单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-03-11	CHOIR improves significance-based detection of cell types and states from single-cell data 2025-Feb-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.18.576317 PMID:38328105	研究论文	本文介绍了一种名为CHOIR的新方法，用于改进单细胞数据中细胞类型和状态的显著性检测	CHOIR通过随机森林分类器和置换测试在层次聚类树中统计确定哪些簇代表不同的细胞群体，解决了现有聚类工具未进行统计推断测试的问题	NA	提高单细胞数据中细胞类型和状态的检测准确性	单细胞RNA-seq、ATAC-seq、空间转录组和多组学数据集	生物信息学	NA	单细胞RNA-seq、ATAC-seq、空间转录组和多组学技术	随机森林分类器	单细胞数据	100个模拟数据集和4个真实数据集
102	2025-03-11	STEAM: Spatial Transcriptomics Evaluation Algorithm and Metric for clustering performance 2025-Feb-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.17.636505 PMID:40027655	研究论文	本文提出了一种名为STEAM的空间转录组学评估算法和指标，用于评估聚类性能的一致性和可靠性	STEAM通过机器学习分类和预测方法，结合空间邻近性和基因表达模式，提供了一个用户友好的计算框架，用于评估聚类结果的稳健性和可重复性	由于缺乏真实标签，验证聚类一致性和可重复性仍然具有挑战性	开发一个计算评估框架，以严格且无偏见地评估空间转录组学数据的聚类性能	空间转录组学数据	空间生物学	NA	机器学习分类和预测方法	NA	空间转录组学和蛋白质组学数据	多个公共数据集，涵盖多细胞到单细胞分辨率
103	2025-03-11	Joint imputation and deconvolution of gene expression across spatial transcriptomics platforms 2025-Feb-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.17.638195 PMID:40027720	研究论文	本文介绍了一种名为SIID的算法，用于从不同空间转录组学技术的数据中重建潜在的基因表达矩阵	SIID算法通过空间对齐和联合非负因子分解模型，能够准确估算缺失的基因表达并从混合的空间转录组数据中推断细胞类型的基因表达特征	NA	整合不同空间转录组学技术的数据，以克服单个技术的局限性，实现未测量基因的表达估算和低空间分辨率技术的混合表达解卷积	人类乳腺癌和结肠癌组织的10x Xenium-Visium配对数据	数字病理学	乳腺癌, 结肠癌	空间转录组学技术	联合非负因子分解模型	基因表达数据	NA
104	2025-03-11	A single-cell transcriptomic atlas of developing inhibitory neurons reveals expanding and contracting modes of diversification 2025-Feb-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.19.636192 PMID:40027755	研究论文	本文通过单细胞转录组测序技术，构建了一个发育中的抑制性神经元的转录组图谱，揭示了其多样化的扩展和收缩模式	开发了一种计算流程来富集和整合多个数据集中的稀有细胞类型，并构建了包含超过51,000个SST+神经元的Dev-SST-Atlas资源	稀有细胞类型在单细胞RNA测序数据集中代表性不足，可能限制了对其发育轨迹的深入理解	研究大脑皮层中抑制性神经元的多样性如何在发育过程中形成	小鼠和人类胎儿皮层中的SST+抑制性神经元	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	转录组数据	超过51,000个SST+神经元
105	2025-03-11	Robust generation of photoreceptor-dominant retinal organoids from porcine induced pluripotent stem cells 2025-Feb-17, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102425 PMID:40054472	研究论文	本文描述了从猪诱导多能干细胞（piPSC）高效生成以光感受器为主的视网膜类器官（ROs）的方法	通过修改已建立的人多能干细胞（hPSC）-RO分化方案，实现了猪iPSC-ROs的高效生成，并展示了其与hPSC-ROs相似的分子特征	研究中未提及具体的临床应用或长期效果评估	开发一种从猪iPSC生成视网膜类器官的可靠方法，以补充人类异种移植研究的功能和安全性数据	猪诱导多能干细胞（piPSC）及其衍生的视网膜类器官（ROs）	再生医学	视网膜退行性疾病	免疫细胞化学（ICC）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞图像和RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但涉及猪iPSC及其衍生的视网膜类器官
106	2025-03-11	Identification and Pharmacological Targeting of Treatment-Resistant, Stem-like Breast Cancer Cells for Combination Therapy 2025-Feb-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.08.562798 PMID:38798673	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析，识别并药理学靶向治疗耐药、干细胞样乳腺癌细胞，用于联合治疗	利用单细胞RNA测序和CROP-seq实验验证，识别出能够逆转化疗耐药性癌症干细胞样细胞转录状态的药物，并发现阿苯达唑与紫杉醇的联合使用具有显著协同效应	研究样本量较小，仅涉及七名转移性乳腺癌患者	开发基于机制的联合疗法，靶向互补的肿瘤亚群	乳腺癌患者中的癌症干细胞样细胞	癌症研究	乳腺癌	单细胞RNA测序, CROP-seq	NA	RNA测序数据	七名转移性乳腺癌患者
107	2025-03-11	Single-Cell Omics for Transcriptome CHaracterization (SCOTCH): isoform-level characterization of gene expression through long-read single-cell RNA sequencing 2025-Feb-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.29.590597 PMID:38746128	研究论文	本文介绍了一种名为SCOTCH的计算方法套件，用于通过长读长单细胞RNA测序在异构体水平上表征基因表达	SCOTCH方法利用长读长的独特优势，通过动态阈值和读长映射分数的子外显子识别策略，精确对齐读长到已知异构体并发现新异构体，解决了长读长单细胞数据中常见的模糊映射挑战	NA	开发一种新的计算方法来更准确地分析单细胞转录组复杂性	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	长读长单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
108	2025-03-10	Decoding the corneal immune microenvironment in healthy and diabetic mice during corneal wound healing 2025-Feb-27, The ocular surface DOI:10.1016/j.jtos.2025.02.010 PMID:40023495	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，揭示了糖尿病和健康小鼠角膜在稳态和伤口愈合过程中免疫细胞的转录变化	首次建立了健康和糖尿病小鼠角膜伤口愈合过程中免疫细胞的全面单细胞RNA测序转录组图谱	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类样本	探讨糖尿病角膜病变（DK）中免疫微环境的变化及其在病理过程中的作用	糖尿病和健康小鼠的角膜免疫细胞	生物信息学	糖尿病角膜病变	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	糖尿病和健康小鼠的角膜样本
109	2025-03-10	Exploring the Expanded Role of Astrocytes in Primate Brain Evolution via Changes in Gene Expression 2025-Feb-05, Brain, behavior and evolution DOI:10.1159/000544004 PMID:39907990	综述	本文探讨了灵长类大脑进化中星形胶质细胞基因表达和基因调控的变化	通过新的技术如诱导多能干细胞和单细胞RNA测序，动态和复杂地理解星形胶质细胞	主要关注灵长类动物，未涉及其他哺乳动物的星形胶质细胞进化	理解星形胶质细胞在灵长类大脑进化中的作用及其在神经系统疾病中的角色	灵长类动物中的星形胶质细胞	神经科学	阿尔茨海默病, 帕金森病	诱导多能干细胞, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
110	2025-03-09	Single-cell RNA sequencing defines distinct disease subtypes and reveals hypo-responsiveness to interferon in asymptomatic Waldenstrom's Macroglobulinemia 2025-Feb-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56323-w PMID:39929803	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，定义了无症状Waldenstrom's Macroglobulinemia (WM)的不同疾病亚型，并揭示了其对干扰素的低反应性	首次在无症状WM患者中通过单细胞RNA测序揭示了免疫失调和干扰素低反应性，并提出了分子分类和疾病进展标志	样本量相对较小，且仅针对特定类型的骨髓瘤进行研究	探讨WM肿瘤内在和免疫机制，特别是无症状WM的疾病进展机制	30名AWM/WM患者、26名Smoldering Myeloma患者和23名健康捐赠者的骨髓肿瘤和免疫细胞	数字病理学	骨髓瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	294,206个骨髓肿瘤和免疫细胞，来自79名个体
111	2025-03-09	Gene expression patterns of the developing human face at single cell resolution reveal cell type contributions to normal facial variation and disease risk 2025-Feb-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.18.633396 PMID:39868299	研究论文	本文通过单细胞核RNA测序技术，构建了人类颅面发育的综合图谱，揭示了正常面部变异和疾病风险的细胞类型贡献	首次在单细胞分辨率下解析了人类颅面发育的基因表达模式，揭示了主要细胞类型及其亚型的转录动态，并发现了与面部形态和口面裂相关的遗传变异	研究仅涵盖了胚胎期的6个关键时间点，样本量相对较小，可能无法完全代表整个发育过程的复杂性	探索人类颅面发育的细胞和遗传机制，揭示面部形态变异和颅面疾病的发育起源	24个胚胎的颅面组织	发育生物学	颅面疾病	单细胞核RNA测序（snRNA-seq）	NA	RNA测序数据	24个胚胎的颅面组织
112	2025-03-09	Interaction of the endogenous antibody response with activating FcγRs enhance control of Mayaro virus through monocytes 2025-Feb, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1012944 PMID:39993025	研究论文	本文研究了内源性抗体反应与激活型FcγRs的相互作用如何通过单核细胞增强对Mayaro病毒的控制	首次评估了在自然感染过程中FcγRs对保护作用的需求，并揭示了抗体Fc与激活型FcγRs的相互作用在MAYV感染中的保护性反应	研究主要基于小鼠模型，未在人类中进行验证	探讨抗体Fc效应功能在MAYV感染中的保护机制	小鼠和Mayaro病毒	免疫学	病毒感染	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
113	2025-03-08	Identification of potential biomarkers in cardiovascular calcification based on bioinformatics combined with single-cell RNA-seq and multiple machine learning analysis 2025-Feb-28, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111705 PMID:40024421	研究论文	本研究通过生物信息学结合单细胞RNA测序和多种机器学习分析，识别了心血管钙化的潜在生物标志物	结合单细胞RNA测序和机器学习方法，识别了ITGAX和MYD88作为心血管钙化的关键生物标志物，并探索了其与免疫过程的关联	研究主要基于生物信息学分析和实验验证，仍需进一步临床研究验证其诊断和治疗潜力	确定巨噬细胞中钙化标志物相关基因表达的差异，探索心血管钙化的分子机制	巨噬细胞和心血管钙化样本	生物信息学	心血管疾病	单细胞RNA测序、机器学习分析、酶联免疫吸附试验（ELISA）、免疫组化	机器学习	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	数据集GSE104140、GSE235995、GSE159677，以及ApoE-/-小鼠样本
114	2025-03-08	Deep learning-based cell-specific gene regulatory networks inferred from single-cell multiome data 2025-Feb-27, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf138 PMID:40037709	研究论文	本文介绍了一种名为scMultiomeGRN的深度学习框架，用于从单细胞多组学数据中推断细胞特异性基因调控网络	scMultiomeGRN通过独特整合单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据，构建了转录因子网络图结构，并利用模态特定的邻居聚合器和跨模态注意力模块学习转录因子的潜在表示	单细胞测序数据的高丢失率可能影响基因调控网络的推断	开发一种深度学习框架，以从单细胞多组学数据中推断细胞特异性基因调控网络	单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据	机器学习	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序	深度学习框架	单细胞多组学数据	多个基准数据集
115	2025-03-08	Increased ocular plasma cells induce damaging α-synuclein+ microglia in autoimmune uveitis 2025-Feb-25, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.mucimm.2025.02.007 PMID:40015479	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和免疫荧光技术，揭示了自身免疫性葡萄膜炎（AIU）中α-突触核蛋白阳性小胶质细胞的主要损伤作用，并发现眼内浸润的浆细胞通过表达炎症因子促进这些细胞的产生	首次识别出MUC1浆细胞作为主要致病亚型，并揭示了Rab1A小G蛋白在浆细胞生存和炎症反应中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本的研究较少，可能限制了结果的普适性	探索自身免疫性葡萄膜炎中免疫细胞亚群及其对视网膜损伤的贡献，以开发有效治疗方法	实验性自身免疫性葡萄膜炎（EAU）小鼠模型和Vogt-Koyanagi-Harada（VKH）患者的浆细胞	免疫学	自身免疫性葡萄膜炎	单细胞RNA测序，免疫荧光	NA	RNA测序数据，免疫荧光图像	EAU小鼠模型和VKH患者的浆细胞样本
116	2025-03-08	Pluripotency factor Tex10 finetunes Wnt signaling for spermatogenesis and primordial germ cell development 2025-Feb-23, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57165-2 PMID:39988597	研究论文	本文研究了睾丸特异性转录因子Tex10在精子发生和原始生殖细胞发育中的作用	揭示了Tex10通过调控Wnt信号通路在精子发生和原始生殖细胞发育中的新机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨Tex10在精子发生和原始生殖细胞发育中的分子机制	小鼠模型和胚胎干细胞	生殖生物学	男性不育	条件性基因敲除、dTAG-degron技术、RNA测序、单细胞RNA测序、染色质占据研究	NA	基因表达数据、染色质数据	Tex10敲除小鼠模型和dTAG-degron胚胎干细胞
117	2025-03-08	Single-cell transcriptomic analysis reveals distinct plasma cell populations in chronic thromboembolic pulmonary hypertension 2025-Feb-16, Journal of thrombosis and haemostasis : JTH IF:5.5Q1 DOI:10.1016/j.jtha.2025.02.010 PMID:39965671	研究论文	本文通过单细胞转录组分析揭示了慢性血栓栓塞性肺动脉高压（CTEPH）中浆细胞的不同群体	新发现了AHNAK和IGLC3浆细胞亚群，并揭示了它们在CTEPH中的独特分化和功能特征	样本量相对较小，仅包括5名CTEPH患者和6名正常肺动脉样本	识别CTEPH中浆细胞的表型和分化模式的变化	CTEPH患者的肺动脉内膜切除术组织和正常肺动脉组织	单细胞转录组学	肺动脉高压	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	5名CTEPH患者和6名正常肺动脉样本，以及273名CTEPH患者、259名IPAH患者和251名健康对照的血清免疫球蛋白数据
118	2025-03-08	The impact of ambient contamination on demultiplexing methods for single-nucleus multiome experiments 2025-Feb-10, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5977005/v1 PMID:39989953	研究论文	本文研究了环境污染物对单核多组学实验中解复用方法的影响，并开发了一种新的模拟器ambisim来评估这些方法	开发了ambisim模拟器，能够灵活控制环境分子比例并生成现实的联合snRNA/snATAC数据，用于评估解复用方法	研究主要基于模拟数据，实际应用中的效果可能需要进一步验证	评估环境污染物对单核多组学实验中解复用方法的影响，并提高解复用算法的灵敏度和特异性	单核多组学实验中的解复用方法	生物信息学	NA	单核多组学测序	NA	测序数据	两个联合snRNA/snATAC数据集
119	2025-03-08	Single-Cell Transcriptomics Identifies Selective Lineage-Specific Regulation of Genes in Aortic Smooth Muscle Cells in Mice 2025-Feb, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.124.321482 PMID:39744838	研究论文	本研究通过单细胞转录组学技术，识别了小鼠主动脉平滑肌细胞中特定谱系基因的选择性调控	首次揭示了在正常近端胸主动脉中，心脏神经嵴（CNC）和第二心区（SHF）来源的平滑肌细胞之间存在有限的但独特的转录组差异	研究仅限于小鼠模型，未在人类或其他动物模型中验证	探索近端胸主动脉平滑肌细胞中不同谱系来源的细胞在转录组水平上的差异	14周龄的SHF追踪（Mef2c-Cre+/0-Yfp+/0）和CNC追踪（Wnt1-Cre+/0-Yfp+/0）雄性小鼠的主动脉根部和升主动脉细胞	单细胞转录组学	胸主动脉疾病	单细胞RNA测序、单核转座酶可及染色质测序、RNA原位杂交	NA	单细胞RNA测序数据、染色质可及性数据	14周龄的SHF追踪和CNC追踪雄性小鼠的主动脉细胞
120	2025-03-08	Specialized pericyte subtypes in the pulmonary capillaries 2025-Feb, The EMBO journal DOI:10.1038/s44318-024-00349-1 PMID:39806101	研究论文	本文通过生物信息学分析和RNAscope技术，鉴定了Higd1b作为周细胞的独特基因标记，并生成了Higd1b-CreERT2敲入小鼠系，揭示了肺部和心脏中周细胞的两种亚型及其在缺氧条件下的功能差异	首次鉴定出Higd1b作为周细胞的独特基因标记，并揭示了两种不同的Higd1b+周细胞亚型及其在缺氧条件下的功能差异	研究主要依赖于小鼠模型，人类样本的研究相对较少	研究周细胞在肺部和心脏中的生物学特性及其在缺氧诱导的肺动脉高压中的作用	小鼠和人类肺部的周细胞	生物信息学	肺动脉高压	生物信息学分析, RNAscope, 单细胞RNA测序	Higd1b-CreERT2敲入小鼠	基因表达数据	小鼠和人类肺部的周细胞样本