单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 750 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-07-12 |
FLASH radiation reprograms lipid metabolism and macrophage immunity and sensitizes medulloblastoma to CAR-T cell therapy
2025-Mar, Nature cancer
IF:23.5Q1
DOI:10.1038/s43018-025-00905-6
PMID:39910249
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研究论文 | 本文探讨了FLASH放疗对髓母细胞瘤中巨噬细胞免疫和脂质代谢的重编程作用，以及其对CAR-T细胞疗法的增敏效果 | 首次揭示了FLASH放疗通过调节巨噬细胞脂质代谢逆转肿瘤免疫抑制的机制，并展示了其与CAR-T细胞疗法的协同效应 | 研究仅基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证 | 探究FLASH放疗对肿瘤免疫微环境的影响及其与免疫治疗的协同作用 | 髓母细胞瘤小鼠模型中的巨噬细胞和CAR-T细胞 | 肿瘤免疫治疗 | 髓母细胞瘤 | 单细胞转录组分析，CAR-T细胞疗法 | 基因工程小鼠模型 | 基因表达数据 | 未明确说明具体样本数量的小鼠模型 |
| 2 | 2025-07-11 |
Parenchymal and inflammatory responses to ozone exposure in the aging healthy and surfactant protein C mutant lung
2025-Mar-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology
DOI:10.1152/ajplung.00261.2024
PMID:39832482
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研究论文 | 本研究探讨了臭氧暴露对健康老年小鼠和表面活性蛋白C突变小鼠肺部的结构和免疫反应的影响 | 结合年龄因素和基因突变，研究臭氧暴露对肺部的影响，并利用空间转录组学分析炎症和细胞外基质组织信号的变化 | 研究仅关注急性臭氧暴露的影响，未涉及长期暴露的效果 | 理解臭氧暴露在老年和基因突变个体中对肺部结构和免疫功能的影响 | 年轻、中年和老年小鼠，以及表面活性蛋白C突变小鼠 | 呼吸病理学 | 呼吸系统疾病 | 流式细胞术、空间转录组学 | NA | 生物学数据 | 不同年龄段的小鼠（年轻：8-14周，中年：44-52周，老年：>80周）和SP-C突变小鼠 |
| 3 | 2025-07-11 |
Effects of maternal edible THC consumption on offspring lung growth and function in a rhesus macaque model
2025-Mar-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology
DOI:10.1152/ajplung.00360.2024
PMID:39903192
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研究论文 | 本研究通过恒河猴模型探讨了母体食用THC对后代肺生长和功能的影响 | 首次在恒河猴模型中系统评估产前THC暴露对后代肺发育和功能的长期影响，并揭示了表观遗传调控机制 | 样本量较小，且仅评估了单一剂量THC的影响 | 评估产前THC暴露对后代肺发育和功能的潜在危害 | 恒河猴及其后代 | 发育生物学 | 呼吸系统疾病 | MRI, RNAseq, 全基因组亚硫酸氢盐测序, 空间转录组学 | 恒河猴动物模型 | 影像数据、分子生物学数据 | 接受THC或安慰剂处理的怀孕恒河猴及其后代 |
| 4 | 2025-07-04 |
[Research Advances in the Replication of Animal Models for Periodontal Diseases]
2025-Mar-20, Sichuan da xue xue bao. Yi xue ban = Journal of Sichuan University. Medical science edition
DOI:10.12182/20250360103
PMID:40599292
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综述 | 本文综述了近年来牙周病动物模型的复制方法及其特点，并提出了一个整合空间转录组学、单细胞测序和荧光成像技术的多模态评估框架 | 提出了整合空间转录组学、单细胞测序和荧光成像技术的多模态评估框架，以克服现有研究挑战 | 当前可用的牙周炎动物模型难以同时捕捉疾病复杂性、追踪动态修复过程并满足转化需求 | 研究牙周病的病理机制及治疗方法 | 啮齿类动物模型 | 牙周病研究 | 牙周病 | 空间转录组学、单细胞测序、荧光成像 | NA | NA | NA |
| 5 | 2025-07-04 |
Human Neonatal MR1T Cells Have Diverse TCR Usage, are Less Cytotoxic and are Unable to Respond to Many Common Childhood Pathogens
2025-Mar-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.17.643805
PMID:40166301
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research paper | 该研究探讨了新生儿MR1T细胞的TCR使用多样性、细胞毒性降低以及对常见儿童病原体反应能力的不足 | 揭示了新生儿MR1T细胞与成人相比具有更广泛的TCR使用多样性、较低的细胞毒性和对常见儿童病原体反应能力的限制 | 研究样本量较小（n=5），且仅针对特定MR1-5-OP-RU-tetramer(+)细胞进行分析 | 了解新生儿MR1T细胞的免疫特性及其在新生儿败血症中的作用 | 新生儿脐带血和成人外周血中的MR1T细胞 | 免疫学 | 新生儿败血症 | 单细胞RNA测序/TCR测序（scRNA-seq/scTCR-seq） | NA | 基因表达数据和TCR序列数据 | 5例新生儿脐带血样本和5例成人外周血样本 |
| 6 | 2025-07-03 |
Peripartum dapagliflozin improves late-life maternal cardiovascular outcomes in a murine model of superimposed preeclampsia
2025-Mar-29, American journal of obstetrics and gynecology
IF:8.7Q1
DOI:10.1016/j.ajog.2025.03.035
PMID:40164294
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研究论文 | 本研究探讨了在妊娠期和产后立即使用SGLT2抑制剂达格列净对叠加子痫前期小鼠模型心血管结局的短期和长期影响 | 首次在叠加子痫前期模型中测试了SGLT2抑制剂在围产期的心血管保护作用，并揭示了其抗纤维化和代谢调节的分子机制 | 研究仅在小鼠模型中进行，结果需要进一步在人类临床试验中验证 | 评估达格列净在妊娠期和产后对叠加子痫前期心血管结局的改善作用 | BPH/2J小鼠模型（叠加子痫前期） | 心血管疾病研究 | 心血管疾病 | 连续超声心动图、空间转录组学、Masson三色染色 | BPH/2J小鼠模型 | 生理参数、分子标记、组织病理学数据 | BPH/2J妊娠小鼠（具体数量未明确说明） |
| 7 | 2025-07-01 |
The Dyson equalizer: adaptive noise stabilization for low-rank signal detection and recovery
2025-Mar, Information and inference : a journal of the IMA
DOI:10.1093/imaiai/iaae036
PMID:39830802
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研究论文 | 本文提出了一种自适应噪声稳定化方法，用于低秩信号检测和恢复 | 开发了一种数据驱动的自适应归一化程序，能够均衡数据矩阵行和列的平均噪声方差，支持广泛的噪声分布、方差模式和信号结构 | 未明确说明方法在极端异方差情况下的性能表现 | 解决异方差噪声环境下低秩信号检测和恢复的问题 | 数据矩阵中的低秩信号 | 机器学习 | NA | 随机矩阵理论 | NA | 矩阵数据 | 应用于单细胞RNA测序和空间转录组数据（具体样本量未说明） |
| 8 | 2025-06-30 |
Single-cell transcriptomics predict novel potential regulators of acute epithelial restitution in the ischemia-injured intestine
2025-Mar-01, American journal of physiology. Gastrointestinal and liver physiology
DOI:10.1152/ajpgi.00194.2024
PMID:39853303
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学预测了缺血损伤肠道中急性上皮修复的新潜在调控因子 | 识别了吸收性肠上皮细胞亚群中表达细胞迁移途径的关键基因，并预测了其上游调控因子CSF-1 | 研究结果基于猪模型，尚未在人体中验证 | 探索缺血损伤肠道中年龄依赖性上皮修复的调控机制 | 幼年和新生猪的缺血损伤肠道上皮细胞 | 分子生物学 | 肠道缺血损伤 | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | 幼年和新生猪的肠道上皮细胞样本 |
| 9 | 2025-06-27 |
Accurate trajectory inference in time-series spatial transcriptomics with structurally-constrained optimal transport
2025-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.19.644194
PMID:40166168
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研究论文 | 提出了一种基于最优传输的时空轨迹推断方法SOCS，用于时间序列空间转录组学数据，以保持生物结构单元的完整性和基因表达相似性 | SOCS方法通过最优传输技术，解决了现有方法在时间序列空间转录组学数据中无法保持生物结构单元完整性的问题 | 未提及具体的数据集或实验规模，可能影响方法的普适性验证 | 提高时间序列空间转录组学数据中轨迹推断的准确性和生物结构单元的保持 | 时间序列空间转录组学数据 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | 最优传输 | 基因表达数据 | NA |
| 10 | 2025-06-27 |
Single-cell-guided identification of logic-gated antigen combinations for designing effective and safe CAR therapy
2025-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.19.644074
PMID:40568068
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研究论文 | 本文提出了一种计算方法，利用单细胞转录组数据识别癌症特异性抗原逻辑门组合，以设计更有效和安全的CAR疗法 | 首次系统量化了所有可能的CAR电路的疗效和安全性，并展示了共享电路和个性化电路在肿瘤靶向效果上的差异 | 即使优化的共享电路对某些患者仍然不足 | 克服CAR T细胞疗法在实体瘤治疗中的限制，提高疗效和安全性 | 乳腺癌患者样本中的肿瘤细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 342例临床患者样本，约200万个细胞（包括>62万个肿瘤细胞） |
| 11 | 2025-06-27 |
Unveiling a novel cancer hallmark by evaluation of neural infiltration in cancer
2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf082
PMID:40052442
|
研究论文 | 评估肿瘤微环境中神经浸润的程度，揭示其作为癌症标志物的作用 | 提出了一种预测癌症相关神经浸润的评分（C-Neural score），并揭示了其在癌症进展和免疫治疗中的潜在作用 | 研究基于RNA-seq数据，未涉及其他分子层面的验证 | 评估神经浸润在肿瘤微环境中的作用，并探索其作为癌症标志物的潜力 | 多种癌症类型的肿瘤微环境 | 癌症研究 | 多种癌症 | RNA-seq，单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据，单细胞RNA测序数据 | 40个批量RNA-seq数据集（涵盖10种癌症类型），55个单细胞RNA测序数据集 |
| 12 | 2025-06-27 |
Assessing spatial sequencing and imaging approaches to capture the molecular and pathological heterogeneity of archived cancer tissues
2025-03, The Journal of pathology
IF:5.6Q1
DOI:10.1002/path.6383
PMID:39846232
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research paper | 评估空间转录组学和成像方法在捕捉存档癌症组织分子和病理异质性中的应用 | 开发了一个癌症异质性研究流程，优化了两种测序协议以处理具有挑战性的FFPE组织，并评估了多种成像方法 | 研究仅针对皮肤来源的组织，且样本存储时间跨度较大（4至14年），可能影响RNA质量 | 探索空间转录组学在存档癌症组织中解析分子和病理异质性的应用 | 存档的福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）皮肤组织 | digital pathology | skin cancer | spatial transcriptomics (ST), multiplex RNAScope, CODEX | NA | RNA sequencing data, imaging data | 存档时间跨度4至14年的FFPE组织样本 |
| 13 | 2025-06-24 |
Immunosuppressive microenvironment of liver restrains chemotherapeutic efficacy in triple-negative breast cancer
2025-Mar-06, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-010871
PMID:40050043
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研究论文 | 本研究探讨了三阴性乳腺癌（TNBC）肝转移灶化疗效果较差的免疫微环境机制 | 首次揭示肝转移灶中CD8+T细胞浸润受阻与巨噬细胞活化降低的关联机制，并提出NET抑制剂与巨噬细胞激活剂的联合治疗策略 | 研究主要基于小鼠模型，临床转化效果需进一步验证 | 探究TNBC肝转移灶化疗敏感性降低的免疫微环境机制 | 三阴性乳腺癌肝转移灶与原发灶 | 肿瘤免疫学 | 三阴性乳腺癌 | 单细胞RNA测序、免疫组化、流式细胞术、伤口愈合实验、集落形成实验 | 小鼠肿瘤模型 | RNA测序数据、图像数据、流式数据 | 公共数据库单细胞数据及实验小鼠模型 |
| 14 | 2025-06-24 |
Decoding the blueprints of embryo development with single-cell and spatial omics
2025-03, Seminars in cell & developmental biology
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.semcdb.2025.01.002
PMID:39889540
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综述 | 本文深入探讨了单细胞和空间组学技术在胚胎发育研究中的最新进展和应用 | 综述了单细胞和空间多组学方法的最新技术进展，并系统整理了它们在胚胎发育领域的应用 | 未提及具体的技术限制或研究不足 | 探讨单细胞和空间组学技术在胚胎发育研究中的应用和潜力 | 胚胎发育过程中的细胞分化和基因表达变化 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序、空间转录组学 | NA | 转录组数据、多组学数据 | NA |
| 15 | 2025-06-21 |
In mice, discrete odors can selectively promote the neurogenesis of sensory neuron subtypes that they stimulate
2025-Mar-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.02.10.579748
PMID:38405728
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research paper | 研究发现特定气味能选择性促进小鼠嗅觉感觉神经元亚型的神经发生 | 揭示了特定气味经验能选择性‘放大’特定嗅觉感觉神经元亚型，表明持续的神经元发生部分具有适应性功能 | 研究仅在小鼠中进行，未涉及其他哺乳动物 | 探究嗅觉刺激如何及为何加速某些嗅觉感觉神经元亚型的神经发生速率 | 小鼠的嗅觉感觉神经元（OSNs） | 神经科学 | NA | scRNA-seq和亚型特异性OSN出生日期标记 | NA | 基因表达数据 | 小鼠 |
| 16 | 2025-06-20 |
Cell states and neighborhoods in distinct clinical stages of primary and metastatic esophageal adenocarcinoma
2025-Mar-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.17.608386
PMID:39229240
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研究论文 | 通过多组学分析探讨食管腺癌的疾病进展和治疗反应 | 识别了五种恶性细胞程序，并揭示了它们与表观遗传可塑性和临床结果的关联，以及预测了它们与微环境细胞类型的显著相互作用 | 研究结果需要在外部队列中进行进一步验证 | 解密食管腺癌的疾病进展和治疗反应 | 原发性和转移性食管腺癌肿瘤 | 数字病理学 | 食管腺癌 | 单核转录组和染色质可及性测序，空间分析 | NA | 转录组数据，染色质可及性数据，空间数据 | 一组原发性和转移性食管腺癌肿瘤样本 |
| 17 | 2025-06-20 |
Platelet-mediated circulating tumor cell evasion from natural killer cell killing through immune checkpoint CD155-TIGIT
2025-Mar-01, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000000934
PMID:38779918
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研究论文 | 研究揭示了循环肿瘤细胞（CTCs）如何通过与血小板结合上调CD155-TIGIT免疫检查点逃避免疫监视的机制 | 首次发现CTC-血小板粘附通过CD155-TIGIT通路逃逸NK细胞杀伤的机制，并证实阻断该通路可恢复免疫监视功能 | 研究主要关注CD155-TIGIT通路，未全面评估其他潜在逃逸机制 | 探究循环肿瘤细胞在血液传播过程中逃避免疫监视的分子机制 | 多种癌症患者的循环肿瘤细胞（CTCs）和血小板 | 肿瘤免疫学 | 肝癌（HCC）及其他多种癌症 | 单细胞RNA测序、多重免疫荧光、体外/离体/体内实验 | NA | 基因表达数据、临床生存数据 | 多种癌症患者的血液样本（具体数量未说明） |
| 18 | 2025-06-19 |
Coordinated regulation of cortical astrocyte maturation by OLIG1 and OLIG2 through BMP7 signaling modulation
2025-Mar-24, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao
DOI:10.1016/j.jgg.2025.03.008
PMID:40139307
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研究论文 | 本研究揭示了转录因子OLIG1和OLIG2通过调控BMP7信号通路在皮质星形胶质细胞成熟中的协同作用 | 首次发现OLIG1和OLIG2通过直接结合Bmp7增强子抑制其表达来调控星形胶质细胞成熟 | 研究主要聚焦于皮质星形胶质细胞，其他脑区星形胶质细胞的成熟机制仍需进一步探索 | 阐明调控皮质星形胶质细胞成熟的分子机制 | 皮质星形胶质细胞 | 神经科学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序、基因敲除、体内过表达 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据 | 未明确说明样本数量，使用基因工程小鼠模型 |
| 19 | 2025-06-17 |
A single-cell sequencing-based analysis of a 13-year-old with maxillary sinus NUT carcinoma
2025-Mar, Oral oncology
IF:4.0Q2
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研究论文 | 通过对一名13岁上颌窦NUT癌患者的肿瘤组织进行单细胞RNA测序，揭示了肿瘤微环境中的细胞异质性和潜在治疗靶点 | 首次利用单细胞RNA测序技术分析NUT癌的肿瘤微环境，发现上皮细胞亚群的不同功能特征和免疫微环境的特征 | 研究仅基于一名患者的样本，样本量较小，结果可能需要更大规模的研究验证 | 探索NUT癌的肿瘤生物学特性和潜在治疗靶点 | 13岁上颌窦NUT癌患者的肿瘤组织 | 数字病理 | NUT癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA测序数据 | 1名患者的肿瘤组织 |
| 20 | 2025-06-16 |
Sequencing-free whole genome spatial transcriptomics at molecular resolution in intact tissue
2025-Mar-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.06.641951
PMID:40161724
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研究论文 | 开发了一种名为RAEFISH的新型图像空间转录组技术，能够在完整组织中实现全基因组水平的覆盖和单分子空间分辨率 | RAEFISH技术结合了全转录组覆盖和高空间分辨率的优势，克服了现有技术在覆盖范围或分辨率上的限制 | 尽管技术先进，但可能仍存在样本处理复杂性和成本较高的问题 | 开发一种能够在完整组织中实现高覆盖和高分辨率空间转录组分析的技术 | 人类和小鼠的转录组，包括几乎所有蛋白质编码转录本和数千种长链非编码RNA | 空间转录组学 | NA | RAEFISH（Reverse-padlock Amplicon Encoding FISH） | NA | 图像数据 | 针对23,000种人类转录本和22,000种小鼠转录本进行了分析 |