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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2025-10-06 |
Characteristics of a CCL21 Gene-Modified Dendritic Cell Vaccine Utilized for a Clinical Trial in Non-Small Cell Lung Cancer
2025-Feb-04, Molecular cancer therapeutics
IF:5.3Q1
DOI:10.1158/1535-7163.MCT-24-0435
PMID:39559833
|
研究论文 | 本研究对CCL21基因修饰的树突状细胞疫苗进行了全面表征,并探讨了制造过程中多种因素对疫苗特性的影响 | 首次在非小细胞肺癌临床试验中采用CCL21基因修饰的树突状细胞疫苗,并通过单细胞RNA测序揭示了疫苗细胞的异质性特征 | 研究样本量有限,仅为I期临床试验结果,且使用健康供者血液可能影响疫苗特性的准确性 | 开发能够克服免疫治疗耐药性的新型树突状细胞疫苗 | 非小细胞肺癌患者 | 免疫治疗 | 肺癌 | 单细胞RNA测序,腺病毒载体转导 | NA | 基因表达数据 | I期临床试验样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 82 | 2025-10-06 |
Identification of Nfel1a and Nfel3 as novel regulators for zebrafish thrombopoiesis
2025-02, Blood cells, molecules & diseases
DOI:10.1016/j.bcmd.2024.102897
PMID:39413675
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序发现斑马鱼血栓细胞与哺乳动物巨核细胞在基因表达上的相似性,并鉴定出Nfe2l1a和Nfe2l3作为调控血栓形成的新转录因子 | 首次在斑马鱼中鉴定出Nfe2l1a和Nfe2l3作为血栓形成的新型正调控转录因子 | 研究仅针对斑马鱼模型,未在哺乳动物中验证相关机制 | 探究Nfe2相关因子在斑马鱼血栓形成过程中的调控作用 | 斑马鱼血栓细胞 | 发育生物学 | 血液疾病 | 单细胞测序,基因敲低 | 斑马鱼模型 | 基因表达数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 83 | 2025-10-06 |
Chronic alcohol consumption enhances the differentiation capacity of hematopoietic stem and progenitor cells into osteoclast precursors
2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.05.636743
PMID:39975302
|
研究论文 | 本研究通过食蟹猴模型揭示慢性酒精摄入增强造血干细胞和祖细胞向破骨细胞前体分化的能力 | 首次在灵长类动物模型中证实慢性酒精摄入通过改变造血干细胞和祖细胞的转录组和表观基因组,增强其向破骨细胞前体分化的能力 | 研究仅使用食蟹猴模型,尚未在人类中验证;样本规模有限 | 探究慢性酒精摄入如何影响造血干细胞和祖细胞向破骨细胞的分化能力 | 食蟹猴的造血干细胞和祖细胞及其分化的破骨细胞前体 | 单细胞组学 | 骨质疏松症 | 单细胞RNA测序,光谱流式细胞术,TRAP染色 | NA | 单细胞转录组数据,流式细胞数据 | 食蟹猴模型(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 84 | 2025-10-06 |
Retinoic acid antagonizes estrogen signaling to maintain adult uterine cell fate
2025-Feb-04, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2416089122
PMID:39874292
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研究论文 | 本研究揭示了视黄酸通过拮抗雌激素信号维持成年小鼠子宫上皮细胞命运的重要机制 | 首次发现视黄酸与雌激素信号通路在维持成年子宫上皮细胞命运中的拮抗平衡机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类子宫中的类似机制需要进一步验证 | 探究成年子宫上皮细胞命运维持的分子机制 | 小鼠子宫上皮细胞 | 发育生物学 | 生殖系统疾病 | 单细胞RNA测序,基因敲除模型 | 遗传学小鼠模型 | 基因表达数据,组织学图像 | 三种相关基因敲除小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 85 | 2025-10-06 |
Transcriptional regulatory network analysis identifies GRN as a key regulator bridging chemotherapy and immunotherapy response in small cell lung cancer
2025-Feb-05, Journal of hematology & oncology
IF:29.5Q1
DOI:10.1186/s13045-025-01667-5
PMID:39910394
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研究论文 | 本研究通过构建小细胞肺癌的转录调控网络,发现GRN是连接化疗和免疫治疗反应的关键调控因子 | 首次识别GRN作为小细胞肺癌化疗和免疫治疗反应的关键枢纽基因,揭示了其在治疗耐药中的桥梁作用 | 研究机制仍需进一步实验验证,临床样本量有限 | 探索小细胞肺癌对化疗和免疫治疗耐药的分子机制 | 小细胞肺癌细胞和患者样本 | 生物信息学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序,转录调控网络分析 | 网络分析 | 基因组数据,单细胞RNA测序数据 | 未明确具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 86 | 2025-10-06 |
TAp63γ is the primary isoform of TP63 for tumor suppression but not development
2025-Feb-06, Cell death discovery
IF:6.1Q1
DOI:10.1038/s41420-025-02326-x
PMID:39915463
|
研究论文 | 本研究通过基因编辑小鼠模型揭示TP63γ亚型在肿瘤抑制中的关键作用 | 首次证明TP63γ而非TAp63α是TP63介导肿瘤抑制的主要亚型,并阐明其通过调节炎症反应和脂质代谢发挥功能 | 研究仅基于小鼠模型,人类中的功能需要进一步验证 | 探究p63γ亚型的生物学功能及其在肿瘤抑制中的作用机制 | p63γ基因敲除小鼠模型 | 分子生物学 | 肿瘤 | CRISPR-cas9基因编辑, 单细胞RNA测序 | 基因敲除动物模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 87 | 2025-10-06 |
Transcript-specific enrichment enables profiling of rare cell states via single-cell RNA sequencing
2025-Feb, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-024-02036-7
PMID:39779958
|
研究论文 | 开发了一种名为PERFF-seq的可扩展单细胞RNA测序方法,能够通过特定RNA转录本丰度分析稀有细胞亚群 | 提出了基于RNA流式细胞术的程序化分选方法,克服了传统基于细胞表面蛋白标记分选的局限性 | NA | 开发能够分析稀有细胞状态的新型单细胞RNA测序技术 | 免疫细胞群体和脑组织细胞 | 单细胞基因组学 | NA | 单细胞RNA测序,RNA流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 184,126个细胞(免疫群体)和33,145个细胞核(脑组织) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 88 | 2025-10-06 |
Development of Monoclonal Antibodies for Identifying Plant-Parasitic Nematodes
2025-Feb, Journal of nematology
IF:1.4Q2
DOI:10.2478/jofnem-2025-0024
PMID:40687771
|
研究论文 | 本研究开发了用于植物寄生线虫鉴定的单克隆抗体技术 | 首次利用单细胞RNA测序技术从免疫小鼠的成熟B细胞中生成数万种单克隆抗体的核苷酸序列信息用于鉴定目的 | 目前仅通过体外合成两种单克隆抗体进行了概念验证,尚未大规模应用 | 开发更精确的植物寄生线虫鉴定方法以区分致病性或毒力变异 | 植物寄生线虫及其抗原分子 | 生物技术 | 植物寄生虫病 | 单细胞RNA-seq, ELISA | NA | RNA序列数据, 免疫测定数据 | 免疫小鼠的成熟B细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 89 | 2025-10-06 |
Batch correcting single-cell spatial transcriptomics count data with Crescendo improves visualization and detection of spatial gene patterns
2025-Feb-25, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03479-9
PMID:40001084
|
研究论文 | 提出Crescendo算法用于校正单细胞空间转录组数据中的批次效应,改善基因空间模式的可视化和检测 | 开发了专门针对空间转录组数据的批次效应校正算法,能够在基因表达水平进行校正,支持跨样本和跨技术的信息整合 | NA | 解决空间转录组数据中的批次效应问题,提高基因空间模式分析的准确性 | 单细胞空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | Crescendo算法 | 基因表达计数数据 | 三个数据集,包含17万至700万个单细胞 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 90 | 2025-10-06 |
NKG2D blockade impairs tissue-resident memory T cell accumulation and reduces chronic lung allograft dysfunction
2025-Feb-24, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.184048
PMID:39989456
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序发现NKG2D阻断可抑制组织驻留记忆T细胞积累并减轻慢性肺移植功能障碍 | 首次揭示CLAD中细胞毒性CD8+ TRM通过NKG2D介导的克隆扩增机制及其在慢性排斥中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人体临床试验中验证NKG2D阻断的治疗效果 | 探索慢性肺移植功能障碍的发病机制并寻找潜在治疗靶点 | 肺移植患者的CLAD肺组织、肺引流淋巴结及小鼠原位肺移植模型 | 单细胞生物学 | 肺移植相关疾病 | 单细胞RNA测序, TCR测序 | NA | 单细胞转录组数据, TCR序列数据 | CLAD肺组织、肺引流淋巴结及对照组组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 91 | 2025-10-06 |
Defining the regulatory logic of breast cancer using single-cell epigenetic and transcriptome profiling
2025-Feb-12, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2025.100765
PMID:39914387
|
研究论文 | 通过单细胞表观遗传和转录组分析揭示乳腺癌的调控逻辑 | 首次在人类乳腺癌组织中实现匹配的单细胞染色质可及性与转录组分析,识别亚型特异性肿瘤的细胞起源并发现致癌基因上调的调控机制 | 样本量有限,仅包含手术切除后立即处理的乳腺组织 | 解析乳腺癌细胞中导致转录失调的顺式调控元件 | 人类乳腺肿瘤组织、健康乳腺组织和乳腺癌细胞系 | 单细胞多组学 | 乳腺癌 | scATAC-seq, scRNA-seq, 线性混合效应模型 | 线性混合效应模型 | 单细胞表观遗传数据, 单细胞转录组数据 | 未明确样本数量的人类乳腺肿瘤和健康组织 | NA | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 92 | 2025-10-06 |
Gene trajectory inference for single-cell data by optimal transport metrics
2025-Feb, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-024-02186-3
PMID:38580861
|
研究论文 | 提出了一种名为GeneTrajectory的新方法,通过最优传输度量从单细胞数据中推断基因轨迹而非细胞轨迹 | 首次将最优传输距离应用于基因分布间的计算,直接从细胞-细胞图中提取基因程序并定义基因伪时序顺序 | 未明确说明方法对技术噪声和并发基因过程的处理效果的具体量化评估 | 开发能够准确推断单细胞数据中基因时序动态的新计算方法 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达模式 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 最优传输模型 | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 93 | 2025-10-06 |
Myelin-reactive CD8+ T cells influence conventional dendritic cell subsets towards a mature and regulatory phenotype in experimental autoimmune encephalomyelitis
2025-Feb-28, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-025-03377-8
PMID:40022134
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研究论文 | 本研究揭示了髓鞘反应性CD8+ T细胞通过调节传统树突状细胞亚群表型抑制实验性自身免疫性脑脊髓炎的机制 | 首次发现髓鞘反应性CD8+ T细胞可直接与cDC1相互作用并通过旁分泌机制调节CD11b cDC,诱导成熟调节性树突状细胞表型 | 研究主要基于小鼠EAE模型,人类多发性硬化症的适用性需要进一步验证 | 阐明髓鞘反应性CD8+ T细胞在实验性自身免疫性脑脊髓炎中的免疫调节机制 | 小鼠模型中的髓鞘反应性CD8+ T细胞和传统树突状细胞亚群(cDC1和CD11b cDC) | 免疫学 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序,过继性T细胞转移,体外共培养 | NA | 基因表达数据,细胞表型数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 94 | 2025-10-06 |
Estimating the cis -heritability of gene expression using single cell expression profiles controls false positive rate of eGene detection
2025-Feb-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.24.639892
PMID:40060452
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研究论文 | 开发了一种名为scGeneHE的新统计方法,用于从单细胞RNA测序数据中准确估计基因表达的顺式遗传力 | 提出了首个能够直接使用单细胞表达谱而非伪批量数据来估计基因表达遗传力的方法,解决了传统方法导致的假阳性率膨胀问题 | 方法性能依赖于模拟参数设置,需要在实际应用中进一步验证 | 开发准确估计基因表达顺式遗传力的统计方法,控制eGene检测的假阳性率 | 基因表达性状和遗传调控 | 生物信息学 | 免疫介导疾病 | 单细胞RNA测序 | 泊松混合效应模型 | 单细胞基因表达数据 | 来自969个个体、11种免疫细胞类型、总计822,552个细胞的单细胞RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 95 | 2025-10-06 |
MAIT cells protect against sterile lung injury
2025-Feb-25, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.115275
PMID:39918959
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序等技术发现MAIT细胞在无菌性肺损伤中发挥保护作用 | 首次揭示MAIT细胞通过促进cDC1细胞积累来防御无菌性肺损伤的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类数据验证相对有限 | 探究MAIT细胞在无菌性肺损伤中的功能作用 | 小鼠肺组织MAIT细胞和特发性肺纤维化患者样本 | 免疫学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序, 光谱分析, 过继转移 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 小鼠模型和特发性肺纤维化患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 96 | 2025-10-06 |
Unveiling the cell-type-specific landscape of cellular senescence through single-cell transcriptomics using SenePy
2025-Feb-22, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-57047-7
PMID:39987255
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研究论文 | 开发了基于单细胞转录组学的细胞衰老分析算法SenePy,用于识别不同细胞类型和组织中的衰老细胞 | 创建了首个能够定义细胞类型特异性衰老特征的分析平台,优于体外研究获得的衰老特征 | NA | 开发识别细胞衰老的分析工具并研究其在衰老和疾病中的作用 | 小鼠和人类细胞 | 生物信息学 | 肿瘤发生、炎症、心肌梗死 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 72个小鼠样本和64个人类样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 97 | 2025-10-06 |
Emergence of inflammatory fibroblasts with aging in Hermansky-Pudlak syndrome associated pulmonary fibrosis
2025-Feb-22, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-07589-9
PMID:39987372
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了Hermansky-Pudlak综合征相关肺纤维化中炎症性成纤维细胞随年龄增长而出现的机制 | 首次在HPS小鼠模型中鉴定出年龄依赖性的SAA3炎症性肺成纤维细胞增加,并发现HPS1和HPS2亚型中不同的细胞相互作用机制 | 研究样本量有限,仅包含小鼠模型和三名HPS1患者 | 探究肺纤维化发生和发展的纵向细胞相互作用机制 | 年轻和年老HPS小鼠模型及HPS1患者的肺组织 | 单细胞基因组学 | 肺纤维化 | scRNA-seq, 共培养实验 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 多亚型HPS小鼠模型和3名HPS1患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 98 | 2025-10-06 |
Single-Cell Omics for Transcriptome CHaracterization (SCOTCH): isoform-level characterization of gene expression through long-read single-cell RNA sequencing
2025-Feb-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.29.590597
PMID:38746128
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研究论文 | 开发了一套名为SCOTCH的计算方法套件,用于长读长单细胞RNA测序数据的转录组表征 | 利用Oxford Nanopore R10流动池降低测序错误率的优势,无需传统短读长条形码空间构建方法,通过亚外显子识别策略和动态阈值实现精确的异构体比对和新异构体发现 | NA | 开发针对长读长单细胞RNA测序数据的计算方法,提升转录组复杂性分析能力 | 单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 长读长单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | Oxford Nanopore, PacBio, 10X Genomics, Parse Biosciences, Illumina | 单细胞RNA测序, 长读长测序 | Nanopore R9流动池, Nanopore R10流动池, PacBio测序平台 | 支持Nanopore和PacBio测序平台,兼容10X Genomics和Parse Biosciences单细胞文库制备方案 |
| 99 | 2025-10-06 |
Single-cell spatial transcriptomics reveals distinct patterns of dysregulation in non-neuronal and neuronal cells induced by the Trem2R47H Alzheimer's risk gene mutation
2025-Feb, Molecular psychiatry
IF:9.6Q1
DOI:10.1038/s41380-024-02651-0
PMID:39103533
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研究论文 | 通过单细胞空间转录组学分析Trem2R47H阿尔茨海默病风险基因突变对非神经元和神经元细胞的差异性调控模式 | 首次使用MERFISH空间转录组技术系统揭示Trem2突变在不同脑区细胞类型中的特异性转录调控,发现独立于淀粉样蛋白病理的神经元BDNF信号通路改变 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类样本中验证;样本数量相对有限(19个脑切片) | 探究Trem2R47H突变在阿尔茨海默病背景下对大脑不同细胞类型的转录调控影响 | 野生型、Trem2突变、5xFAD和Trem2;5xFAD基因型小鼠的皮层和皮层下脑区细胞 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病 | MERFISH空间转录组学 | 自定义分析流程 | 空间基因表达数据、神经病理学数据 | 19个小鼠脑切片 | NA | 空间转录组学 | MERFISH | MERFISH空间转录组技术 |
| 100 | 2025-10-06 |
Spatial transcriptomic clocks reveal cell proximity effects in brain ageing
2025-Feb, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-08334-8
PMID:39695234
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研究论文 | 本研究通过构建空间分辨单细胞转录组脑图谱,开发空间衰老时钟模型揭示细胞邻近效应对脑衰老的影响 | 首次开发空间衰老时钟模型,系统揭示T细胞和神经干细胞通过邻近效应对脑组织衰老与再生的调控作用 | 研究主要基于小鼠模型,在人类组织中的适用性需要进一步验证 | 探究细胞间邻近效应在脑组织衰老过程中的作用机制 | 420万个脑细胞,涵盖20个不同年龄阶段和两种再生干预措施(运动和部分重编程) | 空间转录组学 | 神经退行性疾病 | 单细胞转录组测序,空间转录组学 | 机器学习,深度学习 | 空间转录组数据 | 420万个细胞,20个年龄阶段 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | NA | NA |