单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
381	2025-05-11	Sox9 and nuclear factor I transcription factors regulate the timing of neurogenesis and ependymal maturation in dopamine progenitors 2025-Mar-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.204421 PMID:39995267	research paper	研究Sox9和核因子I转录因子如何调节多巴胺祖细胞中神经发生和室管膜细胞成熟的时间	揭示了Sox9和核因子I转录因子在多巴胺祖细胞G0期进入和室管膜细胞成熟中的关键作用	未探讨这些转录因子在其他类型祖细胞中的作用	阐明多巴胺祖细胞中神经发生和细胞成熟的时间调控机制	中脑多巴胺神经元祖细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序、组织学分析	NA	基因表达数据、组织图像	不同胚胎阶段的中脑多巴胺祖细胞
382	2025-05-11	Heterogeneities of Site-Specific N-Glycosylation in the Hippocampus of Depression-like Behavior Models in Mice Induced by Acute Stress and Chronic Stress 2025-Mar-07, Journal of proteome research IF:3.8Q1 DOI:10.1021/acs.jproteome.4c00655 PMID:39992808	research paper	通过整合N-糖蛋白组学和蛋白质组学分析，研究急性和慢性压力诱导的小鼠抑郁样行为模型中海马区糖蛋白和位点特异性糖基化的异质性	首次在急性和慢性压力诱导的抑郁样行为模型中，系统分析了海马区糖蛋白和位点特异性糖基化的异质性，并鉴定了相关的糖基化基因	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探索压力相关抑郁的糖基化机制	小鼠海马区	糖生物学	抑郁症	N-糖蛋白组学、蛋白质组学、ScRNA-seq	小鼠抑郁样行为模型	蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据	对照、急性压力影响(AS)和慢性轻度压力影响(CMS)的小鼠海马区样本
383	2025-05-11	Saltiness Enhancement of Soy Peptides by Modulating Amiloride-Insensitive Salt-Responsive Cells and Interacting with Cell Membranes 2025-Mar-05, Journal of agricultural and food chemistry IF:5.7Q1 DOI:10.1021/acs.jafc.4c12256 PMID:39993222	研究论文	本研究探讨大豆肽E、DG和9AA通过调节非阿米洛利敏感性盐响应细胞和与细胞膜相互作用增强咸味的机制	揭示了大豆肽E和DG通过氢键和水桥与TMC4形成更稳定的结合，以及肽E通过其N端谷氨酸吸附到脂质体上间接调节味觉受体功能的机制	研究仅针对三种大豆肽，未涵盖其他可能具有咸味增强效果的肽类	探究大豆肽增强咸味的分子机制及其在食品工业中减盐应用的潜力	大豆肽E (EDEGEQPRPF)、DG (DEGEQPRPFP) 和 9AA (DEGEQPRPF)	食品科学	NA	感官评价、钙成像、单细胞RNA测序、分子动力学模拟	NA	生物分子相互作用数据、感官评价数据、基因表达数据	三种大豆肽(具体样本量未明确说明)
384	2025-05-11	COME: contrastive mapping learning for spatial reconstruction of single-cell RNA sequencing data 2025-Mar-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf083 PMID:39992219	研究论文	提出了一种名为COME的对比映射学习方法，用于从单细胞RNA测序数据中恢复空间信息	通过对比映射学习在ST和scRNA-seq数据之间建立联系，有效捕获细胞-斑点关系并恢复scRNA-seq数据的空间信息	未明确提及具体限制	从单细胞RNA测序数据中恢复丢失的空间信息	单细胞RNA测序数据和空间转录组数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 空间转录组(ST)	对比映射学习	基因表达数据	未明确提及具体样本量
385	2025-05-11	Scupa: single-cell unified polarization assessment of immune cells using the single-cell foundation model 2025-Mar-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf090 PMID:39999031	research paper	开发了一种名为Scupa的计算方法，用于全面评估免疫细胞的极化状态	首次提出了一种系统性评估单细胞RNA测序数据中细胞因子驱动极化的计算方法	NA	评估免疫细胞在细胞因子驱动下的极化状态	免疫细胞	computational biology	NA	single-cell RNA sequencing	Universal Cell Embeddings	single-cell RNA sequencing data	14种免疫细胞类型
386	2025-05-11	Astrocyte heterogeneity reveals region-specific astrogenesis in the white matter 2025-Mar, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-025-01878-6 PMID:39994409	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，比较了小鼠前脑灰质和白质星形胶质细胞的异质性，揭示了白质星形胶质细胞的区域特异性分子特性	首次揭示了白质星形胶质细胞与灰质星形胶质细胞的显著差异，并发现白质星形胶质细胞具有区域特异性分子特性，特别是胼胝体白质可能持续产生星形胶质细胞	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中验证所有发现	探索白质星形胶质细胞的异质性及其与灰质星形胶质细胞的区别	小鼠前脑灰质和白质（特别是胼胝体）的星形胶质细胞	神经科学	NA	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	RNA测序数据	小鼠前脑组织样本
387	2025-05-11	Intratumoral Injection of Cytotoxic Drugs Plus Hapten Elicits Significant Immune Responses in Sentinel Lymph Nodes: Implications for Cancer Immunotherapy 2025-Mar-01, Pancreas IF:1.7Q3 DOI:10.1097/MPA.0000000000002439 PMID:39999315	研究论文	研究通过细胞毒性药物加半抗原的瘤内注射在哨兵淋巴结中引发显著免疫反应，对癌症免疫治疗具有重要意义	揭示了靶向治疗如何调节淋巴结微环境以增强局部免疫反应，并可能提高全身抗肿瘤效果	未提及样本量大小和研究的具体局限性	定义哨兵淋巴结中的转移和远隔效应的机制	胰腺癌原发灶治疗前后的哨兵淋巴结	癌症免疫治疗	胰腺癌	scRNA-seq	NA	基因组数据	NA
388	2025-05-11	Targeting Zfp36 to combat cardiac hypertrophy: Insights into ferroptosis pathways 2025-Mar, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70247 PMID:40000392	research paper	本研究探讨了锌指蛋白36（Zfp36）在心脏肥大中通过调节铁死亡途径的作用机制	首次揭示了Zfp36通过Ythdc2/SLC7A11/GSH铁死亡途径调节心脏肥大的新机制，为心脏肥大的治疗提供了新靶点	研究主要基于细胞和动物模型，尚未在人体中进行验证	探究Zfp36在心脏肥大中铁死亡的调节作用及其机制	心肌细胞和心肌组织	心血管疾病	心血管疾病	单细胞测序分析	NA	基因表达数据	NA
389	2025-05-11	Integrative single-cell and spatial transcriptome analysis reveals heterogeneity of human liver progenitor cells 2025-Mar-01, Hepatology communications IF:5.6Q1 DOI:10.1097/HC9.0000000000000662 PMID:40008906	研究论文	通过整合单细胞和空间转录组分析揭示人类肝脏祖细胞的异质性	首次在人类肝脏中系统性地描述了肝脏祖细胞（LPCs）的异质性，并鉴定了不同的LPC亚群和细胞模块	LPCs在合并的上皮细胞和LPC群体中占比较低（2.95±1.91%），可能影响部分分析结果的代表性	探究人类肝脏祖细胞的异质性及其在肝脏再生中的作用	人类肝脏祖细胞（LPCs）	数字病理学	肝病	空间转录组测序技术	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据	超过259,400个人类肝脏单细胞，涵盖4种条件（胎儿、健康、肝硬化和肝癌影响的肝脏）
390	2025-05-10	Sustained NF-κB activation allows mutant alveolar stem cells to co-opt a regeneration program for tumor initiation 2025-Mar-06, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.01.011 PMID:39978341	研究论文	研究突变肺泡干细胞如何通过持续激活NF-κB信号通路来劫持再生程序以启动肿瘤发生	揭示了两种具有不同致瘤能力的AT2亚群，并发现IL1R1作为AT2重编程的共同激活因子，以及NF-κB持续激活在肿瘤发生中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究调控干细胞命运的失调信号如何导致肿瘤发生	小鼠野生型和KrasG12D突变型肺泡II型(AT2)干细胞	肿瘤生物学	肺癌	命运图谱技术、克隆分析、单细胞转录组学	小鼠模型	基因表达数据	数千个小鼠AT2干细胞
391	2025-05-10	Identifying gene expression and cellular pathways involved in glomerular AL-amyloidosis and correlation with experimental data: seeking novel therapeutic interventions 2025-Mar-04, Ultrastructural pathology IF:1.1Q4 DOI:10.1080/01913123.2025.2468708 PMID:39985165	研究论文	本研究通过空间转录组学技术，探讨了肾小球AL-淀粉样变性中基因表达和细胞通路的变化，并寻找新的治疗靶点	首次在人类肾小球中应用空间转录组学技术，揭示了与肾小球淀粉样变性起始和进展相关的独特基因和细胞通路	样本量较小（仅5例肾活检样本），且仅针对AL-淀粉样变性进行研究	探索肾小球AL-淀粉样变性的分子机制并寻找新的治疗干预靶点	肾小球AL-淀粉样变性患者的肾活检样本	数字病理学	肾脏疾病	空间转录组学	NA	基因表达数据	5例不同阶段的肾小球淀粉样变性活检样本和正常对照样本
392	2025-05-10	AsaruSim: a single-cell and spatial RNA-Seq Nanopore long-reads simulation workflow 2025-Mar-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf087 PMID:39985444	研究论文	开发了一个名为AsaruSim的工作流程，用于模拟合成单细胞长读长Nanopore数据集，以模仿真实的实验数据	AsaruSim是首个能够有效模拟scRNAseq长读长数据集复杂性的高级模拟工具，填补了该领域的空白	未明确提及具体的局限性，但可能包括模拟数据与真实数据的潜在差异	评估和优化单细胞长读长研究的异构体检测方法	人类外周血单个核细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）和Nanopore长读长测序	NA	RNA测序数据	人类外周血单个核细胞数据集
393	2025-05-10	Biases in machine-learning models of human single-cell data 2025-Mar, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-025-01619-8 PMID:39972066	评论	本文讨论了机器学习在人类单细胞数据分析中可能出现的各种偏差	全面分析了从样本收集到结果解释整个流程中可能出现的偏差，并提出了评估和缓解这些偏差的方法	未提出具体的解决方案，仅进行了问题分析和建议	探讨机器学习在单细胞数据分析中的偏差问题	人类单细胞数据	机器学习	NA	单细胞测序	弱监督或无监督ML模型	单细胞数据	NA
394	2025-05-10	Single-Cell Transcriptome Identifies a Proinflammatory B-Cell Subset in Hepatitis B Virus Associated Acute-on-Chronic Liver Failure 2025-Mar, Journal of viral hepatitis IF:2.5Q3 DOI:10.1111/jvh.70012 PMID:39976290	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术，揭示了乙型肝炎病毒相关慢加急性肝衰竭（ACLF）患者外周血中B细胞的免疫异常特征	首次在ACLF患者中鉴定出一群促炎性B细胞亚群，并发现幼稚B细胞的比例显著增加及其功能异常	样本量相对有限，且未深入探究B细胞功能异常的分子机制	探究ACLF患者中B细胞的免疫特征及其在疾病发生发展中的作用	ACLF患者和健康对照者的外周血单个核细胞	单细胞组学	乙型肝炎病毒相关慢加急性肝衰竭	scRNA-seq, 流式细胞术	NA	单细胞转录组数据	临床ACLF患者和健康对照者的外周血样本
395	2025-05-10	Intratumour oxidative hotspots provide a niche for cancer cell dissemination 2025-Mar, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-025-01617-w PMID:39984655	research paper	该研究开发了一种名为T-AP1的肿瘤靶向探针，用于追踪细胞外HO，揭示了肿瘤内氧化应激微环境（HO热点）如何通过p38-MYC轴激活促进癌细胞扩散	开发了T-AP1探针可视化肿瘤氧化应激微环境，揭示了HO热点通过p38-MYC轴激活促进癌细胞部分上皮-间质转化和迁移的新机制	未涉及NRF2高度激活肿瘤中p38反应缺失的具体分子机制	探究肿瘤微环境中氧化应激对癌细胞扩散的影响	肿瘤细胞（除NRF2高度激活肿瘤外）及正常上皮细胞	肿瘤微环境研究	癌症（泛癌种）	肿瘤靶向探针成像（T-AP1）	NA	分子成像数据	未明确样本量（涉及多癌种肿瘤细胞及正常上皮细胞）
396	2025-05-09	Upregulation of LSP1 in AML cells enhances AML resistance to sorafenib and promotes apoptosis in CD8+ T cells 2025-Mar-26, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114255 PMID:39952006	研究论文	本研究通过RNA-seq分析识别了急性髓系白血病(AML)中的两种免疫相关亚型，并发现LSP1作为AML患者的重要预后标志物，影响索拉非尼的敏感性及CD8+ T细胞功能	首次揭示LSP1作为AML免疫相关标志物，与患者预后、临床特征及索拉非尼敏感性显著相关，并影响CD8+ T细胞功能	研究主要基于RNA-seq和scRNA-seq数据分析，缺乏体内实验验证	探索AML肿瘤微环境中的免疫抑制机制并寻找新的免疫治疗靶点	急性髓系白血病(AML)患者样本及CD8+ T细胞	肿瘤免疫学	急性髓系白血病	RNA-seq, scRNA-seq	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量，但包含AML患者分组(Cluster 1和Cluster 2)
397	2025-05-09	PbImpute: Precise Zero Discrimination and Balanced Imputation in Single-Cell RNA Sequencing Data 2025-Mar-10, Journal of chemical information and modeling IF:5.6Q1 DOI:10.1021/acs.jcim.4c02125 PMID:39957720	研究论文	提出了一种名为PbImpute的新方法，用于在单细胞RNA测序数据中精确区分和平衡填充零值	PbImpute通过结合零膨胀负二项分布模型与静态和动态修复机制，实现了在技术性丢失和生物零值之间的最优平衡	未明确提及具体限制，但可能依赖于数据质量和初始参数设置	解决单细胞RNA测序数据中的零值问题，提高下游分析的准确性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	ZINB, 图嵌入神经网络	基因表达数据	模拟和真实的scRNA-seq数据集（如PBMC）
398	2025-05-09	Single-cell copy number calling and event history reconstruction 2025-Mar-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf072 PMID:39946094	research paper	开发了一种名为SCICoNE的统计模型和MCMC算法，用于从浅层全基因组DNA测序数据中进行单细胞拷贝数分析	SCICoNE能够重建肿瘤中拷贝数事件的历史，并利用这些进化关系识别单个细胞的拷贝数谱	仅在模拟数据和两种乳腺癌样本上进行了评估，样本量有限	开发精确的癌症诊断和治疗方法	单细胞拷贝数变异	基因组学	乳腺癌	单细胞测序，浅层全基因组DNA测序	MCMC算法	DNA测序数据	两个乳腺癌样本
399	2025-05-09	GCLink: a graph contrastive link prediction framework for gene regulatory network inference 2025-Mar-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf074 PMID:39960893	research paper	提出了一种名为GCLink的图对比链接预测框架，用于从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络	引入图对比学习策略，整合基因的特征和邻域信息以学习其表示，减少对样本量的依赖并提升预测潜在基因调控相互作用的能力	未明确提及具体局限性，但可能依赖于已知基因调控相互作用的质量和数量	开发一种新的方法来更准确地推断基因调控网络，特别是在样本量有限的情况下	基因调控网络（GRNs）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	GCLink（图对比链接预测模型）	基因表达数据	未明确提及具体样本量，但实验基于真实scRNA-seq数据集
400	2025-05-09	Targeting enteric glial CRF-R1/Cx43 attenuates stress-induced accelerated colonic motility 2025-Mar, Journal of pharmacological sciences IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.jphs.2025.01.009 PMID:39929591	研究论文	本研究探讨了肠神经胶质细胞中的CRF-R1/Cx43在应激诱导的结肠运动加速中的作用	首次揭示了肠神经胶质细胞中CRF-R1的表达及其通过Cx43激活在应激诱导结肠运动反应中的机制	研究仅使用雄性C57BL/6小鼠，未考虑性别差异或其他品系动物的反应	阐明应激诱导结肠运动加速的分子机制	肠神经胶质细胞(EGCs)及其CRF-R1/Cx43信号通路	神经胃肠病学	胃肠功能紊乱	免疫荧光、单细胞RNA测序	小鼠应激模型	分子表达数据、运动功能数据	雄性C57BL/6小鼠(具体数量未说明)