本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 181 | 2025-10-06 |
Construction of T-Cell-Related Prognostic Risk Models and Prediction of Tumor Immune Microenvironment Regulation in Pancreatic Adenocarcinoma via Integrated Analysis of Single-Cell RNA-Seq and Bulk RNA-Seq
2025-Mar-07, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26062384
PMID:40141028
|
研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据,构建了胰腺腺癌T细胞相关预后风险模型并预测肿瘤免疫微环境调控 | 首次结合单细胞和批量RNA测序数据构建基于T细胞标记基因的胰腺癌预后风险模型,并验证其与免疫治疗效果的关联 | 研究依赖于公共数据库数据,缺乏独立的前瞻性验证队列 | 开发胰腺腺癌预后预测模型并评估免疫治疗效果 | 胰腺腺癌患者及其肿瘤免疫微环境中的T细胞 | 生物信息学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | 预后风险模型 | 基因表达数据 | 来自GEO和TCGA数据库的胰腺癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 182 | 2025-10-06 |
scSAMAC: saliency-adjusted masking induced attention contrastive learning for single-cell clustering
2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf128
PMID:40131310
|
研究论文 | 提出一种用于单细胞聚类的新型深度学习方法scSAMAC,通过整合对比学习和负二项式损失来提升聚类性能 | 开发了基于基因特征显著性调整的负样本生成掩码模块,并结合软k均值损失、Wasserstein距离和对比损失的新型损失函数 | NA | 解决单细胞数据高维度、稀疏性和dropout事件带来的聚类挑战 | 单细胞测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | 变分自编码器(VAE), 对比学习, 多头注意力机制 | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 183 | 2025-10-06 |
The Spatial Transcriptomic Atlas of Human Limbus and Vital Niche Microenvironment Regulating the Fate of Limbal Epithelial Stem Cells
2025-Mar-03, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.66.3.52
PMID:40131296
|
研究论文 | 本研究利用空间转录组技术构建了人眼角膜缘空间图谱,揭示了角膜缘上皮干细胞与微环境之间的相互作用 | 首次绘制人眼角膜缘空间转录组图谱,发现GPHB5作为角膜缘上皮干细胞潜在新生物标志物,揭示COL6A2/CD44信号通路在细胞间通讯中的关键作用 | 样本数量有限,需要进一步验证GPHB5作为生物标志物的功能 | 构建人眼角膜缘空间转录组图谱,研究角膜缘上皮干细胞与微环境的相互作用机制 | 人眼角膜缘组织及其中包含的各种细胞类型 | 空间转录组学 | 眼科疾病 | 空间转录组技术,单细胞RNA测序 | NA | 空间转录组数据,单细胞RNA测序数据 | 每个样本包含400多个检测点 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Genomics Space Ranger | 10x Genomics空间转录组平台 |
| 184 | 2025-10-06 |
A Comprehensive Analysis of Epoxide Hydrolase 2 (EPHX2) in Pan-Cancer
2025-Mar, Cancer reports (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/cnr2.70188
PMID:40129060
|
研究论文 | 通过生物信息学方法全面分析EPHX2在泛癌中的表达特征、预后价值及其与肿瘤免疫微环境的关系 | 首次在泛癌水平系统评估EPHX2的诊断预后价值及其与免疫浸润的关联,并探索其作为免疫治疗靶点的潜力 | 研究主要基于生物信息学分析,实验验证仅限于qPCR在癌细胞系中的表达验证 | 阐明EPHX2在人类恶性肿瘤中的作用机制及其在肿瘤免疫微环境中的功能 | 33种人类肿瘤类型及多种癌细胞系 | 生物信息学 | 泛癌分析 | 生物信息学分析,qPCR,基因集变异分析(GSVA),单细胞测序 | NA | 基因表达数据,临床预后数据,免疫细胞浸润数据 | 33种肿瘤类型的多组学数据 | NA | 单细胞测序,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 185 | 2025-10-06 |
Identification of RCC2 as a Risk Gene Associated With Basal Cell Carcinoma and Experimental Validation
2025-Mar, Experimental dermatology
IF:3.5Q1
DOI:10.1111/exd.70082
PMID:40129067
|
研究论文 | 通过多组学孟德尔随机化分析鉴定出与基底细胞癌风险相关的RCC2基因,并通过体外实验验证其功能 | 首次将RCC2基因鉴定为基底细胞癌的风险基因,并通过单细胞转录组分析和体外功能实验验证 | 研究主要基于生物信息学分析和体外细胞实验,缺乏体内动物模型验证 | 鉴定基底细胞癌的新风险基因并验证其功能 | 基底细胞癌患者数据和A431细胞系 | 生物信息学 | 皮肤癌 | 孟德尔随机化分析, eQTL, mQTL, pQTL, 单细胞转录组分析, 基因沉默 | NA | 基因组数据, 转录组数据, 表观遗传数据, 蛋白质组数据 | GEO数据库中的基底细胞癌队列数据 | NA | 单细胞RNA-seq, 多组学分析 | NA | NA |
| 186 | 2025-10-06 |
Secreted neurofilament light chain after neuronal damage induces myeloid cell activation and neuroinflammation
2025-Mar-25, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.115382
PMID:40056413
|
研究论文 | 本研究揭示了神经元损伤后释放的神经丝轻链蛋白可激活髓系细胞并诱发神经炎症 | 首次发现神经元损伤后释放的NfL片段可通过激活小胶质细胞促进神经炎症,并证明抗NfL抗体可阻断此过程 | 研究主要基于小鼠模型,在人类疾病中的直接证据尚需进一步验证 | 探究神经元损伤后NfL的释放机制及其在神经退行性疾病中的作用 | 神经元、小胶质细胞、髓系细胞 | 神经科学 | 肌萎缩侧索硬化症 | 单细胞RNA测序,基因敲除 | SOD1小鼠模型 | 基因表达数据 | 小鼠脑组织细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 187 | 2025-10-06 |
Adhesion-Assisted Antioxidant-Engineered Mesenchymal Stromal Cells for Enhanced Cardiac Repair in Myocardial Infarction
2025-Mar-25, ACS nano
IF:15.8Q1
DOI:10.1021/acsnano.5c00820
PMID:40073336
|
研究论文 | 本研究开发了一种通过抗VCAM1和聚多巴胺化学修饰增强间充质基质细胞存活和治疗效果的新方法,用于心肌梗死治疗 | 首次将抗VCAM1介导的细胞粘附和聚多巴胺的抗氧化功能结合,通过化学工程改造MSC,有效打破炎症-ROS循环 | 研究仅在大鼠模型中进行验证,尚未进行人体临床试验 | 开发增强间充质基质细胞治疗心肌梗死疗效的新方法 | 化学工程改造的间充质基质细胞和大鼠心肌梗死模型 | 细胞治疗 | 心肌梗死 | 单细胞RNA测序,化学修饰 | NA | 基因表达数据,治疗效果数据 | 大鼠心脏组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 188 | 2025-10-06 |
Transcriptional signatures of hippocampal tau pathology in primary age-related tauopathy and Alzheimer's disease
2025-Mar-25, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.115422
PMID:40085647
|
研究论文 | 本研究使用空间转录组学技术分析海马体神经元中tau病理相关的转录组变化,比较原发性年龄相关tau蛋白病和阿尔茨海默病的相似性 | 首次在单细胞水平上揭示PART和AD中携带tau病理的神经元具有相似的转录特征,并发现突触基因在tau阳性神经元中异常上调 | 研究样本量有限,主要聚焦海马体区域,需要更多脑区和更大样本验证 | 探究PART和AD中tau病理相关的转录组特征及其机制联系 | 海马体神经元(包含有和无tau病理的神经元) | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学 | NA | mRNA表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | GeoMx | GeoMx空间转录组学平台 |
| 189 | 2025-10-06 |
Protocol for single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics of bladder Ewing sarcoma
2025-Mar-21, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.103687
PMID:40067823
|
研究论文 | 本文介绍了从膀胱尤文氏肉瘤组织中分离单细胞并获取高质量空间转录组数据的实验方案 | 开发了针对膀胱尤文氏肉瘤的单细胞RNA测序和空间转录组学的整合实验方案 | NA | 建立从膀胱尤文氏肉瘤组织中获取单细胞和空间转录组数据的标准化实验流程 | 膀胱尤文氏肉瘤组织 | 数字病理学 | 膀胱尤文氏肉瘤 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 基因表达数据,空间定位数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 190 | 2025-10-06 |
Protocol for isolating the single bacteriocyte from whiteflies for single-cell RNA-seq analysis
2025-Mar-21, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.103691
PMID:40073021
|
研究论文 | 本文提出了一种从粉虱中分离单个含菌细胞并进行单细胞RNA-seq分析的实验方案 | 开发了针对粉虱含菌细胞的单细胞分离和测序方案,解决了含菌细胞数量少难以获得足够样本进行转录组测序的难题 | NA | 建立粉虱含菌细胞的单细胞RNA-seq分析实验方案 | 粉虱含菌细胞 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 191 | 2025-10-06 |
Interferon-γ-stimulated antigen-presenting cancer-associated fibroblasts hinder neoadjuvant chemoimmunotherapy efficacy in lung cancer
2025-Mar-18, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102017
PMID:40056907
|
研究论文 | 本研究揭示了干扰素-γ刺激的抗原呈递癌症相关成纤维细胞通过PD-L2-RGMB轴阻碍肺癌新辅助化疗免疫治疗疗效的机制 | 首次发现apCAFs通过PD-L2-RGMB轴促进FOXP1调节性T细胞积累,从而削弱新辅助化疗免疫治疗效果 | 研究样本量未明确说明,机制研究主要基于体外实验 | 探究新辅助化疗免疫治疗在非小细胞肺癌中疗效受限的机制 | 非小细胞肺癌患者和癌症相关成纤维细胞 | 肿瘤免疫学 | 肺癌 | 单细胞测序分析 | NA | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 192 | 2025-10-06 |
Periarteriolar niches become inflamed in aging bone marrow, remodeling the stromal microenvironment and depleting lymphoid progenitors
2025-Mar-18, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2412317122
PMID:40063797
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示衰老过程中骨髓基质微环境的变化,特别是动脉周围生态位的炎症重塑如何影响淋巴祖细胞 | 首次在单细胞水平上系统描述了衰老过程中骨髓LepR基质细胞的转录组变化,发现动脉周围区域特异性炎症是导致淋巴祖细胞耗竭的关键机制 | 研究仅限于小鼠模型,人类骨髓衰老的类似机制仍需验证;干扰素信号的具体来源和作用通路尚未完全阐明 | 探究衰老过程中骨髓基质微环境的变化及其对造血干细胞和祖细胞维持的影响 | 小鼠骨髓中的LepR阳性基质细胞、内皮细胞、造血干细胞和淋巴祖细胞 | 单细胞生物学 | 衰老相关造血功能障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 2月、12月和24月龄小鼠骨髓基质细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 193 | 2025-10-06 |
Intensive stress impedes hair follicle growth through triggering cell cycle arrest of hair follicle stem cells
2025-Mar-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202403343R
PMID:40059814
|
研究论文 | 本研究揭示了强烈应激通过交感神经系统/去甲肾上腺素/cAMP通路抑制毛囊干细胞周期从而阻碍毛囊生长的机制 | 首次通过单细胞RNA测序发现强烈应激下Lgr5毛囊干细胞周期基因下调及cAMP信号通路上调,并证实交感神经系统激活通过去甲肾上腺素-cAMP通路抑制毛囊生长 | 研究主要基于小鼠模型,人类应激性脱发的直接证据尚需进一步验证 | 探究强烈应激对毛囊生长的具体影响机制 | 小鼠毛囊干细胞和HaCaT细胞 | 细胞生物学 | 脱发疾病 | 单细胞RNA测序,HE染色,细胞活性检测,集落形成实验 | NA | 基因表达数据,细胞周期数据,组织图像 | 小鼠皮肤组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 194 | 2025-10-06 |
Transcriptomic and metabolic profiling reveals the effects of long-term microwave exposure on testicular tissue
2025-Mar-15, Ecotoxicology and environmental safety
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118040
PMID:40086029
|
研究论文 | 通过转录组学和代谢组学分析揭示长期微波暴露对睾丸组织的损伤机制 | 首次整合bulk RNA-seq、代谢组学、单细胞RNA-seq和ATAC-seq多组学技术系统研究微波辐射对睾丸组织的综合影响 | 研究仅使用大鼠模型,结果向人类外推需谨慎;未探讨不同辐射强度和时间的影响 | 探究长期微波暴露对男性生殖系统的生物学影响 | 大鼠睾丸组织 | 生物信息学 | 男性生殖系统疾病 | bulk RNA-seq, 代谢组学, 单细胞RNA-seq, ATAC-seq | NA | 基因表达数据, 代谢物数据, 单细胞转录组数据, 染色质可及性数据 | 未明确样本数量的大鼠睾丸组织 | NA | 单细胞RNA-seq, 高通量测序, 代谢组学, ATAC-seq | NA | NA |
| 195 | 2025-10-06 |
Shaping early neural development by timed elevated tissue oxygen tension: Insights from multiomic analysis on human cerebral organoids
2025-Mar-14, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.ado1164
PMID:40073136
|
研究论文 | 通过多组学分析研究定时升高的组织氧张力对人类大脑类器官早期神经发育的影响 | 首次使用人类大脑类器官模型结合多组学分析监测神经发育过程中的组织氧张力变化,发现第4-6周是关键氧张力升高期 | 研究基于体外类器官模型,可能与体内真实发育环境存在差异 | 探究氧张力在早期神经发育中的作用机制 | 人类大脑类器官 | 发育神经生物学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序, 多组学分析, 先进显微镜技术 | 人类大脑类器官模型 | 基因组, 转录组, 蛋白质组, 影像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 多组学分析 | NA | NA |
| 196 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing revealed changes in the tumor microenvironment induced by radiotherapy for cervical cancer and the molecular mechanism of mast cells in immunosuppression
2025-Mar-14, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-025-01564-7
PMID:40082276
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究放疗对宫颈癌肿瘤微环境的影响及肥大细胞在免疫抑制中的作用机制 | 首次应用单细胞RNA测序技术分析宫颈癌患者放疗前后组织样本,揭示肥大细胞在放疗后肿瘤免疫抑制和基质重塑中的关键作用 | 样本量较小(仅3例患者),需要更大规模研究验证结果 | 研究宫颈癌放疗后肿瘤微环境变化,为改善放疗疗效提供依据 | 宫颈癌患者放疗前后的肿瘤组织样本 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 3例宫颈癌患者的52,506个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 197 | 2025-10-06 |
Exosome-mediated effects of BRCA1 on cardiovascular artery disease
2025-Mar-13, Cell biology and toxicology
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s10565-025-09996-4
PMID:40080209
|
研究论文 | 本研究探讨了M1巨噬细胞来源的外泌体中BRCA1对冠状动脉粥样硬化疾病的影响 | 首次揭示M1巨噬细胞来源外泌体通过携带BRCA1诱导心肌细胞凋亡和调节平滑肌细胞行为的新机制 | 研究主要基于细胞和动物实验,尚未在人体临床试验中验证 | 探究BRCA1在外泌体介导的冠状动脉疾病进展中的作用机制 | 心肌细胞、平滑肌细胞、M1巨噬细胞来源的外泌体 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 加权基因共表达网络分析, 慢病毒转染 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 198 | 2025-10-06 |
Single-cell spatial transcriptomics unravels cell states and ecosystems associated with clinical response to immunotherapy
2025-Mar-13, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-011308
PMID:40081939
|
研究论文 | 利用单细胞空间转录组学解析肿瘤微环境中细胞状态和空间生态系统与免疫治疗临床反应的关系 | 首次在均质化vHSIL患者队列中系统应用单细胞空间转录组学技术,揭示了细胞组成和空间组织对免疫治疗反应的双重重要性 | 样本量相对有限(20个病变组织),需要在更多肿瘤类型中验证发现的普适性 | 研究肿瘤微环境的细胞异质性和空间相互作用如何影响免疫治疗疗效 | 外阴高级别鳞状上皮内病变(vHSIL)患者的预处理病变组织 | 空间转录组学 | 外阴癌前病变 | 单细胞空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 20个vHSIL病变组织(按治疗反应分为完全应答、部分应答和无应答三组) | NA | 单细胞空间转录组学 | NA | 使用包含1,000个基因的面板,原位绘制了超过274,000个单细胞 |
| 199 | 2025-10-06 |
TIMM23 overexpression drives NSCLC cell growth and survival by enhancing mitochondrial function
2025-Mar-13, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-025-07505-3
PMID:40082395
|
研究论文 | 本研究揭示了TIMM23通过增强线粒体功能促进非小细胞肺癌细胞生长和存活的作用机制 | 首次系统证实TIMM23在NSCLC中的过表达现象及其通过调控线粒体功能促进肿瘤发展的新机制 | 研究主要基于细胞系和动物模型,临床样本验证仍需扩大 | 探讨TIMM23在非小细胞肺癌发生发展中的作用及机制 | 非小细胞肺癌细胞系、临床组织样本和裸鼠移植瘤模型 | 癌症生物学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, CRISPR/Cas9基因编辑, shRNA基因沉默 | 动物移植瘤模型 | 基因表达数据, 蛋白质水平数据, 功能实验数据 | 多个原代/建立的NSCLC细胞系及临床组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 200 | 2025-10-06 |
A single-cell network approach to decode metabolic regulation in gynecologic and breast cancers
2025-Mar-13, NPJ systems biology and applications
IF:3.5Q1
DOI:10.1038/s41540-025-00506-0
PMID:40082472
|
研究论文 | 本研究采用单细胞网络方法解析妇科和乳腺癌中的代谢调控机制 | 开发了单细胞网络分析流程,首次在单细胞分辨率下系统揭示妇科和乳腺癌代谢异质性及其转录调控机制 | NA | 解析妇科和乳腺癌中代谢重编程的转录调控机制 | 妇科癌症和乳腺癌细胞 | 生物信息学 | 妇科癌症, 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | 网络分析, 聚类分析 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |