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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 561 | 2025-10-07 |
Single-Cell Transcriptomics Identified Fibrosis-Activated Valve Interstitial Cells Involved in Functional Tricuspid Regurgitation
2025-Mar, JACC. Asia
DOI:10.1016/j.jacasi.2025.01.013
PMID:40148022
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研究论文 | 通过单细胞转录组测序分析功能性三尖瓣反流患者的瓣膜细胞组成和基因表达变化 | 首次构建人类三尖瓣单细胞图谱,识别出纤维化激活的瓣膜间质细胞亚群及其在功能性三尖瓣反流中的作用 | 样本量较小(仅10例患者),需要更大规模研究验证发现 | 研究功能性三尖瓣反流的发病机制和潜在治疗靶点 | 人类三尖瓣组织 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,多重荧光染色 | NA | 单细胞转录组数据,空间分布图像数据 | 10例患者(5例中度至重度功能性三尖瓣反流患者,5例非疾病对照) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 562 | 2025-10-07 |
MrgD as a Novel Modeling and Treatment Target for Pulmonary Hypertension
2025-Mar-27, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.124.322337
PMID:40143817
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研究论文 | 本研究探讨了MrgD受体在肺动脉高压中的作用机制及治疗潜力 | 首次揭示MrgD在肺动脉高压中的保护作用及其通过PIM1/AKT/MAZ信号通路调控血管重塑的新机制 | 研究主要基于动物模型,临床转化价值需进一步验证 | 探究MrgD在肺动脉高压发病机制中的作用及治疗靶点价值 | 肺动脉高压动物模型(Sugen5416+缺氧、野百合碱诱导)、基因敲除小鼠、人肺动脉平滑肌细胞 | 分子病理学 | 肺动脉高压 | 单细胞测序、RNA测序、基因敲除、分子生物学实验 | NA | 基因表达数据、细胞表型数据 | 多种肺动脉高压动物模型及人肺动脉平滑肌细胞 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 563 | 2025-10-07 |
EGFR-mediated local invasiveness and response to Cetuximab in head and neck cancer
2025-Mar-22, Molecular cancer
IF:27.7Q1
DOI:10.1186/s12943-025-02290-1
PMID:40121428
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研究论文 | 本研究通过功能基因图谱分析揭示了头颈癌中EGFR介导的局部侵袭基因调控网络及其与西妥昔单抗疗效的关系 | 首次构建了头颈癌局部侵袭基因调控网络(invGRN),发现INHBA和SNAI2作为核心枢纽,并证实SPHK1共抑制可增强西妥昔单抗的侵袭阻断效果 | 研究基于细胞3D模型和公共数据库,需要进一步临床验证 | 探索EGFR驱动头颈癌进展的分子网络机制,寻找联合治疗靶点和预测标志物 | 头颈鳞状细胞癌(HNSCC)细胞系、患者来源异种移植模型(PDX)和R/M-HNSCC患者 | 癌症生物学 | 头颈癌 | RNA测序(RNA-seq), 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 光转换示踪技术 | 3D细胞模型 | 基因表达数据 | 未明确具体样本数量,包含细胞模型、PDX模型和患者数据 | NA | RNA-seq, scRNA-seq | NA | NA |
| 564 | 2025-10-07 |
Inhibition of stromal MAOA leading activation of WNT5A enhance prostate cancer immunotherapy by involving the transition of cancer-associated fibroblasts
2025-Mar-22, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-010555
PMID:40121032
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研究论文 | 本研究揭示了基质细胞中MAOA通过WNT5A调控前列腺癌免疫微环境的新机制 | 首次发现抑制基质MAOA可通过WNT5A激活CD8+ T细胞,并与免疫检查点抑制剂产生协同抗肿瘤效应 | MAOA与肿瘤免疫微环境相互作用的详细机制尚未完全阐明 | 探究基质MAOA在前列腺癌免疫治疗中的作用机制 | 前列腺癌基质细胞、CD8+ T细胞、小鼠肿瘤模型 | 肿瘤免疫学 | 前列腺癌 | 单细胞测序、体外共培养、小鼠移植瘤模型 | NA | 单细胞测序数据、体外实验数据、体内实验数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 565 | 2025-10-07 |
Mapping Gene Expression in Whole Larval Brains of Bicyclus anynana Butterflies
2025-Mar-13, Methods and protocols
IF:2.3Q3
DOI:10.3390/mps8020031
PMID:40126249
|
研究论文 | 本研究优化了HCR v3.0方案,实现了非洲蝴蝶幼虫全脑组织中十个基因表达域的单细胞分辨率空间定位 | 首次在蝴蝶幼虫全脑组织中应用HCR v3.0技术,实现了多基因表达的空间可视化 | 仅针对固定脑组织进行基因表达定位,未涉及动态行为过程中的实时变化 | 探索蝴蝶幼虫大脑在分子水平上的基因表达空间分布模式 | 非洲蝴蝶(Bicyclus anynana)幼虫的完整脑组织 | 空间转录组学 | NA | 杂交链式反应3.0(HCR v3.0) | NA | RNA分子空间表达图像 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | 优化了聚丙烯酰胺凝胶包埋、固定和样品透化步骤的HCR v3.0方案 |
| 566 | 2025-10-07 |
Single-Cell Transcriptomic Approaches for Decoding Non-Coding RNA Mechanisms in Colorectal Cancer
2025-Mar-10, Non-coding RNA
IF:3.6Q2
DOI:10.3390/ncrna11020024
PMID:40126348
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综述 | 本文综述了单细胞转录组学方法在结直肠癌非编码RNA研究中的应用与进展 | 聚焦单细胞水平揭示非编码RNA异质性,整合生物信息学方法与实验验证 | 作为综述文章,不包含原始实验数据验证 | 探讨单细胞生物信息学方法在结直肠癌非编码RNA研究中的应用 | 结直肠癌中的非编码RNA | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | 机器学习 | scRNA-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 567 | 2025-10-07 |
Identifying gene expression and cellular pathways involved in glomerular AL-amyloidosis and correlation with experimental data: seeking novel therapeutic interventions
2025-Mar-04, Ultrastructural pathology
IF:1.1Q4
DOI:10.1080/01913123.2025.2468708
PMID:39985165
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学分析肾小球淀粉样变性中系膜细胞的基因表达和细胞通路变化 | 首次在人类肾小球中揭示淀粉样轻链与系膜细胞相互作用过程中的基因表达谱和激活的细胞通路 | 样本量较小(仅5例肾活检样本),需要更大规模研究验证 | 寻找肾小球AL-淀粉样变性的新型治疗干预靶点 | 肾小球淀粉样变性患者的肾活检组织中的系膜细胞 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 5例不同阶段肾小球淀粉样变性活检样本与正常对照 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 568 | 2025-10-07 |
Checkpoint kinase 1 in colorectal cancer: Upregulation of expression and promotion of cell proliferation
2025-Mar-24, World journal of clinical oncology
IF:2.6Q3
DOI:10.5306/wjco.v16.i3.101725
PMID:40130044
|
研究论文 | 本研究探讨了检查点激酶1在结直肠癌中的表达上调及其促进癌细胞增殖的作用 | 首次通过单细胞RNA测序结合组织芯片数据系统分析CHEK1在结直肠癌中的表达和功能,并发现硝基氯化物可作为其靶向药物 | 数据集多样性有限,需要进一步研究其具体作用机制 | 研究CHEK1在结直肠癌中的表达和功能 | 结直肠癌细胞和组织样本 | 癌症生物学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序,免疫组织化学,分子对接,CRISPR基因敲除 | NA | 单细胞RNA测序数据,组织芯片数据,mRNA表达数据 | GSE144735数据集及多个公共数据库的结直肠癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 569 | 2025-10-07 |
Dissecting endothelial cell heterogeneity with new tools
2025-Mar-23, Cell regeneration (London, England)
DOI:10.1186/s13619-025-00223-3
PMID:40121354
|
综述 | 本文综述了内皮细胞异质性的研究进展,重点关注单细胞RNA测序和血管类器官等新技术在揭示内皮细胞多样性中的应用 | 整合单细胞RNA测序与血管类器官等新兴技术,从表观遗传学和空间分辨率角度深入探索内皮细胞异质性 | NA | 解析内皮细胞异质性及其在器官发育和人类血管疾病中的意义 | 血管内皮细胞 | 生物医学 | 血管疾病 | 单细胞RNA测序, 高通量测序技术, 三维培养系统 | NA | 转录组数据, 表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 570 | 2025-10-07 |
Integrating single-cell and bulk RNA sequencing data to characterize the heterogeneity of glycan-lipid metabolism polarization in hepatocellular carcinoma
2025-Mar-22, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06347-z
PMID:40121455
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和bulk RNA测序数据,揭示了肝细胞癌中糖代谢和脂代谢异质性亚型的特征及其临床意义 | 首次基于代谢相关通路识别出肝细胞癌的糖代谢-HCC和脂代谢-HCC两种异质性亚型,并开发了多种临床适用的分型方法 | 研究依赖于现有队列数据,需要进一步实验验证代谢亚型的生物学机制 | 表征肝细胞癌中糖代谢-脂代谢极化的异质性特征并开发临床转化策略 | 肝细胞癌患者样本 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, 放射组学, 对比增强超声 | NA | RNA测序数据, 临床病理信息, 影像数据, 血清生物标志物 | 内部队列和公共HCC队列 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 571 | 2025-10-07 |
Roles of TLR4 in macrophage immunity and macrophage-pulmonary vascular/lymphatic endothelial cell interactions in sepsis
2025-Mar-21, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-07921-3
PMID:40119011
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研究论文 | 本研究探讨TLR4在脓毒症中调控巨噬细胞免疫代谢及其与肺血管/淋巴管内皮细胞相互作用的机制 | 首次通过单细胞RNA测序结合实验验证,揭示TLR4通过调控巨噬细胞胆固醇外流和糖酵解影响M2极化,并阐明其在免疫介导和直接内皮反应中的双重作用机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性需进一步验证;TLR4在多细胞群体中的具体靶向策略尚未明确 | 深入探索TLR4在脓毒症中调控巨噬细胞免疫代谢及其与肺内皮细胞相互作用的机制 | TLR4基因敲除小鼠的巨噬细胞、肺血管内皮细胞和淋巴管内皮细胞 | 免疫学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序,基因敲除技术 | NA | 基因表达数据 | TLR4基因敲除小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 572 | 2025-10-07 |
B cells and energy metabolism in HER2-positive DCIS: insights into breast cancer progression from spatial-omics analyses
2025-Mar-21, Breast cancer research : BCR
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s13058-025-01990-2
PMID:40119362
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研究论文 | 通过空间转录组学分析研究HER2阳性DCIS中B细胞与能量代谢在乳腺癌进展中的作用 | 首次发现HER2阳性DCIS中B细胞丰度与癌细胞能量代谢基因表达呈正相关,揭示B细胞可能通过代谢途径抑制癌症进展 | 样本量有限,主要关注HER2阳性亚型,机制研究仍需进一步验证 | 探究HER2阳性乳腺导管原位癌向浸润性乳腺癌转变的机制 | HER2阳性DCIS和伴随DCIS的浸润性乳腺肿瘤 | 空间转录组学 | 乳腺癌 | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 573 | 2025-10-07 |
AMPK-dependent Parkin activation suppresses macrophage antigen presentation to promote tumor progression
2025-Mar-21, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adn8402
PMID:40117357
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研究论文 | 本研究揭示了Parkin通过AMPK依赖性激活抑制巨噬细胞抗原呈递从而促进肿瘤进展的新机制 | 首次发现Parkin通过AMPK而非PINK1途径调控巨噬细胞MHC I类分子表达,揭示了其在肿瘤免疫微环境中的新功能 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床验证仍需进一步研究 | 探究Parkin在肿瘤免疫微环境中的作用机制 | 小鼠巨噬细胞和肿瘤免疫微环境 | 肿瘤免疫学 | 实体瘤 | 单细胞RNA测序,流式细胞术 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据,细胞表型数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 574 | 2025-10-07 |
Influence of experimental variables on spheroid attributes
2025-Mar-21, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-92037-1
PMID:40118968
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研究论文 | 通过分析32,000个球体图像系统研究实验参数对三维细胞培养模型可靠性的影响 | 首次大规模系统分析氧浓度、培养基成分和血清水平对球体属性的综合影响,并整合单细胞RNA测序与自动图像分析技术 | 研究主要关注球体模型,可能不适用于其他类型的三维培养系统 | 识别影响三维细胞培养模型可靠性的关键参数,建立标准化培养方案 | 三维细胞培养球体 | 生物医学工程 | 肿瘤生物学 | 单细胞RNA测序, 自动图像分析 | 三维细胞培养模型 | 图像, 基因表达数据 | 32,000个球体图像 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 575 | 2025-10-07 |
Exploring cell-to-cell variability and functional insights through differentially variable gene analysis
2025-Mar-20, NPJ systems biology and applications
IF:3.5Q1
DOI:10.1038/s41540-025-00507-z
PMID:40113778
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研究论文 | 提出了一种用于单细胞RNA测序数据的差异变异性分析统计框架spline-DV | 开发了首个专注于分析单细胞基因表达变异性的统计方法,而不仅仅是平均表达水平 | 方法主要针对两种实验条件间的比较,未涉及更复杂的实验设计 | 开发能够分析单细胞基因表达变异性的计算方法 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达变异性 | 生物信息学 | 肥胖、纤维化、癌症 | 单细胞RNA测序 | spline-DV统计框架 | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 576 | 2025-10-07 |
RNA m7G methylation regulators and targets significantly contribute to chronic obstructive pulmonary disease
2025-Mar-20, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-93901-w
PMID:40113900
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研究论文 | 本研究首次通过整合生物信息学方法探讨m7G RNA甲基化调控因子在慢性阻塞性肺疾病中的作用 | 首次系统研究m7G甲基化调控因子在COPD中的联合作用,发现METTL1-CAT轴在疾病中的关键作用 | 仅通过细胞早衰模型进行初步验证,需要更多实验验证 | 探讨m7G RNA甲基化调控因子在慢性阻塞性肺疾病发病机制中的作用 | 慢性阻塞性肺疾病患者和细胞早衰模型 | 生物信息学 | 慢性阻塞性肺疾病 | 机器学习算法,单细胞测序,qRT-PCR,GSEA分析 | 机器学习算法,共识聚类 | 基因表达数据,单细胞测序数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 577 | 2025-10-07 |
Intratumoral microbiota-aided fusion radiomics model for predicting tumor response to neoadjuvant chemoimmunotherapy in triple-negative breast cancer
2025-Mar-20, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06369-7
PMID:40114207
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研究论文 | 开发了一种基于瘤内微生物组辅助的融合影像组学模型,用于预测三阴性乳腺癌患者对新辅助化疗免疫治疗的病理完全缓解 | 首次将瘤内微生物组特征与多时间点MRI影像组学特征融合构建预测模型 | 样本量相对有限(124例患者),需要更大规模的外部验证 | 预测三阴性乳腺癌患者对新辅助化疗免疫治疗的治疗反应 | 早期三阴性乳腺癌患者 | 数字病理 | 乳腺癌 | 16S rDNA测序, 单细胞RNA测序, 影像组学分析 | 融合影像组学模型 | 影像, 基因组数据 | 124例患者(训练集88例,验证集36例) | NA | 单细胞RNA测序, 16S rDNA测序 | NA | NA |
| 578 | 2025-10-07 |
SENSITIVITY BASED MODEL AGNOSTIC SCALABLE EXPLANATIONS OF DEEP LEARNING
2025-Mar-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.21.639516
PMID:40093081
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研究论文 | 提出了一种模型无关的可解释AI框架SensX,用于解释深度学习模型的预测机制 | 开发了SensX框架,在准确性和计算效率上显著优于现有最先进的可解释AI方法,并能扩展到具有超过15万个特征的视觉Transformer模型 | 未提及具体的数据集规模限制或模型类型的适用性限制 | 解决深度学习模型的黑箱问题,提供可解释的AI解决方案 | 深度神经网络和视觉Transformer模型 | 机器学习 | NA | 可解释AI,单细胞RNA测序 | 深度神经网络,视觉Transformer | 单细胞RNA-seq数据,面部图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 579 | 2025-10-07 |
Analysis of Head and Neck Cancer scRNA-seq Data Identified PRDM6 Promotes Tumor Progression by Modulating Immune Gene Expression
2025-Mar-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.04.641548
PMID:40093183
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研究论文 | 通过分析头颈癌单细胞RNA测序数据,发现PRDM6通过调控免疫基因表达促进肿瘤进展 | 首次发现PRDM6在头颈癌中通过诱导免疫应答基因表达促进肿瘤细胞增殖的新功能,并揭示HPV病毒癌蛋白与PRDM6表达的关联 | NA | 探索头颈鳞状细胞癌中免疫应答基因的调控机制及其在肿瘤进展中的作用 | 头颈鳞状细胞癌患者样本 | 生物信息学 | 头颈癌 | 单细胞RNA测序 | IRIS3 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 580 | 2025-10-07 |
MOSim: bulk and single-cell multilayer regulatory network simulator
2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf110
PMID:40116657
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研究论文 | 介绍MOSim——一个能够模拟bulk和单细胞多层调控网络数据的R包 | 开发了首个同时支持bulk和单细胞多组学数据模拟的工具,能够模拟多种调控组学层与基因表达之间的调控关系 | NA | 开发多组学数据模拟工具,用于方法测试和基准测试 | 多组学数据模拟 | 生物信息学 | NA | RNA-seq, ATAC-seq, miRNA-seq, ChIP-seq, Methyl-seq, scRNA-seq, scATAC-seq | NA | 多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, bulk RNA-seq, bulk ATAC-seq | NA | NA |