，揭示了血小板介导的循环肿瘤细胞通过免疫检查点CD155-TIGIT逃避自然杀伤细胞杀伤的机制 | 首次揭示循环肿瘤细胞通过血小板黏附上调免疫检查点CD155，从而逃避NK细胞杀伤，并阐明了其转录调控机制及CD155-TIGIT作为潜在免疫治疗靶点 | 未提及具体局限性 | 探究循环肿瘤细胞在血液传播过程中逃避免疫监视的机制 | 多种癌症类型的血液样本中的循环肿瘤细胞及其与血小板的黏附 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序、多重免疫荧光 | NA | 基因表达数据、图像数据 | 多种癌症类型的血液样本（具体数量未提及） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序 |
| 42 | 2026-08-26 |
Dietary emulsifier carboxymethylcellulose-induced gut dysbiosis and SCFA reduction aggravate acute pancreatitis through classical monocyte activation
2025-03-24, Microbiome
IF:13.8Q1
DOI:10.1186/s40168-025-02074-1
PMID:40128912
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研究论文 | 本研究探讨了食品乳化剂羧甲基纤维素（CMC）通过诱导肠道菌群失调和短链脂肪酸减少，加重急性胰腺炎（AP）的机制，并评估了补充阿克曼氏菌或丁酸盐的缓解作用 | 首次揭示CMC通过肠道菌群失调和经典单核细胞激活加重急性胰腺炎的机制，并发现阿克曼氏菌或丁酸盐可作为潜在治疗策略 | 未在人类中直接验证CMC效应，主要基于小鼠模型 | 探究CMC对急性胰腺炎的影响及其潜在缓解机制 | C57BL/6小鼠和急性胰腺炎患者 | 微生物组学 | 急性胰腺炎 | 16S rRNA基因扩增子测序、单细胞RNA测序、粪便微生物移植 | NA | 基因组数据、转录组数据 | 小鼠和患者样本（具体数量未提及） | NA | 16S rRNA测序、单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 43 | 2026-08-26 |
Protocol to boost the robustness and accuracy of spatial transcriptomics algorithms using ensemble techniques
2025-03-21, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.103608
PMID:39879360
|
协议 | 本文介绍了一种使用加权集成方法进行空间转录组学（WEST）的协议，通过集成技术提升现有算法的稳健性和准确性 | 提出使用集成技术增强空间转录组学算法性能的新协议，通过整合多个算法的嵌入结果作为相似性矩阵来提高稳健性和准确性 | 未提及具体局限性 | 提供一种使用集成技术提升空间转录组学算法稳健性和准确性的实验协议 | 空间转录组学数据 | 空间转录组学 | 不适用 | 空间转录组学 | 集成方法（加权集成） | 空间转录组数据 | 未提及 | 不适用 | 空间转录组学 | 不适用 | 不适用 |
| 44 | 2026-08-26 |
Protocol to recover single-cell gene expression profiles from spatial transcriptomics data using cluster computing
2025-03-21, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.103636
PMID:39946238
|
协议 | 本文介绍一种利用集群计算从低分辨率空间转录组数据中恢复单细胞基因表达谱的计算协议 | 提出scResolve协议，通过超分辨率推断和细胞分割模块，结合集群并行计算，实现从多细胞分辨率数据中恢复单细胞表达谱 | 未明确说明局限性，可能涉及计算资源需求和依赖 | 提供一种从低分辨率空间转录组数据中恢复单细胞基因表达谱的计算方法 | 空间转录组数据 | 计算生物学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium |
| 45 | 2026-08-26 |
Sustained NF-κB activation allows mutant alveolar stem cells to co-opt a regeneration program for tumor initiation
2025-Mar-06, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2025.01.011
PMID:39978341
|
研究论文 | 本研究通过体内命运图谱和单细胞转录组学，揭示了突变肺泡干细胞如何在持续NF-κB激活下利用再生程序启动肿瘤形成 | 发现两个具有不同致瘤能力的AT2干细胞亚群，并揭示Il1r1作为AT2重编程的公共激活因子，以及持续NF-κB激活将肿瘤发生与再生区分开来的机制 | 未提供明确的局限性信息，可能包括样本仅来自小鼠模型，以及未涉及人类样本验证 | 探究调控信号失稳如何导致干细胞命运改变并启动肿瘤形成 | 小鼠野生型和KrasG12D突变肺泡II型（AT2）干细胞 | 单细胞转录组学, 癌症生物学 | 肺癌 | 体内命运图谱, 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组数据 | 数千个小鼠AT2干细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 46 | 2026-08-26 |
