单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
441	2025-05-01	Spatial Organization of Macrophages in CTL-Rich Hepatocellular Carcinoma Influences CTL Antitumor Activity 2025-Mar-04, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0589 PMID:39745778	research paper	研究探讨了巨噬细胞在CTL丰富的肝细胞癌中的空间组织如何影响CTL的抗肿瘤活性	揭示了巨噬细胞空间聚集作为CTL丰富肝细胞癌中免疫抑制微环境和不良预后的独特空间模式	样本量相对较小（20例CTL丰富的HCC），且需要进一步验证巨噬细胞空间分布的功能机制	探究CTL丰富肝细胞癌中空间免疫变异对临床结果的影响	肝细胞癌（HCC）患者	肿瘤免疫学	肝细胞癌	多重原位染色、单细胞转录组学、空间转录组学	随机森林模型、Cox回归模型	单细胞数据、空间转录组数据、临床数据	20例CTL丰富的HCC（探索队列），386例患者（验证队列）
442	2025-05-01	A3AR antagonism mitigates metabolic dysfunction-associated steatotic liver disease by exploiting monocyte-derived Kupffer cell necroptosis and inflammation resolution 2025-Mar, Metabolism: clinical and experimental DOI:10.1016/j.metabol.2024.156114 PMID:39732364	研究论文	本研究探讨了选择性A3AR拮抗剂FM101通过诱导单核细胞来源的Kupffer细胞坏死性凋亡和炎症消退，改善代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MASLD）的机制	揭示了A3AR拮抗通过β-arrestin2介导的受体降解途径诱导线粒体功能障碍和坏死性凋亡的新机制，并首次证明FM101在MASLD治疗中的潜在应用价值	研究主要基于小鼠模型，人类临床转化效果需进一步验证	探究A3AR拮抗剂对单核细胞来源Kupffer细胞的调控作用及其在MASLD治疗中的应用	MASLD患者样本、FFD喂养小鼠模型、A3AR基因敲除小鼠	肝脏疾病治疗	代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MASLD）	空间转录组学、基因敲除技术	动物模型（小鼠）	基因表达数据、组织病理学数据	MASLD患者样本和FFD喂养小鼠模型（具体数量未明确说明）
443	2025-05-01	Integrative approaches to m6A and m5C RNA modifications in autism spectrum disorder revealing potential causal variants 2025-Mar, Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society IF:2.7Q2 DOI:10.1007/s00335-024-10095-8 PMID:39738578	研究论文	本研究通过整合基因组分析，探讨了m6A和m5C RNA修饰在自闭症谱系障碍(ASD)中的潜在因果变异	首次整合m6A和m5C变异、cis-eQTL、基因差异表达和基因富集分析来识别ASD的因果变异	需要进一步的实验验证来确认这些变异在细胞系中的功能影响	识别与ASD相关的潜在因果RNA修饰变异	自闭症谱系障碍(ASD)相关的RNA修饰变异	基因组学	自闭症谱系障碍	整合基因组分析、cis-eQTL分析、基因差异表达分析、基因富集分析、单细胞RNA-seq	NA	基因组数据、基因表达数据	NA
444	2025-05-01	Single-cell RNA-seq offer new insights into the cell fate decision of the primordial germ cells 2025-Mar, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2024.139136 PMID:39740725	research paper	单细胞RNA测序揭示了原始生殖细胞（PGCs）命运决定的新机制	发现了细胞周期驱动细胞异质性，并识别了参与PGC自我更新的活跃群体及衰老细胞命运特征	PGCs培养条件在不同实验室或品种间的可重复性仍是一个挑战	研究培养PGCs系网络逐步建立的分子动力学	原始生殖细胞（PGCs）	生殖生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA-seq数据	NA
445	2025-05-01	Immune Cell Biology in Peripheral Nervous System Injury 2025-Mar, Neurorehabilitation and neural repair IF:3.7Q1 DOI:10.1177/15459683241304325 PMID:39744962	review	本文总结了免疫细胞在外周神经系统（PNS）损伤和修复过程中的关键作用	通过单细胞测序分析为巨噬细胞在损伤过程中的表型提供新见解，并探讨了不同免疫细胞在PNS损伤中的作用	巨噬细胞在损伤过程中的表型仍存在争议，且淋巴细胞在PNS损伤后的作用研究较少	探讨免疫细胞在外周神经系统损伤和修复过程中的作用机制	外周神经系统（PNS）损伤后的免疫细胞（如巨噬细胞、中性粒细胞、淋巴细胞等）	免疫学	神经系统损伤	单细胞测序分析	NA	NA	NA
446	2025-05-01	The relationship between a high-fat diet, gut microbiome, and systemic chronic inflammation: insights from integrated multiomics analysis 2025-Mar, The American journal of clinical nutrition DOI:10.1016/j.ajcnut.2024.12.026 PMID:39746397	research paper	该研究通过孟德尔随机化和多组学分析探讨了高脂饮食、肠道微生物组与系统性慢性炎症之间的关系	结合孟德尔随机化、转录组和单细胞测序分析，揭示了高脂饮食通过改变特定肠道菌群导致系统性慢性炎症的机制	研究主要基于欧洲人群数据，可能不适用于其他人群	探究高脂饮食如何通过改变肠道微生物组导致系统性慢性炎症	高脂饮食、肠道微生物组、系统性慢性炎症	生物医学	代谢性疾病	孟德尔随机化(MR)、转录组测序、单细胞测序	NA	基因组数据、转录组数据、单细胞数据	欧洲人群GWAS数据和小鼠实验数据
447	2025-05-01	Mixed exposure to PFOA and PFOS induces oocyte apoptosis and subfertility in mice by activating the Hippo signaling pathway 2025-Mar, Reproductive toxicology (Elmsford, N.Y.) DOI:10.1016/j.reprotox.2024.108829 PMID:39746460	研究论文	研究PFOA和PFOS混合物通过激活Hippo信号通路诱导小鼠卵母细胞凋亡和生育能力下降的机制	首次揭示了PFOA和PFOS混合物通过激活Hippo信号通路导致卵母细胞凋亡和生育能力下降的具体机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究PFOA和PFOS混合物对卵母细胞质量和雌性生育能力的影响机制	雌性小鼠及其卵母细胞	生殖毒理学	生育障碍	单细胞转录组分析	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明小鼠数量
448	2025-05-01	Lymphocytes-Associated Extracellular Vesicles Activate Natural Killer Cells in HNSCC 2025-Mar, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.16440 PMID:39749376	研究论文	研究头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中淋巴细胞相关的小细胞外囊泡（sEVs）如何激活自然杀伤细胞（NK细胞）	揭示了sEVs中RNA货物的异质性，并发现T细胞通过sEVs间接增强NK细胞的细胞毒性能力	研究结果基于单细胞RNA测序数据，可能受到样本量和算法限制的影响	探索HNSCC中sEVs的异质性及其在抗肿瘤免疫中的作用	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中的小细胞外囊泡（sEVs）和自然杀伤细胞（NK细胞）	肿瘤免疫学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	SEVtras算法	RNA测序数据	NA
449	2025-05-01	Persistent pre-exhausted CD8+ T cells shape the tumor immune microenvironment in anaplastic thyroid cancer 2025-Mar-01, Endocrine-related cancer IF:4.1Q2 DOI:10.1530/ERC-24-0169 PMID:39752183	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析未分化甲状腺癌(ATC)和乳头状甲状腺癌(PTC)的肿瘤免疫微环境，重点关注预耗竭CD8+ T细胞的流行情况及生物标志物	发现预耗竭CD8+ T细胞在ATC中普遍存在，并鉴定出GNLY作为其潜在生物标志物	未来研究需要探索GNLY及其他已鉴定生物标志物在调节甲状腺癌免疫反应中的功能意义	了解甲状腺癌肿瘤免疫微环境的细胞和基因表达动态，为开发靶向免疫疗法提供依据	未分化甲状腺癌(ATC)和乳头状甲状腺癌(PTC)的肿瘤免疫微环境	肿瘤免疫学	甲状腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 免疫荧光染色, 共培养实验	NA	单细胞转录组数据	多个独立的ATC和PTC单细胞转录组数据集
450	2025-05-01	Longitudinal single-cell RNA sequencing reveals a heterogeneous response of plasma cells to colonic inflammation 2025-Mar, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2024.139307 PMID:39753172	研究论文	通过纵向单细胞RNA测序揭示了浆细胞在结肠炎症中的异质性反应	首次使用单细胞RNA测序技术分析了浆细胞在炎症不同阶段的动态变化，并鉴定了关键基因和转录因子	研究仅基于小鼠模型，结果可能无法完全适用于人类	探究浆细胞在结肠炎症中的动态变化及其分子机制	DSS诱导的小鼠结肠炎模型中的浆细胞	单细胞测序	结肠炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	6周龄雄性C57BL/6小鼠
451	2025-05-01	Analysis of multi-condition single-cell data with latent embedding multivariate regression 2025-Mar, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-01996-0 PMID:39753773	研究论文	本文介绍了一种名为潜在嵌入多元回归（LEMUR）的模型，用于分析多条件单细胞RNA测序数据，无需预先进行离散分类	LEMUR模型能够在无需预先进行离散分类的情况下，整合不同条件下的数据，预测细胞基因表达变化，并识别具有一致差异表达的细胞邻域	未明确提及具体局限性	开发一种新的分析方法，用于识别异质组织中不同条件下的基因表达差异	单细胞RNA测序数据	生物信息学	癌症、阿尔茨海默病	单细胞RNA测序（RNA-seq）	潜在嵌入多元回归（LEMUR）	基因表达数据	NA
452	2025-05-01	LncRNA-MEG3/miR-93-5p/SMAD7 axis mediates proliferative and inflammatory phenotypes of fibroblast-like synoviocytes in rheumatoid arthritis 2025-Mar, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2024.139390 PMID:39755314	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA和批量RNA测序数据集，揭示了类风湿性关节炎（RA）滑膜的细胞景观、分化轨迹、转录组特征和免疫浸润特征，并探讨了MEG3在RA加重和逆转中的作用及机制	首次揭示了MEG3/miR-93-5p/SMAD7轴在RA滑膜成纤维细胞增殖和炎症表型中的调控作用	研究主要基于体外实验，缺乏体内实验验证	探讨RA的发病机制及潜在治疗靶点	RA滑膜组织和滑膜成纤维细胞	分子生物学	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
453	2025-05-01	Microglial Responses to Alzheimer's Disease Pathology: Insights From "Omics" Studies 2025-Mar, Glia IF:5.4Q1 DOI:10.1002/glia.24666 PMID:39760224	综述	本文回顾了关于小胶质细胞在阿尔茨海默病(AD)病理中反应的研究，特别是通过多种'组学'技术在小鼠模型中的应用	综合分析了多种'组学'技术在小胶质细胞表型和分子模式研究中的应用，为AD病理机制提供了新的见解	主要基于小鼠模型研究，可能无法完全反映人类AD的复杂性	阐明小胶质细胞在AD发病机制中的作用	小胶质细胞在AD中的反应	神经科学	阿尔茨海默病	转录组学、表观基因组学、空间转录组学、蛋白质组学、脂质组学和代谢组学	小鼠AD模型	组学数据	NA
454	2025-05-01	Single-cell RNA sequencing in ovarian cancer: Current progress and future prospects 2025-Mar, Progress in biophysics and molecular biology DOI:10.1016/j.pbiomolbio.2025.01.002 PMID:39778630	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在卵巢癌研究中的应用、进展及未来前景	填补了现有研究中缺乏对多篇利用scRNA-seq技术研究卵巢癌的文献进行综合比较和总结的空白	讨论了scRNA-seq在卵巢癌研究中的局限性及未来发展方向	总结和比较不同研究中使用scRNA-seq技术探索卵巢癌发展、异质性、肿瘤微环境和治疗抵抗的结果	卵巢癌	数字病理学	卵巢癌	scRNA-seq	NA	RNA-seq数据	NA
455	2025-05-01	Deciphering key roles of B cells in prognostication and tailored therapeutic strategies for lung adenocarcinoma: a multi-omics and machine learning approach towards predictive, preventive, and personalized treatment strategies 2025-Mar, The EPMA journal DOI:10.1007/s13167-024-00390-4 PMID:39991096	研究论文	本研究利用多组学和机器学习方法揭示了B细胞在肺腺癌中的预后作用，并开发了一个预测模型以支持个性化治疗策略	首次整合多组学数据和机器学习算法，开发了Scissor+相关B细胞评分（SRBS），用于预测肺腺癌患者的预后和个性化治疗反应	研究结果需要在更大规模的患者队列中进行验证，且实验验证部分仅限于LDHA基因	探索B细胞在肺腺癌预后中的作用，并开发个性化治疗策略	肺腺癌患者及其肿瘤微环境中的B细胞	数字病理学	肺腺癌	多组学分析（包括bulk RNA、ATAC-seq、单细胞RNA和空间转录组测序）和机器学习	多种机器学习算法的集成模型	多组学数据（RNA-seq、ATAC-seq、单细胞RNA-seq、空间转录组）	训练集和验证集中的肺腺癌患者样本（具体数量未明确说明）
456	2025-05-01	Modeling GATA2 deficiency in mice: the R396Q mutation disrupts normal hematopoiesis 2025-Mar, Leukemia IF:12.8Q1 DOI:10.1038/s41375-024-02508-z PMID:39774796	研究论文	本研究描述了一种模拟GATA2缺陷的小鼠模型，探讨了R396Q突变对正常造血功能的破坏作用	首次建立了与GATA2缺陷相关白血病进展的Gata2突变小鼠模型，揭示了该突变在造血干细胞功能和亚群分布上的特异性影响	研究仅针对R396Q这一特定突变，可能无法完全代表所有GATA2缺陷的病理机制	探究GATA2缺陷导致白血病转化的分子机制	Gata2 R396Q突变小鼠模型	血液病学	白血病	单细胞RNA测序	小鼠疾病模型	基因表达数据	未明确说明具体数量，使用突变小鼠模型进行研究
457	2025-04-29	Targeting Hepatic Stellate Cells for the Prevention and Treatment of Liver Cirrhosis and Hepatocellular Carcinoma: Strategies and Clinical Translation 2025-Mar-31, Pharmaceuticals (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/ph18040507 PMID:40283943	研究论文	本文探讨了靶向肝星状细胞（HSC）在预防和治疗肝硬化及肝细胞癌（HCC）中的策略及其临床转化	利用HSC特异性表面标记物和受体进行靶向治疗，以及单细胞测序和空间转录组学等新技术在识别新靶点中的应用	未提及具体临床试验结果或治疗效果的具体数据	研究肝星状细胞在肝纤维化和肝细胞癌发病机制中的作用，并探索靶向治疗策略	肝星状细胞（HSC）、肝纤维化、肝硬化、肝细胞癌（HCC）	NA	肝细胞癌、肝硬化	单细胞测序、空间转录组学	NA	NA	NA
458	2025-04-27	Stromal Stiffness-Regulated IGF2BP2 in Pancreatic Cancer Drives Immune Evasion via Sphingomyelin Metabolism 2025-Mar-28, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2025.03.019 PMID:40158738	research paper	该研究探讨了胰腺导管腺癌(PDAC)中m6A修饰与免疫逃逸的关联及机制，并提出了临床干预策略	首次揭示了基质硬度调控的IGF2BP2通过鞘磷脂代谢促进PDAC免疫逃逸的机制，并提出了非侵入性筛查方法和潜在免疫治疗靶点	研究主要基于PDAC模型，结果在其他癌症类型中的普适性需要进一步验证	阐明m6A修饰与PDAC免疫逃逸的关联机制并开发免疫治疗策略	胰腺导管腺癌(PDAC)患者样本和模型	肿瘤免疫学	胰腺癌	转录组分析、成像质谱流式、m6A定量、MeRIP、RIP、RNA pull-down、scRNA-seq、流式细胞术、mIHC	PDAC类器官、患者来源组织片段、人源化小鼠模型	转录组数据、蛋白质组数据、影像数据	122名PDAC患者的多模态队列，并在6个独立PDAC队列中验证
459	2025-04-27	New insights on extramedullary granulopoiesis and neutrophil heterogeneity in the spleen and its importance in disease 2025-Mar-14, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1093/jleuko/qiae220 PMID:39514106	综述	本文综述了脾脏中髓外粒细胞生成和中性粒细胞异质性的新见解及其在疾病中的重要性	利用现代转录组学和新成像技术揭示了中性粒细胞在器官内的显著异质性及其复杂的生物学功能，挑战了传统中性粒细胞作为简单杀伤细胞的观念	NA	探讨脾脏微环境如何调控脾脏粒细胞生成及其在感染、炎症和肿瘤中的作用	脾脏中的中性粒细胞及其生成过程	免疫学	炎症性疾病, 肿瘤	单细胞RNA测序, 现代成像技术	NA	转录组数据, 影像数据	NA
460	2025-04-27	Phylogenomic workflow for uncultivable microbial eukaryotes using single-cell RNA sequencing - A case study with planktonic ciliates (Ciliophora, Oligotrichea) 2025-Mar, Molecular phylogenetics and evolution IF:3.6Q2 DOI:10.1016/j.ympev.2024.108239 PMID:39551225	研究论文	本文开发了一种基于单细胞RNA测序的系统基因组工作流程，用于研究不可培养的微生物真核生物，并以浮游纤毛虫为例进行了验证	开发了一个整合从细胞分离到数据整理和物种树推断所有关键步骤的系统基因组工作流程，并评估了单拷贝和多拷贝基因在系统基因组分析中的应用	需要生物信息学专业知识和计算能力，且数据中可能包含非目标序列（如共生体、猎物）	开发并验证一种适用于不可培养微生物真核生物的系统基因组工作流程	浮游纤毛虫（Ciliophora, Oligotrichea）	基因组学	NA	单细胞RNA测序	Asteroid	转录组数据	39个转录组（11个公开可用，28个新生成）