单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
341	2025-05-13	STING Deficiency Promotes Th17-Like Tfh to Aggravate the Experimental Autoimmune Uveitis 2025-Mar-03, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.3.8 PMID:40042874	研究论文	本研究探讨了STING信号调控的Th17样滤泡辅助性T细胞（Tfh）在实验性自身免疫性葡萄膜炎（EAU）中的致病机制	揭示了STING缺陷通过促进Th17样Tfh细胞的分化和表型转化加剧EAU炎症反应的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类相关性需进一步验证	探索STING信号在EAU发病机制中的作用	实验性自身免疫性葡萄膜炎（EAU）小鼠模型	免疫学	自身免疫性葡萄膜炎	scRNA-seq, bulk RNA-seq, 流式细胞术	Sting-/-基因敲除小鼠模型	单细胞转录组数据, 流式细胞数据	EAU小鼠和对照小鼠的引流淋巴结细胞
342	2025-05-13	Single-Cell Multiomics Analysis of Early Wound Response Programs in the Mouse Corneal Epithelium 2025-Mar-03, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.3.9 PMID:40042873	研究论文	利用单细胞多组学分析技术研究小鼠角膜上皮早期伤口反应的基因调控程序	首次结合单细胞RNA-seq和ATAC-seq技术，系统描绘了小鼠角膜上皮在早期伤口反应中的转录组和表观遗传变化	仅关注早期伤口反应阶段，未涉及后期修复过程；研究局限于小鼠模型，人类组织的适用性有待验证	阐明伤口愈合过程中角膜上皮细胞的基因调控机制	小鼠角膜上皮细胞	单细胞多组学	角膜损伤	单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 免疫荧光染色, 实时定量PCR	Seurat, ArchR, Monocle 2, CellChat, pySCENIC	单细胞转录组数据, 染色质可及性数据	未明确说明样本数量（包含稳态和伤口诱导的小鼠角膜上皮细胞）
343	2025-05-13	Unraveling enhanced liver regeneration in ALPPS: Integrating multi-omics profiling and in vivo CRISPR in mouse models 2025-Mar-01, Hepatology communications IF:5.6Q1 DOI:10.1097/HC9.0000000000000630 PMID:40048448	research paper	该研究通过建立小鼠模型，结合多组学分析和CRISPR基因编辑技术，探讨了ALPPS手术在促进肝脏再生中的机制	首次整合RNA-seq、microRNA-seq和scRNA-seq分析，结合CRISPR-cas9基因编辑技术，揭示了ALPPS促进肝脏再生的分子机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体验证	探究ALPPS手术促进肝脏再生的分子机制	小鼠肝脏组织	分子生物学	肝脏疾病	RNA-seq, microRNA-seq, scRNA-seq, CRISPR-cas9	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本数量
344	2025-05-13	Integrated Analysis to Reveal Heterogeneity of Tumor-Associated Neutrophils in Glioma 2025-Mar, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.70745 PMID:40052358	研究论文	本研究通过整合分析揭示了胶质瘤中肿瘤相关中性粒细胞（TANs）的异质性，并开发了一个预后模型	首次系统性地研究了TANs在胶质瘤中的异质性及其作用，并构建了一个基于7个基因的风险评分模型	研究主要基于RNA-seq数据，缺乏蛋白质水平的验证，且体外实验仅验证了UGCG的功能	探究TANs在胶质瘤中的异质性及其作用，并开发预后模型	胶质瘤中的肿瘤相关中性粒细胞（TANs）	数字病理学	胶质瘤	scRNA-seq, bulk RNA-seq, WGCNA, IHC, CCK8, EdU, Transwell, TUNEL	风险评分模型	RNA-seq数据	四个独立数据集中的胶质瘤样本
345	2025-05-13	Prognostic and Therapeutic Significance of Cancer-Associated Fibroblasts Genes in Osteosarcoma Based on Bulk and Single-Cell RNA Sequencing Data 2025-Mar, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70424 PMID:40045162	research paper	该研究通过批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，探索了癌症相关成纤维细胞基因在骨肉瘤中的预后和治疗意义	构建了一个基于11个CAF相关基因的风险特征模型，用于预测骨肉瘤患者的预后并指导治疗策略	研究样本量较小，仅包含6名骨肉瘤患者和46,544个细胞	发现新的风险模型以更准确地预测和改善骨肉瘤患者的预后	骨肉瘤患者及其肿瘤微环境中的细胞	digital pathology	osteosarcoma	scRNA-seq, bulk RNA-seq, microarray	Lasso-Cox regression	RNA sequencing data	6名骨肉瘤患者和46,544个细胞
