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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 161 | 2025-10-06 |
Application of scRNA-seq in Dental Research: Seeking Regenerative Clues From the Structure of Tooth and Periodontium in Physical or Pathological States
2025-Feb-21, Frontiers in bioscience (Landmark edition)
DOI:10.31083/FBL26200
PMID:40018926
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序在牙齿和牙周组织研究中的应用,揭示了组织细胞组成并识别了新细胞类型 | 通过单细胞测序首次系统揭示牙齿和牙周组织的细胞组成变化及细胞间通讯模式在病理状态下的改变 | NA | 探索牙齿和牙周组织在生理和病理状态下的再生机制 | 牙齿和牙周组织 | 单细胞生物学 | 牙科疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 162 | 2025-05-11 |
Eliminating the persistent HIV reservoir based on biomarker expression - How do we get there?
2025-02, Virology
IF:2.8Q3
DOI:10.1016/j.virol.2024.110368
PMID:39721194
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review | 本文讨论了消除HIV持久性储存库的挑战,以及基于生物标志物表达的策略 | 探讨了识别定义所有HIV储存库细胞亚群的最小细胞表面蛋白集的需求,并提出了未来研究方向 | 目前缺乏定义HIV潜伏感染细胞的特定分子标志物或生物标志物,且生物标志物存在异质性 | 研究如何通过生物标志物表达来消除HIV持久性储存库,实现HIV治愈 | HIV持久性储存库及其生物标志物 | 传染病学 | HIV/AIDS | 空间转录组学和蛋白质组学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 163 | 2025-05-10 |
Single-cell RNA-seq and pathological phenotype reveal the functional atlas and precise roles of Sox30 in testicular cell development and differentiation
2025-Feb-19, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-025-07442-1
PMID:39971903
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和病理表型分析,揭示了Sox30在睾丸细胞发育和分化中的功能图谱和精确作用 | 首次详细描述了Sox30在睾丸细胞中的具体功能,特别是在初级精母细胞分化中的作用,并揭示了Sox30缺失对细胞间通讯和转录因子网络的影响 | 研究主要基于小鼠模型,结果在人类中的适用性尚需验证 | 阐明Sox30在睾丸细胞发育和分化中的精确作用机制 | 小鼠睾丸细胞 | 单细胞测序 | 生殖系统疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明样本数量,但涉及野生型和Sox30缺失型小鼠的睾丸细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 164 | 2025-05-10 |
Unravelling genotype-phenotype correlations in Stargardt disease using patient-derived retinal organoids
2025-Feb-19, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-025-07420-7
PMID:39971915
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研究论文 | 利用患者来源的视网膜类器官研究Stargardt病的基因型-表型相关性 | 首次使用患者来源的iPSCs生成视网膜类器官,成功模拟了STGD1的病理特征并揭示了基因型与表型之间的相关性 | 研究仅涉及两名单等位基因未解决的STGD1患者和一名双等位基因受影响对照,样本量较小 | 探究STGD1的细胞和分子特征及其基因型-表型相关性 | STGD1患者和对照的iPSCs来源的视网膜类器官 | 遗传性视网膜疾病研究 | Stargardt病 | iPSC技术、视网膜类器官培养、scRNA-Seq、全基因组测序、长读长RNA测序 | 视网膜类器官模型 | 基因测序数据、单细胞RNA测序数据、RNA-seq数据 | 两名单等位基因未解决的STGD1患者和一名双等位基因受影响对照 | NA | NA | NA | NA |
| 165 | 2025-05-10 |
Polycystic ovary syndrome and epithelial-mesenchymal transition: Mendelian randomization and single-cell analysis insights
2025-Feb-19, Journal of ovarian research
IF:3.8Q1
DOI:10.1186/s13048-025-01617-2
PMID:39972362
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研究论文 | 本研究通过转录组学和单细胞RNA测序结合孟德尔随机化分析,探索了与多囊卵巢综合征(PCOS)中上皮-间质转化(EMT)相关的关键基因及其分子调控机制 | 首次从转录组学和单细胞RNA测序角度结合孟德尔随机化分析,鉴定出与PCOS风险降低相关的三个EMT相关基因(NUCB2、PGF、CRIM1),并发现成纤维细胞是PCOS病理中的关键细胞群 | 研究仅基于公共数据库数据,缺乏实验验证 | 探索PCOS中EMT相关关键基因及其分子调控机制 | 多囊卵巢综合征(PCOS)患者样本 | 生物信息学 | 多囊卵巢综合征 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、孟德尔随机化(MR)分析 | NA | 转录组数据 | 公共数据库中的PCOS样本数据 | NA | NA | NA | NA |
| 166 | 2025-05-10 |
Precise gene expression deconvolution in spatial transcriptomics with STged
2025-Feb-08, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf087
PMID:39970279
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研究论文 | 提出了一种名为STged的新型计算框架,用于从空间转录组学数据中精确解卷积细胞类型特异性基因表达谱 | STged通过整合基于图的空间相关性和参考基因特征,超越了传统的细胞类型解卷积方法,能够重建混合点中的细胞类型特异性基因表达谱 | NA | 解决空间转录组学中细胞类型特异性基因表达模式被掩盖的问题 | 人类胰腺导管腺癌、人类鳞状细胞癌数据集以及小鼠肾脏组织 | 数字病理学 | 胰腺癌、鳞状细胞癌 | 空间转录组学 | 非负最小二乘回归框架 | 基因表达数据 | 人类和小鼠组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 167 | 2025-05-07 |
scRecover: Discriminating True and False Zeros in Single-Cell RNA-Seq Data for Imputation
2025-Feb-28, Statistics in medicine
IF:1.8Q1
DOI:10.1002/sim.10334
PMID:39912305
|
研究论文 | 介绍了一种名为scRecover的新工具,用于区分单细胞RNA-seq数据中的真实零值和假零值,并进行有效的插补 | 提出了一种统计框架,能有效区分真实零值(基因未表达)和假零值(信号丢失),并开发了新的插补工具scRecover | 需要与其他插补方法(如scImpute、SAVER和MAGIC)结合使用 | 提高单细胞RNA-seq数据中零值插补的准确性 | 单细胞RNA-seq数据中的零值 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA-seq | 零膨胀负二项模型,Good和Toulmin模型的改进版 | 单细胞RNA-seq数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 168 | 2025-05-07 |
Immune microenvironment spatial landscapes of tertiary lymphoid structures in gastric cancer
2025-Feb-04, BMC medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1186/s12916-025-03889-3
PMID:39901202
|
research paper | 该研究探讨了胃癌中三级淋巴结构(TLS)对免疫微环境空间景观的影响及其预后价值 | 首次全面分析了胃癌中TLS的免疫微环境空间特征,并开发了基于免疫细胞密度和空间特征的风险评分模型 | 样本量相对较小(单细胞测序仅12例,空间转录组仅2例) | 阐明TLS在胃癌免疫微环境中的作用机制及其预后意义 | 胃癌患者的肿瘤组织和免疫微环境 | digital pathology | gastric cancer | multispectral fluorescence imaging, single-cell RNA sequencing, spatial transcriptomics | Density and Spatial Score risk model | image, transcriptomic data | 59例接受免疫治疗的GC患者(预后分析),110例GC患者(免疫细胞分析),12例单细胞测序样本(4例TLS阳性,8例阴性),2例空间转录组样本 | NA | NA | NA | NA |
| 169 | 2025-05-07 |
O-GlcNAcylation attenuates ischemia-reperfusion-induced pulmonary epithelial cell ferroptosis via the Nrf2/G6PDH pathway
2025-Feb-04, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-025-02126-w
PMID:39901237
|
research paper | 该研究探讨了O-GlcNAcylation通过Nrf2/G6PDH通路减轻缺血再灌注诱导的肺上皮细胞铁死亡的作用 | 首次揭示了O-GlcNAcylation通过Nrf2/G6PDH通路在肺缺血再灌注损伤中的保护机制 | 研究主要基于小鼠模型和细胞实验,尚未在人体中进行验证 | 探究O-GlcNAcylation对肺缺血再灌注损伤中铁死亡的影响 | 肺上皮细胞和TC-1细胞 | 分子生物学 | 急性肺损伤/急性呼吸窘迫综合征(ALI/ARDS) | 单细胞测序、蛋白质组学分析、染色质免疫沉淀(ChIP)实验、双荧光素酶报告基因检测 | Ogt1条件性敲除小鼠模型 | 基因表达数据、蛋白质表达数据 | 未明确说明样本数量,但使用了小鼠模型和TC-1细胞系 | NA | NA | NA | NA |
| 170 | 2025-05-07 |
Single-cell sequencing provides clues about the developmental genetic basis of evolutionary adaptations in syngnathid fishes
2025-Feb-03, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.97764
PMID:39898521
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research paper | 该研究通过单细胞RNA测序技术探索了海龙科鱼类进化适应的发育遗传基础 | 首次构建了海湾管鱼胚胎的单细胞RNA测序图谱,揭示了其特殊性状(如雄性怀孕、无齿等)的发育遗传机制 | 研究仅针对单一物种(海湾管鱼)的胚胎阶段,未来需要跨物种和多发育阶段的比较研究 | 探究海龙科鱼类特殊性状的发育遗传基础 | 海湾管鱼胚胎 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 海湾管鱼胚胎样本(具体数量未明确说明) | NA | NA | NA | NA |
| 171 | 2025-05-07 |
Optimized gene transduction in human lung organoids: A high-efficiency method for advanced research applications
2025-Feb-03, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-07461-w
PMID:39900972
|
研究论文 | 本文优化了一种提高慢病毒载体在人iPSC来源肺类器官中转导效率的方法 | 通过物理破坏类器官增加表面积并结合旋转接种法,显著提高了转导效率 | 方法可能不适用于其他类型的类器官或细胞模型 | 提高基因转导效率以促进肺研究和疾病模型研究 | 人iPSC来源的肺类器官 | 生物医学工程 | 肺疾病 | 慢病毒载体转导、单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据、蛋白质数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 172 | 2025-05-07 |
Monocyte-macrophage dynamics as key in disparate lung and peripheral immune responses in severe anti-melanoma differentiation-associated gene 5-positive dermatomyositis-related interstitial lung disease
2025-Feb, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70226
PMID:39902678
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research paper | 该研究通过单细胞RNA测序技术,探索了抗MDA5阳性皮肌炎相关间质性肺病中单核-巨噬细胞动态在免疫失调中的关键作用 | 揭示了外周与肺部免疫景观的显著对比,以及单核-巨噬细胞系在免疫失调中的核心作用 | 样本量较小,仅涉及五名患者 | 深入了解严重抗MDA5阳性皮肌炎相关间质性肺病中外周和肺部免疫失调的机制,并探索潜在的治疗靶点 | 抗MDA5阳性皮肌炎相关间质性肺病患者的外周血单核细胞和支气管肺泡灌洗液 | 免疫学 | 间质性肺病 | 单细胞RNA测序、Luminex检测、流式细胞术 | NA | RNA序列数据 | 5名患者的支气管肺泡灌洗液和配对的外周血单核细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 173 | 2025-05-07 |
IgG Signalling Involves in Skin Inflammation of Atopic Dermatitis
2025-Feb, Experimental dermatology
IF:3.5Q1
DOI:10.1111/exd.70058
PMID:39912287
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研究论文 | 本研究探讨了IgE产生B细胞及其他免疫球蛋白同种型(特别是IgG)在特应性皮炎(AD)皮肤病变中的作用 | 揭示了IgG在AD皮肤炎症中的潜在作用及其通过巨噬细胞促进Th2炎症的机制 | 未明确IgG具体通过何种机制激活巨噬细胞及促进炎症 | 研究IgE产生B细胞及其他免疫球蛋白同种型在AD皮肤病变中的作用 | 特应性皮炎患者及非过敏性健康受试者的皮肤病变和PBMCs | 免疫学 | 特应性皮炎 | 单细胞RNA测序、BCR库分析 | NA | mRNA数据、单细胞RNA测序数据 | AD患者及健康受试者的皮肤病变和PBMCs样本 | NA | NA | NA | NA |
| 174 | 2025-10-07 |
PFKFB3 decreases α-ketoglutarate production while partial PFKFB3 knockdown in macrophages ameliorates arthritis in tumor necrosis factor-transgenic mice
2025-Feb-20, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2025.114102
PMID:39870011
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研究论文 | 本研究探讨PFKFB3在类风湿关节炎巨噬细胞中的作用机制及其对疾病发展的影响 | 首次揭示PFKFB3通过调控谷氨酸脱氢酶活性和α-酮戊二酸产生来调节巨噬细胞极化状态 | 研究主要基于细胞和小鼠模型,人类样本验证仍需进一步扩展 | 探究PFKFB3在类风湿关节炎巨噬细胞活化中的作用及其分子机制 | RA患者PBMCs、THP-1细胞、条件性PFKFB3敲除小鼠的骨髓源性巨噬细胞 | 免疫学 | 类风湿关节炎 | 单细胞测序、免疫共沉淀、基因敲除、细胞培养 | 条件性基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据、蛋白质相互作用数据、细胞表型数据 | RA患者和健康志愿者的PBMCs、THP-1细胞系、基因工程小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 175 | 2025-10-07 |
Targeted FTO knockout in endothelial cells Boosts adhesion and lowers inflammatory infiltration to alleviate pulmonary arterial hypertension
2025-Feb-16, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2025.151339
PMID:39869947
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研究论文 | 本研究探讨了内皮细胞特异性FTO敲除对肺动脉高压发展的影响 | 首次揭示内皮细胞FTO在肺动脉高压中的作用机制,发现其通过调节内皮细胞粘附和炎症细胞浸润影响疾病发展 | 研究主要聚焦于内皮细胞,未涉及其他细胞类型在肺动脉高压中的潜在作用 | 探究FTO蛋白在肺动脉高压发病机制中的作用 | 内皮细胞和肺动脉高压小鼠模型 | 单细胞生物学 | 肺动脉高压 | 单细胞RNA测序,基因敲除 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 176 | 2025-10-07 |
Engineered Extracellular Vesicles Modified by Angiopep-2 Peptide Promote Targeted Repair of Spinal Cord Injury and Brain Inflammation
2025-02-04, ACS nano
IF:15.8Q1
DOI:10.1021/acsnano.4c14675
PMID:39853366
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研究论文 | 本研究开发了Angiopep-2肽修饰的工程化细胞外囊泡,用于促进脊髓损伤的靶向修复和减轻脑部炎症 | 首次将Angiopep-2肽应用于脊髓损伤治疗,通过褪黑素预处理增强工程化细胞外囊泡的功能,实现同时对脊髓损伤部位和脑部的靶向治疗 | NA | 开发能够靶向脊髓损伤部位并具有抗炎修复功能的工程化细胞外囊泡 | 小鼠脊髓损伤模型、M2小胶质细胞、神经元和少突胶质前体细胞 | 生物医学工程 | 脊髓损伤 | 单细胞测序, 单核测序, 免疫荧光, miRNA测序 | NA | 测序数据, 图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序 | NA | NA |
| 177 | 2025-10-07 |
scHNTL: single-cell RNA-seq data clustering augmented by high-order neighbors and triplet loss
2025-Feb-04, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf044
PMID:39878904
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研究论文 | 提出了一种名为scHNTL的新型单细胞RNA测序数据聚类算法,通过高阶邻居和三重损失增强聚类性能 | 结合图注意力自编码器、高阶邻居结构探索和对比学习三重损失,在保持相似数据接近的同时分离不相似数据对 | NA | 改进单细胞RNA测序数据的聚类分析性能 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 图注意力自编码器, 三重损失对比学习 | 基因表达数据 | 16个真实世界数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 178 | 2025-10-07 |
Mouse gut blueprint: regionality and resilience
2025-Feb, Trends in immunology
IF:13.1Q1
DOI:10.1016/j.it.2025.01.004
PMID:39880712
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研究论文 | 利用空间转录组学构建小鼠肠道全面图谱,研究其在扰动条件下的适应性与恢复能力 | 首次通过空间转录组学揭示小鼠肠道区域化结构的适应能力及其协调响应机制 | NA | 探索小鼠肠道在扰动条件下的适应性与恢复机制 | 小鼠肠道组织 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 179 | 2025-10-07 |
Spatially resolved transcriptomics and graph-based deep learning improve accuracy of routine CNS tumor diagnostics
2025-Feb, Nature cancer
IF:23.5Q1
DOI:10.1038/s43018-024-00904-z
PMID:39880907
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研究论文 | 开发结合空间转录组学和图神经网络的神经病理学空间转录组分析方法,用于中枢神经系统肿瘤的精确诊断 | 提出NePSTA方法,能够从单个5微米组织切片同时进行形态学和分子神经病理学诊断,克服了传统分子诊断对DNA质量和数量的限制 | 需要在四个医疗中心的130名参与者中进行进一步验证,方法对组织样本处理可能有特殊要求 | 提高中枢神经系统肿瘤常规诊断的准确性 | 中枢神经系统恶性肿瘤患者和健康捐赠者的组织样本 | 数字病理学 | 中枢神经系统肿瘤 | 空间转录组学,DNA甲基化分析,下一代测序 | 图神经网络 | 空间转录组数据,组织图像数据 | 130名参与者(包括CNS恶性肿瘤患者和健康捐赠者) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 180 | 2025-10-07 |
Automated Laser-Assisted Single-Cell Sorting for Cell Functional and RNA Sequencing
2025-Feb-28, ACS sensors
IF:8.2Q1
DOI:10.1021/acssensors.4c02417
PMID:39843241
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研究论文 | 开发了一种自动化激光辅助单细胞分选系统,用于细胞功能研究和RNA测序 | 将激光诱导正向转移技术与高通量皮升微孔阵列相结合,实现高效自动化的单细胞分选 | NA | 开发高效准确单细胞分选技术用于下游分析 | 单细胞,特别是稀有转染PC-9细胞 | 单细胞分析 | NA | 单细胞RNA测序,激光诱导正向转移 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |