单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 747 篇文献，本页显示第 501 - 520 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 501 | 2025-04-25 |
Intrinsic OASL expression licenses interferon induction during influenza A virus infection
2025-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.14.643375
PMID:40166309
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research paper | 该研究揭示了在甲型流感病毒(IAV)感染期间，固有OASL表达对干扰素诱导的关键作用 | 发现了ISGs（尤其是OASL）的固有表达在促进干扰素诱导中的新作用，并提供了关于先天免疫激活中细胞间异质性调控机制的新见解 | 研究主要关注IAV感染，其他病毒感染情况未涉及 | 识别决定细胞在病毒感染时产生干扰素能力差异的宿主因素 | 甲型流感病毒(IAV)感染的细胞 | 免疫学 | 流感 | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA |
| 502 | 2025-04-25 |
Investigating pulmonary neutrophil responses to inflammation in mice via flow cytometry
2025-Mar-14, Journal of leukocyte biology
IF:3.6Q2
DOI:10.1093/jleuko/qiae189
PMID:39212489
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研究论文 | 本文描述了一种通过流式细胞术评估小鼠肺部中性粒细胞表型的详细实验方案 | 提供了一种详细的实验方案，用于评估由真菌细胞壁颗粒zymosan诱导的无菌炎症小鼠模型中的肺部中性粒细胞表型 | 实验方案仅适用于小鼠模型，未涉及人类或其他动物模型 | 探索中性粒细胞在肺部生理和病理条件下的复杂功能 | 小鼠肺部中性粒细胞 | NA | 肺部炎症 | 流式细胞术 | NA | 细胞表型数据 | 小鼠模型 |
| 503 | 2025-04-25 |
scooby: Modeling multi-modal genomic profiles from DNA sequence at single-cell resolution
2025-Mar-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.19.613754
PMID:39345504
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研究论文 | 介绍了一种名为scooby的框架，用于在单细胞分辨率下从DNA序列建模多模态基因组图谱 | 首个在单细胞分辨率下建模scRNA-seq覆盖度和scATAC-seq插入图谱的框架，利用预训练的多组学预测模型Borzoi作为基础模型，并配备了细胞特异性解码器 | 未明确提及具体限制，但可能受限于单细胞多模态技术的复杂性和数据稀疏性 | 理解调控DNA元件如何影响单个细胞中的基因表达，构建统一的基因调控模型 | 单细胞多模态基因组数据，包括scRNA-seq和scATAC-seq数据 | 基因组学 | NA | scRNA-seq, scATAC-seq, 多模态基因组分析 | Borzoi, 细胞特异性解码器 | 基因组序列, 单细胞多模态数据 | 未明确提及具体样本数量，但应用于造血数据集 |
| 504 | 2025-04-25 |
A Latent Activated Olfactory Stem Cell State Revealed by Single-Cell Transcriptomic and Epigenomic Profiling
2025-Mar-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.10.26.564041
PMID:37961539
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研究论文 | 通过单细胞转录组和表观基因组分析揭示了一种潜在的激活嗅觉干细胞状态 | 结合基因表达和可及染色质图谱，识别了激活干细胞在细胞命运指定阶段的转录异质性，并发现了一组在受伤前就准备好激活的静息细胞 | NA | 研究嗅觉上皮干细胞在损伤诱导再生过程中的分子机制 | 嗅觉上皮干细胞 | 单细胞测序 | NA | 单细胞测序 | NA | 转录组和表观基因组数据 | NA |
| 505 | 2025-04-25 |
CSsingle: A Unified Tool for Robust Decomposition of Bulk and Spatial Transcriptomic Data Across Diverse Single-Cell References
2025-Mar-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.07.588458
PMID:38645128
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研究论文 | 介绍了一种名为CSsingle的新方法，用于增强对大量和空间转录组数据的分解，解决细胞异质性的关键挑战 | CSsingle通过应用细胞大小校正（使用ERCC spike-in对照）来考虑细胞类型间RNA含量的变化，从而实现准确的大量数据反卷积，并支持空间转录组数据的精细分析 | NA | 提高对复杂生物系统和疾病过程的理解，特别是在肿瘤上皮可塑性方面 | 大量和空间转录组数据，以及单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 食管腺癌（EAC）和Barrett食管 | ERCC spike-in对照，scRNA-seq | NA | 转录组数据 | 超过700个正常和病变的胃食管组织样本 |
| 506 | 2025-04-25 |
Thor: a platform for cell-level investigation of spatial transcriptomics and histology
2025-Mar-10, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4909620/v1
PMID:40162205
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research paper | 介绍了一个名为Thor的综合计算平台，用于空间转录组学和组织学图像的多模态分析 | Thor平台采用抗收缩马尔可夫扩散方法从点级数据推断单细胞空间转录组，有效整合细胞形态与空间转录组学 | NA | 解决现有计算平台在基因组和图像分析无缝整合方面的不足 | 空间转录组学和组织学图像 | digital pathology | heart failure, breast cancer, bladder cancer | spatial transcriptomics, immunofluorescence staining, Visium HD | anti-shrinking Markov diffusion method | image, genomic data | in-house heart failure patient samples, mouse olfactory bulb, breast cancer samples, in-house bladder cancer sample |
| 507 | 2025-04-25 |
Activation of CREB drives acinar cells to ductal reprogramming and promotes pancreatic cancer progression in animal models of alcoholic pancreatitis
2025-Mar-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.05.574376
PMID:38903082
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研究论文 | 研究揭示了CREB和Kras*在酒精性慢性胰腺炎(ACP)背景下促进胰腺癌进展的分子机制 | 首次阐明了CREB与致癌Kras G12D/+在ACP背景下协同促进胰腺癌进展的分子机制，并证明靶向CREB可有效抑制肿瘤进展 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限 | 探究CREB和Kras*在酒精性慢性胰腺炎促进胰腺癌进展中的作用机制 | 胰腺腺泡细胞、胰腺导管病变、胰腺癌 | 肿瘤生物学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序、Western blotting、磷酸激酶阵列、定量PCR | Ptf1a CreERTM/+;LSL-Kras G12D/+遗传小鼠模型 | 基因表达数据、蛋白质数据、组织样本 | 多种遗传修饰小鼠模型及人类胰腺疾病(慢性胰腺炎和胰腺导管腺癌)组织样本 |
| 508 | 2024-10-04 |
Unravelling lipidomic disruptions across multiple tissues in Chd8-mutant ASD mice through integration of lipidomics and single-cell transcriptomics
2025-Mar-06, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2024-332972
PMID:39358004
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 509 | 2025-04-25 |
Integration of lipidomics with targeted, single cell, and spatial transcriptomics defines an unresolved pro-inflammatory state in colon cancer
2025-Mar-06, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2024-332535
PMID:39658263
|
research paper | 该研究通过整合脂质组学与靶向、单细胞和空间转录组学，定义了结肠癌中未解决的促炎症状态 | 揭示了结肠癌中脂质失调与炎症无法消退的关联，提出了‘分辨率医学’这一新型治疗方法 | 样本量相对较小（40例非靶向分析和81例靶向分析），且仅针对结肠癌 | 探索结肠癌中脂质失调是否由炎症消退失败驱动 | 人类结肠癌和正常配对样本 | 脂质组学与转录组学 | 结肠癌 | LC-MS/MS、定量逆转录-PCR、大规模基因表达分析、空间转录组学、scRNASEQ | NA | 脂质组学数据、基因表达数据、空间转录组数据 | 40例非靶向分析样本和81例靶向分析样本 |
| 510 | 2025-04-25 |
Heterogeneity-Preserving Discriminative Feature Selection for Disease-Specific Subtype Discovery
2025-Mar-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.05.14.540686
PMID:38187596
|
研究论文 | 提出了一种名为PHet的统计方法，用于在疾病特异性亚型发现中保留异质性的同时进行判别性特征选择 | 利用深度度量学习特征嵌入探索保留异质性关键特征的统计特性，开发了PHet方法，通过迭代子采样和IQR差异分析结合Fisher方法识别保留异质性并提升亚型聚类质量的特征集 | 未明确提及方法在大规模数据集上的计算效率或可扩展性 | 开发能够在保留样本异质性的同时有效区分疾病/细胞状态的特征选择方法，促进精准医疗发展 | 单细胞RNA-seq和微阵列数据集 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA-seq, 微阵列 | 深度度量学习 | 分子数据（单细胞RNA-seq, 蛋白质组学, 影像数据） | 公共单细胞RNA-seq和微阵列数据集（未明确数量） |
| 511 | 2025-04-25 |
Chronic hyperactivation of midbrain dopamine neurons causes preferential dopamine neuron degeneration
2025-Mar-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.05.588321
PMID:38645054
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研究论文 | 该研究探讨了中脑多巴胺神经元慢性过度激活如何导致帕金森病中多巴胺神经元的优先退化 | 开发了一种化学遗传学（DREADD）小鼠模型来慢性增加多巴胺神经元活性，并揭示了过度神经活动在帕金森病退化中的潜在作用 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证有限 | 研究帕金森病中多巴胺神经元退化的病理生理机制 | 中脑多巴胺神经元，特别是黑质致密部（SNc）的多巴胺神经元 | 神经科学 | 帕金森病 | 化学遗传学（DREADD），电生理学，空间转录组学 | DREADD小鼠模型 | 电生理数据，行为数据，转录组数据 | DREADD小鼠模型和人类患者样本 |
| 512 | 2025-04-25 |
Single-cell RNA sequencing and cell-cell communication analysis reveal tumor microenvironment associated with chemotherapy responsiveness in ovarian cancer
2025-Mar, Clinical & translational oncology : official publication of the Federation of Spanish Oncology Societies and of the National Cancer Institute of Mexico
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12094-024-03655-6
PMID:39122983
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和细胞间通讯分析，研究卵巢癌肿瘤微环境对化疗反应性的影响 | 揭示了肿瘤微环境中不同组分（如SPP1+ TAMs、基质细胞和淋巴细胞）如何直接影响卵巢癌细胞的化疗反应性 | 研究基于已有的单细胞RNA-seq数据集，可能受限于样本量和数据质量 | 探究肿瘤微环境对卵巢癌化疗反应性的影响机制 | 卵巢癌肿瘤微环境中的非肿瘤细胞组分（如TAMs、基质细胞和淋巴细胞） | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞RNA测序数据 | 包含化疗反应信息的卵巢癌单细胞RNA-seq数据集 |
| 513 | 2025-04-25 |
Cancer-Associated Fibroblasts in Intrahepatic Cholangiocarcinoma: Insights into Origins, Heterogeneity, Lymphangiogenesis, and Peritoneal Metastasis
2025-Mar, The American journal of pathology
DOI:10.1016/j.ajpath.2024.07.009
PMID:39117110
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review | 本文综述了肝内胆管癌中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的来源、异质性、淋巴管生成和腹膜转移的作用 | 通过细胞谱系追踪研究、单细胞RNA测序和生物标志物分析，揭示了CAFs的起源和生物学复杂性，并探讨了其在淋巴管生成和腹膜转移中的机制 | 未提及具体的研究样本量或实验设计的局限性 | 探讨肝内胆管癌中CAFs的起源、异质性及其在肿瘤进展中的作用 | 肝内胆管癌（iCCA）中的癌症相关成纤维细胞（CAFs） | digital pathology | 肝内胆管癌 | 单细胞RNA测序、细胞谱系追踪 | NA | NA | NA |
| 514 | 2025-04-25 |
Characteristics of the Dynamic Evolutionary Pathway of ADSCs Induced Differentiation into Astrocytes Based on scRNA-Seq Analysis
2025-Mar, Molecular neurobiology
IF:4.6Q1
DOI:10.1007/s12035-024-04414-y
PMID:39190264
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research paper | 利用单细胞转录组测序揭示脂肪来源基质细胞（ADSCs）向星形胶质细胞分化过程中的动态基因表达变化 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了ADSCs向星形胶质细胞分化的两条不同途径（直接和间接途径），并鉴定了关键转录因子STAT1、MYEF2和SOX6的调控作用 | 研究仅基于体外实验，未涉及体内验证；样本量较小（5个样本） | 探究ADSCs向星形胶质细胞分化的动态分子机制 | 脂肪来源基质细胞（ADSCs）及其诱导分化的星形胶质细胞 | 单细胞组学 | NA | scRNA-Seq（10× Chromium平台） | Monocle2（细胞分化轨迹构建）, SCENIC（转录因子调控网络分析） | 单细胞转录组数据 | 5个样本（ADSCs组+4个诱导时间点组），共13个细胞亚群 |
| 515 | 2025-04-25 |
Helicobacter pylori induces GBA1 demethylation to inhibit ferroptosis in gastric cancer
2025-Mar, Molecular and cellular biochemistry
IF:3.5Q3
DOI:10.1007/s11010-024-05105-x
PMID:39283563
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研究论文 | 本研究探讨了幽门螺杆菌通过诱导GBA1去甲基化抑制胃癌细胞铁死亡的机制 | 揭示了幽门螺杆菌感染通过调控GBA1基因的甲基化状态和表达水平来抑制胃癌细胞铁死亡的新机制 | 研究主要基于细胞模型和小鼠模型，尚未在临床患者中进行验证 | 探索胃癌治疗的新靶点，特别是与铁死亡相关的基因 | 胃癌细胞系和小鼠皮下移植瘤模型 | 肿瘤生物学 | 胃癌 | NGS、qRT-PCR、Western blot、CCK-8、EdU、FerrOrange、GSH、MDA、C11-BODIPY、质谱分析 | 细胞模型和小鼠模型 | 基因组数据、蛋白质数据、代谢数据 | 未明确说明具体样本数量，使用了TCGA-STAD数据库和单细胞数据集 |
| 516 | 2025-04-24 |
Single-Cell Sequencing Reveals the Heterogeneity of Hepatic Natural Killer Cells and Identifies the Cytotoxic Natural Killer Subset in Schistosomiasis Mice
2025-Mar-30, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26073211
PMID:40244063
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research paper | 该研究通过单细胞测序技术揭示了血吸虫病小鼠肝脏自然杀伤细胞（NK细胞）的异质性，并鉴定出具有细胞毒性的NK细胞亚群 | 首次利用单细胞测序技术系统解析了血吸虫病模型中肝脏NK细胞的异质性，并发现Thy1NK亚群可作为抗肝纤维化的靶细胞 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体样本中验证 | 探究血吸虫病肝脏纤维化过程中NK细胞的异质性及其功能亚群 | 血吸虫病小鼠模型中的肝脏NK细胞 | digital pathology | schistosomiasis | single-cell sequencing, RT-qPCR | NA | single-cell RNA sequencing data | 未感染小鼠和感染4周/6周小鼠的肝脏NK细胞 |
| 517 | 2025-04-24 |
Identification of a Cancer Stem Cell-Related Gene Signature in Hepatocellular Carcinoma Based on Single-Cell RNA-Seq and Bulk RNA-Seq Analysis
2025-Mar-24, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26072933
PMID:40243557
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研究论文 | 本研究通过结合TCGA和ICGC的临床数据集以及bulk RNA测序数据，利用GSE156625单细胞RNA测序数据集，探索了肝癌中癌症干细胞（CSCs）生物标志物的预后意义 | 开发了一个基于九个特定BCSCs的预后风险模型，揭示了高风险患者总体生存率较低，并描述了肿瘤微环境中免疫细胞的组成及基因表达水平和突变率的显著差异 | 需要进一步的实验验证这些CSCs在疾病进展中的作用 | 探索肝癌中癌症干细胞（CSCs）生物标志物的预后意义 | 肝癌（LIHC）患者 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和bulk RNA测序 | 预后风险模型 | RNA测序数据 | TCGA和ICGC的临床数据集及GSE156625单细胞RNA测序数据集 |
| 518 | 2025-04-24 |
IL-24 promotes atopic dermatitis-like inflammation through driving MRSA-induced allergic responses
2025-Mar-08, Protein & cell
IF:13.6Q1
DOI:10.1093/procel/pwae030
PMID:38752989
|
research paper | 研究发现IL-24通过驱动MRSA诱导的过敏反应促进特应性皮炎样炎症 | 首次揭示IL-24在MRSA诱导的特应性皮炎发展中的关键作用及其机制 | 研究主要基于动物模型，需要进一步在人类患者中验证 | 探究MRSA在特应性皮炎发病机制中的作用 | 角质形成细胞和特应性皮炎动物模型 | 免疫学 | 特应性皮炎 | 单细胞RNA测序 | 动物模型 | 基因表达数据 | NA |
| 519 | 2025-03-08 |
Erratum for the Research Article "Highly multiplexed spatial transcriptomics in bacteria" by A. Sarfatis et al
2025-Mar-07, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adx0881
PMID:40048545
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 520 | 2025-04-24 |
Molecular and cellular neurocardiology in heart disease
2025-Mar, The Journal of physiology
DOI:10.1113/JP284739
PMID:38778747
|
研究论文 | 本文更新并扩展了先前关于心脏神经生物学分子和细胞基础的白皮书，重点关注心脏自主神经发育、新的细胞内通路和神经可塑性的最新发现 | 探讨了患者特异性干细胞在研究心脏交感神经损伤中的应用，以及新型成像技术和空间转录组学在治疗心脏自主神经功能障碍中的潜在作用 | 文中提到了一些未解决的问题和争议领域 | 研究心脏疾病的分子和细胞神经心脏病学基础 | 心脏自主神经系统、细胞内通路和神经可塑性 | 神经心脏病学 | 心血管疾病 | 空间转录组学、新型成像技术 | NA | 分子和细胞数据 | NA |