单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-09-18	Investigating pulmonary neutrophil responses to inflammation in mice via flow cytometry 2025-Mar-14, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1093/jleuko/qiae189 PMID:39212489	研究论文	本文描述了一种通过流式细胞术评估小鼠肺部中性粒细胞表型的详细实验方案	提供从肺组织和气腔分离单细胞并采用全面染色技术进行细胞表面标记和胞内成分分析的逐步操作指南	NA	探索中性粒细胞在生理和病理条件下在肺部的复杂功能	小鼠肺部中性粒细胞	NA	炎症性疾病	流式细胞术	NA	细胞数据	NA
2	2025-09-13	Intercellular signaling reinforces single-cell level phenotypic transitions and facilitates robust re-equilibrium of heterogeneous cancer cell populations 2025-Mar-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.03.631250 PMID:39803530	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据和数学模型探讨细胞间信号在癌症表型可塑性和肿瘤异质性维持中的作用	采用多尺度推断方法揭示细胞间信号通过强化单细胞表型转变促进肿瘤群体异质性的稳健再平衡	NA	探索细胞间通讯在癌症表型动态和肿瘤异质性维持中的机制	小细胞肺癌（SCLC）及其他多种癌症类型的癌细胞	计算生物学	肺癌	scRNA-seq, 数学建模	基于数据驱动的动态系统模型	单细胞RNA测序数据	NA
3	2025-09-13	Cell type and region-specific transcriptional changes in the endometrium of women with RIF identify potential treatment targets 2025-Mar-18, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2421254122 PMID:40063812	研究论文	利用空间转录组学分析复发性种植失败（RIF）患者子宫内膜区域和细胞类型特异性基因表达差异，并探索潜在治疗靶点	首次在RIF研究中应用空间转录组技术，揭示不同子宫内膜区域和细胞类型的特异性转录变化，并发现仅少数差异表达基因在所有区域共通	样本量较小（n=16），且研究基于特定时间点的活检，可能无法全面反映动态变化	识别RIF患者子宫内膜的分子异常，为开发针对性治疗提供依据	复发性种植失败女性（n=8）与生育能力正常对照组（n=8）的子宫内膜组织	空间转录组学	生殖系统疾病	空间转录组学	NA	基因表达数据	16例子宫内膜活检样本（8例RIF患者，8例生育正常对照）
4	2025-09-13	Expansion and pathogenic activation of skeletal muscle-resident macrophages in mdx5cv/Ccr2-/- mice 2025-Mar-18, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2410095122 PMID:40067893	研究论文	本研究探讨了CCR2缺失条件下骨骼肌驻留巨噬细胞的扩增及其在杜氏肌营养不良小鼠模型中的致病性激活机制	首次通过单细胞RNA测序和谱系追踪证实了肌肉驻留巨噬细胞在炎症巨噬细胞浸润被抑制时的扩增和致病性激活	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类杜氏肌营养不良患者	阐明CCR2缺失背景下Ly6C巨噬细胞扩增的机制及其在肌营养不良病理中的作用	mdx5cv/Ccr2-/-基因敲除小鼠模型	病理学	杜氏肌营养不良	单细胞RNA测序，谱系追踪	NA	基因表达数据	基因工程小鼠模型（具体数量未明确说明）
5	2025-09-13	Integrated 'omics analysis reveals human milk oligosaccharide biosynthesis programs in human lactocytes 2025-Mar-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.17.643803 PMID:40166160	研究论文	通过整合单细胞RNA测序数据和HMO浓度测量，揭示人类乳腺细胞中母乳低聚糖的生物合成程序	首次在单细胞水平识别上皮细胞亚群中HMO合成基因的差异表达模式，并提名与HMO浓度相关的候选基因及潜在调控转录因子	研究基于关联分析，尚未通过功能实验验证候选基因和调控机制的具体作用	阐明人类哺乳期乳腺中母乳低聚糖（HMOs）的复杂生物合成途径	人类乳腺上皮细胞（泌乳细胞）	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据、浓度测量数据	未明确说明样本数量，但基于scRNA-seq数据集和HMO浓度测量
6	2025-09-13	Response to anti-angiogenic therapy is affected by AIMP protein family activity in glioblastoma and lower-grade gliomas 2025-Mar-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.13.643116 PMID:40161601	研究论文	本研究探讨AIMP蛋白家族在胶质瘤抗血管生成治疗反应中的作用及其作为预测生物标志物的潜力	首次揭示AIMP1/2/3表达与胶质瘤血管生成的相关性，并发现AIMP2高表达亚组对抗血管生成治疗反应更佳	回顾性研究设计，需前瞻性验证	研究AIMP蛋白在胶质瘤血管生成中的作用及其作为抗血管生成治疗预测标志物的价值	胶质母细胞瘤和低级别胶质瘤患者样本	肿瘤生物学	胶质瘤	多组学分析（转录组、表观遗传、蛋白质组）、单细胞转录组测序	Cox比例风险模型	基因组数据、临床数据	来自TCGA、CGGA、Rembrandt等多个数据库和临床试验的胶质瘤样本
7	2025-09-13	Ocular immune privilege in action: the living eye imposes unique regulatory and anergic gene signatures on uveitogenic T cells 2025-Mar-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.01.640701 PMID:40297507	研究论文	通过单细胞转录组学揭示眼内免疫特权如何调控葡萄膜炎原性T细胞分化为调节性T细胞或无能细胞	首次在体内模型中利用单细胞技术解析T细胞在眼内的命运分歧机制，发现调节性与无能细胞源自共同增殖前体而非顺序分化	研究基于动物模型，人类临床相关性需进一步验证	探究眼内免疫特权对自身反应性T细胞的调控机制	视网膜特异性T细胞（包括Foxp3+ Tregs和非调节性T细胞）	免疫学	自身免疫性葡萄膜炎	单细胞转录组学、体内免疫特权模型、轨迹分析	NA	基因表达数据	未明确样本数量，但涉及两类T细胞群体的单细胞分析
8	2025-09-13	Decoding neuronal wiring by joint inference of cell identity and synaptic connectivity 2025-Mar-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.04.640006 PMID:40093165	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序数据和电子显微镜连接组数据，开发了ConnectionMiner工具，用于解码果蝇腿部运动神经元的分子多样性与突触连接模式	提出ConnectionMiner计算工具，首次将scRNAseq数据与连接组数据整合，通过概率方法精炼细胞类型注释并识别与突触连接强度相关的基因表达特征	研究仅限于果蝇腿部运动系统，尚未在其他生物体或神经系统中验证	解析运动神经回路在发育过程中的建立机制	果蝇成年腿部运动神经元(MNs)和前运动神经元(preMNs)	神经科学	NA	scRNAseq, 电子显微镜	概率模型	基因表达数据, 连接组数据	多个时间点的果蝇腿部运动神经元单细胞数据
9	2025-09-12	Chronic hyperactivation of midbrain dopamine neurons causes preferential dopamine neuron degeneration 2025-Mar-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.05.588321 PMID:38645054	研究论文	通过化学遗传学小鼠模型研究慢性多巴胺神经元过度激活导致帕金森病样选择性神经元退行性变的机制	首次建立慢性多巴胺神经元过度激活模型，揭示神经活动增强导致黑质致密部多巴胺神经元选择性易损性的新机制	动物模型研究，需进一步验证人类病理生理过程的相关性	探究慢性神经活动改变在多巴胺神经元退行性变中的作用机制	中脑多巴胺神经元，特别是黑质致密部多巴胺神经元	神经科学	帕金森病	化学遗传学(DREADD)、电生理学、空间转录组学	DREADD小鼠模型	电生理数据、行为数据、分子生物学数据	DREADD转基因小鼠模型及人类患者样本对照验证
10	2025-09-11	Defining the host dependencies and the transcriptional landscape of RSV infection and bystander activation 2025-Mar-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.26.645108 PMID:40196489	研究论文	利用全基因组CRISPR敲除筛选和单细胞RNA测序技术研究RSV感染的宿主决定因素及宿主反应	首次结合全基因组CRISPR筛选和单细胞RNA测序揭示RSV感染细胞与旁观者激活细胞的转录差异，并对比了17种其他病毒的29项已发表筛选结果	NA	阐明RSV感染的宿主依赖性和转录景观	RSV感染细胞和未感染的旁观者细胞	基因组学	呼吸道感染	全基因组CRISPR敲除筛选, 单细胞RNA测序	NA	基因组数据, 转录组数据	NA
11	2025-09-10	Comparative single cell analysis of transcriptional bursting reveals the role of genome organization on de novo transcript origination 2025-Mar-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.29.591771 PMID:38746255	研究论文	通过比较单细胞转录爆发分析揭示基因组组织对新生转录本起源的作用	开发新统计方法识别跨物种细胞类型核心基因集，并首次揭示X染色体转录爆发动力学的进化保守性降低	仅针对三种近缘物种进行研究，时间跨度2500-3000万年	探究基因组组织对精子发生过程中转录爆发和新生基因起源的调控机制	三种近缘物种的精子发生过程细胞	单细胞基因组学	NA	scRNA-Seq, RNA FISH, 成像技术	统计模型	单细胞转录组数据	三种近缘物种的精子发生细胞
12	2025-09-10	NAD+ prevents chronic kidney disease by activating renal tubular metabolism 2025-Mar-10, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.181443 PMID:40059824	研究论文	本研究通过小鼠模型揭示NAD+补充通过激活肾近端小管代谢（特别是脂肪酸氧化）延缓慢性肾脏病进展的机制	首次在Alport综合征模型中结合单核RNA测序和空间转录组学技术，发现NAD+补充对近端小管细胞的特异性保护作用并揭示性别差异	研究基于小鼠模型，人类临床应用效果仍需进一步验证	探究NAD+补充防治慢性肾脏病的分子机制及作用细胞类型	Alport综合征模型小鼠的肾组织及近端小管细胞	代谢组学	慢性肾脏病	RNA测序（bulk RNA-seq、单核RNA-seq）、空间转录组学、正交成像技术、生化检测	NA	转录组数据、空间基因表达数据、生化指标	Alport综合征模型小鼠（未注明具体数量，含两性样本）
13	2025-09-10	Metabolic stress and age drive inflammation and cognitive decline in mice and humans 2025-Mar, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association DOI:10.1002/alz.70060 PMID:40110679	研究论文	本研究探讨代谢应激和年龄如何通过炎症机制导致小鼠和人类认知功能下降	结合小鼠高脂饮食模型和人类尸检样本的空间转录组学与单细胞RNA测序，揭示了代谢应激诱导认知障碍的炎症机制，并发现SPP1基因作为潜在治疗靶点	研究主要基于动物模型和有限的人类尸检样本，可能需要更大样本量验证	阐明代谢应激因素（肥胖、代谢综合征、糖尿病）导致认知障碍的免疫炎症机制	高脂饮食喂养的小鼠模型以及阿尔茨海默病和2型糖尿病患者的死后脑组织	神经科学	阿尔茨海默病和2型糖尿病	空间转录组学、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠模型和人类尸检脑组织样本（具体数量未明确说明）
14	2025-09-09	Genome-wide prediction of dominant and recessive neurodevelopmental disorder-associated genes 2025-Mar-06, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2025.02.001 PMID:40015282	研究论文	提出一种基于机器学习的计算方法，用于预测与神经发育障碍相关的显性和隐性遗传基因	整合单细胞RNA测序数据与300种正交特征，在半监督框架中训练遗传模式特异性模型，显著提升基因预测效能	NA	加速神经发育障碍风险基因的识别与发现	人类大脑皮层发育过程中的基因表达模式	机器学习	神经发育障碍	单细胞RNA测序, 机器学习	mantis-ml (半监督机器学习框架)	基因表达数据, 蛋白质相互作用数据, 遗传耐受性指标	NA
15	2025-09-06	scooby: Modeling multi-modal genomic profiles from DNA sequence at single-cell resolution 2025-Mar-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.19.613754 PMID:39345504	研究论文	提出首个从DNA序列建模单细胞分辨率多模态基因组谱的框架scooby	首次实现单细胞分辨率下从序列直接预测scRNA-seq和scATAC-seq谱，引入细胞特异性解码器并利用预训练基础模型Borzoi	NA	构建能够捕捉细胞异质性的基因调控统一模型	单细胞多模态基因组数据（scRNA-seq和scATAC-seq）	基因组学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq, 多模态基因组分析	基于Borzoi的深度学习框架	基因组序列数据，单细胞多组学数据	造血系统数据集（具体样本量未明确说明）
16	2025-09-06	A Phase I Clinical Trial Adding OX40 Agonism to In Situ Therapeutic Cancer Vaccination in Patients with Low-Grade B-cell Lymphoma Highlights Challenges in Translation from Mouse to Human Studies 2025-Mar-03, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2770 PMID:39745391	临床试验	本研究评估了在低级别B细胞淋巴瘤患者中，将OX40激动剂加入原位癌症疫苗疗法的安全性和初步疗效	首次在人体试验中测试OX40激动剂与TLR9激动剂SD101及低剂量放疗的联合疗法，并揭示了临床前模型与人类研究间的转化挑战	样本量较小（14例患者），临床效果不如单独使用TLR9激动剂和放疗，且存在T细胞亚群异质性和可溶性OX40的复杂生物学效应	测试OX40激动剂联合TLR9激动剂和低剂量放疗在低级别B细胞淋巴瘤患者中的安全性和疗效	低级别B细胞淋巴瘤患者	肿瘤免疫治疗	淋巴瘤	流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	临床数据、分子生物学数据	14例患者
17	2025-09-05	Spatiotemporal Profiling Defines Persistence and Resistance Dynamics during Targeted Treatment of Melanoma 2025-Mar-03, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-0690 PMID:39700408	研究论文	本研究利用空间转录组学分析黑色素瘤靶向治疗中的细胞持久态动态和耐药机制	结合空间转录组学和深度学习分析，首次在患者来源异种移植模型中解析治疗过程中克隆谱系演化的时空动态	研究基于异种移植模型，可能与人类体内实际微环境存在差异	阐明BRAF突变黑色素瘤靶向治疗中耐药性的时空演化机制	BRAF突变黑色素瘤细胞及患者来源异种移植模型	数字病理学	黑色素瘤	空间转录组学，深度学习分析	深度学习模型	空间转录组数据，组织病理切片图像	患者来源异种移植模型样本
18	2025-09-03	Systematic reconstruction of molecular pathway signatures using scalable single-cell perturbation screens 2025-Mar, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-025-01622-z PMID:40011560	研究论文	利用可扩展的单细胞扰动筛选系统重建分子通路特征	开发改进的计算框架Mixscale处理扰动效率的细胞变异，并优化统计方法学习差异表达基因列表和保守分子特征	NA	系统识别信号调节因子在不同生物背景下的靶标，并推断扰动特征图谱	六种细胞系和五种生物信号背景中的分子通路	功能基因组学	NA	Perturb-seq（混合遗传筛选与单细胞测序），组合索引，NGS	NA	单细胞测序数据	超过1500次扰动，涉及六种细胞系和五种生物信号背景
19	2025-09-01	Segger: Fast and accurate cell segmentation of imaging-based spatial transcriptomics data 2025-Mar-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.14.643160 PMID:40161614	研究论文	提出基于图神经网络的细胞分割工具Segger，用于成像空间转录组数据中快速准确的转录本-细胞分配	将细胞分割转化为转录本-细胞链接预测任务，利用异构图表示和单细胞RNA-seq信息提升分配准确性	NA	解决成像空间转录组技术中转录本细胞来源分配的准确性问题	成像空间转录组数据中的细胞和转录本	数字病理学	NA	成像空间转录组技术，单细胞RNA-seq	图神经网络(GNN)	空间转录组成像数据	多个Xenium数据集基准测试
20	2025-08-29	Erythroid progenitor cell-mediated spleen-tumor interaction deteriorates cancer immunity 2025-Mar-04, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2417473122 PMID:40014568	研究论文	本文揭示红细胞祖细胞介导的脾脏-肿瘤相互作用通过免疫抑制机制恶化癌症免疫	首次发现肿瘤通过劫持EPCs建立脾脏与肿瘤间的免疫抑制桥梁，并阐明其通过CCL5/CCR5轴迁移及PD-L1介导的免疫抑制机制	NA	探究肿瘤发展中系统性免疫的动态变化及EPCs在肿瘤免疫抑制中的作用	红细胞祖细胞(EPCs)、脾脏、肿瘤微环境、头颈鳞状细胞癌患者样本	肿瘤免疫学	头颈鳞状细胞癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、RNA测序(RNA-seq)	NA	基因表达数据	NA（涉及头颈鳞状细胞癌患者队列分析）