本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 421 | 2025-10-07 |
uHAF: a unified hierarchical annotation framework for cell type standardization and harmonization
2025-Mar-29, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf149
PMID:40172934
|
研究论文 | 开发了一个统一的层次注释框架uHAF,用于单细胞转录组学中的细胞类型标准化和协调 | 提出了包含器官特异性层次细胞类型树和基于大语言模型的映射工具的统一框架,首次系统解决了单细胞注释中的命名不一致和粒度差异问题 | NA | 解决单细胞转录组学中细胞类型注释不一致的问题,促进数据整合和机器学习应用 | 38个器官的细胞类型注释 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组学,大语言模型 | GPT-4 | 文本注释数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 422 | 2025-10-07 |
Molecular evidence for pre-chordate origins of ovarian cell types and neuroendocrine control of reproduction
2025-Mar-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.24.644836
PMID:40196654
|
研究论文 | 本研究通过海星卵巢单细胞测序和3D成像揭示了卵巢细胞类型及其空间组织,为卵巢细胞类型和生殖神经内分泌控制的脊索动物前起源提供了分子证据 | 首次在非脊索动物后口动物中发现与哺乳动物相似的卵巢细胞类型和类下丘脑-垂体-性腺轴的神经内分泌信号系统 | 研究仅基于海星这一特定物种,需要在更多物种中验证这些发现的普适性 | 探究卵巢细胞类型及其信号相互作用的进化起源 | 海星卵巢细胞类型及其空间组织 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 高分辨率3D成像 | NA | 单细胞转录组数据, 3D图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 423 | 2025-10-07 |
Single-cell sequencing analysis reveals the essential role of the m 6A reader YTHDF1 in retinal visual function by regulating TULP1 and DHX38 translation
2025-Mar-18, Zoological research
IF:4.0Q1
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序分析揭示m6A阅读器YTHDF1通过调控TULP1和DHX38翻译在视网膜视觉功能中的关键作用 | 首次发现YTHDF1在成熟视网膜功能维持中的新作用,揭示其通过识别m6A修饰直接调控视网膜变性相关基因TULP1和DHX38翻译的新机制 | 研究主要基于基因敲除模型,在人类视网膜疾病中的直接应用仍需进一步验证 | 探究m6A阅读器YTHDF1在视网膜功能维持中的分子机制 | 小鼠视网膜组织及视网膜细胞 | 单细胞生物学 | 视网膜变性疾病 | 单细胞RNA测序, MeRIP测序, RIP测序 | 基因敲除模型 | 单细胞转录组数据, 表观转录组数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, 甲基化RNA免疫沉淀测序 | NA | NA |
| 424 | 2025-10-07 |
Integrated single-cell transcriptomic map of pig kidney cells across various periods and anatomical sites
2025-Mar-18, Zoological research
IF:4.0Q1
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序构建了猪肾脏在不同时期和不同解剖部位的单细胞转录组图谱 | 首次系统构建了猪肾脏跨胚胎期、育肥期和妊娠期的单细胞转录组图谱,发现了近端小管细胞代谢相关转录因子的表达特征,并揭示了厚壁升支细胞亚群和肾脏驻留巨噬细胞的功能异质性 | 研究样本数量有限(12个样本),且仅针对猪模型,人类肾脏验证数据相对较少 | 构建猪肾脏单细胞转录组图谱,研究肾脏细胞在不同生理时期和不同解剖部位的功能异质性 | 猪肾脏细胞 | 单细胞组学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序,荧光同源双标记 | NA | 单细胞转录组数据,组织切片图像 | 138,469个细胞,来自12个猪肾脏样本(涵盖胚胎期、育肥期和妊娠期) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 425 | 2025-10-07 |
Pre-B-cell leukemia transcription factor 1 contributes to liver fibrosis by enabling IL-7 signaling in HSC
2025-Mar-13, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001302
PMID:40080840
|
研究论文 | 本研究揭示了前B细胞白血病转录因子1通过激活IL-7信号通路促进肝星状细胞活化和肝纤维化的新机制 | 首次发现PBX1在肝星状细胞活化中的关键作用,并阐明其通过调控IL-7受体表达激活促纤维化信号级联的新机制 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,临床验证数据有限 | 探究PBX1在肝纤维化发生发展中的作用机制 | 肝星状细胞、小鼠模型、肝硬化患者样本 | 分子生物学 | 肝纤维化 | 单细胞RNA测序、报告基因检测、染色质免疫沉淀、转录组分析 | NA | 基因表达数据、蛋白质相互作用数据 | 小鼠模型和肝硬化患者样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 426 | 2025-10-07 |
An accelerated human in-vitro aging model mimics in-vivo aging and facilitates dynamic testing of anti-aging compounds
2025-Mar-28, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-6173768/v1
PMID:40195985
|
研究论文 | 开发了一种加速的人类体外衰老模型,可模拟体内衰老并用于抗衰老化合物的动态测试 | 建立了长期有丝分裂后人类成纤维细胞培养系统,能真实重现并加速体内衰老特征,首次实现了神经元衰老的伪纵向建模 | 研究主要基于成纤维细胞模型,可能无法完全代表其他细胞类型的衰老过程 | 开发人类特异性衰老研究平台并评估抗衰老化合物的疗效 | 人类成纤维细胞及其神经元转化细胞 | 细胞生物学 | 衰老相关疾病 | 单细胞转录组学,表观遗传时钟分析,纵向配对转录组-表观遗传分析 | 体外衰老模型 | 转录组数据,表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 427 | 2025-10-07 |
The tectum transversum(TTR) maintains patency of the developing coronal suture
2025-Mar-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.30.646197
PMID:40236170
|
研究论文 | 本研究通过小鼠模型探究了横梁软骨在冠状缝发育中的作用机制 | 首次通过遗传消融实验证明横梁软骨对维持冠状缝开放性的关键作用,并发现其可能作为BMP信号通路的屏障 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性需要进一步验证 | 探究横梁软骨在冠状缝发育过程中的功能机制 | 小鼠模型的冠状缝发育过程及相关组织 | 发育生物学 | 颅缝早闭 | 遗传消融技术,空间转录组学 | 小鼠模型 | 基因表达数据,组织形态数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 428 | 2025-10-07 |
Androgen Deprivation-Induced TET2 Activation Fuels Prostate Cancer Progression via Epigenetic Priming and Slow-Cycling Cancer Cells
2025-Mar-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.26.645495
PMID:40196510
|
研究论文 | 本研究揭示了雄激素剥夺通过激活TET2驱动前列腺癌进展的表观遗传机制 | 首次提供了前列腺癌中5hmC动态的单核苷酸分辨率图谱,发现TET2是调控慢循环细胞的关键因子 | NA | 探索雄激素剥夺治疗诱导的前列腺癌进展机制 | 前列腺癌细胞和模型 | 表观遗传学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序, 四环素诱导型H2BeGFP报告系统, 全基因组5-羟甲基胞嘧啶分析 | NA | 单细胞RNA测序数据, 表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 429 | 2025-10-07 |
Extracellular vesicle-packaged GBP2 from macrophages aggravates sepsis-induced acute lung injury by promoting ferroptosis in pulmonary vascular endothelial cells
2025-Mar-25, Redox biology
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.redox.2025.103614
PMID:40156957
|
研究论文 | 本研究揭示了巨噬细胞来源的细胞外囊泡通过GBP2-OTUD5-GPX4轴促进肺血管内皮细胞铁死亡,从而加剧脓毒症诱导的急性肺损伤 | 首次发现巨噬细胞来源的细胞外囊泡中GBP2蛋白通过直接结合OTUD5促进GPX4泛素化,驱动内皮细胞铁死亡的新机制 | 研究主要基于细胞和小鼠模型,在人体中的临床验证仍需进一步研究 | 探究巨噬细胞来源的细胞外囊泡在脓毒症诱导的急性肺损伤中的作用机制 | 肺血管内皮细胞、巨噬细胞、脓毒症患者外周血样本、THP-1和RAW264.7细胞、CLP小鼠模型 | 分子生物学 | 脓毒症诱导的急性肺损伤 | 蛋白质组测序、转录组测序、单细胞测序、RNA干扰、腺相关病毒转染、分子对接、分子动力学模拟、细胞热位移分析 | NA | 蛋白质组数据、转录组数据、单细胞测序数据 | 脓毒症患者外周血样本、细胞系(THP-1、RAW264.7)、CLP小鼠模型 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 430 | 2025-10-07 |
Asthma-derived genetic signature predicts lung cancer prognosis: a multi-scale omics investigation
2025-Mar-31, Journal of thoracic disease
IF:2.1Q3
DOI:10.21037/jtd-24-1697
PMID:40223964
|
研究论文 | 通过多组学方法研究哮喘与肺癌的关联,并开发基于哮喘相关基因的肺癌预后模型 | 首次将哮喘相关基因特征应用于肺癌预后预测,结合流行病学、孟德尔随机化和单细胞测序进行多尺度验证 | 研究主要基于公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 探索哮喘与肺癌的关联并开发预后预测模型 | 哮喘和肺癌患者 | 生物信息学 | 肺癌 | 全基因组关联研究, 孟德尔随机化, RNA测序, 单细胞RNA测序 | 预后预测模型 | 基因组数据, 转录组数据, 流行病学数据 | 1990-2019年全球疾病负担数据及公共数据库样本 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 431 | 2025-10-07 |
An Efficient Method for Extracting Human Fallopian Tube Epithelia for Single-cell Analyses
2025-Mar-28, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/67753
PMID:40228013
|
研究论文 | 本文介绍了一种从新鲜输卵管中高效分离上皮细胞用于单细胞分析的方法 | 开发了一种能够在4-6小时内从新鲜输卵管中分离上皮细胞的方法,具有最小的基质细胞污染 | NA | 建立输卵管上皮细胞的有效分离方法 | 人类输卵管上皮细胞 | 单细胞分析 | 生殖系统疾病 | 单细胞RNA测序,流式细胞术 | NA | 单细胞悬浮液 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 432 | 2025-10-07 |
Disulfiram ameliorates bone loss in ovariectomized mice by suppressing osteoclastogenesis
2025-Mar, Journal of bone and mineral metabolism
IF:2.4Q3
DOI:10.1007/s00774-024-01555-x
PMID:39373772
|
研究论文 | 本研究探讨了双硫仑在卵巢切除小鼠模型中改善骨质疏松的作用机制 | 首次在体内证实双硫仑通过抑制破骨细胞生成早期阶段的Tnfrsf11a表达来改善骨丢失 | 研究仅使用小鼠模型,未涉及人类临床试验 | 研究双硫仑在骨质疏松小鼠模型中对破骨细胞生成的影响 | 卵巢切除小鼠模型和原代破骨细胞培养 | 骨代谢研究 | 骨质疏松症 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,微计算机断层扫描,骨形态计量分析 | NA | 基因表达数据,影像数据,细胞计数数据 | 卵巢切除小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 433 | 2025-10-07 |
Single-Cell Profiling of Tubular Epithelial Cells in Adaptive State in the Urine Sediment of Patients With Early and Advanced Diabetic Kidney Disease
2025-Mar, Kidney international reports
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.ekir.2024.11.002
PMID:40225386
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析糖尿病肾病患者尿沉渣中的适应性状态肾小管上皮细胞 | 首次在糖尿病肾病患者尿液中鉴定出适应性状态肾小管上皮细胞,并发现其不同状态比例具有诊断价值 | 样本量有限,仅针对糖尿病肾病患者进行研究 | 探究糖尿病肾病患者尿液中适应性状态肾小管上皮细胞的存在及其临床意义 | 糖尿病肾病患者的尿液样本 | 单细胞组学 | 糖尿病肾病 | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序, 空间单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | 轨迹推断分析 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 434 | 2025-10-07 |
Unraveling tumoral heterogeneity and angiogenesis-associated mechanisms of PD-1 and LAG-3 dual inhibition in lung cancers by single-cell RNA sequencing
2025-Mar, Chinese medical journal pulmonary and critical care medicine
DOI:10.1016/j.pccm.2025.02.004
PMID:40226601
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示PD-1和LAG-3双重抑制在肺癌中的抗肿瘤机制 | 首次在肺鳞癌PDX模型中证实PD-1和LAG-3双重抑制的协同抗肿瘤效果,并发现其与肿瘤异质性评分低、MHC I类通路上调和肿瘤血管正常化相关 | 研究仅使用PDX模型,未涉及人体临床试验;对腺癌和小细胞肺癌模型无效 | 阐明PD-1和LAG-3双重抑制在肺癌中的协同抗肿瘤机制 | 肺癌患者来源异种移植模型 | 单细胞测序分析 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | 轨迹分析、差异表达基因分析 | 单细胞转录组数据 | 8127个细胞(2699个基底细胞、4109个恶性细胞、1319个上皮细胞) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 435 | 2025-10-07 |
Genome-wide association meta-analysis identifies 126 novel loci for diverticular disease and implicates connective tissue and colonic motility
2025-Mar-28, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.03.27.25324777
PMID:40196262
|
研究论文 | 本研究通过全基因组关联分析荟萃分析发现了126个新的憩室病相关基因位点,并揭示了该疾病与结缔组织和结肠运动功能的关联 | 发现了126个新的憩室病相关基因位点,首次通过多种分析策略系统性地将憩室病与结缔组织生物学和结肠运动功能联系起来 | NA | 识别憩室病的遗传风险因素并阐明其生物学机制 | 憩室病患者群体 | 基因组学 | 憩室病 | 全基因组关联分析, 单细胞RNA测序, 组织富集分析, 统计精细定位, 等位基因特异性表达, 蛋白数量性状位点分析 | NA | 基因组数据, 单细胞RNA测序数据, 手术标本数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 全基因组关联分析 | NA | NA |
| 436 | 2025-10-07 |
Multi-Manifolds fusing hyperbolic graph network balanced by pareto optimization for identifying spatial domains of spatial transcriptomics
2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf162
PMID:40220278
|
研究论文 | 提出一种融合双曲图网络的多流形方法,通过帕累托优化平衡,用于识别空间转录组学中的空间域 | 首次在空间转录组学分析中引入双曲流形,开发多流形编码器和基于注意力机制的融合方法,使用帕累托优化平衡多重重建损失 | 未在摘要中明确说明 | 识别空间转录组学中的空间域,以深入了解基因表达的发病机制 | 空间转录组学数据 | 空间转录组学 | NA | 图神经网络,双曲神经网络,注意力机制,帕累托优化 | 双曲图网络,多流形编码器 | 空间转录组数据 | 常用基准数据集(未指定具体数量) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 437 | 2025-10-07 |
Role of TGF-β/SMAD/YAP/TAZ signaling in skeletal muscle fibrosis
2025-Mar-01, American journal of physiology. Cell physiology
DOI:10.1152/ajpcell.00541.2024
PMID:39925133
|
研究论文 | 本研究揭示了TGF-β通过SMAD/YAP/TAZ信号通路调控骨骼肌纤维化的分子机制 | 首次阐明TGF-β通过机械敏感性转录调节因子YAP/TAZ决定FAPs向肌成纤维细胞分化的新机制 | 对FAPs分化的核因子调控机制研究尚处于早期阶段 | 探究TGF-β/SMAD/YAP/TAZ信号通路在骨骼肌纤维化中的作用机制 | 骨骼肌纤维化、纤维/脂肪生成祖细胞(FAPs)、肌成纤维细胞 | 分子生物学 | 肌肉萎缩症 | 空间转录组学分析、原代细胞培养 | NA | 基因表达数据、蛋白质活性数据 | 小鼠模型和原代FAPs细胞 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 438 | 2025-10-07 |
scMEDAL for the interpretable analysis of single-cell transcriptomics data with batch effect visualization using a deep mixed effects autoencoder
2025-Mar-19, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-6081478/v1
PMID:40166015
|
研究论文 | 提出scMEDAL框架,使用深度混合效应自编码器分析单细胞转录组数据并可视化批次效应 | 通过两个互补的自编码器网络分别建模批次不变和批次特异性效应,支持回顾性分析并能在细胞水平预测不同批次下的基因表达 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中技术和生物批次效应的混淆问题 | 单细胞转录组数据 | 单细胞分析 | 自闭症,白血病,心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | 深度混合效应自编码器,对抗学习,贝叶斯自编码器 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 439 | 2025-10-07 |
VISTA Uncovers Missing Gene Expression and Spatial-induced Information for Spatial Transcriptomic Data Analysis
2025-Mar-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.26.609718
PMID:40166134
|
研究论文 | 提出VISTA方法用于空间转录组数据的基因表达预测和空间信息分析 | 基于变分推断和几何深度学习联合建模scRNA-seq和SST数据,并整合不确定性量化 | NA | 解决空间转录组技术中基因检测数量有限的问题 | 空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 变分推断, 几何深度学习 | 基因表达数据, 空间数据 | 四个SST数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 440 | 2025-10-07 |
Inhibition of astrocyte signaling leads to sex-specific changes in microglia phenotypes in a diet-based model of small cerebral vessel disease
2025-Mar-17, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-6198453/v1
PMID:40166012
|
研究论文 | 本研究通过饮食诱导的高同型半胱氨酸血症模型,探讨星形胶质细胞信号对小鼠小胶质细胞表型的性别特异性影响 | 首次揭示星形胶质细胞信号通过CN/NFAT通路对小胶质细胞表型调控存在性别二态性 | 研究仅使用C57BL/6J小鼠品系,样本量相对有限 | 探究星形胶质细胞信号在小脑血管疾病模型中对小胶质细胞表型的调控机制 | 7-8周龄雄性和雌性C57BL/6J小鼠 | 神经科学 | 小脑血管疾病 | 单细胞RNA测序,免疫组织化学,腺相关病毒介导的基因表达 | NA | 基因表达数据,免疫染色图像 | 雄性和雌性C57BL/6J小鼠,具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |