单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
541	2025-04-24	Single-cell transcriptomic sequencing identifies subcutaneous patient-derived xenograft recapitulated medulloblastoma 2025-Mar, Animal models and experimental medicine IF:3.8Q2 DOI:10.1002/ame2.12399 PMID:38477441	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序比较了皮下患者来源异种移植(sPDX)、颅内患者来源异种移植(iPDX)和基因工程小鼠模型(GEMM)在单细胞水平上对髓母细胞瘤(MB)的再现能力	首次在单细胞水平比较MB实验模型，为不同研究目的提供模型选择依据	样本量较小(6例患者)，仅针对SHH和G3亚型MB	比较不同MB模型在单细胞水平再现原发肿瘤的能力	髓母细胞瘤患者样本(sPDX/iPDX/GEMM模型)	数字病理学	髓母细胞瘤	单细胞RNA测序，bulk RNA-seq反卷积分析	sPDX/iPDX/GEMM	RNA测序数据	6例患者样本(各建2种PDX模型)+3个GEMM模型
542	2025-04-23	SCANER: robust and sensitive identification of malignant cells from the scRNA-seq profiled tumor ecosystem 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf175 PMID:40253692	research paper	本文介绍了一种名为SCANER的无标记方法，用于从单细胞RNA测序数据中识别恶性细胞	SCANER是一种基于种子聚类的无标记方法，能够通过基因组不稳定性引起的显著基因表达变异来识别恶性细胞，克服了传统方法对已知细胞类型标记的依赖	虽然SCANER在多种癌症类型中表现出色，但未明确提及在液体肿瘤或特定罕见癌症类型中的适用性	开发一种准确且稳健的方法，用于从肿瘤生态系统的单细胞RNA测序数据中识别恶性细胞	单细胞RNA测序数据中的恶性细胞	digital pathology	cancer	scRNA-seq, whole exome sequencing	NA	RNA-seq data	多种癌症类型的单细胞RNA测序数据（具体样本量未明确说明）
543	2025-04-20	Targeting of arachidonic acid-modulated autophagy to enhance the sensitivity of ROS1 + or ALK + non-small cell lung cancer to crizotinib therapy 2025-Mar-31, Translational lung cancer research IF:4.0Q1 DOI:10.21037/tlcr-2025-105 PMID:40248722	研究论文	本研究探讨了花生四烯酸调节的自噬在增强ROS1+或ALK+非小细胞肺癌对克唑替尼治疗敏感性中的作用	发现了一种新的ALK和ROS1-TKIs耐药机制，揭示了代谢物花生四烯酸在酪氨酸激酶抑制剂耐药中的作用	研究主要基于体外细胞实验，未进行体内动物模型验证	阐明克唑替尼耐药涉及自噬失调的机制并确定克服耐药的新治疗靶点	ROS1+或ALK+非小细胞肺癌细胞系HCC78和H3122	肿瘤学	非小细胞肺癌	单细胞RNA测序、代谢组学分析	细胞耐药模型	基因表达数据、代谢物数据	三种ALK重排肺癌类器官样本和耐药HCC78细胞
544	2025-04-20	ANKRD11 as a potential biomarker for brain metastasis from lung adenocarcinoma via cerebrospinal fluid liquid biopsy 2025-Mar-31, Translational lung cancer research IF:4.0Q1 DOI:10.21037/tlcr-24-800 PMID:40248734	研究论文	本研究通过脑脊液液体活检探索了ANKRD11作为肺腺癌脑转移潜在生物标志物的可能性	首次发现ANKRD11在肺腺癌脑转移中的表达逐渐降低，并证实其具有抑制肿瘤侵袭和转移的功能	样本量较小（仅7例患者），需要更大规模的研究验证	寻找肺腺癌脑转移的新型生物标志物	肺腺癌脑转移患者的脑脊液样本、肿瘤组织和细胞系	数字病理学	肺癌	ctDNA panel测序、scRNA-seq	NA	DNA测序数据、RNA测序数据	7例BM-LUAD患者的CSF样本，公共数据库中的scRNA-seq数据，裸鼠体内实验
545	2025-04-20	Single cell RNA-seq and bulk RNA-seq analysis identifies MUC1 as a key gene for lung adenocarcinoma to neuroendocrine transformation 2025-Mar-31, Translational lung cancer research IF:4.0Q1 DOI:10.21037/tlcr-24-806 PMID:40248742	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和大块RNA测序分析，识别出MUC1是肺腺癌向神经内分泌癌转化的关键基因	首次通过RNA测序和孟德尔随机化分析确定MUC1与肺腺癌向神经内分泌癌转化的负相关性，并揭示了免疫微环境在组织学转化中的重要作用	样本量相对较小（仅6个组织活检样本），且研究结果需要进一步临床验证	探索肺腺癌向神经内分泌癌转化过程中的遗传和免疫特征	肺腺癌和神经内分泌癌组织样本	数字病理学	肺癌	RNA-seq, 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化分析, WGCNA, CIBERSORT	NA	RNA测序数据	16,765个细胞（来自6个组织活检样本）
546	2025-04-20	Male-Dominant Spinal Microglia Contribute to Neuropathic Pain by Producing CC-Chemokine Ligand 4 Following Peripheral Nerve Injury 2025-03-23, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14070484 PMID:40214438	research paper	该研究揭示了雄性小鼠脊髓小胶质细胞在神经病理性疼痛中的性别差异作用，特别是通过产生CC-趋化因子配体4（CCL4）加剧疼痛	首次发现雄性小鼠脊髓小胶质细胞亚群在周围神经损伤后显著增加并高表达CCL4，且CCL4-CCR5信号通路仅在雄性小鼠中加剧疼痛	研究仅在小鼠模型中进行，尚未验证人类样本中的类似机制	探究脊髓小胶质细胞在神经病理性疼痛中的性别特异性作用机制	雄性及雌性小鼠的脊髓小胶质细胞	神经科学	神经病理性疼痛	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、部分坐骨神经结扎（PSL）模型	动物模型（小鼠）	RNA测序数据、行为学数据	未明确说明小鼠数量，但涉及雄性和雌性小鼠的对比实验
547	2025-04-19	HISSTA: a human in situ single-cell transcriptome atlas 2025-Mar-29, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf142 PMID:40163697	research paper	介绍了一个名为HISSTA的数据库，用于存储和分析人类组织中的单细胞分辨率原位转录组数据	HISSTA数据库首次整合了多种高分辨率原位成像技术生成的数据，并提供了交互式可视化工具	NA	构建一个全面的单细胞分辨率原位转录组数据库，以促进生物学和医学研究	人类组织中的单细胞转录组数据	digital pathology	NA	MERFISH, CosMx SMI, Xenium	NA	spatial transcriptome data	112个样本，2800万个细胞，覆盖16种组织类型，来自63项研究
548	2025-04-19	uHAF: a unified hierarchical annotation framework for cell type standardization and harmonization 2025-Mar-29, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf149 PMID:40172934	研究论文	开发了一个统一的层次注释框架uHAF，用于标准化和协调单细胞转录组学中的细胞类型注释	提出了一个包含器官特异性层次细胞类型树和基于大型语言模型的映射工具的统一框架，以解决单细胞转录组学中细胞类型注释不一致的问题	NA	解决单细胞转录组学中细胞类型注释不一致的问题，促进数据整合和机器学习应用	单细胞转录组学中的细胞类型注释	生物信息学	NA	单细胞转录组学，大型语言模型	GPT-4	单细胞转录组数据	涵盖38个器官的标准化层次参考
549	2025-04-19	Pre-B-cell leukemia transcription factor 1 contributes to liver fibrosis by enabling IL-7 signaling in HSC 2025-Mar-13, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001302 PMID:40080840	研究论文	本研究探讨了Pre-B-cell白血病转录因子1（PBX1）在肝纤维化中的作用及其通过IL-7信号通路激活肝星状细胞（HSC）的机制	揭示了PBX1在HSC激活中的新作用，并提出了靶向IL-7信号通路干预肝纤维化的概念验证	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床样本相关性研究较少	探究PBX1在肝纤维化中的作用及其分子机制	肝星状细胞（HSC）和小鼠模型	分子生物学	肝纤维化	单细胞RNA-seq、Ingenuity通路分析、报告基因检测、染色质免疫沉淀检测	NA	基因表达数据	小鼠模型和肝硬化患者样本
550	2025-04-17	The tectum transversum(TTR) maintains patency of the developing coronal suture 2025-Mar-31, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.30.646197 PMID:40236170	研究论文	本研究探讨了横跨顶骨（TTR）在维持冠状缝开放中的关键作用及其潜在的分子机制	首次证实TTR通过抑制BMP信号通路维持冠状缝开放，并揭示其与硬脑膜的潜在相互作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	阐明冠状缝发育的调控机制及冠状缝早闭的病因学	小鼠模型的横跨顶骨（TTR）及冠状缝组织	发育生物学	颅缝早闭症	基因敲除技术、空间转录组学	小鼠疾病模型	基因表达数据、组织形态学数据	未明确说明实验用小鼠数量
551	2025-04-16	Asthma-derived genetic signature predicts lung cancer prognosis: a multi-scale omics investigation 2025-Mar-31, Journal of thoracic disease IF:2.1Q3 DOI:10.21037/jtd-24-1697 PMID:40223964	研究论文	本研究通过多组学数据探讨哮喘与肺癌之间的关联，并开发了一个基于哮喘相关基因的肺癌预后模型	首次使用多组学方法研究哮喘与肺癌的关联，并构建了一个基于哮喘相关基因的预后模型	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	探讨哮喘与肺癌之间的关联，并开发肺癌预后模型	哮喘和肺癌患者	多组学分析	肺癌	全基因组关联研究(GWAS)、批量RNA测序、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	预后模型	基因组数据、转录组数据	1990年至2019年的全球疾病负担数据及公共数据库中的RNA测序数据
552	2025-04-16	An Efficient Method for Extracting Human Fallopian Tube Epithelia for Single-cell Analyses 2025-Mar-28, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/67753 PMID:40228013	research paper	本文描述了一种高效的方法，用于从新鲜输卵管中提取上皮细胞，用于单细胞分析	提出了一种快速且高效的方法，能够在4-6小时内从输卵管中分离出上皮细胞，且污染较少	未提及该方法在临床样本中的适用性或大规模应用的可行性	开发一种高效的方法用于输卵管上皮细胞的分离，以支持进一步的单细胞分析	人类输卵管上皮细胞	单细胞分析	生殖系统疾病	单细胞RNA测序，流式细胞术	NA	单细胞悬浮液	未明确提及样本数量
553	2025-02-18	Single-cell transcriptome sequencing in synovial joint: insights of new progenitors and targets in joint development and disease 2025-Mar-10, Stem cells (Dayton, Ohio) DOI:10.1093/stmcls/sxaf008 PMID:39957282	研究论文	本文探讨了单细胞转录组测序在滑膜关节中的应用，揭示了关节发育和疾病中的新祖细胞和靶点	利用单细胞转录组测序技术，揭示了滑膜关节中不同细胞类型的异质性和相互作用，为关节发育和疾病研究提供了新的视角和策略	未提及具体的技术限制或样本量限制	研究滑膜关节的发育过程和疾病机制	滑膜关节，包括膝关节、颞下颌关节和脊柱关节	生物信息学	关节炎	单细胞转录组测序	NA	基因表达数据	NA
554	2025-04-16	Disulfiram ameliorates bone loss in ovariectomized mice by suppressing osteoclastogenesis 2025-Mar, Journal of bone and mineral metabolism IF:2.4Q3 DOI:10.1007/s00774-024-01555-x PMID:39373772	研究论文	该研究探讨了双硫仑（DSF）对卵巢切除小鼠骨质疏松的改善作用及其对破骨细胞生成的抑制作用	首次在体内证实DSF通过抑制破骨细胞生成改善骨质疏松，并发现其作用机制与抑制Tnfrsf11a表达相关	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体验证效果	探究DSF对骨质疏松的治疗潜力及其作用机制	卵巢切除诱导骨质疏松的小鼠模型	骨代谢研究	骨质疏松症	microCT分析、骨形态计量分析、scRNA-seq分析、流式细胞术	小鼠骨质疏松模型	影像数据、基因表达数据、细胞计数数据	未明确说明具体样本量（使用卵巢切除小鼠）
555	2025-04-16	Single-Cell Profiling of Tubular Epithelial Cells in Adaptive State in the Urine Sediment of Patients With Early and Advanced Diabetic Kidney Disease 2025-Mar, Kidney international reports IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.ekir.2024.11.002 PMID:40225386	研究论文	通过单细胞RNA测序技术分析糖尿病肾病患者尿液中处于适应性状态的肾小管上皮细胞，探讨其在疾病进展中的临床意义	首次在糖尿病肾病患者的尿液中鉴定出适应性状态的肾小管上皮细胞，并发现其不同状态的比例具有诊断价值	研究样本量未明确说明，且仅针对糖尿病肾病患者，未涵盖其他肾脏疾病	探究糖尿病肾病患者尿液中适应性状态肾小管上皮细胞的存在及其临床意义	糖尿病肾病患者的尿液样本中的肾小管上皮细胞	数字病理学	糖尿病肾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间单细胞RNA测序、批量RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
556	2025-04-16	Unraveling tumoral heterogeneity and angiogenesis-associated mechanisms of PD-1 and LAG-3 dual inhibition in lung cancers by single-cell RNA sequencing 2025-Mar, Chinese medical journal pulmonary and critical care medicine DOI:10.1016/j.pccm.2025.02.004 PMID:40226601	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示PD-1和LAG-3双重抑制在肺癌中的肿瘤异质性和血管生成相关机制	首次使用单细胞RNA测序技术分析PD-1和LAG-3双重抑制在肺癌中的协同抗肿瘤机制，并发现其在鳞状细胞癌中的优越疗效	研究仅基于PDX模型，未涉及人体临床试验	阐明PD-1和LAG-3双重抑制在肺癌中的协同抗肿瘤机制	肺癌患者来源的异种移植(PDX)模型	数字病理	肺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	PDX模型	RNA测序数据	8127个细胞(包括2699个基底细胞、4109个恶性细胞和1319个上皮细胞)
557	2025-04-15	Multi-Manifolds fusing hyperbolic graph network balanced by pareto optimization for identifying spatial domains of spatial transcriptomics 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf162 PMID:40220278	research paper	提出了一种基于多流形融合的双曲图网络方法MManiST，用于空间转录组学中的空间域识别	首次在空间转录组学中引入多流形融合和双曲神经网络，通过Pareto优化平衡多种重建损失	未明确说明方法在计算效率方面的表现	开发更有效的空间转录组学空间域识别方法	空间转录组学数据	computational biology	NA	spatial transcriptomics	hyperbolic graph network, attention mechanism	spatial transcriptomics data	multiple benchmark datasets
558	2025-04-13	Local genetic covariance analysis with lipid traits identifies novel loci for early-onset Alzheimer's Disease 2025-Mar, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1011631 PMID:40096060	研究论文	本研究通过基因组多性状遗传协方差分析，探讨早发性阿尔茨海默病（EOAD）与脂质通路的共享遗传性	首次使用SUPERGNOVA方法进行局部遗传协方差分析，识别出EOAD与脂质性状之间的共享遗传架构和机制通路	样本量虽大但EOAD病例相对较少，可能影响统计功效	揭示EOAD与脂质代谢的遗传关联	早发性阿尔茨海默病患者（n=19,668）和血脂性状人群（n=1,320,016）	遗传学	阿尔茨海默病	GWAS meta分析、SUPERGNOVA协方差分析、eQTL共定位分析、单细胞RNA测序	SUPERGNOVA	基因组数据	EOAD样本19,668例，血脂样本1,320,016例
559	2025-04-12	Prognostic and Immunotherapeutic Value of Regulatory T Cell Marker Gene Signature in Melanoma 2025-Mar-10, Iranian journal of allergy, asthma, and immunology DOI:10.18502/ijaai.v24i2.18150 PMID:40211502	研究论文	本研究探讨了调节性T细胞（Tregs）相关基因（TRGs）在黑色素瘤抗肿瘤免疫反应中的作用及其在预测免疫治疗反应中的预后意义	识别了一个与Treg相关的基因特征（TRGS），并证明其可作为黑色素瘤的独立预后指标，为Tregs在调节肿瘤微环境中的作用提供了新见解	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到样本选择和测序技术的限制	阐明TRGs在黑色素瘤抗肿瘤免疫反应中的作用及其在预测免疫治疗反应中的预后意义	黑色素瘤患者	生物信息学	黑色素瘤	scRNA-seq, WGCNA, Cox回归分析	预后模型	转录组数据	来自公共数据库的转录组和scRNA-seq数据
560	2025-04-12	Single-cell transcriptomics of melanoma sentinel lymph nodes identifies immune cell signatures associated with metastasis 2025-Mar-06, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.183080 PMID:40048259	research paper	该研究通过单细胞转录组测序技术分析了黑色素瘤前哨淋巴结中的免疫细胞特征，揭示了与转移相关的免疫细胞亚群及其转录程序	首次使用单细胞转录组测序技术全面表征黑色素瘤前哨淋巴结中的免疫细胞亚群，并发现与免疫治疗响应相关的'高度激活'特征评分	研究样本量相对有限（97,777个细胞），且仅针对黑色素瘤患者	探究黑色素瘤前哨淋巴结中免疫浸润的动态变化及其与转移的关系	来自I/II期和III期皮肤黑色素瘤患者的前哨淋巴结组织	digital pathology	melanoma	single-cell transcriptomics, cellular indexing of transcriptomes and epitopes by sequencing	NA	single-cell RNA-seq data	97,777个细胞（来自黑色素瘤患者前哨淋巴结组织）