单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2025-03-06	Anti-inflammatory actions of ripasudil ameliorate experimental autoimmune uveoretinitis in the acute phase 2025-Feb-27, BMJ open ophthalmology IF:2.0Q2 DOI:10.1136/bmjophth-2024-001981 PMID:40021201	研究论文	本研究评估了Rho相关蛋白激酶（ROCK）抑制剂ripasudil在实验性自身免疫性葡萄膜视网膜炎（EAU）急性期对眼部炎症的抑制作用及其机制	首次在EAU模型中从疾病发作开始使用ripasudil，并通过单细胞RNA测序揭示了其对T细胞分化的抑制作用	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类临床试验	评估ripasudil对EAU的抑制作用并阐明其机制	C57BL/6小鼠	生物医学	葡萄膜炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	C57BL/6小鼠
122	2025-03-06	Single-cell transcriptomic reveals network topology changes of cancer at the individual level 2025-Feb-27, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2025.108401 PMID:40037020	研究论文	本研究通过单细胞转录组数据，探讨了在不同病理状态下细胞类型特异性网络的拓扑结构变化	使用单细胞RNA测序数据构建细胞类型特异性网络，分析其在个体水平上的拓扑结构变化，揭示了不同病理状态下的网络特性差异	研究依赖于公开的单细胞RNA测序数据集，可能受限于数据的质量和样本量	探讨细胞类型特异性网络在不同病理状态下的拓扑结构变化	癌症和溃疡性结肠炎患者的单细胞RNA测序数据	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	四个公开的单细胞RNA测序数据集
123	2025-03-06	ETVs dictate hPSC differentiation by tuning biophysical properties 2025-Feb-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56591-6 PMID:40011454	研究论文	本文探讨了ETV转录因子在调控人类多能干细胞（hPSCs）生物物理特性和细胞命运决定中的关键作用	揭示了ETV转录因子通过调控细胞生物物理特性影响细胞命运的新机制，并提出了通过操纵这些特性改进体外细胞和组织工程策略的可能性	研究主要基于体外模型，尚未在体内验证其生理相关性	研究ETV转录因子在调控细胞生物物理特性和细胞命运中的作用	人类多能干细胞（hPSCs）、胃胚体和胰腺分化模型	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序、PI3K/AKT信号通路分析	NA	基因表达数据	NA
124	2025-03-06	Investigating Gene Expression Noise Reduction by MicroRNAs and MiRISC Reinforcement by Self-Feedback Regulation of mRNA Degradation 2025-Feb-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.11.637731 PMID:39990448	研究论文	本文通过数学建模和单细胞RNA测序数据分析，研究了miRNA介导的基因表达噪声减少机制，特别是通过自我反馈调节mRNA降解的miRISC增强作用	首次报告了同时进行的mRNA降解和表达噪声分析，以及通过自我反馈控制mRNA降解的噪声减少	NA	研究miRNA介导的基因表达噪声减少机制	miRNA诱导的沉默复合体（miRISC）及其自我反馈调节机制	系统生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	数学建模	RNA测序数据	NA
125	2025-03-06	Diffusion-based generation of gene regulatory networks from scRNA-seq data with DigNet 2025-Feb-14, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279551.124 PMID:39694856	研究论文	本文提出了一种名为DigNet的离散扩散生成模型，用于从高通量单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据生成基因调控网络（GRN）	DigNet通过多步恢复过程和马尔可夫性质嵌入网络生成过程，确保全局网络结构和调控模块之间的兼容性，并通过iMetacell集成和非欧几里得离散空间建模，对scRNA-seq数据中的噪声和GRN的稀疏性具有鲁棒性	未明确提及具体局限性	从scRNA-seq数据中逆向工程生成细胞特异性基因调控网络（GRN）	基因调控网络（GRN）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据	生物信息学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	离散扩散生成模型（DigNet）	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
126	2025-03-06	Kernel-bounded clustering for spatial transcriptomics enables scalable discovery of complex spatial domains 2025-Feb-14, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.278983.124 PMID:39909714	研究论文	本文提出了一种名为核边界聚类（KBC）的新算法，用于处理空间转录组学数据，以发现复杂的空间域	KBC是首个使用分布核来招募聚类成员的聚类算法，能够发现密度、大小和形状各异的聚类，并且是一种线性时间聚类算法，显著提高了聚类分析的速度	尽管KBC在速度和聚类效果上有所改进，但其在复杂数据特征处理上的表现仍需进一步验证	开发一种新的聚类算法，以更有效地处理大规模空间转录组学数据集	空间转录组学数据	机器学习	NA	Weisfeiler-Lehman方案	核边界聚类（KBC）	空间转录组学数据	NA
127	2025-03-06	B-cell interleukin 1 receptor 1 modulates the female adipose tissue immune microenvironment during aging 2025-Feb-13, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1093/jleuko/qiae219 PMID:39378334	研究论文	本文研究了B细胞白细胞介素1受体1（Il1r1）在女性脂肪组织免疫微环境老化过程中的作用	揭示了IL-1β-B细胞信号在多种细胞类型中支持炎症反应的作用，并提供了对老化vWAT复杂微环境的深入理解	研究中未明确IL-1β是否在老化过程中直接导致AAB相关炎症	探讨IL-1β-B细胞信号在老化脂肪组织炎症中的作用	老化过程中的女性内脏白色脂肪组织（vWAT）	免疫学	老年疾病	单细胞RNA测序	B细胞特异性敲除小鼠（BKO mice）	RNA测序数据	未明确具体样本数量，但涉及BKO小鼠的老化vWAT
128	2025-03-06	Defining the regulatory logic of breast cancer using single-cell epigenetic and transcriptome profiling 2025-Feb-12, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100765 PMID:39914387	研究论文	本文通过单细胞表观遗传和转录组分析，定义了乳腺癌的调控逻辑	首次在乳腺癌中结合单细胞染色质可及性（scATAC-seq）和转录组（scRNA-seq）分析，揭示了癌症特异性调控元件和潜在的沉默子到增强子转换事件	研究样本仅限于乳腺癌和健康乳腺组织，未涉及其他癌症类型	理解乳腺癌细胞中转录失调的顺式调控元件及其在肿瘤生物学中的作用	人类乳腺癌肿瘤和健康乳腺组织	表观遗传学	乳腺癌	scATAC-seq, scRNA-seq	线性混合效应模型	单细胞染色质可及性和转录组数据	人类乳腺癌肿瘤和健康乳腺组织样本
129	2025-03-06	Single-cell delineation of the microbiota-gut-brain axis: Probiotic intervention in Chd8 haploinsufficient mice 2025-Feb-12, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100768 PMID:39914389	研究论文	本文通过构建单细胞转录组图谱，研究了CHD8单倍不足小鼠模型中宿主-肠道微生物群的相互作用，并探讨了益生菌干预对自闭症谱系障碍（ASD）相关社交缺陷的潜在治疗作用	首次在CHD8单倍不足小鼠模型中，通过单细胞转录组分析揭示了益生菌干预对ASD相关社交缺陷的潜在治疗机制	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨宿主-肠道微生物群相互作用及其对自闭症谱系障碍（ASD）的影响	CHD8单倍不足小鼠模型	数字病理学	自闭症谱系障碍	单细胞转录组分析	小鼠模型	单细胞转录组数据	野生型和突变型小鼠在三个发育阶段的脑和肠道组织
130	2025-03-06	STMiner: Gene-centric spatial transcriptomics for deciphering tumor tissues 2025-Feb-12, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100771 PMID:39947134	研究论文	本文介绍了一种名为STMiner的新方法，用于分析肿瘤组织中的空间转录组数据，通过直接表征基因的空间分布来克服传统方法的局限性	STMiner利用2D高斯混合模型和最优传输理论，直接分析基因的空间分布，而非基于细胞捕获位置的分析，从而揭示了传统方法忽略的关键基因集和空间结构	NA	开发一种新的空间转录组数据分析方法，以更准确地揭示肿瘤组织中的基因表达模式和空间结构	肿瘤组织中的空间转录组数据	数字病理学	肿瘤	空间转录组学	2D高斯混合模型	空间转录组数据	NA
131	2025-03-06	Characterization of canine tumor-infiltrating leukocyte transcriptomic signatures reveals conserved expression patterns with human osteosarcoma 2025-Feb-11, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-03950-3 PMID:39932553	研究论文	本研究利用犬骨肉瘤模型的单细胞RNA测序数据，比较了肿瘤浸润免疫细胞与循环白细胞，揭示了肿瘤微环境对免疫细胞转录组特征的影响	首次在犬骨肉瘤模型中系统分析了肿瘤浸润免疫细胞的转录组特征，并与人类骨肉瘤数据进行了比较，揭示了物种间保守的转录组反应	研究依赖于公开的单细胞RNA测序数据，可能受限于数据质量和样本数量	研究犬骨肉瘤肿瘤微环境对免疫细胞转录组特征的影响，并与人类骨肉瘤进行比较	犬骨肉瘤模型中的肿瘤浸润免疫细胞和循环白细胞	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	公开的单细胞RNA测序数据，具体样本数量未明确
132	2025-03-06	Neutrophil-induced pyroptosis promotes survival in patients with hepatoblastoma 2025-Feb-11, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-024-03922-z PMID:39932547	研究论文	本研究探讨了中性粒细胞诱导的焦亡（NIP）与肝母细胞瘤（HB）之间的关系，并构建了一个基于三个基因（ELANE、CASP1和NOD2）的NIP评分，该评分与HB患者的良好预后呈正相关	首次构建了基于中性粒细胞和焦亡相关基因的NIP评分，并揭示了NETs相关中性粒细胞在诱导焦亡和延长生存中的关键作用	样本量较小（38例患者），且仅基于单一医疗中心的数据	探讨中性粒细胞诱导的焦亡与肝母细胞瘤的关系，并评估其对患者预后的影响	肝母细胞瘤患者	数字病理学	肝母细胞瘤	RNA测序、单细胞RNA测序、LASSO回归、KEGG、GO、GSVA、ssGSEA富集分析	NA	RNA测序数据、单细胞RNA测序数据	38例肝母细胞瘤患者
133	2025-03-06	The retinoic acid family-like nuclear receptor SmRAR identified by single-cell transcriptomics of ovarian cells controls oocyte differentiation in Schistosoma mansoni 2025-Feb-08, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae1228 PMID:39676663	研究论文	本文通过单细胞转录组学技术研究了曼氏血吸虫卵巢细胞中的基因表达，特别是与卵母细胞分化相关的基因	首次在曼氏血吸虫中鉴定了视黄酸受体家族转录因子SmRAR，并揭示了其在卵母细胞分化中的关键作用	研究局限于曼氏血吸虫，未涉及其他寄生虫或扁形动物	研究曼氏血吸虫卵巢发育和卵母细胞分化的分子机制	曼氏血吸虫的卵巢细胞和卵母细胞	单细胞转录组学	血吸虫病	单细胞RNA测序（RNA-seq）	NA	RNA测序数据	1967个卵母细胞，表达7872个基因
134	2025-03-06	Somatic mutations distinguish melanocyte subpopulations in human skin 2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.07.637114 PMID:39975212	研究论文	本文通过深度表型分析，研究了人类皮肤中单个黑色素细胞的克隆扩展，揭示了不同突变负担的黑色素细胞亚群的基因表达谱和形态特征	发现了在阳光损伤皮肤中保持低突变负担的黑色素细胞亚群，并揭示了这些细胞的空间分布和迁移模式	样本量相对较小，仅涉及31名捐赠者的297个黑色素细胞	了解黑色素细胞的稳态机制	人类皮肤中的黑色素细胞	数字病理学	NA	单细胞空间转录组学（10X Xenium）	NA	基因表达谱、形态特征	31名捐赠者的297个黑色素细胞
135	2025-03-06	CAF-macrophage crosstalk in tumour microenvironments governs the response to immune checkpoint blockade in gastric cancer peritoneal metastases 2025-Feb-06, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-333617 PMID:39537239	研究论文	本研究通过单细胞测序技术解析了胃癌腹膜转移（GCPM）的肿瘤微环境，揭示了基质-髓系细胞间的相互作用在免疫检查点阻断（ICB）治疗耐药中的关键作用	首次揭示了GCPM中基质-髓系细胞间的相互作用机制，特别是THBS2+基质相关成纤维细胞（mCAFs）通过C3-C3AR1轴促进SPP1+肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的形成，从而介导ICB耐药	研究样本量有限，且仅在体内模型中验证了C3-C3AR1轴的阻断效果，尚未在临床中广泛应用	解析GCPM的肿瘤微环境及其对免疫治疗疗效的影响，寻找克服ICB耐药的潜在治疗靶点	胃癌腹膜转移患者	数字病理	胃癌	单细胞测序	NA	单细胞数据	涉及接受ICB联合化疗的GCPM患者的原发肿瘤、腹膜转移灶和外周血样本
136	2025-03-06	scHNTL: single-cell RNA-seq data clustering augmented by high-order neighbors and triplet loss 2025-Feb-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf044 PMID:39878904	研究论文	本文提出了一种新的单细胞RNA测序数据聚类算法scHNTL，通过高阶邻居和三重损失增强聚类效果	scHNTL算法通过构建辅助相似图、使用图注意力自编码器学习细胞初始嵌入，并通过探索相似图的高阶结构和利用对比学习的三重损失来改进嵌入，从而在保持结构信息的同时分离不相似对，提高了聚类的性能	现有方法通常只关注最小化重构损失和保持直接相关细胞的嵌入相似性，而忽略了不相似性，导致聚类性能受限	改进单细胞RNA测序数据的聚类分析	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	图注意力自编码器	单细胞RNA测序数据	16个真实世界数据集
137	2025-03-06	ELLIPSIS: robust quantification of splicing in scRNA-seq 2025-Feb-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf028 PMID:39936571	研究论文	本文介绍了一种名为ELLIPSIS的工具，用于在单细胞RNA测序中稳健地量化剪接事件	ELLIPSIS工具利用局部观察到的读取覆盖率，结合流动性和细胞类型内相似性特性，能够在单细胞水平上量化剪接事件，包括新型剪接事件	NA	开发一种工具以在单细胞RNA测序中稳健地量化剪接事件，并检测细胞类型之间的差异剪接	单细胞RNA测序数据	生物信息学	胶质母细胞瘤	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	模拟数据和胶质母细胞瘤单细胞RNA测序数据
138	2025-03-06	SCEMENT: scalable and memory efficient integration of large-scale single-cell RNA-sequencing data 2025-Feb-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf057 PMID:39985442	研究论文	本文介绍了一种名为SCEMENT的可扩展且内存高效的大规模单细胞RNA测序数据集成方法	SCEMENT方法通过扩展线性回归模型至无监督稀疏矩阵设置，实现了对大规模单细胞RNA测序数据的高效集成，显著提升了运行时间和内存使用效率	尽管SCEMENT在运行时间和内存使用上表现出色，但其在大规模数据集上的准确性和适用性仍需进一步验证	开发一种能够高效集成大规模单细胞RNA测序数据的算法，以提升对复杂生物系统的理解	大规模单细胞RNA测序数据集	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	线性回归模型	单细胞RNA测序数据	数十至数百个真实单细胞RNA测序数据集
139	2025-03-06	Identification of Wnt-5a Receptors Important in Diabetic and Non-Diabetic Corneal Epithelial Wound Healing 2025-Feb-03, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.2.64 PMID:39998459	研究论文	本研究旨在确定Wnt-5a在糖尿病和非糖尿病角膜上皮伤口愈合中起重要作用的受体	通过单细胞RNA测序和DNA甲基化分析，揭示了Wnt受体ROR2在糖尿病角膜上皮细胞中的关键作用，并发现Frizzled-5可能作为共受体	研究主要基于体外实验，未涉及体内模型的验证	确定Wnt-5a在糖尿病角膜上皮伤口愈合中的受体机制	糖尿病和非糖尿病供体的人角膜缘上皮细胞（LECs）	生物医学	糖尿病角膜疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、DNA甲基化分析、qRT-PCR、Western blot、免疫染色	NA	RNA测序数据、DNA甲基化数据、蛋白质表达数据	糖尿病和非糖尿病供体的人角膜缘上皮细胞
140	2025-03-06	ANKRD22 participates in the proinflammatory activities of macrophages in the colon cancer tumor microenvironment 2025-Feb-01, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-024-03930-z PMID:39891675	研究论文	本文研究了ANKRD22在结肠癌肿瘤微环境中巨噬细胞的促炎活动中的作用	揭示了ANKRD22在调节巨噬细胞功能状态转变中的关键作用，并发现了一种小分子ANKRD22上调剂，可能有助于开发针对TAM重塑的新疗法	ANKRD22在结肠TAMs中的具体作用及其对肿瘤增殖的影响仍需进一步研究	研究ANKRD22在结肠癌肿瘤微环境中巨噬细胞功能状态转变中的作用	结肠癌肿瘤微环境中的巨噬细胞	肿瘤免疫学	结肠癌	单细胞RNA测序、空间转录组学研究、小鼠皮下异种移植实验	NA	RNA测序数据、空间转录组数据	结肠癌患者的巨噬细胞样本