单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2025-03-06	The retinoic acid family-like nuclear receptor SmRAR identified by single-cell transcriptomics of ovarian cells controls oocyte differentiation in Schistosoma mansoni 2025-Feb-08, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae1228 PMID:39676663	研究论文	本文通过单细胞转录组学技术研究了曼氏血吸虫卵巢细胞中的基因表达，特别是与卵母细胞分化相关的基因	首次在曼氏血吸虫中鉴定了视黄酸受体家族转录因子SmRAR，并揭示了其在卵母细胞分化中的关键作用	研究局限于曼氏血吸虫，未涉及其他寄生虫或扁形动物	研究曼氏血吸虫卵巢发育和卵母细胞分化的分子机制	曼氏血吸虫的卵巢细胞和卵母细胞	单细胞转录组学	血吸虫病	单细胞RNA测序（RNA-seq）	NA	RNA测序数据	1967个卵母细胞，表达7872个基因
142	2025-03-06	Somatic mutations distinguish melanocyte subpopulations in human skin 2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.07.637114 PMID:39975212	研究论文	本文通过深度表型分析，研究了人类皮肤中单个黑色素细胞的克隆扩展，揭示了不同突变负担的黑色素细胞亚群的基因表达谱和形态特征	发现了在阳光损伤皮肤中保持低突变负担的黑色素细胞亚群，并揭示了这些细胞的空间分布和迁移模式	样本量相对较小，仅涉及31名捐赠者的297个黑色素细胞	了解黑色素细胞的稳态机制	人类皮肤中的黑色素细胞	数字病理学	NA	单细胞空间转录组学（10X Xenium）	NA	基因表达谱、形态特征	31名捐赠者的297个黑色素细胞
143	2025-03-06	CAF-macrophage crosstalk in tumour microenvironments governs the response to immune checkpoint blockade in gastric cancer peritoneal metastases 2025-Feb-06, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-333617 PMID:39537239	研究论文	本研究通过单细胞测序技术解析了胃癌腹膜转移（GCPM）的肿瘤微环境，揭示了基质-髓系细胞间的相互作用在免疫检查点阻断（ICB）治疗耐药中的关键作用	首次揭示了GCPM中基质-髓系细胞间的相互作用机制，特别是THBS2+基质相关成纤维细胞（mCAFs）通过C3-C3AR1轴促进SPP1+肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的形成，从而介导ICB耐药	研究样本量有限，且仅在体内模型中验证了C3-C3AR1轴的阻断效果，尚未在临床中广泛应用	解析GCPM的肿瘤微环境及其对免疫治疗疗效的影响，寻找克服ICB耐药的潜在治疗靶点	胃癌腹膜转移患者	数字病理	胃癌	单细胞测序	NA	单细胞数据	涉及接受ICB联合化疗的GCPM患者的原发肿瘤、腹膜转移灶和外周血样本
144	2025-03-06	scHNTL: single-cell RNA-seq data clustering augmented by high-order neighbors and triplet loss 2025-Feb-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf044 PMID:39878904	研究论文	本文提出了一种新的单细胞RNA测序数据聚类算法scHNTL，通过高阶邻居和三重损失增强聚类效果	scHNTL算法通过构建辅助相似图、使用图注意力自编码器学习细胞初始嵌入，并通过探索相似图的高阶结构和利用对比学习的三重损失来改进嵌入，从而在保持结构信息的同时分离不相似对，提高了聚类的性能	现有方法通常只关注最小化重构损失和保持直接相关细胞的嵌入相似性，而忽略了不相似性，导致聚类性能受限	改进单细胞RNA测序数据的聚类分析	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	图注意力自编码器	单细胞RNA测序数据	16个真实世界数据集
145	2025-03-06	ELLIPSIS: robust quantification of splicing in scRNA-seq 2025-Feb-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf028 PMID:39936571	研究论文	本文介绍了一种名为ELLIPSIS的工具，用于在单细胞RNA测序中稳健地量化剪接事件	ELLIPSIS工具利用局部观察到的读取覆盖率，结合流动性和细胞类型内相似性特性，能够在单细胞水平上量化剪接事件，包括新型剪接事件	NA	开发一种工具以在单细胞RNA测序中稳健地量化剪接事件，并检测细胞类型之间的差异剪接	单细胞RNA测序数据	生物信息学	胶质母细胞瘤	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	模拟数据和胶质母细胞瘤单细胞RNA测序数据
