单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-04-02	Inflammatory Milieu by Crosstalk between Glomerulus and Proximal Tubular Cells in Type 2 Diabetes Mellitus Kidney Disease 2025-Mar-31, Diabetes & metabolism journal IF:6.8Q1 DOI:10.4093/dmj.2024.0535 PMID:40160027	research paper	该研究通过单细胞RNA测序等技术，探讨了2型糖尿病肾病中肾小球和近端肾小管细胞间的炎症相互作用	首次在诱导型2型糖尿病肾病模型中应用单细胞RNA测序技术，并验证了CXCL12介导的T细胞浸润的关键作用	研究结果仍需在更大规模的人类样本中进一步验证	探索2型糖尿病肾病中肾小球和近端肾小管细胞间的炎症相互作用机制	诱导型2型糖尿病肾病小鼠模型及人类肾脏活检组织	digital pathology	diabetic kidney disease	scRNA-seq, flow cytometry, histological analysis	NA	RNA-seq data, histological images, flow cytometry data	诱导型T2DKD小鼠模型及人类肾脏活检组织（具体数量未明确说明）
2	2025-04-02	Srsf3-Dependent APA Drives Macrophage Maturation and Limits Atherosclerosis 2025-Mar-31, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.326111 PMID:40160097	research paper	该研究揭示了Srsf3依赖的APA（选择性多聚腺苷酸化）在巨噬细胞成熟和动脉粥样硬化中的保护作用	首次揭示了Srsf3通过调控线粒体相关基因Aars2的3'UTR长度影响线粒体翻译效率，进而调控巨噬细胞成熟和动脉粥样硬化进程的分子机制	研究主要基于Apoe-/-小鼠模型，人类样本验证相对有限	探究单核/巨噬细胞亚型在动脉粥样硬化斑块中的转化轨迹及其调控机制	Apoe-/-小鼠动脉斑块中的单核/巨噬细胞亚型	分子生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序、3'端测序、流式细胞术、组织病理学分析、多核糖体分析、代谢组学分析	NA	RNA测序数据、流式细胞数据、代谢组数据	Apoe-/-小鼠动脉斑块样本及部分人类斑块样本
3	2025-04-02	Understanding psoriatic disease at single-cell resolution: an update 2025-Mar-31, Current opinion in rheumatology IF:5.2Q1 DOI:10.1097/BOR.0000000000001085 PMID:40160177	综述	本文综述了单细胞技术在银屑病研究中的最新进展，包括单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学，揭示了银屑病的细胞多样性及其在疾病进展中的关键作用	利用单细胞和空间转录组学技术揭示了银屑病中免疫细胞、角质形成细胞和成纤维细胞的亚型及其相互作用，特别是IL-17/IL-36和PRSS3-F2R通路的作用，以及代谢失调在慢性炎症中的关键角色	NA	探讨单细胞技术在银屑病研究中的应用及其对疾病机制的理解和治疗策略的影响	银屑病中的免疫细胞、角质形成细胞和成纤维细胞	数字病理学	银屑病	scRNA-seq, 空间转录组学	NA	转录组数据	NA
4	2025-04-02	PPY-Induced iCAFs Cultivate an Immunosuppressive Microenvironment in Pancreatic Cancer 2025-Mar-31, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202413432 PMID:40162859	研究论文	本研究揭示了胰腺多肽（PPY）在胰腺导管腺癌（PDAC）中通过诱导炎症性癌症相关成纤维细胞（iCAFs）塑造免疫抑制微环境的新机制	首次发现PPY作为iCAFs的新型诱导剂，并验证其通过非经典NF-κB通路激活的机制，为PDAC免疫治疗提供了新靶点	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体临床试验中验证PPY靶向治疗的效果	探索PDAC免疫抑制微环境形成机制并寻找改善免疫治疗疗效的新策略	胰腺导管腺癌（PDAC）微环境中的炎症性癌症相关成纤维细胞（iCAFs）	肿瘤免疫学	胰腺癌	单细胞RNA测序、多重免疫组化（mIHC）、免疫共沉淀-质谱分析、分子对接	KPC（Kras; Trp53; Pdx1-Cre）小鼠原位移植瘤模型	单细胞转录组数据、蛋白质组数据、影像数据（PET-CT）	人类PDAC组织微阵列、小鼠模型及共培养实验样本（具体数量未明确说明）
5	2025-04-02	HISSTA: a human in situ single-cell transcriptome atlas 2025-Mar-31, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf142 PMID:40163697	research paper	介绍了一个名为HISSTA的数据库，用于存储和分析人类组织单细胞分辨率下的原位转录组数据	HISSTA数据库是首个专注于单细胞分辨率原位转录组数据的综合性数据库，提供交互式可视化工具	NA	构建一个用户友好的数据库，以促进空间转录组数据的存储、分析和可视化	人类组织的单细胞转录组数据	digital pathology	NA	MERFISH, CosMx SMI, Xenium	NA	spatial transcriptome data	112个样本，2800万个细胞，覆盖16种组织类型
6	2025-04-02	Spatial transcriptomics of progression gene signature and tumor microenvironment leading to progression in mycosis fungoides 2025-Mar-31, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2024014495 PMID:40163757	研究论文	本研究通过空间转录组学技术，探究了蕈样肉芽肿（MF）疾病进展过程中的基因表达变化和肿瘤微环境特征	首次系统揭示了MF从斑片期到斑块期再到肿瘤期的动态转录组变化特征，并发现M2巨噬细胞和癌症相关成纤维细胞（CAF）在早期MF进展中的关键作用	样本量相对有限，且未进行长期预后随访验证	识别早期MF患者疾病进展的生物标志物和微环境特征	蕈样肉芽肿（MF）患者组织样本	数字病理学	皮肤T细胞淋巴瘤	空间转录组学、免疫组织化学染色	NA	转录组数据、免疫组化图像	未明确说明具体样本数量，包含斑片期MF、斑块期MF和肿瘤期MF多阶段样本
7	2025-04-02	IFN-γ promotes the progression of iMCD by activating inflammatory monocytes 2025-Mar-31, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024027689 PMID:40163892	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术探索了特发性多中心Castleman病(iMCD)患者的免疫景观，揭示了IL-6和IFN-γ在疾病进展中的关键作用	首次通过单细胞RNA测序揭示iMCD中CCL单核细胞通过IFN-II信号通路与特定NK/NKT细胞相互作用，并发现血清IFN-γ水平与疾病严重程度和治疗抵抗呈正相关	样本量较小(15例患者和4例健康对照)，且部分发现需要在大规模独立队列中进一步验证	探索iMCD的免疫发病机制，寻找早期预后分层标志物和新治疗靶点	特发性多中心Castleman病(iMCD)患者的外周血单个核细胞(PBMCs)、淋巴结和骨髓样本	免疫学	Castleman病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	15例iMCD患者和4例健康对照的外周血样本，以及部分淋巴结和骨髓样本
8	2025-04-02	Deciphering shared molecular dysregulation across Parkinson's disease variants using a multi-modal network-based data integration and analysis 2025-Mar-31, NPJ Parkinson's disease DOI:10.1038/s41531-025-00914-3 PMID:40164620	研究论文	通过整合多模态数据和构建知识图谱，探索帕金森病不同变异之间的共同分子失调机制	首次整合了多种单基因帕金森病模型的高通量成像和RNA测序数据，并构建知识图谱进行分析，同时在特发性帕金森病患者中验证了发现	研究主要基于体外器官模型，可能无法完全反映体内复杂情况	探索帕金森病不同变异之间的共同分子机制	帕金森病患者特异性中脑器官模型（LRRK2-G2019S、SNCA三倍体、GBA-N370S或MIRO1-R272Q突变）和特发性帕金森病患者	系统生物医学	帕金森病	高通量成像、RNA测序、单细胞RNA测序、知识图谱构建	知识图谱	图像数据、RNA测序数据	多种单基因帕金森病模型和特发性帕金森病患者的中脑器官样本
9	2025-04-02	Identification of drug-resistant individual cells within tumors by semi-supervised transfer learning from bulk to single-cell transcriptome 2025-Mar-31, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07959-3 PMID:40164749	research paper	提出了一种名为SSDA4Drug的半监督少样本迁移学习方法，用于推断肿瘤中的耐药癌细胞	利用半监督对抗域适应从批量转录组数据向单细胞转录组数据迁移药物敏感性知识，显著提升了单细胞药物响应的预测性能	需要至少一到两个标记的目标域样本才能显著提升预测性能	识别肿瘤中的耐药癌细胞，推动精准医学和新药开发	肿瘤中的耐药癌细胞	machine learning	lung cancer, prostate cancer, oral squamous cell carcinoma	scRNA-seq, 半监督对抗域适应	迁移学习	转录组数据	多个独立的scRNA-seq数据集
10	2025-04-02	Transcriptional profiles of mouse oligodendrocyte precursor cells across the lifespan 2025-Mar-31, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-025-00840-2 PMID:40164771	research paper	研究小鼠少突胶质前体细胞（OPCs）在整个生命周期中的转录谱变化	创建了Matn4-mEGFP转基因小鼠系，并利用单细胞RNA测序技术揭示了OPCs在不同状态下的转录组变化，特别是HIF-1α和WNT通路的激活	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探究衰老如何影响少突胶质前体细胞（OPCs）的增殖和分化能力	小鼠少突胶质前体细胞（OPCs）	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	Matn4-mEGFP转基因小鼠系中的皮质OPCs
11	2025-04-02	The neutrophil extracellular trap-related gene FPR1 (formyl peptide receptor 1) as a potential prognostic and therapeutic target in osteosarcoma 2025-Mar-31, BMC musculoskeletal disorders IF:2.2Q3 DOI:10.1186/s12891-024-08231-1 PMID:40165145	research paper	本研究探讨了中性粒细胞胞外诱捕网（NET）相关基因FPR1在骨肉瘤（OS）中的预后意义和生物学功能	首次构建了包含四个NET相关基因（TNFRSF10C、FPR1、BST1和SELPLG）的NET评分模型，用于预测OS患者的预后，并在单细胞分辨率下验证了其作用	研究主要基于公共数据库和体外实验，缺乏体内实验验证	探究FPR1在骨肉瘤中的预后价值和生物学功能	骨肉瘤患者和细胞系	digital pathology	osteosarcoma	LASSO算法、scRNA-seq、CCK-8、transwell实验	NET评分模型	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	来自TARGET和GEO（GSE21257）数据库的OS数据集，以及scRNA-seq数据集GSE162454
12	2025-04-02	Enhancing anti-CD3 mAb-mediated diabetes remission in autoimmune diabetes through regulation of dynamin-related protein 1(Drp1)-mediated mitochondrial dynamics in exhausted CD8+T-cell subpopulations 2025-Mar-31, BMC medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1186/s12916-025-04001-5 PMID:40165248	research paper	该研究探讨了通过调节线粒体动力学增强抗CD3单抗在自身免疫性糖尿病中的治疗效果	揭示了两种耗竭CD8+T细胞亚群的多样性，并发现Lrrk2通过磷酸化DRP1调控线粒体分裂，影响耗竭T细胞亚群间的转换	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探索增强抗CD3单抗治疗1型糖尿病效果的机制	耗竭CD8+T细胞亚群	免疫治疗	1型糖尿病	流式细胞术、TCR测序、转录组分析、scRNA-seq	NOD小鼠模型、NY8.3小鼠模型	基因表达数据、单细胞数据	NOD小鼠、NY8.3小鼠和T1D患者的PBMCs
13	2025-04-02	Chromosome-level genome assembly and single-cell analysis unveil molecular mechanisms of arm regeneration in the ophiuroid Ophiura sarsii vadicola 2025-Mar-31, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03542-5 PMID:40165295	research paper	该研究报道了Ophiura sarsii vadicola的染色体水平基因组，并通过批量及单细胞RNA测序分析揭示了其臂再生过程中的分子机制和细胞动态	首次提供了Ophiura sarsii vadicola的染色体水平基因组，并通过单细胞RNA测序揭示了臂再生过程中的细胞动态和分子机制	研究仅针对Ophiura sarsii vadicola，其他蛇尾类动物的再生机制可能有所不同	探究蛇尾类动物臂再生的分子机制	Ophiura sarsii vadicola	genomics	NA	bulk RNA sequencing, single-cell RNA sequencing	NA	genomic data, RNA-seq data	NA
14	2025-04-02	Dynamic single-cell transcriptomic reveals the cellular heterogeneity and a novel fibroblast subpopulation in laryngotracheal stenosis 2025-Mar-31, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-025-00639-6 PMID:40165307	research paper	该研究通过动态单细胞RNA测序揭示了喉气管狭窄（LTS）发展过程中的细胞异质性，并发现了一种新的成纤维细胞亚群	首次在LTS中进行了动态单细胞RNA测序，揭示了一种新的成纤维细胞亚群（CIRF），并阐明了SPP1高表达巨噬细胞在纤维化疾病中的重要性	研究基于大鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探索喉气管狭窄（LTS）发展过程中的细胞异质性及其分子机制	喉气管狭窄（LTS）大鼠模型的喉气管组织	digital pathology	respiratory disease	scRNA-seq	NA	RNA-seq data	多个时间点的LTS大鼠模型喉气管组织
15	2025-04-02	Exploring the mechanisms of PANoptosis in osteoarthritis and the therapeutic potential of andrographolide through bioinformatics and single-cell analysis 2025-Mar-31, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-025-00629-8 PMID:40165317	研究论文	本研究通过生物信息学和单细胞分析探讨了PANoptosis在骨关节炎中的作用机制以及穿心莲内酯的治疗潜力	首次详细分析了PANoptosis相关基因在骨关节炎中的表达，并发现穿心莲内酯作为潜在治疗药物	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探讨PANoptosis在骨关节炎中的作用机制并寻找潜在治疗药物	骨关节炎患者的软骨组织和软骨细胞	生物信息学	骨关节炎	单细胞RNA测序、分子对接、Western blotting、qRT-PCR	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量
16	2025-04-02	Single-cell sequencing uncovers a high ESM1-expression endothelial cell subpopulation associated with bladder cancer progression and the immunosuppressive microenvironment 2025-Mar-30, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-95731-2 PMID:40159545	研究论文	通过单细胞测序技术，研究发现膀胱癌中存在高表达ESM1的内皮细胞亚群，该亚群与癌症进展和免疫抑制微环境相关	首次识别并描述了膀胱癌中高表达ESM1的内皮细胞亚群，揭示了其在肿瘤促进和免疫抑制中的作用	研究样本量相对较小（7,519个单细胞），且未在独立队列中验证结果	探究膀胱癌中肿瘤内皮细胞的异质性及其在疾病进展中的作用	膀胱癌组织中的CD45阴性单细胞	数字病理学	膀胱癌	scRNA-seq, AUCell分析, pySCENIC算法, EdU和Transwell实验	NA	单细胞RNA测序数据	7,519个CD45阴性单细胞
17	2025-04-02	Targeting IGF1-Induced Cellular Senescence to Rejuvenate Hair Follicle Aging 2025-Mar-30, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70053 PMID:40159808	research paper	该研究探讨了IGF-1信号通路在毛囊衰老中的作用，并提出了针对性的干预措施	揭示了IGF-1过度表达通过触发毛囊干细胞衰老导致毛囊老化的新机制，并验证了通过干预IGF-1信号通路下游机制来恢复毛囊健康的潜在治疗方法	研究主要基于小鼠模型，人类皮肤中的验证数据有限	探究IGF-1信号通路如何调控器官衰老，特别是毛囊老化过程	小鼠和人类皮肤中的毛囊干细胞	geriatric disease	geriatric disease	单细胞RNA测序	转基因小鼠模型	基因表达数据	转基因小鼠和对照小鼠的皮肤样本
18	2025-04-02	Understanding the cellular and molecular heterogeneity in colorectal cancer through the use of single-cell RNA sequencing 2025-Mar-30, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102374 PMID:40163910	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术揭示了结直肠癌的细胞和分子异质性	利用单细胞RNA测序技术对结直肠癌肿瘤微环境中的细胞类型及其相互作用进行了深入分析，并构建了基于C3 B细胞标记基因的预测模型	样本量相对较小（51,204个细胞），且仅针对结直肠癌进行研究	深入了解结直肠癌的分子和细胞组成	结直肠癌肿瘤微环境中的细胞类型及其相互作用	digital pathology	colorectal cancer	single-cell RNA sequencing (scRNA-seq)	predictive model	RNA-seq data	51,204个细胞
19	2025-04-02	Regulatory role of CD177+ neutrophils in BMP signaling pathway and its implications for inflammatory bowel disease, sepsis, and intestinal tumors 2025-Mar-29, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102336 PMID:40158420	研究论文	探讨CD177+中性粒细胞在BMP信号通路中的调控作用及其对炎症性肠病、败血症和肠道肿瘤的影响	首次揭示CD177+中性粒细胞通过调控BMP信号通路影响多种疾病的发病机制	需要进一步的临床验证以转化为有效的治疗策略	探索CD177+中性粒细胞在BMP信号通路中的调控作用及其对疾病的影响	炎症性肠病(IBD)、败血症和肠道肿瘤	生物信息学	炎症性肠病、败血症、肠道肿瘤	生物信息学分析(WGCNA、功能富集分析)、单细胞分析、体外实验(CCK-8、流式细胞术、qRT-PCR等)	NA	基因表达数据、单细胞转录组数据	来自GEO数据库的IBD和败血症基因表达数据
20	2025-04-02	Pan-HDAC inhibitor LAQ824 inhibits the progression of pancreatic ductal adenocarcinoma and suppresses immune escape by promoting antigen presentation 2025-Mar-29, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114528 PMID:40158429	研究论文	本研究探讨了泛组蛋白去乙酰化酶抑制剂LAQ824在胰腺导管腺癌(PDAC)中的治疗潜力及其在调节免疫逃逸机制中的作用	首次揭示了LAQ824通过上调MHC-I介导的抗原提呈来增强PDAC的免疫原性，并确定了HDAC1是PDAC细胞中MHC-I的关键抑制因子	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	评估LAQ824对PDAC的治疗效果及其免疫调节机制	胰腺导管腺癌(PDAC)	肿瘤学	胰腺癌	IHC、流式细胞术、RNA测序、单细胞RNA测序	小鼠皮下肿瘤模型	基因表达数据、免疫组化数据、流式细胞数据	C57BL/6J小鼠模型和体外培养的PDAC细胞