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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 281 | 2025-10-06 |
Single-cell and spatial transcriptome profiling reveal CTHRC1+ fibroblasts promote EMT through WNT5A signaling in colorectal cancer
2025-Mar-06, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06236-5
PMID:40050872
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研究论文 | 通过单细胞和空间转录组分析揭示CTHRC1+成纤维细胞通过WNT5A信号促进结直肠癌上皮间质转化 | 首次发现CTHRC1+ CAFs作为WNT5A主要来源,通过上调MSLN表达促进EMT和肿瘤细胞侵袭性的空间共定位机制 | CAFs的显著异质性与肿瘤细胞的复杂相互作用仍存在研究挑战 | 探索癌症相关成纤维细胞在结直肠癌进展和转移中的作用机制 | 结直肠癌组织中的细胞亚型,特别是CTHRC1+ CAFs和恶性上皮细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | CellChat,NicheNet | 单细胞RNA测序数据,空间转录组数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 282 | 2025-10-06 |
Discovering root causal genes with high-throughput perturbations
2025-Mar-05, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.100949
PMID:40042510
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研究论文 | 本文提出了一种利用高通量扰动技术发现根本因果基因的新方法 | 首次提出利用Perturb-seq技术学习基因间因果顺序,并将其转移到bulk RNA-seq数据中识别患者特异性根本因果基因 | RNA-seq数据存在测量误差、高维度和非线性等挑战,可能影响根本因果效应的准确估计 | 识别导致疾病症状的根本因果基因,为疾病早期治疗提供靶点 | 基因表达水平和患者症状 | 生物信息学 | 黄斑变性和多发性硬化症 | RNA-seq, Perturb-seq, 单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 283 | 2025-10-06 |
MCT4: a key player influencing gastric cancer metastasis and participating in the regulation of the metastatic immune microenvironment
2025-Mar-05, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06279-8
PMID:40045374
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研究论文 | 本研究探讨MCT4在胃癌转移及转移免疫微环境调控中的关键作用 | 首次通过单细胞测序结合多组学分析揭示MCT4在胃癌转移免疫微环境中的调控机制 | NA | 阐明MCT4在胃癌发生发展和转移过程中的作用机制 | 胃癌细胞系、胃癌肝转移模型、皮下肿瘤模型、临床胃癌患者组织样本 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞测序,转录组测序,免疫组织化学,多重免疫荧光 | NA | 基因表达数据,组织图像数据 | 临床胃癌患者肿瘤及正常组织样本 | NA | 单细胞RNA测序,转录组测序 | NA | NA |
| 284 | 2025-10-06 |
Progressive T cell exhaustion and predominance of aging tissue associated macrophages with advancing disease stage in penile squamous cell carcinoma
2025-Mar-05, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-89760-0
PMID:40044748
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析阴茎鳞状细胞癌肿瘤免疫微环境在不同疾病阶段和HPV感染状态下的变化 | 首次在阴茎鳞状细胞癌中系统描述疾病进展过程中T细胞耗竭和衰老组织相关巨噬细胞主导的免疫表型转变 | 样本量较小(10个样本),需要更大规模研究验证发现 | 评估阴茎鳞状细胞癌从局部到晚期疾病的肿瘤免疫微环境变化,识别晚期疾病的免疫逃逸机制 | 阴茎鳞状细胞癌组织样本(包括原发灶、淋巴结和远处转移灶) | 单细胞基因组学 | 阴茎癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 10个阴茎鳞状细胞癌组织样本(包含4对匹配的原发灶和淋巴结样本) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 285 | 2025-10-06 |
New mouse models for exploring renal tumor extension into the inferior vena cava
2025-Mar-05, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-07757-x
PMID:40044768
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研究论文 | 本研究开发了两种新型小鼠模型用于研究肾肿瘤向下腔静脉延伸的机制 | 首次建立了模拟人类肾肿瘤下腔静脉癌栓的小鼠模型,包括免疫健全和免疫缺陷两种类型 | 模型与人类疾病仍存在差异,免疫缺陷模型中淋巴细胞数量较少 | 探索肾肿瘤下腔静脉癌栓的发病机制并开发治疗靶点 | BALB/c和BALB/c-nu/nu小鼠,使用小鼠Renca细胞系和人类肿瘤细胞系 | 数字病理学 | 肾癌 | 单细胞转录组测序,免疫组织化学,多重免疫组织化学 | 动物模型 | 基因表达数据,图像数据 | 两种小鼠品系的动物模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 286 | 2025-10-06 |
Bystander neuronal progenitors in forebrain organoids promote protective antiviral responses
2025-Mar-05, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-025-03381-y
PMID:40045355
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研究论文 | 本研究通过前脑类器官模型揭示了旁观者神经祖细胞通过I型干扰素信号介导保护性抗病毒反应的机制 | 发现三维前脑类器官中旁观者神经祖细胞通过I型干扰素信号传导发挥保护性抗病毒作用,这一现象在二维培养体系中未观察到 | 研究主要基于类器官模型,与真实脑组织的生理环境存在差异 | 探究神经元间通讯在介导内在神经元免疫和限制病毒感染中的作用 | 前脑类器官中的神经元和神经祖细胞 | 神经科学 | 病毒性脑炎 | 空间转录组学 | 前脑类器官模型 | 转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 287 | 2025-10-06 |
Unveiling the key mechanisms of FOLR2+ macrophage-mediated antitumor immunity in breast cancer using integrated single-cell RNA sequencing and bulk RNA sequencing
2025-Mar-05, Breast cancer research : BCR
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s13058-025-01980-4
PMID:40045365
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和bulk RNA测序技术,揭示了FOLR2+巨噬细胞通过CXCL9-CXCR3轴激活CD8 T细胞在乳腺癌抗肿瘤免疫中的关键作用机制 | 首次系统阐明FOLR2+巨噬细胞通过CXCL9-CXCR3轴调控CD8 T细胞功能的抗肿瘤免疫机制 | NA | 深入研究FOLR2+巨噬细胞在乳腺癌中的免疫学功能和机制 | 乳腺癌患者肿瘤组织中的FOLR2+巨噬细胞和CD8 T细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序,体内实验,体外实验 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |
| 288 | 2025-10-06 |
ENACT: End-to-End Analysis of Visium High Definition (HD) Data
2025-Mar-04, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf094
PMID:40053700
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研究论文 | 开发了ENACT端到端分析流程,用于处理Visium高清晰度空间转录组数据 | 整合先进细胞分割技术与Visium HD转录组数据,提出新型bin-to-cell分配方法,提高单细胞转录本估计准确性 | 未在论文摘要中明确说明 | 解决空间转录组数据分析中转录本准确映射到细胞和细胞类型分配的挑战 | 组织切片中的细胞 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 数十万个细胞的样本 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium HD | Visium High Definition技术 |
| 289 | 2025-10-06 |
STING Deficiency Promotes Th17-Like Tfh to Aggravate the Experimental Autoimmune Uveitis
2025-Mar-03, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.66.3.8
PMID:40042874
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研究论文 | 本研究探讨STING信号通路通过调控Th17样T滤泡辅助细胞在实验性自身免疫性葡萄膜炎中的致病机制 | 首次揭示STING缺陷通过促进Th17样Tfh细胞分化加重葡萄膜炎的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,临床转化价值需进一步验证 | 探究STING信号在实验性自身免疫性葡萄膜炎发病机制中的作用 | 小鼠模型中的T滤泡辅助细胞和CD4+ T细胞 | 免疫学 | 自身免疫性疾病 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 批量RNA测序 | NA | 基因表达数据, 细胞表型数据 | 实验性自身免疫性葡萄膜炎小鼠和对照小鼠 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 290 | 2025-10-06 |
Single-Cell Multiomics Analysis of Early Wound Response Programs in the Mouse Corneal Epithelium
2025-Mar-03, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.66.3.9
PMID:40042873
|
研究论文 | 本研究通过单细胞多组学分析揭示了小鼠角膜上皮早期伤口反应的转录组和表观遗传变化 | 首次在单细胞水平同时分析角膜上皮伤口反应的转录组(RNA-seq)和染色质可及性(ATAC-seq)变化 | 仅关注早期伤口反应阶段,且仅在小鼠模型中进行研究 | 阐明角膜上皮早期伤口反应的基因调控程序 | 小鼠角膜上皮细胞 | 单细胞多组学 | 角膜伤口愈合 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 免疫荧光染色, 实时定量PCR | Seurat, ArchR, Monocle 2, CellChat, pySCENIC | 单细胞转录组数据, 单细胞表观基因组数据 | 未明确样本数量,使用已发表数据集和新的伤口模型数据 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 291 | 2025-10-06 |
Integrated Analysis to Reveal Heterogeneity of Tumor-Associated Neutrophils in Glioma
2025-Mar, Cancer medicine
IF:2.9Q2
DOI:10.1002/cam4.70745
PMID:40052358
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研究论文 | 本研究通过整合分析揭示胶质瘤中肿瘤相关中性粒细胞的异质性,并开发预后模型 | 首次系统揭示胶质瘤中肿瘤相关中性粒细胞的异质性,构建基于7个基因的预后风险评分模型 | 研究基于回顾性数据,需要进一步的前瞻性验证 | 研究胶质瘤中肿瘤相关中性粒细胞的异质性及其在预后评估中的作用 | 胶质瘤患者样本和细胞系 | 生物信息学 | 胶质瘤 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 免疫组织化学, 细胞功能实验 | 风险评分模型, WGCNA, 共识聚类 | 基因表达数据, 临床数据, 实验数据 | 四个独立数据集,具体样本数未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 292 | 2025-10-06 |
Prognostic and Therapeutic Significance of Cancer-Associated Fibroblasts Genes in Osteosarcoma Based on Bulk and Single-Cell RNA Sequencing Data
2025-Mar, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70424
PMID:40045162
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研究论文 | 基于单细胞和批量RNA测序数据构建骨肉瘤中癌症相关成纤维细胞基因的风险特征模型 | 首次结合单细胞和批量RNA测序数据系统分析骨肉瘤中CAF相关基因,构建了11基因预后特征模型 | 样本量有限(仅6例单细胞数据),需要更大规模验证 | 开发更准确的骨肉瘤预后预测模型并指导治疗策略 | 骨肉瘤患者和肿瘤微环境中的细胞 | 生物信息学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 微阵列 | COX回归, Lasso回归 | 基因表达数据 | 6例OS患者的46,544个细胞 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 293 | 2025-10-06 |
[Efficacy and mechanism of Guizhi Tongluo Tablets in alleviating atherosclerosis by inhibiting CD72hi macrophages]
2025-Mar, Zhongguo Zhong yao za zhi = Zhongguo zhongyao zazhi = China journal of Chinese materia medica
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研究论文 | 本研究探讨桂枝通络片通过抑制CD72hi巨噬细胞缓解动脉粥样硬化的疗效与机制 | 首次揭示桂枝通络片通过靶向CD72hi巨噬细胞缓解动脉粥样硬化的分子机制 | 研究仅使用小鼠模型,未涉及人类临床试验 | 探究桂枝通络片治疗动脉粥样硬化的效果及其作用机制 | ApoE敲除小鼠和C57BL/6J对照小鼠 | 病理机制研究 | 动脉粥样硬化 | 单细胞RNA测序,酶联免疫吸附测定,实时荧光定量PCR,免疫荧光,TUNEL染色 | 动物疾病模型 | 基因表达数据,组织染色图像,血清生化指标 | ApoE敲除小鼠分组:模型组、高/中/低剂量桂枝通络片组、阿托伐他汀组,及C57BL/6J对照组 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 294 | 2025-10-06 |
Temporal dynamics of immune cell transcriptomics in brain metastasis progression influenced by gut microbiome dysbiosis
2025-Mar-25, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.115356
PMID:40023843
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研究论文 | 本研究探讨肠道微生物群失调如何通过改变免疫细胞转录组动态影响脑转移进展 | 首次揭示肠道微生物群通过调节单核细胞炎症反应时机和小胶质细胞激活特征来影响脑转移免疫动态 | 研究基于抗生素诱导的肠道菌群失调模型,可能无法完全模拟自然发生的微生物群变化 | 阐明肠道微生物群在脑转移进展过程中对免疫反应动态的调控作用 | 脑转移小鼠模型中的免疫细胞(单核细胞、T细胞、小胶质细胞) | 单细胞转录组学 | 脑转移癌 | 单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 抗生素处理组和对照组的脑转移小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 295 | 2025-10-06 |
Integrated computational analysis identifies therapeutic targets with dual action in cancer cells and T cells
2025-Mar-11, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2025.02.007
PMID:40023158
|
研究论文 | 开发了一种计算靶点发现平台ICRAFT,用于识别同时抑制肿瘤进展和增强抗肿瘤免疫的双重作用靶点 | 整合免疫相关CRISPR筛选数据集、单细胞RNA测序数据和临床试验数据,实现系统水平的治疗靶点发现 | NA | 发现具有双重作用的治疗靶点,既能增强癌细胞对免疫攻击的敏感性,又能促进T细胞活化 | 癌细胞和T细胞 | 计算生物学 | 癌症 | CRISPR筛选, 单细胞RNA测序, RNA测序 | 计算平台 | 基因组数据, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 296 | 2025-10-06 |
[Comprehensive analysis of the structural phenotypes and functional characteristics of B cells in oral lichen planus and oral lichenoid lesions through single-cell and spatial transcriptomics]
2025-Mar-09, Zhonghua kou qiang yi xue za zhi = Zhonghua kouqiang yixue zazhi = Chinese journal of stomatology
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研究论文 | 通过单细胞和空间转录组学综合分析口腔扁平苔藓和口腔苔藓样病变中B细胞的结构表型和功能特征 | 首次结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术系统揭示OLP/OLL中B细胞表型异质性及其在三级淋巴结构形成中的空间分布特征 | 样本量较小(6例患者+3例对照),B细胞参与的具体功能机制仍需进一步研究 | 揭示B细胞在口腔扁平苔藓及相关苔藓样病变中的免疫调控机制 | 口腔扁平苔藓患者、口腔苔藓样病变患者和健康对照的口腔黏膜组织 | 数字病理学 | 口腔黏膜疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 无监督聚类, 细胞类型反卷积算法 | 单细胞转录组数据, 空间基因表达数据 | 2例糜烂型OLP、3例非糜烂型OLP、1例健康对照(单细胞数据);3例OLP/OLL患者、3例健康对照(空间转录组数据) | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | 10x Visium HD | 10x Visium HD空间转录组技术 |
| 297 | 2025-10-06 |
Apolipoprotein E is a marker of all chondrocytes in the growth plate resting zone
2025-Mar-03, Bone research
IF:14.3Q1
DOI:10.1038/s41413-025-00407-2
PMID:40025030
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现载脂蛋白E是生长板静息区所有软骨细胞的标志物 | 首次发现载脂蛋白E可作为小鼠和人类生长板静息区软骨细胞的全面标志物 | NA | 寻找生长板静息区软骨细胞的全面标志物 | 小鼠和人类生长板软骨细胞 | 单细胞生物学 | 骨骼发育 | 单细胞RNA测序, 荧光原位杂交 | NA | 单细胞转录组数据, 图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 298 | 2025-10-06 |
Integrated transcriptomic profiling reveals a STING-mediated Type II Interferon signature in SOD1-mutant amyotrophic lateral sclerosis models
2025-Mar-02, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-07790-w
PMID:40025162
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研究论文 | 本研究通过整合转录组分析揭示了SOD1突变型肌萎缩侧索硬化模型中STING介导的II型干扰素特征 | 首次在ALS模型和患者中发现保守的干扰素刺激基因特征,并确定血管内皮细胞是ISGs主要来源,揭示STING-TBK1轴在II型ISGs诱导中的关键作用 | 研究主要基于动物模型和有限的人类样本,需要更大规模的人类队列验证 | 探究SOD1突变型ALS中干扰素信号通路的分子机制 | SOD1突变小鼠模型、人类诱导多能干细胞、ALS患者死后脊髓组织 | 转录组学 | 肌萎缩侧索硬化 | 整合转录组学、单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型、hiPSCs和人类脊髓组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 299 | 2025-10-06 |
Comprehensive biomarker profiles in hematological malignancies: improving diagnosis, prognosis, and treatment
2025-Mar, Biomarkers in medicine
IF:1.9Q3
DOI:10.1080/17520363.2025.2471745
PMID:40015744
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综述 | 本文全面概述了血液系统恶性肿瘤中生物标志物的最新进展及其在诊断、预后和治疗中的应用 | 整合了从传统形态学标记到先进分子技术(如单细胞RNA测序)的新型免疫血液学生物标志物 | NA | 提供血液系统恶性肿瘤生物标志物的全面概述及其未来发展方向 | 血液系统恶性肿瘤的生物标志物 | NA | 血液系统恶性肿瘤 | 聚合酶链反应(PCR), 二代测序(NGS), 质谱分析, 单细胞RNA测序 | NA | 分子谱数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 300 | 2025-10-06 |
Data-Driven Molecular Typing: A New Frontier in Esophageal Cancer Management
2025-Mar, Cancer medicine
IF:2.9Q2
DOI:10.1002/cam4.70730
PMID:40018789
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综述 | 本文系统回顾了基于大数据的食管鳞癌分子分型研究现状 | 整合多组学数据识别食管鳞癌的独特分子亚型,为精准治疗提供新方向 | NA | 探讨分子分型在食管鳞癌管理中的应用价值 | 食管鳞状细胞癌(ESCC) | 生物信息学 | 食管癌 | 多组学整合分析,单细胞测序 | NA | 基因组数据,转录组数据,蛋白质组数据,代谢组数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |