单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
521	2025-04-24	Discrete placental gene expression signatures accompany diabetic disease classifications during pregnancy 2025-Mar, American journal of obstetrics and gynecology IF:8.7Q1 DOI:10.1016/j.ajog.2024.05.014 PMID:38763341	研究论文	本研究通过整合RNA测序技术，揭示了妊娠期糖尿病亚型与胎盘基因表达特征的关联	结合bulk RNA-seq、scRNA-seq和空间转录组学技术，首次在胎盘细胞亚群和组织微环境中识别出糖尿病亚型特异的基因表达特征	样本量相对有限，且未考虑其他可能影响基因表达的因素	探究不同类型糖尿病（GDMA1、GDMA2和T2DM）妊娠期胎盘基因表达的差异特征	妊娠期糖尿病患者的胎盘组织	基因组学	妊娠期糖尿病	bulk RNA-seq、scRNA-seq、空间转录组学、RT-qPCR	机器学习模型（未明确具体类型）	基因表达数据	初始队列54例（bulk RNA-seq），验证队列122例（RT-qPCR）
522	2025-04-24	Deciphering programmed cell death mechanisms in osteosarcoma for prognostic modeling 2025-Mar, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24269 PMID:38622876	研究论文	该研究探讨了程序性细胞死亡（PCD）基因在骨肉瘤（OS）中的作用，并利用先进的生物信息学方法开发了一个预后模型	通过单细胞测序数据和大样本测序数据结合，识别了PCD相关基因的表达和通路评分，并开发了一个基于五个关键基因的预后模型	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	研究PCD基因在骨肉瘤中的作用并开发预后模型	骨肉瘤（OS）患者	生物信息学	骨肉瘤	单细胞测序、ssGSEA、LASSO算法	预后模型	基因表达数据	来自GEO和TARGET数据库的测序数据
523	2025-04-24	Bidirectional epigenetic editing reveals hierarchies in gene regulation 2025-Mar, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-024-02213-3 PMID:38760566	研究论文	开发了一种名为CRISPRai的双向表观遗传编辑系统，用于研究非编码元件和遗传互作	CRISPRai系统首次实现了在同一细胞中同时对两个位点进行激活和抑制扰动，结合单细胞RNA测序技术，能够研究混合单细胞群体中的扰动效应	NA	研究基因调控层次结构和非编码疾病相关变异的机制	造血谱系转录因子SPI1和GATA1的遗传互作，以及IL2基因在Jurkat T细胞、原代T细胞和CAR T细胞中的调控机制	基因编辑	NA	CRISPRa/CRISPRi, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	Jurkat T细胞、原代T细胞和CAR T细胞
524	2025-04-24	Integrative analysis of the bladder cancer from a cell cycle NCAM1 perspective at both single cell and bulk resolution 2025-Mar, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24260 PMID:38581187	research paper	该研究通过单细胞和批量分辨率分析膀胱癌（BLCA）的细胞周期相关基因，特别是NCAM1，以探索其作为预后生物标志物和治疗靶点的潜力	首次从细胞周期NCAM1的角度整合分析膀胱癌，并发现NCAM1在BLCA细胞增殖中的抑制作用	临床预后评估有限，且研究主要基于转录组和scRNA-seq数据，缺乏更广泛的临床验证	探索膀胱癌的细胞周期相关基因作为预后生物标志物和治疗靶点的潜力	膀胱癌（BLCA）患者和细胞系	digital pathology	bladder cancer	scRNA-seq, RT-qPCR, CCK-8细胞活力测定	NA	转录组数据, 单细胞RNA测序数据	来自TCGA-BLCA和GSE190888队列的数据，具体样本数量未明确说明
525	2025-04-24	Kurarinone regulates Th17/Treg balance and ameliorates autoimmune uveitis via Rac1 inhibition 2025-Mar, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.03.013 PMID:38522752	研究论文	研究苦参酮通过抑制Rac1调节Th17/Treg平衡并改善自身免疫性葡萄膜炎的作用机制	首次利用单细胞RNA测序技术构建苦参酮治疗实验性自身免疫性葡萄膜炎的高分辨率免疫调控图谱，并揭示其通过抑制Rac1和Id2/Pim1轴调节Th17/Treg平衡的新机制	研究主要基于动物模型，人体临床试验数据有限	探究苦参酮对自身免疫性葡萄膜炎的治疗作用及其免疫调节机制	实验性自身免疫性葡萄膜炎小鼠模型和葡萄膜炎患者外周血单个核细胞	免疫学	自身免疫性葡萄膜炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，siRNA干扰，选择性抑制剂	实验性自身免疫性葡萄膜炎(EAU)动物模型	基因表达数据，细胞表型数据	未明确说明具体样本量，涉及EAU小鼠模型和人类PBMCs
526	2025-04-24	Single-cell transcriptomic sequencing identifies subcutaneous patient-derived xenograft recapitulated medulloblastoma 2025-Mar, Animal models and experimental medicine IF:3.8Q2 DOI:10.1002/ame2.12399 PMID:38477441	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序比较了皮下患者来源异种移植(sPDX)、颅内患者来源异种移植(iPDX)和基因工程小鼠模型(GEMM)在单细胞水平上对髓母细胞瘤(MB)的再现能力	首次在单细胞水平比较MB实验模型，为不同研究目的提供模型选择依据	样本量较小(6例患者)，仅针对SHH和G3亚型MB	比较不同MB模型在单细胞水平再现原发肿瘤的能力	髓母细胞瘤患者样本(sPDX/iPDX/GEMM模型)	数字病理学	髓母细胞瘤	单细胞RNA测序，bulk RNA-seq反卷积分析	sPDX/iPDX/GEMM	RNA测序数据	6例患者样本(各建2种PDX模型)+3个GEMM模型
527	2025-04-23	SCANER: robust and sensitive identification of malignant cells from the scRNA-seq profiled tumor ecosystem 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf175 PMID:40253692	research paper	本文介绍了一种名为SCANER的无标记方法，用于从单细胞RNA测序数据中识别恶性细胞	SCANER是一种基于种子聚类的无标记方法，能够通过基因组不稳定性引起的显著基因表达变异来识别恶性细胞，克服了传统方法对已知细胞类型标记的依赖	虽然SCANER在多种癌症类型中表现出色，但未明确提及在液体肿瘤或特定罕见癌症类型中的适用性	开发一种准确且稳健的方法，用于从肿瘤生态系统的单细胞RNA测序数据中识别恶性细胞	单细胞RNA测序数据中的恶性细胞	digital pathology	cancer	scRNA-seq, whole exome sequencing	NA	RNA-seq data	多种癌症类型的单细胞RNA测序数据（具体样本量未明确说明）
528	2025-04-20	Targeting of arachidonic acid-modulated autophagy to enhance the sensitivity of ROS1 + or ALK + non-small cell lung cancer to crizotinib therapy 2025-Mar-31, Translational lung cancer research IF:4.0Q1 DOI:10.21037/tlcr-2025-105 PMID:40248722	研究论文	本研究探讨了花生四烯酸调节的自噬在增强ROS1+或ALK+非小细胞肺癌对克唑替尼治疗敏感性中的作用	发现了一种新的ALK和ROS1-TKIs耐药机制，揭示了代谢物花生四烯酸在酪氨酸激酶抑制剂耐药中的作用	研究主要基于体外细胞实验，未进行体内动物模型验证	阐明克唑替尼耐药涉及自噬失调的机制并确定克服耐药的新治疗靶点	ROS1+或ALK+非小细胞肺癌细胞系HCC78和H3122	肿瘤学	非小细胞肺癌	单细胞RNA测序、代谢组学分析	细胞耐药模型	基因表达数据、代谢物数据	三种ALK重排肺癌类器官样本和耐药HCC78细胞
529	2025-04-20	ANKRD11 as a potential biomarker for brain metastasis from lung adenocarcinoma via cerebrospinal fluid liquid biopsy 2025-Mar-31, Translational lung cancer research IF:4.0Q1 DOI:10.21037/tlcr-24-800 PMID:40248734	研究论文	本研究通过脑脊液液体活检探索了ANKRD11作为肺腺癌脑转移潜在生物标志物的可能性	首次发现ANKRD11在肺腺癌脑转移中的表达逐渐降低，并证实其具有抑制肿瘤侵袭和转移的功能	样本量较小（仅7例患者），需要更大规模的研究验证	寻找肺腺癌脑转移的新型生物标志物	肺腺癌脑转移患者的脑脊液样本、肿瘤组织和细胞系	数字病理学	肺癌	ctDNA panel测序、scRNA-seq	NA	DNA测序数据、RNA测序数据	7例BM-LUAD患者的CSF样本，公共数据库中的scRNA-seq数据，裸鼠体内实验
530	2025-04-20	Single cell RNA-seq and bulk RNA-seq analysis identifies MUC1 as a key gene for lung adenocarcinoma to neuroendocrine transformation 2025-Mar-31, Translational lung cancer research IF:4.0Q1 DOI:10.21037/tlcr-24-806 PMID:40248742	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和大块RNA测序分析，识别出MUC1是肺腺癌向神经内分泌癌转化的关键基因	首次通过RNA测序和孟德尔随机化分析确定MUC1与肺腺癌向神经内分泌癌转化的负相关性，并揭示了免疫微环境在组织学转化中的重要作用	样本量相对较小（仅6个组织活检样本），且研究结果需要进一步临床验证	探索肺腺癌向神经内分泌癌转化过程中的遗传和免疫特征	肺腺癌和神经内分泌癌组织样本	数字病理学	肺癌	RNA-seq, 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化分析, WGCNA, CIBERSORT	NA	RNA测序数据	16,765个细胞（来自6个组织活检样本）
531	2025-04-20	Male-Dominant Spinal Microglia Contribute to Neuropathic Pain by Producing CC-Chemokine Ligand 4 Following Peripheral Nerve Injury 2025-03-23, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14070484 PMID:40214438	research paper	该研究揭示了雄性小鼠脊髓小胶质细胞在神经病理性疼痛中的性别差异作用，特别是通过产生CC-趋化因子配体4（CCL4）加剧疼痛	首次发现雄性小鼠脊髓小胶质细胞亚群在周围神经损伤后显著增加并高表达CCL4，且CCL4-CCR5信号通路仅在雄性小鼠中加剧疼痛	研究仅在小鼠模型中进行，尚未验证人类样本中的类似机制	探究脊髓小胶质细胞在神经病理性疼痛中的性别特异性作用机制	雄性及雌性小鼠的脊髓小胶质细胞	神经科学	神经病理性疼痛	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、部分坐骨神经结扎（PSL）模型	动物模型（小鼠）	RNA测序数据、行为学数据	未明确说明小鼠数量，但涉及雄性和雌性小鼠的对比实验
532	2025-04-19	HISSTA: a human in situ single-cell transcriptome atlas 2025-Mar-29, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf142 PMID:40163697	research paper	介绍了一个名为HISSTA的数据库，用于存储和分析人类组织中的单细胞分辨率原位转录组数据	HISSTA数据库首次整合了多种高分辨率原位成像技术生成的数据，并提供了交互式可视化工具	NA	构建一个全面的单细胞分辨率原位转录组数据库，以促进生物学和医学研究	人类组织中的单细胞转录组数据	digital pathology	NA	MERFISH, CosMx SMI, Xenium	NA	spatial transcriptome data	112个样本，2800万个细胞，覆盖16种组织类型，来自63项研究
533	2025-04-19	uHAF: a unified hierarchical annotation framework for cell type standardization and harmonization 2025-Mar-29, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf149 PMID:40172934	研究论文	开发了一个统一的层次注释框架uHAF，用于标准化和协调单细胞转录组学中的细胞类型注释	提出了一个包含器官特异性层次细胞类型树和基于大型语言模型的映射工具的统一框架，以解决单细胞转录组学中细胞类型注释不一致的问题	NA	解决单细胞转录组学中细胞类型注释不一致的问题，促进数据整合和机器学习应用	单细胞转录组学中的细胞类型注释	生物信息学	NA	单细胞转录组学，大型语言模型	GPT-4	单细胞转录组数据	涵盖38个器官的标准化层次参考
534	2025-04-19	Pre-B-cell leukemia transcription factor 1 contributes to liver fibrosis by enabling IL-7 signaling in HSC 2025-Mar-13, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001302 PMID:40080840	研究论文	本研究探讨了Pre-B-cell白血病转录因子1（PBX1）在肝纤维化中的作用及其通过IL-7信号通路激活肝星状细胞（HSC）的机制	揭示了PBX1在HSC激活中的新作用，并提出了靶向IL-7信号通路干预肝纤维化的概念验证	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床样本相关性研究较少	探究PBX1在肝纤维化中的作用及其分子机制	肝星状细胞（HSC）和小鼠模型	分子生物学	肝纤维化	单细胞RNA-seq、Ingenuity通路分析、报告基因检测、染色质免疫沉淀检测	NA	基因表达数据	小鼠模型和肝硬化患者样本
535	2025-04-19	Selective Depletion of CCR8+Treg Cells Enhances the Antitumor Immunity of Cytotoxic T Cells in Lung Cancer by Dendritic Cells 2025-Mar-06, Journal of thoracic oncology : official publication of the International Association for the Study of Lung Cancer IF:21.0Q1 DOI:10.1016/j.jtho.2025.02.029 PMID:40056978	研究论文	该研究探讨了通过选择性耗竭CCR8+Treg细胞增强细胞毒性T细胞在肺癌中的抗肿瘤免疫效果	研究发现抗CCR8疗法与PD1抑制剂联合使用能显著减少肿瘤生长，并通过重塑肿瘤微环境增强CD8+ T细胞的细胞毒性活性	研究主要基于小鼠模型，临床患者数据有限	评估抗CCR8单药及其与PD1抑制剂联合治疗在非小细胞肺癌(NSCLC)中的疗效和安全性	NSCLC小鼠模型及临床晚期NSCLC患者	免疫治疗	肺癌	单细胞RNA测序、单细胞T细胞受体测序分析、流式细胞术、多色免疫荧光、Luminex检测	小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据	四个NSCLC小鼠模型及临床患者数据
536	2025-04-18	Predicting Single-Cell Drug Sensitivity Utilizing Adaptive Weighted Features for Multi-Source Domain Adaptation 2025-Mar-20, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2025.3553126 PMID:40111773	研究论文	提出了一种名为scAdaDrug的新型多源域适应模型，用于预测单个细胞的药物反应	利用自适应重要性感知表示学习，通过对抗域适应从多个源域提取与药物反应相关的域不变特征，并引入即插即用模块生成重要性感知且相互独立的权重	未明确提及具体局限性	预测单细胞水平的药物反应	单细胞转录组数据	机器学习	肿瘤	单细胞测序技术	多源域适应模型	单细胞转录组数据	多个独立数据集，包括来自细胞系、患者来源异种移植(PDX)模型以及临床肿瘤患者队列的单细胞数据集
537	2025-04-17	The tectum transversum(TTR) maintains patency of the developing coronal suture 2025-Mar-31, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.30.646197 PMID:40236170	研究论文	本研究探讨了横跨顶骨（TTR）在维持冠状缝开放中的关键作用及其潜在的分子机制	首次证实TTR通过抑制BMP信号通路维持冠状缝开放，并揭示其与硬脑膜的潜在相互作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	阐明冠状缝发育的调控机制及冠状缝早闭的病因学	小鼠模型的横跨顶骨（TTR）及冠状缝组织	发育生物学	颅缝早闭症	基因敲除技术、空间转录组学	小鼠疾病模型	基因表达数据、组织形态学数据	未明确说明实验用小鼠数量
538	2025-04-16	Asthma-derived genetic signature predicts lung cancer prognosis: a multi-scale omics investigation 2025-Mar-31, Journal of thoracic disease IF:2.1Q3 DOI:10.21037/jtd-24-1697 PMID:40223964	研究论文	本研究通过多组学数据探讨哮喘与肺癌之间的关联，并开发了一个基于哮喘相关基因的肺癌预后模型	首次使用多组学方法研究哮喘与肺癌的关联，并构建了一个基于哮喘相关基因的预后模型	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	探讨哮喘与肺癌之间的关联，并开发肺癌预后模型	哮喘和肺癌患者	多组学分析	肺癌	全基因组关联研究(GWAS)、批量RNA测序、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	预后模型	基因组数据、转录组数据	1990年至2019年的全球疾病负担数据及公共数据库中的RNA测序数据
539	2025-04-16	An Efficient Method for Extracting Human Fallopian Tube Epithelia for Single-cell Analyses 2025-Mar-28, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/67753 PMID:40228013	research paper	本文描述了一种高效的方法，用于从新鲜输卵管中提取上皮细胞，用于单细胞分析	提出了一种快速且高效的方法，能够在4-6小时内从输卵管中分离出上皮细胞，且污染较少	未提及该方法在临床样本中的适用性或大规模应用的可行性	开发一种高效的方法用于输卵管上皮细胞的分离，以支持进一步的单细胞分析	人类输卵管上皮细胞	单细胞分析	生殖系统疾病	单细胞RNA测序，流式细胞术	NA	单细胞悬浮液	未明确提及样本数量
540	2025-02-18	Single-cell transcriptome sequencing in synovial joint: insights of new progenitors and targets in joint development and disease 2025-Mar-10, Stem cells (Dayton, Ohio) DOI:10.1093/stmcls/sxaf008 PMID:39957282	研究论文	本文探讨了单细胞转录组测序在滑膜关节中的应用，揭示了关节发育和疾病中的新祖细胞和靶点	利用单细胞转录组测序技术，揭示了滑膜关节中不同细胞类型的异质性和相互作用，为关节发育和疾病研究提供了新的视角和策略	未提及具体的技术限制或样本量限制	研究滑膜关节的发育过程和疾病机制	滑膜关节，包括膝关节、颞下颌关节和脊柱关节	生物信息学	关节炎	单细胞转录组测序	NA	基因表达数据	NA