本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-12-15 |
Co-regulator activity of Mediator of DNA Damage Checkpoint 1 (MDC1) is associated with DNA repair dysfunction and PARP inhibitor sensitivity in lobular carcinoma of the breast
2025-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.10.29.564555
PMID:39677775
|
研究论文 | 本文研究了乳腺浸润性小叶癌(ILC)中MDC1蛋白作为ER共调节因子的新功能及其与DNA修复功能障碍和PARP抑制剂敏感性的关联 | 发现MDC1在ILC细胞中作为ER共调节因子驱动独特ER活性,同时导致同源重组修复功能障碍,这种功能障碍不同于经典的“BRCAness”状态,但表现出对PARP抑制剂的敏感性 | 研究主要基于细胞系和异种移植模型,临床样本验证有限,且MDC1介导的DNA修复功能障碍的具体分子机制尚未完全阐明 | 探究ILC中MDC1的双重功能(ER共调节和DNA修复)及其对PARP抑制剂治疗的意义 | 乳腺浸润性小叶癌(ILC)细胞系、ILC异种移植模型 | 癌症生物学 | 乳腺癌 | 单细胞转录组分析、DNA修复活性分析、蛋白质相互作用组分析 | NA | 转录组数据、蛋白质相互作用数据、功能实验数据 | 多个ILC细胞系和异种移植模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2 | 2025-12-10 |
High throughput identification of genetic regulators of microglial inflammatory processes in Alzheimer's disease
2025-Mar-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.09.642133
PMID:40161839
|
研究论文 | 本研究通过CRISPRi筛选和单细胞RNA测序,系统探究了阿尔茨海默病GWAS变异如何影响人类小胶质细胞的炎症反应 | 首次结合CRISPRi高通量筛选与单细胞RNA测序,在hiPSC衍生的小胶质细胞中系统鉴定AD遗传风险因子对炎症反应的调控作用,并揭示了这些变异在功能上汇聚于调节小胶质细胞状态 | 研究主要依赖体外细胞模型和病毒模拟物刺激,可能无法完全模拟体内复杂的AD病理环境 | 探究阿尔茨海默病遗传风险因子对小胶质细胞炎症反应的调控机制 | 人类诱导多能干细胞衍生的小胶质细胞 | 单细胞组学 | 阿尔茨海默病 | CRISPR抑制筛选,单细胞RNA测序,CROP-seq | NA | 单细胞转录组数据 | 针对119个AD GWAS位点进行CRISPRi筛选 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3 | 2025-12-05 |
Splenic TNF-α signaling potentiates the innate-to-adaptive transition of antiviral NK cells
2025-Mar-11, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2025.02.012
PMID:40023159
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了巨细胞病毒感染期间,脾脏TNF-α信号通路如何通过调控NF-κB信号促进NK细胞从固有免疫向适应性免疫的转变 | 首次发现脾脏微环境中TNF-α/TNFR2信号通过激活经典和非经典NF-κB通路,分别调控NK细胞的效应功能和适应性前体细胞分化,阐明了组织特异性信号在NK细胞免疫记忆形成中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型,人体内的验证尚需进一步研究;对TNF-α信号与其他细胞因子网络的相互作用探讨有限 | 探究病毒感染过程中NK细胞在脾脏微环境获得适应性免疫特征的分子机制 | 巨细胞病毒感染模型中的自然杀伤细胞 | 免疫学 | 病毒感染 | 单细胞RNA测序,纵向追踪 | NA | 基因表达数据 | 未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4 | 2025-12-03 |
Androgen Signaling in Type 2 Innate Lymphoid Cells Drives Sex Differences in Helicobacter -Induced Gastric Inflammation and Atrophy
2025-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.14.643321
PMID:40166158
|
