单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-04-03	A single-cell atlas of spatial and temporal gene expression in the mouse cranial neural plate 2025-Mar-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.25.609458 PMID:39229123	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，构建了小鼠胚胎颅神经板闭合六个连续阶段的基因表达图谱	首次系统地分析了颅神经管闭合过程中空间调控的细胞命运和行为的转录变化，并揭示了SHH信号在前脑、中脑和后脑中的不同转录程序	研究仅针对小鼠胚胎，尚未在人类或其他哺乳动物中进行验证	研究哺乳动物大脑形成过程中颅神经板的区域化和形态发生	小鼠胚胎的颅神经板	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	六个连续发育阶段的小鼠胚胎
22	2025-04-03	An Improved, High-Yield Method for Isolating Nuclei from Individual Zebrafish Embryos for Single-Nucleus RNA Sequencing 2025-Mar-05, Zebrafish IF:1.4Q2 DOI:10.1089/zeb.2024.0175 PMID:40040474	研究论文	本文提出了一种改进的高效方法，用于从单个斑马鱼胚胎中分离细胞核，以进行单核RNA测序	该方法通过珠磨均质化在裂解缓冲液中高效分离高质量细胞核，相比酶解方法有显著改进，并适用于多种发育阶段	NA	开发一种高效分离斑马鱼胚胎细胞核的方法，以支持单细胞测序研究	斑马鱼胚胎	单细胞测序	NA	单核RNA测序(snRNA-seq)	NA	RNA序列数据	96孔板格式的斑马鱼胚胎
23	2025-04-03	Molecular and cellular neurocardiology in heart disease 2025-Mar, The Journal of physiology DOI:10.1113/JP284739 PMID:38778747	研究论文	本文更新并扩展了先前关于心脏神经生物学分子和细胞基础的论文，重点关注心脏自主神经发育、新型细胞内通路和神经可塑性的最新发现	讨论了利用患者特异性干细胞研究交感神经损伤的新方法，以及新型成像技术和空间转录组学在治疗心脏自主神经功能障碍中的应用	文中提到了一些未解决的问题和争议领域	探索心脏疾病的分子和细胞神经心脏病学基础	心脏自主神经系统、交感神经损伤、心脏自主神经功能障碍	神经心脏病学	心血管疾病	患者特异性干细胞、新型成像技术、空间转录组学	NA	分子和细胞数据	NA
24	2025-04-03	Alterations in PD-L1 succinylation shape anti-tumor immune responses in melanoma 2025-Mar, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-025-02077-6 PMID:40069506	研究论文	该研究探讨了PD-L1琥珀酰化在黑色素瘤抗肿瘤免疫反应中的作用	揭示了琥珀酰辅酶A与肿瘤免疫及抗PD-1疗法效果之间的关联，并发现PD-L1在赖氨酸129位点的琥珀酰化导致其降解	研究主要聚焦于黑色素瘤，其他类型癌症的适用性尚不明确	探究线粒体代谢在肿瘤免疫中的作用及其对抗PD-1疗法效果的影响	黑色素瘤患者及体外和体内模型	肿瘤免疫学	黑色素瘤	空间转录组学、批量转录组学、蛋白质组学	NA	转录组数据、蛋白质组数据	未明确提及具体样本数量
25	2025-04-03	Biophysical modelling of intrinsic cardiac nervous system neuronal electrophysiology based on single-cell transcriptomics 2025-Mar, The Journal of physiology DOI:10.1113/JP287595 PMID:40077928	research paper	该研究基于单细胞转录组数据开发了心脏内神经系统神经元电生理的计算模型库	首次利用单细胞转录组数据构建心脏内神经系统神经元的电生理模型，填补了分子水平基因表达与细胞水平电生理功能之间的研究空白	模型依赖于转录组数据的阈值选择，可能影响离子通道组合的准确性	研究心脏内神经系统在心脏调节和病理中的功能作用	心脏内神经系统（ICNS）神经元	计算生物学	心血管疾病	单细胞转录组测序	神经元电生理模型	转录组数据	NA
26	2025-04-03	Myeloid-derived suppressor cell inhibits T-cell-based defense against Klebsiella pneumoniae infection via IDO1 production 2025-Mar, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1012979 PMID:40096073	研究论文	本研究探讨了高毒力肺炎克雷伯菌（hvKp）感染通过IDO1产生抑制T细胞防御的机制	首次揭示了hvKp感染通过促进色氨酸代谢和IDO1产生增强MDSCs的免疫抑制活性，从而抑制T细胞防御的机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人体中的适用性需要进一步验证	探究hvKp感染导致高死亡率的机制，并开发新的免疫治疗策略	高毒力肺炎克雷伯菌（hvKp）和髓系来源的抑制细胞（MDSCs）	免疫学	肺炎	单细胞RNA测序	小鼠菌血症模型	基因表达数据	未明确说明样本量，但使用了小鼠模型
27	2025-04-03	Mouse-Geneformer: A deep learning model for mouse single-cell transcriptome and its cross-species utility 2025-Mar, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1011420 PMID:40106407	研究论文	开发了一个针对小鼠单细胞转录组的深度学习模型mouse-Geneformer，并探索了其跨物种应用的潜力	首次构建了基于小鼠单细胞转录组数据的Geneformer模型，并验证了其在跨物种分析中的适用性	在人类COVID-19模型中的分析结果与人类专用Geneformer仅部分一致	开发适用于小鼠单细胞转录组分析的深度学习模型并探索跨物种应用	小鼠和人类的单细胞转录组数据	机器学习	NA	scRNA-seq	Transformer Encoder	单细胞转录组数据	2100万个小鼠scRNA-seq图谱
28	2025-04-03	Inhibition of ERK1/2 mediated activation of Drp1 alleviates intervertebral disc degeneration via suppressing pyroptosis and apoptosis in nucleus pulposus cells 2025-Mar, Journal of orthopaedic translation IF:5.9Q1 DOI:10.1016/j.jot.2025.01.013 PMID:40160807	research paper	研究探讨了Drp1在椎间盘退变(IVDD)中的作用机制，并评估了Drp1抑制剂Mdivi-1的治疗效果	首次揭示了Drp1通过ERK1/2磷酸化调控椎间盘退变的机制，并验证了Mdivi-1的治疗潜力	研究主要基于动物模型和体外实验，尚未进行临床试验	阐明Drp1在椎间盘退变中的作用机制并评估其抑制剂的效果	椎间盘髓核细胞(NPCs)和8周龄大鼠	NA	椎间盘退变	单细胞测序分析、Western blot、流式细胞术、免疫荧光染色	大鼠椎间盘退变模型	分子生物学数据、影像学数据	NA
29	2025-04-03	Exploring the regulatory role of CNPY3 as a prognostic biomarker on human glioma cell migration, invasion and immune infiltration 2025-Mar, Cancer biomarkers : section A of Disease markers IF:2.2Q3 DOI:10.1177/18758592251328162 PMID:40171811	research paper	本研究探讨了CNPY3作为预后生物标志物在人类胶质瘤细胞迁移、侵袭和免疫浸润中的调控作用	首次揭示了CNPY3在胶质瘤中的调控作用及其与免疫微环境和预后的关联	研究主要基于公共数据库和体外实验，缺乏体内实验验证	探索CNPY3在胶质瘤中的调控机制及其作为预后生物标志物的潜力	人类胶质瘤细胞	肿瘤生物学	胶质瘤	生物信息学分析、COX回归分析、GO分析、KEGG分析、TIMER、CIBERSORT、Pearson相关分析、GSVA分析、单细胞测序、细胞划痕实验、transwell实验	NA	基因表达数据、临床数据、单细胞测序数据	公共数据库中的胶质瘤样本及U87MG细胞系
30	2025-04-02	Inflammatory Milieu by Crosstalk between Glomerulus and Proximal Tubular Cells in Type 2 Diabetes Mellitus Kidney Disease 2025-Mar-31, Diabetes & metabolism journal IF:6.8Q1 DOI:10.4093/dmj.2024.0535 PMID:40160027	research paper	该研究通过单细胞RNA测序等技术，探讨了2型糖尿病肾病中肾小球和近端肾小管细胞间的炎症相互作用	首次在诱导型2型糖尿病肾病模型中应用单细胞RNA测序技术，并验证了CXCL12介导的T细胞浸润的关键作用	研究结果仍需在更大规模的人类样本中进一步验证	探索2型糖尿病肾病中肾小球和近端肾小管细胞间的炎症相互作用机制	诱导型2型糖尿病肾病小鼠模型及人类肾脏活检组织	digital pathology	diabetic kidney disease	scRNA-seq, flow cytometry, histological analysis	NA	RNA-seq data, histological images, flow cytometry data	诱导型T2DKD小鼠模型及人类肾脏活检组织（具体数量未明确说明）
31	2025-04-02	Srsf3-Dependent APA Drives Macrophage Maturation and Limits Atherosclerosis 2025-Mar-31, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.326111 PMID:40160097	research paper	该研究揭示了Srsf3依赖的APA（选择性多聚腺苷酸化）在巨噬细胞成熟和动脉粥样硬化中的保护作用	首次揭示了Srsf3通过调控线粒体相关基因Aars2的3'UTR长度影响线粒体翻译效率，进而调控巨噬细胞成熟和动脉粥样硬化进程的分子机制	研究主要基于Apoe-/-小鼠模型，人类样本验证相对有限	探究单核/巨噬细胞亚型在动脉粥样硬化斑块中的转化轨迹及其调控机制	Apoe-/-小鼠动脉斑块中的单核/巨噬细胞亚型	分子生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序、3'端测序、流式细胞术、组织病理学分析、多核糖体分析、代谢组学分析	NA	RNA测序数据、流式细胞数据、代谢组数据	Apoe-/-小鼠动脉斑块样本及部分人类斑块样本
32	2025-04-02	Understanding psoriatic disease at single-cell resolution: an update 2025-Mar-31, Current opinion in rheumatology IF:5.2Q1 DOI:10.1097/BOR.0000000000001085 PMID:40160177	综述	本文综述了单细胞技术在银屑病研究中的最新进展，包括单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学，揭示了银屑病的细胞多样性及其在疾病进展中的关键作用	利用单细胞和空间转录组学技术揭示了银屑病中免疫细胞、角质形成细胞和成纤维细胞的亚型及其相互作用，特别是IL-17/IL-36和PRSS3-F2R通路的作用，以及代谢失调在慢性炎症中的关键角色	NA	探讨单细胞技术在银屑病研究中的应用及其对疾病机制的理解和治疗策略的影响	银屑病中的免疫细胞、角质形成细胞和成纤维细胞	数字病理学	银屑病	scRNA-seq, 空间转录组学	NA	转录组数据	NA
33	2025-04-02	PPY-Induced iCAFs Cultivate an Immunosuppressive Microenvironment in Pancreatic Cancer 2025-Mar-31, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202413432 PMID:40162859	研究论文	本研究揭示了胰腺多肽（PPY）在胰腺导管腺癌（PDAC）中通过诱导炎症性癌症相关成纤维细胞（iCAFs）塑造免疫抑制微环境的新机制	首次发现PPY作为iCAFs的新型诱导剂，并验证其通过非经典NF-κB通路激活的机制，为PDAC免疫治疗提供了新靶点	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体临床试验中验证PPY靶向治疗的效果	探索PDAC免疫抑制微环境形成机制并寻找改善免疫治疗疗效的新策略	胰腺导管腺癌（PDAC）微环境中的炎症性癌症相关成纤维细胞（iCAFs）	肿瘤免疫学	胰腺癌	单细胞RNA测序、多重免疫组化（mIHC）、免疫共沉淀-质谱分析、分子对接	KPC（Kras; Trp53; Pdx1-Cre）小鼠原位移植瘤模型	单细胞转录组数据、蛋白质组数据、影像数据（PET-CT）	人类PDAC组织微阵列、小鼠模型及共培养实验样本（具体数量未明确说明）
34	2025-04-02	HISSTA: a human in situ single-cell transcriptome atlas 2025-Mar-31, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf142 PMID:40163697	research paper	介绍了一个名为HISSTA的数据库，用于存储和分析人类组织单细胞分辨率下的原位转录组数据	HISSTA数据库是首个专注于单细胞分辨率原位转录组数据的综合性数据库，提供交互式可视化工具	NA	构建一个用户友好的数据库，以促进空间转录组数据的存储、分析和可视化	人类组织的单细胞转录组数据	digital pathology	NA	MERFISH, CosMx SMI, Xenium	NA	spatial transcriptome data	112个样本，2800万个细胞，覆盖16种组织类型
35	2025-04-02	Spatial transcriptomics of progression gene signature and tumor microenvironment leading to progression in mycosis fungoides 2025-Mar-31, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2024014495 PMID:40163757	研究论文	本研究通过空间转录组学技术，探究了蕈样肉芽肿（MF）疾病进展过程中的基因表达变化和肿瘤微环境特征	首次系统揭示了MF从斑片期到斑块期再到肿瘤期的动态转录组变化特征，并发现M2巨噬细胞和癌症相关成纤维细胞（CAF）在早期MF进展中的关键作用	样本量相对有限，且未进行长期预后随访验证	识别早期MF患者疾病进展的生物标志物和微环境特征	蕈样肉芽肿（MF）患者组织样本	数字病理学	皮肤T细胞淋巴瘤	空间转录组学、免疫组织化学染色	NA	转录组数据、免疫组化图像	未明确说明具体样本数量，包含斑片期MF、斑块期MF和肿瘤期MF多阶段样本
36	2025-04-02	IFN-γ promotes the progression of iMCD by activating inflammatory monocytes 2025-Mar-31, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024027689 PMID:40163892	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术探索了特发性多中心Castleman病(iMCD)患者的免疫景观，揭示了IL-6和IFN-γ在疾病进展中的关键作用	首次通过单细胞RNA测序揭示iMCD中CCL单核细胞通过IFN-II信号通路与特定NK/NKT细胞相互作用，并发现血清IFN-γ水平与疾病严重程度和治疗抵抗呈正相关	样本量较小(15例患者和4例健康对照)，且部分发现需要在大规模独立队列中进一步验证	探索iMCD的免疫发病机制，寻找早期预后分层标志物和新治疗靶点	特发性多中心Castleman病(iMCD)患者的外周血单个核细胞(PBMCs)、淋巴结和骨髓样本	免疫学	Castleman病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	15例iMCD患者和4例健康对照的外周血样本，以及部分淋巴结和骨髓样本
37	2025-04-02	The neutrophil extracellular trap-related gene FPR1 (formyl peptide receptor 1) as a potential prognostic and therapeutic target in osteosarcoma 2025-Mar-31, BMC musculoskeletal disorders IF:2.2Q3 DOI:10.1186/s12891-024-08231-1 PMID:40165145	research paper	本研究探讨了中性粒细胞胞外诱捕网（NET）相关基因FPR1在骨肉瘤（OS）中的预后意义和生物学功能	首次构建了包含四个NET相关基因（TNFRSF10C、FPR1、BST1和SELPLG）的NET评分模型，用于预测OS患者的预后，并在单细胞分辨率下验证了其作用	研究主要基于公共数据库和体外实验，缺乏体内实验验证	探究FPR1在骨肉瘤中的预后价值和生物学功能	骨肉瘤患者和细胞系	digital pathology	osteosarcoma	LASSO算法、scRNA-seq、CCK-8、transwell实验	NET评分模型	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	来自TARGET和GEO（GSE21257）数据库的OS数据集，以及scRNA-seq数据集GSE162454
38	2025-04-02	Dynamic single-cell transcriptomic reveals the cellular heterogeneity and a novel fibroblast subpopulation in laryngotracheal stenosis 2025-Mar-31, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-025-00639-6 PMID:40165307	research paper	该研究通过动态单细胞RNA测序揭示了喉气管狭窄（LTS）发展过程中的细胞异质性，并发现了一种新的成纤维细胞亚群	首次在LTS中进行了动态单细胞RNA测序，揭示了一种新的成纤维细胞亚群（CIRF），并阐明了SPP1高表达巨噬细胞在纤维化疾病中的重要性	研究基于大鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探索喉气管狭窄（LTS）发展过程中的细胞异质性及其分子机制	喉气管狭窄（LTS）大鼠模型的喉气管组织	digital pathology	respiratory disease	scRNA-seq	NA	RNA-seq data	多个时间点的LTS大鼠模型喉气管组织
39	2025-04-02	Exploring the mechanisms of PANoptosis in osteoarthritis and the therapeutic potential of andrographolide through bioinformatics and single-cell analysis 2025-Mar-31, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-025-00629-8 PMID:40165317	研究论文	本研究通过生物信息学和单细胞分析探讨了PANoptosis在骨关节炎中的作用机制以及穿心莲内酯的治疗潜力	首次详细分析了PANoptosis相关基因在骨关节炎中的表达，并发现穿心莲内酯作为潜在治疗药物	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探讨PANoptosis在骨关节炎中的作用机制并寻找潜在治疗药物	骨关节炎患者的软骨组织和软骨细胞	生物信息学	骨关节炎	单细胞RNA测序、分子对接、Western blotting、qRT-PCR	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量
40	2025-04-02	Targeting IGF1-Induced Cellular Senescence to Rejuvenate Hair Follicle Aging 2025-Mar-30, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70053 PMID:40159808	research paper	该研究探讨了IGF-1信号通路在毛囊衰老中的作用，并提出了针对性的干预措施	揭示了IGF-1过度表达通过触发毛囊干细胞衰老导致毛囊老化的新机制，并验证了通过干预IGF-1信号通路下游机制来恢复毛囊健康的潜在治疗方法	研究主要基于小鼠模型，人类皮肤中的验证数据有限	探究IGF-1信号通路如何调控器官衰老，特别是毛囊老化过程	小鼠和人类皮肤中的毛囊干细胞	geriatric disease	geriatric disease	单细胞RNA测序	转基因小鼠模型	基因表达数据	转基因小鼠和对照小鼠的皮肤样本