146	2025-03-06	SCEMENT: scalable and memory efficient integration of large-scale single-cell RNA-sequencing data 2025-Feb-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf057 PMID:39985442	研究论文	本文介绍了一种名为SCEMENT的可扩展且内存高效的大规模单细胞RNA测序数据集成方法	SCEMENT方法通过扩展线性回归模型至无监督稀疏矩阵设置，实现了对大规模单细胞RNA测序数据的高效集成，显著提升了运行时间和内存使用效率	尽管SCEMENT在运行时间和内存使用上表现出色，但其在大规模数据集上的准确性和适用性仍需进一步验证	开发一种能够高效集成大规模单细胞RNA测序数据的算法，以提升对复杂生物系统的理解	大规模单细胞RNA测序数据集	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	线性回归模型	单细胞RNA测序数据	数十至数百个真实单细胞RNA测序数据集
147	2025-03-06	Identification of Wnt-5a Receptors Important in Diabetic and Non-Diabetic Corneal Epithelial Wound Healing 2025-Feb-03, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.2.64 PMID:39998459	研究论文	本研究旨在确定Wnt-5a在糖尿病和非糖尿病角膜上皮伤口愈合中起重要作用的受体	通过单细胞RNA测序和DNA甲基化分析，揭示了Wnt受体ROR2在糖尿病角膜上皮细胞中的关键作用，并发现Frizzled-5可能作为共受体	研究主要基于体外实验，未涉及体内模型的验证	确定Wnt-5a在糖尿病角膜上皮伤口愈合中的受体机制	糖尿病和非糖尿病供体的人角膜缘上皮细胞（LECs）	生物医学	糖尿病角膜疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、DNA甲基化分析、qRT-PCR、Western blot、免疫染色	NA	RNA测序数据、DNA甲基化数据、蛋白质表达数据	糖尿病和非糖尿病供体的人角膜缘上皮细胞
148	2025-03-06	ANKRD22 participates in the proinflammatory activities of macrophages in the colon cancer tumor microenvironment 2025-Feb-01, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-024-03930-z PMID:39891675	研究论文	本文研究了ANKRD22在结肠癌肿瘤微环境中巨噬细胞的促炎活动中的作用	揭示了ANKRD22在调节巨噬细胞功能状态转变中的关键作用，并发现了一种小分子ANKRD22上调剂，可能有助于开发针对TAM重塑的新疗法	ANKRD22在结肠TAMs中的具体作用及其对肿瘤增殖的影响仍需进一步研究	研究ANKRD22在结肠癌肿瘤微环境中巨噬细胞功能状态转变中的作用	结肠癌肿瘤微环境中的巨噬细胞	肿瘤免疫学	结肠癌	单细胞RNA测序、空间转录组学研究、小鼠皮下异种移植实验	NA	RNA测序数据、空间转录组数据	结肠癌患者的巨噬细胞样本
149	2025-03-06	Elevated SAMD3 expression in T cells predicts improved survival in pancreatic ductal adenocarcinoma patients 2025-Feb-01, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-03948-x PMID:39891760	研究论文	本研究探讨了SAMD3在胰腺导管腺癌（PDAC）患者T细胞中的表达及其与生存率的关系	首次发现SAMD3在T细胞中的高表达与PDAC患者的生存率改善相关，并揭示了其在T细胞功能中的重要作用	研究样本量有限，且需要进一步验证SAMD3作为生物标志物的临床实用性	探讨SAMD3在PDAC患者T细胞中的表达及其与生存率的关系	胰腺导管腺癌（PDAC）患者	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（sc-RNA-seq）、免疫组织化学（IHC）分析	NA	RNA测序数据、免疫组织化学数据	人类PDAC样本和OT-I/卵白蛋白（OVA）小鼠模型
150	2025-03-06	Pre-immunotherapy alters stereotactic ablative radiotherapy-induced systemic T cell responses in early-stage NSCLC 2025-Feb-01, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-024-03935-8 PMID:39891774	研究论文	本文通过单细胞RNA和T细胞受体（TCR）测序，研究了早期非小细胞肺癌（NSCLC）患者在立体定向消融放疗（SABR）前后，有或没有预先免疫治疗/化疗的情况下，系统性T细胞反应的高分辨率转录组分析	揭示了SABR和免疫治疗之间复杂的相互作用，为NSCLC患者的治疗策略提供了新的见解	样本量较小，仅涉及7名患者	研究SABR和免疫治疗/化疗对NSCLC患者系统性T细胞反应的影响	早期非小细胞肺癌（NSCLC）患者	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序，T细胞受体（TCR）测序	NA	RNA-seq数据	7名早期NSCLC患者
