单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 722 篇文献，本页显示第 481 - 500 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 481 | 2025-10-07 |
TNFR1-mediated senescence and lack of TNFR2-signaling limit human intervertebral disc cell repair potential in degenerative conditions
2025-Mar-24, Osteoarthritis and cartilage
IF:7.2Q1
DOI:10.1016/j.joca.2025.02.791
PMID:40139648
|
研究论文 | 本研究探讨了TNFR1介导的衰老和TNFR2信号缺失如何限制人椎间盘细胞在退变条件下的修复潜力 | 首次通过单细胞RNA测序揭示椎间盘退变中TNFR1和TNFR2的表达模式，并证明TNFR1主导的代谢损伤和衰老反应 | TNFR2在天然椎间盘细胞膜上表达有限，其调节对细胞无影响，可能限制了治疗策略的开发 | 识别疼痛性椎间盘退变进展的机制和治疗靶点，重点关注促炎性TNFR1和促修复性TNFR2信号 | 椎间盘退变患者和尸检对象的椎间盘组织和细胞，特别是人纤维环细胞 | 单细胞生物学 | 椎间盘退变 | 单细胞RNA测序, 多重蛋白阵列, 批量RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据, 蛋白质组数据, 基因表达数据 | 椎间盘退变和尸检对象的组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 482 | 2025-10-07 |
Spatial Transcriptomics Identifies Immune-Stromal Niches Associated with Cancer in Adult Dermatomyositis
2025-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.19.644147
PMID:40166232
|
研究论文 | 通过空间转录组学和单细胞转录组学分析，揭示了成人皮肌炎中与癌症相关的独特免疫-基质微环境特征 | 首次提供了成人皮肌炎中免疫和基质细胞的空间定位图谱，发现了与癌症相关和无关的DM皮肤病变中不同的免疫细胞浸润模式 | NA | 研究成人皮肌炎中免疫-基质微环境特征及其与癌症的关联 | 成人皮肌炎患者皮肤组织 | 数字病理学 | 皮肌炎 | 空间转录组学,单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 483 | 2025-10-07 |
A tissue-scale strategy for sensing threats in barrier organs
2025-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.19.644134
PMID:40166266
|
研究论文 | 本研究通过分析流感感染肺部，揭示了屏障器官采用空间分层策略来感知威胁并调整免疫反应 | 发现屏障器官采用组织尺度的分层威胁感知策略，通过空间梯度模式识别受体表达实现细胞类型特异性威胁检测概率 | 研究主要聚焦于肺部流感感染模型，可能不适用于所有屏障器官或感染类型 | 探索屏障器官如何评估威胁并平衡宿主保护与组织损伤 | 流感感染的小鼠肺部组织 | 空间转录组学 | 流感感染 | 单分子成像, 空间转录组学 | NA | 图像, 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 484 | 2025-10-07 |
Single-cell multiomics reveals disrupted glial gene regulatory programs in Alzheimer's disease via interpretable machine learning
2025-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.14.643349
PMID:40166228
|
研究论文 | 通过可解释机器学习分析单细胞多组学数据，揭示阿尔茨海默病中胶质细胞基因调控程序的紊乱 | 开发了多组学整合分析流程，首次在细胞亚群分辨率上系统揭示AD中胶质细胞特异性调控程序紊乱，发现SLC家族基因在多种胶质细胞类型中的深度参与 | 样本量相对有限（26个人脑样本），研究聚焦于胶质细胞而未全面涵盖所有脑细胞类型 | 研究阿尔茨海默病的细胞和分子机制，特别关注胶质细胞的基因调控程序 | 人类脑组织样本中的胶质细胞亚群 | 生物信息学, 机器学习 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 多组学整合分析 | 可解释机器学习 | 单细胞转录组数据, 染色质可及性数据 | 26个人脑样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 485 | 2025-10-07 |
Integrative single-cell and spatial transcriptome analysis reveals heterogeneity of human liver progenitor cells
2025-Mar-01, Hepatology communications
IF:5.6Q1
DOI:10.1097/HC9.0000000000000662
PMID:40008906
|
研究论文 | 通过整合单细胞和空间转录组分析揭示人类肝脏祖细胞的异质性 | 首次在人类肝脏中系统揭示LPC的异质性，发现3个LPC亚群和4个细胞模块，并比较了与小鼠的标记表达差异 | LPC在合并上皮细胞中占比较低(2.95±1.91%)，未来需要更多关注空间基因表达动态 | 研究人类肝脏祖细胞的异质性和功能状态 | 人类肝脏祖细胞(LPCs) | 空间转录组学 | 肝病 | 单细胞测序, 空间转录组测序 | 细胞模块分析, 分化轨迹分析, 基因共表达网络分析 | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 259,400个单细胞，涵盖胎儿、健康、肝硬化和肝癌4种肝脏状态 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 486 | 2025-10-07 |
