单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
421	2025-05-07	Integration of single-cell RNA sequencing and network pharmacology to elucidate the effect of Yantiao Formula on alleviating ALI by regulating the polarization of alveolar macrophages 2025-Mar-13, Journal of ethnopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.jep.2025.119436 PMID:39914692	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和网络药理学方法，探讨了炎调方（YTF）通过调节肺泡巨噬细胞极化缓解脓毒症诱导的急性肺损伤（ALI）的潜在分子机制	首次结合单细胞RNA测序、网络药理学和分子对接技术全面解析炎调方治疗ALI的作用机制，特别是其对巨噬细胞极化的调控作用	研究主要基于动物模型和体外细胞实验，尚未进行临床验证	探究炎调方治疗脓毒症诱导的急性肺损伤的分子机制	炎调方（YTF）及其对脓毒症诱导的急性肺损伤的治疗作用	网络药理学与单细胞组学	急性肺损伤/急性呼吸窘迫综合征	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、网络药理学分析、分子对接	CLP诱导的脓毒症模型、LPS诱导的NR8383细胞ALI模型	单细胞转录组数据、网络药理学数据、分子对接数据	未明确说明实验动物数量，但涉及596种YTF成分分析和1031个靶点预测
422	2025-05-07	Blocking MIF secretion enhances CAR T-cell efficacy against neuroblastoma 2025-Mar-11, European journal of cancer (Oxford, England : 1990) DOI:10.1016/j.ejca.2025.115263 PMID:39908652	研究论文	本研究通过多组学方法识别神经母细胞瘤肿瘤微环境中的免疫抑制因子，并验证MIF作为关键靶点，通过PROTAC技术提升CAR T细胞疗效	首次揭示MIF在神经母细胞瘤TME中对CAR T细胞活化的抑制作用，并开发基于PROTAC的靶向治疗策略	研究主要基于体外和体内模型，临床转化效果需进一步验证	改善CAR T细胞疗法在神经母细胞瘤等实体瘤中的疗效	神经母细胞瘤肿瘤微环境及CAR T细胞	肿瘤免疫治疗	神经母细胞瘤	scRNA-seq, 质谱分析, PROTAC技术	NA	单细胞转录组数据, 质谱数据	24例神经母细胞瘤肿瘤样本及患者来源肿瘤模型
423	2025-05-07	Single-cell RNA sequencing in autoimmune diseases: New insights and challenges 2025-Mar, Pharmacology & therapeutics IF:12.0Q1 DOI:10.1016/j.pharmthera.2025.108807 PMID:39894174	review	本文探讨了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在自身免疫性疾病研究中的新见解和挑战	利用scRNA-seq技术在单细胞水平上揭示转录多样性，为自身免疫性疾病的细胞异质性、病因、诊断、治疗和预后提供了新的理解	需要解决scRNA-seq技术的局限性以进一步推动研究进展	探索scRNA-seq在自身免疫性疾病研究中的应用及其潜力	自身免疫性疾病中的各种细胞类型	生物医学研究	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
424	2025-05-07	Cardiomyocyte Foxp1-Specific Deletion Promotes Post-injury Heart Regeneration via Targeting Usp20-HIF1ɑ-Hand1 Signaling Pathway 2025-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202412124 PMID:39899693	研究论文	本研究揭示了Foxp1通过调控Usp20-HIF1ɑ-Hand1信号通路在心肌细胞增殖和心脏再生中的作用	首次发现Foxp1在出生后损伤心肌细胞增殖和心脏再生中的调控作用，并揭示了其通过代谢转换调控心肌细胞增殖的分子机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类心脏再生中进行验证	探究Foxp1在心肌细胞增殖和心脏再生中的作用及其分子机制	心肌细胞和心脏再生过程	心血管生物学	心血管疾病	单细胞转录组分析、腺相关病毒(AAV9)基因递送	基因敲除和功能获得小鼠模型	基因表达数据和功能实验数据	未明确说明具体样本数量，使用小鼠模型进行研究
425	2025-05-07	GAMG alleviates liver fibrosis through inducing ferroptosis in inflammatory macrophages via the IRF1/SLC7A11 signaling pathway 2025-Mar, Redox biology IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.redox.2025.103509 PMID:39904190	研究论文	本研究探讨了GAMG通过IRF1/SLC7A11信号通路诱导炎症巨噬细胞铁死亡，从而缓解肝纤维化的机制	首次揭示了GAMG通过IRF1/SLC7A11轴诱导炎症巨噬细胞铁死亡的新机制，为肝纤维化治疗提供了新策略	研究主要基于小鼠模型，人体效果尚需进一步验证	探究GAMG对肝纤维化的治疗作用及其分子机制	肝纤维化小鼠模型和炎症巨噬细胞	分子生物学	肝纤维化	单细胞RNA测序、质谱代谢组学分析	动物模型（小鼠）	基因表达数据、代谢物数据	未明确说明具体数量的小鼠样本
