单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
261	2025-05-14	Integrated Single-Cell Transcriptome and eQTL Analyses Reveal the Role of PZP in Aging and Chronic Kidney Disease 2025-Mar, The journal of gene medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1002/jgm.70015 PMID:40058366	研究论文	本研究通过整合单细胞转录组和eQTL分析，揭示了PZP在衰老和慢性肾病中的作用	首次发现CD8+ TCM细胞和PZP基因在衰老与慢性肾病共病机制中的关键作用，并验证了PZP作为生物标志物的潜力	样本来源仅限于外周血，未涉及肾脏组织；临床样本量相对有限	探索衰老与慢性肾病共病的遗传和免疫机制	年轻对照组、老年个体和慢性肾病患者的外周血样本	生物医学	慢性肾病	单细胞RNA测序、eQTL分析、孟德尔随机化分析	NA	单细胞转录组数据、基因组队列数据	包含UK Biobank和FinnGen基因组队列数据，具体临床样本量未明确说明
262	2025-05-14	Cell type-dependent directional transcription at enhancers 2025-Mar, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaf007 PMID:40060372	research paper	该研究揭示了增强子在单个细胞类型中倾向于单向转录的特性，挑战了传统认为增强子双向转录的观点	发现增强子在单个细胞类型中倾向于单向转录，而非传统认为的双向转录	研究主要基于FANTOM5和其他转录组数据集，可能受限于数据的覆盖范围和深度	探究增强子在单个细胞类型中的转录方向特性	增强子及其转录方向	基因组学	NA	FANTOM5、深度帽分析基因表达转录组测序、5'单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
263	2025-05-14	HBx/DTL Positive Feedback Loop Promotes HBV-Related Hepatocellular Carcinoma Progression 2025-Mar, Journal of medical virology IF:6.8Q1 DOI:10.1002/jmv.70284 PMID:40062428	研究论文	本研究揭示了HBx/DTL正反馈环在HBV相关肝细胞癌（HCC）进展中的关键作用	首次发现DTL在HBV阳性HCC样本中过表达，并揭示了HBx通过结合DTL启动子区域增强其转录的机制，以及DTL通过稳定HBx蛋白形成正反馈环促进HCC进展	研究主要基于体外和动物实验，临床样本验证仍需进一步扩大	探究HBV相关肝细胞癌的发病机制	HBV相关肝细胞癌（HCC）	肿瘤生物学	肝癌	单细胞RNA测序、流式细胞术、Western blot分析、染色质免疫沉淀-qPCR、Cut&Tag	NA	基因表达数据、蛋白质相互作用数据	HBV阳性HCC样本及裸鼠模型
264	2025-05-14	Analyze the Diversity and Function of Immune Cells in the Tumor Microenvironment From the Perspective of Single-Cell RNA Sequencing 2025-Mar, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.70622 PMID:40062730	review	本文综述了肿瘤微环境中免疫细胞的多样性及其对患者预后和治疗反应的影响，以及单细胞RNA测序在理解其功能异质性方面的贡献	应用单细胞RNA测序技术揭示免疫细胞的功能异质性，为个性化癌症治疗提供新途径	尽管前景广阔，但仍存在若干挑战，需要进一步的技术进步以完全整合到临床应用	总结肿瘤微环境中免疫细胞的多样性及其对患者预后和治疗反应的影响	肿瘤微环境中的免疫细胞	生物医学	癌症	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	NA
265	2025-05-14	A functional single-cell metabolic survey identifies Elovl1 as a target to enhance CD8+ T cell fitness in solid tumours 2025-Mar, Nature metabolism IF:18.9Q1 DOI:10.1038/s42255-025-01233-w PMID:40065102	研究论文	通过CRISPR/Cas9代谢调查和单细胞RNA测序，研究发现Elovl1是增强CD8+ T细胞在实体瘤中适应性的关键代谢靶点	首次通过单细胞代谢调查识别Elovl1作为增强CD8+ T细胞适应性的靶点，并揭示了其与抗PD-1治疗的协同作用	研究主要聚焦于胰腺癌和黑色素瘤，其他类型肿瘤的适用性尚待验证	探索通过代谢重编程增强CD8+ T细胞在实体瘤中的适应性和治疗效果	CD8+ T细胞及其在胰腺癌和黑色素瘤中的代谢调控	肿瘤免疫学	胰腺癌, 黑色素瘤	CRISPR/Cas9, 单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	涉及83个代谢靶点的CD8 T细胞样本
266	2025-05-14	Integrated Analysis of WES and scRNA-Seq Data Reveals the Genetic Basis of Immune Dysregulation in Unexplained Recurrent Pregnancy Loss 2025-Mar, Journal of clinical laboratory analysis IF:2.6Q2 DOI:10.1002/jcla.70011 PMID:40066928	研究论文	通过全外显子组测序和单细胞RNA测序数据的综合分析，揭示不明原因复发性流产（uRPL）中免疫失调的遗传基础	首次在uRPL患者中鉴定出MUC基因、脂质代谢基因和结构基因的变异，并通过单细胞RNA测序数据揭示了这些变异对免疫细胞表达模式的影响	样本量较小（仅13名患者），可能影响结果的普遍性	揭示不明原因复发性流产（uRPL）的分子机制	13名中国uRPL患者的绒毛膜绒毛样本和蜕膜免疫细胞	基因组学与转录组学	复发性流产	WES（全外显子组测序）和scRNA-Seq（单细胞RNA测序）	NA	基因组数据和转录组数据	13名uRPL患者的绒毛膜绒毛样本和蜕膜免疫细胞
267	2025-05-14	Spatial and single-cell transcriptomic analysis reveals fibroblasts dependent immune environment in colorectal cancer 2025 Mar-Apr, BioFactors (Oxford, England) DOI:10.1002/biof.70012 PMID:40068177	研究论文	该研究通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学，揭示了结直肠癌中成纤维细胞的异质性及其对免疫微环境的影响	首次结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，系统解析了结直肠癌中成纤维细胞的异质性，并鉴定了四个与成纤维细胞相关的预后基因（TRIP6、TIMP1、BGN和CERCAM）	研究主要基于计算分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探究结直肠癌中成纤维细胞的异质性及其对肿瘤免疫微环境和预后的影响	结直肠癌组织中的成纤维细胞和免疫细胞	数字病理	结直肠癌	单细胞RNA测序、空间转录组学	Seurat、DESeq2、CIBERSORT、xCell、TIDE	RNA-seq数据	未明确说明样本数量
268	2025-05-14	Enhancing single-cell classification accuracy using image conversion and deep learning 2025-Mar, Yi chuan = Hereditas DOI:10.16288/j.yczz.24-213 PMID:40068952	研究论文	本研究提出了一种创新的单细胞分类方法scIC，通过将scRNA-seq数据转换为图像形式并结合深度学习技术，显著提高了细胞分类的准确性	将scRNA-seq数据转换为图像形式并结合CNN和ResNet进行细胞分类，显著提高了分类准确率	未提及对不同批次效应处理的详细评估，且仅测试了四种细胞类型的数据	解决scRNA-seq数据中的高噪声、高维度和批次效应问题，提高细胞分类的准确性和可靠性	小鼠皮肤基底细胞、小鼠淋巴细胞、人类神经元细胞和小鼠脊髓细胞	数字病理学	NA	scRNA-seq	CNN, ResNet	图像	四种细胞类型的scRNA-seq数据
269	2025-05-14	Alterations in PD-L1 succinylation shape anti-tumor immune responses in melanoma 2025-Mar, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-025-02077-6 PMID:40069506	研究论文	本研究探讨了PD-L1琥珀酰化在黑色素瘤抗肿瘤免疫反应中的作用	揭示了琥珀酰辅酶A与肿瘤免疫及抗PD-1疗法疗效之间的关联，并发现PD-L1在赖氨酸129位点的琥珀酰化导致其降解	研究主要聚焦于黑色素瘤，其他类型肿瘤的适用性尚不明确	探究线粒体代谢在肿瘤免疫中的作用及抗PD-1疗法的疗效机制	黑色素瘤患者及体外和体内模型	肿瘤免疫学	黑色素瘤	空间转录组学、批量转录组学、蛋白质组学	NA	转录组数据、蛋白质组数据	NA
270	2025-05-14	Spatial transcriptomics in glomerular diseases 2025-Mar-01, Rheumatology (Oxford, England) DOI:10.1093/rheumatology/keae556 PMID:40071426	综述	本文综述了空间转录组学技术在肾小球疾病中的应用，探讨了其技术方法、机会与限制，并讨论了在piFNGN和GCA中使用数字空间分析技术获得的结果	空间转录组学技术为研究自身免疫和炎症性疾病提供了强大的工具，能够识别不同病变类型和疾病病因之间差异表达的基因	方法的选择需要基于对组织病理学变化的理解，并受到预分析变异和探针使用等限制	探讨空间转录组学技术在肾小球疾病中的应用及其潜力	肾小球疾病，特别是pauci-immune focal necrotizing glomerulonephritis (piFNGN)和giant cells arteritis (GCA)	数字病理学	肾小球疾病	空间转录组学，数字空间分析	NA	RNA和/或蛋白质	NA
271	2025-05-14	Biophysical modelling of intrinsic cardiac nervous system neuronal electrophysiology based on single-cell transcriptomics 2025-Mar, The Journal of physiology DOI:10.1113/JP287595 PMID:40077928	research paper	基于单细胞转录组数据开发心脏内在神经系统神经元电生理的计算模型库	首次基于单细胞转录组数据构建心脏内在神经系统神经元的电生理模型库，填补分子水平基因表达与细胞水平电生理功能之间的研究空白	模型依赖于转录组数据的阈值选择，且仅基于被动电学特性进行参数约束	研究心脏内在神经系统在心脏调控和病理中的功能作用	心脏内在神经系统神经元	计算生物学	心血管疾病	单细胞转录组测序	神经元电生理计算模型	转录组数据	NA
272	2025-05-14	Identification and Validation of Four Serum Biomarkers With Optimal Diagnostic and Prognostic Potential for Gastric Cancer Based on Machine Learning Algorithms 2025-Mar, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.70659 PMID:40084401	研究论文	通过机器学习算法识别并验证了四种具有最佳诊断和预后潜力的胃癌血清生物标志物	结合多种生物信息学分析和机器学习算法，首次鉴定出四种胃癌血清生物标志物，并验证其临床效用	研究主要基于公共数据库数据，临床样本验证规模有限	开发胃癌诊断和预后的新型生物标志物	胃癌患者血清样本	机器学习	胃癌	scRNA-seq, RT-PCR, ELISA	LASSO, 随机森林(RF)	基因表达数据, 血清蛋白数据	来自TCGA和GEO数据库的数据集，以及实验验证的GC样本
273	2025-05-14	Spatial transcriptome and single-cell RNA sequencing reveal the molecular basis of cotton fiber initiation development 2025-Mar, The Plant journal : for cell and molecular biology DOI:10.1111/tpj.70064 PMID:40084712	研究论文	通过空间转录组和单细胞RNA测序揭示棉花纤维起始发育的分子基础	成功构建了棉花胚珠在-1 DPA、0 DPA和1 DPA的空间转录组图谱，并结合单细胞RNA测序数据，揭示了SVB和SVBL基因在纤维起始中的关键作用	NA	研究棉花纤维起始发育的分子机制	棉花胚珠和纤维细胞	植物分子生物学	NA	空间转录组测序, 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据	棉花胚珠在-1 DPA、0 DPA和1 DPA的样本
274	2025-05-13	iMetAct: An integrated systematic inference of metabolic activity for dissecting tumor metabolic preference and tumor-immune microenvironment 2025-Mar-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115375 PMID:40053454	research paper	介绍了一种名为iMetAct的框架，用于从基因表达数据推断酶活性，并应用于肝癌亚型分类和肿瘤微环境中的代谢与免疫调节研究	iMetAct整合了代谢-转录网络和信息传播策略，能够考虑翻译后修饰的影响，优于基于表达的方法	未明确提及具体局限性	开发高精度推断代谢酶活性的方法，并研究肿瘤代谢偏好及其与肿瘤免疫微环境的相互作用	代谢酶活性、肝癌亚型、肿瘤微环境	生物信息学	肝癌	单细胞RNA测序	信息传播策略	基因表达数据	NA
275	2025-05-13	Protocol for interpretable and context-specific single-cell-informed deconvolution of bulk RNA-seq data 2025-Mar-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103670 PMID:40042970	研究论文	提出一种从批量RNA测序数据中提取单细胞相关信息的协议	使用PLIER算法和单细胞签名训练模型CLIER，生成可解释的潜在变量	协议的具体应用和效果依赖于特定数据集和生物学背景	从批量RNA测序数据中提取单细胞相关信息	批量RNA测序数据	生物信息学	NA	RNA-seq	PLIER, CLIER	RNA测序数据	NA
276	2025-05-13	Immunomodulatory role of the stem cell circadian clock in muscle repair 2025-Mar-07, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adq8538 PMID:40043110	research paper	本研究探讨了肌肉干细胞中生物钟如何调控免疫微环境以促进肌肉再生	揭示了肌肉干细胞生物钟通过NAD代谢调控炎症基因的昼夜节律性表达，并发现CCL2介导的干细胞-中性粒细胞互作具有时间依赖性	未明确说明实验所用动物模型的具体种类和数量	探究昼夜节律如何通过干细胞代谢调控肌肉再生过程中的免疫微环境	肌肉干细胞及其免疫调控功能	细胞生物学	肌肉损伤修复	单细胞测序	NA	基因表达数据	NA
277	2025-05-13	Transcriptomic profiling reveals mechanism, therapeutic potential, and prognostic value of cancer stemness characteristic in nasopharyngeal carcinoma 2025-Mar-07, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-025-01561-w PMID:40053129	研究论文	通过转录组分析揭示鼻咽癌中癌症干性特征的作用机制、治疗潜力及预后价值	首次结合单细胞RNA-seq和大规模转录组数据集，利用生物信息学和机器学习技术，识别并验证了与鼻咽癌干性相关的特征（STEM-signature），并发现了四种增强鼻咽癌细胞干性特征的miRNA	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分较少，且样本量可能不足以代表所有鼻咽癌患者	探究鼻咽癌干性特征的机制及其在治疗和预后中的潜在价值	鼻咽癌细胞及其干性特征	生物信息学	鼻咽癌	单细胞RNA-seq, 转录组分析, LASSO Cox回归模型	LASSO Cox回归模型	RNA-seq数据, 转录组数据	未明确说明具体样本数量，但涉及单细胞和批量转录组数据集
278	2025-05-13	Engineered mesenchymal stromal cells with bispecific polyvalent peptides suppress excessive neutrophil infiltration and boost therapy 2025-Mar-07, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adt7387 PMID:40053594	研究论文	该研究通过工程化改造间充质基质细胞（MSCs），使其携带双特异性多价肽，有效抑制中性粒细胞过度浸润并增强治疗效果	利用DNA自组装技术构建双特异性多价肽修饰的MSCs，提高其归巢效率并抑制中性粒细胞浸润	研究仅在小鼠急性肝衰竭模型中验证，尚未在人类疾病中进行测试	提高MSCs在治疗炎症性疾病中的治疗效果	间充质基质细胞（MSCs）和中性粒细胞	细胞治疗	肝病	DNA自组装技术、单细胞RNA测序	小鼠急性肝衰竭模型	基因表达数据	NA
279	2025-05-13	Genetically encoded tension heterogeneity sculpts cardiac trabeculation 2025-Mar-07, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.ads2998 PMID:40053597	research paper	研究心肌细胞命运决定机制及其在心肌模式形成中的作用	揭示了心肌细胞命运决定的遗传和细胞相互作用机制，特别是通过单细胞RNA测序和活体成像技术观察到表达变异与心肌小梁命运的关联	未提及具体样本数量，可能影响结果的普遍性	探究心肌细胞命运决定的机制及其在心肌模式形成中的作用	心肌细胞	分子生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序、基因编码生物传感器、活体成像	NA	基因表达数据、影像数据	NA
280	2025-05-13	Integrated analysis of single-cell and bulk RNA-sequencing to predict prognosis and therapeutic response for colorectal cancer 2025-Mar-07, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-91761-y PMID:40055390	研究论文	通过整合单细胞和批量RNA测序数据，开发了一个预测结直肠癌预后和治疗反应的新模型	结合单细胞和批量RNA测序数据构建预后模型，并识别出与免疫相关的关键基因和通路	研究依赖于公开数据库的数据，未进行实验验证	理解结直肠癌的分子机制，识别有效的预后标志物和潜在治疗靶点	结直肠癌患者	生物信息学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序	LASSO回归模型	RNA测序数据	来自GEO（GSE221575）和TCGA数据库的数据