单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 722 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-02-12 |
VISTA Uncovers Missing Gene Expression and Spatial-induced Information for Spatial Transcriptomic Data Analysis
2025-Mar-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.26.609718
PMID:40166134
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研究论文 | 本文提出了一种名为VISTA的新方法，用于预测空间转录组学数据中未观测基因的表达水平，以解决现有技术基因覆盖限制的问题 | VISTA结合变分推断和几何深度学习，联合建模单细胞RNA-seq和空间转录组学数据，并引入不确定性量化，实现了对未观测基因表达的高效预测 | 方法依赖于单细胞RNA-seq和空间转录组学数据的联合可用性，且性能可能受数据质量和整合难度的影响 | 开发一种能够预测空间转录组学数据中未观测基因表达水平的方法，以增强空间诱导细胞状态和特征的分析能力 | 单细胞RNA-seq数据和亚细胞空间转录组学数据 | 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | 变分推断, 几何深度学习 | 基因表达数据, 空间数据 | 四个空间转录组学数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 2 | 2026-02-11 |
Spatial analysis of IPMNs defines a paradoxical KRT17-positive, low-grade epithelial population harboring malignant features
2025-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.18.643943
PMID:40166305
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学和单细胞RNA测序技术，分析了胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤（IPMN）的转录变化，发现了一个表达恶性特征的KRT17阳性低级别上皮细胞亚群 | 首次在组织学低级别IPMN中识别出表达KRT17、S100A10和CEACAM5等恶性转录特征的细胞亚群，并验证其广泛但斑片状分布 | 研究样本可能有限，且未详细探讨该细胞亚群的具体分子机制或临床干预策略 | 探究IPMN进展过程中的转录变化，以改善早期检测和患者管理策略 | 胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤（IPMN）患者样本，包括低级别异型增生、高级别异型增生和IPMN来源的癌组织 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 空间转录组学，单细胞RNA测序，免疫荧光 | NA | 转录组数据，图像数据 | 包含IPMN疾病全谱的患者样本，具体数量未明确说明 | Nanostring | 空间转录组学，单细胞RNA-seq | Nanostring GeoMx | Nanostring GeoMx空间转录组平台 |
| 3 | 2026-02-10 |
TrAGEDy-trajectory alignment of gene expression dynamics
2025-Mar-04, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf073
PMID:40065693
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研究论文 | 本文介绍了一种名为TrAGEDy的新方法，用于对齐单细胞转录组学中的独立轨迹，避免错误整合步骤 | TrAGEDy能够处理不对称生物过程的轨迹对齐，优于现有工具，在模拟和真实数据中均表现更优 | NA | 开发一种方法以对齐单细胞转录组学中的独立轨迹，用于比较不同生物过程 | T细胞和布氏锥虫血流形式的基因表达动态 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组学测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4 | 2026-02-09 |
Identification of increased dedifferentiation along the Prom1+ cancer cells in Müllerian adenosarcoma with sarcomatous overgrowth
2025-Mar, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-025-02943-4
PMID:39920368