426	2025-05-07	Inhibition of glutathione peroxidase 4 suppresses gastric cancer peritoneal metastasis via regulation of RCC2 homeostasis 2025-Mar, Redox biology IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.redox.2025.103519 PMID:39908861	研究论文	本研究探讨了谷胱甘肽过氧化物酶4（GPx4）在胃癌腹膜转移中的作用及其分子机制	揭示了GPx4通过调节RCC2的稳态和泛素化降解来促进胃癌腹膜转移的新机制	研究主要基于体外和体内实验，临床样本验证仍需进一步扩大	探索胃癌腹膜转移的新治疗靶点	胃癌细胞及腹膜转移模型	癌症生物学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、蛋白质组学分析	NA	基因表达数据、蛋白质数据	回顾性临床样本及实验模型
427	2025-05-07	SLC13A5 plays an essential role in the energy shift to oxidative phosphorylation in cisplatin-resistant mesothelioma stem cells 2025-Mar, Pathology international IF:2.5Q2 DOI:10.1111/pin.70001 PMID:39912507	research paper	该研究探讨了SLC13A5在顺铂耐药间皮瘤干细胞能量代谢向氧化磷酸化转变中的关键作用	揭示了SLC13A5通过调节代谢转变和信号通路增强间皮瘤干细胞的顺铂耐药性	研究主要基于体外实验和数据库分析，缺乏体内实验验证	探索靶向癌症干细胞的新型治疗方法	人类间皮瘤细胞系和间皮瘤干细胞样细胞	肿瘤生物学	间皮瘤	微阵列分析、scRNA-seq	水凝胶培养模型	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	人类间皮瘤细胞系和临床间皮瘤样本
428	2025-05-04	Resolving spatiotemporal dynamics in bacterial multicellular populations: approaches and challenges 2025-Mar-27, Microbiology and molecular biology reviews : MMBR IF:8.0Q1 DOI:10.1128/mmbr.00138-24 PMID:39853129	综述	本文综述了研究细菌多细胞群体时空动态的方法与挑战	强调了单细胞技术在细菌多细胞性研究中的创新应用，包括新型显微技术、质谱成像、流式细胞术、空间转录组学等	未提及具体技术的操作限制或数据解释的潜在偏差	探索细菌多细胞群体的组装与动态，理解个体细胞对集体功能的贡献	分化的细菌生物膜（菌落）中的个体细胞	微生物学	NA	单细胞RNA测序、空间转录组学、显微技术、质谱成像、流式细胞术、微流体培养系统	NA	单细胞时空转录组数据、显微图像	未明确样本量，聚焦于技术方法而非具体实验样本
429	2025-05-04	Identify and analyze ferroptosis-related molecular modules and immune signatures in epilepsy using microarray-based transcriptome profiling and single-cell sequencing 2025-Mar-20, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2025.149227 PMID:39848347	research paper	通过微阵列转录组分析和单细胞测序技术，研究癫痫中铁死亡相关分子模块和免疫特征的识别与分析	首次结合两种机器学习算法识别出癫痫中铁死亡相关的三个Hub基因（RELA、TFRC、QSOX1），并通过单细胞分析揭示了SPP1信号通路在星形胶质细胞和小胶质细胞中的过度激活	研究主要基于公开数据库的数据，可能需要进一步实验验证	探索癫痫中铁死亡相关基因的分子机制和免疫学特征	癫痫患者的血液和脑组织样本	生物信息学	癫痫	微阵列转录组分析、单细胞测序、RT-qPCR、Western Blot	机器学习算法	基因表达数据	来自GEO数据库的癫痫血液和脑组织数据集
430	2025-05-04	Novel Meningoencephalomyelitis Associated With Vimentin IgG Autoantibodies 2025-Mar-01, JAMA neurology IF:20.4Q1 DOI:10.1001/jamaneurol.2024.4763 PMID:39836414	研究论文	本研究描述了一种与抗波形蛋白IgG自身抗体相关的新型脑膜脑脊髓炎综合征	首次在未分型的脑膜脑脊髓炎患者中发现针对星形胶质细胞中间丝蛋白波形蛋白的自身抗体	样本量较小（14例患者），且为回顾性研究	鉴定中枢神经系统自身免疫性疾病中未知的星形胶质细胞自身抗体	未分型中枢神经系统自身免疫性疾病患者	神经免疫学	脑膜脑脊髓炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、基于细胞的检测、基于组织的检测	NA	临床数据、影像学数据、实验室检测数据	14例患者（10例女性，中位年龄33岁）
431	2025-05-04	Targeting MAPK14 by Lobeline Upregulates Slurp1-Mediated Inhibition of Alternative Activation of TAM and Retards Colorectal Cancer Growth 2025-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202407900 PMID:39840525	research paper	该研究探讨了洛贝林通过靶向MAPK14上调Slurp1介导的TAM替代激活抑制，从而延缓结直肠癌生长的机制	发现洛贝林通过Slurp1依赖性方式发挥抗肿瘤作用，并揭示其通过抑制MAPK14核转位增强SLURP1转录和分泌的分子机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探索结直肠癌免疫抑制微环境的调控机制及潜在治疗策略	结直肠癌小鼠模型、肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)、Slurp1蛋白	肿瘤免疫治疗	结直肠癌	scRNA-seq分析、靶向响应可及性分析	小鼠肿瘤模型	基因表达数据、蛋白质相互作用数据	未明确说明具体样本数量，使用小鼠肿瘤模型进行研究
432	2025-05-04	Syringin inhibits the crosstalk between macrophages and fibroblast-like synoviocytes to treat rheumatoid arthritis via PDE4 2025-Mar, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156401 PMID:39842374	研究论文	研究探讨了丁香苷（SRG）通过抑制巨噬细胞和成纤维样滑膜细胞（FLS）之间的相互作用，以及调节PDE4来治疗类风湿性关节炎（RA）的机制	首次整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析和体内外验证，揭示了SRG通过阻断巨噬细胞与RA-FLS的相互作用发挥抗RA作用，并确定了PDE4在其中的核心作用	SRG在体外对RA-FLS无直接影响，其作用依赖于巨噬细胞的调节	探究SRG抗RA的药理机制	胶原诱导性关节炎（CIA）大鼠模型、THP-1细胞、RA-FLS	药理学	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	CIA大鼠模型	基因表达数据、细胞培养数据	NA
433	2025-05-04	Monocyte-Derived cxcl12 Guides a Directional Migration of Blood Vessels in Zebrafish 2025-Mar, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.124.321588 PMID:39846165	研究论文	本研究揭示了斑马鱼胸鳍血管定向迁移的分子机制，发现单核细胞来源的Cxcl12a引导血管定向生长	首次发现gata1阳性单核细胞表达Cxcl12a，并证实其引导斑马鱼胸鳍血管与节间血管的长距离迁移和吻合	研究仅针对斑马鱼模型，尚未在高等脊椎动物中验证	探索血管定向生长的分子调控机制	斑马鱼胸鳍血管系统	发育生物学	NA	活体成像分析、全标本原位杂交、荧光原位杂交、单细胞测序	NA	影像数据、基因表达数据、单细胞测序数据	斑马鱼胚胎模型
434	2025-05-04	Key glycometabolism during oocyte maturation and early embryonic development 2025-Mar-01, Reproduction (Cambridge, England) DOI:10.1530/REP-24-0275 PMID:39846956	综述	该综述探讨了葡萄糖代谢在卵母细胞成熟和早期胚胎发育中的关键作用及其对辅助生殖技术的潜在影响	揭示了葡萄糖、脂肪酸、氨基酸和核苷酸之间复杂的相互作用及其在早期胚胎发育中的关键作用，提出了非侵入性代谢监测在胚胎选择和个性化辅助生殖技术中的革命性应用	NA	探讨代谢过程在卵母细胞成熟和早期胚胎发育中的作用，以推动生殖医学和胚胎学的发展	哺乳动物配子和早期胚胎	生殖医学	NA	单细胞测序、代谢组学、生物信息学	NA	代谢数据	NA
435	2025-05-04	Tiaogeng decoction improves mild cognitive impairment in menopausal APP/PS1 mice through the ERs/NF-κ b/AQP1 signaling pathway 2025-Mar, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156391 PMID:39848022	研究论文	探讨调羹汤通过ERs/NF-κb/AQP1信号通路改善更年期APP/PS1小鼠轻度认知障碍的潜在药理机制	首次揭示调羹汤可能通过调节ERs/NF-κb/AQP1信号通路预防和改善更年期轻度认知障碍	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	研究调羹汤在预防更年期轻度认知障碍中的药理机制	更年期APP/PS1小鼠	神经科学	轻度认知障碍	RNA-seq, 单细胞测序, Western blotting, RT-qPCR, 透射电子显微镜	APP/PS1小鼠模型	基因表达数据, 蛋白质数据	不同组别的小鼠海马组织
436	2025-05-04	CD271high cancer stem cells regulate macrophage polarization in head and neck squamous cell carcinoma 2025-Mar, Oral oncology IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.oraloncology.2025.107181 PMID:39854870	research paper	该研究探讨了CD271高表达的头颈鳞状细胞癌（HNSCC）干细胞如何调节肿瘤免疫微环境中的巨噬细胞极化	首次揭示了CD271作为HNSCC干细胞标志物的作用及其对巨噬细胞极化的调控机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床样本量有限	阐明CD271高表达HNSCC细胞的干细胞特性及其与肿瘤免疫微环境的相互作用	头颈鳞状细胞癌（HNSCC）组织和细胞	肿瘤免疫学	头颈鳞状细胞癌	scRNA-seq, 流式细胞术, qPCR	小鼠模型	基因表达数据, 流式细胞数据	未明确说明临床样本数量，使用C57BL/6小鼠模型
437	2025-05-04	Desflurane attenuates renal ischemia-reperfusion injury by modulating ITGB1/CD9 and reducing oxidative stress in tubular epithelial cells 2025-Mar, Redox biology IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.redox.2025.103490 PMID:39854938	研究论文	本研究探讨了地氟烷通过调节ITGB1/CD9信号通路和减轻氧化损伤在肾缺血再灌注损伤中的保护作用	首次揭示了地氟烷通过调控ITGB1/CD9轴减轻肾缺血再灌注损伤的分子机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索地氟烷对肾缺血再灌注损伤的保护作用及其机制	肾小管上皮细胞和小鼠模型	肾脏病学	肾脏疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、RT-qPCR、Western blot、TUNEL检测	小鼠肾缺血再灌注模型	基因表达数据、蛋白质表达数据、生化指标数据	未明确说明具体样本量，但包含体外细胞实验和体内小鼠模型
438	2025-05-04	Single-cell transcriptome reveals three types of adipocytes associated with intramuscular fat content in pigs 2025-Mar, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2025.110998 PMID:39855485	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示了与猪肌肉内脂肪含量相关的三种脂肪细胞类型	首次鉴定出三种未表征的脂肪细胞类型（Adipocyte 1、Adipocyte 2和Aregs），并揭示了它们的基因表达特征和转录因子调控机制	研究仅针对成年猪的肌肉组织，未涉及其他发育阶段或物种	探究肌肉内脂肪的细胞类型组成及其基因调控机制	猪肌肉组织中的脂肪细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组分析、ATAC-seq、RNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据、ATAC-seq数据	成年猪肌肉组织样本
439	2025-05-03	A multi-view graph convolutional network framework based on adaptive adjacency matrix and multi-strategy fusion mechanism for identifying spatial domains 2025-Mar-29, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf172 PMID:40233119	research paper	提出了一种基于自适应邻接矩阵和多策略融合机制的多视图图卷积网络框架STMGAMF，用于识别空间转录组学中的空间域	STMGAMF通过自适应邻接矩阵动态调整边权重以捕捉复杂空间结构，并通过多策略融合机制优化嵌入特征	未明确提及具体局限性	解决空间转录组学中空间域识别的挑战，如高噪声水平和数据稀疏性	空间转录组学数据	digital pathology	NA	spatial transcriptomics	multi-view graph convolutional network (GCN)	spatial transcriptomics data	多个空间转录组学数据集（未明确提及具体数量）
440	2025-05-03	Protocol for mitochondrial variant enrichment from single-cell RNA sequencing using MAESTER 2025-Mar-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103564 PMID:39817913	研究论文	提出一种从单细胞RNA测序数据中富集线粒体DNA变体的协议，以同时探究细胞状态和克隆信息	通过富集线粒体DNA变体，同时获取细胞状态和克隆结构信息，弥补了传统scRNA-seq的不足	需要特定的实验步骤和计算分析工具，可能对实验条件要求较高	开发一种能够同时分析细胞状态和克隆结构的单细胞RNA测序方法	人类原代组织中的细胞状态和克隆动态	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), mtDNA富集, 配对末端测序	NA	单细胞RNA测序数据	NA