Unveiling the role of MDH1 in breast cancer drug resistance through single-cell sequencing and schottenol intervention
2025-03, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111608
PMID:39818404
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序数据揭示乳腺癌和正常上皮细胞的转录组特征，并探讨MDH1在药物抵抗中的作用及Schottenol干预效果 | 首次结合单细胞测序和Schottenol干预，揭示MDH1在乳腺癌药物抵抗中的关键调控作用，并提出其作为治疗靶点的新见解 | 未提供具体限制信息 | 揭示乳腺癌药物抵抗机制，并评估MDH1作为治疗靶点和Schottenol作为克服药物抵抗策略的潜力 | 乳腺癌细胞、正常上皮细胞、骨髓细胞和肿瘤浸润淋巴细胞 | 单细胞测序 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 47 | 2026-08-23 |
Spatial transcriptome and single-cell RNA sequencing reveal the molecular basis of cotton fiber initiation development
2025-03, The Plant journal : for cell and molecular biology
DOI:10.1111/tpj.70064
PMID:40084712
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研究论文 | 结合空间转录组和单细胞RNA测序，构建了棉花胚珠在-1、0和1 DPA阶段的空间转录图谱，揭示了纤维起始发育的分子机制 | 首次构建棉花胚珠在不同发育阶段的空间转录组图谱，并整合单细胞RNA测序数据，发现关键基因SVB和SVBL在纤维起始中的功能冗余 | 未明确提及研究局限性 | 解析棉花纤维起始发育的分子基础，为提升皮棉产量提供见解 | 棉花胚珠（-1、0和1 DPA）及纤维细胞 | 单细胞转录组学、空间转录组学 | NA | 空间转录组测序、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据（空间转录组和单细胞转录组） | 棉花胚珠样本，具体数量未明确 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 48 | 2026-08-19 |
Protocol for investigating intracellular microbial diversity using single-cell RNA-seq in immune cells of SARS-CoV-2-positive and recovered patients
2025-03-21, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.103546
PMID:39786999
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protocol | 描述了一种使用单细胞RNA测序（scRNA-seq）研究SARS-CoV-2阳性及康复患者免疫细胞中胞内微生物多样性的详细实验方案。 | 提供了一套从样本采集到数据分析的完整工作流程，用于检测难以培养的胞内微生物，填补了该领域的实验方法空白。 | 标题和摘要未提供明显限制信息。 | 建立并描述一种利用scRNA-seq检测和研究免疫细胞中胞内微生物多样性的方法。 | SARS-CoV-2阳性及康复患者的外周血单个核细胞（PBMC）中的免疫细胞。 | 基因组学 | COVID-19 | scRNA-seq | NA | 基因组测序数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 49 | 2026-08-19 |
Protocol for the isolation of silk glands from silkworms for snRNA-seq and spatial transcriptomics
2025-03-21, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.103581
PMID:39804771
|
研究论文 | 本文介绍了一种从家蚕中分离丝腺并进行snRNA-seq和空间转录组测序的实验方案 | 首个针对家蚕丝腺组织的单细胞核RNA测序和空间转录组学联合方案 | 仅提供方案描述，未包含结果验证或与其他方法的比较 | 提供从家蚕分离丝腺核并进行空间转录组分析的标准操作流程，以实现单细胞分辨率的丝腺细胞空间分布探究 | 家蚕丝腺组织 | 数字病理学，单细胞组学，空间转录组学 | 不适用 | snRNA-seq，空间转录组测序，组织冰冻切片 | 不适用 | 基因表达数据（单细胞核和空间转录组数据） | 不适用 | 不适用 | 单细胞核RNA测序，空间转录组学 | 不适用 | 不适用 |
| 50 | 2026-08-19 |
Protocol for mitochondrial variant enrichment from single-cell RNA sequencing using MAESTER
2025-03-21, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.103564
PMID:39817913
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研究方案 | 本方案描述了一种从单细胞RNA测序中富集线粒体DNA变异的方法，通过MAESTER流程同时探究细胞状态和克隆信息。 | 创新点在于利用3'条形码全长cDNA进行线粒体DNA变异富集，无需额外测序即可同时获取细胞状态和克隆结构信息。 | 局限性可能包括对全长cDNA质量的要求较高，以及变异富集效率可能受线粒体丰度影响。 | 旨在提供一种从单细胞RNA测序数据中同时分析细胞状态和克隆动态的协议。 | 研究对象为来自原代人组织的单细胞RNA测序文库。 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、线粒体DNA变异富集 | maegatk | 单细胞RNA测序数据（全长cDNA） | 未提及具体数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 3'-barcoded full-length cDNA |
| 51 | 2026-08-19 |
Transcriptomic and genetic analysis suggests a role for mitochondrial dysregulation in schizophrenia
2025-Mar-15, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.03.14.25323827
PMID:40162239
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研究论文 | 本研究整合遗传分析与单核RNA测序，探究精神分裂症中不同细胞类型的转录组变化，揭示线粒体功能障碍在该疾病中的病因作用 | 通过整合遗传分析与大规模单核RNA测序数据，首次在细胞类型水平上揭示精神分裂症中线粒体功能障碍的病因相关性，并发现与蛋白组学和长读长RNA测序结果的多点汇聚 | 样本来自背外侧前额叶皮层（Brodmann 8/9区），可能无法代表其他脑区；研究为观察性，无法确立因果关系；未发现细胞类型丰度的显著差异，可能受样本量和疾病阶段影响 | 通过整合遗传分析与单核RNA测序，揭示精神分裂症中新的细胞类型特异性病因相关扰动 | 43例精神分裂症患者和42例神经典型对照的背外侧前额叶皮层（Brodmann 8/9区）死后样本中的536,618个细胞核 | 机器学习, 数字病理学 | 精神分裂症 | 单核RNA测序, 遗传分析, 表达数量性状位点分析, 转录组关联分析, 蛋白质组学, 长读长RNA测序 | 共调控网络分析 | 转录组数据, 遗传数据, 蛋白质组数据 | 85个死后脑样本（43例精神分裂症，42例对照），536,618个细胞核 | NA | 单核RNA测序 | NA | NA |
| 52 | 2026-08-19 |
Hypoxia regulates small extracellular vesicle biogenesis and cargo sorting through HIF-1α/HRS signaling pathway in head and neck squamous cell carcinoma
2025-03, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2024.111546
PMID:39631619
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研究论文 | 本研究探讨了缺氧通过HIF-1α/HRS信号通路调控头颈部鳞状细胞癌中小细胞外囊泡的生物发生和货物分选机制 | 首次揭示HRS在缺氧条件下被HIF-1α转录激活，并调控缺氧诱导的sEV生物发生和货物包装，连接了缺氧反应与sEV生成过程 | 未提及具体局限性 | 阐明缺氧影响头颈部鳞状细胞癌中小细胞外囊泡生物发生的精确机制 | 头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）细胞及肿瘤微环境中的巨噬细胞 | 数字病理学 | 头颈部鳞状细胞癌 | RNA-seq | NA | 图像 | 未提及具体样本数量 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组学用于分析HRS与HIF-1α的相关性 |
| 53 | 2026-08-17 |
Efficient count-based models improve power and robustness for large-scale single-cell eQTL mapping
2025-Mar-05, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.01.18.25320755
PMID:40093202
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research paper | 提出了一种基于计数模型的高效sc-eQTL映射框架jaxQTL，在大型单细胞数据中显著提高了识别eQTL的统计功效和稳健性 | 利用负二项模型处理稀疏计数数据，显著提高低表达基因的eQTL检测能力，并在大规模数据中保持高效计算 | 未讨论jaxQTL在非人类数据或极端异质性样本中的表现，且未与其他近期方法进行全面比较 | 开发一种高效、稳健的sc-eQTL映射方法，以改进大规模单细胞转录组数据中遗传变异对基因调控影响的识别 | 单细胞RNA测序数据中的表达数量性状位点（eQTL） | 单细胞基因组学 | 自身免疫性疾病（如类风湿关节炎） | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 负二项模型 | 单细胞基因表达计数数据、基因型数据 | 982个样本，14种细胞类型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 54 | 2026-08-16 |
Spatial Transcriptomics Identifies Immune-Stromal Niches Associated with Cancer in Adult Dermatomyositis
2025-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.19.644147
PMID:40166232
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研究论文 | 通过空间和单细胞转录组学分析，揭示了成人皮肌炎皮肤病变中与癌症相关的免疫-基质生态位 | 首次对成人期皮肌炎进行全面的空间免疫和基质细胞图谱描绘，并发现了与癌症相关的独特免疫浸润模式及基质重塑机制 | 未提供明确的局限性信息 | 阐明成人皮肌炎皮肤病变中的免疫和基质细胞空间组织及其与癌症关联的机制 | 成人皮肌炎和皮肤红斑狼疮患者的皮肤病变组织 | 空间转录组学 | 皮肌炎 | 空间转录组学、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未提供具体样本数量 | NA | 空间转录组学、单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 55 | 2026-08-13 |
A factor-based analysis of individual human microglia uncovers regulators of an Alzheimer-related transcriptional signature
2025-Mar-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.27.641500
PMID:40196633
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研究论文 | 本研究构建了来自441,088个活体小胶质细胞的单细胞图谱，利用单细胞层次泊松分解（scHPF）识别出23个因子，并揭示了与阿尔茨海默病相关的转录特征及其调控因子 | 提出了基于因子的分析框架，用于解析小胶质细胞异质性，并结合空间转录组学验证了疾病相关因子的分布，发现了新的AD治疗靶点 | 摘要中未明确提及局限性 | 解析人类小胶质细胞的异质性，识别与阿尔茨海默病相关的转录特征及其调控因子 | 来自161名捐赠者的441,088个活体小胶质细胞，涵盖不同脑区和神经退行性疾病及神经炎症疾病 | 单细胞转录组学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序、MERFISH空间转录组学 | 单细胞层次泊松分解（scHPF） | 基因表达数据 | 441,088个活体小胶质细胞，来自161名捐赠者 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 56 | 2026-08-13 |
Intranasal prime-boost RNA vaccination elicits potent T cell response for lung cancer therapy
2025-03-24, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-025-02191-1
PMID:40122855
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研究论文 | 开发了一种利用脂质纳米颗粒包裹环状RNA的非侵入性鼻内癌症疫苗，在临床前肺癌模型中诱导强效抗肿瘤T细胞反应，同时减少全身不良反应。 | 首次采用鼻内途径递送环状RNA疫苗以诱导局部黏膜免疫反应；发现1型常规树突状细胞对T细胞启动至关重要；单细胞RNA测序揭示疫苗能重编程内源性T细胞并诱导记忆样表型。 | 尚未在人体临床试验中验证该疫苗的安全性和有效性。 | 开发一种非侵入性鼻内RNA癌症疫苗，以诱导局部黏膜免疫反应，用于肺癌免疫治疗。 | 临床前肺癌模型中的肿瘤细胞和T细胞。 | 免疫学 | 肺癌 | RNA疫苗 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 临床前肺癌模型（具体数量未提供） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序系统 |
| 57 | 2026-08-13 |
Sox9 and nuclear factor I transcription factors regulate the timing of neurogenesis and ependymal maturation in dopamine progenitors
2025-03-15, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.204421
PMID:39995267
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研究论文 | 本文分析了中脑多巴胺神经元祖细胞如何进入细胞周期停滞（G0）并成熟为室管膜细胞，发现Sox9和核因子I转录因子调控这一过程的时机。 | 首次揭示Sox9和核因子I转录因子在调控多巴胺祖细胞神经发生时机及室管膜成熟中的关键作用，并通过单细胞RNA测序和组学分析提供了成年室管膜细胞的详细特征。 | 研究主要在小鼠模型中进行，且对Sox9和核因子I的作用机制阐述尚不深入，未涉及人类样本。 | 阐明中脑多巴胺神经元祖细胞从增殖到细胞周期停滞并成熟为室管膜细胞的调控机制，以及这些转录因子的作用。 | 小鼠胚胎期中脑多巴胺神经元祖细胞和成年室管膜细胞。 | 发育生物学，神经科学 | NA | 单细胞RNA测序，条件性基因敲除，组织学 | NA | 基因表达数据，影像数据 | 不同胚胎阶段的小鼠中脑祖细胞及成年室管膜细胞样本（具体数量未提供） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium 单细胞RNA测序 |
| 58 | 2026-08-13 |
Lepidopteran scale cells derive from sensory organ precursors through a canonical lineage
2025-03-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.204501
PMID:40052482
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研究论文 | 本研究通过活体成像和单核RNA测序，证明鳞翅目昆虫的鳞片细胞来源于感觉器官前体细胞，遵循典型的谱系分化过程。 | 首次通过活体成像和单核RNA测序，在鳞翅目昆虫中证实鳞片细胞源于感觉器官前体细胞，并发现新关联基因pdm3参与鳞片分化。 | 研究主要基于一种鳞翅目昆虫，可能无法完全代表所有鳞翅目物种的鳞片发育机制。 | 探究鳞翅目昆虫鳞片细胞的起源和分化机制，并验证鳞片与果蝇机械感觉刚毛的同源假说。 | 鳞翅目昆虫的早期蛹翅中的鳞片细胞及其前体细胞。 | 发育生物学，单细胞转录组学 | NA | 活体成像，单核RNA测序 | NA | 图像，基因表达数据 | 鳞翅目昆虫的早期蛹翅样本，具体数量未在摘要中说明 | 10x Genomics | 单核RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium 单核RNA测序平台，用于早期蛹翅的单核转录组分析 |
| 59 | 2026-08-12 |
BubR1 Controls Heart Development by Promoting Expression of Cardiogenesis Regulators
2025-03-18, Journal of the American Heart Association
IF:5.0Q1
DOI:10.1161/JAHA.124.038286
PMID:40055864
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研究论文 | 本研究揭示BubR1通过促进心脏发生调节因子的表达来控制心脏发育，其缺失导致胚胎致死和先天性心脏缺陷 | 首次揭示BubR1在心脏发育中的关键调控作用，通过单细胞转录组分析阐明其缺失影响心肌细胞分化轨迹和Wnt信号通路 | 研究主要基于小鼠模型，具体分子机制仍需进一步探索 | 阐明BubR1突变导致镶嵌体非整倍体综合征相关先天性心脏缺陷的分子机制 | 心脏特异性BubR1敲除小鼠胚胎的心脏组织 | 单细胞测序 | 先天性心脏缺陷 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 60 | 2026-08-12 |
Exploration of Conserved Human Adipose Subpopulations Using Targeted Single-Nuclei RNA Sequencing Data Sets
2025-03-18, Journal of the American Heart Association
IF:5.0Q1
DOI:10.1161/JAHA.124.038465
PMID:40094187
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研究论文 | 利用靶向单核RNA测序数据集探索人类脂肪组织中保守的细胞亚群，特别是周细胞和祖细胞的分子特征及其成脂潜力 | 首次发现人类脂肪组织中表达PPARG的周细胞亚群具有跨脂肪库的保守表达特征（COL25A1, MYO1B, POSTN），并揭示了人类与小鼠周细胞的种属差异及组织特异性标志物，同时证明了人脑周细胞和主动脉血管平滑肌细胞的体外成脂分化能力 | 主要基于生物信息学分析，体外成脂实验仅限于少数细胞类型，缺乏体内功能验证及详细机制研究 | 分子定义人类脂肪组织中的祖细胞群（周细胞和平滑肌细胞），并测试其成脂能力 | 人类脂肪组织中的周细胞、平滑肌细胞和脂肪祖细胞，包括血管周围、棕色和白色脂肪组织 | 单细胞转录组学 | NA | 单核RNA测序（snRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 未明确样本数量，涉及多个人类脂肪组织和细胞系 | NA | 单核RNA测序 | NA | NA |