Polygenic enrichment analysis in multi-omics levels identifies cell/tissue specific associations with schizophrenia based on single-cell RNA sequencing data
2025-Mar, Schizophrenia research
IF:3.6Q1
DOI:10.1016/j.schres.2025.02.008
PMID:40036903
|
研究论文 | 本研究通过单细胞疾病相关评分算法，在多组学水平上识别了精神分裂症的细胞/组织特异性关联 | 首次在多组学尺度上应用单细胞疾病相关评分算法，识别出精神分裂症相关的特定脑细胞亚群和组织异质性 | 样本量相对较小（SCUBE3阳性细胞59个，FN1阳性细胞21个），部分关联仅为提示性水平 | 探索精神分裂症的细胞起源和组织异质性，为疾病病因学研究提供新见解 | 人脑单细胞RNA测序数据及多组学面板（ATAC-seq、RNA-seq、TWAS、GWAS） | 生物信息学 | 精神分裂症 | 单细胞RNA测序，多组学整合分析，scDRS算法 | scDRS（单细胞疾病相关评分算法） | 单细胞RNA测序数据，多组学数据 | 鉴定出SCUBE3阳性细胞59个（7.0%），FN1阳性细胞21个（2.5%） | NA | 单细胞RNA-seq, ATAC-seq, RNA-seq | NA | NA |
| 487 | 2025-10-07 |
Integrative analysis of bulk and single-cell sequencing reveals TNFSF9 as a potential regulator in microsatellite instability stomach adenocarcinoma
2025-Mar-28, European journal of medical research
IF:2.8Q2
DOI:10.1186/s40001-025-02471-0
PMID:40148957
|
研究论文 | 通过整合分析bulk和单细胞测序数据，揭示TNFSF9作为微卫星不稳定胃腺癌中肿瘤微环境的潜在调控因子 | 首次结合bulk RNA测序和单细胞RNA测序系统分析MSI胃腺癌的肿瘤微环境特征，并鉴定TNFSF9作为关键调控基因 | 样本量相对有限，单细胞测序样本MSI=7，Non-MSI=19；需要进一步功能验证实验 | 阐明微卫星不稳定胃腺癌中肿瘤微环境的差异及其潜在机制 | 胃腺癌患者组织样本和细胞系(SNU-1和AGS) | 生物信息学 | 胃腺癌 | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序,免疫组化,qPCR,Western blot | 差异表达基因分析,通路富集分析,细胞通讯分析 | 基因表达数据,蛋白质表达数据 | 单细胞测序26例(MSI=7, Non-MSI=19)，bulk RNA测序237例(MSI=39, Non-MSI=198)，免疫组化23例(MSI=13, Non-MSI=10) | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |
| 488 | 2025-10-07 |
C-FOS promotes the formation of neutrophil extracellular traps and the recruitment of neutrophils in lung metastasis of triple-negative breast cancer
2025-Mar-28, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-025-03370-2
PMID:40148973
|
研究论文 | 本研究揭示了c-FOS通过ROS-p38-cFOS-PAD4轴促进中性粒细胞胞外诱捕网形成和中性粒细胞募集，从而推动三阴性乳腺癌肺转移的分子机制 | 首次发现c-FOS通过结合PAD4启动子区域促进NETs形成，并阐明ROS-p38-cFOS-PAD4信号轴在TNBC肺转移中的作用 | NA | 探究NETs介导的三阴性乳腺癌肺转移分子机制及治疗靶点 | 三阴性乳腺癌标本、血清样本、中性粒细胞 | 生物信息学 | 三阴性乳腺癌 | 单细胞测序、生物信息学分析、体外实验、体内实验 | NA | 基因表达数据、蛋白质数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 489 | 2025-10-07 |
Deciphering the preeclampsia-specific immune microenvironment and the role of pro-inflammatory macrophages at the maternal-fetal interface
2025-Mar-28, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.100002
PMID:40152904
|
研究论文 | 本研究通过分析胎盘免疫微环境，揭示了先兆子痫特异性免疫细胞网络及促炎巨噬细胞在母胎界面的关键作用 | 首次系统揭示先兆子痫特异性免疫微环境特征，发现促炎巨噬细胞通过IGF1-IGF1R通路诱导记忆样Th17细胞产生的新机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证尚不充分；未详细探讨其他潜在免疫细胞亚群的作用 | 阐明先兆子痫胎盘免疫微环境特征及其与妊娠期糖尿病的差异 | 先兆子痫患者和小鼠模型的胎盘组织及免疫细胞 | 免疫学 | 先兆子痫 | 飞行时间细胞术, 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据, 细胞表型数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 490 | 2025-10-07 |
Synergistic potential of CDH3 in targeting CRC metastasis and enhancing immunotherapy
2025-Mar-28, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-025-13845-2
