单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 761 篇文献，本页显示第 161 - 180 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 161 | 2025-03-05 |
A prevalent Krt8-to-Krt5 cellular state transition in skin is co-opted by p63 for enamel organ development
2025-Feb-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.11.637463
PMID:39990386
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了p63在牙釉质器官（EO）发育中的关键作用，特别是其在调控Krt8到Krt5细胞状态转变中的功能 | 揭示了p63在牙釉质器官发育中调控Krt8到Krt5细胞状态转变的新机制，并发现这一机制与皮肤发育中的类似过程共享 | 研究主要基于小鼠模型，可能无法完全反映人类牙釉质器官发育的复杂性 | 探讨p63在牙釉质器官发育中的具体作用及其分子机制 | 小鼠切牙的牙釉质器官细胞 | 分子生物学 | 牙釉质疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 小鼠切牙的牙釉质器官细胞样本 |
| 162 | 2025-03-05 |
Powerful and accurate case-control analysis of spatial molecular data with deep learning-defined tissue microniches
2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.07.637149
PMID:39975274
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研究论文 | 本文介绍了一种结合深度学习和统计原理的方法VIMA，用于发现与疾病相关的空间特征 | VIMA方法通过变分自编码器提取组织小块的生物内容，定义大量微环境，并使用严格的统计学方法识别与病例对照状态相关的微环境 | NA | 识别与疾病相关的关键空间结构 | 空间分子数据 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病、溃疡性结肠炎、类风湿性关节炎 | 空间转录组学、CODEX、免疫组织化学 | 变分自编码器 | 空间分子数据 | 140基因空间转录组数据集、54标记CODEX数据集、7标记免疫组织化学数据集 |
| 163 | 2025-03-05 |
Spatial transcriptomic clocks reveal cell proximity effects in brain ageing
2025-Feb, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-08334-8
PMID:39695234
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研究论文 | 本研究通过构建空间分辨的单细胞转录组图谱，揭示了大脑老化过程中细胞邻近效应的影响 | 开发了空间老化时钟，利用机器学习模型识别老化和再生的空间及细胞类型特异性转录组特征，并发现T细胞和神经干细胞对邻近细胞的显著影响 | 研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证 | 研究大脑老化过程中细胞间相互作用及其对组织衰退的影响 | 420万个来自20个不同年龄段的成年小鼠大脑细胞 | 生物信息学 | 老年疾病 | 空间转录组学 | 机器学习模型 | 单细胞转录组数据 | 420万个细胞 |
| 164 | 2025-03-05 |
Cross-tissue multi-omics analyses reveal the gut microbiota's absence impacts organ morphology, immune homeostasis, bile acid and lipid metabolism
2025-Feb, iMeta
IF:23.7Q1
DOI:10.1002/imt2.272
PMID:40027481
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研究论文 | 本文通过比较无菌小鼠和特定病原体自由小鼠，利用空间转录组学、单细胞RNA测序和靶向胆汁酸代谢组学，系统地评估了肠道微生物群缺失对器官形态、免疫稳态、胆汁酸和脂质代谢的影响 | 揭示了肠道微生物群缺失对多个器官的形态、免疫细胞、胆汁酸和脂质代谢的显著影响，特别是发现了无菌小鼠中自噬驱动的脂滴分解和ZBTB20-LPL轴在血浆脂质稳态中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证 | 探讨肠道微生物群缺失对宿主器官形态、免疫稳态和代谢的影响 | 无菌小鼠和特定病原体自由小鼠 | 代谢组学 | NA | 空间转录组学、单细胞RNA测序、靶向胆汁酸代谢组学 | NA | 转录组数据、代谢组数据 | 无菌小鼠和特定病原体自由小鼠 |
| 165 | 2025-03-04 |
IL-1β and associated molecules as prognostic biomarkers linked with immune cell infiltration in colorectal cancer: an integrated statistical and machine learning approach
2025-Feb-28, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-01989-3
PMID:40019680
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研究论文 | 本研究提出了一种结合生物信息学和机器学习的框架，用于增强结直肠癌（CRC）的诊断和预后生物标志物的识别 | 通过整合统计和机器学习方法，识别出27个枢纽基因，并验证了IL-1β作为预后和诊断生物标志物的潜力 | 研究依赖于公开数据集，可能受到数据质量和样本量的限制 | 增强结直肠癌的诊断和预后生物标志物的识别 | 结直肠癌（CRC） | 生物信息学 | 结直肠癌 | 甲基化差异表达基因（MeDEGs）分析、scRNA-seq分析、启动子甲基化分析 | K-最近邻（KNN）、人工神经网络（ANN）、随机森林（RF） | 基因表达数据、甲基化数据 | 使用TCGA数据集，具体样本量未明确说明 |
| 166 | 2025-03-04 |
Immunogenic cell death signature predicts survival and reveals the role of VEGFA + Mast cells in lung adenocarcinoma
2025-Feb-28, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-91401-5
PMID:40021802
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研究论文 | 本研究通过构建免疫原性细胞死亡（ICD）相关基因签名（IRS），预测肺腺癌患者的生存期，并揭示了VEGFA+肥大细胞在肿瘤微环境中的作用 | 首次构建了ICD相关基因签名（IRS），并验证了其在预测免疫治疗效果中的作用，同时揭示了肥大细胞在肿瘤微环境中的促癌机制 | 研究主要基于已有数据集，缺乏前瞻性临床验证 | 探索免疫原性细胞死亡（ICD）在肺腺癌中的作用，并开发预测免疫治疗效果的生物标志物 | 肺腺癌患者 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 七个独立数据集 |
| 167 | 2025-03-04 |
Complex regulation of cardiac fibrosis: insights from immune cells and signaling pathways
2025-Feb-28, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06260-5
PMID:40022104
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综述 | 本文探讨了心脏纤维化过程中免疫细胞的作用及其调控机制 | 揭示了免疫细胞在心脏纤维化中的多面性作用，并提出了针对纤维化的免疫治疗新策略 | 尚不清楚免疫细胞如何具体调控纤维化过程以及不同免疫细胞亚群的具体作用 | 研究心脏纤维化的调控机制，特别是免疫细胞的作用 | 心脏纤维化过程中的免疫细胞和信号通路 | NA | 心血管疾病 | 单细胞测序、多组学分析 | NA | NA | NA |
| 168 | 2025-03-04 |
Myelin-reactive CD8+ T cells influence conventional dendritic cell subsets towards a mature and regulatory phenotype in experimental autoimmune encephalomyelitis
2025-Feb-28, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-025-03377-8
PMID:40022134
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研究论文 | 本文研究了在多发性硬化症（MS）小鼠模型中，髓鞘反应性CD8+ T细胞如何通过影响常规树突状细胞（cDC）亚群，诱导其成熟和调节表型，从而抑制CD4 T细胞反应和减少实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）的发病机制 | 揭示了髓鞘反应性CD8+ T细胞通过直接与cDC1相互作用并通过旁分泌机制调节CD11b cDC，诱导成熟和调节性树突状细胞的新机制 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类多发性硬化症患者中验证 | 探讨髓鞘反应性CD8+ T细胞在多发性硬化症中的作用机制 | 小鼠模型中的髓鞘反应性CD8+ T细胞和常规树突状细胞（cDC1和CD11b cDC） | 免疫学 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 169 | 2025-03-04 |
Reawakening inflammation in the chronically injured spinal cord using lipopolysaccharide induces diverse microglial states
2025-Feb-28, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-025-03379-6
PMID:40022205
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术研究了脊髓损伤（SCI）后不同时期小胶质细胞对脂多糖（LPS）的反应，探讨了LPS如何通过改变小胶质细胞状态促进神经可塑性 | 首次使用单细胞RNA测序技术详细描述了SCI后不同时期小胶质细胞的状态变化，并揭示了LPS注射如何改变这些状态以促进神经可塑性 | 研究未完全阐明LPS诱导的神经炎症如何具体促进神经可塑性，且样本量有限 | 探讨SCI后小胶质细胞状态变化及其在LPS诱导的神经可塑性中的作用 | 脊髓损伤后的小胶质细胞 | 神经科学 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 未明确说明样本数量 |
| 170 | 2025-03-04 |
LETSmix: a spatially informed and learning-based domain adaptation method for cell-type deconvolution in spatial transcriptomics
2025-Feb-28, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-025-01442-8
PMID:40022231
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研究论文 | 本文提出了一种名为LETSmix的空间转录组学细胞类型去卷积方法，通过整合空间相关性来提高分辨率 | LETSmix通过定制的LETS滤波器整合空间相关性，利用层注释、表达相似性、图像纹理特征和空间坐标来优化空间转录组数据，并采用mixup增强的域适应策略解决ST与单细胞RNA测序数据之间的差异 | NA | 提高空间转录组学中细胞类型去卷积的准确性 | 空间转录组数据 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学，单细胞RNA测序 | LETS滤波器 | 空间转录组数据，单细胞RNA测序数据 | 多种ST平台和组织类型 |
| 171 | 2025-03-04 |
Decoding melanoma's cellular mosaic to unlock immunotherapy potential
2025-Feb-28, Trends in cell biology
IF:13.0Q1
DOI:10.1016/j.tcb.2025.01.009
PMID:40023663
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review | 本文综述了单细胞多组学技术在揭示皮肤黑色素瘤生物学特性及免疫治疗耐药机制中的关键作用 | 利用单细胞测序和空间多组学技术，深入解析了肿瘤内异质性及其对癌症进展的影响 | NA | 探讨单细胞多组学技术如何揭示皮肤黑色素瘤的生物学特性及免疫治疗耐药机制 | 皮肤黑色素瘤 | digital pathology | melanoma | 单细胞测序, 空间多组学技术 | NA | 单细胞数据, 多组学数据 | NA |
| 172 | 2025-03-04 |
Integrative analysis reveals the multilateral inflammatory mechanisms of CD14 monocytes in gout
2025-Feb-28, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1016/j.ard.2025.01.046
PMID:40023733
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了CD14单核细胞在痛风中的多边炎症机制 | 首次在单细胞水平上揭示了CD14单核细胞在痛风中的分子和细胞景观，特别是缺氧和脂肪酸代谢途径的作用 | 样本量相对较小（8名痛风患者和6名健康对照） | 阐明CD14单核细胞在痛风炎症反应中的分子和细胞机制 | 痛风患者和健康对照的外周血单核细胞 | 生物信息学 | 痛风 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 8名痛风患者和6名健康对照 |
| 173 | 2025-03-04 |
Dual function of MrgprB2 receptor-dependent neural immune axis in chronic pain
2025-Feb-28, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2025.02.037
PMID:40024332
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研究论文 | 本文研究了MrgprB2受体依赖的神经免疫轴在化疗药物诱导的神经性疼痛（CINP）中的双向调节作用 | 揭示了MrgprB2/Tryptase/PAR2轴在CINP疼痛发展和缓解中的双向作用，强调了MrgprB2作为早期干预CINP的关键靶点 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证 | 探讨MrgprB2介导的神经免疫相互作用在CINP中的双向调节作用 | 野生型小鼠、MrgprD敲除小鼠、肥大细胞缺陷小鼠、MrgprB2敲除小鼠和MrgprB2-Cre tdTomato小鼠 | 神经免疫学 | 神经性疼痛 | 钙成像、细胞因子抗体阵列、单细胞测序数据库挖掘、免疫荧光、Western blotting、共免疫沉淀（Co-IP） | NA | 实验数据 | 多种基因修饰小鼠模型 |
| 174 | 2025-03-04 |
Heterogeneity of the tumor immune cell microenvironment revealed by single-cell sequencing in head and neck cancer
2025-Feb-27, Critical reviews in oncology/hematology
DOI:10.1016/j.critrevonc.2025.104677
PMID:40023465
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研究论文 | 本文通过单细胞测序技术揭示了头颈癌肿瘤免疫微环境的异质性 | 利用单细胞测序技术研究头颈癌肿瘤免疫微环境的异质性，为头颈癌患者提供有效的治疗靶点和预后因素 | 未提及具体的研究局限性 | 探讨头颈癌肿瘤免疫微环境的异质性及其对头颈癌发生发展的影响 | 头颈癌患者的肿瘤免疫微环境细胞 | 癌症研究 | 头颈癌 | 单细胞测序（SCS） | NA | 单细胞基因表达数据 | 未提及具体样本数量 |
| 175 | 2025-03-04 |
SpaceBar enables clone tracing in spatial transcriptomic data
2025-Feb-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.10.637514
PMID:39990434
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SpaceBar的细胞条形码策略，能够同时进行克隆追踪和空间转录组分析 | 创新点在于使用96个合成条形码序列，通过成像空间转录组学（seqFISH）进行检测，每个细胞被标记为条形码的组合，从而在复杂组织环境中区分克隆动态和环境驱动的转录调控 | NA | 研究目的是开发一种能够同时进行克隆追踪和空间转录组分析的方法 | 研究对象是黑色素瘤细胞在肿瘤异种移植模型中的克隆身份和空间基因表达 | 空间转录组学 | 黑色素瘤 | seqFISH | NA | 空间转录组数据 | NA |
| 176 | 2025-03-04 |
Spatially distinct cellular and molecular landscapes define prognosis in triple negative breast cancer
2025-Feb-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.10.637503
PMID:39990419
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术，深入探讨了三阴性乳腺癌（TNBC）中不同预后群体的细胞和分子异质性 | 首次利用空间转录组学技术，详细描绘了TNBC中不同预后群体的细胞和分子基础，揭示了上皮细胞及其微环境在转录水平上的显著差异 | 样本量相对较小，仅包括32名女性患者，且为回顾性研究，可能影响结果的普遍性 | 探讨TNBC中不同预后群体的细胞和分子异质性，以揭示预后差异的分子驱动因素 | 32名未经治疗的三阴性乳腺癌女性患者，分为良好预后组（GPx）和不良预后组（PPx） | 数字病理学 | 乳腺癌 | 空间转录组学，GeoMX® Digital Spatial Profiler，卷积神经网络（CNN） | 卷积神经网络（CNN） | 空间转录组数据 | 32名女性患者（17名良好预后，15名不良预后） |
| 177 | 2025-03-04 |
Single-cell transcriptomics of X-ray irradiated Drosophila wing discs reveals heterogeneity related to cell-cycle status and cell location
2025-Feb-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.10.627868
PMID:39990483
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术研究了X射线辐射对果蝇翅膀原基的影响，揭示了细胞周期状态和细胞位置相关的异质性 | 首次在果蝇翅膀原基中应用单细胞RNA测序技术，揭示了X射线辐射后细胞间的异质性，并引入了赫芬达尔-赫希曼指数来量化基因表达的异质性 | 研究仅限于果蝇翅膀原基，未涉及其他组织或生物体 | 研究X射线辐射对果蝇翅膀原基细胞的影响，特别是细胞异质性 | 果蝇翅膀原基细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 未明确提及样本数量，但涉及果蝇翅膀原基的多个细胞 |
| 178 | 2025-03-04 |
Molecularly-guided spatial proteomics captures single-cell identity and heterogeneity of the nervous system
2025-Feb-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.10.637505
PMID:39990460
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研究论文 | 本文介绍了利用空间单细胞蛋白质组学技术研究神经系统异质性的方法 | 通过免疫染色引导的激光捕获显微切割（LCM）结合液相色谱-质谱（LC-MS）技术，首次在异质性中枢神经系统中应用空间单细胞蛋白质组学 | 研究主要集中在中枢神经系统和周围神经系统的特定区域，未涵盖所有神经系统区域 | 研究神经系统中的单细胞异质性及其在神经疾病中的作用 | 大脑皮层、黑质、肠肌层神经节和神经束 | 蛋白质组学 | 神经疾病 | 免疫染色引导的激光捕获显微切割（LCM）结合液相色谱-质谱（LC-MS） | NA | 蛋白质组数据 | 多个大脑区域和神经组织的单细胞样本 |
| 179 | 2025-03-04 |
A Benchmarking Study of Random Projections and Principal Components for Dimensionality Reduction Strategies in Single Cell Analysis
2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.04.636499
PMID:39974925
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研究论文 | 本研究系统评估了主成分分析（PCA）和随机投影（RP）方法在单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据降维中的性能，重点关注计算效率和下游分析效果 | 首次全面比较PCA和RP方法在scRNA-seq数据中的应用，特别是RP在计算速度和数据变异性保持方面的优势 | 研究主要基于公开数据集，可能无法完全代表所有单细胞数据的特性 | 评估和比较不同降维策略在单细胞分析中的效果 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | PCA, RP, SVD, 随机SVD, 稀疏随机投影, 高斯随机投影 | 单细胞RNA测序数据 | 多个公开的标记和未标记scRNA-seq数据集 |
| 180 | 2025-03-04 |
The impact of ambient contamination on demultiplexing methods for single-nucleus multiome experiments
2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.06.636969
PMID:39975005
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研究论文 | 本文研究了环境污染物对单核多组学实验中解复用方法的影响，并开发了一种新的模拟器ambisim来评估这些方法 | 开发了ambisim模拟器，能够灵活控制环境分子比例并生成真实的联合snRNA/snATAC数据，用于评估解复用方法 | 研究主要集中在模拟数据和两个联合snRNA/snATAC数据集上，可能需要在更多实际数据上进行验证 | 评估环境污染物对单核多组学实验中解复用方法的影响，并提高解复用算法的灵敏度和特异性 | 单核多组学实验中的解复用方法 | 生物信息学 | NA | 单核RNA测序（snRNA-seq）、单核ATAC测序（snATAC-seq） | NA | 模拟数据、联合snRNA/snATAC数据 | 两个联合snRNA/snATAC数据集 |