单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-06-14	CAD manipulates tumor intrinsic DHO/UBE4B/NF-κB pathway and fuels macrophage cross-talk, promoting HCC metastasis 2025-Mar-12, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001304 PMID:40073276	研究论文	本研究揭示了CAD通过操纵肿瘤内在的DHO/UBE4B/NF-κB通路并促进巨噬细胞交互作用，从而推动HCC转移的机制	首次发现CAD通过调控DHO/UBE4B/NF-κB通路及巨噬细胞重编程促进HCC转移的新机制	研究样本量相对有限（159例HCC患者，其中37例伴有PVTT），且机制验证主要依赖体外和体内实验	阐明PVTT形成和肿瘤转移的机制，并寻找临床干预的潜在靶点	肝细胞癌（HCC）患者及其肿瘤微环境	肿瘤生物学	肝癌	多组学分析、代谢组学、转录组学、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、转录组数据、代谢组数据	159例HCC患者（含37例PVTT病例）
22	2025-06-13	Decoding neuronal wiring by joint inference of cell identity and synaptic connectivity 2025-Mar-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.04.640006 PMID:40093165	research paper	该研究通过整合单细胞RNA测序数据和电子显微镜连接组数据，开发了一种新的计算工具ConnectionMiner，用于解码神经元连接并识别与突触连接强度相关的基因表达特征	开发了ConnectionMiner工具，结合scRNAseq和电子显微镜连接组数据，概率性地优化细胞类型注释并识别与突触连接相关的基因表达组合	研究仅针对果蝇腿部运动系统，可能不适用于其他生物或神经系统	解析运动神经元回路在发育过程中的建立机制	果蝇腿部运动神经元及其前运动神经元	neuroscience	NA	scRNAseq, 电子显微镜	ConnectionMiner	基因表达数据, 连接组数据	多个时间点的果蝇腿部运动神经元单细胞RNA测序数据集
23	2025-06-13	Single‑cell transcriptomic analysis revealed the tumor‑associated microenvironment of papillary thyroid carcinoma with metastasis 2025-Mar, Oncology letters IF:2.5Q3 DOI:10.3892/ol.2025.14876 PMID:40496475	研究论文	通过单细胞RNA测序技术分析转移性甲状腺乳头状癌的肿瘤相关微环境	揭示了转移性甲状腺乳头状癌中免疫细胞群体的显著异质性，特别是M2巨噬细胞、DC2s和Tregs的存在与癌症进展和转移的关联	NA	探究甲状腺乳头状癌转移过程中的免疫微环境变化	转移性甲状腺乳头状癌及其相邻正常组织，以及无转移的甲状腺乳头状癌肿瘤	数字病理学	甲状腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA序列数据	NA
24	2025-06-13	Pharmacological insights into targeting PI3K/Akt and NF-κB pathways for treating endometriosis-associated infertility 2025 Mar-Apr, Pakistan journal of pharmaceutical sciences IF:0.7Q4 PMID:40501243	研究论文	本研究通过靶向PI3K/Akt和NF-κB信号通路，探讨子宫内膜异位症相关不孕的机制并识别潜在药物靶点	首次在子宫内膜异位症组织中发现了PI3K/Akt和NF-κB通路的增强表达，并通过体外和动物模型验证了这些通路抑制剂对子宫内膜细胞生长和生育能力的影响	研究样本量相对有限（300例患者），且未涉及长期随访数据	阐明子宫内膜异位症相关不孕的机制并开发靶向治疗方法	子宫内膜异位症患者（轻度、重度）和对照组	生殖医学	子宫内膜异位症	单细胞RNA测序、细胞培养、动物模型	NA	临床数据、分子生物学数据	300例患者（分轻度、重度和对照组）
25	2025-06-10	Identification of a liver fibrosis and disease progression-related transcriptome signature in non-alcoholic fatty liver disease 2025-03, The international journal of biochemistry & cell biology DOI:10.1016/j.biocel.2025.106751 PMID:39909111	研究论文	本研究旨在建立一个转录组特征来区分非酒精性脂肪性肝病（NAFLD）患者的轻度或晚期纤维化，并监测疾病进展	通过差异基因表达分析确定了11个枢纽基因的特征，这些基因能够帮助识别NAFLD患者的纤维化阶段和疾病进展	研究依赖于公共数据库中的转录组数据，可能受到样本量和数据质量的限制	建立转录组特征以区分NAFLD患者的纤维化阶段和监测疾病进展	非酒精性脂肪性肝病（NAFLD）患者	数字病理学	非酒精性脂肪性肝病	转录组分析	LASSO回归	转录组数据	六个批量转录组数据集和三个批量及一个单细胞转录组数据集
26	2025-06-10	The end of the genetic paradigm of cancer 2025-Mar, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3003052 PMID:40100793	评论	本文探讨了癌症遗传范式面临的挑战，并提出了细胞状态动力学和组织场等非遗传因素在肿瘤发生中的作用	挑战了癌症作为‘遗传疾病’的传统观点，提出了细胞状态动力学和组织场等非遗传因素的重要性	未提供具体的实验数据或模型验证，更多是理论探讨	探讨癌症发生的非遗传因素，解决遗传范式与生物现实之间的不一致	癌症组织和正常组织的基因组测序及单细胞转录组数据	肿瘤生物学	癌症	基因组测序、单细胞转录组学	NA	基因组数据、转录组数据	NA
27	2025-06-07	Exploration of Conserved Human Adipose Subpopulations Using Targeted Single-Nuclei RNA Sequencing Data Sets 2025-Mar-18, Journal of the American Heart Association IF:5.0Q1 DOI:10.1161/JAHA.124.038465 PMID:40094187	研究论文	通过靶向单核RNA测序数据集探索人类脂肪组织中保守的亚群	定义了人类脂肪组织中的祖细胞群体，并测试了人类壁细胞的成脂潜能，揭示了人类脂肪细胞群体与小鼠的不同	研究主要基于体外实验，需要进一步在体内验证	分子定义人类脂肪组织中的祖细胞群体并测试其成脂潜能	人类脂肪组织中的壁细胞（包括周细胞和平滑肌细胞）	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序、免疫荧光染色	NA	RNA测序数据、图像数据	人类脂肪组织样本（包括血管周围、棕色和白色脂肪组织）
28	2025-06-07	Identification of Causal Plasma Proteins in Hepatocellular Carcinoma via Two-Sample Mendelian Randomization and Integrative Transcriptomic‒Proteomic Analysis 2025-03-01, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0553 PMID:39991825	研究论文	通过双样本孟德尔随机化和整合转录组-蛋白质组分析，识别与肝细胞癌（HCC）有因果关系的血浆蛋白	利用UK Biobank Pharma Proteomics Project的大规模血浆蛋白质组数据，结合孟德尔随机化方法，识别出7种与HCC有潜在因果关系的血浆蛋白，并通过单细胞RNA测序数据和分子对接验证了这些蛋白的潜在药物靶点	研究依赖于现有数据库的数据，可能受限于样本量和数据覆盖范围	识别肝细胞癌的早期诊断和治疗靶点	肝细胞癌（HCC）患者和潜在的血浆蛋白标志物	生物信息学	肝细胞癌	双样本孟德尔随机化（MR）、整合转录组-蛋白质组分析、单细胞RNA测序、分子对接	NA	蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据	UK Biobank Pharma Proteomics Project的蛋白质组数据及单细胞数据集GSE166635
29	2025-06-06	BubR1 Controls Heart Development by Promoting Expression of Cardiogenesis Regulators 2025-Mar-18, Journal of the American Heart Association IF:5.0Q1 DOI:10.1161/JAHA.124.038286 PMID:40055864	研究论文	该研究揭示了BubR1在心脏发育中的关键作用，通过促进心脏生成调节因子的表达来确保心脏形态发生的正确时机	首次揭示了BubR1通过调控关键心脏生成基因的表达和Wnt信号通路来影响心脏发育的分子机制	研究主要基于小鼠模型，人类心脏发育的差异可能影响结果的普适性	探究BubR1基因突变导致先天性心脏缺陷的分子机制	小鼠胚胎心脏发育过程	发育生物学	先天性心脏病	单细胞RNA测序、轨迹分析、CellChat分析	条件性基因敲除小鼠模型	单细胞转录组数据	未明确说明具体样本数量，使用条件性Bub1b敲除小鼠胚胎
30	2025-06-06	Pharmacological activation of STAT1-GSDME pyroptotic circuitry reinforces epigenetic immunotherapy for hepatocellular carcinoma 2025-Mar-06, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-332281 PMID:39486886	研究论文	本研究通过药理学激活STAT1-GSDME焦亡回路，增强表观遗传免疫疗法对肝细胞癌的治疗效果	揭示了选择性HDAC抑制剂CXD101与ICB联合治疗通过STAT1-GSDME焦亡回路增强抗肿瘤免疫的新机制	研究主要基于临床前模型，临床转化效果需进一步验证	开发针对肝细胞癌免疫检查点阻断(ICB)耐药的新型联合治疗策略	肝细胞癌(HCC)患者和ICB耐药模型	肿瘤免疫治疗	肝细胞癌	单细胞RNA测序、单细胞多组学分析、染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq)	NA	基因表达数据、表观遗传数据	来自pembrolizumab临床试验(NCT03419481)的HCC患者样本和4种ICB耐药模型
31	2025-06-06	Deep learning in single-cell and spatial transcriptomics data analysis: advances and challenges from a data science perspective 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf136 PMID:40185158	review	本文综述了深度学习在单细胞和空间转录组数据分析中的进展与挑战，从数据科学的角度进行了系统分析	系统地评估了58种计算方法在21个数据集上的性能，揭示了模型性能在不同基准数据集和评估指标间的显著差异，并提出了未来发展的三个关键方向	高质量标注数据集仍然有限，且生物组织的复杂相关性使得准确重建细胞状态和空间环境具有挑战性	探讨深度学习在单细胞和空间转录组数据分析中的应用及其面临的挑战	单细胞和空间转录组数据	machine learning	NA	单细胞测序、空间转录组	深度学习	基因表达、表观遗传修饰、代谢物水平、空间位置等多模态数据	21个数据集来自9个基准测试
32	2025-06-06	When is prostate cancer really cancer? 2025-Mar-01, Journal of the National Cancer Institute DOI:10.1093/jnci/djae200 PMID:39350309	research paper	探讨前列腺癌（尤其是Grade Group 1）是否应被标记为'癌症'，基于其惰性特征及现代诊断路径的调整	提出重新定义GG1前列腺癌的标签，基于其无转移能力及在现代诊断中的'偶然发现'性质，并探讨了空间转录组学对癌症定义的挑战	未明确说明研究样本量及具体研究方法，更多是基于讨论和现有研究的总结	减少前列腺癌死亡率，同时最小化过度诊断和过度治疗带来的危害	Grade Group 1前列腺癌及其诊断标签	NA	prostate cancer	空间转录组学	NA	NA	NA
33	2025-06-05	Proximal tubule cells contribute to the thin descending limb of the loop of Henle during mouse kidney development 2025-Mar-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.14.633065 PMID:39868227	研究论文	本研究通过整合多个非突变发育小鼠肾脏的单细胞RNA测序数据集，揭示了近端小管细胞在Henle环薄降支形成过程中的贡献	首次发现近端小管细胞可以转化为Henle环薄降支细胞，并揭示了转录因子Hnf4a在调节这一过程中的关键作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类肾脏发育中验证	探究Henle环薄降支细胞在肾脏发育中的形成机制	小鼠肾脏发育过程中的近端小管细胞和Henle环薄降支细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 谱系追踪	NA	基因表达数据	多个非突变发育小鼠肾脏数据集
34	2025-06-05	Single-cell transcriptome analysis reveals atypical monocytes circulating ahead of acute graft-versus-host disease clinical onset 2025-Mar-14, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1093/jleuko/qiae229 PMID:39432735	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示了在急性移植物抗宿主病（aGVHD）临床发作前循环中的非典型单核细胞	发现了在aGVHD临床发作前18天即可检测到的特定单核细胞和细胞毒性T细胞亚群，这些细胞具有特定的标志物上调	样本量较小，仅包括3名aGVHD患者和4名对照	探索aGVHD的早期诊断标志物和预防策略	接受异基因造血干细胞移植（HSCT）的患者	单细胞转录组学	急性移植物抗宿主病（aGVHD）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和流式细胞术	NA	单细胞转录组数据	3名aGVHD患者和4名对照
35	2025-06-05	CoupleVAE: coupled variational autoencoders for predicting perturbational single-cell RNA sequencing data 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf126 PMID:40178283	研究论文	提出了一种名为CoupleVAE的新型深度学习方法，用于预测扰动后的单细胞RNA测序数据	CoupleVAE由两个耦合的VAE组成，通过耦合器在潜在空间中进行更复杂的细胞状态转换	NA	预测单细胞扰动响应，以理解生物体的功能和行为	单细胞RNA测序数据	计算生物学	NA	单细胞RNA测序	VAE（变分自编码器）	单细胞RNA测序数据	三个真实数据集（感染、刺激和跨物种预测）
36	2025-06-05	Single-cell transcriptomic analysis and luteolin treatment reveal three adipogenic genes, including Aspn, Htra1 and Efemp1 2025-03, Biochimica et biophysica acta. Molecular and cell biology of lipids DOI:10.1016/j.bbalip.2024.159585 PMID:39662603	研究论文	通过单细胞转录组分析比较肥胖和瘦小鼠的脂肪干细胞和祖细胞（ASPCs），发现了三个脂肪生成基因Aspn、Htra1和Efemp1，并研究了黄酮类化合物木犀草素对这些基因的影响	首次在肥胖和瘦小鼠的ASPCs中鉴定出三个脂肪生成相关基因，并揭示木犀草素可通过上调这些基因抑制脂肪生成	研究仅基于小鼠模型和3T3-L1细胞系，未在人体中进行验证	探究肥胖与瘦小鼠脂肪干细胞和祖细胞的转录组差异，寻找新的脂肪生成调控基因	小鼠皮下脂肪组织中的脂肪干细胞和祖细胞（ASPCs）及3T3-L1细胞系	转录组学	肥胖症	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	三个独立的小鼠单细胞RNA测序数据集
37	2025-06-04	20 years of stemness: From stem cells to hypertranscription and back 2025-03-11, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102406 PMID:39919752	评论	回顾过去20年干细胞转录组学的发展，从微阵列技术到单细胞RNA测序的应用，并探讨干细胞超转录状态的发现	揭示了干细胞超转录状态的存在，并指出2002年的干细胞特征基因签名实际上是超转录的标记	文章为回顾性分析，未涉及新的实验数据	探讨干细胞转录组学的发展历程及其在生理和疾病研究中的意义	胚胎干细胞和成体干细胞	转录组学	NA	微阵列技术、单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
38	2025-06-04	Ocular immune privilege in action: the living eye imposes unique regulatory and anergic gene signatures on uveitogenic T cells 2025-Mar-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.01.640701 PMID:40297507	研究论文	本文研究了眼部免疫特权如何通过独特的调节和无能基因签名影响致葡萄膜炎T细胞	使用单细胞转录组学和功能验证揭示了T调节细胞和无能T细胞的独特表型，以及它们从共同增殖前体平行而非顺序分化的轨迹	研究主要基于体内免疫特权模型，可能不完全反映人类眼部免疫调节的复杂性	探索眼部免疫特权对T细胞分化和功能的分子机制	视网膜特异性T细胞，特别是Foxp3+ T调节细胞和无能T细胞	免疫学	自身免疫性葡萄膜炎	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	NA
39	2025-06-04	Profiling immune cell tissue niches in the spatial -omics era 2025-Mar, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.11.001 PMID:39522655	综述	本文回顾了高通量空间组学技术在免疫细胞组织微环境研究中的应用及其对转化免疫学的新见解	提出了一个三步框架来定义和表征免疫微环境，并总结了空间解析方法分析适应性免疫库和淋巴细胞克隆扩增的当前方法	免疫微环境的定义标准存在不一致性	研究免疫细胞在组织中的空间分布及其功能意义	免疫细胞及其组织环境	空间组学	NA	空间转录组学	NA	空间组学数据	NA
40	2025-06-04	Single-cell RNA sequencing and machine learning provide candidate drugs against drug-tolerant persister cells in colorectal cancer 2025-03, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2025.167693 PMID:39870146	研究论文	利用单细胞RNA测序和机器学习技术识别结直肠癌中的药物耐受持久性细胞，并筛选潜在治疗药物	结合单细胞RNA测序和机器学习模型识别药物耐受持久性细胞，并筛选出具有协同效应的候选药物	研究仅基于三个患者来源的类器官样本，样本量较小	开发针对结直肠癌中药物耐受持久性细胞的治疗方法	患者来源的类器官（PDOs）中的药物耐受持久性细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	机器学习（ML）	RNA测序数据	三个患者来源的类器官样本（良性肿瘤、恶性肿瘤和正常类器官）