单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-04-04	Deciphering shared molecular dysregulation across Parkinson's disease variants using a multi-modal network-based data integration and analysis 2025-Mar-31, NPJ Parkinson's disease DOI:10.1038/s41531-025-00914-3 PMID:40164620	research paper	该研究通过整合多模态数据和构建知识图谱，探索帕金森病不同变异之间的共同分子失调机制	利用患者特异性中脑类器官的高通量成像和RNA测序数据构建知识图谱，并首次在特发性帕金森病患者中发现与单基因型帕金森病共同的转录组失调	研究主要基于体外类器官模型，可能无法完全反映人体内复杂的病理生理过程	探索帕金森病不同变异形式之间的共同生物医学特征	携带LRRK2-G2019S、SNCA三倍体、GBA-N370S或MIRO1-R272Q突变的PD患者特异性中脑类器官，以及特发性PD患者(IPD)的中脑类器官	systems biomedicine	Parkinson's disease	high-content imaging, RNA sequencing, single-cell RNA sequencing	knowledge graph	omics data, imaging data	多种基因突变的PD患者特异性中脑类器官和特发性PD患者类器官
2	2025-04-04	Identification of drug-resistant individual cells within tumors by semi-supervised transfer learning from bulk to single-cell transcriptome 2025-Mar-31, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07959-3 PMID:40164749	研究论文	提出一种半监督少样本迁移学习方法SSDA4Drug，用于推断肿瘤中的耐药癌细胞	利用半监督对抗域适应从批量转录组数据向单细胞转录组数据迁移药物敏感性知识，显著提升单细胞药物反应预测性能	需要至少1-2个标记的目标域样本进行迁移学习	开发精确识别肿瘤内耐药单细胞的方法	肿瘤单细胞（肺癌细胞、前列腺癌细胞、口腔鳞状细胞癌细胞）	数字病理	肺癌、前列腺癌、口腔鳞状细胞癌	scRNA-seq	半监督对抗域适应模型	单细胞转录组数据、批量转录组数据	多个独立scRNA-seq数据集
3	2025-04-04	The neutrophil extracellular trap-related gene FPR1 (formyl peptide receptor 1) as a potential prognostic and therapeutic target in osteosarcoma 2025-Mar-31, BMC musculoskeletal disorders IF:2.2Q3 DOI:10.1186/s12891-024-08231-1 PMID:40165145	研究论文	本研究探讨了中性粒细胞胞外陷阱（NET）相关基因FPR1在骨肉瘤（OS）中的预后意义和生物学功能	首次构建了包含四个NET相关基因（TNFRSF10C、FPR1、BST1和SELPLG）的NET评分模型，用于预测OS患者的预后，并在单细胞分辨率下验证了NET评分模型的作用	研究主要基于公共数据库和体外实验，缺乏体内实验验证	探究FPR1在骨肉瘤中的预后价值和生物学功能	骨肉瘤患者和骨肉瘤细胞系	癌症研究	骨肉瘤	LASSO算法、scRNA-seq、CCK-8实验、transwell实验	NET评分模型	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	来自TARGET和GEO（GSE21257）数据库的骨肉瘤数据集，以及GSE162454单细胞RNA测序数据集
4	2025-04-04	Enhancing anti-CD3 mAb-mediated diabetes remission in autoimmune diabetes through regulation of dynamin-related protein 1(Drp1)-mediated mitochondrial dynamics in exhausted CD8+T-cell subpopulations 2025-Mar-31, BMC medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1186/s12916-025-04001-5 PMID:40165248	研究论文	本研究探讨了通过调节线粒体动力学来增强抗CD3单抗在自身免疫性糖尿病中的治疗效果	发现了Lrrk2作为线粒体分裂的关键调节因子，通过磷酸化DRP1影响耗竭CD8+ T细胞亚群的相互转换，并提出了一种新的免疫治疗方法	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限	探索增强抗CD3单抗在1型糖尿病治疗中效果的机制	耗竭CD8+ T细胞亚群	免疫治疗	1型糖尿病	流式细胞术、TCR测序、转录组分析、scRNA-seq	NOD小鼠模型、NY8.3小鼠模型	基因表达数据、单细胞测序数据	NOD小鼠、NY8.3小鼠和1型糖尿病患者的PBMCs
5	2025-04-04	Chromosome-level genome assembly and single-cell analysis unveil molecular mechanisms of arm regeneration in the ophiuroid Ophiura sarsii vadicola 2025-Mar-31, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03542-5 PMID:40165295	研究论文	本研究通过染色体水平基因组组装和单细胞分析揭示了蛇尾类动物Ophiura sarsii vadicola臂再生分子机制	首次报道了Ophiura sarsii vadicola染色体水平基因组，并利用单细胞RNA测序技术揭示了臂再生过程中的细胞动态变化和分子机制	仅针对Ophiura sarsii vadicola这一特定物种进行研究，结果可能不适用于其他蛇尾类动物	探究蛇尾类动物臂再生的分子机制	蛇尾类动物Ophiura sarsii vadicola	基因组学	NA	染色体水平基因组组装、批量RNA测序、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、RNA测序数据	NA
6	2025-04-04	Dynamic single-cell transcriptomic reveals the cellular heterogeneity and a novel fibroblast subpopulation in laryngotracheal stenosis 2025-Mar-31, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-025-00639-6 PMID:40165307	research paper	该研究通过动态单细胞转录组测序揭示了喉气管狭窄（LTS）发展过程中的细胞异质性，并发现了一种新的成纤维细胞亚群	首次对LTS进行动态scRNA-seq分析，发现了一种新的成纤维细胞亚群（CIRF），并阐明了SPP1高表达巨噬细胞在纤维化疾病中的重要性	研究仅基于大鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探索喉气管狭窄（LTS）发展过程中的细胞异质性及其分子机制	LTS大鼠模型的喉气管组织	digital pathology	respiratory disease	scRNA-seq	NA	RNA-seq data	LTS大鼠模型的多时间点喉气管组织样本
7	2025-04-04	Exploring the mechanisms of PANoptosis in osteoarthritis and the therapeutic potential of andrographolide through bioinformatics and single-cell analysis 2025-Mar-31, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-025-00629-8 PMID:40165317	research paper	该研究通过生物信息学和单细胞分析探讨了PANoptosis在骨关节炎中的作用机制以及穿心莲内酯的治疗潜力	首次详细分析了PANoptosis相关基因在骨关节炎中的表达，并探索了穿心莲内酯作为治疗药物的潜力	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探索PANoptosis在骨关节炎中的作用机制及潜在治疗药物	骨关节炎患者的软骨组织和软骨细胞	digital pathology	geriatric disease	单细胞RNA测序、分子对接、Western blotting、qRT-PCR	NA	RNA-seq数据、蛋白质数据	NA
8	2025-04-04	Bioinformatics Identification of Shared Signaling Pathways and Core Targets Linking Benzo[a]pyrene Exposure to HCC Progression 2025-Mar-31, Toxicology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.tox.2025.154129 PMID:40174762	研究论文	本研究通过生物信息学方法探讨苯并[a]芘(BaP)在肝癌进展中的潜在分子机制	首次通过生物信息学方法系统识别BaP与肝癌共享的信号通路和核心靶点，并通过分子对接验证其结合稳定性	研究主要基于数据库分析和计算预测，缺乏实验验证	探索环境污染物BaP在肝癌进展中的分子机制	苯并[a]芘(BaP)与肝癌的相互作用	生物信息学	肝癌	生物信息学分析、分子对接	NA	基因组数据、蛋白质相互作用数据	从多个数据库(ChEMBL、SwissTargetPrediction、STITCH、TCGA)获取的数据
9	2025-04-04	Genetic and genomic insights into male reproductive tract development 2025-Mar-31, Fertility and sterility IF:6.6Q1 DOI:10.1016/j.fertnstert.2025.03.024 PMID:40174856	综述	本文综述了男性生殖道发育的遗传和基因组学见解，强调了单细胞测序在发现细胞类型和细胞过程中的新发现	利用单细胞测序技术揭示了男性生殖道发育中的新细胞类型和过程，并识别了与男性生殖道发育相关的表型术语和基因	人类和小鼠数据的表型术语和基因关联存在差异，表明知识整合的必要性	理解男性生殖道发育的遗传基础及其与成年后医疗结果的关系	男性生殖道发育相关的基因和表型术语	基因组学	男性生殖系统疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因组数据	涉及269个独特基因和35个表型术语
10	2025-04-04	Reference-informed evaluation of batch correction for single-cell omics data with overcorrection awareness 2025-Mar-30, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07947-7 PMID:40158033	研究论文	本文提出了一个名为RBET的参考信息统计框架，用于评估单细胞组学数据批次效应校正（BEC）的效果，特别关注过度校正问题	RBET是首个能够敏感检测数据过度校正的统计框架，能够更公平地评估BEC方法的性能	虽然RBET在多种数据集上表现良好，但其在极端批次效应情况下的性能仍需进一步验证	开发一个能够评估单细胞组学数据批次效应校正效果并检测过度校正的统计框架	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq）数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞ATAC测序（scATAC-seq）	统计框架（RBET）	单细胞组学数据	六个真实数据集（包括不同批次数量、批次效应大小和细胞类型数量的scRNA-seq和scATAC-seq数据集）以及大量模拟数据
11	2025-04-04	Single-cell sequencing uncovers a high ESM1-expression endothelial cell subpopulation associated with bladder cancer progression and the immunosuppressive microenvironment 2025-Mar-30, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-95731-2 PMID:40159545	research paper	该研究通过单细胞测序技术揭示了膀胱癌中高表达ESM1的内皮细胞亚群与疾病进展和免疫抑制微环境的关联	首次识别并表征了膀胱癌中高表达ESM1的内皮细胞亚群，揭示了其促肿瘤作用和免疫抑制功能	样本量相对较小，且未进行体内功能验证实验	探究膀胱癌中肿瘤内皮细胞的异质性及其在疾病进展中的作用	膀胱癌组织中的CD45阴性单细胞	digital pathology	bladder cancer	scRNA-seq	pySCENIC	单细胞转录组数据	7,519个CD45阴性单细胞
12	2025-04-04	SERPINA3 predicts long-term neurological outcomes and mortality in patients with intracerebral hemorrhage 2025-Mar-29, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07551-x PMID:40157917	研究论文	本研究通过空间转录组学分析慢性脑出血患者的分子特征，发现SERPINA3作为潜在的预后生物标志物，与脑出血患者的长期神经功能结果和死亡率相关	首次将SERPINA3与脑出血患者的长期神经功能结果和死亡率联系起来，并验证其在血浆中的表达水平与疾病严重程度和预后的相关性	需要更大规模的前瞻性队列研究来验证SERPINA3的预后价值	探索脑出血患者长期神经功能结果和死亡率的可靠生物标志物	慢性脑出血患者的脑组织样本和血浆样本，以及小鼠模型	神经科学	脑出血	空间转录组学	小鼠模型	分子表达数据和临床数据	250名脑出血患者和250名健康对照的血浆样本，以及慢性脑出血患者的脑组织样本和小鼠模型
13	2025-04-04	Single-cell multi-omics analysis reveals the mechanism of action of a novel antioxidant polyphenol nanoparticle loaded with STAT3 agonist in mediating cardiomyocyte ferroptosis to ameliorate age-related heart failure 2025-Mar-29, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-025-03317-x PMID:40158134	研究论文	本研究通过单细胞多组学分析，探讨了一种新型抗氧化多酚纳米颗粒（PN@Col）在改善年龄相关性心力衰竭中的作用机制	首次将抗氧化多酚纳米颗粒与STAT3激动剂结合，靶向心肌细胞铁死亡和氧化应激，为年龄相关性心力衰竭提供新的治疗策略	研究主要基于小鼠模型，尚未进行人体临床试验	探索新型抗氧化纳米颗粒PN@Col在改善年龄相关性心力衰竭中的治疗潜力	心肌细胞和老年心力衰竭小鼠	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和AUCell分析	NA	基因表达数据	老年心力衰竭小鼠模型
14	2025-04-04	A practical guide for single-cell transcriptome data analysis in neuroscience 2025-Mar-29, Neuroscience research IF:2.4Q3 DOI:10.1016/j.neures.2025.03.006 PMID:40164433	教程	本文为神经科学领域中的单细胞转录组数据分析提供实用指南	专注于神经科学中的scRNA-seq数据分析，提供从质量控制到差异表达分析的完整工作流程，并强调结果的生物学解释	主要基于Seurat R包进行分析，可能未涵盖其他分析工具或方法	提高神经科学中scRNA-seq研究的可靠性和可重复性，支持对细胞机制和脑功能及疾病的研究	单细胞RNA测序数据	生物信息学	神经系统疾病	scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
15	2025-04-04	Determining composition and distribution of nicotinic acetylcholine receptors in mouse ventral tegmental area brain region with single-cell sequencing approach 2025-Mar-28, Nicotine & tobacco research : official journal of the Society for Research on Nicotine and Tobacco IF:3.0Q2 DOI:10.1093/ntr/ntaf075 PMID:40177951	研究论文	本研究通过单细胞测序方法确定了小鼠腹侧被盖区（VTA）脑区中尼古丁乙酰胆碱受体（nAChRs）的组成和分布	首次在单细胞水平上揭示了VTA区nAChR亚基的组成和分布，并预测了不同神经元中nAChR亚基的潜在组合	研究仅基于小鼠模型，结果是否适用于人类尚需验证	探究尼古丁乙酰胆碱受体在腹侧被盖区单细胞水平的分布和组成	C57BL/6小鼠的腹侧被盖区细胞	神经科学	NA	单细胞核测序, scFEA, hdWGCNA	NA	单细胞测序数据	6只小鼠的53,855个VTA细胞
16	2025-04-04	scCorrect: Cross-modality label transfer from scRNA-seq to scATAC-seq using domain adaptation 2025-Mar-27, Analytical biochemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.ab.2025.115847 PMID:40154828	研究论文	提出了一种名为scCorrect的新型神经网络框架，用于从scRNA-seq到scATAC-seq的跨模态标签转移	scCorrect通过两阶段操作（数据集对齐和错误注释修正）解决了scRNA-seq和scATAC-seq数据之间的模态差异问题	未提及具体的样本数量或数据集的多样性限制	提高单细胞染色质可及性测序（scATAC-seq）中的细胞类型注释准确性	scRNA-seq和scATAC-seq数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	神经网络	单细胞测序数据	NA
17	2025-04-04	An atlas of early human mandibular endochondral and osteogenic paracrine signaling regions of Meckel's cartilage 2025-Mar-25, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2420466122 PMID:40096606	研究论文	通过单细胞RNA测序和单细胞空间转录组学分析，建立了人类胎儿7至15周后受孕的Meckel软骨时空图谱，揭示了其在下颌骨骨化中的作用	揭示了Meckel软骨通过两种不同机制参与下颌骨骨化，前部MC可分化为成骨细胞，中部MC通过细胞间通讯促进膜内骨化	研究仅关注7至15周的人类胎儿，可能无法完全反映整个发育过程	探究Meckel软骨在下颌骨骨化中的作用机制	人类胎儿Meckel软骨	发育生物学	口腔和颅面疾病	单细胞RNA测序, 单细胞空间转录组学分析	小鼠体内谱系追踪模型	RNA测序数据, 空间转录组数据	人类胎儿7至15周样本
18	2025-04-04	Dnmt3a-mediated hypermethylation of FoxO3 promotes redox imbalance during osteoclastogenesis 2025-Mar-25, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2418023122 PMID:40106360	研究论文	本研究探讨了Dnmt3a介导的FoxO3高甲基化在破骨细胞生成过程中促进氧化还原失衡的作用	揭示了Dnmt3a通过调控FoxO3启动子甲基化影响破骨细胞生成的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	阐明FoxO3在破骨细胞生成和骨质疏松症中的作用机制	FoxO3转录因子、Dnmt3a甲基转移酶、破骨细胞	表观遗传学	骨质疏松症	scRNA-seq	Lysm-Cre;FoxO3 OVX小鼠模型	基因表达数据	人类股骨头样本和小鼠模型
19	2025-04-04	Identification of the crucial roles of BAXhigh NK cells in human derived mesenchymal stem cell therapy for chronic heart failure patients 2025-Mar-25, Pathology, research and practice DOI:10.1016/j.prp.2025.155924 PMID:40174277	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析，探讨了间充质干细胞治疗慢性心力衰竭患者中BAX高表达NK细胞的关键作用	首次发现BAX高表达NK细胞在心力衰竭中的作用，并通过MSC治疗揭示了BAX表达下调与治疗效果的相关性	研究样本量未明确说明，且机制研究仍需进一步验证	探究间充质干细胞治疗心力衰竭的分子机制	慢性心力衰竭患者的外周血单个核细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 孟德尔随机化分析(MR)	NA	RNA测序数据	未明确说明数量的心力衰竭患者外周血样本
20	2025-04-04	Single-cell and spatial analyses reveal the effect of VSIG4+S100A10+TAMs on the immunosuppression of glioblastoma and anti-PD-1 immunotherapy 2025-Mar-22, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.142415 PMID:40127797	研究论文	本研究通过单细胞和空间分析揭示了VSIG4+S100A10+TAMs对胶质母细胞瘤免疫抑制及抗PD-1免疫疗法的影响	首次证明VSIG4S100A10TAM是胶质母细胞瘤预后不良的独立指标，并显著积累于对抗PD-1免疫疗法无反应的患者中	研究样本量较小（16例患者样本），可能影响结果的普遍性	探索巨噬细胞对胶质母细胞瘤免疫疗法效果的影响，以提升治疗效果	胶质母细胞瘤（GBM）患者的肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）	数字病理学	胶质母细胞瘤	bulk RNA-seq, scRNA-seq, 空间转录组学, 流式细胞术, 多重免疫荧光（mIF）	NA	RNA-seq数据, 单细胞数据, 空间转录组数据, 流式细胞数据	16例患者样本