单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2025-05-10	Inhibiting mechanotransduction prevents scarring and yields regeneration in a large animal model 2025-Feb-19, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adt6387 PMID:39970235	研究论文	通过抑制YAP蛋白调节机械传导，在猪模型中实现无疤痕伤口再生	首次在大型动物（红杜洛克猪）模型中验证YAP抑制对伤口再生的效果，并发现IL-33信号轴的作用	研究主要基于动物模型，人类临床应用效果仍需进一步验证	探索机械传导调节在伤口再生和疤痕预防中的作用	红杜洛克猪伤口模型和人类新生儿包皮移植模型	再生医学	皮肤创伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间蛋白质组学分析	动物模型（猪和裸鼠）	基因表达数据和蛋白质数据	红杜洛克猪伤口模型和人类新生儿包皮移植模型
142	2025-05-10	Single-cell RNA-seq and pathological phenotype reveal the functional atlas and precise roles of Sox30 in testicular cell development and differentiation 2025-Feb-19, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07442-1 PMID:39971903	研究论文	通过单细胞RNA测序和病理表型分析，揭示了Sox30在睾丸细胞发育和分化中的功能图谱和精确作用	首次详细描述了Sox30在睾丸细胞中的具体功能，特别是在初级精母细胞分化中的作用，并揭示了Sox30缺失对细胞间通讯和转录因子网络的影响	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	阐明Sox30在睾丸细胞发育和分化中的精确作用机制	小鼠睾丸细胞	单细胞测序	生殖系统疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	未明确说明样本数量，但涉及野生型和Sox30缺失型小鼠的睾丸细胞
143	2025-05-10	Unravelling genotype-phenotype correlations in Stargardt disease using patient-derived retinal organoids 2025-Feb-19, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07420-7 PMID:39971915	研究论文	利用患者来源的视网膜类器官研究Stargardt病的基因型-表型相关性	首次使用患者来源的iPSCs生成视网膜类器官，成功模拟了STGD1的病理特征并揭示了基因型与表型之间的相关性	研究仅涉及两名单等位基因未解决的STGD1患者和一名双等位基因受影响对照，样本量较小	探究STGD1的细胞和分子特征及其基因型-表型相关性	STGD1患者和对照的iPSCs来源的视网膜类器官	遗传性视网膜疾病研究	Stargardt病	iPSC技术、视网膜类器官培养、scRNA-Seq、全基因组测序、长读长RNA测序	视网膜类器官模型	基因测序数据、单细胞RNA测序数据、RNA-seq数据	两名单等位基因未解决的STGD1患者和一名双等位基因受影响对照
144	2025-05-10	Polycystic ovary syndrome and epithelial-mesenchymal transition: Mendelian randomization and single-cell analysis insights 2025-Feb-19, Journal of ovarian research IF:3.8Q1 DOI:10.1186/s13048-025-01617-2 PMID:39972362	研究论文	本研究通过转录组学和单细胞RNA测序结合孟德尔随机化分析，探索了与多囊卵巢综合征(PCOS)中上皮-间质转化(EMT)相关的关键基因及其分子调控机制	首次从转录组学和单细胞RNA测序角度结合孟德尔随机化分析，鉴定出与PCOS风险降低相关的三个EMT相关基因(NUCB2、PGF、CRIM1)，并发现成纤维细胞是PCOS病理中的关键细胞群	研究仅基于公共数据库数据，缺乏实验验证	探索PCOS中EMT相关关键基因及其分子调控机制	多囊卵巢综合征(PCOS)患者样本	生物信息学	多囊卵巢综合征	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、孟德尔随机化(MR)分析	NA	转录组数据	公共数据库中的PCOS样本数据
145	2025-05-10	Comprehensive analysis of long non-coding RNA and mRNA expression patterns during seminiferous tubules maturation in Guanzhong dairy goats 2025-Feb-18, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-025-11320-7 PMID:39966702	research paper	本研究通过测序和分析关中奶山羊生精小管在两个发育阶段（45天未成熟和240天成熟）的lncRNA和mRNA表达模式，揭示了与精子发生相关的关键基因和信号通路	首次在关中奶山羊中鉴定了生精小管发育不同阶段的lncRNA和mRNA表达谱，并构建了lncRNA-mRNA互作网络	研究仅关注了两个发育阶段，未能涵盖更广泛的发育时间点	探究lncRNA和mRNA在奶山羊生精小管成熟过程中的表达模式和功能	关中奶山羊生精小管组织	转录组学	NA	RNA-seq, 单细胞转录组测序	NA	转录组数据	两个发育阶段（45天和240天）的奶山羊生精小管样本
146	2025-05-10	Integration of single-cell and spatial transcriptomics reveals fibroblast subtypes in hepatocellular carcinoma: spatial distribution, differentiation trajectories, and therapeutic potential 2025-Feb-18, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06192-0 PMID:39966876	research paper	该研究通过整合单细胞和空间转录组学，揭示了肝细胞癌中成纤维细胞的亚型、空间分布、分化轨迹及其治疗潜力	首次在肝细胞癌中鉴定出三种成纤维细胞亚群，并揭示其空间分布和分化轨迹，特别是VEGFA+CAFs在肿瘤内部的独特作用	研究主要基于转录组数据，缺乏蛋白质水平的验证	深入理解肝细胞癌肿瘤微环境中癌症相关成纤维细胞的多样性和功能	肝细胞癌患者样本中的癌症相关成纤维细胞	digital pathology	hepatocellular carcinoma	single-cell RNA sequencing, spatial transcriptome analysis	machine learning model	RNA-seq data	182个HCC样本（88个训练集，94个验证集），超过120万个细胞
147	2025-05-10	Integrated analysis reveals that EGR1 promotes epithelial IL33 production in T2 asthma 2025-Feb-18, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06116-y PMID:39966984	研究论文	通过整合生物信息学分析和转录分析，揭示了EGR1在T2型哮喘中促进上皮细胞IL33产生的机制	首次发现EGR1作为上皮细胞源性基因直接调控IL33的产生，为T2型哮喘的发病机制提供了新见解	研究主要基于体外细胞系和小鼠模型，尚未在人类临床样本中验证	探究过敏原暴露触发气道上皮细胞释放IL33的分子机制	BEAS-2B细胞系和HDM诱导的小鼠哮喘模型	生物信息学	哮喘	bulk RNA-seq, scRNA-seq, ChIP-PCR, 双荧光素酶报告基因检测	siRNA敲低和过表达质粒	RNA测序数据	NA
148	2025-05-10	Precise gene expression deconvolution in spatial transcriptomics with STged 2025-Feb-08, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf087 PMID:39970279	研究论文	提出了一种名为STged的新型计算框架，用于从空间转录组学数据中精确解卷积细胞类型特异性基因表达谱	STged通过整合基于图的空间相关性和参考基因特征，超越了传统的细胞类型解卷积方法，能够重建混合点中的细胞类型特异性基因表达谱	NA	解决空间转录组学中细胞类型特异性基因表达模式被掩盖的问题	人类胰腺导管腺癌、人类鳞状细胞癌数据集以及小鼠肾脏组织	数字病理学	胰腺癌、鳞状细胞癌	空间转录组学	非负最小二乘回归框架	基因表达数据	人类和小鼠组织样本
149	2025-05-10	[Chitinase-like protein Ym2 regulates olfactory epithelium homeostasis and olfactory behavior in mice] 2025-Feb-07, Zhonghua er bi yan hou tou jing wai ke za zhi = Chinese journal of otorhinolaryngology head and neck surgery DOI:10.3760/cma.j.cn115330-20240423-00226 PMID:39979086	research paper	研究Ym2蛋白在小鼠嗅觉上皮稳态和嗅觉行为中的作用	首次揭示Ym2在嗅觉上皮稳态和嗅觉行为中的关键作用，并通过单细胞RNA测序和免疫染色等方法验证其表达差异	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类或其他动物模型中验证	探究Ym2蛋白在嗅觉上皮稳态和嗅觉行为中的功能	年轻和老年小鼠的嗅觉上皮细胞	分子生物学	嗅觉功能障碍	单细胞RNA测序、免疫染色、RNAscope原位杂交、埋藏食物颗粒测试	Ym2敲除小鼠模型	RNA测序数据、免疫染色图像、行为测试数据	年轻和老年小鼠的嗅觉上皮组织
150	2025-05-10	SCEMENT: scalable and memory efficient integration of large-scale single-cell RNA-sequencing data 2025-Feb-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf057 PMID:39985442	research paper	提出了一种名为SCEMENT的可扩展且内存高效的大规模单细胞RNA测序数据整合方法	SCEMENT通过扩展线性回归模型至无监督稀疏矩阵设置，实现了对大规模单细胞RNA测序数据的高效整合，显著提升了运行时间和内存使用效率	未提及具体的数据集规模上限或对特定类型数据的适应性限制	开发一种能够高效整合大规模单细胞RNA测序数据的算法	大规模单细胞RNA测序数据集	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	线性回归模型	单细胞RNA测序数据	数十至数百个真实单细胞RNA测序数据集
151	2025-05-10	Single-cell transcriptomic atlas of different endometriosis indicating that an interaction between endometriosis-associated mesothelial cells (EAMCs) and ectopic stromal cells may influence progesterone resistance 2025-Feb, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70216 PMID:39968688	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究不同类型子宫内膜异位症的转录组差异，探讨间皮细胞与异位基质细胞相互作用对孕酮抵抗的影响	首次建立跨类型子宫内膜异位症的单细胞RNA图谱，发现卵巢子宫内膜异位症中存在间皮细胞，并揭示FN1-AKT通路介导的细胞间通讯机制	样本量较小（仅6例患者），未涉及更广泛人群验证	探究不同类型子宫内膜异位症的分子特征差异及孕酮抵抗机制	腹膜型、深部浸润型和卵巢型子宫内膜异位症组织样本	单细胞转录组学	子宫内膜异位症	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	6例患者的手术活检样本
152	2025-05-10	A Review and New Insights Into Spermatogenesis From Single-Cell RNA Sequencing 2025-Feb, Reproduction in domestic animals = Zuchthygiene DOI:10.1111/rda.70019 PMID:39985199	综述	本文综述了精原干细胞（SSCs）的识别进展，并利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）提供了关于SSCs发育轨迹的新见解	利用单细胞RNA测序技术详细分类细胞亚群，挖掘不同细胞类型中特异性表达的基因，并准确识别特定细胞类型	睾丸中存在高度的细胞异质性，缺乏特定的分子标记（尤其是家畜中），这阻碍了对SSCs维持、自我更新和分化机制的进一步研究	探讨精原干细胞的识别及其发育轨迹	精原干细胞（SSCs）及其在精子发生中的作用	生殖生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
153	2025-05-09	Spatial profiling of the interplay between cell type- and vision-dependent transcriptomic programs in the visual cortex 2025-Feb-18, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2421022122 PMID:39946537	research paper	研究探讨了视觉经验对初级视觉皮层L2/3细胞类型空间组织和转录组程序的影响	应用多任务理论揭示了L2/3细胞类型的空间分区与基因表达谱的连续性之间的关系，并描述了视觉剥夺引起的两种独立基因程序	研究仅关注了L2/3细胞类型，未涉及其他皮层细胞类型	探究早期视觉经验对哺乳动物新皮层神经元细胞类型组织和转录组程序的影响	初级视觉皮层(V1)的L2/3细胞类型	神经科学	NA	空间转录组分析、单核RNA测序	NA	转录组数据	未明确提及具体样本数量
154	2025-05-09	Uncovering endothelial to mesenchymal transition drivers in atherosclerosis via multi-omics analysis 2025-Feb-17, BMC cardiovascular disorders IF:2.0Q3 DOI:10.1186/s12872-025-04571-5 PMID:39956907	研究论文	通过多组学数据分析，识别动脉粥样硬化中内皮细胞向间充质细胞转化的驱动因子	整合单细胞RNA测序、批量RNA测序和微阵列数据，识别出七个新的EndMT候选基因	研究依赖于公开数据集，实验验证仅限于qPCR分析	识别动脉粥样硬化中内皮细胞向间充质细胞转化的调控因子	人类斑块中的内皮细胞	生物信息学	心血管疾病	scRNA-seq, bulk RNA-seq, 微阵列, qPCR, western blotting	NA	基因表达数据	公开数据集GSE159677、GSE118446和GSE56309
155	2025-05-09	Age-Associated B Cells in Autoimmune Diseases: Pathogenesis and Clinical Implications 2025-Feb-17, Clinical reviews in allergy & immunology IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s12016-025-09021-w PMID:39960645	review	本文综述了年龄相关B细胞（ABCs）在自身免疫疾病中的发病机制和临床意义	探讨了ABCs在自身免疫疾病中的多种功能及其作为预后、诊断和治疗靶点的潜力	需要进一步研究和验证ABC靶向治疗的有效性	研究ABCs在自身免疫疾病中的作用及其潜在治疗策略	年龄相关B细胞（ABCs）及其在自身免疫疾病中的功能	免疫学	自身免疫疾病	单细胞测序技术	NA	NA	NA
156	2025-05-09	A method for the identification of lactate metabolism-related prognostic biomarkers and its validations in non-small cell lung cancer 2025-Feb-17, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-85620-z PMID:39962075	研究论文	本研究提出了一种识别乳酸代谢相关预后生物标志物的新方法，并在非小细胞肺癌中进行了验证	提出了一种结合Cox弹性网络回归与遗传算法（GA-EnCox）的新方法，用于预测预后并优化关键生物标志物的选择	现有方法构建的预后预测模型多基于单一模型，预后性能有限	研究乳酸代谢相关生物标志物及其对非小细胞肺癌患者预后的影响	非小细胞肺癌（NSCLC）患者	数字病理学	肺癌	scRNA-Seq, bulk RNA-Seq	GA-EnCox	RNA-Seq数据	多个NSCLC队列数据
157	2025-05-09	Cooperative Hedgehog/GLI and JAK/STAT signaling drives immunosuppressive tryptophan/kynurenine metabolism via synergistic induction of IDO1 in skin cancer 2025-Feb-17, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-025-02101-6 PMID:39962447	研究论文	本研究揭示了Hedgehog/GLI和JAK/STAT信号通路通过协同诱导IDO1驱动皮肤癌中免疫抑制性色氨酸/犬尿氨酸代谢的机制	首次发现IDO1作为GLI-STAT协同活性的靶基因，并揭示了其在皮肤癌免疫抑制中的作用	研究主要基于体外和部分临床样本分析，需要更多体内实验验证	探究HH-IL6信号通路是否通过激活免疫逃逸机制促进皮肤癌发展	基底细胞癌(BCC)和黑色素瘤	癌症生物学	皮肤癌	qPCR、Western blot、染色质免疫沉淀、亚硫酸氢盐焦磷酸测序、HPLC-MS、流式细胞术、RNA-seq分析	NA	基因表达数据、蛋白质数据、表观遗传数据、代谢物数据	人类BCC和黑色素瘤模型及患者样本
158	2025-05-09	Identification of pro-fibrotic cellular subpopulations in fascia of gluteal muscle contracture using single-cell RNA sequencing 2025-Feb-17, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05889-y PMID:39962491	研究论文	通过单细胞RNA测序技术识别臀肌挛缩症筋膜中的促纤维化细胞亚群	首次应用单细胞RNA测序技术研究深筋膜纤维化中的细胞异质性，并识别出两种促纤维化的巨噬细胞亚群SPP1 MP和ECM-like MP	研究仅针对臀肌挛缩症相关的纤维化筋膜，未涵盖其他类型的筋膜纤维化疾病	探究深筋膜纤维化的细胞机制及其在臀肌挛缩症等肌筋膜疾病中的作用	臀肌挛缩症患者的纤维化筋膜样本与非纤维化对照筋膜样本	数字病理学	臀肌挛缩症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，但包括臀肌挛缩症患者的纤维化筋膜样本和非纤维化对照样本
159	2025-05-09	Radiogenomic method combining DNA methylation profiles and magnetic resonance imaging radiomics predicts patient prognosis in skull base chordoma 2025-Feb-17, Clinical epigenetics IF:4.8Q1 DOI:10.1186/s13148-025-01836-w PMID:39962547	研究论文	结合DNA甲基化谱和磁共振成像放射组学预测颅底脊索瘤患者预后的放射基因组学方法	首次将DNA甲基化谱与MRI放射组学特征结合，开发了一种非侵入性且方便的预后分类方法	样本量较小，尤其是验证队列中的患者数量有限	开发一种有效的预后分类方法以改善脊索瘤患者的康复和管理	颅底脊索瘤患者	数字病理学	脊索瘤	DNA甲基化分析、MRI放射组学、单细胞RNA测序	NA	DNA甲基化数据、MRI图像	40名患者的脊索瘤组织样本和122名患者的验证队列
160	2025-05-09	Identification and characterization of cell niches in tissue from spatial omics data at single-cell resolution 2025-Feb-16, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57029-9 PMID:39956823	研究论文	提出了一种名为scNiche的计算框架，用于从单细胞分辨率的空间组学数据中识别和表征细胞微环境	开发了scNiche框架，能够有效且稳健地识别细胞微环境，并在性能上优于现有方法	未提及具体局限性	解码组织中细胞微环境的特征、结构和功能	人类三阴性乳腺癌的空间蛋白质组学数据和小鼠肝脏的空间转录组学数据	空间组学	三阴性乳腺癌, 肝衰竭	空间组学数据, 单细胞分辨率	scNiche	空间蛋白质组学数据, 空间转录组学数据	未提及具体样本数量