PMID:40155851
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了CDH3在结直肠癌转移中的作用及其免疫治疗潜力 | 首次系统评估CDH3在结直肠癌转移中的多功能作用，并通过药物重定位发现阿法替尼作为潜在治疗药物 | 主要依赖公共数据库分析，需要进一步实验验证机制 | 探索CDH3在结直肠癌转移中的作用机制及其治疗潜力 | 结直肠癌组织和相关生物信息学数据 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 免疫组化, 单细胞测序, 分子对接, 生物信息学分析 | 预后模型, 分子对接模型 | 基因表达数据, 蛋白质表达数据, 临床病理数据 | 多个公共数据库整合数据(TCGA, GEO等) | NA | 单细胞RNA测序, 生物信息学分析 | NA | NA |
| 491 | 2025-10-07 |
Heterogeneity of T cells regulates tumor immunity mediated by Helicobacter pylori infection in gastric cancer
2025-Mar-28, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-025-13957-9
PMID:40155861
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析幽门螺杆菌感染状态对胃癌患者T细胞异质性和预后的影响 | 首次在单细胞水平揭示幽门螺杆菌感染通过调节CD8 T细胞亚群分布影响胃癌免疫微环境和患者生存 | 样本量有限（6个肿瘤样本），需要更大规模研究验证 | 探究幽门螺杆菌感染状态对胃癌患者生存和T细胞免疫应答的影响 | 胃癌患者和其肿瘤组织中的T细胞 | 单细胞测序分析 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | 无监督聚类分析 | 单细胞转录组数据 | 488例胃癌患者（预后分析），6例肿瘤样本中的18,717个T细胞（单细胞测序） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 492 | 2025-10-07 |
Cancer associated fibroblasts in cancer development and therapy
2025-Mar-28, Journal of hematology & oncology
IF:29.5Q1
DOI:10.1186/s13045-025-01688-0
PMID:40156055
|
综述 | 本文总结了癌症相关成纤维细胞在肿瘤发展和治疗中的关键作用及靶向策略 | 通过单细胞RNA测序技术揭示了CAFs的异质性和可塑性，并系统阐述了其在肿瘤微环境中的多重作用机制 | NA | 探讨癌症相关成纤维细胞在肿瘤发展和治疗抵抗中的作用及靶向治疗策略 | 癌症相关成纤维细胞及其与肿瘤微环境的相互作用 | 肿瘤生物学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 493 | 2025-10-07 |
Single-cell analysis reveals that GFAP+ dedifferentiated Schwann cells promote tumor progress in PNI-positive distal cholangiocarcinoma via lactate/HMGB1 axis
2025-Mar-27, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-025-07543-x
PMID:40148311
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析PNI阳性远端胆管癌中肿瘤细胞与神经细胞的相互作用机制 | 首次在PNI阳性远端胆管癌中发现GFAP+去分化雪旺细胞通过乳酸/HMGB1轴促进肿瘤进展 | 样本量较小（仅2对肿瘤与癌旁组织），需要更大规模验证 | 解析PNI阳性远端胆管癌中肿瘤细胞与神经细胞的相互作用机制 | 远端胆管癌患者肿瘤组织与癌旁组织 | 单细胞测序分析 | 胆管癌 | 单细胞RNA测序，生物信息学分析，功能实验 | NA | 单细胞转录组数据 | 24,715个细胞来自2对PNI阳性dCCA肿瘤和癌旁组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 494 | 2025-10-07 |
CD248-targeted BBIR-T cell therapy against late-activated fibroblasts in cardiac repair after myocardial infarction
2025-Mar-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-56703-2
PMID:40148319
|
研究论文 | 开发靶向CD248的工程化T细胞疗法，特异性清除心肌梗死后晚期活化成纤维细胞以改善心脏修复 | 首次通过单细胞RNA测序鉴定出心脏晚期活化成纤维细胞亚群F-Act及其特征抗原CD248，并开发了针对该靶点的工程化T细胞疗法 | NA | 治疗心肌梗死后心脏纤维化并改善心脏功能 | 小鼠心脏间质细胞及人类心脏组织 | 单细胞测序 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | 工程化T细胞疗法 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 495 | 2025-10-07 |
Molecular mechanisms and therapeutic targets in glioblastoma multiforme: network and single-cell analyses
2025-Mar-27, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-92867-z
PMID:40148380
|
研究论文 | 通过整合网络分析和单细胞测序技术探索胶质母细胞瘤的分子机制及治疗靶点 | 结合加权基因共表达网络分析与单细胞RNA测序揭示细胞外基质和突触重塑在GBM中的关键作用 | 基于公共数据库的回顾性分析，需要实验验证 | 探索胶质母细胞瘤肿瘤微环境的分子机制并识别新的治疗靶点 | 胶质母细胞瘤患者样本中的周细胞、内皮细胞和胶质瘤细胞 | 生物信息学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序, 微阵列分析, Cox回归, LASSO分析 | 加权基因共表达网络分析 | 基因表达数据 | 来自GEO数据库的胶质瘤相关数据集 | NA | 单细胞RNA测序, 微阵列 | NA | 使用Seurat软件包处理单细胞RNA测序数据 |
| 496 | 2025-10-07 |
scMalignantFinder distinguishes malignant cells in single-cell and spatial transcriptomics by leveraging cancer signatures
2025-Mar-27, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-07942-y
PMID:40148533
|
研究论文 | 开发了一种名为scMalignantFinder的机器学习工具，用于在单细胞和空间转录组学中准确识别恶性细胞 | 采用数据和知识双驱动策略，通过整合九个泛癌基因特征来校准恶性细胞注释，能够捕捉肿瘤进展中的动态特征 | NA | 解决单细胞RNA测序中恶性细胞准确识别的挑战 | 肿瘤细胞和正常细胞 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | 机器学习 | 单细胞转录组数据，空间转录组数据 | 超过400,000个单细胞转录组 | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 497 | 2025-10-07 |
SCITUNA: single-cell data integration tool using network alignment
2025-Mar-27, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-025-06087-3
PMID:40148808
|
研究论文 | 开发了一种名为SCITUNA的单细胞数据整合工具，通过网络对齐方法有效校正批次效应 | 提出基于网络对齐的新型批次效应校正方法，在保留生物信号方面优于现有方法 | 在肺数据集的多批次整合中性能略低于现有方法（差异为0.004） | 开发单细胞数据整合工具以解决批次效应问题 | 单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据集 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | 网络对齐 | 单细胞基因组数据 | 来自4个真实数据集和1个模拟数据集的39个独立批次 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 498 | 2025-10-07 |
Single-cell network biology enabling cell-type-resolved disease genetics
2025-Mar-27, Genomics & informatics
DOI:10.1186/s44342-025-00042-7
PMID:40148916
|
综述 | 介绍基于单细胞RNA测序数据构建细胞类型特异性基因网络的方法及其在疾病遗传学中的应用 | 提出单细胞网络生物学作为解析基因-细胞-疾病轴的关键方法，开发了基于参考和从头推断的基因功能互作网络 | NA | 建立细胞类型解析的疾病遗传学研究方法 | 单细胞RNA测序数据、基因功能互作网络、疾病遗传机制 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 基因网络模型 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 499 | 2025-10-07 |
Integrated single-cell and bulk transcriptomic analysis identifies a novel macrophage subtype associated with poor prognosis in breast cancer
2025-Mar-27, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-025-03750-w
PMID:40148933
|
研究论文 | 通过整合单细胞和批量转录组分析识别出与乳腺癌不良预后相关的新型巨噬细胞亚型 | 发现了一个新型巨噬细胞亚型M_Macrophage-SPP1-C1Q，其特征是高表达SPP1和C1QA，代表具有独特增殖和致癌特性的中间分化状态 | 未明确说明样本量的具体数值和研究队列的局限性 | 全面表征乳腺癌中肿瘤相关巨噬细胞的异质性及其临床意义 | 乳腺癌患者的肿瘤相关巨噬细胞 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序，批量RNA测序 | 随机森林 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 500 | 2025-10-07 |
Loss of OBSCN expression promotes bladder cancer progression but enhances the efficacy of PD-L1 inhibitors
2025-Mar-27, Cell & bioscience
DOI:10.1186/s13578-025-01379-w
PMID:40149008
|
研究论文 | 本研究探讨OBSCN基因表达缺失在膀胱癌进展中的作用及其对PD-L1抑制剂疗效的影响 | 首次报道OBSCN在膀胱癌中的功能，发现其表达缺失促进肿瘤进展但增强免疫检查点抑制剂疗效 | 研究主要基于公共数据库和体外实验，缺乏体内实验验证 | 探索膀胱癌免疫逃逸机制并寻找预测生物标志物 | 膀胱癌患者组织和细胞系 | 癌症生物学 | 膀胱癌 | RNA测序, 免疫组织化学, Western blot, 单细胞测序分析 | COX回归分析, Kaplan-Meier生存分析, 基因集富集分析 | 基因表达数据, 临床数据, 蛋白质表达数据 | 80例膀胱癌患者组织芯片 | NA | RNA测序, 单细胞测序 | NA | NA |