研究论文 | 本研究揭示了雄激素通过调节2型固有淋巴细胞(ILC2s)的活化来抑制幽门螺杆菌诱导的胃部炎症,解释了男性胃癌发病率随年龄增长而增加的机制 | 首次发现雄激素通过调控ILC2s活性在幽门螺杆菌感染中发挥保护作用,揭示了性别差异在胃部炎症和癌前病变发展中的分子机制 | 研究基于小鼠模型,人类临床相关性需进一步验证;未全面探讨其他性激素如雌激素的潜在影响 | 探究雄激素如何影响幽门螺杆菌感染引起的胃部炎症反应,并解释疾病进展中的性别差异 | C57BL/6小鼠(雄性和雌性)感染猫幽门螺杆菌,以及ILC2和T细胞缺陷小鼠模型 | 免疫学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),免疫细胞通讯网络分析,基因缺陷小鼠模型 | 动物模型(小鼠) | 单细胞转录组数据,组织病理学数据 | 未明确指定样本数量,但涉及雄性和雌性C57BL/6小鼠以及基因缺陷模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5 | 2025-12-03 |
Disturbed Flow Induces Reprogramming of Endothelial Cells to Immune-like and Foam Cells under Hypercholesterolemia during Atherogenesis
2025-Mar-07, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4397799/v1
PMID:40092444
|
研究论文 | 本研究验证了血流紊乱与高胆固醇血症共同诱导内皮细胞重编程为免疫样细胞和泡沫细胞,促进动脉粥样硬化斑块形成的双打击假说 | 首次通过单细胞RNA测序和遗传谱系追踪模型,证实血流紊乱与高胆固醇血症协同诱导内皮细胞向免疫样细胞和泡沫细胞转化,揭示了内皮细胞重编程的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类数据为公开数据集再分析,需进一步实验验证人类样本中的直接证据 | 探究血流紊乱与高胆固醇血症在动脉粥样硬化发生中对内皮细胞重编程的协同作用机制 | 小鼠颈动脉内皮细胞及动脉粥样硬化斑块中的细胞群体 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫组织化学染色、遗传谱系追踪 | NA | 单细胞转录组数据、组织染色图像 | 95只小鼠的98,553个单细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6 | 2025-12-03 |
Disturbed Flow Induces Reprogramming of Endothelial Cells to Immune-like and Foam Cells under Hypercholesterolemia during Atherogenesis
2025-Mar-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.06.641843
PMID:40093090
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和谱系示踪技术,验证了在动脉粥样硬化形成过程中,紊乱血流和高胆固醇血症共同诱导内皮细胞重编程为免疫样细胞和泡沫细胞的“双重打击”假说 | 首次提出并验证了内皮细胞在紊乱血流和高胆固醇血症共同作用下可重编程为免疫样细胞(EndIT)和泡沫细胞(EndFT)的新概念,并提供了直接的谱系示踪证据 | 研究主要基于小鼠模型,人类数据的验证仍需进一步深入;研究时间点限于术后2周和4周,更长期的动态变化未涉及 | 探究紊乱血流和高胆固醇血症在动脉粥样硬化形成过程中对内皮细胞重编程的协同作用机制 | 小鼠颈动脉内皮细胞,以及从内膜和剩余颈动脉组织中分离的单细胞 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),免疫组织化学染色,谱系示踪 | NA | 单细胞转录组数据,图像数据 | 来自95只小鼠的98,553个单细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7 | 2025-11-29 |
Sequencing-free whole genome spatial transcriptomics at molecular resolution in intact tissue
2025-Mar-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.06.641951
PMID:40161724
|
研究论文 | 开发了一种名为RAEFISH的新型空间转录组技术,可在完整组织中实现全基因组覆盖和单分子空间分辨率 | 首次实现无需测序的全基因组空间转录组分析,同时保持单分子空间分辨率 | 技术尚未在更广泛的生物医学应用中验证 | 开发高覆盖度高分辨率的空间转录组技术 | 人类和小鼠的完整组织切片及培养细胞 | 空间转录组学 | NA | RAEFISH(反向挂锁扩增子编码荧光原位杂交) | NA | 图像数据 | NA | NA | 空间转录组学,图像分析 | RAEFISH | 反向挂锁扩增子编码荧光原位杂交技术,可检测23,000种人类转录本或22,000种小鼠转录本 |
| 8 | 2025-11-29 |
New Multiomic Studies Shed Light on Cellular Diversity and Neuronal Susceptibility in Parkinson's Disease
2025-Mar, Movement disorders : official journal of the Movement Disorder Society
IF:7.4Q1
DOI:10.1002/mds.30097
PMID:39812497
|
综述 | 本文综述了多组学技术在帕金森病细胞多样性和神经元易感性研究中的最新进展 | 整合空间转录组学、表观基因组学和蛋白质组学等多组学方法研究帕金森病 | NA | 揭示帕金森病中神经元易感性网络和疾病修饰因子 | 帕金森病患者和啮齿类动物模型中的神经元和胶质细胞 | 生物信息学 | 帕金森病 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,表观基因组学,蛋白质组学 | NA | 多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 9 | 2025-11-24 |
Investigating pulmonary neutrophil responses to inflammation in mice via flow cytometry
2025-Mar-14, Journal of leukocyte biology
IF:3.6Q2
DOI:10.1093/jleuko/qiae189
PMID:39212489
|
研究论文 | 本文详细描述了通过流式细胞术评估小鼠肺部中性粒细胞表型的实验方案 | 提供了从肺组织和气道分离单细胞并进行全面染色的详细步骤方案,适用于中性粒细胞异质性分析 | NA | 探索肺部中性粒细胞在生理和病理条件下的复杂功能 | 小鼠肺部中性粒细胞 | NA | 肺部炎症 | 流式细胞术 | NA | 流式细胞数据 | NA | NA | 流式细胞术 | NA | NA |
| 10 | 2025-11-21 |
Diversity and heterogeneity in human pancreaticobiliary maljunction revealed by single-cell RNA sequencing
2025-Mar-21, Pediatric surgery international
IF:1.5Q3
DOI:10.1007/s00383-025-05997-w
PMID:40116982
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示人类胰胆管合流异常的细胞多样性和异质性 | 首次在单细胞水平系统描绘胰胆管合流异常的细胞图谱,发现成纤维细胞亚型的主导作用及WNT/TWEAK信号通路异常激活 | 样本量较小(仅6例患者),需更大规模研究验证 | 阐明胰胆管合流异常的病因和发病机制 | 胰胆管合流异常患者和非患者的胆管组织 | 单细胞组学 | 胰胆管合流异常 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 6例患者(3例PBM,3例非PBM) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 11 | 2025-11-14 |
Efficient count-based models improve power and robustness for large-scale single-cell eQTL mapping
2025-Mar-05, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.01.18.25320755
PMID:40093202
|
研究论文 | 提出了一种基于计数模型的高效单细胞eQTL定位框架jaxQTL,用于大规模单细胞转录组数据分析 | 开发了首个专门针对单细胞RNA-seq稀疏计数数据的高效eQTL定位框架,能够识别低表达eGenes和远端eQTLs | NA | 提高大规模单细胞eQTL定位的效率和准确性 | 单细胞转录组数据中的表达数量性状位点 | 生物信息学 | 类风湿关节炎 | 单细胞RNA测序 | 负二项模型 | 单细胞转录组计数数据 | 982个样本(OneK1K数据集) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 12 | 2025-11-05 |
Integrated Spheroid-to-Population Framework for Evaluating PFHpA-Associated Metabolic Dysfunction and Steatotic Liver Disease
2025-Mar-04, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5960979/v1
PMID:40092438
|
研究论文 | 本研究通过整合3D肝球体模型和人群队列数据,评估PFHpA暴露与代谢功能障碍相关脂肪性肝病的关系 | 开发了从球体到人群的整合框架,结合单细胞转录组学和多组学数据揭示PFHpA诱导MASLD的分子机制 | 研究主要基于肥胖青少年队列,结果可能不适用于其他人群 | 阐明短链PFAS同系物PFHpA在MASLD发病机制中的作用 | 肥胖青少年队列和3D人肝球体模型 | 生物医学研究 | 代谢功能障碍相关脂肪性肝病 | 单细胞转录组学, 多组学分析, 3D球体培养 | LUCID模型 | 转录组数据, 蛋白质组数据, 代谢组数据, 临床数据 | Teen-LABS队列中接受减肥手术的肥胖青少年 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 13 | 2025-10-29 |
Whole-Genome Sequencing Reveals Individual and Cohort Level Insights into Chromosome 9p Syndromes
2025-Mar-30, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.03.28.25324850
PMID:40196253
|
研究论文 | 通过全基因组测序对100名9p相关综合征患者进行基因组分析,揭示了染色体9p综合征的个体和队列水平特征 | 首个大规模全基因组测序研究9p相关综合征,识别了两个新的晚复制区域,建立了基于机器学习的9p缺失综合征预测模型 | 样本量相对有限,需要进一步扩大研究队列 | 深入理解染色体9p缺失和重复综合征的基因组结构和发病机制 | 100名来自9p相关综合征家庭的个体,包括85名无关先证者 | 基因组学 | 染色体异常综合征 | 全基因组测序,空间转录组学,机器学习 | 机器学习模型 | 基因组序列数据,基因表达数据 | 100名个体(85名无关先证者) | NA | 全基因组测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 14 | 2025-10-15 |
Single-cell multi-omics analysis reveals the mechanism of action of a novel antioxidant polyphenol nanoparticle loaded with STAT3 agonist in mediating cardiomyocyte ferroptosis to ameliorate age-related heart failure
2025-Mar-29, Journal of nanobiotechnology
IF:10.6Q1
DOI:10.1186/s12951-025-03317-x
PMID:40158134
|
研究论文 | 本研究通过单细胞多组学分析探究了负载STAT3激动剂的抗氧化多酚纳米颗粒通过介导心肌细胞铁死亡改善年龄相关性心力衰竭的作用机制 | 开发了新型抗氧化多酚纳米颗粒PN@Col,首次结合单细胞RNA测序和AUCell分析揭示STAT3在心力衰竭中的关键作用,并验证其通过减轻氧化应激和铁死亡改善心脏功能 | 研究主要基于小鼠模型,临床转化仍需进一步验证;样本规模有限 | 探究新型纳米颗粒治疗剂对年龄相关性心力衰竭的治疗效果及作用机制 | 心肌细胞、老年心力衰竭小鼠模型 | 单细胞多组学 | 心力衰竭 | 单细胞RNA测序、AUCell分析、细胞实验、动物实验 | NA | 基因表达数据、实验数据 | 老年心力衰竭小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 15 | 2025-10-15 |
LSD1 inhibition corrects dysregulated MHC-I and dendritic cells activation through IFNγ-CXCL9-CXCR3 axis to promote antitumor immunity in HNSCC
2025-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.17.643710
PMID:40166238
|
研究论文 | 本研究探讨LSD1抑制通过IFNγ-CXCL9-CXCR3轴调节MHC-I和树突状细胞激活以增强头颈鳞癌抗肿瘤免疫的机制 | 首次发现LSD1抑制通过激活H3K4me2与MHC-I直接相互作用的新机制,并阐明其在CXCL9-CXCR3轴介导的抗肿瘤免疫中的作用 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,临床转化价值需进一步验证 | 阐明LSD1在头颈鳞癌抗肿瘤免疫中的作用机制 | 头颈鳞癌小鼠模型、人源化小鼠模型、人类头颈鳞癌细胞系、外周血单核细胞 | 肿瘤免疫学 | 头颈鳞癌 | 流式细胞术、单细胞RNA测序 | 小鼠肿瘤模型、细胞共培养模型 | 基因表达数据、蛋白质表达数据、单细胞测序数据 | 小鼠模型、人类细胞系和TCGA数据库样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 16 | 2025-10-08 |
Machine learning predictions from unpredictable chaos
2025-Mar-19, ArXiv
PMID:40166748
|
研究论文 | 本文提出了一种名为混沌学习的新型多尺度拓扑范式,能够从混沌系统中实现准确预测 | 首次引入混沌学习概念,通过多尺度拓扑拉普拉斯算子将现实世界数据嵌入混沌动力系统,实现了对混沌系统的定量预测 | 仅使用了28个数据集和两种混沌动力系统进行概念验证,需要更多样化的数据集和系统验证 | 探索混沌系统的可预测性并建立拓扑、混沌与学习之间的桥梁 | 脑电波、蛋白质数据集、单细胞RNA测序数据和图像数据 | 机器学习 | NA | 多尺度拓扑拉普拉斯算子 | 混沌学习模型 | 脑电波、蛋白质数据、单细胞RNA测序数据、图像数据 | 28个数据集(10个脑电波、4个蛋白质数据集、13个单细胞RNA测序数据集、1个图像数据集) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 17 | 2025-10-05 |
Local genetic covariance analysis with lipid traits identifies novel loci for early-onset Alzheimer's Disease
2025-Mar, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1011631
PMID:40096060
|
研究论文 | 本研究通过局部遗传协方差分析发现早发性阿尔茨海默病与脂质性状之间存在共享遗传结构 | 首次使用SUPERGNOVA方法系统分析EOAD与脂质性状的局部遗传协方差,并识别出3个新的候选致病基因 | 样本量相对有限,EOAD病例数较少,功能验证实验不足 | 探索早发性阿尔茨海默病与脂质代谢途径的共享遗传机制 | 早发性阿尔茨海默病患者和血脂性状人群 | 遗传学 | 阿尔茨海默病 | 全基因组关联分析,遗传协方差分析,eQTL共定位分析,单细胞RNA测序 | SUPERGNOVA | 基因组汇总统计数据 | EOAD: 19,668例;血脂性状: 1,320,016例 | NA | 单细胞RNA测序,DNA甲基化分析 | NA | NA |
| 18 | 2025-10-05 |
Extraction of a stromal metastatic gene signature in breast cancer via spatial profiling
2025-Mar-08, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-025-03353-3
PMID:40065328
|
研究论文 | 通过空间转录组学分析识别乳腺癌中的基质转移基因特征 | 首次利用空间转录组学技术系统分析乳腺癌原发灶和转移灶的基质特征,识别出与转移相关的基质基因特征 | 研究样本数量有限,需要在更大队列中进一步验证 | 识别乳腺癌转移的分子特征,特别是基质成分在转移过程中的作用 | 乳腺癌原发灶和转移灶的微区域 | 空间转录组学 | 乳腺癌 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 代表性微区域集合 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 19 | 2025-10-05 |
Population dynamics modeling reveals that myeloid bias involves both HSC differentiation and progenitor proliferation biases
2025-Mar-20, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2024025598
PMID:39791596
|
研究论文 | 通过群体动力学建模揭示了髓系偏倚涉及造血干细胞分化和祖细胞增殖的双重偏倚 | 首次定量证明髓系偏倚不仅源于造血干细胞分化偏倚,还涉及早期髓系祖细胞的增殖扩张 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限 | 探究髓系偏倚形成的细胞动力学机制 | 造血干细胞和祖细胞(HSPCs) | 计算生物学 | 髓系肿瘤 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 微分方程模型,偏微分方程模型 | 单细胞转录组数据 | IκB-突变小鼠、野生型小鼠、老年小鼠和人类髓系肿瘤患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 20 | 2025-10-05 |
Cell type and region-specific transcriptional changes in the endometrium of women with RIF identify potential treatment targets
2025-Mar-18, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2421254122
PMID:40063812
|
研究论文 | 本研究利用空间转录组学分析复发性着床失败(RIF)患者子宫内膜的区域和细胞类型特异性基因表达差异 | 首次在RIF研究中采用空间转录组学技术,揭示子宫内膜不同区域和细胞类型的特异性转录变化 | 样本量较小(RIF组n=8,对照组n=8),需要在更大队列中验证发现 | 识别RIF患者子宫内膜的分子异常,寻找潜在治疗靶点 | 复发性着床失败患者和生育能力正常对照者的子宫内膜组织 | 空间转录组学 | 生殖系统疾病 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 16例(8例RIF患者,8例生育能力正常对照) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |