单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-03-13	A novel signature predicts prognosis in pancreatic cancer based on tumor membrane-associated genes 2025-Feb-28, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2025.e42791 PMID:40066030	研究论文	本研究基于肿瘤膜相关基因构建了一个新的签名模型MaGPS，用于预测胰腺癌患者的预后，并探索了潜在的治疗靶点	通过整合单细胞RNA测序、空间转录组学和蛋白质表达数据，首次构建了基于肿瘤膜相关基因的预后预测模型MaGPS，并揭示了其与药物敏感性的关联	研究依赖于外部数据集进行验证，可能受到数据质量和样本异质性的限制	开发一个基于肿瘤膜相关基因的预后预测模型，以改善胰腺癌患者的治疗策略	胰腺癌患者	数字病理学	胰腺癌	scRNA-seq, 空间转录组学, 蛋白质表达分析	LASSO, Cox回归	RNA-seq, 蛋白质表达数据	来自TCGA、ICGC和GEO数据库的患者队列
82	2025-03-13	CellSP: Module discovery and visualization for subcellular spatial transcriptomics data 2025-Feb-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.12.632553 PMID:39868198	研究论文	本文介绍了CellSP，一个用于识别、可视化和表征mRNA亚细胞空间模式的计算框架	提出了'基因-细胞模块'的概念，用于识别在许多细胞中具有非随机亚细胞转录分布的基因集，并提供了直观的可视化方法	未提及具体的技术限制或数据限制	开发工具以识别和解释亚细胞转录分布的功能相关空间模式	小鼠大脑中的髓鞘形成、轴突生成和突触形成，以及肾癌和健康样本中的免疫反应相关模块	空间转录组学	阿尔茨海默病、肾癌	空间转录组学	NA	mRNA分布数据	涉及多种组织和技术的小鼠大脑和肾癌样本
83	2025-03-13	A comparative study of statistical methods for identifying differentially expressed genes in spatial transcriptomics 2025-Feb-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.17.638726 PMID:40027680	研究论文	本文提出了一种在广义估计方程（GEEs）框架下的广义得分检验（GST），用于空间转录组学（ST）数据中的差异基因表达分析，并与现有方法进行了全面比较	提出了广义得分检验（GST），该方法能够有效结合空间相关性，相较于非参数方法（如Wilcoxon秩和检验），在控制I型错误率和提高准确性方面表现更优	尽管GST在模拟和实际数据中表现出色，但其在更广泛的数据集和应用场景中的表现仍需进一步验证	研究目的是开发一种更稳健的统计方法，用于空间转录组学数据中的差异基因表达分析	空间转录组学数据，特别是乳腺癌和前列腺癌的数据	生物信息学	乳腺癌, 前列腺癌	空间转录组学（ST）	广义估计方程（GEEs）, 广义得分检验（GST）	基因表达数据	NA
84	2025-03-13	The tree labeling polytope: a unified approach to ancestral reconstruction problems 2025-Feb-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.14.638328 PMID:40027631	研究论文	本文提出了一种基于树标记多面体的新方法，用于解决系统发育树中的祖先状态重建问题	引入了树标记多面体这一几何对象，其顶点表示树的可行祖先标记，从而提供了一种多项式时间的线性规划算法	虽然新方法在模拟和真实数据集上表现优异，但其在大规模数据集上的计算效率仍需进一步验证	解决系统发育树中的祖先状态重建问题，特别是在现代应用中引入的额外全局约束	系统发育树中的祖先状态	计算生物学	肺癌	线性规划、混合整数规划	树标记多面体	系统发育树数据	数千个叶节点的大树，包括小鼠转移性肺腺癌模型的数据
85	2025-03-13	Adulthood outcomes of thymic transplantation in a case of congenital athymia due to FOXN1 mutation 2025-Feb-14, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2025.02.006 PMID:39956280	研究论文	本文报告了一例因FOXN1突变导致的先天性无胸腺症患者在接受胸腺移植后的长期临床和免疫学结果	首次详细描述了成年后接受胸腺移植的先天性无胸腺症患者的长期免疫重建情况，揭示了异体胸腺移植后T细胞的独特生物学特性	仅报告了一例患者的长期随访结果，样本量有限，难以推广到更广泛的患者群体	探讨先天性无胸腺症患者接受胸腺移植后的长期免疫重建效果	一例因FOXN1突变导致的先天性无胸腺症患者	免疫学	先天性无胸腺症	高维光谱流式细胞术、单细胞RNA测序、T细胞受体测序、细胞表面蛋白测序	NA	临床数据、免疫学数据、基因测序数据	1例患者
86	2025-03-13	A Reproducibility Focused Meta-Analysis Method for Single-Cell Transcriptomic Case-Control Studies Uncovers Robust Differentially Expressed Genes 2025-Feb-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.15.618577 PMID:39463993	meta-analysis	本文评估了阿尔茨海默病（AD）、帕金森病（PD）、精神分裂症（SCZ）和COVID-19的单细胞RNA测序研究中差异表达基因（DEGs）的可重复性，并开发了一种基于数据集间相对差异表达排名可重复性的非参数元分析方法SumRank	开发了一种新的非参数元分析方法SumRank，提高了差异表达基因的预测能力，并通过多种指标验证了其特异性与敏感性优于现有方法	研究结果依赖于已发表数据集的可用性和质量，且部分疾病（如AD和SCZ）的预测能力仍较低	评估单细胞转录组病例对照研究中差异表达基因的可重复性，并开发一种改进的元分析方法	阿尔茨海默病、帕金森病、精神分裂症和COVID-19的单细胞RNA测序数据	生物信息学	阿尔茨海默病, 帕金森病, 精神分裂症, COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	SumRank（非参数元分析方法）	单细胞RNA测序数据	多个已发表数据集（具体样本量未明确说明）
87	2025-03-12	A single cell atlas of the mouse seminal vesicle 2025-Feb-28, G3 (Bethesda, Md.) DOI:10.1093/g3journal/jkaf045 PMID:40036847	研究论文	本文报道了首个小鼠精囊的单细胞RNA-seq图谱，揭示了精囊分泌细胞的转录组特征及其在精液生成中的作用	首次构建了小鼠精囊的单细胞RNA-seq图谱，揭示了精囊分泌细胞的转录组特征及其在精液生成中的作用	研究仅基于小鼠模型，未涉及人类或其他哺乳动物的精囊	研究精囊的细胞组成及其在精液生成中的作用	小鼠精囊	单细胞组学	NA	单细胞RNA-seq	NA	单细胞转录组数据	23只不同年龄和饮食条件的小鼠
88	2025-03-12	Estimating the cis -heritability of gene expression using single cell expression profiles controls false positive rate of eGene detection 2025-Feb-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.24.639892 PMID:40060452	研究论文	本文介绍了一种名为scGeneHE的新方法，用于从单细胞RNA测序数据中估计基因表达的遗传性	提出了scGeneHE方法，解决了从原生单细胞RNA测序数据中估计基因表达遗传性的分析挑战	NA	量化特定细胞类型中基因表达的遗传性，阐明疾病变异和基因的细胞类型特异性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	免疫介导疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	泊松混合效应模型	单细胞RNA测序数据	969个个体，11种免疫细胞类型，822,552个细胞
89	2025-03-12	stAI: a deep learning-based model for missing gene imputation and cell-type annotation of spatial transcriptomics 2025-Feb-27, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf158 PMID:40057378	研究论文	本文介绍了一种基于深度学习的模型stAI，用于解决单细胞空间转录组学数据中的基因缺失插补和细胞类型注释问题	stAI模型通过联合嵌入scST和参考scRNA-seq数据，利用两个独立的编码器-解码器模块，在潜在空间中以监督方式进行插补和注释，显著提高了未测量基因（尤其是标记基因）的预测准确性和细胞类型注释的精确度	尽管stAI在多个数据集上表现出色，但其性能可能受到参考scRNA-seq数据质量和数量的限制	解决单细胞空间转录组学数据中的基因缺失插补和细胞类型注释问题	单细胞空间转录组学数据	数字病理学	NA	空间转录组学技术	深度学习模型	RNA转录水平数据	多个平台生成的数据集，涉及不同数量的测量基因
90	2025-03-12	High expression of stearoyl-coenzyme A desaturase in colorectal cancer oncogenic functions and its potential as a therapeutic target 2025-Feb-27, World journal of gastrointestinal surgery IF:1.8Q2 DOI:10.4240/wjgs.v17.i2.100237 PMID:40061980	研究论文	本文探讨了硬脂酰辅酶A去饱和酶（SCD）在结直肠癌（CRC）中的临床和病理意义，并评估了氯化硝基喹啉（NC）与SCD的靶向亲和力	首次整合多中心高通量数据，结合单细胞测序和分子对接技术，明确了SCD在CRC中的致癌功能及其作为治疗靶点的潜力	研究主要基于体外实验和数据分析，缺乏体内实验验证	探索SCD在CRC中的临床和病理意义，并评估NC与SCD的靶向亲和力	结直肠癌组织和细胞	癌症研究	结直肠癌	高通量数据分析、免疫组化染色、CRISPR敲除筛选、单细胞测序、分子对接	NA	mRNA表达数据、蛋白质表达数据、单细胞测序数据	2482个CRC样本和1334个非癌性结直肠组织对照
91	2025-03-12	Cross-species imputation and comparison of single-cell transcriptomic profiles 2025-Feb-26, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03493-x PMID:40012008	研究论文	本文开发了一个名为Icebear的神经网络框架，用于跨物种预测和比较单细胞转录组图谱	Icebear框架首次实现了跨物种单细胞基因表达谱的准确预测，并揭示了哺乳动物X染色体上调的进化和多样化适应	单细胞图谱在某些生物学背景下难以获取，限制了假设生成的范围	理解进化过程中的调控变化，并将从模型生物中学到的知识转移到人类	单细胞RNA测序（scRNA-seq）图谱	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	神经网络	单细胞基因表达数据	NA
92	2025-03-12	A humanized mouse model system mimics prenatal Zika infection and reveals premature differentiation of neural stem cells 2025-Feb-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.21.639556 PMID:40060457	研究论文	本文开发了一种人源化小鼠模型系统，模拟了产前寨卡病毒感染，并揭示了神经干细胞的过早分化	开发了一种人源化、免疫活性小鼠模型系统，能够模拟从轻度到重度的产前寨卡病毒感染，并通过单细胞RNA测序揭示了寨卡病毒感染对大脑皮层转录组的影响	模型系统虽然模拟了人类表型谱，但仍需进一步验证其在临床转化中的可靠性	开发一种可靠的、临床可转化的实验系统，模拟人类产前寨卡病毒感染的情况	人源化小鼠模型	生物医学	寨卡病毒感染	单细胞RNA测序	人源化小鼠模型	RNA测序数据	未明确提及样本数量
93	2025-03-12	PLXNB1 and other signaling drives a pathologic astrocyte state contributing to cognitive decline in Alzheimer's Disease 2025-Feb-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.24.639868 PMID:40060644	研究论文	本文通过单核转录组数据分析，揭示了阿尔茨海默病中一种特定星形胶质细胞亚群Ast10在认知衰退中的关键作用及其信号驱动机制	首次通过大规模单核转录组数据分析，识别出Ast10星形胶质细胞亚群在阿尔茨海默病和衰老相关认知衰退中的关键作用，并揭示了其信号驱动机制	研究主要依赖于转录组数据，未涉及蛋白质水平的功能验证，且样本来源主要为已故个体，可能无法完全反映活体中的动态变化	探讨阿尔茨海默病中星形胶质细胞亚群Ast10在认知衰退中的作用及其信号驱动机制	869个不同来源的脑组织样本，包括阿尔茨海默病患者和健康对照	生物信息学	阿尔茨海默病	单核转录组测序（snRNAseq），空间转录组学	NA	转录组数据	869个脑组织样本
94	2025-03-12	Molecular differences between young and mature stria vascularis from organotypic explants and transcriptomics 2025-Feb-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.111832 PMID:40028281	研究论文	本文通过开发新生和成熟小鼠的全组织外植模型，研究了耳蜗血管纹（SV）的分子差异及其在听力损失中的作用	开发了新生和成熟小鼠的全组织外植模型，并首次通过单细胞RNA测序揭示了SV增殖和维持的关键基因和通路	研究主要基于小鼠模型，可能无法完全反映人类SV的生物学特性	研究耳蜗血管纹（SV）的分子差异及其在听力损失中的作用	新生和成熟小鼠的耳蜗血管纹（SV）及其周围组织	分子生物学	听力损失	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	新生和成熟小鼠的耳蜗血管纹（SV）及其周围组织
95	2025-03-12	Single Cell Spatial Transcriptomics of the Murine Embryonic Palate Links Pax9 to Patterning and Organization of Extracellular Matrix Components 2025-Feb-19, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5969552/v1 PMID:40034445	研究论文	本文通过单细胞空间转录组学研究，探索了小鼠胚胎腭裂模型中信号微环境的基因组基础	首次在腭裂模型中设计和实施了单细胞空间RNA测序研究，并使用了Visium HD平台进行2×2 μm空间基因表达数据的分析	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探索腭裂形成的基因组基础，为开发有效的人类腭裂治疗方法提供分子靶点	小鼠胚胎腭裂模型	基因组学	腭裂	单细胞空间RNA测序，Visium HD，Xenium In Situ mRNA空间分析，RNAscope多重检测	NA	空间基因表达数据	多个发育时间点的小鼠胚胎腭裂模型
96	2025-03-12	A Nerve-Fibroblast Axis in Mammalian Lung Fibrosis 2025-Feb-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.09.611003 PMID:39314391	研究论文	本文揭示了哺乳动物肺纤维化中神经-成纤维细胞轴的存在及其在纤维化过程中的作用	发现了α1-肾上腺素受体表达的肌成纤维细胞在纤维化肺中接收交感神经来源的去甲肾上腺素输入，并定义了一个由异常模式化的交感神经和α1-肾上腺素受体亚型D表达的肌成纤维细胞组成的纤维化单位	NA	研究肺纤维化的机制，特别是肌成纤维细胞在纤维化过程中的作用	小鼠和人类纤维化肺组织	生物医学	肺纤维化	光学清除、全肺成像、细胞特异性基因删除、药理学干预、交感神经共培养、精确切割肺切片、支气管肺泡灌洗液分析、单细胞RNA测序	NA	图像、RNA测序数据、组织样本	来自不同形式肺纤维化患者的肺成纤维细胞
97	2025-03-12	Joint analysis of single-cell RNA sequencing and bulk transcriptome reveals the heterogeneity of the urea cycle of astrocytes in glioblastoma 2025-Feb-10, Neurobiology of disease IF:5.1Q1 DOI:10.1016/j.nbd.2025.106835 PMID:39938577	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量转录组数据，揭示了胶质母细胞瘤中星形胶质细胞尿素循环的异质性，并建立了一个预后模型	首次结合单细胞RNA测序和批量转录组数据，揭示了胶质母细胞瘤中星形胶质细胞尿素循环的异质性，并建立了一个新的预后模型	样本量较小，仅使用了3对胶质母细胞瘤患者的样本进行单细胞RNA测序分析	研究胶质母细胞瘤中星形胶质细胞尿素循环的异质性，并建立一个预后模型	胶质母细胞瘤患者样本	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk RNA-seq）	Cox回归模型，LASSO分析	RNA测序数据，临床数据，SNV突变数据	3对胶质母细胞瘤患者的样本用于单细胞RNA测序分析，数据还来源于TCGA、CGGA和GEO数据库
98	2025-03-05	Shiba: a versatile computational method for systematic identification of differential RNA splicing across platforms 2025-Feb-08, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf098 PMID:39997221	研究论文	本文介绍了一种名为Shiba的计算方法，用于系统识别不同RNA测序平台上的差异RNA剪接	Shiba方法在捕获注释和未注释的剪接事件方面具有卓越的准确性、敏感性和可重复性，解决了连接读取不平衡的问题，显著减少了假阳性	尽管Shiba在样本大小上具有灵活性，但其在单细胞RNA测序中的应用仍需进一步验证	开发一种能够跨平台系统识别差异RNA剪接的计算方法	RNA剪接事件	生物信息学	NA	RNA-seq	NA	RNA测序数据	模拟数据和真实n=1 RNA-seq数据集
99	2025-03-12	Single-cell RNA sequencing reveals intrahepatic signature related to pathobiology of duck hepatitis A virus type 3 (DHAV-3) infection 2025-Feb, Poultry science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.psj.2025.104798 PMID:39799860	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，揭示了鸭甲型肝炎病毒3型（DHAV-3）感染期间鸭肝脏的分子特征，特别是与病毒病理生物学相关的特征	首次应用单细胞RNA测序技术全面分析DHAV-3感染期间鸭肝脏的转录组，揭示了易感鸭和抗性鸭在病毒感染过程中的分子差异，特别是干扰素途径的激活和宿主因子PLAC8的作用	研究样本量相对较小，仅包括14只鸭的肝脏样本，且未涉及其他组织或器官的分子特征	研究DHAV-3感染期间鸭肝脏的分子特征，特别是与病毒病理生物学相关的特征	鸭甲型肝炎病毒3型（DHAV-3）感染的鸭肝脏	生物信息学	病毒性肝炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	14只鸭的肝脏样本，包括易感鸭、抗性鸭和健康对照
100	2025-03-11	Unique Cell Type-Specific Signaling Patterns Define Cholesteatoma 2025-Feb-24, Otology & neurotology : official publication of the American Otological Society, American Neurotology Society [and] European Academy of Otology and Neurotology IF:1.9Q2 DOI:10.1097/MAO.0000000000004455 PMID:40062383	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术识别了胆脂瘤中的细胞类型和信号通路，并与正常鼓膜进行比较	利用单细胞RNA测序技术揭示了胆脂瘤中独特的细胞类型特异性信号模式，为药物治疗提供了潜在靶点	研究主要基于计算机模拟的细胞研究，缺乏临床试验验证	识别驱动胆脂瘤的细胞类型和信号通路，以改善该疾病的治疗策略	人类胆脂瘤标本和正常鼓膜	数字病理	胆脂瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	CellChat算法	RNA测序数据	人类胆脂瘤标本和已发表的正常鼓膜单细胞RNA测序数据