单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
241	2025-05-15	mastR: an R package for automated identification of tissue-specific gene signatures in multi-group differential expression analysis 2025-Mar-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf114 PMID:40098239	research paper	介绍了一个名为mastR的R包，用于在多组差异表达分析中自动识别组织特异性基因标记	开发了一种自动化标记识别方法，专门针对标记的批量RNA-seq数据，并明确考虑了背景表达	未明确提及具体局限性	开发自动化工具以识别组织特异性基因标记，用于疾病机制研究和生物标志物发现	标记的批量RNA-seq数据和模拟的scRNA-seq数据	生物信息学	NA	批量RNA-seq, scRNA-seq	edgeR, limma	RNA-seq数据	未明确提及具体样本数量
242	2025-05-15	MOSim: bulk and single-cell multilayer regulatory network simulator 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf110 PMID:40116657	research paper	介绍了一个名为MOSim的R包，用于模拟批量（bulk）和单细胞（single-cell）多组学数据	MOSim能够生成真实且多样化的多组学数据集，支持多种实验设计，包括基因共表达模式、生物重复和条件间差异表达的模拟	NA	开发一个模拟工具，用于生成批量及单细胞多组学数据，以支持方法测试和基准测试	批量转录组数据（RNA-seq）、调控组学层（ATAC-seq、miRNA-seq、ChIP-seq、Methyl-seq和转录因子）及单细胞转录组数据（scRNA-seq）	生物信息学	NA	RNA-seq, ATAC-seq, miRNA-seq, ChIP-seq, Methyl-seq, scRNA-seq, scATAC-seq	NA	多组学数据	NA
243	2025-05-15	AttentionGRN: a functional and directed graph transformer for gene regulatory network reconstruction from scRNA-seq data 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf118 PMID:40116659	研究论文	提出了一种基于图变换器的新模型AttentionGRN，用于从单细胞RNA测序数据中重建基因调控网络	利用软编码增强模型表达能力，设计了面向GRN的消息聚合策略，以捕获有向网络结构信息和功能信息	NA	提高从scRNA-seq数据中推断基因调控网络的准确性	基因调控网络(GRN)	生物信息学	NA	scRNA-seq	图变换器(AttentionGRN)	单细胞RNA测序数据	88个数据集
244	2025-05-15	Altered Arginine Metabolism Affects Proliferation and Radiosensitivity of Keloids 2025-Mar, Experimental dermatology IF:3.5Q1 DOI:10.1111/exd.70077 PMID:40095415	研究论文	研究通过多组学数据分析了瘢痕疙瘩中精氨酸和脯氨酸代谢的改变及其对细胞增殖和放射敏感性的影响	首次通过代谢组学、转录组学和单细胞RNA测序数据的综合分析，揭示了瘢痕疙瘩中精氨酸和脯氨酸代谢的上调及其与疾病预后的相关性，并验证了精氨酸剥夺疗法(ADT)对瘢痕疙瘩成纤维细胞的抑制作用	研究主要基于体外实验，需要进一步的体内实验验证	探讨瘢痕疙瘩中细胞代谢重编程与生物学行为的关系，寻找新的治疗策略	瘢痕疙瘩及邻近皮肤组织	代谢组学	瘢痕疙瘩	代谢组学、转录组学、单细胞RNA测序	NA	代谢组数据、转录组数据、单细胞RNA测序数据	瘢痕疙瘩及邻近皮肤组织的多组学数据
245	2025-05-15	Myeloid-derived suppressor cell inhibits T-cell-based defense against Klebsiella pneumoniae infection via IDO1 production 2025-Mar, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1012979 PMID:40096073	研究论文	本研究探讨了高毒力肺炎克雷伯菌（hvKp）感染通过IDO1产生抑制T细胞防御的机制	揭示了hvKp感染通过促进色氨酸代谢增强MDSCs的免疫抑制活性，进而抑制T细胞增殖和诱导凋亡的新机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人体中的适用性尚需验证	探究hvKp感染高死亡率的机制，寻找新的免疫治疗策略	高毒力肺炎克雷伯菌（hvKp）和宿主免疫反应	免疫学	肺炎	单细胞RNA测序	小鼠菌血症模型	基因表达数据	NA
246	2025-05-15	Single-cell RNA sequencing of peripheral blood mononuclear cells from bronchopulmonary dysplasia 2025-Mar, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70276 PMID:40097329	研究论文	通过单细胞RNA测序和T/B细胞受体分析，研究支气管肺发育不良（BPD）的免疫机制，并在小鼠模型中验证	首次整合单细胞RNA测序与T/B细胞受体分析，揭示BPD中免疫细胞的代谢和功能变化，并发现BTLA-TNFRSF14信号轴在疾病发病中的关键作用	研究样本来自早产儿，可能无法完全代表所有BPD患者	阐明BPD的免疫学机制，为开发靶向免疫调节疗法奠定基础	早产儿外周血单核细胞（PBMCs）和小鼠BPD模型	数字病理学	支气管肺发育不良	单细胞RNA测序，T/B细胞受体分析	小鼠模型	RNA测序数据	早产儿PBMCs样本（数量未明确）和小鼠模型
247	2025-05-15	Intratumoral Heterogeneity and Immune Microenvironment in Hepatoblastoma Revealed by Single-Cell RNA Sequencing 2025-Mar, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70482 PMID:40099956	research paper	通过单细胞RNA测序技术揭示肝母细胞瘤的瘤内异质性和免疫微环境	首次提供了肝母细胞瘤的单细胞图谱，揭示了瘤内异质性和免疫微环境的关键信息，并提出了HMGB2作为预后标志物以及CTLA-4和PD-1作为免疫治疗靶点的潜力	研究仅基于一名患者的样本，样本量较小，可能影响结果的普遍性	研究肝母细胞瘤的瘤内异质性和免疫微环境，以推动精准医学的发展	肝母细胞瘤患者的不同肿瘤区域及邻近正常组织	digital pathology	liver cancer	scRNA-seq	NA	RNA sequencing data	43,592 cells from three tumour regions and adjacent normal tissue of one HB patient
248	2025-05-15	Mouse-Geneformer: A deep learning model for mouse single-cell transcriptome and its cross-species utility 2025-Mar, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1011420 PMID:40106407	research paper	开发了一个针对小鼠单细胞转录组的深度学习模型mouse-Geneformer，并探索了其跨物种应用潜力	首次构建了一个基于小鼠大规模单细胞转录组数据的预训练模型mouse-Geneformer，并验证了其在跨物种分析中的有效性	在人类COVID-19模型上的分析结果与人类专用Geneformer仅部分一致，表明物种特异性模型对捕捉疾病机制完整复杂性的重要性	开发适用于小鼠单细胞转录组分析的深度学习模型并探索其跨物种应用	小鼠和人类的单细胞转录组数据	machine learning	COVID-19, myocardial infarction	scRNA-seq	Transformer Encoder	单细胞转录组数据	2100万个小鼠单细胞转录组图谱
249	2025-05-15	Aberrant Hematopoiesis and CD8+ T-Cell Activation in Thymoma-Associated Pure Red Cell Aplasia 2025-Mar, Thoracic cancer IF:2.3Q2 DOI:10.1111/1759-7714.70046 PMID:40109027	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序等技术，探讨了胸腺瘤相关纯红细胞再生障碍性贫血（PRCA）的免疫机制	揭示了胸腺瘤-PRCA患者中CD8+T细胞的过度激活和炎症性骨髓环境对红细胞生成的抑制作用	样本量较小，且未探讨CD8+T细胞激活的具体触发机制	阐明胸腺瘤相关PRCA的免疫失调机制	胸腺瘤-PRCA患者和健康对照者的骨髓细胞及外周血CD8+T细胞	免疫学	纯红细胞再生障碍性贫血	scRNA-seq, bulk RNA测序, 流式细胞术, 细胞因子分析	NA	单细胞转录组数据, 批量RNA测序数据, 流式细胞数据, 细胞因子数据	胸腺瘤-PRCA患者和健康对照者的骨髓及外周血样本（具体数量未明确说明）
250	2025-05-15	Machine Learning-Based Glycolipid Metabolism Gene Signature Predicts Prognosis and Immune Landscape in Oesophageal Squamous Cell Carcinoma 2025-Mar, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70434 PMID:40119618	研究论文	利用机器学习方法开发并验证了一种基于糖脂代谢相关基因的食管鳞状细胞癌预后模型	建立了一个稳健的15基因特征，能有效将患者分层为不同的风险组，并揭示了与免疫浸润模式的显著关联	NA	预测食管鳞状细胞癌的预后并探索其与免疫景观的关系	食管鳞状细胞癌患者	机器学习	食管鳞状细胞癌	机器学习，单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	TCGA和GEO数据集中的患者样本
251	2025-05-14	Secreted neurofilament light chain after neuronal damage induces myeloid cell activation and neuroinflammation 2025-Mar-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115382 PMID:40056413	研究论文	研究神经丝轻链（NfL）在神经元损伤后如何激活髓系细胞并引发神经炎症	揭示了NfL通过激活小胶质细胞在神经退行性疾病中的作用，并提出了NfL作为潜在治疗靶点	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证尚不充分	探究NfL在神经退行性疾病中的释放机制及其对髓系细胞的激活作用	神经元、小胶质细胞和髓系细胞	神经科学	肌萎缩侧索硬化症（ALS）	单细胞RNA测序	SOD1小鼠模型	RNA测序数据	小鼠模型中的神经元和小胶质细胞
252	2025-05-14	Transcriptional signatures of hippocampal tau pathology in primary age-related tauopathy and Alzheimer's disease 2025-Mar-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115422 PMID:40085647	研究论文	本研究通过GeoMx空间转录组学技术，量化了原发性年龄相关tau蛋白病（PART）和阿尔茨海默病（AD）海马神经元中tau病理存在与否的mRNA表达，揭示了两种疾病中与神经元内tau蛋白相关的转录特征	首次在PART和AD中发现了与神经元内tau蛋白相关的相似转录变化，提示可能存在共同的机制关系	研究仅针对海马区域的tau病理，未涉及其他脑区	探究PART和AD中tau病理的转录相似性及基因表达变化	PART和AD患者的海马神经元	神经科学	阿尔茨海默病	GeoMx空间转录组学	NA	转录组数据	NA
253	2025-05-14	Protocol for single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics of bladder Ewing sarcoma 2025-Mar-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103687 PMID:40067823	研究论文	本文介绍了一种从膀胱尤文肉瘤组织中分离单细胞并获取高质量空间转录组数据的实验方案	提出了一种结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术研究膀胱尤文肉瘤的新方法	未提及具体样本量或实验结果的验证数据	开发研究膀胱尤文肉瘤细胞异质性和空间基因表达模式的实验方法	膀胱尤文肉瘤组织	数字病理学	膀胱尤文肉瘤	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	基因表达数据, 空间位置数据	NA
254	2025-05-14	Protocol for isolating the single bacteriocyte from whiteflies for single-cell RNA-seq analysis 2025-Mar-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103691 PMID:40073021	研究论文	本文提出了一种从粉虱中分离单个细菌细胞的方案，用于单细胞RNA-seq分析	提供了一种方便高效的单个细菌细胞分离和单细胞测序方案，可应用于其他昆虫细胞	NA	开发一种从粉虱中分离单个细菌细胞并进行单细胞RNA-seq分析的方案	粉虱中的细菌细胞	单细胞测序	NA	单细胞RNA-seq	NA	RNA-seq数据	NA
255	2025-05-14	Interferon-γ-stimulated antigen-presenting cancer-associated fibroblasts hinder neoadjuvant chemoimmunotherapy efficacy in lung cancer 2025-Mar-18, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102017 PMID:40056907	research paper	该研究通过单细胞测序分析揭示了抗原呈递癌症相关成纤维细胞(apCAFs)如何通过干扰素γ刺激的途径阻碍肺癌新辅助化疗免疫疗法的疗效	首次发现apCAFs通过JAK1/2-STAT1-IFI6/27途径扩张并促进PD-L2表达，揭示了其通过PD-L2-RGMB轴触发FOXP1调节性T细胞积累的新机制	研究样本量未明确说明，且机制研究主要在体外模型中进行，需要更多临床验证	探究新辅助化疗免疫疗法(NCIT)在非小细胞肺癌中疗效受限的机制	非小细胞肺癌(NSCLC)患者和癌症相关成纤维细胞(CAFs)	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞测序分析	NA	单细胞测序数据	未明确说明(来自NCIT队列)
256	2025-05-14	Periarteriolar niches become inflamed in aging bone marrow, remodeling the stromal microenvironment and depleting lymphoid progenitors 2025-Mar-18, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2412317122 PMID:40063797	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序分析了小鼠骨髓基质细胞在衰老过程中的变化，揭示了衰老骨髓中动脉周围微环境的炎症变化及其对淋巴祖细胞的影响	首次在衰老骨髓中鉴定出五种转录不同的LepR细胞亚群，并揭示了动脉周围微环境炎症变化与淋巴祖细胞耗竭的机制	研究仅基于小鼠模型，人类骨髓衰老的类似机制尚未验证	探究骨髓基质细胞在衰老过程中的变化及其对造血干细胞微环境的影响	小鼠骨髓中的LepR基质细胞、内皮细胞和造血干细胞	细胞生物学	衰老相关疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	2月龄、12月龄和24月龄小鼠的骨髓基质细胞
257	2025-05-14	Intensive stress impedes hair follicle growth through triggering cell cycle arrest of hair follicle stem cells 2025-Mar-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202403343R PMID:40059814	研究论文	研究高强度压力通过触发毛囊干细胞的细胞周期停滞来阻碍毛囊生长的机制	揭示了高强度压力通过交感神经系统/去甲肾上腺素/cAMP通路抑制毛囊生长的细胞周期	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究高强度压力对毛囊生长的具体影响及其机制	小鼠的毛囊干细胞和HaCaT细胞	细胞生物学	脱发	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	小鼠皮肤样本
258	2025-05-14	Transcriptomic and metabolic profiling reveals the effects of long-term microwave exposure on testicular tissue 2025-Mar-15, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118040 PMID:40086029	研究论文	本研究通过转录组学和代谢组学分析，探讨了长期微波暴露对睾丸组织的影响	首次结合bulk RNA测序、代谢组学、单细胞RNA测序和染色质可及性测序技术，全面解析微波辐射对睾丸组织的转录和代谢影响	研究仅使用大鼠模型，结果可能无法完全反映人类情况	探究长期微波辐射对男性生殖系统的影响	大鼠睾丸组织	生物医学	男性生殖系统疾病	bulk RNA测序、代谢组学、单细胞RNA测序、染色质可及性测序	NA	转录组数据、代谢组数据、单细胞数据	经过六周微波辐射处理的大鼠样本
259	2025-05-14	Shaping early neural development by timed elevated tissue oxygen tension: Insights from multiomic analysis on human cerebral organoids 2025-Mar-14, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.ado1164 PMID:40073136	research paper	该研究利用人类脑类器官模型和多组学分析，探讨了氧气在早期神经发育中的关键作用	揭示了第4至6周期间脑类器官内氧气张力升高与神经发生的关系，并发现通过缺氧处理或神经球蛋白基因沉默可抑制这一现象	研究基于体外模型，可能无法完全反映体内神经发育的复杂性	探究氧气在早期神经发育中的作用机制	人类脑类器官	神经科学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序、多组学分析、先进显微镜技术	人类脑类器官模型	多组学数据	NA
260	2025-05-14	Single-cell RNA sequencing revealed changes in the tumor microenvironment induced by radiotherapy for cervical cancer and the molecular mechanism of mast cells in immunosuppression 2025-Mar-14, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-025-01564-7 PMID:40082276	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了宫颈癌放疗后肿瘤微环境的变化以及肥大细胞在免疫抑制中的分子机制	首次应用单细胞RNA测序技术分析宫颈癌患者放疗前后组织样本，揭示了放疗后肥大细胞在肿瘤免疫抑制和基质重塑中的关键作用	研究样本量较小（仅3例患者），可能影响结果的普遍性	探究宫颈癌放疗后肿瘤微环境变化，为提高放疗治疗效果提供依据	宫颈癌患者放疗前后的组织样本	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	3例宫颈癌患者的52,506个细胞