单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 747 篇文献，本页显示第 561 - 580 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 561 | 2025-04-04 |
Revealing a coherent cell state landscape across single cell datasets with CONCORD
2025-Mar-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.13.643146
PMID:40161827
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研究论文 | 本文介绍了一种名为CONCORD的自监督对比学习框架，用于单细胞RNA测序数据的降维和整合 | CONCORD通过概率性、数据集和邻域感知的采样策略，提高了细胞状态的分辨率并减少了批次效应 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中细胞状态景观的复杂结构解析问题 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | scRNAseq | 对比学习框架 | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 562 | 2025-04-04 |
Transcriptomic and genetic analysis suggests a role for mitochondrial dysregulation in schizophrenia
2025-Mar-15, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.03.14.25323827
PMID:40162239
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研究论文 | 该研究通过整合遗传分析和单核RNA测序，揭示了精神分裂症中线粒体功能障碍等细胞类型特异性病因相关扰动 | 整合遗传分析与单核RNA测序技术，首次在精神分裂症中系统揭示了不同神经元亚型及胶质细胞的转录组变化与线粒体功能障碍的关联 | 样本量相对有限（43例患者和42例对照），且仅分析了背侧前额叶皮层（Brodmann Area 8/9）区域 | 阐明精神分裂症的细胞类型特异性分子机制 | 精神分裂症患者和神经典型对照的背侧前额叶皮层组织 | 神经科学 | 精神分裂症 | 单核RNA-seq（snRNA-seq）、表达数量性状位点分析（eQTL）、全转录组关联分析（TWAS） | NA | 转录组数据 | 85例（43例精神分裂症患者和42例对照）的536,618个细胞核 |
| 563 | 2025-04-04 |
Response to anti-angiogenic therapy is affected by AIMP protein family activity in glioblastoma and lower-grade gliomas
2025-Mar-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.13.643116
PMID:40161601
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research paper | 该研究探讨了AIMP蛋白家族在胶质母细胞瘤和低级别胶质瘤中对抗血管生成治疗反应的影响 | 首次揭示了AIMP1/2/3在胶质瘤血管生成中的作用，并发现AIMP2可作为抗血管生成治疗反应的预测生物标志物 | 研究为回顾性分析，需要前瞻性临床试验验证AIMP2的预测价值 | 探索AIMP蛋白家族在胶质瘤血管生成中的作用及其作为抗血管生成治疗反应预测标志物的潜力 | 胶质母细胞瘤和低级别胶质瘤患者样本 | digital pathology | glioblastoma | multi-omic分析（转录组学、表观遗传学、蛋白质组学）和单细胞转录组学 | Cox比例风险模型 | 转录组数据、表观遗传数据、蛋白质组数据和单细胞转录组数据 | 来自TCGA、CGGA、Rembrandt、Gravendeel、BELOB和REGOMA试验的胶质瘤样本，以及四个单细胞转录组数据集 |
| 564 | 2025-04-03 |
Identification of druggable targets in acute kidney injury by proteome- and transcriptome-wide Mendelian randomization and bioinformatics analysis
2025-Mar-27, Biology direct
IF:5.7Q1
DOI:10.1186/s13062-025-00631-0
PMID:40148878
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研究论文 | 通过蛋白质组和转录组范围的孟德尔随机化及生物信息学分析，识别急性肾损伤的可药物靶点 | 整合遗传数据与AKI GWAS结果，利用多组学孟德尔随机化方法识别潜在因果蛋白和基因，并通过反向MR和外部队列分析验证其稳健性 | 研究结果需在独立队列中进一步验证，且药物再利用分析的实际效果尚待临床实验确认 | 识别急性肾损伤（AKI）的潜在治疗靶点并探索药物再利用机会 | 与AKI相关的5,883个独特蛋白质和基因 | 生物信息学 | 急性肾损伤 | GWAS, 孟德尔随机化, 单细胞转录组分析 | NA | 遗传数据, 转录组数据 | 涉及多个独立队列的样本，具体数量未明确说明 |
| 565 | 2025-03-22 |
Spatial Transcriptomics Reveals Differential Inflammatory Pathways in Discoid Lupus Erythematosus and Lichen Planus
2025-Mar-18, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2025.02.148
PMID:40113031
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 566 | 2025-04-03 |
Segger: Fast and accurate cell segmentation of imaging-based spatial transcriptomics data
2025-Mar-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.14.643160
PMID:40161614
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研究论文 | 介绍了一种基于图神经网络的细胞分割工具segger，用于提高成像空间转录组学数据中转录本分配的准确性和效率 | 提出了一种基于异构图表示的图神经网络方法，将细胞分割任务转化为转录本到细胞的链接预测问题，并能够利用单细胞RNA-seq信息改进转录本分配 | 未明确提及具体局限性 | 提高成像空间转录组学数据中细胞分割的准确性和效率 | 成像空间转录组学数据中的细胞和转录本 | 数字病理学 | NA | 成像空间转录组学 | 图神经网络 | 图像 | 多个Xenium数据集基准测试 |
| 567 | 2025-04-03 |
Inhibition of ERK1/2 mediated activation of Drp1 alleviates intervertebral disc degeneration via suppressing pyroptosis and apoptosis in nucleus pulposus cells
2025-Mar, Journal of orthopaedic translation
IF:5.9Q1
DOI:10.1016/j.jot.2025.01.013
PMID:40160807
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research paper | 研究探讨了Drp1在椎间盘退变(IVDD)中的作用机制，并评估了Drp1抑制剂Mdivi-1的治疗效果 | 首次揭示了Drp1通过ERK1/2磷酸化调控椎间盘退变的机制，并验证了Mdivi-1的治疗潜力 | 研究主要基于动物模型和体外实验，尚未进行临床试验 | 阐明Drp1在椎间盘退变中的作用机制并评估其抑制剂的效果 | 椎间盘髓核细胞(NPCs)和8周龄大鼠 | NA | 椎间盘退变 | 单细胞测序分析、Western blot、流式细胞术、免疫荧光染色 | 大鼠椎间盘退变模型 | 分子生物学数据、影像学数据 | NA |
| 568 | 2025-04-02 |
Inflammatory Milieu by Crosstalk between Glomerulus and Proximal Tubular Cells in Type 2 Diabetes Mellitus Kidney Disease
2025-Mar-31, Diabetes & metabolism journal
IF:6.8Q1
DOI:10.4093/dmj.2024.0535
PMID:40160027
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research paper | 该研究通过单细胞RNA测序等技术，探讨了2型糖尿病肾病中肾小球和近端肾小管细胞间的炎症相互作用 | 首次在诱导型2型糖尿病肾病模型中应用单细胞RNA测序技术，并验证了CXCL12介导的T细胞浸润的关键作用 | 研究结果仍需在更大规模的人类样本中进一步验证 | 探索2型糖尿病肾病中肾小球和近端肾小管细胞间的炎症相互作用机制 | 诱导型2型糖尿病肾病小鼠模型及人类肾脏活检组织 | digital pathology | diabetic kidney disease | scRNA-seq, flow cytometry, histological analysis | NA | RNA-seq data, histological images, flow cytometry data | 诱导型T2DKD小鼠模型及人类肾脏活检组织（具体数量未明确说明） |
| 569 | 2025-04-02 |
Targeting IGF1-Induced Cellular Senescence to Rejuvenate Hair Follicle Aging
2025-Mar-30, Aging cell
IF:8.0Q1
DOI:10.1111/acel.70053
PMID:40159808
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research paper | 该研究探讨了IGF-1信号通路在毛囊衰老中的作用，并提出了针对性的干预措施 | 揭示了IGF-1过度表达通过触发毛囊干细胞衰老导致毛囊老化的新机制，并验证了通过干预IGF-1信号通路下游机制来恢复毛囊健康的潜在治疗方法 | 研究主要基于小鼠模型，人类皮肤中的验证数据有限 | 探究IGF-1信号通路如何调控器官衰老，特别是毛囊老化过程 | 小鼠和人类皮肤中的毛囊干细胞 | geriatric disease | geriatric disease | 单细胞RNA测序 | 转基因小鼠模型 | 基因表达数据 | 转基因小鼠和对照小鼠的皮肤样本 |
| 570 | 2025-04-02 |
Cell Function Graphics: TOGGLE delineates fate and function within individual cell types via single-cell transcriptomics
2025-Mar-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.01.631041
PMID:40060433
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研究论文 | 本文介绍了一种名为TOGGLE的高分辨率分析方法，用于在单细胞转录组学中揭示细胞命运和功能的多样性 | 开发了TOGGLE方法及创新的Graph Diffusion Functional Map，显著降低噪声，更清晰地展示RNA功能分组并捕捉高维数据中更细微的功能差异 | 未提及具体样本量或实验验证结果 | 克服相同类型细胞间基因表达相似性带来的功能异质性识别挑战 | 单细胞转录组数据中的功能RNA | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组测序 | Graph Diffusion Functional Map | RNA-seq数据 | NA |
| 571 | 2025-04-02 |
Cytolytic γδ T-cells and IFNγ-producing CD4-lymphocytes characterise the early response to MTBVAC tuberculosis vaccine
2025-Mar-28, NPJ vaccines
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41541-025-01110-3
PMID:40155627
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research paper | 该研究深入分析了MTBVAC结核疫苗候选株引发的急性免疫反应，揭示了CD4和细胞毒性γδ T细胞的扩增特征 | 首次发现MTBVAC激活的γδ T细胞具有独特的细胞毒性CD16GZMB表型，类似于控制结核分枝杆菌感染的效应细胞 | 研究仅关注早期免疫反应，未评估长期保护效果 | 探究MTBVAC疫苗引发的早期免疫反应特征 | MTBVAC疫苗刺激后的免疫细胞反应 | 免疫学 | 结核病 | scRNA-seq, 流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据, 流式细胞数据 | 未明确说明样本数量 |
| 572 | 2025-04-02 |
Integrative spatial omics reveals distinct tumor-promoting multicellular niches and immunosuppressive mechanisms in Black American and White American patients with TNBC
2025-Mar-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.17.585428
PMID:38562769
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research paper | 该研究通过整合空间组学技术，揭示了非裔美国人和白人三阴性乳腺癌患者中不同的肿瘤促进多细胞生态位和免疫抑制机制 | 首次使用成像质谱流式和空间转录组学相结合的多组学方法，系统比较了不同种族TNBC患者的肿瘤微环境特征 | 样本量相对有限，且仅针对美国黑人和白人患者群体 | 探究三阴性乳腺癌临床结果种族差异的生物学机制 | 自我认定为非裔美国人(BA)和白人(WA)的三阴性乳腺癌患者 | digital pathology | breast cancer | imaging mass cytometry, spatial transcriptomics | NA | spatial omics data | BA和WA TNBC患者样本 |
| 573 | 2025-04-02 |
TNFR1-mediated senescence and lack of TNFR2-signaling limit human intervertebral disc cell repair potential in degenerative conditions
2025-Mar-24, Osteoarthritis and cartilage
IF:7.2Q1
DOI:10.1016/j.joca.2025.02.791
PMID:40139648
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research paper | 该研究探讨了在疼痛性椎间盘退变（IVDD）进展中，促炎性TNFα受体1（TNFR1）和促修复性TNFR2信号的作用机制及治疗靶点 | 研究发现IVDD条件下hAF细胞的代谢率降低、炎症反应减弱和衰老现象主要由TNFR1信号主导，而TNFR2信号在原生IVD细胞中缺失，提示增强TNFR2信号可能需要引入其他表达TNFR2的细胞 | 研究未涉及TNFR2信号在IVD修复中的具体作用机制，且样本来源有限 | 识别疼痛性椎间盘退变（IVDD）进展中的机制和治疗靶点 | IVDD组织和细胞，人类纤维环（hAF）细胞 | 生物医学 | 椎间盘退变 | scRNA-seq, bulk RNA-seq, 多重蛋白阵列 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据 | IVDD和尸检来源的组织和细胞 |
| 574 | 2025-04-02 |
A tissue-scale strategy for sensing threats in barrier organs
2025-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.19.644134
PMID:40166266
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research paper | 研究揭示了屏障器官在组织尺度上采用分层威胁感知策略，以平衡宿主保护与组织损伤 | 通过单分子成像和空间转录组学技术，发现了屏障器官中PRR表达的空间梯度导致细胞类型特异性威胁感知概率的分层策略 | 研究主要基于流感感染的肺部模型，可能不适用于所有屏障器官或感染类型 | 探究屏障器官如何评估威胁并调整免疫反应以平衡宿主保护与组织损伤 | 流感感染中的肺部组织 | 免疫学 | 流感 | 单分子成像, 空间转录组学 | NA | 图像, 转录组数据 | NA |
| 575 | 2025-04-02 |
Spatial analysis of IPMNs defines a paradoxical KRT17-positive, low-grade epithelial population harboring malignant features
2025-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.18.643943
PMID:40166305
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research paper | 该研究通过空间转录组学分析IPMNs，发现了一个具有恶性特征的KRT17阳性低级别上皮细胞亚群 | 识别出IPMN中KRT17阳性低级别上皮细胞亚群，这些细胞具有恶性转录特征，可能代表向高级别不典型增生过渡的状态 | 研究样本量有限，需要更大规模的验证 | 探究IPMN进展过程中的转录变化，提高对IPMN恶性风险的评估准确性 | 胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤(IPMN)患者样本 | digital pathology | pancreatic cancer | spatial transcriptomics, single cell RNA sequencing, immunofluorescence | NA | transcriptomic data, imaging data | 包含IPMN疾病全谱的患者样本(低级别不典型增生、高级别不典型增生和IPMN来源的癌) |
| 576 | 2025-04-02 |
Integrated 'omics analysis reveals human milk oligosaccharide biosynthesis programs in human lactocytes
2025-Mar-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.17.643803
PMID:40166160
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研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序数据和特定HMO浓度测量，揭示了人乳寡糖（HMO）在乳腺中的复杂生物合成途径 | 鉴定了已知HMO合成基因在乳腺上皮细胞亚群中的差异表达模式，并提名了几个与HMO浓度变化相关的候选基因，同时发现了可能调控HMO生物合成基因表达的新基因模式和转录因子 | 研究主要基于单细胞RNA测序数据，可能未完全覆盖HMO生物合成的所有调控机制 | 揭示人乳寡糖（HMO）在乳腺中的生物合成途径及其调控机制 | 乳腺上皮细胞（lactocytes） | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA测序数据 | 未明确提及样本数量 |
| 577 | 2025-04-02 |
Androgen Signaling in Type 2 Innate Lymphoid Cells Drives Sex Differences in Helicobacter -Induced Gastric Inflammation and Atrophy
2025-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.14.643321
PMID:40166158
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research paper | 研究雄激素信号在2型先天淋巴细胞中的作用及其对幽门螺杆菌诱导的胃炎症和萎缩的性别差异的影响 | 揭示了雄激素通过调节ILC2活性抑制幽门螺杆菌诱导的胃炎症，为男性胃癌发病率与年龄相关的增加提供了机制性解释 | 研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证 | 探讨雄激素如何影响幽门螺杆菌感染的胃炎症反应并导致疾病进展的性别差异 | 雄激素和2型先天淋巴细胞（ILC2s）在幽门螺杆菌感染中的作用 | 免疫学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序，ILC2和T细胞缺陷小鼠模型 | 小鼠模型 | 基因表达数据 | 雄性和雌性C57BL/6小鼠 |
| 578 | 2025-04-02 |
Single-cell multiomics reveals disrupted glial gene regulatory programs in Alzheimer's disease via interpretable machine learning
2025-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.14.643349
PMID:40166228
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研究论文 | 本研究通过单细胞多组学技术和可解释机器学习，揭示了阿尔茨海默病中胶质细胞基因调控程序的紊乱 | 结合单细胞转录组和染色质可及性数据，开发了多组学整合分析流程，并发现了SLC家族基因在多种胶质细胞类型中的重要作用 | 样本量相对有限（26个人脑样本），且仅针对胶质细胞亚群进行研究 | 探究阿尔茨海默病的细胞和分子机制 | 人脑胶质细胞亚群 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | scRNA-seq, scATAC-seq | 可解释机器学习 | 单细胞多组学数据 | 26个人脑样本 |
| 579 | 2025-04-02 |
Biology as vulnerability in follicular lymphoma: genetics, epigenetics, and immunogenetics
2025-Mar-16, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2024026020
PMID:40089999
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review | 本文综述了滤泡性淋巴瘤（FL）的遗传学、表观遗传学和免疫遗传学特征，探讨了其生物学机制及潜在治疗靶点 | 总结了高通量测序、空间转录组学和成像技术在揭示FL生物学特征方面的最新进展，并提出了针对FL前体细胞的靶向治疗策略 | 未提及具体临床研究数据或实验验证结果 | 探讨滤泡性淋巴瘤的生物学特征及其治疗脆弱性 | 滤泡性淋巴瘤及其前体细胞 | 肿瘤生物学 | 滤泡性淋巴瘤 | 高通量测序、空间转录组学、成像技术 | NA | 基因组数据、表观遗传数据、免疫组数据 | NA |
| 580 | 2025-04-02 |
Simultaneous inference for generalized linear models with unmeasured confounders
2025-Mar-15, ArXiv
PMID:37744467
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研究论文 | 本文研究了在存在混杂效应的情况下，多元广义线性模型的大规模假设检验问题，并提出了一种统一的统计估计和推断框架 | 提出了一种利用正交结构并将线性投影整合到三个关键阶段的统一框架，以解决混杂效应导致的偏差问题 | 需要样本和响应量趋近于无穷大才能保证渐近z检验的有效性 | 解决基因组研究中由于未测量的混杂因素导致的标准统计方法偏差问题 | 多元广义线性模型中的大规模假设检验 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 广义线性模型 | 基因表达数据 | NA |