单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 712 篇文献，本页显示第 481 - 500 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 481 | 2025-10-07 |
Lignature: A Comprehensive Database of Ligand Signatures to Predict Cell-Cell Communication
2025-Mar-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.22.644770
PMID:40196598
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研究论文 | 开发了一个名为Lignature的配体特征数据库，用于预测细胞间通讯 | 构建了包含362种人类配体的细胞内转录组特征数据库，显著扩展了可用配体响应特征库，在基因和通路水平上优于现有方法 | NA | 预测配体-受体相互作用和细胞间通讯 | 人类配体及其诱导的转录组特征 | 生物信息学 | NA | 转录组分析，单细胞测序 | NA | 转录组数据，单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 482 | 2025-10-07 |
Thor: a platform for cell-level investigation of spatial transcriptomics and histology
2025-Mar-10, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4909620/v1
PMID:40162205
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研究论文 | 介绍Thor平台，一个用于空间转录组学和组织学图像多模态分析的计算平台 | 开发了抗收缩马尔可夫扩散方法从spot级数据推断单细胞空间转录组，实现细胞形态与空间转录组学的有效整合 | NA | 解决基因组分析与图像分析之间的整合空白，提供全面的细胞和分子分析工具 | 空间转录组学数据和组织学图像 | 空间转录组学 | 心力衰竭、乳腺癌、膀胱癌 | 空间转录组学、免疫荧光染色、ISH、MERFISH、Xenium、Stereo-seq | 抗收缩马尔可夫扩散方法 | 空间转录组数据、组织图像 | 内部心力衰竭患者样本、小鼠嗅球样本、乳腺癌样本、膀胱癌样本 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium HD | 10x Visium HD空间转录组测序平台 |
| 483 | 2025-10-07 |
Lineage Tracing Reveals Clone-Specific Responses to Doxorubicin in Triple-Negative Breast Cancer
2025-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.18.643980
PMID:40166195
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研究论文 | 使用谱系追踪系统研究三阴性乳腺癌对阿霉素治疗的克隆特异性反应 | 开发结合遗传克隆标识与单细胞RNA测序的谱系追踪系统ClonMapper，揭示治疗反应与克隆身份无关的 divergent phenotypes | 研究基于单一TNBC模型，未验证其他癌症类型或治疗药物 | 阐明三阴性乳腺癌对阿霉素治疗的克隆特异性反应机制 | 三阴性乳腺癌模型中的肿瘤克隆 | 单细胞生物学 | 三阴性乳腺癌 | 谱系追踪，单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 484 | 2025-10-07 |
BET inhibitor in combination with BCG vaccine enhances antitumor efficacy and orchestrates T cell reprogramming for melanoma
2025-Mar-18, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2025.101995
PMID:40107246
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研究论文 | 本研究证明BET抑制剂NHWD-870与BCG疫苗联合治疗可通过重编程T细胞增强黑色素瘤抗肿瘤疗效 | 首次发现BET抑制剂与BCG疫苗联合治疗可重编程T细胞至免疫激活状态，并鉴定MT1为BRD4直接下游靶点 | NA | 开发增强黑色素瘤免疫治疗效果的新型联合疗法 | 黑色素瘤模型和T细胞 | NA | 黑色素瘤 | 单细胞转录组分析，人源化PDX模型 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 485 | 2025-10-07 |
Mouse-Geneformer: A deep learning model for mouse single-cell transcriptome and its cross-species utility
2025-Mar, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1011420
PMID:40106407
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研究论文 | 开发了针对小鼠单细胞转录组的深度学习模型mouse-Geneformer，并验证其跨物种应用潜力 | 构建了首个基于2100万小鼠单细胞转录组数据预训练的Geneformer模型，并首次系统评估了该模型在跨物种分析中的效用 | 在人类COVID-19模型中的预测结果与人类专用Geneformer仅部分一致，表明物种特异性模型对某些疾病机制捕获存在局限 | 开发适用于小鼠单细胞转录组分析的深度学习模型，并探索其跨物种应用能力 | 小鼠和人类的单细胞转录组数据 | 自然语言处理, 机器学习 | 心肌梗死, COVID-19 | 单细胞RNA测序 | Transformer Encoder | 单细胞转录组数据 | 2100万个小鼠单细胞转录组图谱 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 486 | 2025-10-07 |
Chemokine Ligands and Receptors Regulate Macrophage Polarization in Atherosclerosis: A Comprehensive Database Mining Study
2025-Mar, CJC open
IF:2.5Q2
DOI:10.1016/j.cjco.2024.11.018
PMID:40182401
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研究论文 | 通过生物信息学方法研究趋化因子配体和受体在动脉粥样硬化中调控巨噬细胞极化的作用机制 | 首次通过公共数据库挖掘和单细胞RNA测序数据系统分析趋化因子在动脉粥样硬化中调控巨噬细胞极化的网络机制 | 研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证 | 研究趋化因子在动脉粥样硬化发生发展中的作用机制 | 巨噬细胞极化过程及相关趋化因子 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 数据库挖掘, 信号通路富集分析 | NA | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 487 | 2025-10-07 |
An atlas of early human mandibular endochondral and osteogenic paracrine signaling regions of Meckel's cartilage
2025-Mar-25, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2420466122
PMID:40096606
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析构建了人类胎儿Meckel软骨的时空图谱，揭示其在下颌骨骨化中的关键作用 | 首次发现Meckel软骨的两个不同区域通过不同机制参与下颌骨骨化过程 | 研究仅涵盖7-15周孕期的胎儿样本，需要进一步验证机制 | 探究Meckel软骨在下颌骨骨化过程中的作用机制 | 人类胎儿Meckel软骨组织 | 空间转录组学 | 口腔颅面疾病 | 单细胞RNA测序, 单细胞空间转录组学分析, 体内谱系追踪 | 小鼠模型 | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 7-15周孕期人类胎儿样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 488 | 2025-10-07 |
Construction of a Single-cell Atlas of Thyroid Cancer
2025-Mar-10, Endocrine, metabolic & immune disorders drug targets
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术构建甲状腺癌的单细胞图谱，揭示肿瘤异质性并探索分子特征 | 首次构建甲状腺癌全景单细胞图谱，发现lncRNA XIST在未分化甲状腺癌中的高表达及其m6A修饰调控机制 | 样本量有限（20例患者），数据来源于公共数据库 | 探索甲状腺癌的肿瘤异质性及其分子特征，为临床分期和治疗策略提供新见解 | 甲状腺癌患者的肿瘤组织、癌旁组织、转移淋巴结和远处转移灶 | 单细胞测序分析 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 生物信息学分析 | 单细胞转录组数据 | 20例患者的27个组织样本（11个原发肿瘤、6个癌旁组织、8个转移淋巴结、2个远处转移） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 489 | 2025-10-07 |
Reference-informed evaluation of batch correction for single-cell omics data with overcorrection awareness
2025-Mar-30, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-07947-7
PMID:40158033
|
研究论文 | 提出一种参考信息指导的统计框架RBET，用于评估单细胞组学数据批次效应校正性能并识别过校正问题 | 首次提出能够敏感检测数据过校正的批次效应校正评估方法，解决了传统方法无法识别真实生物变异被误删的问题 | 方法在极端批次效应情况下的性能需要进一步验证，且仅针对单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据进行了测试 | 开发一个能够公平评估单细胞组学数据批次效应校正性能的统计框架 | 单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据集 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | 统计框架 | 单细胞组学数据 | 六个真实数据集，包含不同批次数量、批次效应大小和细胞类型数量的样本 | NA | single-cell RNA-seq, single-cell ATAC-seq | NA | NA |
| 490 | 2025-10-07 |
Single-cell sequencing uncovers a high ESM1-expression endothelial cell subpopulation associated with bladder cancer progression and the immunosuppressive microenvironment
2025-Mar-30, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-95731-2
PMID:40159545
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研究论文 | 通过单细胞测序发现膀胱癌中高表达ESM1的内皮细胞亚群与疾病进展和免疫抑制微环境相关 | 首次在膀胱癌中鉴定出高表达ESM1的内皮细胞亚群，揭示其与肿瘤进展和免疫抑制微环境的关联 | 样本量相对有限，需要更大规模研究验证 | 探究膀胱癌中肿瘤内皮细胞的异质性及其在疾病进展中的作用 | 膀胱癌组织中的CD45阴性单细胞 | 单细胞测序分析 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序 | 层次聚类分析，pySCENIC算法 | 单细胞转录组数据 | 7,519个CD45阴性单细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 491 | 2025-10-07 |
SERPINA3 predicts long-term neurological outcomes and mortality in patients with intracerebral hemorrhage
2025-Mar-29, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-025-07551-x
PMID:40157917
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学分析发现SERPINA3可作为脑出血患者长期神经功能预后和死亡率的预测生物标志物 | 首次在脑出血研究中结合空间转录组学、病理验证和临床队列分析，系统揭示SERPINA3的预后预测价值 | 需要更大规模的前瞻性队列验证，样本量相对有限 | 探索脑出血患者长期神经功能预后的可靠生物标志物 | 脑出血患者和健康对照人群 | 空间转录组学 | 脑出血 | 空间转录组学, 病理学研究, 血浆分析 | NA | 转录组数据, 病理图像, 临床数据 | 500人（250例脑出血患者和250例健康对照） | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 492 | 2025-10-07 |
Revealing a coherent cell state landscape across single cell datasets with CONCORD
2025-Mar-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.13.643146
PMID:40161827
|
研究论文 | 提出CONCORD自监督对比学习框架，用于单细胞RNA测序数据的稳健降维和整合 | 采用概率性、数据集和邻域感知的采样策略，同时提高细胞状态分辨率和减少批次效应 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中细胞状态景观解析的挑战 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 对比学习框架 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 493 | 2025-10-07 |
Deciphering shared molecular dysregulation across Parkinson's disease variants using a multi-modal network-based data integration and analysis
2025-Mar-31, NPJ Parkinson's disease
DOI:10.1038/s41531-025-00914-3
PMID:40164620
|
研究论文 | 通过构建知识图谱整合多组学数据，探索不同帕金森病变异型之间的共同分子失调机制 | 首次将患者特异性中脑类器官的多模态数据与公共生物数据整合构建知识图谱，并在单细胞水平分析特发性帕金森病与单基因型帕金森病的共同转录组失调 | 研究样本量有限，仅包含特定基因突变类型，需要进一步验证 | 探索不同帕金森病变异型之间共享的分子失调机制 | 帕金森病患者特异性中脑类器官（含LRRK2-G2019S、SNCA三倍体、GBA-N370S、MIRO1-R272Q突变）及特发性帕金森病患者 | 系统生物医学 | 帕金森病 | 单细胞RNA测序，高通量成像，知识图谱构建 | 知识图谱，网络分析 | 图像数据，RNA测序数据，单细胞RNA测序数据 | 包含多种基因突变的帕金森病患者特异性中脑类器官及特发性帕金森病患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq，RNA测序，空间转录组学 | NA | NA |
| 494 | 2025-10-07 |
Transcriptomic and genetic analysis suggests a role for mitochondrial dysregulation in schizophrenia
2025-Mar-15, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.03.14.25323827
PMID:40162239
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研究论文 | 本研究通过整合遗传分析和单核RNA测序技术，揭示了精神分裂症中线粒体功能紊乱的细胞类型特异性分子机制 | 首次在单细胞分辨率上系统揭示了精神分裂症中不同神经元亚型、星形胶质细胞和少突胶质细胞中线粒体功能紊乱等分子通路的共同扰动 | 样本量相对有限（85例），仅分析了背侧前额叶皮层特定区域 | 探索精神分裂症的细胞类型特异性病因机制 | 43例精神分裂症患者和42例正常对照的死后脑组织样本 | 生物信息学 | 精神分裂症 | 单核RNA-seq，遗传分析，表达数量性状位点分析，转录组关联分析 | 共调控网络分析 | 单细胞转录组数据，遗传数据 | 536,618个细胞核，来自85例人脑样本 | NA | 单核RNA-seq | NA | NA |
| 495 | 2025-10-07 |
Myeloid-derived suppressor cell inhibits T-cell-based defense against Klebsiella pneumoniae infection via IDO1 production
2025-Mar, PLoS pathogens
IF:5.5Q1
DOI:10.1371/journal.ppat.1012979
PMID:40096073
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了高毒力肺炎克雷伯菌感染中髓源性抑制细胞通过IDO1酶抑制T细胞免疫应答的机制 | 首次发现hvKp感染通过诱导色氨酸代谢增强MDSCs的免疫抑制活性，并证实IDO1在抑制T细胞抗细菌免疫中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中验证；IDO1抑制剂在临床应用中的效果需进一步评估 | 探究高毒力肺炎克雷伯菌逃避宿主免疫防御的机制，为开发新的免疫治疗策略提供理论依据 | 高毒力肺炎克雷伯菌感染的小鼠模型及相关的免疫细胞 | 免疫学 | 细菌感染 | 单细胞RNA测序，基因敲除，体外抑制实验 | NA | 基因表达数据 | 小鼠感染模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 496 | 2025-10-07 |
Inhibition of ERK1/2 mediated activation of Drp1 alleviates intervertebral disc degeneration via suppressing pyroptosis and apoptosis in nucleus pulposus cells
2025-Mar, Journal of orthopaedic translation
IF:5.9Q1
DOI:10.1016/j.jot.2025.01.013
PMID:40160807
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研究论文 | 本研究探讨了Drp1在椎间盘退变中的作用机制，并验证了Drp1抑制剂Mdivi-1通过抑制细胞焦亡和凋亡缓解退变的治疗效果 | 首次揭示ERK1/2通过调控Drp1磷酸化介导的线粒体分裂在椎间盘退变中的作用机制，并证实Mdivi-1的治疗潜力 | 研究主要基于大鼠模型和体外细胞实验，尚未进行临床验证 | 阐明Drp1在椎间盘退变中的分子机制并评估其抑制剂Mdivi-1的治疗效果 | 大鼠椎间盘退变模型和髓核细胞 | 分子生物学 | 椎间盘退变 | 单细胞测序分析、Western blot、流式细胞术、免疫荧光染色、X射线、MRI | NA | 基因表达数据、蛋白质数据、影像数据 | 8周龄大鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 497 | 2025-10-07 |
Cell Function Graphics: TOGGLE delineates fate and function within individual cell types via single-cell transcriptomics
2025-Mar-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.01.631041
PMID:40060433
|
研究论文 | 开发了TOGGLE方法和图扩散功能图谱，用于在单细胞水平识别同一细胞类型内的功能异质性和细胞命运轨迹 | 利用高分辨率分析方法揭示细胞水平的功能多样性，开发创新的图扩散功能图谱能显著降低噪音并捕捉高维数据中更细微的功能差异 | NA | 克服同一细胞类型内因基因表达相似性而难以区分功能状态和细胞命运轨迹的挑战 | 单细胞类型内的功能RNA和细胞命运 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组测序 | 图扩散功能图谱 | 单细胞RNA表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 498 | 2025-10-07 |
Different fibroblast subtypes propel spatially defined ileal inflammation through TNFR1 signalling in murine ileitis
2025-Mar-28, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-57570-7
PMID:40155385
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示成纤维细胞亚型通过TNFR1信号通路在小鼠回肠炎中驱动空间特异性炎症的机制 | 首次发现不同成纤维细胞亚型在回肠炎不同解剖部位（固有层和粘膜下层）分别调控炎症起始和进展的空间分工机制 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类患者中验证 | 探究成纤维细胞亚型在克罗恩病样回肠炎发病机制中的空间特异性作用 | TNF过表达小鼠模型的回肠组织细胞 | 单细胞生物学 | 克罗恩病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠回肠组织细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 499 | 2025-10-07 |
Defining gastric cancer ecology: the crucial roles of TREM2+ macrophages and fibroblasts in tumor microenvironments
2025-Mar-28, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-07512-2
PMID:40155473
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示胃癌微环境中TREM2+巨噬细胞与癌症相关成纤维细胞通过CXCL12-CXCR4信号轴的相互作用机制 | 首次阐明CAFs通过CXCL12-CXCR4信号轴增强TREM2脂质相关巨噬细胞免疫抑制功能的具体机制 | NA | 解析胃癌微环境中细胞间相互作用机制及其对肿瘤进展的影响 | 胃癌微环境中的TREM2脂质相关巨噬细胞和癌症相关成纤维细胞 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序, bulk RNA分析, 体外实验 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 500 | 2025-10-07 |
Cytolytic γδ T-cells and IFNγ-producing CD4-lymphocytes characterise the early response to MTBVAC tuberculosis vaccine
2025-Mar-28, NPJ vaccines
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41541-025-01110-3
PMID:40155627
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术分析MTBVAC结核病候选疫苗的早期免疫反应特征 | 首次发现MTBVAC疫苗能特异性激活具有细胞毒性的γδ T细胞和产生IFNγ的CD4淋巴细胞，这些细胞表型与结核感染控制者中的效应细胞相似 | 研究仅关注早期免疫反应，未评估长期保护效果；体外实验可能无法完全反映体内免疫应答 | 评估MTBVAC结核病候选疫苗的早期免疫应答特征 | MTBVAC疫苗激发的免疫细胞反应 | 免疫学 | 结核病 | scRNA-seq, 流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据, 流式细胞术数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |