单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
461	2025-05-02	Dectin-2 depletion alleviates osteoclast-induced bone loss in periodontitis via Syk/NOX2/ROS signaling 2025-Mar-01, Free radical biology & medicine DOI:10.1016/j.freeradbiomed.2025.01.011 PMID:39800085	research paper	研究发现Dectin-2通过Syk/NOX2/ROS信号通路调控破骨细胞介导的骨吸收，可能成为牙周炎等骨疾病的治疗靶点	首次揭示Dectin-2在破骨细胞分化中的关键调控作用及其分子机制	研究主要基于细胞和小鼠模型，尚未进行人体试验验证	探究Dectin-2在破骨细胞介导的骨吸收中的作用机制	RAW264.7细胞、骨髓来源巨噬细胞(BMDMs)和Dectin-2敲除小鼠	分子生物学	牙周炎	单细胞测序、转录组分析	NA	基因表达数据	细胞系和小鼠模型
462	2025-05-02	Scale-Up of Human Amniotic Epithelial Cells Through Regulation of Epithelial-Mesenchymal Plasticity Under Defined Conditions 2025-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202408581 PMID:39804851	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术揭示了人羊膜上皮细胞（hAECs）在体外培养过程中的增殖机制，并优化了其体外培养系统	首次发现hAECs的增殖与上皮-间质可塑性（EMP）相关，并通过添加SB431542和微载体筛选实现了hAECs的有效3D扩增	研究未涉及hAECs在体内环境中的行为及其长期安全性评估	探究hAECs的增殖机制并优化其体外培养系统	人羊膜上皮细胞（hAECs）	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	不同孕龄和传代次数的hAECs
463	2025-05-02	Single-cell transcriptomics reveals intratumor heterogeneity and the potential roles of cancer stem cells and myCAFs in colorectal cancer liver metastasis and recurrence 2025-Mar-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217452 PMID:39805388	研究论文	通过单细胞转录组学揭示结直肠癌肝转移和复发中的肿瘤内异质性以及癌症干细胞和肌成纤维细胞样CAFs的潜在作用	首次在单细胞分辨率下揭示结直肠癌肝转移中的癌症干细胞样细胞群与肌成纤维细胞样CAFs之间的新型细胞互作机制	未明确验证FN1-CD44和GDF15-TGFBR2配体-受体对在肝转移过程中的具体功能机制	探究结直肠癌肝转移和复发的分子机制	结直肠癌原发灶和肝转移灶的肿瘤细胞及肿瘤微环境	单细胞组学	结直肠癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	未明确说明样本数量（原发性和转移性结直肠癌组织样本）
464	2025-05-02	Mannose Promotes β-Amyloid Pathology by Regulating BACE1 Glycosylation in Alzheimer's Disease 2025-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202409105 PMID:39807036	research paper	该研究探讨了甘露糖通过调节BACE1糖基化促进阿尔茨海默病β-淀粉样蛋白病理的作用	揭示了甘露糖通过影响BACE1和Nicastrin的N-糖基化增强其蛋白稳定性，从而促进Aβ产生的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本数据有限	探究甘露糖在阿尔茨海默病病理进展中的作用机制	AD小鼠模型和AD患者血清样本	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序、代谢组学分析	小鼠疾病模型	分子生物学数据、行为学数据	AD小鼠和AD患者血清样本（具体数量未明确说明）
465	2025-05-02	New Multiomic Studies Shed Light on Cellular Diversity and Neuronal Susceptibility in Parkinson's Disease 2025-Mar, Movement disorders : official journal of the Movement Disorder Society IF:7.4Q1 DOI:10.1002/mds.30097 PMID:39812497	研究论文	本文探讨了帕金森病中细胞多样性和神经元易感性的多组学研究	利用多组学方法（包括空间转录组学、表观基因组学和蛋白质组学）研究帕金森病，揭示了致病机制的新见解	未提及具体样本量或实验设计的局限性	研究帕金森病的致病机制和开发新型治疗方法	帕金森病患者和啮齿动物模型中的神经元和胶质细胞	数字病理学	帕金森病	单细胞RNA测序、空间转录组学、表观基因组学、蛋白质组学	NA	多组学数据	NA
466	2025-05-01	Benchmarking algorithms for spatially variable gene identification in spatial transcriptomics 2025-Mar-29, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf131 PMID:40139667	research paper	本文提出了一个基准框架，用于评估空间转录组学中识别空间可变基因的算法	通过分析30个合成和74个真实数据集，提出了一个全面的基准框架，以验证不同算法的有效性并确定最佳算法及其适用场景	未提及具体算法的局限性	评估空间转录组学中识别空间可变基因的算法，并为医学和生命科学家提供算法选择指导	空间转录组学数据	生物信息学	NA	空间转录组学	NA	空间转录组数据	30个合成数据集和74个真实数据集
467	2025-05-01	adverSCarial: assessing the vulnerability of single-cell RNA-sequencing classifiers to adversarial attacks 2025-Mar-29, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf168 PMID:40234247	research paper	该研究评估了单细胞RNA测序分类器对对抗攻击的脆弱性，并开发了一个名为adverSCarial的R包来模拟这些攻击	开发了adverSCarial工具，用于模拟单细胞转录组数据的对抗攻击，评估scRNA-seq分类器的脆弱性	仅评估了五种scRNA-seq分类器，可能无法涵盖所有类型的机器学习算法	评估单细胞RNA测序分类器对对抗攻击的脆弱性，并开发工具以模拟这些攻击	单细胞RNA测序分类器	machine learning	NA	scRNA-seq	NA	gene expression data	四个不同的数据集
468	2025-05-01	Protocol for investigating intracellular microbial diversity using single-cell RNA-seq in immune cells of SARS-CoV-2-positive and recovered patients 2025-Mar-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103546 PMID:39786999	研究论文	本文提出了一种使用单细胞RNA测序（scRNA-seq）研究SARS-CoV-2阳性和康复患者免疫细胞中细胞内微生物多样性的详细步骤	利用scRNA-seq技术检测非可培养状态的细胞内微生物，为研究免疫细胞功能提供了新方法	未提及样本量或实验结果的验证数据	研究SARS-CoV-2感染和康复患者免疫细胞中细胞内微生物的多样性	SARS-CoV-2阳性和康复患者的免疫细胞	数字病理	COVID-19	scRNA-seq	NA	RNA序列数据	NA
469	2025-05-01	Single-cell atlas of the pregnant equine endometrium before and after implantation† 2025-Mar-16, Biology of reproduction IF:3.1Q2 DOI:10.1093/biolre/ioaf004 PMID:39756438	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，对马妊娠子宫内膜在胚胎植入前后的转录组和细胞亚群进行了比较分析	首次报道了马子宫内膜中丰富的子宫内膜自然杀伤细胞(eNK)及其与胎儿MHC I的潜在相互作用，并发现了新的免疫细胞亚群如常驻先天淋巴样细胞和黏膜相关不变T细胞	研究仅分析了妊娠第33天和第42天两个时间点的样本，未能覆盖整个胚胎植入过程的动态变化	探究马胚胎晚期植入的调控机制及其与其他物种的异同	妊娠母马的子宫内膜细胞	单细胞转录组学	生殖生物学	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	约97,000个子宫内膜细胞，来自妊娠第33天和第42天的子宫内膜活检样本
470	2025-05-01	Spatial Organization of Macrophages in CTL-Rich Hepatocellular Carcinoma Influences CTL Antitumor Activity 2025-Mar-04, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0589 PMID:39745778	research paper	研究探讨了巨噬细胞在CTL丰富的肝细胞癌中的空间组织如何影响CTL的抗肿瘤活性	揭示了巨噬细胞空间聚集作为CTL丰富肝细胞癌中免疫抑制微环境和不良预后的独特空间模式	样本量相对较小（20例CTL丰富的HCC），且需要进一步验证巨噬细胞空间分布的功能机制	探究CTL丰富肝细胞癌中空间免疫变异对临床结果的影响	肝细胞癌（HCC）患者	肿瘤免疫学	肝细胞癌	多重原位染色、单细胞转录组学、空间转录组学	随机森林模型、Cox回归模型	单细胞数据、空间转录组数据、临床数据	20例CTL丰富的HCC（探索队列），386例患者（验证队列）
471	2025-05-01	A3AR antagonism mitigates metabolic dysfunction-associated steatotic liver disease by exploiting monocyte-derived Kupffer cell necroptosis and inflammation resolution 2025-Mar, Metabolism: clinical and experimental DOI:10.1016/j.metabol.2024.156114 PMID:39732364	研究论文	本研究探讨了选择性A3AR拮抗剂FM101通过诱导单核细胞来源的Kupffer细胞坏死性凋亡和炎症消退，改善代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MASLD）的机制	揭示了A3AR拮抗通过β-arrestin2介导的受体降解途径诱导线粒体功能障碍和坏死性凋亡的新机制，并首次证明FM101在MASLD治疗中的潜在应用价值	研究主要基于小鼠模型，人类临床转化效果需进一步验证	探究A3AR拮抗剂对单核细胞来源Kupffer细胞的调控作用及其在MASLD治疗中的应用	MASLD患者样本、FFD喂养小鼠模型、A3AR基因敲除小鼠	肝脏疾病治疗	代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MASLD）	空间转录组学、基因敲除技术	动物模型（小鼠）	基因表达数据、组织病理学数据	MASLD患者样本和FFD喂养小鼠模型（具体数量未明确说明）
472	2025-05-01	Integrative approaches to m6A and m5C RNA modifications in autism spectrum disorder revealing potential causal variants 2025-Mar, Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society IF:2.7Q2 DOI:10.1007/s00335-024-10095-8 PMID:39738578	研究论文	本研究通过整合基因组分析，探讨了m6A和m5C RNA修饰在自闭症谱系障碍(ASD)中的潜在因果变异	首次整合m6A和m5C变异、cis-eQTL、基因差异表达和基因富集分析来识别ASD的因果变异	需要进一步的实验验证来确认这些变异在细胞系中的功能影响	识别与ASD相关的潜在因果RNA修饰变异	自闭症谱系障碍(ASD)相关的RNA修饰变异	基因组学	自闭症谱系障碍	整合基因组分析、cis-eQTL分析、基因差异表达分析、基因富集分析、单细胞RNA-seq	NA	基因组数据、基因表达数据	NA
473	2025-05-01	Single-cell RNA-seq offer new insights into the cell fate decision of the primordial germ cells 2025-Mar, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2024.139136 PMID:39740725	research paper	单细胞RNA测序揭示了原始生殖细胞（PGCs）命运决定的新机制	发现了细胞周期驱动细胞异质性，并识别了参与PGC自我更新的活跃群体及衰老细胞命运特征	PGCs培养条件在不同实验室或品种间的可重复性仍是一个挑战	研究培养PGCs系网络逐步建立的分子动力学	原始生殖细胞（PGCs）	生殖生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA-seq数据	NA
474	2025-05-01	Immune Cell Biology in Peripheral Nervous System Injury 2025-Mar, Neurorehabilitation and neural repair IF:3.7Q1 DOI:10.1177/15459683241304325 PMID:39744962	review	本文总结了免疫细胞在外周神经系统（PNS）损伤和修复过程中的关键作用	通过单细胞测序分析为巨噬细胞在损伤过程中的表型提供新见解，并探讨了不同免疫细胞在PNS损伤中的作用	巨噬细胞在损伤过程中的表型仍存在争议，且淋巴细胞在PNS损伤后的作用研究较少	探讨免疫细胞在外周神经系统损伤和修复过程中的作用机制	外周神经系统（PNS）损伤后的免疫细胞（如巨噬细胞、中性粒细胞、淋巴细胞等）	免疫学	神经系统损伤	单细胞测序分析	NA	NA	NA
475	2025-05-01	The relationship between a high-fat diet, gut microbiome, and systemic chronic inflammation: insights from integrated multiomics analysis 2025-Mar, The American journal of clinical nutrition DOI:10.1016/j.ajcnut.2024.12.026 PMID:39746397	research paper	该研究通过孟德尔随机化和多组学分析探讨了高脂饮食、肠道微生物组与系统性慢性炎症之间的关系	结合孟德尔随机化、转录组和单细胞测序分析，揭示了高脂饮食通过改变特定肠道菌群导致系统性慢性炎症的机制	研究主要基于欧洲人群数据，可能不适用于其他人群	探究高脂饮食如何通过改变肠道微生物组导致系统性慢性炎症	高脂饮食、肠道微生物组、系统性慢性炎症	生物医学	代谢性疾病	孟德尔随机化(MR)、转录组测序、单细胞测序	NA	基因组数据、转录组数据、单细胞数据	欧洲人群GWAS数据和小鼠实验数据
476	2025-05-01	Lymphocytes-Associated Extracellular Vesicles Activate Natural Killer Cells in HNSCC 2025-Mar, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.16440 PMID:39749376	研究论文	研究头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中淋巴细胞相关的小细胞外囊泡（sEVs）如何激活自然杀伤细胞（NK细胞）	揭示了sEVs中RNA货物的异质性，并发现T细胞通过sEVs间接增强NK细胞的细胞毒性能力	研究结果基于单细胞RNA测序数据，可能受到样本量和算法限制的影响	探索HNSCC中sEVs的异质性及其在抗肿瘤免疫中的作用	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中的小细胞外囊泡（sEVs）和自然杀伤细胞（NK细胞）	肿瘤免疫学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	SEVtras算法	RNA测序数据	NA
477	2025-05-01	Persistent pre-exhausted CD8+ T cells shape the tumor immune microenvironment in anaplastic thyroid cancer 2025-Mar-01, Endocrine-related cancer IF:4.1Q2 DOI:10.1530/ERC-24-0169 PMID:39752183	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析未分化甲状腺癌(ATC)和乳头状甲状腺癌(PTC)的肿瘤免疫微环境，重点关注预耗竭CD8+ T细胞的流行情况及生物标志物	发现预耗竭CD8+ T细胞在ATC中普遍存在，并鉴定出GNLY作为其潜在生物标志物	未来研究需要探索GNLY及其他已鉴定生物标志物在调节甲状腺癌免疫反应中的功能意义	了解甲状腺癌肿瘤免疫微环境的细胞和基因表达动态，为开发靶向免疫疗法提供依据	未分化甲状腺癌(ATC)和乳头状甲状腺癌(PTC)的肿瘤免疫微环境	肿瘤免疫学	甲状腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 免疫荧光染色, 共培养实验	NA	单细胞转录组数据	多个独立的ATC和PTC单细胞转录组数据集
478	2025-05-01	Longitudinal single-cell RNA sequencing reveals a heterogeneous response of plasma cells to colonic inflammation 2025-Mar, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2024.139307 PMID:39753172	研究论文	通过纵向单细胞RNA测序揭示了浆细胞在结肠炎症中的异质性反应	首次使用单细胞RNA测序技术分析了浆细胞在炎症不同阶段的动态变化，并鉴定了关键基因和转录因子	研究仅基于小鼠模型，结果可能无法完全适用于人类	探究浆细胞在结肠炎症中的动态变化及其分子机制	DSS诱导的小鼠结肠炎模型中的浆细胞	单细胞测序	结肠炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	6周龄雄性C57BL/6小鼠
479	2025-05-01	Analysis of multi-condition single-cell data with latent embedding multivariate regression 2025-Mar, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-01996-0 PMID:39753773	研究论文	本文介绍了一种名为潜在嵌入多元回归（LEMUR）的模型，用于分析多条件单细胞RNA测序数据，无需预先进行离散分类	LEMUR模型能够在无需预先进行离散分类的情况下，整合不同条件下的数据，预测细胞基因表达变化，并识别具有一致差异表达的细胞邻域	未明确提及具体局限性	开发一种新的分析方法，用于识别异质组织中不同条件下的基因表达差异	单细胞RNA测序数据	生物信息学	癌症、阿尔茨海默病	单细胞RNA测序（RNA-seq）	潜在嵌入多元回归（LEMUR）	基因表达数据	NA
480	2025-05-01	LncRNA-MEG3/miR-93-5p/SMAD7 axis mediates proliferative and inflammatory phenotypes of fibroblast-like synoviocytes in rheumatoid arthritis 2025-Mar, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2024.139390 PMID:39755314	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA和批量RNA测序数据集，揭示了类风湿性关节炎（RA）滑膜的细胞景观、分化轨迹、转录组特征和免疫浸润特征，并探讨了MEG3在RA加重和逆转中的作用及机制	首次揭示了MEG3/miR-93-5p/SMAD7轴在RA滑膜成纤维细胞增殖和炎症表型中的调控作用	研究主要基于体外实验，缺乏体内实验验证	探讨RA的发病机制及潜在治疗靶点	RA滑膜组织和滑膜成纤维细胞	分子生物学	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序	NA	RNA测序数据	NA