单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 709 篇文献，本页显示第 281 - 300 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 281 | 2025-10-06 |
scRNA-seq of the intestine reveals the key role of mast cells in early gut dysfunction associated with acute pancreatitis
2025-Mar-28, World journal of gastroenterology
IF:4.3Q1
DOI:10.3748/wjg.v31.i12.103094
PMID:40182603
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究急性胰腺炎早期肠道功能障碍中肥大细胞的关键作用 | 首次在单细胞水平揭示急性胰腺炎早期肠道屏障功能障碍中肥大细胞通过分泌CCL5促进中性粒细胞和巨噬细胞浸润的新机制 | 研究样本量相对有限，仅包含正常组和两个不同时间点的急性胰腺炎模型 | 探索急性胰腺炎相关肠道损伤的生物学过程和机制，寻找早期预防或治疗肠道屏障损伤的潜在靶点 | 小鼠小肠组织细胞 | 单细胞组学 | 急性胰腺炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 33232个细胞，包含正常组、AP1组(4次雨蛙素注射)和AP2组(8次雨蛙素注射) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 282 | 2025-10-06 |
A single-cell atlas of spatial and temporal gene expression in the mouse cranial neural plate
2025-Mar-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.25.609458
PMID:39229123
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序构建了小鼠胚胎颅神经管闭合过程中时空基因表达图谱 | 首次系统分析了颅神经板闭合过程中870个基因的空间调控表达模式，并揭示了SHH信号在前脑、中脑和后脑中的不同转录调控程序 | 研究仅限于小鼠模型，未涉及其他物种验证 | 研究早期哺乳动物大脑发育过程中的转录调控事件 | 小鼠胚胎颅神经板 | 单细胞基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 六个连续发育阶段的小鼠胚胎样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 283 | 2025-10-06 |
MAEST: accurately spatial domain detection in spatial transcriptomics with graph masked autoencoder
2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf086
PMID:40052440
|
研究论文 | 提出一种名为MAEST的图神经网络模型，用于空间转录组数据中的空间域检测 | 使用图掩码自编码器进行去噪和表示精炼，结合图对比学习防止特征崩溃，集成单跳和多跳表示捕获局部和全局空间关系 | 未在摘要中明确说明 | 提高空间转录组数据中空间域识别的准确性和鲁棒性 | 人类大脑、小鼠海马体、嗅球、大脑和胚胎等多种组织的空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组技术 | 图神经网络(GNN)、图掩码自编码器、图对比学习 | 基因表达谱空间数据 | 多个数据集，包括人类大脑、小鼠海马体、嗅球、大脑和胚胎 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 284 | 2025-10-06 |
Inferring gene regulatory networks from time-series scRNA-seq data via GRANGER causal recurrent autoencoders
2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf089
PMID:40062616
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研究论文 | 提出一种名为GRANGER的无监督深度学习方法，用于从时间序列单细胞RNA测序数据推断基因调控网络 | 整合循环变分自编码器、格兰杰因果关系、稀疏诱导惩罚和基于负二项分布的损失函数，专门针对时间序列scRNA-seq数据的高噪声和稀疏性问题 | 未明确提及具体局限性 | 开发能够准确推断时间序列单细胞RNA测序数据中基因调控网络的新方法 | 小鼠全脑单细胞RNA测序数据和五个转录调控因子(E2f7, Gbx1, Sox10, Prox1, Onecut2) | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 循环变分自编码器 | 时间序列单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 285 | 2025-10-06 |
scMUG: deep clustering analysis of single-cell RNA-seq data on multiple gene functional modules
2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf138
PMID:40188497
|
研究论文 | 本文提出了一种整合基因功能模块信息的单细胞RNA测序数据深度聚类分析方法scMUG | 首次将基因功能关联信息整合到单细胞RNA测序聚类分析中，并提出了结合局部密度和全局分布的新型相似性度量方法 | NA | 解决单细胞RNA测序数据的高维稀疏性问题，提升细胞聚类分析性能 | 人类单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度聚类 | 基因表达数据 | 9个人类单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 286 | 2025-10-06 |
Biophysical and Biochemical Roles of Shear Stress on Endothelium: A Revisit and New Insights
2025-Mar-28, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325685
PMID:40146803
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综述 | 回顾血流剪切应力对内皮细胞的生物物理特性和生化效应及其在心血管病理生理中的作用 | 整合生物物理与生化视角探讨剪切应力机制，涵盖单细胞测序、空间组学等新兴技术 | 未涉及具体实验数据，主要基于现有文献综合分析 | 阐明剪切应力在血管稳态维持和心血管疾病发展中的作用机制 | 内皮细胞及心血管系统 | 生物医学工程 | 心血管疾病 | 单细胞测序, 空间组学, 代谢组学, 多组学技术 | NA | 文献数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 287 | 2025-10-06 |
Uncovering Hippo pathway-related biomarkers in acute myocardial infarction via scRNA-seq binding transcriptomics
2025-Mar-26, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-94820-6
PMID:40133574
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序识别急性心肌梗死中Hippo信号通路相关生物标志物 | 首次结合单细胞RNA测序和机器学习算法鉴定出五个AMI特异性生物标志物，并预测了179种潜在治疗药物 | 研究样本量有限，需要在更大队列中验证生物标志物的临床价值 | 探索急性心肌梗死的发病机制并寻找诊断生物标志物 | 急性心肌梗死患者和对照人群 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, qRT-PCR, Western blot | 机器学习算法 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 288 | 2025-10-06 |
Clonal expansion dictates the efficacy of mitochondrial lineage tracing in single cells
2025-Mar-26, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03540-7
PMID:40134031
|
研究论文 | 本研究通过计算建模和单细胞基因组学探讨了mtDNA变异作为细胞谱系追踪标记的有效性 | 揭示了克隆扩增程度决定线粒体谱系追踪效果的关键机制，并开发了谱系信息评分系统 | 研究主要基于计算模拟和特定生物场景，需要在更多实验条件下验证 | 评估mtDNA变异作为内源性条形码在单细胞水平追踪人类细胞谱系的有效性 | 线粒体DNA变异在不同生物环境中的克隆动态 | 计算生物学 | NA | 单细胞基因组学, 计算建模 | 计算模型 | 基因组数据 | NA | NA | 单细胞基因组学 | NA | NA |
| 289 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing reveals potential therapeutic targets in the tumor microenvironment of lung squamous cell carcinoma
2025-Mar-26, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-93916-3
PMID:40140461
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析肺鳞癌肿瘤微环境，识别恶性细胞表型及其临床意义 | 应用非负矩阵分解识别独特的恶性细胞表型（元程序），揭示其与预后的临床相关性 | 基于公共数据集分析，样本来源有限 | 探索肺鳞癌肿瘤微环境组成并识别潜在治疗靶点 | 肺鳞癌肿瘤微环境中的细胞组成 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | 非负矩阵分解 | 基因表达数据 | 两个队列的公共数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 290 | 2025-10-06 |
Combined targeting of glioblastoma stem cells of different cellular states disrupts malignant progression
2025-Mar-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-58366-5
PMID:40140646
|
研究论文 | 本研究通过靶向胶质母细胞瘤干细胞的不同细胞状态，揭示了MEOX2和SRGN在恶性进展中的关键作用 | 首次发现MEOX2-NOTCH和SRGN-NFκB轴分别调控经典型和间充质型胶质母细胞瘤干细胞的增殖与干性维持，并鉴定出FDA批准的靶向药物 | 未明确MEOX2和SRGN在其他类型肿瘤干细胞中的普适性，且临床前模型需进一步验证 | 开发针对胶质母细胞瘤干细胞异质性的联合靶向治疗策略 | 胶质母细胞瘤干细胞（GSCs），特别是经典型（CL）和间充质型（MES）亚群 | 肿瘤生物学 | 胶质母细胞瘤 | RNA测序，单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 291 | 2025-10-06 |
Ectopic expression of Slc1a2 in the prefrontal cortex of sleep-deprived male mice counteracts the glutamate/GABA-glutamine dysfunction
2025-Mar-26, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-025-02161-7
PMID:40140835
|
研究论文 | 本研究探讨了前额叶皮层中Slc1a2异位表达对睡眠剥夺诱导的谷氨酸/GABA-谷氨酰胺功能紊乱的调节作用 | 首次揭示Slc1a2异位表达可通过星形胶质细胞-神经元通讯逆转睡眠剥夺引起的GABA功能障碍 | 研究仅使用雄性小鼠，未探讨性别差异；机制研究仍需进一步深入 | 阐明Slc1a2在前额叶皮层的异位表达对睡眠剥夺引起的神经代谢紊乱的调节机制 | 雄性小鼠的前额叶皮层、脑干、皮层和下丘脑区域 | 神经科学 | 睡眠障碍 | 单细胞RNA测序, 电生理记录, 免疫荧光染色, 核磁共振波谱, 行为学测试 | 小鼠睡眠剥夺模型 | 基因表达数据, 电生理数据, 代谢数据, 行为数据 | 未明确说明具体样本数量的小鼠脑组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 292 | 2025-10-06 |
Combined analysis of single-cell and bulk transcriptome sequencing data identifies critical glycolysis genes in idiopathic pulmonary arterial hypertension
2025-Mar-26, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06373-x
PMID:40140873
|
研究论文 | 通过整合单细胞和批量转录组测序数据，识别特发性肺动脉高压中糖酵解关键基因 | 首次结合单细胞和批量转录组数据系统分析IPAH糖酵解机制，发现成纤维细胞是主要调控细胞类型 | 研究主要基于公共数据库数据，实验验证仅限于大鼠模型 | 探究特发性肺动脉高压中糖酵解的关键调控机制 | 特发性肺动脉高压患者组织样本和大鼠肺动脉高压模型 | 生物信息学 | 肺动脉高压 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, scMetabolism, AUCcell, ssGSEA, WGCNA, PPI网络分析 | NA | 转录组测序数据 | 来自GEO数据库的IPAH患者样本和大鼠模型样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 293 | 2025-10-06 |
Spatiotemporal profiling of adhesion G protein-coupled receptors in developing mouse and human pancreas reveals a role for GPR56 in islet development
2025-Mar-26, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-025-05659-z
PMID:40137991
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学系统分析了黏附GPCRs在发育中小鼠和人类胰腺的表达模式，并揭示了GPR56在胰岛发育中的关键作用 | 首次系统描绘了黏附GPCRs在胰腺发育过程中的时空表达图谱，并发现GPR56是胰腺内分泌祖细胞中最丰富的黏附GPCR，通过基因敲除实验证实其调控胰岛细胞比例和β细胞增殖 | 研究主要基于动物模型和转录组数据，需要进一步验证在人类中的功能机制 | 探究黏附GPCRs在胰腺内分泌谱系决定和胰岛发育中的作用 | 发育中的小鼠和人类胰腺组织 | 发育生物学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, qPCR, 基因敲除 | NA | 基因表达数据, 空间转录组数据 | 小鼠和人类胰腺组织样本（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 294 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing reveals an IL1R2+Treg subset driving immunosuppressive microenvironment in HNSCC
2025-Mar-25, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-025-04015-1
PMID:40131478
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序发现头颈鳞状细胞癌中IL1R2+Treg亚群驱动免疫抑制微环境 | 首次鉴定出IL1R2+Treg亚群在HNSCC中的促癌作用，并揭示联合靶向IL1R2和CTLA4的治疗潜力 | NA | 探究头颈鳞状细胞癌中Treg亚群对肿瘤微环境的影响及治疗策略 | 头颈鳞状细胞癌患者样本和荷瘤小鼠模型 | 单细胞测序分析 | 头颈鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序,组织微阵列,酶联免疫吸附测定 | NA | 单细胞转录组数据,组织切片,血清蛋白数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 295 | 2025-10-06 |
DNA methylation-regulated HLA-C expression modulates immune responses and metabolic alterations to influence prognosis in mesothelioma
2025-Mar-25, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-025-04012-4
PMID:40131544
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研究论文 | 本研究通过多组学方法揭示了DNA甲基化调控的HLA-C表达通过影响免疫反应和代谢过程来调节恶性间皮瘤预后的分子机制 | 首次系统阐明DNA甲基化调控HLA-C在恶性间皮瘤肿瘤微环境中的表达模式及其通过免疫细胞、炎症因子和代谢物影响预后的机制 | 研究主要基于TCGA队列数据，需要进一步实验验证和独立队列验证 | 探究HLA-C在恶性间皮瘤进展中的作用机制及其临床意义 | 恶性间皮瘤患者肿瘤微环境中的免疫细胞（巨噬细胞、T细胞、NK细胞） | 生物信息学 | 间皮瘤 | 单细胞RNA测序, eQTL分析, 孟德尔随机化分析, 基因集富集分析 | 孟德尔随机化模型, 中介分析模型 | 基因组数据, 转录组数据, 表观遗传数据, 临床数据 | TCGA间皮瘤队列 | NA | 单细胞RNA测序, 多组学分析 | NA | NA |
| 296 | 2025-10-06 |
Single-cell sequencing combined with urinary multi-omics analysis reveals that the non-invasive biomarker PRDX5 regulates bladder cancer progression through ferroptosis signaling
2025-Mar-24, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-025-13881-y
PMID:40122834
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序和尿液多组学分析揭示了PRDX5作为膀胱癌非侵入性生物标志物通过调控铁死亡信号通路促进肿瘤进展的机制 | 首次结合单细胞测序和尿液多组学分析发现PRDX5在膀胱癌中的表达特征及其通过调控ROS水平和铁死亡通路促进肿瘤进展的新机制 | NA | 阐明过氧化物酶5(PRDX5)在膀胱癌中的表达谱和生物学意义，研究其通过调控活性氧水平和激活铁死亡通路对膀胱癌进展的影响 | 膀胱癌组织、膀胱癌细胞系、肿瘤微环境中的各种细胞类型 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序,尿液蛋白质组学,转录组分析 | NA | 蛋白质组数据,转录组数据,单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,蛋白质组学,转录组学 | NA | NA |
| 297 | 2025-10-06 |
Unveiling the role of PPIF and macrophage subtypes in LSCC progression via single-cell and exosome RNA sequencing
2025-Mar-24, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-93584-3
PMID:40128571
|
研究论文 | 通过单细胞和外泌体RNA测序揭示PPIF和巨噬细胞亚型在喉鳞状细胞癌进展中的作用 | 首次通过单细胞RNA测序揭示LSCC中巨噬细胞-C1-C1QC亚群通过上调PPIF表达促进肿瘤进展的新机制 | 研究样本量有限，需要进一步验证PPIF在巨噬细胞亚型中的具体功能机制 | 探究喉鳞状细胞癌肿瘤微环境中细胞异质性及其在癌症进展中的作用 | 喉鳞状细胞癌组织和肿瘤微环境中的细胞 | 数字病理学 | 喉癌 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, 外泌体RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 外泌体RNA测序 | NA | NA |
| 298 | 2025-10-06 |
NCKAP1 Inhibits the Progression of Renal Carcinoma via Modulating Immune Responses and the PI3K/AKT/mTOR Signaling Pathway
2025-Mar-20, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26062813
PMID:40141455
|
研究论文 | 本研究探讨NCKAP1在肾癌免疫调节和肿瘤进展中的具体作用 | 首次揭示NCKAP1通过调节免疫反应和PI3K/AKT/mTOR信号通路抑制肾癌进展的机制 | NCKAP1在肾癌中的具体功能此前未知，研究结果需要进一步实验验证 | 研究NCKAP1在肾癌免疫调节和肿瘤进展中的功能 | 肾癌患者样本和769P肾癌细胞系 | 癌症生物学 | 肾癌 | RNA测序, ssGSEA, 单细胞RNA测序, CIBERSORT分析 | NA | 基因表达数据, 单细胞数据, 临床数据 | 多种癌症类型的患者样本和769P细胞系 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 299 | 2025-10-06 |
Pulmonary Myeloid Cells in Mild Cases of COVID-19 Upregulate the Intracellular Fc Receptor TRIM21 and Transcribe Proteasome-Associated Molecules
2025-Mar-19, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26062769
PMID:40141410
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析轻症COVID-19患者肺髓样细胞中TRIM21及其下游信号通路的转录特征 | 首次发现轻症COVID-19患者肺髓样细胞中胞内Fc受体TRIM21转录上调并表达蛋白酶体相关分子，而炎症分支通路被沉默 | 研究仅基于转录组数据，缺乏蛋白质水平和功能验证 | 探究COVID-19不同严重程度患者肺免疫细胞中Fc受体及其下游信号通路的转录特征 | 健康个体和轻症、重症COVID-19患者的支气管肺泡灌洗液细胞 | 单细胞生物学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 健康个体和轻症、重症COVID-19患者的支气管肺泡灌洗液样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 300 | 2025-10-06 |
Integrated Analysis of Bulk and Single-Cell RNA Sequencing Data Reveal a Novel Prognostic Signature of Combining Cuproptosis- and Ferroptosis-Related Genes in Hepatocellular Carcinoma
2025-Mar-19, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26062779
PMID:40141422
|
研究论文 | 本研究通过整合分析bulk和单细胞RNA测序数据，构建了一个结合铜死亡和铁死亡相关基因的肝细胞癌预后特征模型 | 首次将铜死亡和铁死亡相关基因结合构建预后特征模型，并通过单细胞测序数据验证其与肿瘤微环境的关联 | 研究依赖于公共数据库数据，需要进一步实验验证 | 开发肝细胞癌的预后预测模型和治疗策略 | 肝细胞癌患者 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序 | 共识聚类分析, 主成分分析, 多变量COX回归分析, 加权基因共表达网络分析 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |