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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 401 | 2025-10-07 |
Heterogeneity-Preserving Discriminative Feature Selection for Disease-Specific Subtype Discovery
2025-Mar-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.05.14.540686
PMID:38187596
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研究论文 | 提出了一种名为PHet的统计方法,用于在疾病亚型发现中保持异质性的判别性特征选择 | 利用深度度量学习探索保持异质性所需特征的统计特性,开发了基于四分位距差异分析和Fisher方法的迭代子采样算法 | 方法在更广泛数据集上的性能仍需进一步验证 | 开发能够保持样本异质性并增强亚型聚类质量的特征选择方法 | 疾病特异性亚型发现 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA-seq,微阵列 | 深度度量学习 | 分子数据,单细胞RNA-seq数据,微阵列数据,成像数据 | 公共单细胞RNA-seq和微阵列数据集,包括小鼠气管上皮细胞数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 402 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA sequencing and cell-cell communication analysis reveal tumor microenvironment associated with chemotherapy responsiveness in ovarian cancer
2025-Mar, Clinical & translational oncology : official publication of the Federation of Spanish Oncology Societies and of the National Cancer Institute of Mexico
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12094-024-03655-6
PMID:39122983
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和细胞间通讯分析揭示卵巢癌肿瘤微环境与化疗反应性的关联 | 首次整合含化疗反应信息的卵巢癌单细胞RNA-seq数据集,系统分析不同TME组分通过细胞间通讯直接影响肿瘤细胞化疗反应的机制 | 基于现有数据集的分析,缺乏实验验证;样本量有限 | 研究肿瘤微环境对卵巢癌化疗反应性的影响机制 | 卵巢癌患者肿瘤组织中的各类细胞 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 403 | 2025-10-07 |
Cancer-Associated Fibroblasts in Intrahepatic Cholangiocarcinoma: Insights into Origins, Heterogeneity, Lymphangiogenesis, and Peritoneal Metastasis
2025-Mar, The American journal of pathology
DOI:10.1016/j.ajpath.2024.07.009
PMID:39117110
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综述 | 本文系统评述了肝内胆管癌中癌症相关成纤维细胞的起源、异质性及其在淋巴管生成和腹膜转移中的作用 | 整合了最新的细胞谱系追踪研究、单细胞RNA测序和生物标志物分析,揭示了CAFs的起源和生物学复杂性 | NA | 探讨肝内胆管癌中癌症相关成纤维细胞的特征和功能 | 肝内胆管癌中的癌症相关成纤维细胞 | 数字病理学 | 胆管癌 | 单细胞RNA测序, 细胞谱系追踪, 生物标志物分析 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 404 | 2025-10-07 |
Characteristics of the Dynamic Evolutionary Pathway of ADSCs Induced Differentiation into Astrocytes Based on scRNA-Seq Analysis
2025-Mar, Molecular neurobiology
IF:4.6Q1
DOI:10.1007/s12035-024-04414-y
PMID:39190264
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研究论文 | 基于单细胞转录组测序揭示脂肪来源基质细胞向星形胶质细胞分化的动态演化路径特征 | 首次发现ADSCs可通过直接和间接两条不同路径分化为成熟星形胶质细胞,并识别了STAT1、MYEF2和SOX6等关键转录因子的调控作用 | 研究仅基于单细胞转录组数据,缺乏功能验证实验 | 探索ADSCs向星形胶质细胞分化的动态基因表达变化和细胞分化轨迹 | 脂肪来源基质细胞及其诱导分化的星形胶质细胞 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | Monocle2, SCENIC | 单细胞转录组数据 | 5个样本(ADSCs组和2、7、14、21天诱导组),13个细胞簇 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞测序平台 |
| 405 | 2025-10-07 |
Helicobacter pylori induces GBA1 demethylation to inhibit ferroptosis in gastric cancer
2025-Mar, Molecular and cellular biochemistry
IF:3.5Q3
DOI:10.1007/s11010-024-05105-x
PMID:39283563
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研究论文 | 本研究揭示了幽门螺杆菌通过诱导GBA1基因去甲基化抑制胃癌细胞铁死亡的新机制 | 首次发现幽门螺杆菌通过GBA1基因去甲基化抑制铁死亡的机制,为胃癌治疗提供新靶点 | 研究主要基于细胞模型和动物实验,需要进一步临床验证 | 探索幽门螺杆菌感染与胃癌中铁死亡相关基因的调控机制 | 胃癌细胞系和皮下荷瘤小鼠模型 | 癌症生物学 | 胃癌 | 下一代测序、qRT-PCR、Western blot、质谱分析、单细胞测序 | 细胞模型、动物模型 | 基因组数据、蛋白质数据、代谢组数据 | TCGA-STAD数据库和单细胞数据集,具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq、全基因组甲基化测序 | NA | NA |
| 406 | 2025-10-07 |
Single-Cell Sequencing Reveals the Heterogeneity of Hepatic Natural Killer Cells and Identifies the Cytotoxic Natural Killer Subset in Schistosomiasis Mice
2025-Mar-30, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26073211
PMID:40244063
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序揭示血吸虫病小鼠肝内自然杀伤细胞的异质性,并鉴定出具有细胞毒性的Thy1NK亚群 | 首次在血吸虫病模型中系统描绘肝NK细胞的异质性,并发现Thy1NK亚群在抗肝纤维化中的关键作用 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类样本中验证 | 探究血吸虫病肝纤维化过程中肝NK细胞的异质性及其功能 | 血吸虫病感染小鼠的肝自然杀伤细胞 | 单细胞生物学 | 血吸虫病 | 单细胞测序, RT-qPCR, 细胞功能检测 | NA | 单细胞基因表达数据 | 未感染小鼠及感染4周和6周小鼠的肝NK细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 407 | 2025-10-07 |
Identification of a Cancer Stem Cell-Related Gene Signature in Hepatocellular Carcinoma Based on Single-Cell RNA-Seq and Bulk RNA-Seq Analysis
2025-Mar-24, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26072933
PMID:40243557
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据,开发了一个基于癌症干细胞相关基因的肝细胞癌预后风险模型 | 结合单细胞和批量RNA测序数据开发了包含9个癌症干细胞生物标志物的预后风险模型,揭示了与免疫逃避相关的肝癌进展机制 | 需要进一步的实验验证来确认这些癌症干细胞在疾病进展中的具体作用 | 探索癌症干细胞生物标志物在肝细胞癌中的预后意义 | 肝细胞癌患者 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | 预后风险模型 | 基因表达数据, 临床数据 | TCGA和ICGC临床数据集,GEO的GSE156625单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 408 | 2025-10-07 |
IL-24 promotes atopic dermatitis-like inflammation through driving MRSA-induced allergic responses
2025-Mar-08, Protein & cell
IF:13.6Q1
DOI:10.1093/procel/pwae030
PMID:38752989
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现IL-24在MRSA诱导的特应性皮炎样炎症中起关键作用 | 首次揭示MRSA通过诱导角质形成细胞产生IL-24驱动特应性皮炎发展的分子机制 | 动物模型研究结果需在人类患者中进一步验证 | 探究MRSA在特应性皮炎发病机制中的作用 | 角质形成细胞、动物模型 | 单细胞组学 | 特应性皮炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 409 | 2025-10-07 |
Discrete placental gene expression signatures accompany diabetic disease classifications during pregnancy
2025-Mar, American journal of obstetrics and gynecology
IF:8.7Q1
DOI:10.1016/j.ajog.2024.05.014
PMID:38763341
|
研究论文 | 本研究通过整合多种转录组技术揭示了不同类型糖尿病妊娠中胎盘的独特基因表达特征 | 首次结合bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq和空间转录组学技术,系统比较了GDMA1、GDMA2和T2DM妊娠胎盘的基因表达差异 | 样本量相对有限,需要更大规模的研究验证发现 | 探究不同类型糖尿病妊娠中胎盘基因表达特征的差异及其与疾病分类的关系 | 妊娠期糖尿病亚型A1、亚型A2和2型糖尿病患者的胎盘组织 | 生物信息学 | 妊娠期糖尿病 | RNA-seq, scRNA-seq, 空间转录组学, RT-qPCR | 机器学习模型 | 基因表达数据 | bulk RNA-seq队列54例,验证队列122例 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 410 | 2025-10-07 |
Deciphering programmed cell death mechanisms in osteosarcoma for prognostic modeling
2025-Mar, Environmental toxicology
IF:4.4Q1
DOI:10.1002/tox.24269
PMID:38622876
|
研究论文 | 本研究通过生物信息学方法探索程序性细胞死亡基因在骨肉瘤中的作用并建立预后模型 | 首次结合单细胞测序和批量测序数据系统分析骨肉瘤中程序性细胞死亡机制,并开发基于五个关键基因的预后模型 | 研究主要基于公共数据库的回顾性数据,需要进一步实验验证 | 解析程序性细胞死亡在骨肉瘤中的机制并建立预后预测模型 | 骨肉瘤患者样本 | 生物信息学 | 骨肉瘤 | 单细胞测序, 批量测序, 生物信息学分析 | LASSO算法, Kaplan-Meier生存分析 | 基因表达数据 | 来自GEO和TARGET数据库的骨肉瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 411 | 2025-10-07 |
Bidirectional epigenetic editing reveals hierarchies in gene regulation
2025-Mar, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-024-02213-3
PMID:38760566
|
研究论文 | 开发了双向表观遗传编辑系统CRISPRai,用于同时研究两个基因位点的激活和抑制效应 | 首次实现同一细胞内两个位点的同时激活和抑制扰动,结合单细胞RNA测序技术 | 未明确说明技术应用的细胞类型限制和实验规模限制 | 研究基因调控层次结构和非编码元件的功能 | 造血谱系转录因子SPI1和GATA1,IL2基因在Jurkat T细胞、原代T细胞和CAR-T细胞中的调控 | 基因编辑与功能基因组学 | NA | CRISPRa/CRISPRi双向表观遗传编辑,单细胞RNA测序 | CRISPRai系统 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | CRISPRai Perturb-seq(结合双扰动gRNA检测与单细胞RNA测序) |
| 412 | 2025-10-07 |
Integrative analysis of the bladder cancer from a cell cycle NCAM1 perspective at both single cell and bulk resolution
2025-Mar, Environmental toxicology
IF:4.4Q1
DOI:10.1002/tox.24260
PMID:38581187
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞和批量测序数据,从细胞周期角度分析膀胱癌,识别关键基因并验证NCAM1的抑癌作用 | 首次从细胞周期NCAM1视角整合单细胞和批量测序分析膀胱癌,发现NCAM1作为新型细胞增殖抑制因子 | 临床预后评估有限,需要进一步临床验证 | 探索膀胱癌中细胞周期相关基因作为预后生物标志物和治疗靶点的潜力 | 膀胱癌患者转录组数据、单细胞测序数据和膀胱癌细胞系 | 生物信息学 | 膀胱癌 | scRNA-seq, 转录组分析, RT-qPCR, CCK-8细胞活力检测, 分子对接 | 列线图预测模型 | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | TCGA-BLCA队列和GSE190888队列数据 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 413 | 2025-10-07 |
Kurarinone regulates Th17/Treg balance and ameliorates autoimmune uveitis via Rac1 inhibition
2025-Mar, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2024.03.013
PMID:38522752
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研究论文 | 本研究探讨苦参酮通过抑制Rac1调节Th17/Treg平衡改善自身免疫性葡萄膜炎的作用机制 | 首次利用单细胞RNA测序构建苦参酮治疗实验性自身免疫性葡萄膜炎的高分辨率免疫调控图谱,揭示其通过Rac1和Id2/Pim1轴调节Th17/Treg平衡的新机制 | 研究主要基于动物模型,人体验证仅使用外周血单个核细胞,缺乏更广泛的人体临床试验数据 | 研究苦参酮对自身免疫性葡萄膜炎的治疗效果及其免疫调节机制 | 实验性自身免疫性葡萄膜炎小鼠模型和葡萄膜炎患者的外周血单个核细胞 | 免疫学 | 自身免疫性葡萄膜炎 | 单细胞RNA测序, siRNA干扰, 选择性抑制剂 | 动物疾病模型 | 单细胞转录组数据, 基因表达数据 | EAU小鼠模型和葡萄膜炎患者PBMCs | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 414 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptomic sequencing identifies subcutaneous patient-derived xenograft recapitulated medulloblastoma
2025-Mar, Animal models and experimental medicine
IF:3.8Q2
DOI:10.1002/ame2.12399
PMID:38477441
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序比较了三种髓母细胞瘤模型的再现能力 | 首次在单细胞水平系统比较髓母细胞瘤实验模型的差异 | 样本量有限(仅6例患者),仅分析了SHH和G3亚型 | 比较不同髓母细胞瘤模型在单细胞水平对原始肿瘤的再现能力 | 髓母细胞瘤患者样本、皮下和颅内人源肿瘤异种移植模型、基因工程小鼠模型 | 数字病理学 | 髓母细胞瘤 | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq反卷积分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 6例患者样本,各建立2个sPDX和iPDX模型,3个GEMM模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 415 | 2025-10-07 |
SCANER: robust and sensitive identification of malignant cells from the scRNA-seq profiled tumor ecosystem
2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf175
PMID:40253692
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研究论文 | 开发了一种基于种子聚类的无标记方法SCANER,用于从单细胞RNA测序数据中准确识别恶性肿瘤细胞 | 提出无需先验标记知识的计算方法,基于基因组不稳定性导致的基因表达变异来识别恶性细胞 | NA | 开发能够准确识别肿瘤生态系统中恶性细胞的计算方法 | 多种癌症类型的单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 多种实体癌 | 单细胞RNA测序,全外显子组测序 | 种子聚类算法 | 单细胞RNA测序数据 | 多种癌症类型样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 416 | 2025-10-07 |
ANKRD11 as a potential biomarker for brain metastasis from lung adenocarcinoma via cerebrospinal fluid liquid biopsy
2025-Mar-31, Translational lung cancer research
IF:4.0Q1
DOI:10.21037/tlcr-24-800
PMID:40248734
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研究论文 | 本研究通过脑脊液液体活检识别ANKRD11作为肺腺癌脑转移的潜在生物标志物 | 首次通过脑脊液ctDNA测序结合单细胞RNA测序分析发现ANKRD11在肺腺癌脑转移中的表达逐渐降低及其抑癌功能 | 样本量较小(仅7例患者),需要更大规模研究验证 | 探索肺腺癌脑转移的新型生物标志物 | 肺腺癌脑转移患者、细胞系、裸鼠模型 | 数字病理学 | 肺癌 | ctDNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | 7例BM-LUAD患者脑脊液样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 液体活检 | NA | NA |
| 417 | 2025-10-07 |
Single cell RNA-seq and bulk RNA-seq analysis identifies MUC1 as a key gene for lung adenocarcinoma to neuroendocrine transformation
2025-Mar-31, Translational lung cancer research
IF:4.0Q1
DOI:10.21037/tlcr-24-806
PMID:40248742
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序分析,揭示了MUC1基因在肺腺癌向神经内分泌癌转化过程中的关键作用 | 首次结合孟德尔随机化分析和单细胞RNA测序技术系统研究肺腺癌向神经内分泌癌转化的分子机制,并识别MUC1作为关键调控基因 | 样本量相对有限(6个组织活检样本),需要在更大规模队列中验证研究结果 | 探索肺腺癌向神经内分泌癌转化过程中的遗传和免疫特征 | 肺腺癌和神经内分泌癌组织样本 | 生物信息学 | 肺癌 | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq, 孟德尔随机化分析, WGCNA, CIBERSORT | NA | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | 16,765个细胞,来自6个组织活检样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 418 | 2025-10-07 |
A factor-based analysis of individual human microglia uncovers regulators of an Alzheimer-related transcriptional signature
2025-Mar-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.27.641500
PMID:40196633
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研究论文 | 通过单细胞分析人类小胶质细胞异质性,发现阿尔茨海默病相关转录特征的新型调控因子 | 开发了基于单细胞层次泊松因子分解的分析框架,识别了23个连续基因表达特征因子,并发现了AD相关DAM2特征的四个新调控因子 | 研究主要基于死后组织样本和神经外科手术样本,可能受到取样时间和技术限制的影响 | 解析人类小胶质细胞异质性及其在神经退行性疾病中的作用机制 | 441,088个活体小胶质细胞,来自161名捐赠者的不同脑区样本 | 单细胞转录组学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,MERFISH | 单细胞层次泊松因子分解(scHPF) | 单细胞基因表达数据,空间转录组数据 | 441,088个小胶质细胞,来自161名捐赠者 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 419 | 2025-10-07 |
Male-Dominant Spinal Microglia Contribute to Neuropathic Pain by Producing CC-Chemokine Ligand 4 Following Peripheral Nerve Injury
2025-03-23, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells14070484
PMID:40214438
|
研究论文 | 本研究揭示了雄性小鼠脊髓小胶质细胞通过产生CCL4促进神经病理性疼痛的性别特异性机制 | 首次发现雄性小鼠脊髓小胶质细胞中CCL4表达显著增加,并证实其通过CCL4-CCR5信号通路特异性加剧雄性小鼠的神经病理性疼痛 | 研究主要基于小鼠模型,人类相关性尚需验证;机制研究尚未完全阐明CCL4作用的下游通路 | 探究外周神经损伤后脊髓小胶质细胞在神经病理性疼痛中的性别特异性作用机制 | 雄性小鼠脊髓小胶质细胞 | 神经科学 | 神经病理性疼痛 | 单细胞RNA测序,行为学测试,药理学干预 | NA | 基因表达数据,行为学数据 | 小鼠模型(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 420 | 2025-10-07 |
HISSTA: a human in situ single-cell transcriptome atlas
2025-Mar-29, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf142
PMID:40163697
|
研究论文 | 介绍HISSTA数据库,该数据库用于存储和分析人类组织原位单细胞分辨率转录组数据 | 首个专门用于管理原位单细胞分辨率转录组数据的综合性数据库,整合了多种空间转录组技术数据 | NA | 构建一个用户友好的空间转录组数据存储和分析平台 | 人类多种组织的空间转录组数据 | 数字病理学 | 癌症 | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | 112个样本,2800万个细胞,涵盖16种组织类型,来自63项研究 | 10x Genomics, NanoString, Vizgen | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | Xenium, CosMx SMI, MERFISH | MERFISH, CosMx SMI, Xenium空间转录组技术 |