单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
361	2025-05-09	GCLink: a graph contrastive link prediction framework for gene regulatory network inference 2025-Mar-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf074 PMID:39960893	research paper	提出了一种名为GCLink的图对比链接预测框架，用于从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络	引入图对比学习策略，整合基因的特征和邻域信息以学习其表示，减少对样本量的依赖并提升预测潜在基因调控相互作用的能力	未明确提及具体局限性，但可能依赖于已知基因调控相互作用的质量和数量	开发一种新的方法来更准确地推断基因调控网络，特别是在样本量有限的情况下	基因调控网络（GRNs）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	GCLink（图对比链接预测模型）	基因表达数据	未明确提及具体样本量，但实验基于真实scRNA-seq数据集
362	2025-05-09	Targeting enteric glial CRF-R1/Cx43 attenuates stress-induced accelerated colonic motility 2025-Mar, Journal of pharmacological sciences IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.jphs.2025.01.009 PMID:39929591	研究论文	本研究探讨了肠神经胶质细胞中的CRF-R1/Cx43在应激诱导的结肠运动加速中的作用	首次揭示了肠神经胶质细胞中CRF-R1的表达及其通过Cx43激活在应激诱导结肠运动反应中的机制	研究仅使用雄性C57BL/6小鼠，未考虑性别差异或其他品系动物的反应	阐明应激诱导结肠运动加速的分子机制	肠神经胶质细胞(EGCs)及其CRF-R1/Cx43信号通路	神经胃肠病学	胃肠功能紊乱	免疫荧光、单细胞RNA测序	小鼠应激模型	分子表达数据、运动功能数据	雄性C57BL/6小鼠(具体数量未说明)
363	2025-05-09	Leveraging prior knowledge to infer gene regulatory networks from single-cell RNA-sequencing data 2025-Mar, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.1038/s44320-025-00088-3 PMID:39939367	综述	本文探讨了如何利用先验知识从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络，以提高网络的可靠性	提出整合先验知识的方法来增强基因调控网络推断的可靠性，并提出了标准化的基准测试框架	未提及具体实验验证或实际应用效果	提高从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络的准确性	基因调控网络（GRNs）	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	NA
364	2025-05-09	Sciatic nerve stimulation enhances NK cell cytotoxicity through dopamine signaling and synergizes immunotherapy in triple-negative breast cancer 2025-Mar, Drug resistance updates : reviews and commentaries in antimicrobial and anticancer chemotherapy IF:15.8Q1 DOI:10.1016/j.drup.2025.101212 PMID:39951881	研究论文	研究探讨了坐骨神经刺激通过多巴胺信号增强NK细胞毒性，并与免疫疗法协同作用治疗三阴性乳腺癌的效果	首次揭示了坐骨神经刺激通过D1样多巴胺受体-cAMP-PKA-CREB信号通路增强NK细胞毒性，并与抗PD-1疗法协同抑制肿瘤生长	研究仅在TNBC小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	探究坐骨神经刺激对三阴性乳腺癌抗肿瘤免疫反应及免疫疗法效果的影响	三阴性乳腺癌小鼠模型	癌症免疫治疗	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫组织化学	小鼠肿瘤模型	基因表达数据、免疫细胞表型数据	未明确说明具体样本量，使用4T1肿瘤模型小鼠
365	2025-05-09	An international perspective on the future of systemic sclerosis research 2025-Mar, Nature reviews. Rheumatology DOI:10.1038/s41584-024-01217-2 PMID:39953141	review	本文综述了系统性硬化症（SSc）研究的国际视角，探讨了当前挑战、最新进展及未来方向	整合单细胞RNA测序、空间生物学、人工智能等前沿技术探索SSc早期发病机制	缺乏经过验证的生物标志物和可靠的动物模型，疾病分类和临床异质性带来挑战	推动系统性硬化症的机制理解并开发个性化治疗方案	系统性硬化症的发病机制、诊断方法和治疗策略	医学研究	系统性硬化症（系统性自身免疫病）	单细胞RNA测序、二代测序、空间生物学、转录组学、基因组学、蛋白质组学、代谢组学、微生物组分析、人工智能	NA	多组学数据	NA
366	2025-05-09	TCL1A in naïve B cells as a therapeutic target for type 1 diabetes 2025-Mar, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2025.105593 PMID:39946833	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术等方法，探讨了T1D患者中B细胞的作用，并开发了一种靶向TCL1A的siRNA纳米药物用于治疗T1D	发现T1D早期患者中naïve B细胞数量增加且TCL1A表达上调，开发了靶向Tcl1a mRNA的siRNA纳米药物，有效减少naïve B细胞数量并改善T1D小鼠的葡萄糖不耐受	研究主要基于小鼠模型，临床转化效果尚需进一步验证	探讨B细胞在T1D发病机制中的作用，并开发新的治疗方法	T1D患者、NOD小鼠及健康对照	免疫学	1型糖尿病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、流式细胞术、磷酸化蛋白微阵列分析	siRNA纳米药物	RNA序列数据、蛋白质磷酸化数据	新诊断的T1D患者、相对对照及年龄匹配的健康对照
367	2025-05-08	Comparative single cell analysis of transcriptional bursting reveals the role of genome organization on de novo transcript origination 2025-Mar-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.29.591771 PMID:38746255	研究论文	通过比较单细胞转录组分析，研究基因组组织对新生转录起源的影响	提出了一种新的统计程序，识别了一组198个基因，这些基因能高度预测细胞类型身份，同时对跨越2500-3000万年进化的物种特异性差异保持稳健	研究仅限于三个密切相关的物种，可能不适用于更广泛的物种范围	研究基因组组织对精子发生过程中转录爆发和新生基因起源的影响	精子发生过程中的细胞类型和新生基因	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-Seq), RNA荧光原位杂交(FISH)	NA	转录组数据, 图像数据	三个密切相关的物种的精子发生过程中的细胞
368	2025-05-08	Distinct cellular mechanisms underlie chemotherapies and PD-L1 blockade combinations in triple-negative breast cancer 2025-Mar-10, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.01.007 PMID:39919737	研究论文	探讨三阴性乳腺癌中化疗与PD-L1阻断联合治疗的细胞机制	通过整合单细胞RNA测序数据，揭示了不同化疗药物与PD-L1抗体联合治疗对肿瘤免疫微环境的影响，特别是Nab-PTX与ATZ联合治疗对T细胞和骨髓细胞的重塑作用	机制尚未完全阐明，需要进一步实验验证	研究三阴性乳腺癌中化疗与免疫检查点阻断联合治疗的机制	三阴性乳腺癌患者和小鼠模型	肿瘤免疫学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA-seq数据	人类TNBC样本和小鼠模型
369	2025-05-08	Microglial reprogramming enhances antitumor immunity and immunotherapy response in melanoma brain metastases 2025-Mar-10, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.01.008 PMID:39919736	研究论文	本研究通过临床前模型和单细胞转录组学，揭示了小胶质细胞中Rela/NF-κB通路的激活促进黑色素瘤脑转移的机制，并提出了增强抗肿瘤免疫和免疫检查点抑制剂反应的新策略	发现了小胶质细胞中Rela/NF-κB通路的激活促进黑色素瘤脑转移的新机制，并证明靶向该通路可增强抗肿瘤免疫和免疫治疗反应	研究主要基于临床前模型，临床应用的可行性和效果需要进一步验证	探索黑色素瘤脑转移的生物学机制及脑免疫微环境在治疗反应中的作用	黑色素瘤脑转移的临床前模型和患者样本	肿瘤免疫学	黑色素瘤	单细胞转录组学	临床前模型	转录组数据	NA
370	2025-05-08	Proliferation of renal macrophage via MR/CSF1 pathway induced with aldosterone and inhibited by esaxerenone 2025-Mar-06, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114208 PMID:39923576	研究论文	研究醛固酮诱导的肾脏巨噬细胞增殖及其调控机制	揭示了醛固酮通过MR/CSF1通路诱导肾脏巨噬细胞增殖的机制，并发现抑制该通路可减少巨噬细胞增殖和肾脏损伤	巨噬细胞的高可塑性和异质性使得增殖细胞的来源和亚型仍不完全清楚	探究醛固酮诱导的肾脏巨噬细胞增殖的起源、亚型及调控机制	肾脏巨噬细胞	病理学	肾脏疾病	免疫荧光、流式细胞术、单细胞测序	NA	细胞数据	NA
371	2025-05-08	A comprehensive pan-cancer examination of transcription factor MAFF: Oncogenic potential, prognostic relevance, and immune landscape dynamics 2025-Mar-06, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114105 PMID:39923580	研究论文	通过多组学分析全面研究了转录因子MAFF在泛癌中的表达、预后相关性及其在肿瘤免疫和微环境中的作用	首次在泛癌范围内系统分析了MAFF的表达特征、预后价值及其与肿瘤免疫微环境的关联，并探索了靶向MAFF的抗癌药物	研究主要基于生物信息学分析，需要更多实验验证	探索转录因子MAFF在多种癌症中的表达模式、预后价值和免疫调节作用	多种癌症类型中的MAFF表达及其与肿瘤免疫微环境的关联	生物信息学	泛癌研究(包括乳腺癌和子宫内膜癌等)	转录组分析、单细胞测序、空间转录组、分子对接	Cox回归分析、Spearman相关性分析、GSEA/GSVA富集分析	转录组数据、单细胞数据、空间转录组数据	来自GDC和UCSC XENA等多个数据库的泛癌样本数据
372	2025-05-08	Multi-omics profiles reveal immune microenvironment alterations associated with PD-L1 checkpoint in acute pancreatitis in the early phase 2025-03-05, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.151451 PMID:39922059	研究论文	通过多组学分析揭示急性胰腺炎早期阶段PD-L1检查点相关的免疫微环境变化	整合单细胞RNA测序、数字空间分析和CyTOF技术，首次在急性胰腺炎早期阶段揭示了PD-1/PD-L1通路在免疫调节中的关键作用	研究主要聚焦于疾病早期阶段，未涉及疾病进展或慢性阶段的免疫变化	探究急性胰腺炎早期阶段免疫调节的分子机制	小鼠模型和人类急性胰腺炎患者的胰腺及血液样本	多组学分析	急性胰腺炎	单细胞RNA测序、数字空间分析、CyTOF、bulk-RNA测序	NA	单细胞转录组数据、蛋白质组数据、空间转录组数据	CER-AP小鼠模型和AP患者血液样本
373	2025-05-08	Identification of increased dedifferentiation along the Prom1+ cancer cells in Müllerian adenosarcoma with sarcomatous overgrowth 2025-Mar, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-02943-4 PMID:39920368	研究论文	通过单细胞RNA测序和生物信息学分析，揭示了Müllerian腺肉瘤中Prom1+癌细胞去分化的异质性和动态变化	首次发现Prom1+癌细胞在发育轨迹中的三种表型，并鉴定出E2F1作为Prom1谱系去分化的主要转录因子	样本量较小，且仅针对Müllerian腺肉瘤进行研究	探究Müllerian腺肉瘤中Prom1+癌细胞的异质性和去分化机制	Müllerian腺肉瘤（MASO）及其配对正常组织	数字病理学	子宫肉瘤	单细胞RNA测序，生物信息学分析，免疫组化	NA	RNA测序数据，免疫组化数据	MASO及配对正常组织样本
374	2025-05-08	Longitudinal MRI-Driven Multi-Modality Approach for Predicting Pathological Complete Response and B Cell Infiltration in Breast Cancer 2025-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202413702 PMID:39921294	research paper	该研究开发了一种基于纵向MRI的多模态模型，用于预测乳腺癌患者对新辅助治疗的病理完全缓解及B细胞浸润情况	整合了纵向MRI空间栖息地放射组学、转录组学和单细胞RNA测序数据，能够捕捉新辅助治疗期间肿瘤内部的动态异质性	模型需要在不同患者群体和临床环境中进行前瞻性验证	准确预测乳腺癌患者对新辅助治疗的病理完全缓解(pCR)并探索其生物学基础	2279名乳腺癌患者	digital pathology	breast cancer	MRI, 放射组学, 转录组学, 单细胞RNA测序	multi-modality model	MRI图像, 转录组数据, 单细胞RNA测序数据	2279名患者(来自12个中心)
375	2025-05-08	Identifying novel therapeutic targets in cystic fibrosis through advanced single-cell transcriptomics analysis 2025-Mar, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.109748 PMID:39921941	研究论文	通过先进的单细胞转录组学分析，识别囊性纤维化中的新型治疗靶点	发现了以前未与囊性纤维化气道疾病相关的新基因和调控网络，为开发更有效的干预措施提供了新的潜在治疗靶点	NA	深入了解囊性纤维化相关基因表达，以改善囊性纤维化患者的预后和生活质量	囊性纤维化患者和健康对照者的单细胞转录组数据	数字病理学	囊性纤维化	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
376	2025-05-08	Endoplasmic reticulum stress and unfolded protein response play roles in recurrent pregnancy loss: A bioinformatics study 2025-Mar, Journal of reproductive immunology IF:2.9Q2 DOI:10.1016/j.jri.2025.104446 PMID:39923360	research paper	本研究通过生物信息学方法探讨内质网应激(ERS)和未折叠蛋白反应(UPR)在复发性流产(RPL)中的作用	首次发现ERS和UPR过程与RPL发生相关，并确定了6个关键基因在RPL诊断中的潜在价值	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步实验验证	探索ERS和UPR过程作为RPL预防、诊断和治疗靶点的可能性	复发性流产患者样本数据	生物信息学	复发性流产	差异表达基因分析、机器学习、scRNA-seq	机器学习模型	基因表达数据	两个RPL数据集(GSE165004和GSE26787)
377	2025-05-08	Single-cell transcriptomics reveals the alteration of immune cell profile in peripheral blood of Henoch-Schonlein purpura 2025-Mar, Clinical immunology (Orlando, Fla.) DOI:10.1016/j.clim.2025.110443 PMID:39924084	research paper	该研究通过单细胞转录组学和多参数流式细胞术，揭示了过敏性紫癜（HSP）患者外周血中免疫细胞谱的变化	首次全面评估了HSP患者外周血单个核细胞的免疫细胞类型和状态，揭示了不同HSP亚型中免疫细胞的动态变化	研究样本量未明确说明，且仅关注外周血免疫细胞，未涉及组织特异性免疫反应	探究过敏性紫癜（HSP）患者外周血中免疫细胞谱的变化及其与疾病亚型的关系	健康供体和HSP患者的外周血单个核细胞	免疫学	过敏性紫癜	单细胞RNA测序（scRNA-seq），多参数流式细胞术	NA	单细胞转录组数据，流式细胞术数据	健康供体和HSP患者（具体数量未说明）
378	2025-05-08	A Unique Signature for Cancer-Associated Fibroblasts in Melanoma Metastases 2025-Mar, Pigment cell & melanoma research IF:3.9Q2 DOI:10.1111/pcmr.70002 PMID:39924882	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析，揭示了黑色素瘤原发肿瘤和肺转移中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的独特转录特征及其与中性粒细胞的相互作用	首次在黑色素瘤转移中识别出CAFs的独特亚群，并揭示了其通过SAA3和IL1b相关信号通路与中性粒细胞的肿瘤依赖性串扰	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证仍需进一步扩大样本量	探究黑色素瘤转移中癌症相关成纤维细胞的异质性及其在肿瘤微环境中的作用	小鼠黑色素瘤原发肿瘤及肺转移组织中的CAFs和正常成纤维细胞，以及人类黑色素瘤转移样本	肿瘤微环境研究	黑色素瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据、RNA和蛋白质水平空间表征数据	约8400个CAFs和正常成纤维细胞
379	2025-05-08	Role of TGF-β/SMAD/YAP/TAZ signaling in skeletal muscle fibrosis 2025-Mar-01, American journal of physiology. Cell physiology DOI:10.1152/ajpcell.00541.2024 PMID:39925133	research paper	研究TGF-β/SMAD/YAP/TAZ信号通路在骨骼肌纤维化中的作用	揭示了TGF-β通过YAP/TAZ调控FAPs向肌成纤维细胞分化的新机制，并提出了YAP/TAZ作为肌肉纤维化治疗靶点的潜力	对FAPs分化为肌成纤维细胞的核调控因子理解尚处于初级阶段	阐明TGF-β/SMAD/YAP/TAZ信号通路在骨骼肌纤维化中的调控机制	骨骼肌中的纤维/脂肪生成祖细胞(FAPs)及其向肌成纤维细胞的分化过程	分子生物学	肌肉萎缩症	空间转录组学分析	小鼠纤维化模型	基因表达数据	小鼠模型和原代培养的FAPs
380	2025-05-08	Single-cell transcriptome-wide Mendelian randomization and colocalization reveals immune-mediated regulatory mechanisms and drug targets for COVID-19 2025-Mar, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2025.105596 PMID:39933264	研究论文	通过单细胞转录组孟德尔随机化和共定位分析，揭示了COVID-19的免疫介导调控机制和潜在药物靶点	首次在14种外周血免疫细胞中利用26,597个单细胞表达数量性状位点（sc-eQTL）进行孟德尔随机化和共定位分析，发现了58个先前未报道的基因与COVID-19的关联	研究依赖于GWAS数据的可用性和质量，且部分发现的基因功能尚未通过实验验证	探索COVID-19的免疫介导调控机制并识别潜在药物靶点	14种外周血免疫细胞中的16,597个基因	生物信息学	COVID-19	单细胞转录组测序（scRNA-seq）、孟德尔随机化（MR）、共定位分析、深度学习模型	深度学习模型	单细胞转录组数据、GWAS数据	26,597个sc-eQTL