单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
441	2025-05-03	An augmented GSNMF model for complete deconvolution of bulk RNA-seq data 2025-Mar-14, Mathematical biosciences and engineering : MBE DOI:10.3934/mbe.2025036 PMID:40296800	研究论文	本文提出了一种增强的GSNMF模型，用于全面解卷积批量RNA-seq数据，以获得细胞类型特异性基因表达谱和相对细胞丰度	开发了一种新的伪批量组织数据增强、几何结构引导的NMF模型（GSNMF+），通过统计分布模拟伪细胞组成和单细胞RNA-seq数据生成伪批量组织数据，并与原始数据集混合，从而满足NMF的弱可解性条件	尽管在某些数据集上的估计结果与真实值相比表现良好，但对于如何规避不适定性和提高解的精度的全面理解仍然不足	提高批量RNA-seq数据的全面解卷积分析的准确性和可解性	批量RNA-seq数据和单细胞RNA-seq数据	生物信息学	NA	RNA-seq, scRNA-seq	GSNMF+, NMF	基因表达数据	多个真实的批量组织数据集
442	2025-05-03	The Microscope and Beyond: Current Trends in the Characterization of Kidney Allograft Rejection From Tissue Samples 2025-03-01, Transplantation IF:5.3Q1 DOI:10.1097/TP.0000000000005153 PMID:39436268	review	本文综述了当前和新兴的创新工具在肾移植排斥反应组织样本表征中的应用	讨论了数字化病理工作流程、深度学习、多重免疫组化、单细胞转录组学和空间转录组学等新兴技术在肾移植排斥反应表征中的潜在应用	Banff分类系统目前仍以活检为中心，主要依赖半定量组织学评分系统，缺乏可重复性和精细度	增强肾移植排斥反应的组织样本表征	肾移植排斥反应的组织样本	digital pathology	kidney disease	multiplex immunohistochemistry, transcriptomics, single-cell transcriptomics, spatial transcriptomics	deep learning	image, transcriptomic data	NA
443	2025-05-03	Biological and clinical significance of tumour-infiltrating lymphocytes in the era of immunotherapy: a multidimensional approach 2025-Mar, Nature reviews. Clinical oncology DOI:10.1038/s41571-024-00984-x PMID:39820025	综述	本文探讨了肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）在免疫治疗时代的生物学和临床意义，并提出了一个系统性研究TILs的概念框架	提出了一个系统性研究TILs的多维方法，强调了TILs在免疫治疗中的关键作用及其作为生物标志物的潜力	目前大多数研究仅关注主要TIL亚群的丰度，缺乏标准化的量化策略，且未分析其功能特征、空间分布、肿瘤抗原反应性等重要方面	探讨TILs在免疫治疗中的生物学特性和作为生物标志物的潜力，支持该领域未来的发展	肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）及其在免疫治疗中的作用	肿瘤免疫学	多种实体瘤	单细胞转录组学、蛋白质组学、高维空间平台、先进计算模型	NA	NA	NA
444	2025-05-03	Intratumoral Collagen Deposition Supports Angiogenesis Suggesting Anti-angiogenic Therapy in Armored and Cold Tumors 2025-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202409147 PMID:39823457	research paper	该研究分析了胶原沉积与肿瘤血管生成之间的关系，并探讨了抗血管生成治疗在特定肿瘤亚型中的潜在应用	揭示了胶原沉积通过SOX18上调促进血管生成的机制，并提出了抗血管生成治疗在装甲&冷肿瘤中的新应用框架	研究主要基于LUAD数据，其他癌症类型的普遍性需要进一步验证	探究胶原沉积对肿瘤血管生成的影响及其治疗意义	多种癌症类型（重点关注肺腺癌）中的肿瘤微环境	肿瘤生物学	肺腺癌（LUAD）及其他多种癌症	单细胞转录组学、空间转录组学、体外实验	NA	转录组数据、实验数据	多种癌症类型的样本（具体数量未明确说明）
445	2025-05-03	YTHDF2-mediated m6A modification of ONECUT2 promotes stemness and oxaliplatin resistance in gastric cancer through transcriptionally activating TFPI 2025-Mar, Drug resistance updates : reviews and commentaries in antimicrobial and anticancer chemotherapy IF:15.8Q1 DOI:10.1016/j.drup.2024.101200 PMID:39823826	research paper	研究发现YTHDF2介导的ONECUT2 m6A修饰通过转录激活TFPI促进胃癌干性和奥沙利铂耐药性	揭示了ONECUT2+TFPI+细胞亚群在奥沙利铂耐药性中的作用及其分子机制，并验证了ONECUT2小分子抑制剂的治疗效果	研究主要基于细胞和小鼠模型，尚未在临床患者中验证	探索胃癌奥沙利铂耐药性的分子机制并寻找新的治疗靶点	胃癌细胞和小鼠模型	肿瘤学	胃癌	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据	NA
446	2025-05-03	Investigating subpopulation dynamics in clonal CHO-K1 cells with single-cell RNA sequencing 2025-Mar, Journal of biotechnology IF:4.1Q2 DOI:10.1016/j.jbiotec.2025.01.010 PMID:39824362	research paper	通过单细胞RNA测序研究克隆CHO-K1细胞中亚群的动态变化	首次在克隆CHO-K1细胞中应用单细胞RNA测序技术，揭示了不同稳定性表型细胞中亚群的存在及其基因表达差异	研究仅针对两个克隆CHO-K1细胞群体，未进行多组学分析以更全面表征细胞异质性	探究克隆CHO-K1细胞中亚群的动态变化及其对细胞稳定性的影响	两个具有不同稳定性表型的克隆CHO-K1细胞群体	生物技术	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	两个克隆CHO-K1细胞群体在90天培养期间的样本
447	2025-05-03	EGR1 regulates oxidative stress and aldosterone production in adrenal cells and aldosterone-producing adenomas 2025-Mar, Redox biology IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.redox.2025.103498 PMID:39826326	研究论文	本文探讨了早期生长反应蛋白1（EGR1）在肾上腺细胞生物学中的双重作用，即调节氧化应激和醛固酮生成	揭示了EGR1在氧化应激和醛固酮生成中的新机制，并发现其在醛固酮生成腺瘤（APAs）中的表达下调	研究主要基于细胞和动物模型，人类样本的临床相关性需要进一步验证	研究EGR1在肾上腺细胞氧化应激和醛固酮生成中的作用及其在APAs发病机制中的潜在意义	人类肾上腺细胞、醛固酮生成腺瘤（APAs）患者肾上腺组织、继发性醛固酮增多症猪的肾上腺皮质	内分泌学	醛固酮增多症	RNA测序、空间转录组学、免疫组化	NA	基因表达数据、组织样本	人类肾上腺细胞、APAs患者肾上腺组织、继发性醛固酮增多症猪的肾上腺皮质
448	2025-05-03	scRNA-seq reveals involvement of monocytes in immune response in SLE patients 2025-Mar, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2025.110994 PMID:39818255	research paper	通过scRNA-seq技术研究系统性红斑狼疮（SLE）患者单核细胞在免疫反应中的作用	揭示了SLE患者外周血单核细胞中IRF1的高表达及其在免疫调节和炎症反应中的作用	样本量较小，未涉及其他免疫细胞的详细分析	探索SLE患者单核细胞的炎症因子，以发现新的诊断靶点	SLE患者和健康志愿者的循环免疫细胞	digital pathology	autoimmune disease	scRNA-seq, flow cytometry	NA	RNA-seq data, flow cytometry data	SLE患者和健康志愿者的血液样本
449	2025-05-03	Unveiling the role of MDH1 in breast cancer drug resistance through single-cell sequencing and schottenol intervention 2025-Mar, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111608 PMID:39818404	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序数据揭示乳腺癌和正常上皮细胞的转录组特征，并探讨MDH1基因在乳腺癌耐药性中的作用及Schottenol的干预效果	通过单细胞RNA测序识别乳腺癌细胞异质性，发现MDH1基因的关键调控作用，并首次提出Schottenol通过下调MDH1增强乳腺癌细胞对紫杉醇的敏感性	研究样本量未明确说明，且Schottenol的临床前研究数据有限	探索乳腺癌耐药机制并寻找新的治疗靶点	乳腺癌细胞、正常上皮细胞、肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）和髓系细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	PAM50分类法	单细胞转录组数据	NA
450	2025-05-03	Single-Cell Transcriptomics Identified Fibrosis-Activated Valve Interstitial Cells Involved in Functional Tricuspid Regurgitation 2025-Mar, JACC. Asia DOI:10.1016/j.jacasi.2025.01.013 PMID:40148022	研究论文	通过单细胞转录组学技术，研究功能性三尖瓣反流（TR）中瓣膜间质细胞的纤维化激活及其分子机制	首次在功能性TR中鉴定了纤维化激活的瓣膜间质细胞（VICs），并揭示了COMP-CD47和FGF2-FGFR1相互作用的改变可能作为潜在治疗靶点	样本量较小（仅10例患者），且未进行功能验证实验	探究功能性TR中三尖瓣细胞的组成变化和基因表达模式，以阐明其发病机制	人类三尖瓣组织（来自5例中重度功能性TR患者和5例非疾病对照）	单细胞转录组学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多重荧光检测	NA	单细胞转录组数据、空间分布数据	10例患者（5例TR患者+5例对照）的84,102个细胞
451	2025-05-02	Protocol for transcriptomic and epigenomic analyses of tip-like endothelial cells using scRNA-seq and ChIP-seq 2025-Mar-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103326 PMID:39799578	研究论文	本文介绍了一种用于分析培养的内皮细胞中尖端样细胞的转录组和表观基因组分析的实验方案	提出了一种可扩展的实验方案，适用于包括蛋白质组学和代谢组学在内的多种组学研究	实验方案的具体执行细节需要参考Miyamura等人的完整说明	研究内皮细胞在血管生成过程中的转录组和表观基因组变化	人类脐静脉内皮细胞（HUVECs）	生物信息学	NA	scRNA-seq, ChIP-seq	NA	转录组数据, 表观基因组数据	NA
452	2025-05-02	Protocol for the isolation of silk glands from silkworms for snRNA-seq and spatial transcriptomics 2025-Mar-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103581 PMID:39804771	研究论文	本文提出了一种从蚕中分离丝腺细胞核并进行空间转录组学分析的实验方案	开发了一种能够以单细胞分辨率探索丝腺细胞空间分布的新实验方法	未提及该方法在其他昆虫或组织中的适用性	建立蚕丝腺细胞分离和空间转录组学分析的标准实验流程	蚕的丝腺组织	空间转录组学	NA	snRNA-seq, 空间转录组学	NA	RNA序列数据	未明确说明样本数量
453	2025-05-02	Developing and experimental validating a T cell senescence-related gene signature to predict prognosis and immunotherapeutic sensitivity in non-small cell lung cancer 2025-Mar-15, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2025.149233 PMID:39800199	研究论文	开发并实验验证了一个与T细胞衰老相关的基因特征，用于预测非小细胞肺癌的预后和免疫治疗敏感性	首次整合了SLC2A1、TNS4和GGTLC1基因构建风险模型，用于预测NSCLC的预后和免疫治疗反应	研究样本量有限，且仅针对NSCLC患者	预测非小细胞肺癌的预后和免疫治疗敏感性	非小细胞肺癌患者及其T细胞	数字病理学	肺癌	scRNA-seq、机器学习算法、多变量Cox回归	风险模型	基因表达数据	TCGA-NSCLC数据集用于训练，8个独立NSCLC队列用于验证，10对癌旁和NSCLC组织用于实验验证
454	2025-05-02	Comparative Single-Cell Transcriptomics of Human Neuroblastoma and Preclinical Models Reveals Conservation of an Adrenergic Cell State 2025-Mar-14, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-1507 PMID:39808065	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序比较人类神经母细胞瘤与临床前模型的转录组，揭示了肾上腺素能细胞状态的保守性	首次通过单细胞RNA测序验证了转基因小鼠和体外肿瘤模型在重现神经母细胞瘤细胞特性方面的准确性，并提出了将交感母细胞推向嗜铬细胞样状态的治疗策略	研究主要基于TH-MYCN小鼠模型，可能无法完全代表人类神经母细胞瘤的所有亚型	验证临床前模型在重现神经母细胞瘤细胞特性方面的准确性，并探索潜在治疗策略	人类神经母细胞瘤患者样本、TH-MYCN转基因小鼠肿瘤、体外培养的肿瘤球	癌症研究	神经母细胞瘤	单细胞RNA测序	TH-MYCN转基因小鼠模型、体外肿瘤球模型	转录组数据	人类神经母细胞瘤患者样本和TH-MYCN小鼠肿瘤样本
455	2025-05-02	Identification of Pathogenic PD-1+CD8+ T Cells for Effective Chimeric Antigen Receptor Therapy in a Murine Model of Sjögren Disease 2025-Mar-03, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.43144 PMID:40026078	research paper	该研究通过识别Sjögren病中的致病性PD-1+CD8+ T细胞，并开发靶向治疗策略，展示了PD-1靶向CAR-T细胞疗法在小鼠模型中的疗效	首次将PD-1识别为Sjögren病中致病性CD8+ T细胞的全面标记物，并验证了PD-1靶向CAR-T细胞疗法的治疗效果	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行临床试验	开发针对Sjögren病的靶向治疗策略	Sjögren病患者和小鼠模型中的CD8+ T细胞	免疫疗法	Sjögren病	单细胞RNA测序、流式细胞术、共享T细胞受体分析	CAR-T细胞疗法	基因表达数据、流式细胞数据	Sjögren病患者和小鼠模型的样本
456	2025-05-02	Novel biallelic MCMDC2 variants were associated with meiotic arrest and nonobstructive azoospermia 2025-Mar-01, Asian journal of andrology IF:3.0Q1 DOI:10.4103/aja202495 PMID:39789727	研究论文	本研究通过全外显子测序在768名非梗阻性无精子症患者中发现了与减数分裂停滞相关的MCMDC2基因双等位基因变异	首次发现MCMDC2基因的四种有害变异与非梗阻性无精子症相关，并证实这些变异导致减数分裂停滞	样本量相对有限(768例)，且仅针对MCMDC2基因进行了研究	探索非梗阻性无精子症的遗传病因	768名非梗阻性无精子症患者	生殖遗传学	男性不育症	全外显子测序(WES)、苏木精-伊红染色(H&E)、免疫荧光染色(IF)、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、组织学图像、单细胞转录组数据	768名NOA患者
457	2025-05-02	A creatine efflux transporter in oligodendrocytes 2025-Mar, The FEBS journal DOI:10.1111/febs.17382 PMID:39792585	research paper	该研究揭示了转运蛋白SLC22A15在少突胶质细胞中控制肌酸释放的关键作用	首次确定SLC22A15是少突胶质细胞中肌酸释放的关键转运蛋白，填补了大脑肌酸代谢理解的关键空白	研究主要基于体外细胞实验和RNA测序数据，需要进一步体内实验验证	探究大脑中肌酸从产生细胞释放的机制	转运蛋白SLC22A15及其在少突胶质细胞中的功能	神经科学	神经发育障碍	质谱分析，单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据，质谱数据	人类和大鼠的293细胞，人类和小鼠的mRNA数据
458	2025-05-02	Exosome-Mediated Lectin Pathway and Resistin-MIF-AA Metabolism Axis Drive Immune Dysfunction in Immune Thrombocytopenia 2025-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202412378 PMID:39792656	研究论文	本研究探讨了外泌体介导的凝集素途径和resistin-MIF-AA代谢轴在免疫性血小板减少症(ITP)中的免疫功能障碍作用	揭示了外泌体介导的凝集素补体途径在ITP发病机制中的作用，并发现resistin和MIF是糖皮质激素治疗抵抗的潜在因素	研究样本量未明确说明，且ITP的确切病因仍未被完全阐明	阐明ITP的发病机制并寻找潜在治疗靶点	免疫性血小板减少症(ITP)患者	免疫学	免疫性血小板减少症	流式细胞术(FCM)、蛋白质组学、单细胞RNA测序	NA	蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据	NA
459	2025-05-02	Cell-Type Specific miRNA Regulatory Network Responses to ABA Stress Revealed by Time Series Transcriptional Atlases in Arabidopsis 2025-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202415083 PMID:39792694	研究论文	通过拟南芥ABA诱导的单细胞RNA测序，揭示了细胞类型特异的miRNA调控网络对ABA胁迫的响应	首次在单细胞水平上构建了ABA胁迫下miRNA的动态和细胞类型特异性响应图谱，并鉴定了miRNA-TF-mRNA调控模块	研究仅针对拟南芥，结果是否适用于其他植物尚需验证	探究miRNA在植物发育和胁迫响应中的动态及细胞类型特异性作用	拟南芥在ABA胁迫下的单细胞转录组	植物分子生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA-seq数据	不同时间点(早期、中期和晚期)的拟南芥ABA诱导单细胞RNA-seq数据
460	2025-05-02	The molecular structure of SHISA5 protein and its novel role in primary biliary cholangitis: From single-cell RNA sequencing to biomarkers 2025-Mar, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.139775 PMID:39800023	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了原发性胆汁性胆管炎(PBC)患者和健康对照者的肝组织样本，揭示了SHISA5蛋白在PBC中的表达特征及其可能的生物学功能	首次揭示了SHISA5蛋白在PBC中的表达特征及其与疾病活动性的正相关性，预测了SHISA5蛋白的分子结构并分析了其可能的生物学功能	研究样本量未明确说明，功能分析主要基于生物信息学预测，需要进一步实验验证	探究SHISA5蛋白在原发性胆汁性胆管炎(PBC)中的分子结构特征及其病理作用	PBC患者和健康对照者的肝组织样本	数字病理学	原发性胆汁性胆管炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	PBC患者和健康对照者的肝组织样本(具体数量未说明)