本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 421 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals a key regulator ZmEREB14 affecting shoot apex development and yield formation in maize
2025-Mar, Plant biotechnology journal
IF:10.1Q1
DOI:10.1111/pbi.14537
PMID:39630144
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示ZmEREB14转录因子调控玉米茎尖分生组织发育和产量形成的机制 | 首次在单细胞分辨率下解析玉米茎尖分生组织的细胞异质性,并鉴定出ZmEREB14等关键转录因子调控发育过程 | 研究仅针对5日龄玉米茎尖组织,未涵盖其他发育阶段 | 探究玉米茎尖分生组织发育的分子机制 | 玉米茎尖分生组织细胞 | 植物发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 约12,700个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 422 | 2025-10-07 |
Hypoxia regulates small extracellular vesicle biogenesis and cargo sorting through HIF-1α/HRS signaling pathway in head and neck squamous cell carcinoma
2025-Mar, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2024.111546
PMID:39631619
|
研究论文 | 本研究揭示了头颈鳞状细胞癌中缺氧通过HIF-1α/HRS信号通路调控小细胞外囊泡生物发生和货物分选的机制 | 首次发现HIF-1α转录激活HRS调控sEV生物发生,建立了缺氧反应与sEV货物包装的直接联系 | 研究主要聚焦于头颈鳞状细胞癌细胞系,缺乏体内实验验证 | 探索缺氧肿瘤微环境对小细胞外囊泡生物发生和货物分选的调控机制 | 头颈鳞状细胞癌细胞 | 细胞生物学 | 头颈鳞状细胞癌 | 空间转录组学,免疫组织化学 | NA | 基因表达数据,蛋白质数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 423 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA-seq reveals diverse molecular signatures associated with Methotrexate resistance in primary central nervous system lymphoma cells
2025-Mar, Journal of neuro-oncology
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s11060-024-04893-y
PMID:39636551
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示原发性中枢神经系统淋巴瘤细胞中与甲氨蝶呤耐药相关的分子特征 | 首次在单细胞水平分析PCNSL细胞对甲氨蝶呤的耐药机制,并鉴定出HLA-DRβ1、HLA-DQβ1和SNRPG等关键枢纽基因 | 研究基于培养细胞系,未涉及临床患者样本验证 | 探索PCNSL细胞对甲氨蝶呤耐药的分子机制,为复发患者寻找挽救性化疗方案 | 亲代和甲氨蝶呤耐药的原发性中枢神经系统淋巴瘤细胞 | 单细胞测序分析 | 原发性中枢神经系统淋巴瘤 | 单细胞RNA测序,加权基因共表达网络分析 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 两个数据集(HKBML和TK)的PCNSL细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 424 | 2025-10-07 |
Cancer-associated fibroblast-derived MMP11 promotes tumor progression in pancreatic cancer
2025-Mar, Cancer science
IF:4.5Q1
DOI:10.1111/cas.16418
PMID:39639765
|
研究论文 | 本研究揭示了胰腺导管腺癌中癌症相关成纤维细胞来源的MMP11通过PI3K/AKT通路促进肿瘤进展的新机制 | 首次在单细胞水平明确MMP11在胰腺癌中的表达模式,发现癌细胞通过TGF-β1/pSmad2/3通路激活CAFs产生MMP11,并证明MMP11通过诱导上皮间质转化而非细胞外基质重塑促进肿瘤进展 | 研究主要聚焦于MMP11的促癌功能,对其他可能的调控机制和临床转化价值探讨有限 | 探究MMP11在胰腺导管腺癌中的表达模式、细胞来源及其促进肿瘤进展的分子机制 | 胰腺导管腺癌组织、癌症相关成纤维细胞、AsPC-1和BxPC-3胰腺癌细胞系、裸鼠模型 | 肿瘤生物学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序、共免疫荧光染色、基因敲低、体外功能实验、动物模型 | NA | 基因表达数据、免疫荧光图像、功能实验数据 | 胰腺癌组织样本、两种胰腺癌细胞系、裸鼠移植瘤模型 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 425 | 2025-10-07 |
DRIM modulates Src activation and regulates angiogenic functions in vascular endothelial cells
2025-Mar, Cell biology international
IF:3.3Q3
DOI:10.1002/cbin.12265
PMID:39648301
|
研究论文 | 本研究揭示了DRIM蛋白在血管内皮细胞中的双重定位及其通过调控Src激酶影响血管生成功能的新机制 | 首次发现DRIM在血管内皮细胞中同时存在于细胞核和细胞骨架,并证实其通过调控Src激酶活性影响血管生成功能 | 研究仅限于体外细胞实验,缺乏体内动物模型验证 | 探究DRIM蛋白在血管内皮细胞中的定位、功能及其分子机制 | 人血管内皮细胞 | 细胞生物学 | 血管疾病 | 蛋白质分馏法、细胞成像、蛋白质组学分析、蛋白质相互作用检测 | 基因敲低模型 | 蛋白质定位图像、蛋白质组学数据、磷酸化检测数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 426 | 2025-10-07 |
Fuzzy-Based Identification of Transition Cells to Infer Cell Trajectory for Single-Cell Transcriptomics
2025-Mar, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology
IF:1.4Q2
DOI:10.1089/cmb.2023.0432
PMID:39670822
|
研究论文 | 提出一种基于模糊聚类的单细胞轨迹推断方法scFCTI,用于识别过渡细胞并重建细胞发育轨迹 | 引入模糊聚类和细胞不确定性量化,能够识别不稳定细胞状态中的过渡细胞 | NA | 开发更精确的单细胞轨迹推断方法 | 单细胞转录组数据中的细胞发育轨迹 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 模糊聚类 | 单细胞转录组数据 | 五个真实数据集和四个不同结构模拟数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 427 | 2025-10-07 |
Spatially Resolved Single-Cell Transcriptome Analysis of Mycosis Fungoides Reveals Distinct Biomarkers GNLY and FYB1 Compared With Psoriasis and Chronic Spongiotic Dermatitis
2025-Mar, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.modpat.2024.100681
PMID:39675427
|
研究论文 | 通过空间分辨单细胞转录组分析鉴定蕈样肉芽肿与银屑病和慢性海绵水肿性皮炎的区别性生物标志物GNLY和FYB1 | 首次使用空间分辨单细胞转录组技术分析表皮内T细胞,发现GNLY和FYB1作为区分蕈样肉芽肿与炎症性皮肤病的特异性生物标志物 | 样本量相对有限,需要更大规模研究验证生物标志物的临床适用性 | 探索区分蕈样肉芽肿与炎症性皮肤病的诊断标志物 | 蕈样肉芽肿斑块、银屑病和慢性海绵水肿性皮炎患者的表皮内T细胞 | 数字病理学 | 皮肤T细胞淋巴瘤 | 单细胞转录组测序,免疫组织化学 | NA | 单细胞转录组数据,空间分子成像数据 | 150例患者(56例蕈样肉芽肿,48例银屑病,46例慢性湿疹) | CosMx | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | CosMx空间分子成像仪 | 使用CD3和CD4等表面标记物的CosMx空间分子成像技术 |
| 428 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA sequencing of chronic idiopathic erythroderma defines disease-specific markers
2025-Mar, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2024.11.037
PMID:39694280
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析慢性特发性红皮病的分子特征,揭示其特异性生物标志物 | 首次在慢性特发性红皮病中发现CD8A+KLRK1+ T细胞克隆的持续低水平扩增特征,并鉴定出CCR10+FUT7+皮肤归巢T细胞的特异性表达模式 | 样本量较小(5例CIE患者),需要更大规模研究验证发现 | 建立慢性特发性红皮病的分子疾病图谱 | 慢性特发性红皮病患者的血液和皮肤组织 | 单细胞基因组学 | 皮肤疾病 | 单细胞RNA测序,T细胞受体测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 5例慢性特发性红皮病,8例红皮病性皮肤T细胞淋巴瘤,15例中重度特应性皮炎,10例银屑病,20例健康对照 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 429 | 2025-10-07 |
Radiotherapy-resistant prostate cancer cells escape immune checkpoint blockade through the senescence-related ataxia telangiectasia and Rad3-related protein
2025-Mar, Cancer communications (London, England)
DOI:10.1002/cac2.12636
PMID:39698847
|
研究论文 | 本研究揭示了放疗抵抗性前列腺癌细胞通过衰老相关的ATR蛋白逃逸免疫检查点阻断的分子机制 | 首次发现胞质ATR通过磷酸化CD86并增强其与E3连接酶MARCH1的相互作用,从而降低抗原呈递能力,介导免疫检查点阻断抵抗 | 研究主要基于细胞系和小鼠模型,临床样本验证有限 | 探究前列腺癌放疗后对免疫检查点阻断产生抵抗的分子机制 | 前列腺癌细胞(LNCaP)、临床患者样本、小鼠移植瘤模型 | 癌症免疫学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序, 免疫组织化学, 免疫共沉淀, 点突变, Western blotting | 小鼠异种移植模型 | 单细胞转录组数据, 蛋白质表达数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 430 | 2025-10-07 |
Stromal Stiffness-Regulated IGF2BP2 in Pancreatic Cancer Drives Immune Evasion via Sphingomyelin Metabolism
2025-Mar-28, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2025.03.019
PMID:40158738
|
研究论文 | 本研究揭示了胰腺癌中基质硬度通过稳定IGF2BP2调控鞘磷脂代谢促进免疫逃逸的机制 | 首次发现基质硬度通过稳定m6A阅读蛋白IGF2BP2调控鞘磷脂代谢,促进PD-L1在膜脂筏定位的免疫逃逸新机制 | 研究主要基于胰腺导管腺癌模型,在其他癌症类型中的普适性需要进一步验证 | 阐明m6A修饰与胰腺癌免疫逃逸的关联机制并探索临床干预策略 | 胰腺导管腺癌(PDAC)患者样本、PDAC类器官、患者来源组织片段和人源化小鼠模型 | 癌症生物学 | 胰腺癌 | 转录组分析、成像质谱流式、m6A定量、MeRIP、RIP、RNA pull-down、scRNA-seq、流式细胞术、多重免疫组化 | NA | 转录组数据、蛋白质组数据、影像数据、单细胞测序数据 | 122例多模态PDAC队列患者,并在6个独立PDAC队列中验证 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 成像质谱流式 | NA | NA |
| 431 | 2025-10-07 |
New insights on extramedullary granulopoiesis and neutrophil heterogeneity in the spleen and its importance in disease
2025-Mar-14, Journal of leukocyte biology
IF:3.6Q2
DOI:10.1093/jleuko/qiae220
PMID:39514106
|
综述 | 本文综述了脾脏髓外粒细胞生成和中性粒细胞异质性的新见解及其在疾病中的重要性 | 揭示了脾脏作为粒细胞生成器官的功能,发现脾脏中性粒细胞具有与血液中性粒细胞不同的异质性特征 | NA | 探讨脾脏微环境如何调节粒细胞生成及其在感染、炎症和肿瘤中的作用 | 脾脏中性粒细胞及其在脾脏微环境中的发育和功能 | NA | 感染、炎症、肿瘤 | 单细胞RNA测序、现代转录组学、新型成像技术 | NA | 转录组数据、成像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 432 | 2025-10-07 |
Phylogenomic workflow for uncultivable microbial eukaryotes using single-cell RNA sequencing - A case study with planktonic ciliates (Ciliophora, Oligotrichea)
2025-Mar, Molecular phylogenetics and evolution
IF:3.6Q2
DOI:10.1016/j.ympev.2024.108239
PMID:39551225
|
研究论文 | 开发了一种基于单细胞RNA测序的系统发育基因组学工作流程,用于研究不可培养的微生物真核生物 | 针对不可培养微生物真核生物开发了从细胞分离到物种树推断的完整系统发育基因组学工作流程 | 需要生物信息学专业知识和计算能力,且存在非目标序列干扰的挑战 | 建立适用于不可培养微生物真核生物的系统发育基因组学分析方法 | 海洋浮游纤毛虫(寡毛纲) | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序,系统发育基因组学分析 | Asteroid(基于溯祖理论的物种树推断方法) | 转录组数据 | 39个转录组(11个公开数据,28个新生成) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 433 | 2025-10-07 |
Melatonin treatment increases skin microbiota-derived propionic acid to alleviate atopic dermatitis
2025-Mar, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2024.11.019
PMID:39579877
|
研究论文 | 本研究揭示了褪黑素通过调节皮肤微生物群产生丙酸来缓解特应性皮炎的新机制 | 首次发现褪黑素通过皮肤微生物群/丙酸/GPR43/FABP5轴缓解特应性皮炎 | 研究主要基于小鼠模型和细胞实验,尚未在人体临床试验中验证 | 探究褪黑素通过调节皮肤微生物群缓解特应性皮炎的机制 | 特应性皮炎小鼠模型和HaCaT细胞 | 微生物组学 | 特应性皮炎 | 16S rRNA测序,单细胞测序,转录组分析,定量RT-PCR,Western blotting | 动物模型,细胞模型 | 基因组数据,转录组数据,蛋白质数据 | AD小鼠模型和HaCaT细胞系 | NA | 16S rRNA测序,单细胞测序,转录组测序 | NA | NA |
| 434 | 2025-10-07 |
Aged hippocampal single-cell atlas screening unveils disrupted neuroglial system in postoperative cognitive impairment
2025-Mar, Aging cell
IF:8.0Q1
DOI:10.1111/acel.14406
PMID:39540334
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了老年小鼠海马神经胶质系统在术后认知障碍中的分子机制及右美托咪定的治疗潜力 | 首次构建老年海马单细胞图谱,发现术后神经胶质系统代谢紊乱和细胞间通讯异常的新机制 | 研究仅基于小鼠模型,尚未在人类样本中验证 | 探究术后认知障碍中神经胶质相互作用的分子机制和治疗靶点 | 老年小鼠海马组织中的神经元和胶质细胞(小胶质细胞、星形胶质细胞、少突胶质细胞) | 神经科学 | 术后认知障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 老年小鼠海马组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 435 | 2025-10-07 |
Distinct deregulation trends of transcriptional protein complexes in aging naive T cells
2025-Mar-14, Journal of leukocyte biology
IF:3.6Q2
DOI:10.1093/jleuko/qiae231
PMID:39437255
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序数据和蛋白质相互作用网络,揭示了衰老对幼稚T细胞中转录蛋白复合物的不同调控趋势 | 首次将单细胞RNA测序数据与蛋白质-蛋白质和结构域-结构域相互作用网络整合,预测并比较不同年龄组幼稚T细胞中的转录蛋白复合物 | 研究仅关注幼稚CD4+和CD8+T细胞,未涉及其他T细胞亚型或免疫细胞 | 探究衰老过程中幼稚T细胞转录蛋白复合物的动态变化机制 | 来自3个不同年龄组的人类幼稚CD4+和CD8+T细胞 | 生物信息学 | 衰老相关免疫功能障碍 | 单细胞RNA测序 | 蛋白质相互作用网络分析 | 单细胞转录组数据 | 3个不同年龄组的幼稚CD4+和CD8+T细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 436 | 2025-10-07 |
Screening and validating genes associated with cuproptosis in systemic lupus erythematosus by expression profiling combined with machine learning
2025-Mar-07, Biomolecules & biomedicine
DOI:10.17305/bb.2024.10996
PMID:39388708
|
研究论文 | 通过机器学习结合单细胞RNA测序筛选和验证与系统性红斑狼疮铜死亡相关的基因 | 首次将铜死亡机制与系统性红斑狼疮关联,并采用机器学习方法筛选诊断基因标志物 | 研究依赖于公共数据库数据,样本来源有限,需要进一步实验验证 | 识别系统性红斑狼疮中与铜死亡相关的关键基因 | 系统性红斑狼疮患者外周血样本 | 机器学习 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序, qPCR, 微阵列基因表达分析 | LASSO, 支持向量机递归特征消除 | 基因表达数据 | 两个公共数据集(GSE65391和GSE61635)的外周血样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 微阵列 | NA | NA |
| 437 | 2025-10-07 |
scCrab: A Reference-Guided Cancer Cell Identification Method based on Bayesian Neural Networks
2025-Mar, Interdisciplinary sciences, computational life sciences
DOI:10.1007/s12539-024-00655-6
PMID:39348073
|
研究论文 | 提出一种基于贝叶斯神经网络和参考数据引导的自动癌细胞识别方法scCrab | 首次将贝叶斯神经网络与多头自注意力机制结合,能够整合外部参考数据作为先验信息进行癌细胞识别 | NA | 开发高效的癌细胞识别计算方法 | 癌细胞 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 贝叶斯神经网络, 线性回归模型, 多头自注意力机制 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 438 | 2025-10-07 |
Sandwich Therapy with Radionuclide Combined with Intralesional Injections Based on Differences in the Spatial Structure Components of Keloids
2025-Mar, Aesthetic plastic surgery
IF:2.0Q2
DOI:10.1007/s00266-024-04442-y
PMID:39402198
|
研究论文 | 基于瘢痕疙瘩空间结构成分差异设计放射性核素联合病灶内注射的'三明治'疗法 | 首次通过单细胞测序分析发现瘢痕疙瘩血管壁中两个高表达基因及其富集通路在血管生成和胶原合成中的关键作用,并基于空间结构差异设计改良疗法 | 样本量较小(40例患者41个部位),缺乏长期随访数据 | 开发基于瘢痕疙瘩空间结构成分差异的改良治疗方法 | 瘢痕疙瘩患者 | 数字病理学 | 皮肤瘢痕疾病 | 单细胞测序, 超声检查, 组织病理学染色 | NA | 基因表达数据, 影像数据, 病理图像 | 40例患者41个瘢痕部位 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 439 | 2025-10-07 |
SCG2 Mediates HNSCC Progression With CCL2/TGFβ1high M2 Macrophage Infiltration
2025-Mar, Oral diseases
IF:2.9Q1
DOI:10.1111/odi.15154
PMID:39404611
|
研究论文 | 本研究揭示了SCG2在头颈部鳞状细胞癌中通过调控CCL2/TGFβ1促进M2巨噬细胞极化的机制 | 首次发现SCG2是HNSCC中M2巨噬细胞极化的关键调控因子,并鉴定出与M2巨噬细胞浸润相关的五基因预后标志物 | NA | 阐明头颈部鳞状细胞癌中M2巨噬细胞极化的机制并识别潜在治疗靶点 | 头颈部鳞状细胞癌患者样本和细胞系 | 生物信息学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 生物信息学分析、单细胞转录组测序、基因敲低、细胞共培养 | NA | 转录组数据、单细胞转录组数据 | TCGA和GEO数据库中的HNSCC批量转录组数据 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 440 | 2025-10-07 |
Unraveling aging from transcriptomics
2025-Mar, Trends in genetics : TIG
IF:13.6Q1
DOI:10.1016/j.tig.2024.09.006
PMID:39424502
|
综述 | 本文综述了利用转录组学技术研究衰老机制的最新进展 | 系统整合了不同类型转录本(mRNA、lncRNA、tRNA、miRNA)在衰老研究中的最新发现 | NA | 阐明衰老的生物学机制和年龄相关疾病,促进健康长寿 | 衰老相关的转录组变化 | 生物信息学 | 老年疾病 | RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | NA |