151	2025-03-06	Jellyfish stings-induced cardiac failure was ameliorated through AAG-mediated glycogen-driven ATP production 2025-Feb, Exploration (Beijing, China) DOI:10.1002/EXP.20230089 PMID:40040825	研究论文	本文研究了水母蜇伤引起的心脏衰竭，并探讨了通过AAG介导的糖原驱动的ATP生产来改善心脏功能	首次揭示了AAG通过糖原驱动的ATP生产改善水母蜇伤引起的心脏衰竭的机制，并提出了CCR5和PGC-1α在这一过程中的作用	研究机制尚未完全阐明，需要进一步的实验验证	探讨水母蜇伤引起的心脏衰竭的改善机制	水母蜇伤引起的心脏衰竭患者	生物医学	心脏衰竭	单细胞测序、空间转录技术	NA	RNA测序数据	NA
152	2025-03-06	Overexpression of ornithine decarboxylase 1 mediates the immune-deserted microenvironment and poor prognosis in diffuse large B-cell lymphoma 2025-Feb, Journal of the National Cancer Center IF:7.6Q1 DOI:10.1016/j.jncc.2024.10.001 PMID:40040873	研究论文	本研究通过大规模数据和机器学习算法识别出具有干细胞样特征的高风险弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）亚组，并探讨了其潜在机制	首次识别出具有干细胞样特征的高风险DLBCL亚组，并揭示了ODC1过表达与免疫荒漠微环境共同塑造这一亚组的机制	研究主要基于数据分析和体外实验，缺乏体内实验验证	推进DLBCL的精确风险分层，揭示ODC1和免疫荒漠微环境在DLBCL中的作用	弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）患者	机器学习	淋巴瘤	转录组分析、基因组分析、单细胞RNA-seq、体外实验	机器学习算法	转录组数据、基因组数据、单细胞RNA-seq数据	2133例DLBCL患者
153	2025-03-05	Cell autonomous TLR4 signaling modulates TGF-β induced activation of human cardiac fibroblasts 2025-Feb-28, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2025.e42452 PMID:40028530	研究论文	本文研究了心脏成纤维细胞中TLR4信号在TGF-β诱导的纤维化过程中的作用	揭示了TLR4作为心脏成纤维细胞中的主要免疫传感器，并展示了抑制TLR4信号如何减少TGF-β诱导的纤维化变化	研究主要基于体外实验，未涉及体内模型的验证	探讨心脏成纤维细胞中TLR4信号在纤维化过程中的调控机制	成年人类心脏成纤维细胞	细胞生物学	心血管疾病	FACS, 单细胞测序	NA	基因表达数据	来自Collagen1-α1GFP小鼠和人类心力衰竭患者的心脏成纤维细胞
154	2025-03-05	Phylogeny and species delimitation of ciliates in the genus Spirostomum (class Heterotrichea) using single-cell transcriptomes 2025-Feb-27, BMC ecology and evolution IF:2.3Q3 DOI:10.1186/s12862-025-02353-3 PMID:40011795	研究论文	本研究通过单细胞转录组数据，探讨了Spirostomum属纤毛虫的系统发育和物种界定	首次利用单细胞转录组数据对Spirostomum属进行系统发育分析，揭示了隐存物种的多样性	样本量相对较小，仅包括25个新生成的转录组和12个来自GenBank的数据	通过单细胞转录组数据界定Spirostomum属的物种边界并阐明其系统发育关系	Spirostomum属的纤毛虫	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	多物种溯祖模型（MSC）	转录组数据	25个新生成的Spirostomum标本转录组和12个来自GenBank的转录组
155	2025-03-05	Global landscape of hepatic organoid research: A bibliometric and visual study 2025-Feb-27, World journal of hepatology IF:2.5Q2 DOI:10.4254/wjh.v17.i2.95624 PMID:40027550	研究论文	本文通过文献计量分析，研究了全球肝脏类器官研究的科学产出，评估了当前成就和未来趋势	利用CiteSpace 6.3.R1进行文献计量分析，揭示了肝脏类器官研究的关键领域和未来趋势	研究仅限于Web of Science Core Collection中的文献，可能未涵盖所有相关研究	分析全球肝脏类器官研究的科学产出，评估当前成就和未来趋势	肝脏类器官研究	生物医学研究	肝病	文献计量分析	NA	文献数据	991篇文章
156	2025-03-05	Uncovering immune cell heterogeneity in hepatocellular carcinoma by combining single-cell RNA sequencing with T-cell receptor sequencing 2025-Feb-27, World journal of hepatology IF:2.5Q2 DOI:10.4254/wjh.v17.i2.99046 PMID:40027555	研究论文	本研究通过结合单细胞RNA测序和T细胞受体测序，揭示了肝细胞癌中免疫细胞的异质性	首次结合单细胞RNA测序和T细胞受体测序技术，分析肝细胞癌中免疫细胞亚群的异质性及其功能，并发现新的T细胞簇和潜在生物标志物基因	研究样本量未明确提及，可能限制了结果的普遍性	研究肝细胞癌中免疫细胞亚群的异质性及其在肿瘤发展中的作用	肝细胞癌组织和癌旁正常组织中的免疫细胞	生物信息学	肝细胞癌	单细胞RNA测序, T细胞受体测序	NA	RNA测序数据	NA
157	2025-03-05	Inhibition of methylthioadenosine phosphorylase provides protection from experimental acute kidney injury 2025-Feb-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.19.639065 PMID:40027701	研究论文	本研究探讨了甲基硫腺苷磷酸化酶（MTAP）抑制作为急性肾损伤（AKI）新型肾保护策略的潜力	首次提出MTAP抑制作为AKI的潜在治疗策略，并通过RNA测序揭示了其对炎症、氧化磷酸化和细胞存活相关通路的调节作用	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证尚不充分	探索MTAP抑制在AKI中的肾保护作用及其机制	AKI小鼠模型和人类单细胞RNA测序数据	代谢组学	急性肾损伤	RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠模型和人类单细胞RNA测序数据
158	2025-03-05	Single-cell transcriptomics identifies a dampened neutrophil function and accentuated T-cell cytotoxicity in tobacco flavored e-cigarette exposed mouse lungs 2025-Feb-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.17.638715 PMID:40027777	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了烟草味电子烟暴露对小鼠肺部免疫细胞功能的影响	首次使用单细胞RNA测序技术详细描述了烟草味电子烟暴露后小鼠肺部免疫细胞的功能变化，特别是Ly6G-中性粒细胞功能的减弱和T细胞细胞毒性的增强	研究样本量较小（每组每性别仅2只小鼠），且为初步研究，需要进一步验证和扩展	探讨烟草味电子烟暴露对小鼠肺部免疫细胞功能的影响	C57BL/6J小鼠	免疫学	NA	单细胞RNA测序（scRNA seq）	NA	RNA测序数据	71,725个细胞，每组每性别2只小鼠
159	2025-03-05	The endothelial growth factor Angiopoietin-2 is an accurate prognostic biomarker in patients with acetaminophen-induced acute liver failure 2025-Feb-21, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2025.02.19.25322567 PMID:40034764	研究论文	本研究评估了血管生成素-2（ANGPT2）作为对乙酰氨基酚（APAP）诱导的急性肝衰竭（ALF）患者不良预后的生物标志物的有效性	首次发现ANGPT2在APAP诱导的ALF患者中作为预后生物标志物的有效性，尤其是在早期表现的患者中具有更高的预测价值	研究样本量相对较小，且仅针对APAP诱导的ALF患者，未涵盖其他原因引起的ALF	评估ANGPT2作为APAP诱导的ALF患者不良预后的生物标志物的有效性	APAP诱导的急性肝衰竭患者	生物医学	急性肝衰竭	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	RNA测序数据、血浆样本数据	两个独立队列：Phoenix队列（n=43）和ALF研究组队列（n=80），合并后总样本量为110
160	2025-03-05	Shared Lineage, Distinct Outcomes: Yap and Taz Loss Differentially Impact Schwann and Olfactory Ensheathing Cell Development Without Disrupting GnRH-1 Migration 2025-Feb-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.13.638196 PMID:40027653	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和基因敲除实验，研究了Yap和Taz在嗅鞘细胞（OECs）和施万细胞发育中的作用，发现它们对GnRH-1神经元迁移无影响	揭示了Yap和Taz在OECs和施万细胞发育中的不同作用，并首次证明这些变化不影响GnRH-1神经元的迁移	研究仅限于小鼠胚胎模型，未涉及人类或其他哺乳动物	探究Yap和Taz在嗅鞘细胞和施万细胞发育中的作用及其对GnRH-1神经元迁移的影响	小鼠胚胎鼻部组织中的嗅鞘细胞、施万细胞和GnRH-1神经元	神经生物学	NA	单细胞RNA测序、基因敲除	NA	基因表达数据	小鼠胚胎鼻部组织