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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 361 | 2025-10-07 |
Lymphocytes-Associated Extracellular Vesicles Activate Natural Killer Cells in HNSCC
2025-Mar, Cancer science
IF:4.5Q1
DOI:10.1111/cas.16440
PMID:39749376
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析头颈鳞状细胞癌中小细胞外囊泡的异质性及其对自然杀伤细胞的激活作用 | 首次在液滴水平分析HNSCC中sEVs的异质性,发现T细胞是sEVs主要分泌源,并揭示其通过sEVs间接激活NK细胞的抗肿瘤机制 | 研究主要基于计算算法SEVtras的分析结果,需要进一步实验验证 | 探究头颈鳞状细胞癌中小细胞外囊泡的异质性及其在肿瘤免疫中的作用机制 | 头颈鳞状细胞癌患者样本中的小细胞外囊泡、T细胞和自然杀伤细胞 | 生物信息学 | 头颈鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | SEVtras算法 | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 362 | 2025-10-07 |
Persistent pre-exhausted CD8+ T cells shape the tumor immune microenvironment in anaplastic thyroid cancer
2025-Mar-01, Endocrine-related cancer
IF:4.1Q2
DOI:10.1530/ERC-24-0169
PMID:39752183
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析未分化甲状腺癌和乳头状甲状腺癌的肿瘤免疫微环境,重点关注预耗竭CD8+ T细胞的特征及其生物标志物 | 首次在未分化甲状腺癌中发现普遍存在的预耗竭CD8+ T细胞,并通过实验验证GNLY作为其潜在生物标志物 | 需要进一步研究GNLY及其他已识别生物标志物在甲状腺癌免疫应答调控中的功能意义 | 解析未分化甲状腺癌肿瘤免疫微环境的细胞和基因表达动态,为靶向免疫治疗提供依据 | 未分化甲状腺癌和乳头状甲状腺癌患者样本 | 单细胞转录组学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序,免疫荧光染色,共培养实验 | 计算分析流程 | 单细胞转录组数据 | 多个独立的ATC和PTC单细胞转录组数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 363 | 2025-10-07 |
Longitudinal single-cell RNA sequencing reveals a heterogeneous response of plasma cells to colonic inflammation
2025-Mar, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2024.139307
PMID:39753172
|
研究论文 | 通过纵向单细胞RNA测序揭示浆细胞在结肠炎症中的异质性反应 | 首次在DSS诱导的小鼠结肠炎模型中系统分析浆细胞在不同炎症阶段的动态变化,发现Ube2c+浆细胞亚群的关键作用及Chchd10-C1qbp相互作用的保护机制 | 研究仅使用DSS诱导的小鼠结肠炎模型,结果在人类疾病中的适用性需要进一步验证 | 探究浆细胞在结肠炎症过程中的动态变化和分子机制 | DSS诱导的结肠炎小鼠模型中的浆细胞 | 单细胞组学 | 结肠炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 6周龄雄性C57BL/6小鼠结肠组织(炎症高峰期、恢复期和恢复结束期) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 364 | 2025-10-07 |
Analysis of multi-condition single-cell data with latent embedding multivariate regression
2025-Mar, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-024-01996-0
PMID:39753773
|
研究论文 | 提出一种名为LEMUR的潜在嵌入多元回归模型,用于分析多条件单细胞RNA测序数据 | 无需预先进行离散分类即可整合多条件数据并预测基因表达变化 | NA | 识别异质组织中跨条件的基因表达差异 | 癌症、斑马鱼发育和阿尔茨海默病空间梯度中的单细胞数据 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | 潜在嵌入多元回归(LEMUR) | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 365 | 2025-10-07 |
LncRNA-MEG3/miR-93-5p/SMAD7 axis mediates proliferative and inflammatory phenotypes of fibroblast-like synoviocytes in rheumatoid arthritis
2025-Mar, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2024.139390
PMID:39755314
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和bulk RNA测序数据,揭示了MEG3/miR-93-5p/SMAD7轴在类风湿关节炎滑膜成纤维细胞增殖和炎症表型中的调控机制 | 首次发现MEG3通过竞争性吸附miR-93-5p促进SMAD7表达,从而缓解RA滑膜成纤维细胞的增殖和炎症表型 | RA的细胞、分子和免疫学机制仍不完全清楚 | 阐明类风湿关节炎滑膜的细胞景观、分化轨迹、转录组特征和免疫浸润特征 | 类风湿关节炎滑膜组织和滑膜成纤维细胞 | 单细胞转录组学 | 类风湿关节炎 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 366 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA sequencing in ovarian cancer: Current progress and future prospects
2025-Mar, Progress in biophysics and molecular biology
DOI:10.1016/j.pbiomolbio.2025.01.002
PMID:39778630
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在卵巢癌研究中的应用现状与未来展望 | 首次系统总结多篇研究中scRNA-seq在卵巢癌领域的应用成果,填补了该领域综合评述的空白 | 作为综述文章,不包含原始实验数据,主要依赖已有文献的整合分析 | 总结scRNA-seq技术在卵巢癌研究中的应用进展并探讨未来发展方向 | 卵巢癌相关研究文献和scRNA-seq技术应用案例 | 自然语言处理 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 367 | 2025-10-07 |
Deciphering key roles of B cells in prognostication and tailored therapeutic strategies for lung adenocarcinoma: a multi-omics and machine learning approach towards predictive, preventive, and personalized treatment strategies
2025-Mar, The EPMA journal
DOI:10.1007/s13167-024-00390-4
PMID:39991096
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研究论文 | 本研究通过多组学和机器学习方法揭示了B细胞在肺腺癌预后中的关键作用,并开发了预测模型以支持精准医疗 | 首次整合多组学数据和多种机器学习算法构建Scissor+相关B细胞评分(SRBS),系统阐明B细胞在肺腺癌预后和个性化治疗中的作用 | 需要进一步实验验证和更大样本量的临床验证 | 探索B细胞在肺腺癌预后预测和个性化治疗策略中的关键作用 | 肺腺癌患者和相关的多组学数据 | 机器学习 | 肺癌 | 多组学整合分析,机器学习 | 多种机器学习算法整合模型 | 多组学数据包括bulk RNA、ATAC-seq、单细胞RNA、空间转录组测序 | 训练集和验证集样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq, ATAC-seq | NA | NA |
| 368 | 2025-10-07 |
Modeling GATA2 deficiency in mice: the R396Q mutation disrupts normal hematopoiesis
2025-Mar, Leukemia
IF:12.8Q1
DOI:10.1038/s41375-024-02508-z
PMID:39774796
|
研究论文 | 本研究通过建立携带R396Q突变的Gata2小鼠模型,揭示了GATA2缺陷对造血系统的早期影响及其与白血病转化的潜在关联 | 首次建立了与白血病进展相关的Gata2 R396Q突变小鼠模型,揭示了不同于以往GATA2缺失模型的特定干细胞亚群偏向性 | 研究仅限于小鼠模型,人类疾病机制的完全重现可能存在物种差异 | 研究GATA2缺陷中R396Q突变对造血系统的影响及白血病转化机制 | 携带Gata2 R396Q突变的转基因小鼠 | 血液病研究 | GATA2缺陷症 | 单细胞RNA测序 | 转基因小鼠模型 | 基因表达数据 | 未明确说明 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 369 | 2025-10-07 |
Targeting Hepatic Stellate Cells for the Prevention and Treatment of Liver Cirrhosis and Hepatocellular Carcinoma: Strategies and Clinical Translation
2025-Mar-31, Pharmaceuticals (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/ph18040507
PMID:40283943
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综述 | 本文探讨了靶向肝星状细胞预防和治疗肝纤维化/肝硬化及肝细胞癌的策略与临床转化前景 | 提出利用HSC特异性表面标志物和受体实现药物、寡核苷酸和治疗肽的靶向递送,结合单细胞测序和空间转录组学等新技术发现新靶点 | NA | 研究靶向肝星状细胞在肝纤维化和肝细胞癌防治中的策略及临床转化潜力 | 肝星状细胞(HSC)、肌成纤维细胞(MFB)、癌症相关成纤维细胞(CAF) | NA | 肝细胞癌、肝硬化 | 单细胞测序、空间转录组学、组学技术 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 370 | 2025-10-07 |
scPANDA: PAN-Blood Data Annotator with a 10-Million Single-Cell Atlas
2025-Mar-31, Chinese medical sciences journal = Chung-kuo i hsueh k'o hsueh tsa chih
DOI:10.24920/004472
PMID:40164519
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研究论文 | 开发了一个基于千万级单细胞图谱的泛血液单细胞数据注释工具scPANDA | 利用包含1000万单细胞的大型图谱和三层推理方法,从广泛区室逐步细化到特定细胞簇 | NA | 提高血液系统单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的准确性 | 血液系统中的免疫细胞 | 生物信息学 | 血液疾病 | 单细胞RNA测序 | 三层推理方法 | 单细胞RNA测序数据 | 来自16项研究的1000万单细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 371 | 2025-10-07 |
Protocol for directly selecting cell type marker genes for single-cell clustering analyses by Festem
2025-Mar-21, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.103514
PMID:39700012
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方法论文 | 介绍使用Festem方法直接筛选细胞类型标记基因以促进单细胞RNA测序数据聚类分析的协议 | 通过期望最大化检验直接选择细胞类型标记基因,优化单细胞聚类分析流程 | NA | 开发单细胞RNA测序数据分析中细胞类型标记基因筛选和聚类分析的标准化流程 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 期望最大化算法 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 372 | 2025-10-07 |
Protocol for high-resolution 3D spatial transcriptomics using Open-ST
2025-Mar-21, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.103521
PMID:39708325
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研究论文 | 介绍使用Open-ST进行高效高分辨率2D/3D空间转录组学的实验方案 | 将Illumina流动池重新利用为空间条形码捕获区域,生成与组织学数据对齐的2D/3D分子图谱 | NA | 开发高分辨率空间转录组学方法 | 任何组织样本,包括临床样本 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间分子数据,组织学图像 | NA | Illumina | 空间转录组学 | Illumina流动池 | 重新利用的Illumina流动池作为空间条形码捕获区域 |
| 373 | 2025-10-07 |
Single-cell sequencing reveals tumor microenvironment features associated with the response to neoadjuvant immunochemotherapy in oral squamous cell carcinoma
2025-Mar-19, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-025-04014-2
PMID:40105941
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析新辅助免疫化疗对口腔鳞癌肿瘤微环境的影响 | 首次在口腔鳞癌中通过单细胞测序揭示新辅助免疫化疗响应的肿瘤微环境特征,发现CCL19+成纤维网状细胞亚群与治疗疗效的关联 | 样本量较小(仅4例患者),需要更大规模研究验证 | 优化口腔鳞癌新辅助免疫化疗治疗策略 | 口腔鳞癌患者肿瘤组织、转移淋巴结和正常淋巴结样本 | 数字病理学 | 口腔鳞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 4例口腔鳞癌患者的活检、原发肿瘤、匹配转移淋巴结和正常淋巴结样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 374 | 2025-10-07 |
Hypoxia-Induced Senescent Fibroblasts Secrete IGF1 to Promote Cancer Stemness in Esophageal Squamous Cell Carcinoma
2025-Mar-14, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-1185
PMID:39661488
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现缺氧诱导的衰老成纤维细胞通过分泌IGF1促进食管鳞状细胞癌的肿瘤干细胞特性 | 首次鉴定出缺氧诱导的衰老成纤维细胞亚群,并阐明其通过IGF1-AMPK信号通路促进肿瘤干细胞特性的机制 | 研究主要基于食管鳞状细胞癌模型,在其他癌症类型中的普适性需要进一步验证 | 阐明癌症相关成纤维细胞亚群在促进肿瘤干细胞特性和化疗耐药中的作用机制 | 食管鳞状细胞癌患者样本和癌症相关成纤维细胞 | 数字病理学 | 食管癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 食管鳞状细胞癌患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 375 | 2025-10-07 |
Mathematical Modeling Predicts Optimal Immune Checkpoint Inhibitor and Radiotherapy Combinations and Timing of Administration
2025-Mar-04, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0610
PMID:39666379
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研究论文 | 通过数学建模预测免疫检查点抑制剂与放疗联合治疗的最佳组合和给药时机 | 首次通过单细胞RNA测序和空间转录组分析揭示放疗过程中淋巴细胞分子相互作用的动态变化,并构建数学模型预测不同ICI在不同时间点的疗效 | 研究基于食管癌患者样本,机制尚未完全阐明,需要临床试验验证 | 确定放疗与免疫检查点抑制剂联合治疗的最佳组合和给药时机 | 食管癌患者组织样本中的淋巴细胞 | 计算生物学 | 食管癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组分析, 数学建模 | 数学模型 | 基因表达数据, 空间转录组数据 | 食管癌患者组织样本(具体数量未明确) | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组 | NA | NA |
| 376 | 2025-10-07 |
spatialGE Is a User-Friendly Web Application That Facilitates Spatial Transcriptomics Data Analysis
2025-Mar-03, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-2346
PMID:39636739
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研究论文 | 开发了一个名为spatialGE的用户友好型网络应用程序,用于简化空间转录组学数据分析 | 开发了首个无需编程专业知识即可进行空间转录组数据分析的交互式网络应用程序 | 未提及具体的技术限制或性能评估指标 | 降低空间转录组数据分析的技术门槛,使更广泛的研究人员能够利用该技术 | 空间转录组数据分析工具的开发与应用 | 空间转录组学 | 黑色素瘤转移,默克尔细胞癌 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 两个数据集:黑色素瘤转移队列和默克尔细胞癌样本队列 | 10x Genomics, NanoString | 空间转录组学 | 10x Visium, NanoString CosMx | 10x Visium样本和NanoString CosMx视野 |
| 377 | 2025-10-07 |
Fibroblast Activation Protein-α Expression in Cancer-Associated Fibroblasts Shows the Poor Survival of Colorectal Cancer via Immune-Mediated Pathways : Implications of FAP in Cancer-Associated Fibroblasts Link Immune Dysregulation to Adverse Survival in Colorectal Cancer
2025-Mar, Annals of surgical oncology
IF:3.4Q1
DOI:10.1245/s10434-024-16593-y
PMID:39623187
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研究论文 | 本研究探讨了癌症相关成纤维细胞中FAP-α表达通过免疫介导途径影响结直肠癌患者生存的机制 | 首次通过免疫组化和单细胞RNA测序相结合的方法,系统揭示FAP表达与肿瘤免疫微环境及患者生存的关联 | 样本量相对有限,且为单中心回顾性研究 | 阐明FAP在结直肠癌肿瘤微环境中的作用及其对患者生存的影响 | 结直肠癌患者肿瘤组织样本 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 免疫组化染色, 单细胞RNA测序 | NA | 图像, 基因表达数据 | 178例患者共180个病理切片,另加10例未治疗患者的单细胞测序数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 378 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals a key regulator ZmEREB14 affecting shoot apex development and yield formation in maize
2025-Mar, Plant biotechnology journal
IF:10.1Q1
DOI:10.1111/pbi.14537
PMID:39630144
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示ZmEREB14转录因子调控玉米茎尖分生组织发育和产量形成的机制 | 首次在单细胞分辨率下解析玉米茎尖分生组织的细胞异质性,并鉴定出ZmEREB14等关键转录因子调控发育过程 | 研究仅针对5日龄玉米茎尖组织,未涵盖其他发育阶段 | 探究玉米茎尖分生组织发育的分子机制 | 玉米茎尖分生组织细胞 | 植物发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 约12,700个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 379 | 2025-10-07 |
Hypoxia regulates small extracellular vesicle biogenesis and cargo sorting through HIF-1α/HRS signaling pathway in head and neck squamous cell carcinoma
2025-Mar, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2024.111546
PMID:39631619
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研究论文 | 本研究揭示了头颈鳞状细胞癌中缺氧通过HIF-1α/HRS信号通路调控小细胞外囊泡生物发生和货物分选的机制 | 首次发现HIF-1α转录激活HRS调控sEV生物发生,建立了缺氧反应与sEV货物包装的直接联系 | 研究主要聚焦于头颈鳞状细胞癌细胞系,缺乏体内实验验证 | 探索缺氧肿瘤微环境对小细胞外囊泡生物发生和货物分选的调控机制 | 头颈鳞状细胞癌细胞 | 细胞生物学 | 头颈鳞状细胞癌 | 空间转录组学,免疫组织化学 | NA | 基因表达数据,蛋白质数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 380 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA-seq reveals diverse molecular signatures associated with Methotrexate resistance in primary central nervous system lymphoma cells
2025-Mar, Journal of neuro-oncology
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s11060-024-04893-y
PMID:39636551
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示原发性中枢神经系统淋巴瘤细胞中与甲氨蝶呤耐药相关的分子特征 | 首次在单细胞水平分析PCNSL细胞对甲氨蝶呤的耐药机制,并鉴定出HLA-DRβ1、HLA-DQβ1和SNRPG等关键枢纽基因 | 研究基于培养细胞系,未涉及临床患者样本验证 | 探索PCNSL细胞对甲氨蝶呤耐药的分子机制,为复发患者寻找挽救性化疗方案 | 亲代和甲氨蝶呤耐药的原发性中枢神经系统淋巴瘤细胞 | 单细胞测序分析 | 原发性中枢神经系统淋巴瘤 | 单细胞RNA测序,加权基因共表达网络分析 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 两个数据集(HKBML和TK)的PCNSL细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |