单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
481	2025-05-01	Single-cell RNA sequencing in ovarian cancer: Current progress and future prospects 2025-Mar, Progress in biophysics and molecular biology DOI:10.1016/j.pbiomolbio.2025.01.002 PMID:39778630	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在卵巢癌研究中的应用、进展及未来前景	填补了现有研究中缺乏对多篇利用scRNA-seq技术研究卵巢癌的文献进行综合比较和总结的空白	讨论了scRNA-seq在卵巢癌研究中的局限性及未来发展方向	总结和比较不同研究中使用scRNA-seq技术探索卵巢癌发展、异质性、肿瘤微环境和治疗抵抗的结果	卵巢癌	数字病理学	卵巢癌	scRNA-seq	NA	RNA-seq数据	NA
482	2025-05-01	Deciphering key roles of B cells in prognostication and tailored therapeutic strategies for lung adenocarcinoma: a multi-omics and machine learning approach towards predictive, preventive, and personalized treatment strategies 2025-Mar, The EPMA journal DOI:10.1007/s13167-024-00390-4 PMID:39991096	研究论文	本研究利用多组学和机器学习方法揭示了B细胞在肺腺癌中的预后作用，并开发了一个预测模型以支持个性化治疗策略	首次整合多组学数据和机器学习算法，开发了Scissor+相关B细胞评分（SRBS），用于预测肺腺癌患者的预后和个性化治疗反应	研究结果需要在更大规模的患者队列中进行验证，且实验验证部分仅限于LDHA基因	探索B细胞在肺腺癌预后中的作用，并开发个性化治疗策略	肺腺癌患者及其肿瘤微环境中的B细胞	数字病理学	肺腺癌	多组学分析（包括bulk RNA、ATAC-seq、单细胞RNA和空间转录组测序）和机器学习	多种机器学习算法的集成模型	多组学数据（RNA-seq、ATAC-seq、单细胞RNA-seq、空间转录组）	训练集和验证集中的肺腺癌患者样本（具体数量未明确说明）
483	2025-05-01	Modeling GATA2 deficiency in mice: the R396Q mutation disrupts normal hematopoiesis 2025-Mar, Leukemia IF:12.8Q1 DOI:10.1038/s41375-024-02508-z PMID:39774796	研究论文	本研究描述了一种模拟GATA2缺陷的小鼠模型，探讨了R396Q突变对正常造血功能的破坏作用	首次建立了与GATA2缺陷相关白血病进展的Gata2突变小鼠模型，揭示了该突变在造血干细胞功能和亚群分布上的特异性影响	研究仅针对R396Q这一特定突变，可能无法完全代表所有GATA2缺陷的病理机制	探究GATA2缺陷导致白血病转化的分子机制	Gata2 R396Q突变小鼠模型	血液病学	白血病	单细胞RNA测序	小鼠疾病模型	基因表达数据	未明确说明具体数量，使用突变小鼠模型进行研究
484	2025-04-29	Targeting Hepatic Stellate Cells for the Prevention and Treatment of Liver Cirrhosis and Hepatocellular Carcinoma: Strategies and Clinical Translation 2025-Mar-31, Pharmaceuticals (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/ph18040507 PMID:40283943	研究论文	本文探讨了靶向肝星状细胞（HSC）在预防和治疗肝硬化及肝细胞癌（HCC）中的策略及其临床转化	利用HSC特异性表面标记物和受体进行靶向治疗，以及单细胞测序和空间转录组学等新技术在识别新靶点中的应用	未提及具体临床试验结果或治疗效果的具体数据	研究肝星状细胞在肝纤维化和肝细胞癌发病机制中的作用，并探索靶向治疗策略	肝星状细胞（HSC）、肝纤维化、肝硬化、肝细胞癌（HCC）	NA	肝细胞癌、肝硬化	单细胞测序、空间转录组学	NA	NA	NA
485	2025-04-27	Stromal Stiffness-Regulated IGF2BP2 in Pancreatic Cancer Drives Immune Evasion via Sphingomyelin Metabolism 2025-Mar-28, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2025.03.019 PMID:40158738	research paper	该研究探讨了胰腺导管腺癌(PDAC)中m6A修饰与免疫逃逸的关联及机制，并提出了临床干预策略	首次揭示了基质硬度调控的IGF2BP2通过鞘磷脂代谢促进PDAC免疫逃逸的机制，并提出了非侵入性筛查方法和潜在免疫治疗靶点	研究主要基于PDAC模型，结果在其他癌症类型中的普适性需要进一步验证	阐明m6A修饰与PDAC免疫逃逸的关联机制并开发免疫治疗策略	胰腺导管腺癌(PDAC)患者样本和模型	肿瘤免疫学	胰腺癌	转录组分析、成像质谱流式、m6A定量、MeRIP、RIP、RNA pull-down、scRNA-seq、流式细胞术、mIHC	PDAC类器官、患者来源组织片段、人源化小鼠模型	转录组数据、蛋白质组数据、影像数据	122名PDAC患者的多模态队列，并在6个独立PDAC队列中验证
486	2025-04-27	New insights on extramedullary granulopoiesis and neutrophil heterogeneity in the spleen and its importance in disease 2025-Mar-14, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1093/jleuko/qiae220 PMID:39514106	综述	本文综述了脾脏中髓外粒细胞生成和中性粒细胞异质性的新见解及其在疾病中的重要性	利用现代转录组学和新成像技术揭示了中性粒细胞在器官内的显著异质性及其复杂的生物学功能，挑战了传统中性粒细胞作为简单杀伤细胞的观念	NA	探讨脾脏微环境如何调控脾脏粒细胞生成及其在感染、炎症和肿瘤中的作用	脾脏中的中性粒细胞及其生成过程	免疫学	炎症性疾病, 肿瘤	单细胞RNA测序, 现代成像技术	NA	转录组数据, 影像数据	NA
487	2025-04-27	Phylogenomic workflow for uncultivable microbial eukaryotes using single-cell RNA sequencing - A case study with planktonic ciliates (Ciliophora, Oligotrichea) 2025-Mar, Molecular phylogenetics and evolution IF:3.6Q2 DOI:10.1016/j.ympev.2024.108239 PMID:39551225	研究论文	本文开发了一种基于单细胞RNA测序的系统基因组工作流程，用于研究不可培养的微生物真核生物，并以浮游纤毛虫为例进行了验证	开发了一个整合从细胞分离到数据整理和物种树推断所有关键步骤的系统基因组工作流程，并评估了单拷贝和多拷贝基因在系统基因组分析中的应用	需要生物信息学专业知识和计算能力，且数据中可能包含非目标序列（如共生体、猎物）	开发并验证一种适用于不可培养微生物真核生物的系统基因组工作流程	浮游纤毛虫（Ciliophora, Oligotrichea）	基因组学	NA	单细胞RNA测序	Asteroid	转录组数据	39个转录组（11个公开可用，28个新生成）
488	2025-04-27	All the single cells: Single-cell transcriptomics/epigenomics experimental design and analysis considerations for glial biologists 2025-Mar, Glia IF:5.4Q1 DOI:10.1002/glia.24633 PMID:39558887	review	本文为胶质细胞生物学家提供了单细胞RNA-seq数据集的实验设计和分析入门指南	专注于胶质细胞生物学的单细胞转录组学和表观基因组学实验设计与分析决策点	主要针对胶质细胞生物学领域，可能不适用于其他细胞类型的研究	促进对单细胞组学数据决策的理解，增强生物学家解释和批判工作的能力	胶质细胞及其在神经疾病中的变化	生物信息学	神经疾病	单细胞RNA-seq	NA	单细胞转录组和表观基因组数据	NA
489	2025-04-27	Single-Cell RNA Sequencing to Guide Autologous Preterm Cord Mesenchymal Stromal Cell Therapy 2025-Mar, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202403-0569OC PMID:39586004	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术评估了脐带间充质干细胞（UC-MSCs）在治疗早产儿支气管肺发育不良（BPD）中的潜力	首次通过单细胞RNA测序比较了不同来源（足月、早产及妊娠并发症）UC-MSCs的转录组特征及其在BPD模型中的治疗效果差异	样本量较小（5例足月供体+16例早产供体），且仅使用公开数据进行肺部细胞互作网络分析	评估妊娠并发症是否影响UC-MSCs对BPD的治疗潜力	脐带间充质干细胞（UC-MSCs）与新生儿真皮成纤维细胞	数字病理	肺病/支气管肺发育不良	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	5例足月供体+16例早产供体的UC-MSCs，以及人类新生儿真皮成纤维细胞对照
490	2025-04-27	Analysis of human neutrophils from nasal polyps by single-cell RNA sequencing reveals roles of neutrophils in chronic rhinosinusitis 2025-Mar, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.10.032 PMID:39522652	research paper	通过单细胞RNA测序分析鼻息肉中的人类中性粒细胞，揭示了中性粒细胞在慢性鼻窦炎中的作用	首次使用单细胞RNA测序技术揭示了鼻息肉组织中中性粒细胞的异质性及其在慢性鼻窦炎中的潜在致病作用	样本量较小（5例对照鼻窦组织、5例鼻息肉组织及匹配的外周血样本），可能影响结果的普遍性	揭示中性粒细胞在鼻息肉组织中的作用和异质性	人类中性粒细胞	digital pathology	chronic rhinosinusitis	single-cell RNA sequencing	NA	RNA-seq	5例对照鼻窦组织、5例鼻息肉组织及匹配的外周血样本
491	2025-04-27	Melatonin treatment increases skin microbiota-derived propionic acid to alleviate atopic dermatitis 2025-Mar, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.11.019 PMID:39579877	research paper	研究揭示了褪黑激素通过调节皮肤微生物群及其代谢产物丙酸来缓解特应性皮炎（AD）的机制	首次发现褪黑激素通过皮肤微生物群/丙酸/GPR43/FABP5轴缓解AD，揭示了褪黑激素作为皮肤微生物群调节剂的新角色	研究主要基于小鼠模型和HaCaT细胞，人类临床验证尚待进行	探究褪黑激素治疗通过改变皮肤微生物群组成缓解AD的机制	特应性皮炎（AD）小鼠模型和HaCaT细胞	皮肤微生物组学	特应性皮炎	16S-rRNA测序、皮肤微生物移植、短链脂肪酸定量检测、转录组和单细胞测序分析、定量RT-PCR、Western blotting、Cell Counting Kit-8检测	小鼠AD模型	微生物组数据、转录组数据、单细胞测序数据、蛋白质表达数据	AD小鼠模型和HaCaT细胞系
492	2025-04-27	Aged hippocampal single-cell atlas screening unveils disrupted neuroglial system in postoperative cognitive impairment 2025-Mar, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.14406 PMID:39540334	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了老年小鼠海马神经胶质系统在术后认知障碍中的失调机制及其潜在治疗靶点	首次构建老年海马单细胞图谱，揭示了术后认知障碍中神经胶质系统紊乱的多细胞机制及右美托咪定的治疗潜力	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	阐明术后认知障碍中神经胶质相互作用的调控机制及潜在治疗靶点	老年小鼠海马神经胶质系统（神经元、小胶质细胞、星形胶质细胞和少突胶质细胞）	神经科学	术后认知障碍	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	老年小鼠海马组织样本（具体数量未说明）
493	2025-04-26	Blood Single-Cell Transcriptomic and Proteomic Signatures of Paradoxical Eczema in Patients with Psoriasis Treated with Biologics 2025-Mar-27, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2025.02.153 PMID:40157420	研究论文	研究探讨了生物制剂治疗银屑病时出现的矛盾性湿疹的单细胞转录组和蛋白质组特征	首次使用单细胞RNA测序和质谱流式细胞术揭示了矛盾性湿疹的炎症特征和遗传易感性	样本量有限，且仅针对特定生物制剂治疗的患者	探索生物制剂治疗银屑病时出现的矛盾性湿疹的发病机制	接受生物制剂治疗的银屑病患者	数字病理学	银屑病	单细胞RNA测序, 质谱流式细胞术	NA	转录组数据, 蛋白质组数据	未明确说明具体样本数量
494	2025-04-26	Distinct deregulation trends of transcriptional protein complexes in aging naive T cells 2025-Mar-14, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1093/jleuko/qiae231 PMID:39437255	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序数据和蛋白质相互作用网络，揭示了衰老对幼稚CD4+和CD8+ T细胞中转录蛋白复合物的不同影响	首次揭示了衰老对幼稚CD4+和CD8+ T细胞中转录蛋白复合物的不同调控趋势，并发现SMAD3和BCL11A复合物可作为衰老的标志物	研究仅关注了幼稚T细胞，未考虑其他T细胞亚群或免疫细胞类型	探究衰老对T细胞亚群中转录蛋白复合物的影响及其在免疫系统功能衰退中的作用	幼稚CD4+和CD8+ T细胞	免疫学	老年病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	来自3个不同年龄组的幼稚CD4+和CD8+ T细胞
495	2025-04-26	Screening and validating genes associated with cuproptosis in systemic lupus erythematosus by expression profiling combined with machine learning 2025-Mar-07, Biomolecules & biomedicine DOI:10.17305/bb.2024.10996 PMID:39388708	研究论文	通过机器学习和单细胞RNA测序技术筛选和验证与系统性红斑狼疮中铜死亡相关的基因	首次结合机器学习和单细胞RNA测序技术系统性研究与铜死亡相关的基因在系统性红斑狼疮中的作用	研究依赖于公开数据集，样本量有限，实验验证仅针对部分基因	识别系统性红斑狼疮中与铜死亡相关的基因，并验证其作为生物标志物的潜力	系统性红斑狼疮患者的外周血样本	生物信息学	系统性红斑狼疮	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、qPCR	最小绝对收缩和选择算子（LASSO）、支持向量机递归特征消除（SVM-RFE）	基因表达数据	两个公开数据集（GSE65391和GSE61635）及单细胞RNA测序数据（GSE162577）
496	2025-04-26	scCrab: A Reference-Guided Cancer Cell Identification Method based on Bayesian Neural Networks 2025-Mar, Interdisciplinary sciences, computational life sciences DOI:10.1007/s12539-024-00655-6 PMID:39348073	研究论文	提出了一种基于贝叶斯神经网络的参考引导癌症细胞识别方法scCrab，用于单细胞RNA测序数据中的癌症细胞识别	结合贝叶斯神经网络和多头自注意力机制，能够整合外部参考数据作为先验信息，提高了识别性能	未提及具体的数据集规模限制或计算资源需求	开发一种高效的癌症细胞识别计算方法，以替代耗时且重复性差的手动识别方法	单细胞RNA测序数据中的癌症细胞	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	贝叶斯神经网络(BNN)与线性回归模型	单细胞RNA测序数据	多个数据集，具体数量未提及
497	2025-04-26	Identification of novel biomarkers for atherosclerosis using single-cell RNA sequencing and machine learning 2025-Mar, Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society IF:2.7Q2 DOI:10.1007/s00335-024-10077-w PMID:39400603	研究论文	通过单细胞RNA测序和机器学习技术识别动脉粥样硬化的新型生物标志物	结合单细胞RNA测序、WGCNA、差异表达分析和多种机器学习方法（LASSO和SVM-RFE）识别并验证了动脉粥样硬化的潜在诊断标志物C1QC和COL1A1	研究结果仍需在更大规模的临床样本中进一步验证	识别动脉粥样硬化的新型生物标志物以改进其诊断和治疗	动脉粥样硬化患者和正常人的样本	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序、免疫荧光、免疫组化、ELISA分析	LASSO、SVM-RFE	RNA测序数据、免疫细胞浸润数据	256个差异表达基因（来自AS和正常样本）、GSE21545数据集验证、小鼠和人类样本
498	2025-04-26	Sandwich Therapy with Radionuclide Combined with Intralesional Injections Based on Differences in the Spatial Structure Components of Keloids 2025-Mar, Aesthetic plastic surgery IF:2.0Q2 DOI:10.1007/s00266-024-04442-y PMID:39402198	research paper	该研究设计了一种基于瘢痕疙瘩空间结构成分差异的改良‘三明治’疗法，结合放射性核素和病灶内注射，以减少并发症	基于单细胞测序分析和病理学发现瘢痕疙瘩血管壁中高表达的基因和通路，设计出针对其空间结构差异的精准靶向疗法	样本量较小（40例患者，41个部位），且缺乏长期随访数据	开发一种减少瘢痕疙瘩治疗并发症的新方法	瘢痕疙瘩患者	digital pathology	keloid	单细胞测序分析、超声、H&E染色、CD34染色、eNOS染色	NA	基因表达数据、超声图像、病理切片	40例患者，41个瘢痕疙瘩部位
499	2025-04-26	SCG2 Mediates HNSCC Progression With CCL2/TGFβ1high M2 Macrophage Infiltration 2025-Mar, Oral diseases IF:2.9Q1 DOI:10.1111/odi.15154 PMID:39404611	研究论文	本研究揭示了头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中M2巨噬细胞极化的机制，并确定了潜在的治疗靶点	发现SCG2作为HNSCC中M2巨噬细胞极化的关键因子，并验证了其在肿瘤预后中的重要作用	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证	揭示HNSCC中M2巨噬细胞极化的机制并寻找治疗靶点	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）	生物信息学	头颈癌	生物信息学分析、单细胞转录组测序、基因敲除、细胞共培养	NA	转录组数据	来自TCGA和GEO数据库的HNSCC批量转录组数据
500	2025-04-26	Integrating spatial transcriptomics and single-nucleus RNA-seq revealed the specific inhibitory effects of TGF-β on intramuscular fat deposition 2025-Mar, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-024-2696-5 PMID:39422812	研究论文	本研究通过整合空间转录组学和单核RNA测序技术，揭示了TGF-β对肌肉内脂肪沉积的特异性抑制作用	首次结合空间转录组学和单核RNA测序技术，揭示了TGF-β信号通路在肌肉内脂肪沉积中的特异性调控作用	研究主要基于猪和小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究肌肉内脂肪沉积的调控机制及其在肌肉萎缩和修复中的作用	猪的背最长肌和肥胖小鼠模型	生物医学	肥胖相关肌肉萎缩	空间转录组学(ST)和单核RNA测序(single-nucleus RNA-seq)	NA	基因表达数据	不同肌肉内脂肪含量的猪背最长肌样本和肥胖小鼠模型