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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 261 | 2025-10-06 |
LINC02363: a potential biomarker for early diagnosis and treatment of sepsis
2025-Mar-15, BMC immunology
IF:2.9Q3
DOI:10.1186/s12865-025-00702-x
PMID:40089725
|
研究论文 | 通过生物信息学分析鉴定LINC02363作为脓毒症早期诊断和治疗的潜在生物标志物 | 首次发现LINC02363在脓毒症中显著上调,并通过多组学分析验证其作为新型生物标志物的潜力 | 样本来源单一,需要更大规模的多中心研究验证 | 识别在脓毒症中起关键作用的lncRNAs,为脓毒症诊断和治疗提供潜在生物标志物 | 脓毒症患者转录组数据 | 生物信息学 | 脓毒症 | 转录组测序, 单细胞测序, qPCR, WGCNA, GSEA | NA | 基因表达数据 | 从中国国家基因库获取的脓毒症患者转录组数据 | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组测序 | NA | NA |
| 262 | 2025-10-06 |
Integrating Metabolic RNA Labeling-Based Time-Resolved Single-Cell RNA Sequencing with Spatial Transcriptomics for Spatiotemporal Transcriptomic Analysis
2025-03, Small methods
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/smtd.202401297
PMID:39390840
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研究论文 | 本研究通过整合代谢RNA标记的时间分辨单细胞RNA测序与空间转录组学,实现了胶质母细胞瘤的时空转录组分析 | 首次将时间分辨单细胞RNA测序与空间转录组学整合,提出时空分析新范式,揭示了胶质母细胞瘤中EZH2介导间质转化的新机制 | 技术整合复杂度较高,可能受限于两种技术的分辨率和灵敏度差异 | 开发时空转录组分析方法,解析胶质母细胞瘤中基因调控网络和细胞间通讯机制 | 胶质母细胞瘤细胞和肿瘤微环境中的细胞群体 | 空间转录组学 | 胶质母细胞瘤 | 代谢RNA标记时间分辨单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据,空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | Well-TEMP-seq | 代谢RNA标记时间分辨Well-TEMP-seq |
| 263 | 2025-10-06 |
scMEDAL for the interpretable analysis of single-cell transcriptomics data with batch effect visualization using a deep mixed effects autoencoder
2025-Mar-13, ArXiv
PMID:39606715
|
研究论文 | 提出scMEDAL框架,使用深度混合效应自编码器进行单细胞转录组数据的可解释分析及批次效应可视化 | 通过两个互补的自编码器网络分别建模批次不变和批次特异性效应,支持回顾性分析和在不同批次下的细胞表达预测 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中技术和生物批次效应的混淆问题 | 单细胞转录组数据 | 单细胞分析 | 自闭症、白血病、心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | 深度混合效应自编码器、对抗学习、贝叶斯自编码器 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 264 | 2025-10-06 |
Recent Innovations and Technical Advances in High-Throughput Parallel Single-Cell Whole-Genome Sequencing Methods
2025-03, Small methods
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/smtd.202400789
PMID:38979872
|
综述 | 本文综述了高通量平行单细胞全基因组测序方法的技术进展与创新 | 重点介绍了高通量scWGS在策略设计、数据效率、平行处理平台及其在人类基因组应用方面的最新技术进展 | 存在总成本限制的挑战 | 总结和讨论高通量单细胞全基因组测序方法的技术进步 | 单细胞全基因组测序技术方法 | 基因组学 | 癌症 | 单细胞全基因组测序 | NA | 基因组数据 | NA | NA | 单细胞全基因组测序 | NA | NA |
| 265 | 2025-10-06 |
A best practices framework for spatial biology studies in drug discovery and development: enabling successful cohort studies using digital spatial profiling
2025-Mar, Journal of histotechnology
IF:0.6Q4
DOI:10.1080/01478885.2024.2391683
PMID:39225147
|
指南框架 | 提出用于药物研发中空间生物学研究的最佳实践框架,通过数字空间分析技术促进成功的队列研究 | 首次为空间生物学研究建立标准化实践指南,利用数字空间分析技术实现可扩展的全转录组和超多重蛋白分析 | 数字空间分析方法不提供单细胞分辨率 | 改进药物研发中的组织分析,促进生物标志物发现 | 固体组织样本 | 空间生物学 | NA | 数字空间分析 | NA | 空间转录组数据、蛋白质数据 | NA | NA | 空间转录组学、数字空间分析 | NA | NA |
| 266 | 2025-10-06 |
Comprehensive Analysis of Uric Acid and Myasthenia Gravis: IGF1R as a Protective Factor and Potential Therapeutic Target
2025-Mar, CNS neuroscience & therapeutics
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/cns.70361
PMID:40152081
|
研究论文 | 本研究通过综合分析揭示了尿酸与重症肌无力之间的关联,并确定IGF1R作为保护因子和潜在治疗靶点 | 首次通过孟德尔随机化和生物信息学分析确定IGF1R在尿酸与重症肌无力关系中的关键作用,并筛选出靶向IGF1R的潜在治疗药物 | 研究主要基于公共数据库和单中心患者数据,需要进一步实验验证 | 探讨尿酸与重症肌无力的关系及其分子机制,寻找潜在治疗靶点 | 重症肌无力患者、公共数据库(TCGA、GEO)数据、临床中心患者数据 | 生物信息学 | 重症肌无力 | meta分析、孟德尔随机化、生物信息学分析、虚拟筛选、分子对接、单细胞RNA-seq | NA | 基因组数据、表达数据、临床数据 | 公共数据库数据和临床中心患者数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 267 | 2025-10-06 |
Role of Galactosylceramide Metabolism in Satellite Glial Cell Dysfunction and Neuron-Glia Interactions in Painful Diabetic Peripheral Neuropathy
2025-03-07, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells14060393
PMID:40136642
|
研究论文 | 本研究探讨了半乳糖神经酰胺代谢在痛性糖尿病周围神经病变中卫星胶质细胞功能障碍和神经元-胶质细胞相互作用中的作用 | 首次揭示半乳糖神经酰胺耗竭是痛性糖尿病周围神经病变中卫星胶质细胞功能障碍的核心介质,并识别出易受影响的卫星胶质细胞亚群 | 研究仅使用大鼠模型,需要进一步在人类样本中验证 | 研究半乳糖神经酰胺在糖尿病周围神经病变进展过程中对卫星胶质细胞功能和神经元-胶质细胞相互作用的影响 | 痛性糖尿病周围神经病变大鼠模型的背根神经节卫星胶质细胞和神经元 | 神经科学 | 糖尿病周围神经病变 | 单细胞RNA测序、靶向质谱分析、免疫荧光分析 | NA | 基因表达数据、质谱数据、图像数据 | 痛性糖尿病周围神经病变大鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 268 | 2025-10-06 |
GALNT5 promotes migration and invasion of pancreatic ductal adenocarcinoma cells by activating Erk signaling pathway
2025-03, Biochimica et biophysica acta. General subjects
DOI:10.1016/j.bbagen.2025.130769
PMID:39870120
|
研究论文 | 本研究揭示了GALNT5通过激活Erk信号通路促进胰腺导管腺癌细胞的迁移和侵袭 | 首次通过TCGA和GTEx数据鉴定GALNT5为PDAC中最显著上调的糖基化相关基因,并阐明其通过Erk信号通路促进肿瘤进展的机制 | 研究主要基于细胞系实验,缺乏体内动物模型验证 | 探究GALNT5在胰腺导管腺癌进展中的作用机制 | 胰腺导管腺癌细胞系(PANC-1、MIAPaCa-2、AsPC-1) | 癌症生物学 | 胰腺癌 | RNA-seq,单细胞测序 | NA | 基因表达数据,单细胞测序数据 | TCGA和GTEx数据库的RNA-seq数据,公开可用的单细胞测序数据 | NA | RNA-seq,单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 269 | 2025-10-06 |
Immune-featured stromal niches associate with response to neoadjuvant immunotherapy in oral squamous cell carcinoma
2025-Mar-18, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102024
PMID:40107247
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序和空间转录组学分析口腔鳞状细胞癌患者对免疫治疗的应答机制 | 首次在口腔鳞癌中揭示免疫特征性基质微环境与免疫治疗应答的关联,发现SELP高内皮微静脉和APOD肌成纤维细胞在免疫化疗应答者中特异性上调 | 样本量较小(22例患者),且为单中心研究 | 探究肿瘤基质细胞在口腔鳞癌免疫治疗应答中的作用机制 | 22例口腔鳞状细胞癌患者的配对肿瘤标本 | 数字病理学 | 口腔鳞状细胞癌 | 单细胞测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据 | 22例患者 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 270 | 2025-10-06 |
Neuroinflammatory pathways and potential therapeutic targets in neonatal post-hemorrhagic hydrocephalus
2025-Mar, Pediatric research
IF:3.1Q1
DOI:10.1038/s41390-024-03733-z
PMID:39725707
|
综述 | 本文综述了新生儿出血后脑积水的神经炎症通路分子机制及潜在治疗靶点 | 系统整合了神经炎症通路、免疫介质和表观遗传机制在PHH中的作用,并评估了基于干细胞的创新疗法 | 新型疗法在新生儿群体中的安全性及其对大脑发育的潜在影响尚未完全明确 | 探讨PHH的病理生理机制并评估新兴治疗方法 | 早产儿出血后脑积水及其分子机制 | NA | 新生儿脑积水 | 全基因组/外显子组测序, 蛋白质组学, 表观遗传学, 单细胞转录组学 | NA | NA | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA |
| 271 | 2025-10-06 |
Systemic coordination of whole-body tissue remodeling during local regeneration in sea anemones
2025-03-10, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2024.11.001
PMID:39615481
|
研究论文 | 本研究揭示了海葵局部再生过程中触发的系统性稳态响应及其协调全身组织重塑的机制 | 首次在刺胞动物中证明局部再生会引发系统性稳态响应,并发现金属蛋白酶的表达水平和活性与组织损失程度成比例 | 研究仅限于刺胞动物Nematostella vectensis,在更高等生物中的适用性有待验证 | 探索再生过程中系统性分子过程的功能相关性和协调机制 | 刺胞动物Nematostella vectensis | 发育生物学 | NA | 空间转录组学、内源蛋白标记、活体成像 | NA | 空间转录组数据、蛋白质表达数据、活体成像数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 272 | 2025-10-06 |
Contribution of germline and somatic mutations to risk of neuromyelitis optica spectrum disorder
2025-Mar-12, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2025.100776
PMID:39986280
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研究论文 | 本研究通过基因组关联分析和单细胞RNA测序,揭示了种系和体细胞突变在视神经脊髓炎谱系障碍发病机制中的作用 | 首次整合种系变异和体细胞嵌合染色体变异分析,发现CCR6风险变异和21q缺失在NMOSD中的致病机制 | 样本量相对有限(240例患者),主要基于日本人群,可能限制结果的普适性 | 探索视神经脊髓炎谱系障碍的遗传背景和发病机制 | 日本人群中的NMOSD患者和健康对照 | 基因组学 | 自身免疫性疾病 | 全基因组关联分析, 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据, 单细胞转录组数据 | 基因组分析:240例患者和50,578例对照;单细胞RNA测序:25例患者和101例对照 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 273 | 2025-10-06 |
EfficientNet-resDDSC: A Hybrid Deep Learning Model Integrating Residual Blocks and Dilated Convolutions for Inferring Gene Causality in Single-Cell Data
2025-Mar, Interdisciplinary sciences, computational life sciences
DOI:10.1007/s12539-024-00667-2
PMID:39578307
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研究论文 | 提出一种结合残差块和空洞卷积的混合深度学习模型EfficientNet-resDDSC,用于从单细胞数据推断基因因果关系 | 在EfficientNet-B0基础上引入残差块增强低层特征提取能力,结合深度可分离卷积和空洞卷积扩大感受野而不增加计算量 | NA | 构建基因调控网络以揭示基因间的因果关系 | 单细胞RNA测序数据中的基因调控关系 | 机器学习 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | EfficientNet, 残差网络, 空洞卷积, 深度可分离卷积 | 单细胞基因表达数据 | 四个数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 274 | 2025-10-06 |
CellPie: a scalable spatial transcriptomics factor discovery method via joint non-negative matrix factorization
2025-Mar-20, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf251
PMID:40167331
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研究论文 | 提出了一种基于联合非负矩阵分解的空间转录组学因子发现方法CellPie | 通过联合分析空间RNA转录本和组织学图像特征,采用加速分层最小二乘法显著减少计算时间 | NA | 开发高效的空间转录组学因子发现方法 | 三种不同空间分辨率的人类癌症类型 | 空间转录组学 | 癌症 | 空间转录组学 | 非负矩阵分解 | 空间RNA转录数据, 组织学图像特征 | 三种人类癌症类型 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium HD | 高分辨率Visium HD数据集 |
| 275 | 2025-10-06 |
scVAEDer: integrating deep diffusion models and variational autoencoders for single-cell transcriptomics analysis
2025-Mar-21, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03519-4
PMID:40119479
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研究论文 | 提出结合变分自编码器和深度扩散模型的scVAEDer方法,用于单细胞转录组数据的嵌入学习和分析 | 首次将变分自编码器与深度扩散模型相结合,学习同时保留全局结构和局部变异的单细胞数据表示 | NA | 开发用于单细胞转录组数据分析的深度学习方法 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 变分自编码器, 深度扩散模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 276 | 2025-10-06 |
Continuous replenishment of the dysfunctional CD8 T cell axis is associated with response to chemoimmunotherapy in advanced breast cancer
2025-Mar-18, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2025.101973
PMID:39983715
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研究论文 | 通过单细胞测序技术分析晚期乳腺癌患者对化疗免疫联合治疗的免疫应答机制 | 首次结合单细胞RNA测序和T细胞受体测序揭示化疗免疫治疗应答患者的CD8 T细胞动态变化特征 | 样本量较小(27例患者),仅针对三阴性乳腺癌 | 探究肿瘤免疫微环境如何影响晚期乳腺癌患者对化疗免疫联合治疗的应答 | 27例转移性三阴性乳腺癌患者的40份活检样本 | 单细胞测序分析 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 单细胞T细胞受体测序 | NA | 单细胞转录组数据, T细胞受体序列数据 | 27例患者的40份活检样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞TCR-seq | NA | NA |
| 277 | 2025-10-06 |
Identification of drug-resistant individual cells within tumors by semi-supervised transfer learning from bulk to single-cell transcriptome
2025-Mar-31, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-07959-3
PMID:40164749
|
研究论文 | 提出一种半监督少样本迁移学习方法SSDA4Drug,用于从批量转录组向单细胞转录组迁移药物敏感性知识,识别肿瘤中的耐药细胞 | 首次采用半监督对抗域适应方法从批量转录组向单细胞转录组迁移药物敏感性知识,仅需1-2个标记样本即可显著提升单细胞药物反应预测性能 | 未明确说明方法在更大规模数据集上的泛化能力及计算效率 | 开发单细胞水平药物反应预测方法,识别肿瘤中的耐药细胞亚群 | 肿瘤细胞(肺癌细胞、口腔鳞状细胞癌细胞、前列腺癌细胞) | 机器学习 | 肺癌 | 单细胞RNA测序,转录组分析 | 半监督对抗域适应,迁移学习 | 转录组数据 | 多个独立单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 278 | 2025-10-06 |
The neutrophil extracellular trap-related gene FPR1 (formyl peptide receptor 1) as a potential prognostic and therapeutic target in osteosarcoma
2025-Mar-31, BMC musculoskeletal disorders
IF:2.2Q3
DOI:10.1186/s12891-024-08231-1
PMID:40165145
|
研究论文 | 本研究探讨了中性粒细胞胞外诱捕网相关基因FPR1在骨肉瘤中的预后价值和生物学功能 | 首次构建了骨肉瘤中NET相关基因预后模型,并在单细胞分辨率验证了FPR1的抑癌作用和免疫调节功能 | 研究主要基于公共数据库分析,需要进一步实验验证 | 探究FPR1基因在骨肉瘤中的预后意义和生物学功能 | 骨肉瘤患者和骨肉瘤细胞系 | 生物信息学 | 骨肉瘤 | LASSO算法, 单细胞RNA测序, CIBERSORT算法, CCK-8检测, Transwell实验 | 预后模型 | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | TARGET和GEO数据库中的骨肉瘤数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 279 | 2025-10-06 |
Enhancing anti-CD3 mAb-mediated diabetes remission in autoimmune diabetes through regulation of dynamin-related protein 1(Drp1)-mediated mitochondrial dynamics in exhausted CD8+T-cell subpopulations
2025-Mar-31, BMC medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1186/s12916-025-04001-5
PMID:40165248
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研究论文 | 本研究通过调控耗竭CD8+T细胞中线粒体动力学,增强抗CD3单抗在自身免疫性糖尿病中的治疗效果 | 首次发现富亮氨酸重复激酶2通过磷酸化动力相关蛋白1调控线粒体分裂,影响耗竭CD8+T细胞亚群间的相互转化 | 研究主要基于小鼠模型,人体验证样本有限 | 探索通过调控T细胞能量代谢增强糖尿病免疫治疗效果的机制 | NOD小鼠、NY8.3小鼠、HEK-293T细胞系、原代细胞及1型糖尿病患者外周血单个核细胞 | 免疫学 | 1型糖尿病 | 流式细胞术、单细胞RNA测序、批量RNA测序、T细胞受体测序 | NA | 基因表达数据、蛋白质数据、细胞表型数据 | 小鼠模型和1型糖尿病患者PBMCs | NA | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | NA | NA |
| 280 | 2025-10-06 |
Chromosome-level genome assembly and single-cell analysis unveil molecular mechanisms of arm regeneration in the ophiuroid Ophiura sarsii vadicola
2025-Mar-31, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03542-5
PMID:40165295
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研究论文 | 本研究通过染色体级别基因组组装和单细胞分析揭示了蛇尾类动物臂再生的分子机制 | 首次报道了Ophiura sarsii vadicola的染色体级别基因组,并结合单细胞RNA测序揭示了再生过程中的细胞动态变化 | NA | 探究蛇尾类动物臂再生的分子机制 | 蛇尾类动物Ophiura sarsii vadicola | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |