单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
561	2025-04-12	Mechanosensitive ion channel-related genes in hepatocellular carcinoma: Unraveling prognostic genes and their roles in drug resistance and immune modulation 2025-Mar, Liver research (Beijing, China) DOI:10.1016/j.livres.2025.01.002 PMID:40206431	研究论文	本研究探讨了机械敏感离子通道相关基因（MICRGs）在肝细胞癌（HCC）中的作用，重点关注其作为预后生物标志物的潜力及其在免疫调节和药物耐药性中的参与	首次系统性地研究了MICRGs在HCC中的预后价值及其在药物耐药性和免疫调节中的作用，特别是PIEZO1基因的发现	研究结果需要在更大的患者队列中进行验证，并且PIEZO1靶向的功能影响需要在临床前模型中进一步探索	探究MICRGs在HCC中的分子机制，特别是在预后、药物耐药性和免疫调节中的作用	肝细胞癌（HCC）组织和细胞系	生物信息学与癌症研究	肝细胞癌	基因表达谱分析、生物信息学工具、蛋白质-蛋白质相互作用网络分析、富集分析、免疫细胞浸润分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、深度学习神经网络分析	深度学习神经网络	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	来自The Cancer Genome Atlas数据库的HCC患者数据及HCC细胞系
562	2025-04-11	A Krüppel-like factor establishes cellular heterogeneity during schistosome tegumental maintenance 2025-Mar, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1013002 PMID:40153400	研究论文	本研究探讨了Krüppel样因子4（klf4）在血吸虫皮层细胞异质性建立中的作用	首次揭示了klf4在血吸虫皮层相关细胞谱系（TRL）维持中的关键作用，及其对皮层细胞分子特性的精细调控	未完全阐明klf4下游调控网络的具体机制	解析血吸虫长期存活于宿主血液中的分子机制	曼氏血吸虫的皮层细胞及其前体细胞	寄生虫学	血吸虫病	RNA干扰（RNAi）、单细胞RNA测序（scRNAseq）和批量RNA测序（bulk RNAseq）	NA	RNA测序数据	NA
563	2025-04-11	Modulation of cell fate by shock wave therapy in ischaemic heart disease 2025-Mar, European heart journal open DOI:10.1093/ehjopen/oeaf011 PMID:40201592	研究论文	研究探讨了心脏冲击波疗法（SWT）通过激活Toll样受体3（TLR3）促进心脏成纤维细胞向内皮细胞转分化，从而改善缺血性心肌病患者的左心室功能	首次揭示了SWT通过机械刺激激活TLR3信号通路，促进成纤维细胞向内皮细胞的转分化，并改善了心肌灌注和功能	研究主要基于体外实验和转基因小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探究SWT如何通过TLR3激活改善缺血性心肌病的心功能	人类心脏成纤维细胞和转基因小鼠模型	心血管疾病	缺血性心肌病	单细胞RNA测序、RNA轨迹分析、染色质可及性测序（ATAC-seq）	转基因小鼠模型（Fsp1-Cre/LacZ）	RNA测序数据、染色质可及性数据	人类心脏成纤维细胞和转基因小鼠模型
564	2025-04-09	In Situ Graphene-Seq: Spatial Transcriptomics and Chronic Electrophysiological Characterization of Tissue Microenvironments 2025-Mar-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.25.645278 PMID:40196689	研究论文	本研究介绍了一种名为原位石墨烯测序（graphene-seq）的新型平台，该平台将慢性电生理学与基于成像的空间分辨3D转录组学无缝整合，以克服当前多模态方法的长期限制	开发了一种独特的平台，首次将慢性电生理学与空间分辨3D转录组学无缝整合，提供了对细胞微环境的全面多模态分析	NA	研究细胞功能与分子身份之间复杂的相互作用，以及组织微环境如何塑造细胞行为和分子状态	人诱导多能干细胞衍生的心肌细胞和内皮细胞共培养物	生物医学工程	NA	原位石墨烯测序（graphene-seq），慢性电生理学，成像为基础的空间分辨3D转录组学	NA	电生理记录，光学成像，基因表达数据	NA
565	2025-04-09	Lignature: A Comprehensive Database of Ligand Signatures to Predict Cell-Cell Communication 2025-Mar-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.22.644770 PMID:40196598	研究论文	本文介绍了Lignature，一个包含362种人类配体的细胞内转录组特征的综合数据库，用于预测细胞间通讯	Lignature显著扩展了具有可用细胞内反应特征的配体库，并提供了基因和通路水平的特征	NA	开发一个全面的配体特征数据库，以预测配体-受体相互作用	人类配体的转录组特征	生物信息学	NA	转录组数据分析	NA	转录组数据	362种人类配体
566	2025-04-06	Chemokine Ligands and Receptors Regulate Macrophage Polarization in Atherosclerosis: A Comprehensive Database Mining Study 2025-Mar, CJC open IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.cjco.2024.11.018 PMID:40182401	研究论文	通过生物信息学方法研究趋化因子配体和受体在动脉粥样硬化中调控巨噬细胞极化的作用	首次通过公共数据库挖掘和生物信息学分析，揭示了趋化因子在动脉粥样硬化中调控巨噬细胞极化的具体机制	研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证	探究趋化因子在动脉粥样硬化中调控巨噬细胞极化的作用机制	巨噬细胞极化和趋化因子	生物信息学	心血管疾病	scRNA-seq, GEO2R, IPA分析	巨噬细胞极化调控模型	基因表达数据	公共数据库中的小鼠组织数据
567	2025-04-05	Construction of a Single-cell Atlas of Thyroid Cancer 2025-Mar-10, Endocrine, metabolic & immune disorders drug targets DOI:10.2174/0118715303359688250209090544 PMID:40183263	研究论文	通过单细胞RNA测序技术构建甲状腺癌的单细胞图谱，揭示肿瘤细胞的异质性	首次构建了甲状腺癌的单细胞全景图谱，并发现lncRNA XIST在未分化甲状腺癌中的高表达及其调控机制	样本量较小（20例患者），且数据来源于公共数据库，可能影响结果的广泛适用性	探索甲状腺癌的分子特征，为临床分期和治疗策略提供新见解	甲状腺癌及癌旁组织、转移淋巴结和远处转移灶	数字病理	甲状腺癌	scRNA-seq	NA	基因表达数据	20例患者的11个原发肿瘤组织、6个癌旁组织、8个转移淋巴结和2个远处转移灶
568	2025-04-04	Deciphering shared molecular dysregulation across Parkinson's disease variants using a multi-modal network-based data integration and analysis 2025-Mar-31, NPJ Parkinson's disease DOI:10.1038/s41531-025-00914-3 PMID:40164620	research paper	该研究通过整合多模态数据和构建知识图谱，探索帕金森病不同变异之间的共同分子失调机制	利用患者特异性中脑类器官的高通量成像和RNA测序数据构建知识图谱，并首次在特发性帕金森病患者中发现与单基因型帕金森病共同的转录组失调	研究主要基于体外类器官模型，可能无法完全反映人体内复杂的病理生理过程	探索帕金森病不同变异形式之间的共同生物医学特征	携带LRRK2-G2019S、SNCA三倍体、GBA-N370S或MIRO1-R272Q突变的PD患者特异性中脑类器官，以及特发性PD患者(IPD)的中脑类器官	systems biomedicine	Parkinson's disease	high-content imaging, RNA sequencing, single-cell RNA sequencing	knowledge graph	omics data, imaging data	多种基因突变的PD患者特异性中脑类器官和特发性PD患者类器官
569	2025-04-04	A practical guide for single-cell transcriptome data analysis in neuroscience 2025-Mar-29, Neuroscience research IF:2.4Q3 DOI:10.1016/j.neures.2025.03.006 PMID:40164433	教程	本文为神经科学领域中的单细胞转录组数据分析提供实用指南	专注于神经科学中的scRNA-seq数据分析，提供从质量控制到差异表达分析的完整工作流程，并强调结果的生物学解释	主要基于Seurat R包进行分析，可能未涵盖其他分析工具或方法	提高神经科学中scRNA-seq研究的可靠性和可重复性，支持对细胞机制和脑功能及疾病的研究	单细胞RNA测序数据	生物信息学	神经系统疾病	scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
570	2025-04-04	Determining composition and distribution of nicotinic acetylcholine receptors in mouse ventral tegmental area brain region with single-cell sequencing approach 2025-Mar-28, Nicotine & tobacco research : official journal of the Society for Research on Nicotine and Tobacco IF:3.0Q2 DOI:10.1093/ntr/ntaf075 PMID:40177951	研究论文	本研究通过单细胞测序方法确定了小鼠腹侧被盖区（VTA）脑区中尼古丁乙酰胆碱受体（nAChRs）的组成和分布	首次在单细胞水平上揭示了VTA区nAChR亚基的组成和分布，并预测了不同神经元中nAChR亚基的潜在组合	研究仅基于小鼠模型，结果是否适用于人类尚需验证	探究尼古丁乙酰胆碱受体在腹侧被盖区单细胞水平的分布和组成	C57BL/6小鼠的腹侧被盖区细胞	神经科学	NA	单细胞核测序, scFEA, hdWGCNA	NA	单细胞测序数据	6只小鼠的53,855个VTA细胞
571	2025-04-04	LSD1 inhibition corrects dysregulated MHC-I and dendritic cells activation through IFNγ-CXCL9-CXCR3 axis to promote antitumor immunity in HNSCC 2025-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.17.643710 PMID:40166238	研究论文	本研究探讨了LSD1抑制在头颈鳞状细胞癌（HNSCC）中通过IFNγ-CXCL9-CXCR3轴调节MHC-I和树突状细胞激活以促进抗肿瘤免疫的机制	发现LSD1抑制通过上调MHC-I和诱导树突状细胞产生CXCL9，进而通过CXCL9-CXCR3轴激活CD8+ T细胞产生IFNγ，揭示了LSD1在抗肿瘤免疫中的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人类临床试验中验证	阐明LSD1在HNSCC抗肿瘤免疫中的作用机制	头颈鳞状细胞癌（HNSCC）小鼠模型和人类HNSCC细胞	肿瘤免疫学	头颈鳞状细胞癌	流式细胞术、单细胞RNA-seq分析	小鼠HNSCC模型、人类HNSCC细胞与PBMCs共培养模型	基因表达数据、流式细胞数据	小鼠模型和人类PBMCs共培养实验
572	2025-04-04	Revealing a coherent cell state landscape across single cell datasets with CONCORD 2025-Mar-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.13.643146 PMID:40161827	研究论文	本文介绍了一种名为CONCORD的自监督对比学习框架，用于单细胞RNA测序数据的降维和整合	CONCORD通过概率性、数据集和邻域感知的采样策略，提高了细胞状态的分辨率并减少了批次效应	NA	解决单细胞RNA测序数据中细胞状态景观的复杂结构解析问题	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	scRNAseq	对比学习框架	单细胞RNA测序数据	NA
573	2025-04-04	Transcriptomic and genetic analysis suggests a role for mitochondrial dysregulation in schizophrenia 2025-Mar-15, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2025.03.14.25323827 PMID:40162239	研究论文	该研究通过整合遗传分析和单核RNA测序，揭示了精神分裂症中线粒体功能障碍等细胞类型特异性病因相关扰动	整合遗传分析与单核RNA测序技术，首次在精神分裂症中系统揭示了不同神经元亚型及胶质细胞的转录组变化与线粒体功能障碍的关联	样本量相对有限（43例患者和42例对照），且仅分析了背侧前额叶皮层（Brodmann Area 8/9）区域	阐明精神分裂症的细胞类型特异性分子机制	精神分裂症患者和神经典型对照的背侧前额叶皮层组织	神经科学	精神分裂症	单核RNA-seq（snRNA-seq）、表达数量性状位点分析（eQTL）、全转录组关联分析（TWAS）	NA	转录组数据	85例（43例精神分裂症患者和42例对照）的536,618个细胞核
574	2025-04-03	Identification of druggable targets in acute kidney injury by proteome- and transcriptome-wide Mendelian randomization and bioinformatics analysis 2025-Mar-27, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-025-00631-0 PMID:40148878	研究论文	通过蛋白质组和转录组范围的孟德尔随机化及生物信息学分析，识别急性肾损伤的可药物靶点	整合遗传数据与AKI GWAS结果，利用多组学孟德尔随机化方法识别潜在因果蛋白和基因，并通过反向MR和外部队列分析验证其稳健性	研究结果需在独立队列中进一步验证，且药物再利用分析的实际效果尚待临床实验确认	识别急性肾损伤（AKI）的潜在治疗靶点并探索药物再利用机会	与AKI相关的5,883个独特蛋白质和基因	生物信息学	急性肾损伤	GWAS, 孟德尔随机化, 单细胞转录组分析	NA	遗传数据, 转录组数据	涉及多个独立队列的样本，具体数量未明确说明
575	2025-04-03	Inhibition of ERK1/2 mediated activation of Drp1 alleviates intervertebral disc degeneration via suppressing pyroptosis and apoptosis in nucleus pulposus cells 2025-Mar, Journal of orthopaedic translation IF:5.9Q1 DOI:10.1016/j.jot.2025.01.013 PMID:40160807	research paper	研究探讨了Drp1在椎间盘退变(IVDD)中的作用机制，并评估了Drp1抑制剂Mdivi-1的治疗效果	首次揭示了Drp1通过ERK1/2磷酸化调控椎间盘退变的机制，并验证了Mdivi-1的治疗潜力	研究主要基于动物模型和体外实验，尚未进行临床试验	阐明Drp1在椎间盘退变中的作用机制并评估其抑制剂的效果	椎间盘髓核细胞(NPCs)和8周龄大鼠	NA	椎间盘退变	单细胞测序分析、Western blot、流式细胞术、免疫荧光染色	大鼠椎间盘退变模型	分子生物学数据、影像学数据	NA
576	2025-04-02	Cell Function Graphics: TOGGLE delineates fate and function within individual cell types via single-cell transcriptomics 2025-Mar-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.01.631041 PMID:40060433	研究论文	本文介绍了一种名为TOGGLE的高分辨率分析方法，用于在单细胞转录组学中揭示细胞命运和功能的多样性	开发了TOGGLE方法及创新的Graph Diffusion Functional Map，显著降低噪声，更清晰地展示RNA功能分组并捕捉高维数据中更细微的功能差异	未提及具体样本量或实验验证结果	克服相同类型细胞间基因表达相似性带来的功能异质性识别挑战	单细胞转录组数据中的功能RNA	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组测序	Graph Diffusion Functional Map	RNA-seq数据	NA
577	2025-04-02	Cytolytic γδ T-cells and IFNγ-producing CD4-lymphocytes characterise the early response to MTBVAC tuberculosis vaccine 2025-Mar-28, NPJ vaccines IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41541-025-01110-3 PMID:40155627	research paper	该研究深入分析了MTBVAC结核疫苗候选株引发的急性免疫反应，揭示了CD4和细胞毒性γδ T细胞的扩增特征	首次发现MTBVAC激活的γδ T细胞具有独特的细胞毒性CD16GZMB表型，类似于控制结核分枝杆菌感染的效应细胞	研究仅关注早期免疫反应，未评估长期保护效果	探究MTBVAC疫苗引发的早期免疫反应特征	MTBVAC疫苗刺激后的免疫细胞反应	免疫学	结核病	scRNA-seq, 流式细胞术	NA	单细胞转录组数据, 流式细胞数据	未明确说明样本数量
578	2025-04-02	TNFR1-mediated senescence and lack of TNFR2-signaling limit human intervertebral disc cell repair potential in degenerative conditions 2025-Mar-24, Osteoarthritis and cartilage IF:7.2Q1 DOI:10.1016/j.joca.2025.02.791 PMID:40139648	research paper	该研究探讨了在疼痛性椎间盘退变（IVDD）进展中，促炎性TNFα受体1（TNFR1）和促修复性TNFR2信号的作用机制及治疗靶点	研究发现IVDD条件下hAF细胞的代谢率降低、炎症反应减弱和衰老现象主要由TNFR1信号主导，而TNFR2信号在原生IVD细胞中缺失，提示增强TNFR2信号可能需要引入其他表达TNFR2的细胞	研究未涉及TNFR2信号在IVD修复中的具体作用机制，且样本来源有限	识别疼痛性椎间盘退变（IVDD）进展中的机制和治疗靶点	IVDD组织和细胞，人类纤维环（hAF）细胞	生物医学	椎间盘退变	scRNA-seq, bulk RNA-seq, 多重蛋白阵列	NA	基因表达数据, 蛋白质数据	IVDD和尸检来源的组织和细胞
579	2025-04-02	A tissue-scale strategy for sensing threats in barrier organs 2025-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.19.644134 PMID:40166266	research paper	研究揭示了屏障器官在组织尺度上采用分层威胁感知策略，以平衡宿主保护与组织损伤	通过单分子成像和空间转录组学技术，发现了屏障器官中PRR表达的空间梯度导致细胞类型特异性威胁感知概率的分层策略	研究主要基于流感感染的肺部模型，可能不适用于所有屏障器官或感染类型	探究屏障器官如何评估威胁并调整免疫反应以平衡宿主保护与组织损伤	流感感染中的肺部组织	免疫学	流感	单分子成像, 空间转录组学	NA	图像, 转录组数据	NA
580	2025-04-02	Single-cell multiomics reveals disrupted glial gene regulatory programs in Alzheimer's disease via interpretable machine learning 2025-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.14.643349 PMID:40166228	研究论文	本研究通过单细胞多组学技术和可解释机器学习，揭示了阿尔茨海默病中胶质细胞基因调控程序的紊乱	结合单细胞转录组和染色质可及性数据，开发了多组学整合分析流程，并发现了SLC家族基因在多种胶质细胞类型中的重要作用	样本量相对有限（26个人脑样本），且仅针对胶质细胞亚群进行研究	探究阿尔茨海默病的细胞和分子机制	人脑胶质细胞亚群	数字病理学	阿尔茨海默病	scRNA-seq, scATAC-seq	可解释机器学习	单细胞多组学数据	26个人脑样本