346	2025-05-13	[Efficacy and mechanism of Guizhi Tongluo Tablets in alleviating atherosclerosis by inhibiting CD72hi macrophages] 2025-Mar, Zhongguo Zhong yao za zhi = Zhongguo zhongyao zazhi = China journal of Chinese materia medica DOI:10.19540/j.cnki.cjcmm.20241107.707 PMID:40350913	research paper	本研究探讨了桂枝通络片(GZTL)在小鼠模型中治疗动脉粥样硬化(AS)的效果及其潜在机制	首次揭示了GZTL通过抑制CD72hi巨噬细胞(CD72hi-Mφ)活性缓解AS的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	探究GZTL治疗AS的药效及分子机制	ApoE敲除小鼠和AS患者	药理学研究	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、酶联免疫吸附试验(ELISA)、实时荧光定量PCR	小鼠AS模型	基因表达数据、血清生化指标、组织病理学图像	ApoE敲除小鼠分组实验(模型组、不同剂量GZTL组、阿托伐他汀组)及对照组C57BL/6J小鼠
347	2025-05-12	Temporal dynamics of immune cell transcriptomics in brain metastasis progression influenced by gut microbiome dysbiosis 2025-Mar-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115356 PMID:40023843	research paper	研究肠道微生物失调对脑转移进展中免疫细胞转录组学时间动态的影响	揭示了肠道微生物组多样性作为脑转移调节因子的作用，并展示了单细胞测序在解析免疫景观动态变化中的应用	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探讨肠道微生物组在脑转移进展中调节免疫反应动态的作用	脑转移小鼠模型中的免疫细胞和肠道微生物组	digital pathology	brain metastasis	single-cell sequencing	NA	transcriptomics data	小鼠模型（具体数量未提及）
348	2025-05-12	Integrated computational analysis identifies therapeutic targets with dual action in cancer cells and T cells 2025-Mar-11, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2025.02.007 PMID:40023158	研究论文	开发了一个计算目标发现平台ICRAFT，用于识别既能抑制肿瘤进展又能增强抗肿瘤免疫力的通路	整合了多种功能基因组学和临床数据集，提供了一个交互式资源，用于深入理解抗肿瘤免疫和免疫肿瘤药物开发	未明确提及具体的技术或数据限制	识别既能增强癌细胞对免疫攻击的敏感性又能激活T细胞的治疗靶点	癌细胞和T细胞	免疫肿瘤学	癌症	CRISPR筛选、scRNA-seq、RNA-seq	ICRAFT平台	基因组数据、转录组数据	NA
349	2025-05-12	Splenic TNF-α signaling potentiates the innate-to-adaptive transition of antiviral NK cells 2025-Mar-11, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2025.02.012 PMID:40023159	研究论文	研究自然杀伤（NK）细胞在巨细胞病毒感染期间的组织激活及其向适应性免疫细胞的转变	揭示了脾脏中TNF-α信号通过不同NF-κB信号通路促进NK细胞从先天免疫向适应性免疫转变的机制	研究主要基于小鼠模型，人类NK细胞中类似机制尚需验证	探索NK细胞在病毒感染中从先天免疫向适应性免疫转变的分子机制	自然杀伤（NK）细胞	免疫学	病毒感染	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
350	2025-05-12	[Comprehensive analysis of the structural phenotypes and functional characteristics of B cells in oral lichen planus and oral lichenoid lesions through single-cell and spatial transcriptomics] 2025-Mar-09, Zhonghua kou qiang yi xue za zhi = Zhonghua kouqiang yixue zazhi = Chinese journal of stomatology DOI:10.3760/cma.j.cn112144-20241220-00500 PMID:40015701	研究论文	通过单细胞和空间转录组学技术，全面分析口腔扁平苔藓（OLP）和相关口腔苔藓样病变（OLL）中B细胞的结构表型和功能特征	首次结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，系统研究了OLP/OLL中B细胞的表型、空间分布及其在三级淋巴结构（TLS）形成中的作用	样本量较小（仅6例患者和4例对照），且B细胞参与的具体功能机制仍需进一步研究	揭示B细胞介导的口腔黏膜微环境免疫调节的表观遗传机制	口腔扁平苔藓（OLP）和相关口腔苔藓样病变（OLL）患者的B细胞	数字病理	口腔疾病	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	转录组数据, 空间基因表达数据	6例患者（2例EOLP, 3例NEOLP, 1例OLL）和4例健康对照
351	2025-05-12	Adipose-derived stem cells attenuate rheumatoid arthritis by restoring CX3CR1+ synovial lining macrophage barrier 2025-Mar-05, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04144-5 PMID:40038808	research paper	研究探讨了脂肪来源干细胞（ADSCs）通过恢复CX3CR1+滑膜巨噬细胞屏障来缓解类风湿性关节炎（RA）的机制	揭示了ADSCs通过线粒体转移改善CX3CR1+巨噬细胞的能量代谢特征，并促进屏障恢复的新机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探究ADSCs治疗RA的潜在机制及其与CX3CR1+巨噬细胞的相互作用	血清转移诱导的关节炎模型小鼠及CX3CR1+滑膜巨噬细胞	细胞治疗	类风湿性关节炎	scRNA-seq, bulk RNA-seq	血清转移诱导的关节炎小鼠模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，但涉及多个时间点（0、2、4、7天）的ADSCs及CX3CR1+巨噬细胞
352	2025-05-12	AcImpute: a constraint-enhancing smooth-based approach for imputing single-cell RNA sequencing data 2025-Mar-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae711 PMID:40037523	research paper	提出了一种名为AcImpute的无监督方法，用于提高单细胞RNA测序数据的插补准确性	通过约束不同表达水平基因间的平滑权重，有效防止过平滑现象，提高聚类和轨迹推断性能	未提及与其他方法在计算效率上的比较	解决单细胞RNA测序数据中由于丢失事件导致的下游分析准确性问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	无监督学习	基因表达数据	NA
353	2025-05-12	Benchmarking copy number aberrations inference tools using single-cell multi-omics datasets 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf076 PMID:40037644	research paper	该研究通过单细胞多组学数据集对五种最先进的拷贝数变异推断工具进行了基准测试	首次全面评估了从单细胞RNA测序数据推断拷贝数变异的计算方法的性能	研究仅评估了五种工具，可能未涵盖所有可用方法	评估和比较不同计算工具在推断拷贝数变异方面的性能	单细胞多组学数据集	基因组学	癌症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因组数据	NA
354	2025-05-12	Single cell immunoprofile of synovial fluid in rheumatoid arthritis with TNF/JAK inhibitor treatment 2025-Mar-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57361-0 PMID:40038288	研究论文	通过单细胞RNA测序技术分析类风湿性关节炎患者滑膜液中免疫细胞的特征及其对TNF/JAK抑制剂的反应	首次在单细胞水平上揭示了滑膜液中致病性细胞（如SPP1巨噬细胞和CXCL13CD4 T细胞）的功能及其在药物治疗后的变化	研究样本量有限，且仅针对特定药物（阿达木单抗/托法替尼）进行了分析	探究类风湿性关节炎患者滑膜液中致病性细胞的功能及其对药物治疗的反应	类风湿性关节炎患者的滑膜液样本	单细胞测序	类风湿性关节炎	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	类风湿性关节炎患者的滑膜液样本（未明确具体数量）
355	2025-05-12	E3 ubiquitin ligase RNF128 promotes Lys63-linked polyubiquitination on SRB1 in macrophages and aggravates atherosclerosis 2025-Mar-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57404-6 PMID:40038329	research paper	该研究揭示了E3泛素连接酶RNF128通过促进SRB1的Lys63-linked多泛素化，加剧巨噬细胞泡沫细胞形成和动脉粥样硬化	首次发现RNF128在巨噬细胞中的特异性表达及其通过SRB1的Lys63-linked多泛素化调控泡沫细胞形成的新机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	探究RNF128在动脉粥样硬化中的作用机制	巨噬细胞和动脉粥样硬化小鼠模型	心血管疾病	动脉粥样硬化	单细胞RNA测序	ApoE和LDLR缺陷小鼠模型	RNA测序数据	NA
356	2025-05-12	Investigation of cell development and tissue structure network based on natural Language processing of scRNA-seq data 2025-Mar-04, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06263-2 PMID:40038714	研究论文	提出了一种基于自然语言处理（NLP）的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据分析方法，用于研究细胞发育和组织结构网络	将基因类比为单词，利用word2vec方法生成基因、细胞和组织的向量表示，从而进行多尺度分析	未提及该方法在复杂疾病或大规模数据集上的验证效果	研究细胞命运决定、分化过程、细胞发育及疾病机制	单细胞RNA测序数据	自然语言处理	NA	scRNA-seq	word2vec	基因表达数据	未明确提及样本数量
357	2025-05-12	Single-cell lineage tracing techniques in hematology: unraveling the cellular narrative 2025-Mar-04, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06318-4 PMID:40038725	review	本文综述了单细胞谱系追踪技术在血液学中的应用及其优势	重点介绍了Integration barcodes、CRISPR barcoding和碱基编辑器等新兴单细胞谱系追踪技术的优越性	未提及具体的技术限制或应用中的挑战	探索单细胞谱系追踪技术在血液学系统中的应用潜力	血液系统中的造血干细胞和恶性肿瘤细胞	生物医学	血液系统疾病	单细胞测序技术、Integration barcodes、CRISPR barcoding、碱基编辑器	NA	单细胞数据	NA
358	2025-05-12	Histidine metabolism drives liver cancer progression via immune microenvironment modulation through metabolic reprogramming 2025-Mar-04, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06267-y PMID:40038727	研究论文	本研究探讨了组氨酸代谢在肝细胞癌（HCC）进展中的作用，特别是通过代谢重编程和免疫微环境调节的机制	揭示了组氨酸代谢如何通过调节免疫微环境促进肝癌进展，并鉴定出关键基因BUD23作为预后标志物	具体机制仍需进一步研究，且样本来源可能限制了结果的普适性	探究组氨酸代谢在肝细胞癌中的作用及其对免疫微环境的影响	肝细胞癌（HCC）样本中的组氨酸代谢相关基因表达模式	肿瘤生物学	肝癌	单细胞RNA测序，TCGA数据库分析，体内外共培养实验	多变量Cox回归预后模型	RNA测序数据，临床数据	未明确提及具体样本数量，但使用了TCGA数据库和HCC样本
359	2025-05-12	Benchmarking single-cell cross-omics imputation methods for surface protein expression 2025-Mar-04, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03514-9 PMID:40038818	research paper	该研究对12种最先进的单细胞跨组学表面蛋白表达插补方法进行了全面基准测试	首次在11个数据集和6种场景下对多种插补方法进行综合性能评估	研究结果可能受限于所选数据集和评估场景的代表性	评估单细胞RNA测序数据预测表面蛋白丰度的插补方法性能	12种表面蛋白数据插补方法	单细胞组学	NA	CITE-seq, REAP-seq, scRNA-seq	多种插补方法(包括Seurat v3/v4 PCA)	单细胞转录组和表面蛋白组数据	11个单细胞数据集
360	2025-05-12	Apolipoprotein E is a marker of all chondrocytes in the growth plate resting zone 2025-Mar-03, Bone research IF:14.3Q1 DOI:10.1038/s41413-025-00407-2 PMID:40025030	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和荧光原位杂交技术，发现载脂蛋白E（Apoe）是小鼠和人类生长板静息区软骨细胞的全面标记物	首次发现Apoe作为生长板静息区软骨细胞的全面标记物，解决了该领域缺乏全面标记物的问题	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限	寻找生长板静息区软骨细胞的全面标记物	小鼠和人类生长板静息区软骨细胞	细胞生物学	骨骼发育疾病	单细胞RNA测序（scRNAseq）、荧光原位杂交（FISH）	Apoe敲入小鼠模型	基因表达数据、图像数据	小鼠生长板软骨细胞、人类生长板样本