单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 714 篇文献，本页显示第 441 - 460 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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| 441 | 2025-10-07 |
Single cell RNA-seq and bulk RNA-seq analysis identifies MUC1 as a key gene for lung adenocarcinoma to neuroendocrine transformation
2025-Mar-31, Translational lung cancer research
IF:4.0Q1
DOI:10.21037/tlcr-24-806
PMID:40248742
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序分析，揭示了MUC1基因在肺腺癌向神经内分泌癌转化过程中的关键作用 | 首次结合孟德尔随机化分析和单细胞RNA测序技术系统研究肺腺癌向神经内分泌癌转化的分子机制，并识别MUC1作为关键调控基因 | 样本量相对有限（6个组织活检样本），需要在更大规模队列中验证研究结果 | 探索肺腺癌向神经内分泌癌转化过程中的遗传和免疫特征 | 肺腺癌和神经内分泌癌组织样本 | 生物信息学 | 肺癌 | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq, 孟德尔随机化分析, WGCNA, CIBERSORT | NA | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | 16,765个细胞，来自6个组织活检样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 442 | 2025-10-07 |
A factor-based analysis of individual human microglia uncovers regulators of an Alzheimer-related transcriptional signature
2025-Mar-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.27.641500
PMID:40196633
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研究论文 | 通过单细胞分析人类小胶质细胞异质性，发现阿尔茨海默病相关转录特征的新型调控因子 | 开发了基于单细胞层次泊松因子分解的分析框架，识别了23个连续基因表达特征因子，并发现了AD相关DAM2特征的四个新调控因子 | 研究主要基于死后组织样本和神经外科手术样本，可能受到取样时间和技术限制的影响 | 解析人类小胶质细胞异质性及其在神经退行性疾病中的作用机制 | 441,088个活体小胶质细胞，来自161名捐赠者的不同脑区样本 | 单细胞转录组学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序，空间转录组学，MERFISH | 单细胞层次泊松因子分解（scHPF） | 单细胞基因表达数据，空间转录组数据 | 441,088个小胶质细胞，来自161名捐赠者 | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 443 | 2025-10-07 |
Male-Dominant Spinal Microglia Contribute to Neuropathic Pain by Producing CC-Chemokine Ligand 4 Following Peripheral Nerve Injury
2025-03-23, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells14070484
PMID:40214438
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研究论文 | 本研究揭示了雄性小鼠脊髓小胶质细胞通过产生CCL4促进神经病理性疼痛的性别特异性机制 | 首次发现雄性小鼠脊髓小胶质细胞中CCL4表达显著增加，并证实其通过CCL4-CCR5信号通路特异性加剧雄性小鼠的神经病理性疼痛 | 研究主要基于小鼠模型，人类相关性尚需验证；机制研究尚未完全阐明CCL4作用的下游通路 | 探究外周神经损伤后脊髓小胶质细胞在神经病理性疼痛中的性别特异性作用机制 | 雄性小鼠脊髓小胶质细胞 | 神经科学 | 神经病理性疼痛 | 单细胞RNA测序，行为学测试，药理学干预 | NA | 基因表达数据，行为学数据 | 小鼠模型（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 444 | 2025-10-07 |
HISSTA: a human in situ single-cell transcriptome atlas
2025-Mar-29, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf142
PMID:40163697
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研究论文 | 介绍HISSTA数据库，该数据库用于存储和分析人类组织原位单细胞分辨率转录组数据 | 首个专门用于管理原位单细胞分辨率转录组数据的综合性数据库，整合了多种空间转录组技术数据 | NA | 构建一个用户友好的空间转录组数据存储和分析平台 | 人类多种组织的空间转录组数据 | 数字病理学 | 癌症 | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | 112个样本，2800万个细胞，涵盖16种组织类型，来自63项研究 | 10x Genomics, NanoString, Vizgen | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | Xenium, CosMx SMI, MERFISH | MERFISH, CosMx SMI, Xenium空间转录组技术 |
| 445 | 2025-10-07 |
uHAF: a unified hierarchical annotation framework for cell type standardization and harmonization
2025-Mar-29, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf149
PMID:40172934
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研究论文 | 开发了一个统一的层次注释框架uHAF，用于单细胞转录组学中的细胞类型标准化和协调 | 提出了包含器官特异性层次细胞类型树和基于大语言模型的映射工具的统一框架，首次系统解决了单细胞注释中的命名不一致和粒度差异问题 | NA | 解决单细胞转录组学中细胞类型注释不一致的问题，促进数据整合和机器学习应用 | 38个器官的细胞类型注释 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组学，大语言模型 | GPT-4 | 文本注释数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 446 | 2025-10-07 |
Single-cell sequencing analysis reveals the essential role of the m 6A reader YTHDF1 in retinal visual function by regulating TULP1 and DHX38 translation
2025-Mar-18, Zoological research
IF:4.0Q1
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序分析揭示m6A阅读器YTHDF1通过调控TULP1和DHX38翻译在视网膜视觉功能中的关键作用 | 首次发现YTHDF1在成熟视网膜功能维持中的新作用，揭示其通过识别m6A修饰直接调控视网膜变性相关基因TULP1和DHX38翻译的新机制 | 研究主要基于基因敲除模型，在人类视网膜疾病中的直接应用仍需进一步验证 | 探究m6A阅读器YTHDF1在视网膜功能维持中的分子机制 | 小鼠视网膜组织及视网膜细胞 | 单细胞生物学 | 视网膜变性疾病 | 单细胞RNA测序, MeRIP测序, RIP测序 | 基因敲除模型 | 单细胞转录组数据, 表观转录组数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, 甲基化RNA免疫沉淀测序 | NA | NA |
| 447 | 2025-10-07 |
Integrated single-cell transcriptomic map of pig kidney cells across various periods and anatomical sites
2025-Mar-18, Zoological research
IF:4.0Q1
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序构建了猪肾脏在不同时期和不同解剖部位的单细胞转录组图谱 | 首次系统构建了猪肾脏跨胚胎期、育肥期和妊娠期的单细胞转录组图谱，发现了近端小管细胞代谢相关转录因子的表达特征，并揭示了厚壁升支细胞亚群和肾脏驻留巨噬细胞的功能异质性 | 研究样本数量有限（12个样本），且仅针对猪模型，人类肾脏验证数据相对较少 | 构建猪肾脏单细胞转录组图谱，研究肾脏细胞在不同生理时期和不同解剖部位的功能异质性 | 猪肾脏细胞 | 单细胞组学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序，荧光同源双标记 | NA | 单细胞转录组数据，组织切片图像 | 138,469个细胞，来自12个猪肾脏样本（涵盖胚胎期、育肥期和妊娠期） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 448 | 2025-10-07 |
Androgen Deprivation-Induced TET2 Activation Fuels Prostate Cancer Progression via Epigenetic Priming and Slow-Cycling Cancer Cells
2025-Mar-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.26.645495
PMID:40196510
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研究论文 | 本研究揭示了雄激素剥夺通过激活TET2驱动前列腺癌进展的表观遗传机制 | 首次提供了前列腺癌中5hmC动态的单核苷酸分辨率图谱，发现TET2是调控慢循环细胞的关键因子 | NA | 探索雄激素剥夺治疗诱导的前列腺癌进展机制 | 前列腺癌细胞和模型 | 表观遗传学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序, 四环素诱导型H2BeGFP报告系统, 全基因组5-羟甲基胞嘧啶分析 | NA | 单细胞RNA测序数据, 表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 449 | 2025-10-07 |
Asthma-derived genetic signature predicts lung cancer prognosis: a multi-scale omics investigation
2025-Mar-31, Journal of thoracic disease
IF:2.1Q3
DOI:10.21037/jtd-24-1697
PMID:40223964
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研究论文 | 通过多组学方法研究哮喘与肺癌的关联，并开发基于哮喘相关基因的肺癌预后模型 | 首次将哮喘相关基因特征应用于肺癌预后预测，结合流行病学、孟德尔随机化和单细胞测序进行多尺度验证 | 研究主要基于公共数据库数据，需要进一步实验验证 | 探索哮喘与肺癌的关联并开发预后预测模型 | 哮喘和肺癌患者 | 生物信息学 | 肺癌 | 全基因组关联研究, 孟德尔随机化, RNA测序, 单细胞RNA测序 | 预后预测模型 | 基因组数据, 转录组数据, 流行病学数据 | 1990-2019年全球疾病负担数据及公共数据库样本 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 450 | 2025-10-07 |
An Efficient Method for Extracting Human Fallopian Tube Epithelia for Single-cell Analyses
2025-Mar-28, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/67753
PMID:40228013
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研究论文 | 本文介绍了一种从新鲜输卵管中高效分离上皮细胞用于单细胞分析的方法 | 开发了一种能够在4-6小时内从新鲜输卵管中分离上皮细胞的方法，具有最小的基质细胞污染 | NA | 建立输卵管上皮细胞的有效分离方法 | 人类输卵管上皮细胞 | 单细胞分析 | 生殖系统疾病 | 单细胞RNA测序，流式细胞术 | NA | 单细胞悬浮液 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 451 | 2025-10-07 |
Disulfiram ameliorates bone loss in ovariectomized mice by suppressing osteoclastogenesis
2025-Mar, Journal of bone and mineral metabolism
IF:2.4Q3
DOI:10.1007/s00774-024-01555-x
PMID:39373772
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研究论文 | 本研究探讨了双硫仑在卵巢切除小鼠模型中改善骨质疏松的作用机制 | 首次在体内证实双硫仑通过抑制破骨细胞生成早期阶段的Tnfrsf11a表达来改善骨丢失 | 研究仅使用小鼠模型，未涉及人类临床试验 | 研究双硫仑在骨质疏松小鼠模型中对破骨细胞生成的影响 | 卵巢切除小鼠模型和原代破骨细胞培养 | 骨代谢研究 | 骨质疏松症 | 单细胞RNA测序，流式细胞术，微计算机断层扫描，骨形态计量分析 | NA | 基因表达数据，影像数据，细胞计数数据 | 卵巢切除小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 452 | 2025-10-07 |
Single-Cell Profiling of Tubular Epithelial Cells in Adaptive State in the Urine Sediment of Patients With Early and Advanced Diabetic Kidney Disease
2025-Mar, Kidney international reports
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.ekir.2024.11.002
PMID:40225386
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析糖尿病肾病患者尿沉渣中的适应性状态肾小管上皮细胞 | 首次在糖尿病肾病患者尿液中鉴定出适应性状态肾小管上皮细胞，并发现其不同状态比例具有诊断价值 | 样本量有限，仅针对糖尿病肾病患者进行研究 | 探究糖尿病肾病患者尿液中适应性状态肾小管上皮细胞的存在及其临床意义 | 糖尿病肾病患者的尿液样本 | 单细胞组学 | 糖尿病肾病 | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序, 空间单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | 轨迹推断分析 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 453 | 2025-10-07 |
Unraveling tumoral heterogeneity and angiogenesis-associated mechanisms of PD-1 and LAG-3 dual inhibition in lung cancers by single-cell RNA sequencing
2025-Mar, Chinese medical journal pulmonary and critical care medicine
DOI:10.1016/j.pccm.2025.02.004
PMID:40226601
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示PD-1和LAG-3双重抑制在肺癌中的抗肿瘤机制 | 首次在肺鳞癌PDX模型中证实PD-1和LAG-3双重抑制的协同抗肿瘤效果，并发现其与肿瘤异质性评分低、MHC I类通路上调和肿瘤血管正常化相关 | 研究仅使用PDX模型，未涉及人体临床试验；对腺癌和小细胞肺癌模型无效 | 阐明PD-1和LAG-3双重抑制在肺癌中的协同抗肿瘤机制 | 肺癌患者来源异种移植模型 | 单细胞测序分析 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | 轨迹分析、差异表达基因分析 | 单细胞转录组数据 | 8127个细胞（2699个基底细胞、4109个恶性细胞、1319个上皮细胞） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 454 | 2025-10-07 |
Genome-wide association meta-analysis identifies 126 novel loci for diverticular disease and implicates connective tissue and colonic motility
2025-Mar-28, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.03.27.25324777
PMID:40196262
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研究论文 | 本研究通过全基因组关联分析荟萃分析发现了126个新的憩室病相关基因位点，并揭示了该疾病与结缔组织和结肠运动功能的关联 | 发现了126个新的憩室病相关基因位点，首次通过多种分析策略系统性地将憩室病与结缔组织生物学和结肠运动功能联系起来 | NA | 识别憩室病的遗传风险因素并阐明其生物学机制 | 憩室病患者群体 | 基因组学 | 憩室病 | 全基因组关联分析, 单细胞RNA测序, 组织富集分析, 统计精细定位, 等位基因特异性表达, 蛋白数量性状位点分析 | NA | 基因组数据, 单细胞RNA测序数据, 手术标本数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 全基因组关联分析 | NA | NA |
| 455 | 2025-10-07 |
Multi-Manifolds fusing hyperbolic graph network balanced by pareto optimization for identifying spatial domains of spatial transcriptomics
2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf162
PMID:40220278
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研究论文 | 提出一种融合双曲图网络的多流形方法，通过帕累托优化平衡，用于识别空间转录组学中的空间域 | 首次在空间转录组学分析中引入双曲流形，开发多流形编码器和基于注意力机制的融合方法，使用帕累托优化平衡多重重建损失 | 未在摘要中明确说明 | 识别空间转录组学中的空间域，以深入了解基因表达的发病机制 | 空间转录组学数据 | 空间转录组学 | NA | 图神经网络，双曲神经网络，注意力机制，帕累托优化 | 双曲图网络，多流形编码器 | 空间转录组数据 | 常用基准数据集（未指定具体数量） | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 456 | 2025-10-07 |
Role of TGF-β/SMAD/YAP/TAZ signaling in skeletal muscle fibrosis
2025-Mar-01, American journal of physiology. Cell physiology
DOI:10.1152/ajpcell.00541.2024
PMID:39925133
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研究论文 | 本研究揭示了TGF-β通过SMAD/YAP/TAZ信号通路调控骨骼肌纤维化的分子机制 | 首次阐明TGF-β通过机械敏感性转录调节因子YAP/TAZ决定FAPs向肌成纤维细胞分化的新机制 | 对FAPs分化的核因子调控机制研究尚处于早期阶段 | 探究TGF-β/SMAD/YAP/TAZ信号通路在骨骼肌纤维化中的作用机制 | 骨骼肌纤维化、纤维/脂肪生成祖细胞(FAPs)、肌成纤维细胞 | 分子生物学 | 肌肉萎缩症 | 空间转录组学分析、原代细胞培养 | NA | 基因表达数据、蛋白质活性数据 | 小鼠模型和原代FAPs细胞 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 457 | 2025-10-07 |
scMEDAL for the interpretable analysis of single-cell transcriptomics data with batch effect visualization using a deep mixed effects autoencoder
2025-Mar-19, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-6081478/v1
PMID:40166015
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研究论文 | 提出scMEDAL框架，使用深度混合效应自编码器分析单细胞转录组数据并可视化批次效应 | 通过两个互补的自编码器网络分别建模批次不变和批次特异性效应，支持回顾性分析并能在细胞水平预测不同批次下的基因表达 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中技术和生物批次效应的混淆问题 | 单细胞转录组数据 | 单细胞分析 | 自闭症,白血病,心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | 深度混合效应自编码器,对抗学习,贝叶斯自编码器 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 458 | 2025-10-07 |
Inhibition of astrocyte signaling leads to sex-specific changes in microglia phenotypes in a diet-based model of small cerebral vessel disease
2025-Mar-17, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-6198453/v1
PMID:40166012
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研究论文 | 本研究通过饮食诱导的高同型半胱氨酸血症模型，探讨星形胶质细胞信号对小鼠小胶质细胞表型的性别特异性影响 | 首次揭示星形胶质细胞信号通过CN/NFAT通路对小胶质细胞表型调控存在性别二态性 | 研究仅使用C57BL/6J小鼠品系，样本量相对有限 | 探究星形胶质细胞信号在小脑血管疾病模型中对小胶质细胞表型的调控机制 | 7-8周龄雄性和雌性C57BL/6J小鼠 | 神经科学 | 小脑血管疾病 | 单细胞RNA测序，免疫组织化学，腺相关病毒介导的基因表达 | NA | 基因表达数据，免疫染色图像 | 雄性和雌性C57BL/6J小鼠，具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 459 | 2025-10-07 |
Prognostic and Immunotherapeutic Value of Regulatory T Cell Marker Gene Signature in Melanoma
2025-Mar-10, Iranian journal of allergy, asthma, and immunology
DOI:10.18502/ijaai.v24i2.18150
PMID:40211502
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研究论文 | 本研究通过分析黑色素瘤中调节性T细胞相关基因特征，开发了一个预后模型并评估其在免疫治疗中的价值 | 首次构建了包含CHD3、FOSB、SEMA4D、PSME1、FYN、PRKACB和ARID5A的Treg相关基因特征(TRGS)，并证明其作为独立预后指标的价值 | 研究依赖于公共数据库数据，缺乏前瞻性临床验证 | 阐明调节性T细胞相关基因在黑色素瘤抗肿瘤免疫反应中的作用 | 黑色素瘤患者样本和单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、加权基因共表达网络分析(WGCNA)、Cox回归分析、LASSO回归 | 预后风险评分模型 | 转录组数据、单细胞RNA测序数据 | 从GEO和TCGA数据库获取的黑色素瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 460 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptomics of melanoma sentinel lymph nodes identifies immune cell signatures associated with metastasis
2025-Mar-06, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.183080
PMID:40048259
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研究论文 | 通过单细胞转录组技术分析黑色素瘤前哨淋巴结中的免疫细胞特征及其与转移的关系 | 首次使用单细胞转录组测序技术系统描绘黑色素瘤前哨淋巴结中T细胞、B细胞和髓系细胞亚型的转录程序，并发现基于细胞类型比例的“高活化”特征评分可预测免疫治疗反应 | 研究样本量相对有限（97,777个细胞），且为观察性研究，需要进一步功能验证 | 解析黑色素瘤前哨淋巴结中免疫浸润的动态变化及其临床意义 | 黑色素瘤患者的前哨淋巴结组织细胞 | 单细胞组学 | 黑色素瘤 | 单细胞转录组测序，细胞索引转录组和表位测序技术 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 97,777个细胞，来自I/II期和III期皮肤黑色素瘤患者的前哨淋巴结组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 细胞索引转录组和表位测序技术 |