单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
341	2025-05-11	Genome-wide prediction of dominant and recessive neurodevelopmental disorder-associated genes 2025-Mar-06, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2025.02.001 PMID:40015282	research paper	提出一种计算方法来加速神经发育障碍（NDD）风险基因的识别，利用机器学习整合单细胞RNA测序数据和其他特征	首次展示仅基于单细胞RNA测序数据的模型能稳健预测与自闭症谱系障碍（ASD）、发育性和癫痫性脑病（DEE）以及发育迟缓（DD）相关的基因，并发现单等位基因和双等位基因在人类发育皮层中的表达模式差异	未提及具体样本量或数据来源的详细限制	加速神经发育障碍（NDD）风险基因的识别	神经发育障碍（NDD）风险基因	machine learning	neurodevelopmental disorder	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	semi-supervised machine learning framework (mantis-ml)	RNA测序数据和其他特征数据	NA
342	2025-05-11	Saltiness Enhancement of Soy Peptides by Modulating Amiloride-Insensitive Salt-Responsive Cells and Interacting with Cell Membranes 2025-Mar-05, Journal of agricultural and food chemistry IF:5.7Q1 DOI:10.1021/acs.jafc.4c12256 PMID:39993222	研究论文	本研究探讨大豆肽E、DG和9AA通过调节非阿米洛利敏感性盐响应细胞和与细胞膜相互作用增强咸味的机制	揭示了大豆肽E和DG通过氢键和水桥与TMC4形成更稳定的结合，以及肽E通过其N端谷氨酸吸附到脂质体上间接调节味觉受体功能的机制	研究仅针对三种大豆肽，未涵盖其他可能具有咸味增强效果的肽类	探究大豆肽增强咸味的分子机制及其在食品工业中减盐应用的潜力	大豆肽E (EDEGEQPRPF)、DG (DEGEQPRPFP) 和 9AA (DEGEQPRPF)	食品科学	NA	感官评价、钙成像、单细胞RNA测序、分子动力学模拟	NA	生物分子相互作用数据、感官评价数据、基因表达数据	三种大豆肽(具体样本量未明确说明)
343	2025-05-11	COME: contrastive mapping learning for spatial reconstruction of single-cell RNA sequencing data 2025-Mar-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf083 PMID:39992219	研究论文	提出了一种名为COME的对比映射学习方法，用于从单细胞RNA测序数据中恢复空间信息	通过对比映射学习在ST和scRNA-seq数据之间建立联系，有效捕获细胞-斑点关系并恢复scRNA-seq数据的空间信息	未明确提及具体限制	从单细胞RNA测序数据中恢复丢失的空间信息	单细胞RNA测序数据和空间转录组数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 空间转录组(ST)	对比映射学习	基因表达数据	未明确提及具体样本量
344	2025-05-11	Scupa: single-cell unified polarization assessment of immune cells using the single-cell foundation model 2025-Mar-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf090 PMID:39999031	research paper	开发了一种名为Scupa的计算方法，用于全面评估免疫细胞的极化状态	首次提出了一种系统性评估单细胞RNA测序数据中细胞因子驱动极化的计算方法	NA	评估免疫细胞在细胞因子驱动下的极化状态	免疫细胞	computational biology	NA	single-cell RNA sequencing	Universal Cell Embeddings	single-cell RNA sequencing data	14种免疫细胞类型
345	2025-05-11	Radiation-induced cellular plasticity primes glioblastoma for forskolin-mediated differentiation 2025-Mar-04, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2415557122 PMID:40009641	研究论文	研究探讨了辐射诱导的细胞可塑性如何为胶质母细胞瘤（GBM）的分化治疗创造条件，以及forskolin在联合治疗中的作用	利用辐射诱导的多能性状态，结合forskolin改变胶质瘤细胞的命运，提出了一种新的分化治疗方法	研究主要基于体外和小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探索胶质母细胞瘤的新型治疗方法，提高患者生存率	胶质母细胞瘤细胞和小鼠模型	肿瘤学	胶质母细胞瘤	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	体外胶质瘤细胞和小鼠模型
346	2025-05-11	Erythroid progenitor cell-mediated spleen-tumor interaction deteriorates cancer immunity 2025-Mar-04, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2417473122 PMID:40014568	research paper	该研究揭示了红细胞祖细胞（EPCs）在脾脏与肿瘤之间的相互作用中抑制肿瘤免疫并促进肿瘤进展的机制	首次发现EPCs在脾脏与肿瘤之间建立了一种先前未被认识的连接，通过分泌肝素结合生长因子调节PD-L1介导的免疫抑制，并通过CCL5/CCR5轴迁移至肿瘤，削弱局部抗肿瘤免疫	研究主要关注头颈部鳞状细胞癌患者，可能不适用于其他类型的癌症	探索肿瘤发展过程中系统性免疫的动态变化及其对免疫治疗的影响	红细胞祖细胞（EPCs）、脾脏与肿瘤的相互作用	免疫学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RNA测序（RNA-seq）	NA	RNA测序数据	未明确提及样本数量，但涉及头颈部鳞状细胞癌患者
347	2025-05-11	Astrocyte heterogeneity reveals region-specific astrogenesis in the white matter 2025-Mar, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-025-01878-6 PMID:39994409	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，比较了小鼠前脑灰质和白质星形胶质细胞的异质性，揭示了白质星形胶质细胞的区域特异性分子特性	首次揭示了白质星形胶质细胞与灰质星形胶质细胞的显著差异，并发现白质星形胶质细胞具有区域特异性分子特性，特别是胼胝体白质可能持续产生星形胶质细胞	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中验证所有发现	探索白质星形胶质细胞的异质性及其与灰质星形胶质细胞的区别	小鼠前脑灰质和白质（特别是胼胝体）的星形胶质细胞	神经科学	NA	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	RNA测序数据	小鼠前脑组织样本
348	2025-05-11	Intratumoral Injection of Cytotoxic Drugs Plus Hapten Elicits Significant Immune Responses in Sentinel Lymph Nodes: Implications for Cancer Immunotherapy 2025-Mar-01, Pancreas IF:1.7Q3 DOI:10.1097/MPA.0000000000002439 PMID:39999315	研究论文	研究通过细胞毒性药物加半抗原的瘤内注射在哨兵淋巴结中引发显著免疫反应，对癌症免疫治疗具有重要意义	揭示了靶向治疗如何调节淋巴结微环境以增强局部免疫反应，并可能提高全身抗肿瘤效果	未提及样本量大小和研究的具体局限性	定义哨兵淋巴结中的转移和远隔效应的机制	胰腺癌原发灶治疗前后的哨兵淋巴结	癌症免疫治疗	胰腺癌	scRNA-seq	NA	基因组数据	NA
349	2025-05-11	Targeting Zfp36 to combat cardiac hypertrophy: Insights into ferroptosis pathways 2025-Mar, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70247 PMID:40000392	research paper	本研究探讨了锌指蛋白36（Zfp36）在心脏肥大中通过调节铁死亡途径的作用机制	首次揭示了Zfp36通过Ythdc2/SLC7A11/GSH铁死亡途径调节心脏肥大的新机制，为心脏肥大的治疗提供了新靶点	研究主要基于细胞和动物模型，尚未在人体中进行验证	探究Zfp36在心脏肥大中铁死亡的调节作用及其机制	心肌细胞和心肌组织	心血管疾病	心血管疾病	单细胞测序分析	NA	基因表达数据	NA
350	2025-05-11	Integrative single-cell and spatial transcriptome analysis reveals heterogeneity of human liver progenitor cells 2025-Mar-01, Hepatology communications IF:5.6Q1 DOI:10.1097/HC9.0000000000000662 PMID:40008906	研究论文	通过整合单细胞和空间转录组分析揭示人类肝脏祖细胞的异质性	首次在人类肝脏中系统性地描述了肝脏祖细胞（LPCs）的异质性，并鉴定了不同的LPC亚群和细胞模块	LPCs在合并的上皮细胞和LPC群体中占比较低（2.95±1.91%），可能影响部分分析结果的代表性	探究人类肝脏祖细胞的异质性及其在肝脏再生中的作用	人类肝脏祖细胞（LPCs）	数字病理学	肝病	空间转录组测序技术	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据	超过259,400个人类肝脏单细胞，涵盖4种条件（胎儿、健康、肝硬化和肝癌影响的肝脏）
351	2025-05-10	Sustained NF-κB activation allows mutant alveolar stem cells to co-opt a regeneration program for tumor initiation 2025-Mar-06, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.01.011 PMID:39978341	研究论文	研究突变肺泡干细胞如何通过持续激活NF-κB信号通路来劫持再生程序以启动肿瘤发生	揭示了两种具有不同致瘤能力的AT2亚群，并发现IL1R1作为AT2重编程的共同激活因子，以及NF-κB持续激活在肿瘤发生中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究调控干细胞命运的失调信号如何导致肿瘤发生	小鼠野生型和KrasG12D突变型肺泡II型(AT2)干细胞	肿瘤生物学	肺癌	命运图谱技术、克隆分析、单细胞转录组学	小鼠模型	基因表达数据	数千个小鼠AT2干细胞
352	2025-05-10	Identifying gene expression and cellular pathways involved in glomerular AL-amyloidosis and correlation with experimental data: seeking novel therapeutic interventions 2025-Mar-04, Ultrastructural pathology IF:1.1Q4 DOI:10.1080/01913123.2025.2468708 PMID:39985165	研究论文	本研究通过空间转录组学技术，探讨了肾小球AL-淀粉样变性中基因表达和细胞通路的变化，并寻找新的治疗靶点	首次在人类肾小球中应用空间转录组学技术，揭示了与肾小球淀粉样变性起始和进展相关的独特基因和细胞通路	样本量较小（仅5例肾活检样本），且仅针对AL-淀粉样变性进行研究	探索肾小球AL-淀粉样变性的分子机制并寻找新的治疗干预靶点	肾小球AL-淀粉样变性患者的肾活检样本	数字病理学	肾脏疾病	空间转录组学	NA	基因表达数据	5例不同阶段的肾小球淀粉样变性活检样本和正常对照样本
353	2025-05-10	AsaruSim: a single-cell and spatial RNA-Seq Nanopore long-reads simulation workflow 2025-Mar-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf087 PMID:39985444	研究论文	开发了一个名为AsaruSim的工作流程，用于模拟合成单细胞长读长Nanopore数据集，以模仿真实的实验数据	AsaruSim是首个能够有效模拟scRNAseq长读长数据集复杂性的高级模拟工具，填补了该领域的空白	未明确提及具体的局限性，但可能包括模拟数据与真实数据的潜在差异	评估和优化单细胞长读长研究的异构体检测方法	人类外周血单个核细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）和Nanopore长读长测序	NA	RNA测序数据	人类外周血单个核细胞数据集
354	2025-05-10	Biases in machine-learning models of human single-cell data 2025-Mar, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-025-01619-8 PMID:39972066	评论	本文讨论了机器学习在人类单细胞数据分析中可能出现的各种偏差	全面分析了从样本收集到结果解释整个流程中可能出现的偏差，并提出了评估和缓解这些偏差的方法	未提出具体的解决方案，仅进行了问题分析和建议	探讨机器学习在单细胞数据分析中的偏差问题	人类单细胞数据	机器学习	NA	单细胞测序	弱监督或无监督ML模型	单细胞数据	NA
355	2025-05-10	Single-Cell Transcriptome Identifies a Proinflammatory B-Cell Subset in Hepatitis B Virus Associated Acute-on-Chronic Liver Failure 2025-Mar, Journal of viral hepatitis IF:2.5Q3 DOI:10.1111/jvh.70012 PMID:39976290	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术，揭示了乙型肝炎病毒相关慢加急性肝衰竭（ACLF）患者外周血中B细胞的免疫异常特征	首次在ACLF患者中鉴定出一群促炎性B细胞亚群，并发现幼稚B细胞的比例显著增加及其功能异常	样本量相对有限，且未深入探究B细胞功能异常的分子机制	探究ACLF患者中B细胞的免疫特征及其在疾病发生发展中的作用	ACLF患者和健康对照者的外周血单个核细胞	单细胞组学	乙型肝炎病毒相关慢加急性肝衰竭	scRNA-seq, 流式细胞术	NA	单细胞转录组数据	临床ACLF患者和健康对照者的外周血样本
356	2025-05-10	Intratumour oxidative hotspots provide a niche for cancer cell dissemination 2025-Mar, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-025-01617-w PMID:39984655	research paper	该研究开发了一种名为T-AP1的肿瘤靶向探针，用于追踪细胞外HO，揭示了肿瘤内氧化应激微环境（HO热点）如何通过p38-MYC轴激活促进癌细胞扩散	开发了T-AP1探针可视化肿瘤氧化应激微环境，揭示了HO热点通过p38-MYC轴激活促进癌细胞部分上皮-间质转化和迁移的新机制	未涉及NRF2高度激活肿瘤中p38反应缺失的具体分子机制	探究肿瘤微环境中氧化应激对癌细胞扩散的影响	肿瘤细胞（除NRF2高度激活肿瘤外）及正常上皮细胞	肿瘤微环境研究	癌症（泛癌种）	肿瘤靶向探针成像（T-AP1）	NA	分子成像数据	未明确样本量（涉及多癌种肿瘤细胞及正常上皮细胞）
357	2025-05-09	Upregulation of LSP1 in AML cells enhances AML resistance to sorafenib and promotes apoptosis in CD8+ T cells 2025-Mar-26, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114255 PMID:39952006	研究论文	本研究通过RNA-seq分析识别了急性髓系白血病(AML)中的两种免疫相关亚型，并发现LSP1作为AML患者的重要预后标志物，影响索拉非尼的敏感性及CD8+ T细胞功能	首次揭示LSP1作为AML免疫相关标志物，与患者预后、临床特征及索拉非尼敏感性显著相关，并影响CD8+ T细胞功能	研究主要基于RNA-seq和scRNA-seq数据分析，缺乏体内实验验证	探索AML肿瘤微环境中的免疫抑制机制并寻找新的免疫治疗靶点	急性髓系白血病(AML)患者样本及CD8+ T细胞	肿瘤免疫学	急性髓系白血病	RNA-seq, scRNA-seq	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量，但包含AML患者分组(Cluster 1和Cluster 2)
358	2025-05-09	Protocol to recover single-cell gene expression profiles from spatial transcriptomics data using cluster computing 2025-Mar-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103636 PMID:39946238	研究论文	提出了一种名为scResolve的计算协议，用于从低分辨率空间转录组数据中恢复单细胞基因表达谱	开发了scResolve协议，利用集群计算环境加速数据处理，实现从多细胞分辨率数据中恢复单细胞基因表达谱	未提及具体性能指标或与其他方法的比较	解决空间转录组技术在单细胞分辨率分析上的限制	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组技术	NA	基因表达数据	NA
359	2025-05-09	PbImpute: Precise Zero Discrimination and Balanced Imputation in Single-Cell RNA Sequencing Data 2025-Mar-10, Journal of chemical information and modeling IF:5.6Q1 DOI:10.1021/acs.jcim.4c02125 PMID:39957720	研究论文	提出了一种名为PbImpute的新方法，用于在单细胞RNA测序数据中精确区分和平衡填充零值	PbImpute通过结合零膨胀负二项分布模型与静态和动态修复机制，实现了在技术性丢失和生物零值之间的最优平衡	未明确提及具体限制，但可能依赖于数据质量和初始参数设置	解决单细胞RNA测序数据中的零值问题，提高下游分析的准确性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	ZINB, 图嵌入神经网络	基因表达数据	模拟和真实的scRNA-seq数据集（如PBMC）
360	2025-05-09	Single-cell copy number calling and event history reconstruction 2025-Mar-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf072 PMID:39946094	research paper	开发了一种名为SCICoNE的统计模型和MCMC算法，用于从浅层全基因组DNA测序数据中进行单细胞拷贝数分析	SCICoNE能够重建肿瘤中拷贝数事件的历史，并利用这些进化关系识别单个细胞的拷贝数谱	仅在模拟数据和两种乳腺癌样本上进行了评估，样本量有限	开发精确的癌症诊断和治疗方法	单细胞拷贝数变异	基因组学	乳腺癌	单细胞测序，浅层全基因组DNA测序	MCMC算法	DNA测序数据	两个乳腺癌样本