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和生物信息学分析，揭示了Müllerian腺肉瘤中Prom1+癌细胞亚群的异质性和去分化轨迹 | 首次在MASO中鉴定出Prom1+癌细胞沿发育轨迹的三个表型（分化样、中间样、去分化样），并发现HMGB2/3+亚型是主要的去分化样癌细胞，E2F1被确认为Prom1谱系去分化的关键转录因子 | 研究样本量较小（基于单细胞测序），且主要聚焦于Prom1谱系，可能未涵盖肿瘤的全部异质性 | 探究Müllerian腺肉瘤伴肉瘤样过度生长（MASO）的肿瘤病因和细胞异质性 | MASO肿瘤组织及配对正常组织 | 数字病理学 | 子宫肉瘤 | 单细胞RNA测序，免疫组化，体外实验 | 轨迹分析，转录因子调控网络 | 单细胞RNA-seq数据，TCGA数据，图像数据 | 未明确样本数量，但涉及MASO和配对正常组织的单细胞测序 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5 | 2026-02-09 |
Single-cell RNA sequencing via endoscopic ultrasound-guided fine-needle biopsy for pancreatic tumors uncovered an aggressive subclone with a poor prognosis
2025-Mar, ESMO gastrointestinal oncology
DOI:10.1016/j.esmogo.2024.100113
PMID:41646484
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研究论文 | 本研究通过内镜超声引导下细针穿刺活检结合单细胞RNA测序技术，揭示了胰腺肿瘤中一个与不良预后相关的侵袭性亚克隆 | 首次利用内镜超声引导下细针穿刺活检样本进行单细胞RNA测序，成功识别出与胰腺癌晚期阶段相关的UBE2C高表达侵袭性亚克隆 | 样本量较小，仅对4名患者成功进行了单细胞RNA测序分析，可能影响结果的普遍性 | 评估内镜超声引导下细针穿刺活检用于单细胞RNA测序的可行性，并探索胰腺肿瘤的细胞异质性 | 胰腺肿瘤患者 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 20名患者，40份标本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6 | 2026-02-07 |
FLASH radiation reprograms lipid metabolism and macrophage immunity and sensitizes medulloblastoma to CAR-T cell therapy
2025-Mar, Nature cancer
IF:23.5Q1
DOI:10.1038/s43018-025-00905-6
PMID:39910249
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研究论文 | 本研究揭示了FLASH放疗通过重编程巨噬细胞脂质代谢，逆转髓母细胞瘤的免疫抑制，并增强CAR-T细胞疗法疗效的机制 | 首次阐明FLASH放疗通过抑制脂质氧化酶表达和氧化低密度脂质生成，降低PPARγ活性，从而促进巨噬细胞向促炎表型极化，并增强CAR-T细胞浸润与活化的机制 | 研究基于基因工程小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证；FLASH放疗对肿瘤免疫的影响机制仍需在其他肿瘤类型中进一步探索 | 探究FLASH放疗对肿瘤免疫微环境的影响及其与CAR-T细胞疗法联合治疗的潜力 | 髓母细胞瘤的基因工程小鼠模型 | 肿瘤免疫学 | 髓母细胞瘤 | 单细胞转录组分析 | 基因工程小鼠模型 | 转录组数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7 | 2026-02-05 |
A comprehensive analysis of scRNA-Seq and RNA-Seq unveils B cell immune suppression in the AAV-loaded brain
2025-Mar-05, Immunologic research
IF:3.3Q3
DOI:10.1007/s12026-025-09609-6
PMID:40044925
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研究论文 | 本研究通过整合转录组和单细胞RNA测序数据，结合孟德尔随机化分析，揭示了XBP1蛋白通过MDK-NCL配体-受体对及相关基因介导大脑中B细胞免疫抑制的潜在机制 | 首次利用scRNA-seq和RNA-seq数据结合孟德尔随机化分析，识别出XBP1在AAV载体诱导的大脑B细胞免疫抑制中的关键作用，并揭示了MDK-NCL配体-受体对的介导途径 | 研究主要基于转录组数据分析，缺乏体内或体外实验验证，且免疫抑制机制的具体调控网络和通路仍需进一步探索 | 探究AAV载体在大脑中引发的免疫反应，特别是B细胞免疫抑制的机制，以优化脑部基因治疗策略 | AAV载体处理的大脑组织，重点关注免疫细胞（如B细胞、小胶质细胞）及其转录组变化 | 生物信息学 | 神经疾病 | scRNA-seq, RNA-seq, 孟德尔随机化分析 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 8 | 2026-01-28 |
Co-regulator activity of Mediator of DNA Damage Checkpoint 1 (MDC1) is associated with DNA repair dysfunction and PARP inhibitor sensitivity in lobular carcinoma of the breast
2025-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.10.29.564555
PMID:39677775
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研究论文 | 本研究揭示了乳腺浸润性小叶癌（ILC）中MDC1蛋白作为雌激素受体共调节因子的新功能，并发现该功能与同源重组修复功能障碍及PARP抑制剂敏感性相关 | 首次发现MDC1在ILC细胞中作为雌激素受体的共调节因子，并揭示这种新功能导致独特的同源重组修复功能障碍（不同于经典BRCAness状态），且与PARP抑制剂敏感性相关 | 研究主要基于细胞系和异种移植模型，临床样本验证有限；MDC1共调节功能的具体分子机制尚未完全阐明 | 探究乳腺浸润性小叶癌中MDC1蛋白的双重功能（DNA修复与雌激素受体共调节）及其治疗意义 | 乳腺浸润性小叶癌细胞系、异种移植模型及肿瘤数据 | 癌症生物学 | 乳腺癌 | 单细胞转录组分析、DNA修复活性分析、蛋白质相互作用组分析、异种移植模型 | NA | 转录组数据、蛋白质相互作用数据、功能实验数据 | 多个ILC细胞系及异种移植模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9 | 2026-01-27 |
Evaluating genetic-ancestry inference from single-cell RNA-seq data
2025-Mar-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.25.645175
PMID:40196550
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研究论文 | 本文提出了一个评估从单细胞RNA测序数据推断遗传祖先方法的框架 | 首次系统评估了从scRNA-seq数据推断遗传祖先的准确性，并证明了现有工具（如ADMIXTURE）在此类稀疏数据上的有效性 | 研究依赖于有限的scRNA-seq数据集（4个），且变异检测受限于测序覆盖度和准确性 | 评估从单细胞RNA测序数据中推断遗传祖先的方法，以提高数据集的遗传多样性表征和减少分析偏差 | 单细胞RNA测序数据中的遗传多态性 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | ADMIXTURE | scRNA-seq测序数据 | 196名捐赠者，来自人类细胞图谱的4个scRNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10 | 2026-01-26 |
Resolving spatiotemporal dynamics in bacterial multicellular populations: approaches and challenges
2025-Mar-27, Microbiology and molecular biology reviews : MMBR
IF:8.0Q1
DOI:10.1128/mmbr.00138-24
PMID:39853129
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综述 | 本文综述了研究细菌多细胞群体时空动态的方法与挑战，重点介绍单细胞技术在解析细菌生物膜（菌落）结构和功能中的应用 | 强调单细胞技术（如空间转录组学、单细菌RNA测序）在细菌多细胞性研究中的协同潜力，以单细胞分辨率解析群体结构和功能 | 未具体讨论技术整合的实际操作难点或数据解释的局限性 | 探索细菌多细胞群体的组装、动态和功能，以理解其进化过渡和复杂生命形式的出现 | 细菌多细胞群体，特别是分化的细菌生物膜（菌落）中的个体细胞 | 微生物学 | NA | 单细胞技术，包括显微技术、质谱成像、流式细胞术、空间转录组学、单细菌RNA测序 | NA | 空间和时间数据，单细胞数据 | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 11 | 2026-01-24 |
Dynamic cellular composition and immune landscape revealed by single-cell transcriptome profiling in a brain arteriovenous malformation
2025-Mar-27, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-025-01590-5
PMID:40146346
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析，揭示了脑动静脉畸形中细胞组成和免疫景观的动态变化 | 首次在脑动静脉畸形中应用单细胞RNA测序技术，系统表征了细胞类型比例变化、基因表达差异和细胞通讯通路改变，发现了单核细胞-内皮细胞相互作用抑制和NK细胞相互作用促进的新机制 | 研究仅基于一个bAVM样本和三个健康对照样本，样本量较小，可能限制统计功效和结论的普适性 | 探究脑动静脉畸形的免疫机制和细胞功能变化 | 脑动静脉畸形组织和健康脑组织 | 数字病理学 | 脑血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 1个bAVM样本和3个健康对照样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 12 | 2026-01-24 |
Single-cell RNA sequencing revealed changes in the tumor microenvironment induced by radiotherapy for cervical cancer and the molecular mechanism of mast cells in immunosuppression
2025-Mar-14, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-025-01564-7
PMID:40082276
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研究论文 | 本研究首次应用单细胞RNA测序技术，分析了宫颈癌患者放疗前后组织样本，揭示了放疗诱导的肿瘤微环境变化及肥大细胞在免疫抑制中的分子机制 | 首次将单细胞RNA测序技术应用于宫颈癌放疗前后组织分析，揭示了放疗诱导的细胞异质性变化及肥大细胞在肿瘤免疫抑制和基质重塑中的关键作用 | 样本量较小（仅3名患者），可能限制结果的普遍性；未涉及长期随访或治疗效果的临床验证 | 研究宫颈癌放疗后肿瘤微环境的变化，以改善放疗治疗效果 | 宫颈癌患者放疗前后的组织样本 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 3名宫颈癌患者的放疗前后组织样本，共52,506个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 13 | 2025-03-15 |
Predictive and personalized approaches for idiopathic pulmonary fibrosis: a Wnt-related gene set scoring framework integrating single-cell sequencing, spatial transcriptomics, and machine learning for diagnosis and prognosis
2025-Mar-13, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-025-01571-8
PMID:40080215
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 14 | 2026-01-24 |
Integrative single-cell and bulk RNA-seq analysis identifies lactylation-related signature in osteosarcoma
2025-Mar-12, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-025-01559-4
PMID:40072643
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和批量RNA-seq数据，识别了骨肉瘤中与乳酸化相关的基因特征，旨在提高预后准确性和免疫治疗效果 | 首次结合单细胞测序AUCell评分和批量RNA-seq数据，系统识别骨肉瘤中乳酸化相关基因，并构建了具有强预测能力的九基因风险模型 | 基于公共数据集，缺乏独立验证队列；未进行实验验证基因功能 | 阐明乳酸化相关基因在骨肉瘤中的作用，改善预后评估和免疫治疗策略 | 骨肉瘤患者样本 | 生物信息学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | LASSO, Cox回归模型 | 基因表达数据 | 未明确指定样本数量，使用公共数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 15 | 2026-01-24 |
Transcriptomic profiling reveals mechanism, therapeutic potential, and prognostic value of cancer stemness characteristic in nasopharyngeal carcinoma
2025-Mar-07, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-025-01561-w
PMID:40053129
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研究论文 | 本研究通过生物信息学和机器学习分析单细胞RNA-seq及批量转录组数据，结合基础实验，探索鼻咽癌中的干细胞特性，揭示了其与复发、转移和耐药性的关联 | 首次在鼻咽癌中识别并验证了癌症干细胞相关特征（STEM-signature），并发现四种干细胞相关miRNA（miR-300、miR-361-5p、miR-1246、miR-1290）能增强鼻咽癌细胞的干细胞特性，为治疗提供了新靶点 | 研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证，且样本来源和数量可能限制结论的普适性 | 探究鼻咽癌中癌症干细胞特性的机制、治疗潜力和预后价值 | 鼻咽癌细胞、单细胞RNA-seq数据、批量转录组数据、免疫细胞（如LAYN+CD8+ T细胞、CTLA4+CD4+ T细胞） | 生物信息学 | 鼻咽癌 | 单细胞RNA-seq、批量转录组分析、机器学习、LASSO Cox回归模型、NicheNet分析 | LASSO Cox回归模型 | 转录组数据（单细胞和批量） | 未明确指定样本数量，但涉及单细胞RNA-seq和批量转录组数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 16 | 2026-01-24 |
The XCL1-XCR1 axis supports intestinal tissue residency and antitumor immunity
2025-Mar-03, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20240776
PMID:39841133
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研究论文 | 本研究揭示了XCL1-XCR1轴在调控肠道组织驻留记忆T细胞（TRM）空间分化和抗肿瘤免疫中的关键作用 | 首次发现CD8+ T细胞来源的XCL1对TRM形成至关重要，并证明该趋化因子轴通过非细胞自主方式引导肠道CD8+ TRM的空间分化和肿瘤控制 | 研究主要基于小鼠模型，人类数据验证相对有限；肿瘤微环境中其他细胞类型的相互作用机制尚未完全阐明 | 探究组织驻留记忆T细胞分化与功能的细胞互作机制及其在抗肿瘤免疫中的作用 | 肠道CD8+ T细胞、常规树突状细胞1型（cDC1）、肿瘤浸润淋巴细胞（TIL） | 免疫学 | 肿瘤 | 靶向空间转录组学、小鼠遗传模型 | NA | 空间转录组数据、基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 17 | 2026-01-24 |
Smoothie: Efficient Inference of Spatial Co-expression Networks from Denoised Spatial Transcriptomics Data
2025-Mar-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.26.640406
PMID:40060619
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Smoothie的方法，用于从去噪后的空间转录组数据中高效推断空间共表达网络 | Smoothie通过高斯平滑技术去噪空间转录组数据，并构建和整合全基因组共表达网络，利用隐式和显式并行化实现可扩展性，能处理超过1亿个空间解析点的大数据集 | NA | 从高分辨率空间转录组数据中提取深层生物学见解，包括基因模块检测、功能注释、基因表达与基因组结构的关联以及多样本比较 | 空间转录组数据中的基因表达模式 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 高斯平滑 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 18 | 2026-01-23 |
Segger: Fast and accurate cell segmentation of imaging-based spatial transcriptomics data
2025-Mar-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.14.643160
PMID:40161614
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研究论文 | 本文介绍了一种名为segger的快速准确细胞分割方法，用于成像空间转录组学数据 | 提出了一种基于异构图表示和图神经网络的细胞分割方法，将细胞分割视为转录本到细胞的链接预测任务，并利用单细胞RNA-seq信息改进转录本分配 | NA | 解决成像空间转录组学中转录本准确分配到细胞的问题 | 成像空间转录组学数据 | 计算机视觉 | NA | 成像空间转录组学 | 图神经网络 | 图像 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | Xenium | NA |
| 19 | 2026-01-23 |
Novel Meningoencephalomyelitis Associated With Vimentin IgG Autoantibodies
2025-Mar-01, JAMA neurology
IF:20.4Q1
DOI:10.1001/jamaneurol.2024.4763
PMID:39836414
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研究论文 | 本研究鉴定了一种与波形蛋白IgG自身抗体相关的新型脑膜脑脊髓炎综合征 | 首次发现并描述了靶向星形胶质细胞中间丝蛋白波形蛋白的自身抗体与一种独特的脑膜脑脊髓炎综合征的关联 | 研究为回顾性病例系列，样本量较小（14例患者），且随访时间中位数仅为23个月 | 表征一种与未知星形胶质细胞自身抗体相关的脑膜脑脊髓炎综合征 | 患有未明确中枢神经系统自身免疫性疾病且具有相似临床和影像学特征的患者 | NA | 脑膜脑脊髓炎 | 单细胞RNA测序，基于细胞的测定，基于组织的测定 | NA | RNA序列数据，临床数据，影像学数据 | 14名候选患者（其中2名索引患者进行了scRNA-seq） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 20 | 2026-01-18 |
The Dyson equalizer: adaptive noise stabilization for low-rank signal detection and recovery
2025-Mar, Information and inference : a journal of the IMA
DOI:10.1093/imaiai/iaae036
PMID:39830802
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研究论文 | 本文提出了一种自适应噪声稳定化方法，用于低秩信号在异方差噪声下的检测与恢复 | 开发了一种基于随机矩阵理论和Dyson方程的自适应归一化程序，能均衡数据矩阵行列间的平均噪声方差，支持广泛的噪声分布和信号结构 | NA | 解决异方差噪声环境下低秩信号检测与恢复的挑战 | 数据矩阵中的低秩信号 | 机器学习 | NA | NA | NA | 矩阵数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |