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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 181 | 2025-10-06 |
Heterozygous GAA knockout is nonconsequential on metabolism and the spatial liver transcriptome in high-fat diet-induced obese and prediabetic mice
2025-Mar, Physiological reports
IF:2.2Q3
DOI:10.14814/phy2.70276
PMID:40108792
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研究论文 | 本研究探讨杂合GAA基因敲除对高脂饮食诱导肥胖小鼠肝脏代谢和空间转录组的影响 | 首次使用空间转录组学技术分析高脂饮食对门静脉周围和肝静脉周围肝细胞转录组的差异影响 | 研究仅使用小鼠模型,结果可能不直接适用于人类 | 评估GAA基因杂合敲除对肝脏代谢和代谢健康的影响 | 高脂饮食诱导的肥胖和糖尿病前期小鼠模型 | 空间转录组学 | 代谢疾病 | 空间转录组学分析 | 基因敲除小鼠模型 | 空间转录组数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 182 | 2025-10-06 |
Crafted experiments to evaluate feature selection methods for single-cell RNA-seq data
2025-Mar, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaf023
PMID:40109353
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研究论文 | 提出了一种基于真实数据集信号扰动的实验构建方法,用于评估单细胞RNA测序数据的特征选择方法 | 开发了基于真实数据集信号扰动的实验构建新方法,解决了单细胞RNA测序数据分析方法评估中缺乏真实基准数据集的挑战 | 未提及具体的数据集规模或实验验证的局限性 | 评估单细胞RNA测序数据的特征选择方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | GOF(基于单变量分布的特征选择方法套件) | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 183 | 2025-10-06 |
SUV39H1 maintains cancer stem cell chromatin state and properties in glioblastoma
2025-Mar-10, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.186344
PMID:40059829
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研究论文 | 本研究揭示了组蛋白甲基转移酶SUV39H1在胶质母细胞瘤干细胞维持中的关键作用及其作为治疗靶点的潜力 | 首次发现SUV39H1通过超级增强子介导的激活在胶质母细胞瘤干细胞中特异性高表达,并证明其通过调控染色质可及性维持肿瘤干细胞特性 | NA | 探究SUV39H1在胶质母细胞瘤干细胞维持中的作用机制及治疗潜力 | 胶质母细胞瘤干细胞 | 肿瘤生物学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序,全细胞RNA测序,ATAC测序 | NA | 基因表达数据,染色质可及性数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,ATAC-seq | NA | NA |
| 184 | 2025-10-06 |
An international perspective on the future of systemic sclerosis research
2025-Mar, Nature reviews. Rheumatology
DOI:10.1038/s41584-024-01217-2
PMID:39953141
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综述 | 本文从国际视角探讨系统性硬化症研究的未来发展方向 | 整合单细胞RNA测序、空间生物学、人工智能等前沿技术,提出全球合作研究框架 | 未提供具体研究数据,主要基于现有研究进展的展望性分析 | 推动系统性硬化症的机制理解和个性化治疗发展 | 系统性硬化症患者群体 | 自然语言处理 | 系统性硬化症 | 单细胞RNA测序、新一代测序、空间生物学、转录组学、基因组学、蛋白质组学、代谢组学、微生物组分析、人工智能 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 185 | 2025-10-06 |
Tracking HIV persistence across T cell lineages during early ART-treated HIV-1-infection using a reservoir-marking humanized mouse model
2025-Mar-06, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-57368-7
PMID:40044684
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研究论文 | 开发HIV-1诱导谱系追踪系统,通过单细胞RNA测序追踪早期ART治疗期间HIV在不同T细胞谱系中的持久性 | 首创HIV-1诱导谱系追踪系统,可永久标记感染细胞并检测稀有潜伏感染细胞 | 基于人源化小鼠模型,可能与人类真实感染情况存在差异 | 研究HIV在ART治疗期间在不同T细胞谱系中的持久性机制 | HIV-1感染的人源化小鼠模型中的CD4 T细胞 | 单细胞组学 | HIV感染 | 单细胞RNA测序 | 人源化小鼠模型 | 单细胞转录组数据 | 人源化小鼠模型中的稀有潜伏感染细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 186 | 2025-10-06 |
CRISPRi-based screens in iAssembloids to elucidate neuron-glia interactions
2025-Mar-05, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2024.12.016
PMID:39814010
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研究论文 | 开发了一种基于CRISPRi筛选的iAssembloids系统,用于研究神经元与胶质细胞相互作用的分子机制 | 首次将CRISPRi筛选技术应用于3D共培养的iPSC衍生神经元和胶质细胞系统,建立了可扩展的因果分子机制研究平台 | 基于体外培养系统,可能无法完全模拟体内大脑环境的复杂性 | 阐明神经元与胶质细胞相互作用的分子机制,特别是对神经元存活和死亡的控制 | iPSC衍生的神经元和胶质细胞 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | CRISPRi筛选,单细胞转录组学 | iAssembloids 3D共培养系统 | 基因表达数据,功能筛选数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 187 | 2025-10-06 |
A single-cell sequencing-based analysis of a 13-year-old with maxillary sinus NUT carcinoma
2025-Mar, Oral oncology
IF:4.0Q2
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析13岁上颌窦NUT癌患者的肿瘤异质性和免疫微环境特征 | 首次在NUT癌中应用单细胞测序技术揭示肿瘤上皮细胞的异质性和免疫微环境特征 | 仅分析单例患者样本,样本量有限 | 探索NUT癌的肿瘤生物学特性和潜在治疗靶点 | 13岁上颌窦NUT癌患者的肿瘤组织 | 数字病理学 | NUT癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 1例患者肿瘤组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 188 | 2025-10-06 |
[Research Advances in the Replication of Animal Models for Periodontal Diseases]
2025-Mar-20, Sichuan da xue xue bao. Yi xue ban = Journal of Sichuan University. Medical science edition
DOI:10.12182/20250360103
PMID:40599292
|
综述 | 本文综述了近年来牙周病动物模型建模方法与特点,并提出整合空间转录组学等技术的多模态评估框架 | 提出整合空间转录组学、单细胞测序和荧光成像技术的多模态评估框架以解决现有模型局限 | 现有牙周炎动物模型难以同时捕捉疾病复杂性、追踪动态修复过程并满足转化需求 | 研究牙周病动物模型的建模方法与评估体系 | 啮齿类动物牙周病模型 | NA | 牙周病 | 空间转录组学, 单细胞测序, 荧光成像 | NA | NA | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞测序 | NA | NA |
| 189 | 2025-10-06 |
Human Neonatal MR1T Cells Have Diverse TCR Usage, are Less Cytotoxic and are Unable to Respond to Many Common Childhood Pathogens
2025-Mar-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.17.643805
PMID:40166301
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序分析新生儿和成人MR1T细胞的差异,发现新生儿MR1T细胞具有更丰富的TCR多样性、较低的细胞毒性和对常见儿童病原体反应能力不足的特点 | 首次系统比较新生儿与成人MR1T细胞的TCR多样性、功能表型和病原体识别能力差异,并通过结构生物学揭示新生儿MAIT TCR与抗原结合亲和力降低的分子机制 | 样本量较小(新生儿和成人各5例),且仅研究了脐带血来源的细胞 | 探究新生儿MR1T细胞的免疫特性及其与新生儿感染易感性的关系 | 新生儿脐带血和成人外周血中的MR1T细胞 | 免疫学 | 新生儿败血症 | 单细胞RNA测序, 单细胞TCR测序, 结构生物学分析 | NA | 单细胞转录组数据, TCR序列数据, 结构生物学数据 | 5例新生儿脐带血样本和5例成人外周血样本 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞TCR测序 | NA | NA |
| 190 | 2025-10-06 |
Unveiling a novel cancer hallmark by evaluation of neural infiltration in cancer
2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf082
PMID:40052442
|
研究论文 | 通过评估肿瘤微环境中的神经浸润程度,揭示其作为癌症标志物的作用 | 提出癌症相关神经浸润评分(C-Neural评分),首次系统评估神经浸润作为癌症标志物的重要性 | 研究基于回顾性数据分析,需要更多实验验证 | 探索神经浸润在肿瘤微环境中的作用及其作为癌症标志物的潜力 | 10种癌症类型的肿瘤样本 | 生物信息学 | 癌症 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | 预测评分模型 | 基因表达数据 | 40个批量RNA-seq数据集和55个单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 191 | 2025-10-06 |
Assessing spatial sequencing and imaging approaches to capture the molecular and pathological heterogeneity of archived cancer tissues
2025-03, The Journal of pathology
IF:5.6Q1
DOI:10.1002/path.6383
PMID:39846232
|
研究论文 | 评估空间转录组学和成像方法在捕获存档癌症组织分子和病理异质性方面的应用 | 首次系统评估多种空间转录组协议和成像方法在FFPE存档组织中的表现,整合基因表达谱与病理信息绘制新的分子图谱 | 研究仅使用皮肤来源的组织样本,存储时间范围为4-14年 | 评估空间转录组技术在存档癌症组织中解析异质性的技术性能和应用价值 | 福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)的皮肤癌组织 | 数字病理学 | 皮肤癌 | 空间转录组学, 单分子成像, 多重蛋白成像 | NA | 空间转录组数据, 成像数据 | 不同存储时间(4-14年)的FFPE组织样本,涵盖不同RNA质量 | NA | 空间转录组学, 单分子RNA成像, 多重蛋白成像 | NA | 两种测序基础的空间转录组协议, multiplex RNAScope, CODEX |
| 192 | 2025-10-06 |
In mice, discrete odors can selectively promote the neurogenesis of sensory neuron subtypes that they stimulate
2025-Mar-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.02.10.579748
PMID:38405728
|
研究论文 | 研究发现特定气味能选择性促进小鼠嗅觉感觉神经元亚型的神经发生 | 首次证明离散气味能特异性加速对其敏感的嗅觉神经元亚型的生成速率 | 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在其它哺乳动物中验证 | 探究嗅觉刺激如何影响特定嗅觉感觉神经元亚型的神经发生 | 小鼠嗅觉感觉神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序, 亚型特异性神经元出生日期标记 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 193 | 2025-10-06 |
Immunosuppressive microenvironment of liver restrains chemotherapeutic efficacy in triple-negative breast cancer
2025-Mar-06, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-010871
PMID:40050043
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研究论文 | 本研究揭示了三阴性乳腺癌肝转移灶化疗疗效减弱的免疫微环境机制 | 首次通过单细胞RNA测序比较肝转移灶与原发灶免疫微环境差异,发现巨噬细胞活化不足导致CD8+T细胞浸润受阻是肝转移灶化疗耐药的关键机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床样本验证有限;免疫抑制机制可能涉及更多未探索的细胞类型和信号通路 | 探究三阴性乳腺癌肝转移灶化疗疗效减弱的免疫微环境机制 | 三阴性乳腺癌肝转移灶和原发灶的肿瘤微环境 | 单细胞测序分析 | 三阴性乳腺癌 | 单细胞RNA测序,免疫组织化学,伤口愈合实验,集落形成实验,流式细胞术 | 小鼠肿瘤模型 | 单细胞RNA测序数据,组织切片图像,流式细胞数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 194 | 2025-10-06 |
Decoding the blueprints of embryo development with single-cell and spatial omics
2025-03, Seminars in cell & developmental biology
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.semcdb.2025.01.002
PMID:39889540
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综述 | 深入探讨单细胞和空间组学技术在胚胎发育研究中的最新进展与应用前景 | 系统梳理单细胞测序技术和空间转录组学在胚胎发育研究中的独特优势与创新应用策略 | NA | 解析胚胎发育过程中细胞分化和形态发生的分子机制 | 胚胎发育过程 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序, 空间转录组学, 多组学技术 | NA | 转录组数据, 多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 195 | 2025-10-06 |
Cell states and neighborhoods in distinct clinical stages of primary and metastatic esophageal adenocarcinoma
2025-Mar-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.17.608386
PMID:39229240
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研究论文 | 通过多组学分析揭示食管腺癌原发和转移性肿瘤的细胞状态、表观遗传可塑性及空间定位特征 | 首次在食管腺癌中整合单核转录组、染色质可及性测序和空间分析,识别了五种恶性细胞程序及其与表观遗传可塑性的关联 | 样本量未明确说明,需依赖外部数据集进行验证 | 解析食管腺癌疾病进展和治疗反应的细胞机制 | 原发性和转移性食管腺癌肿瘤组织 | 数字病理学 | 食管腺癌 | 单核转录组测序, 染色质可及性测序, 空间分析 | NA | 转录组数据, 表观遗传数据, 空间数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 196 | 2025-10-06 |
Platelet-mediated circulating tumor cell evasion from natural killer cell killing through immune checkpoint CD155-TIGIT
2025-Mar-01, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000000934
PMID:38779918
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研究论文 | 本研究揭示了血小板通过CD155-TIGIT免疫检查点帮助循环肿瘤细胞逃避自然杀伤细胞杀伤的新机制 | 首次发现血小板黏附通过FAK/JNK/c-Jun信号通路上调CTC的CD155表达,并特异性通过TIGIT受体(而非CD96或DNAM1)抑制NK细胞活性 | NA | 探索循环肿瘤细胞在血液传播过程中如何逃避免疫监视的机制 | 循环肿瘤细胞、血小板、自然杀伤细胞 | 肿瘤免疫学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序、多重免疫荧光、体外实验、离体实验、体内实验 | NA | RNA测序数据、图像数据 | 多种癌症类型的血液样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 197 | 2025-10-06 |
Single‑cell transcriptomic analysis revealed the tumor‑associated microenvironment of papillary thyroid carcinoma with metastasis
2025-Mar, Oncology letters
IF:2.5Q3
DOI:10.3892/ol.2025.14876
PMID:40496475
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示了转移性甲状腺乳头状癌的肿瘤相关微环境特征 | 首次在单细胞水平上系统比较了转移性PTC、非转移性PTC和正常组织中免疫细胞的异质性,发现M2巨噬细胞、DC2s和Tregs与淋巴结转移相关 | 样本数量有限,仅分析了单个转移性PTC病例 | 探究甲状腺乳头状癌转移的免疫微环境机制 | 转移性甲状腺乳头状癌患者组织、非转移性PTC组织和癌旁正常组织 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 1例转移性PTC患者的多组组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 198 | 2025-10-06 |
Pharmacological insights into targeting PI3K/Akt and NF-κB pathways for treating endometriosis-associated infertility
2025 Mar-Apr, Pakistan journal of pharmaceutical sciences
IF:0.7Q4
PMID:40501243
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研究论文 | 本研究通过靶向PI3K/Akt和NF-κB信号通路探讨子宫内膜异位症相关不孕的机制及潜在药物治疗靶点 | 首次在子宫内膜异位症不孕研究中系统整合单细胞RNA测序、细胞培养和动物模型验证PI3K/Akt和NF-κB通路的治疗潜力 | 样本量有限(300例),缺乏多中心验证数据 | 阐明子宫内膜异位症相关不孕的分子机制并识别潜在药物靶点 | 300例子宫内膜异位症患者(轻度和重度)及对照组人群 | 生殖医学 | 子宫内膜异位症 | 单细胞RNA测序,细胞培养,动物模型 | 动物模型 | 临床数据,分子表达数据,单细胞测序数据 | 300例患者(分轻度、重度和对照组) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 199 | 2025-10-06 |
Identification of a liver fibrosis and disease progression-related transcriptome signature in non-alcoholic fatty liver disease
2025-03, The international journal of biochemistry & cell biology
DOI:10.1016/j.biocel.2025.106751
PMID:39909111
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研究论文 | 本研究通过建立11个枢纽基因的转录组特征来识别非酒精性脂肪肝病患者的肝纤维化程度和疾病进展 | 首次建立了包含11个枢纽基因的转录组特征,能够区分NAFLD患者的轻度或晚期纤维化,并在单细胞水平验证了该特征与肝星状细胞活化的相关性 | 研究主要基于公共数据库的转录组数据,需要进一步实验验证基因特征的临床适用性 | 建立能够识别NAFLD患者肝纤维化程度和监测疾病进展的转录组特征 | 非酒精性脂肪肝病患者和肝星状细胞 | 生物信息学 | 非酒精性脂肪肝病 | 转录组测序,单细胞转录组测序,LASSO回归分析 | LASSO回归模型 | 基因表达数据 | 6个批量转录组数据集和1个单细胞转录组数据集 | NA | 批量RNA测序,单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 200 | 2025-10-06 |
The end of the genetic paradigm of cancer
2025-Mar, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3003052
PMID:40100793
|
评论文章 | 本文讨论基因组测序和单细胞转录组学如何挑战癌症作为'遗传疾病'的传统观点 | 提出需要超越遗传范式,结合细胞状态动态和组织场概念来解释癌症发生机制 | 主要基于理论讨论,缺乏具体实验验证数据 | 探讨癌症发生机制的理论框架,挑战体细胞突变理论 | 癌症基因组数据和生物学理论 | 癌症生物学 | 癌症 | 基因组测序, 单细胞转录组学 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |