单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-06-20	scFTAT: a novel cell annotation method integrating FFT and transformer 2025-Feb-25, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06061-z PMID:39994539	研究论文	提出了一种名为scFTAT的新型细胞注释方法，该方法整合了FFT和Transformer技术，用于单细胞RNA测序数据的自动注释	整合FFT和增强型Transformer进行自动特征学习，解决了单细胞数据高稀疏性和大规模数据手动注释繁琐的挑战	NA	开发一种高效、准确的单细胞RNA测序数据自动注释方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Transformer	基因表达数据	六个典型数据集（包括人类和小鼠组织）
62	2025-06-18	An abnormal increase in CD26(-)CD28(-) cytotoxic effector CD4 and CD8 T cell populations in patients with systemic lupus erythematosus 2025-02-04, International immunology IF:4.8Q2 DOI:10.1093/intimm/dxae062 PMID:39383111	research paper	该研究探讨了系统性红斑狼疮(SLE)患者中CD26(-)CD28(-)细胞毒性效应CD4和CD8 T细胞群体的异常增加	揭示了SLE患者中CD26(-)CD28(-)细胞毒性T细胞亚群的异常扩增及其与自然杀伤T细胞的相似性	样本量相对较小(57名SLE患者和31名健康志愿者)，且糖皮质激素治疗效果存在个体差异	阐明CD26 T细胞表面表达减少在SLE病理中的作用	系统性红斑狼疮(SLE)患者和健康成人的外周血单个核细胞	免疫学	系统性红斑狼疮	单细胞RNA测序分析	NA	细胞数据	57名SLE患者和31名健康成人志愿者
63	2025-06-16	A comparative study of statistical methods for identifying differentially expressed genes in spatial transcriptomics 2025-Feb-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.17.638726 PMID:40027680	研究论文	本研究比较了空间转录组学中识别差异表达基因的统计方法，提出了一种新的广义评分检验（GST）方法	提出了一种在广义估计方程（GEEs）框架下的广义评分检验（GST）方法，有效整合空间相关性，提高了差异基因表达的准确性	研究主要针对空间转录组数据，可能不适用于其他类型的转录组数据	开发一种更稳健的统计方法，用于空间转录组数据中的差异基因表达分析	空间转录组数据中的差异表达基因	生物信息学	乳腺癌, 前列腺癌	空间转录组学（ST）	广义估计方程（GEEs）, 广义评分检验（GST）	基因表达数据	NA
64	2025-06-14	The Society for Immunotherapy of Cancer Perspective on Tissue-Based Technologies for Immuno-Oncology Biomarker Discovery and Application 2025-Feb-03, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2469 PMID:39625818	综述	本文总结了免疫疗法在癌症治疗中的应用及生物标志物技术的最新进展	评估了多参数、多组学和计算平台在生物标志物发现中的应用，并提出了改进方向	技术依赖性强，数据碎片化问题尚未完全解决	提高免疫疗法在癌症治疗中的精准性和个性化	癌症患者	数字病理学	癌症	多重免疫组化、免疫荧光、单细胞转录组学、质谱定量和空间分辨蛋白质组学成像技术	NA	多组学数据	NA
65	2025-06-13	Unraveling the tumor microenvironment of esophageal squamous cell carcinoma through single-cell sequencing: A comprehensive review 2025-02, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer DOI:10.1016/j.bbcan.2025.189264 PMID:39805342	综述	本文综述了单细胞测序技术在食管鳞状细胞癌(ESCC)肿瘤微环境(TME)研究中的最新进展	总结了单细胞多组学技术特别是单细胞转录组测序在揭示ESCC肿瘤微环境异质性和细胞互作方面的创新应用	作为综述文章，未涉及原始实验数据和研究方法的具体限制	阐明ESCC肿瘤微环境的细胞组成和分子特征以改善诊断和治疗策略	食管鳞状细胞癌(ESCC)的肿瘤微环境中的各类细胞	数字病理学	食管癌	单细胞测序，单细胞转录组测序	NA	单细胞组学数据	NA
66	2025-06-12	Functional analysis of yak alveolar type II epithelial cells at high and low altitudes based on single-cell sequencing 2025-02, Biochimica et biophysica acta. Molecular cell research DOI:10.1016/j.bbamcr.2024.119889 PMID:39681250	研究论文	通过单细胞测序技术研究高海拔和低海拔地区牦牛肺泡II型上皮细胞的功能差异	揭示了高海拔牦牛AEC II细胞在免疫调节、粘附和代谢活动方面的增强，以及SHIP1和SFTPC等因子在AEC I和AEC II转分化中的作用	研究仅针对牦牛，可能不适用于其他高原动物	探究牦牛肺泡II型上皮细胞在高海拔环境中的适应机制	牦牛肺泡II型上皮细胞	单细胞测序	NA	10× scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	高海拔（4000米）和低海拔（2600米）的牦牛肺组织
67	2025-06-07	transCAE: Enhancing Cell Type Annotation in Single-cell RNA-seq Data with Transfer Learning and Convolutional Autoencoder 2025-Feb-15, Journal of molecular biology IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.jmb.2025.168936 PMID:39798891	research paper	该论文提出了一种名为transCAE的算法，通过结合迁移学习和卷积自编码器来提高单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的准确性	transCAE算法整合了无监督降维和有监督细胞类型分类，充分利用参考和查询数据集的信息，显著提高了分类准确性并有效缓解了批次效应	算法的性能仍然依赖于参考数据集的质量，且在处理多平台数据时可能仍面临挑战	提高单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的准确性和鲁棒性	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	卷积自编码器(CAE)结合迁移学习	基因表达数据	未明确提及具体样本数量，但涉及多个参考和查询数据集
68	2025-06-01	Chronic intermittent fasting impairs β cell maturation and function in adolescent mice 2025-02-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.115225 PMID:39827461	research paper	研究间歇性禁食（IF）对不同年龄小鼠系统性代谢和β细胞功能的影响，特别关注青少年小鼠	揭示了慢性间歇性禁食对青少年小鼠β细胞成熟和功能的负面影响，并发现这一影响与人类1型糖尿病（T1D）中的β细胞功能障碍相似	研究结果主要基于小鼠模型，人类数据的验证有限，且未探讨潜在的分子机制	探讨间歇性禁食对不同年龄个体代谢和β细胞功能的影响	老年、中年和年轻小鼠以及人类胰岛	代谢研究	糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	多个年龄组的小鼠和人类胰岛样本
69	2025-06-01	Early precursor-derived pituitary gland tissue-resident macrophages play a pivotal role in modulating hormonal balance 2025-02-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.115227 PMID:39841599	research paper	该研究通过单细胞转录组学、命运图谱和成像技术，揭示了垂体驻留巨噬细胞的异质性和空间特异性，并探讨了它们在调节激素平衡中的作用	首次描述了垂体驻留巨噬细胞的异质性、空间分布及其在激素平衡调节中的关键作用，揭示了它们源自早期卵黄囊祖细胞并通过自我更新维持	NA	研究垂体驻留巨噬细胞的特性及其在免疫-内分泌系统互作中的作用	垂体驻留巨噬细胞	免疫学	NA	单细胞转录组学、命运图谱、成像	NA	单细胞转录组数据、成像数据	NA
70	2025-06-01	The spatial landscape of cancer hallmarks reveals patterns of tumor ecological dynamics and drug sensitivity 2025-02-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.115229 PMID:39864059	研究论文	通过空间转录组学探索10种癌症类型中63个未经治疗的原始肿瘤的癌症标志物空间分布，揭示肿瘤生态动态和药物敏感性的模式	首次展示癌症标志物活动在空间上的组织方式，并发现肿瘤亚克隆间的基因组距离与标志物活动差异相关，甚至导致克隆-标志物特化	样本量相对较小（63个肿瘤），且仅针对10种癌症类型	理解肿瘤生态学并帮助识别新的药物生物标志物	63个未经治疗的原始肿瘤（来自10种癌症类型）和33名膀胱癌患者（来自DUTRENEO试验）	数字病理学	癌症	空间转录组学	NA	转录组数据	63个原始肿瘤和33名膀胱癌患者
71	2025-06-01	A single-cell and spatial wheat root atlas with cross-species annotations delineates conserved tissue-specific marker genes and regulators 2025-02-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115240 PMID:39893633	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，构建了小麦根部的单细胞图谱，并利用跨物种注释方法鉴定了保守的组织特异性标记基因和调控因子	首次将跨物种注释方法应用于小麦根部单细胞RNA测序数据的聚类注释，并通过空间转录组学验证了预测结果	研究主要依赖于公开数据集进行跨物种注释，可能受限于这些数据集的覆盖范围和准确性	开发一种适用于非模式植物物种的细胞类型注释方法，并鉴定保守的组织特异性标记基因和调控因子	小麦根部组织	植物生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 空间转录组学	NA	单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据	NA
72	2025-06-01	Cxcl9 modulates aging associated microvascular metabolic and angiogenic dysfunctions in subcutaneous adipose tissue 2025-Feb-11, Angiogenesis IF:9.2Q1 DOI:10.1007/s10456-025-09970-y PMID:39934436	研究论文	本研究探讨了衰老对皮下脂肪组织中微血管内皮细胞的影响及其机制，发现Cxcl9可作为衰老相关微血管功能障碍的生物标志物	首次发现Cxcl9与衰老内皮细胞氧化磷酸化受损的强相关性，并验证了其对微血管内皮细胞能量代谢和血管生成的负面影响	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体验证	探究衰老对微血管内皮细胞的影响及其分子机制	小鼠皮下脂肪组织中的微血管内皮细胞	血管生物学	心血管疾病	光片免疫荧光显微镜、单细胞RNA测序、代谢通量平衡分析	小鼠衰老模型	图像数据、基因表达数据	未明确说明小鼠数量，但使用了单细胞RNA测序分析
73	2025-06-01	Single-cell transcriptomics analysis reveals dynamic changes and prognostic signature in tumor microenvironment of PDAC 2025-Feb-02, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-86950-8 PMID:39894886	研究论文	通过单细胞转录组学分析揭示PDAC肿瘤微环境的动态变化及预后标志物	定义了新的Treg和耗竭T细胞特征基因TNFRSF4，并开发了一个新的预后模型，能够区分高风险和低风险的PDAC患者	研究样本量相对较小（31个样本），可能影响结果的普遍性	阐明PDAC进展过程中肿瘤微环境的动态变化并开发预后模型	胰腺导管腺癌（PDAC）的肿瘤微环境	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	预后模型	基因表达数据	31个样本（包括8个PDAC I期、9个PDAC II期、6个PDAC III期和8个PDAC IV期）
74	2025-05-31	Dissection of Gαs and Hedgehog signaling crosstalk reveals therapeutic opportunities to target adenosine receptor 2b in Hedgehog-dependent tumors 2025-Feb-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.21.639530 PMID:40060632	research paper	该研究通过解析Gαs和Hedgehog信号通路的交互作用，揭示了在Hedgehog依赖性肿瘤中靶向腺苷受体2b的治疗机会	发现Gαs通路失活导致的肿瘤与经典Hedgehog SMO驱动的肿瘤相似，并证明激活Gαs偶联的腺苷2B受体可抑制Hedgehog信号和肿瘤形成	研究主要基于小鼠模型，人类BCC中的Gαs和PKA活性突变需要进一步验证	探索Gαs和Hedgehog信号通路的交互作用及其在基底细胞癌（BCC）治疗中的潜在应用	小鼠BCC样肿瘤和人类BCC	分子生物学	基底细胞癌	组织学、bulk RNA测序、单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
75	2025-05-31	Gene module reconstruction identifies cellular differentiation processes and the regulatory logic of specialized secretion in zebrafish 2025-02-24, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.10.015 PMID:39591963	research paper	该研究利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术重建斑马鱼分泌组织的分化过程，揭示了基因模块与细胞分化过程的关系	提出了通过多源整合识别模块的方法（MIMIR），并揭示了转录因子如何赋予细胞一般和特殊功能	研究仅基于斑马鱼的两种分泌组织，可能不适用于其他生物或组织类型	研究细胞分化过程中基因模块的重建及其调控逻辑	斑马鱼的脊索和孵化腺	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	斑马鱼胚胎
76	2025-05-31	Everything everywhere all at once: Unraveling the waves of aging 2025-Feb-11, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2025.01.015 PMID:39938481	research paper	该文章通过单细胞转录组学技术研究了13个器官中多个细胞群体在衰老过程中的动态变化，并识别出四种不同的动态波动，其中免疫细胞是受影响最大的群体	利用单细胞转录组学技术在13个器官中识别衰老过程中的四种动态波动，并发现免疫细胞是受影响最大的群体	NA	研究衰老过程中多个器官细胞群体的动态变化	13个器官中的多个细胞群体	生物信息学	老年疾病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	多个细胞群体（具体数量未提及）
77	2025-05-31	Spatial Transcriptomics of the Respiratory System 2025-Feb, Annual review of physiology IF:15.7Q1 DOI:10.1146/annurev-physiol-022724-105144 PMID:39353142	review	本文综述了呼吸系统中空间转录组学的最常用工作流程及其优势和局限性，并概述了机器学习和人工智能在解释空间数据方面的最新进展	结合空间解析基因表达技术和计算工具，利用机器学习和深度学习来理解肺部细胞类型在三维空间中的相互作用	虽然技术发展迅速，但仍存在一些工作流程的局限性需要克服	通过空间转录组学技术提升对呼吸系统在健康和疾病状态下的理解	呼吸系统中的细胞类型及其在三维空间中的相互作用	digital pathology	lung cancer, COVID-19, fibrosis	spatially resolved gene expression technologies	machine learning, deep learning	spatial transcriptomics data	NA
78	2025-05-31	Dynamic analysis of intrahepatic T cells reveals a unique group of restorative Cxcr3+ tissue-resident CD4 T cells in acute liver injury 2025-02, Toxicology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.tox.2025.154058 PMID:39828240	research paper	该研究通过整合流式细胞术和单细胞RNA测序数据，揭示了急性肝损伤中Cxcr3+组织驻留CD4 T细胞的独特修复作用	发现了一群具有修复功能的Cxcr3+组织驻留CD4 T细胞，并揭示了其在APAP诱导的急性肝损伤中的保护机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究急性肝损伤中T细胞动态变化及其在肝脏修复中的作用	APAP诱导的急性肝损伤小鼠模型中的肝内T细胞	免疫学	急性肝损伤	流式细胞术, scRNA-seq	NA	流式细胞数据, 单细胞RNA测序数据	APAP中毒小鼠肝脏组织的时间序列数据
79	2025-05-31	Interaction of the endogenous antibody response with activating FcγRs enhance control of Mayaro virus through monocytes 2025-Feb, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1012944 PMID:39993025	研究论文	研究揭示了内源性抗体反应与激活型FcγRs的相互作用如何通过单核细胞增强对Mayaro病毒的控制	首次评估了FcγRs在自然感染中对Mayaro病毒保护的必要性，并揭示了抗体Fc与FcγRs的相互作用在促进保护性反应中的作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探索抗体Fc效应功能及FcγRs在Mayaro病毒感染中的保护机制	Mayaro病毒（MAYV）及小鼠模型	病毒学	病毒感染	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA序列数据	NA
80	2025-05-25	TcEVdb: a database for T-cell-derived small extracellular vesicles from single-cell transcriptomes 2025-Feb-28, Database : the journal of biological databases and curation DOI:10.1093/database/baaf012 PMID:40036846	research paper	该研究构建了一个名为TcEVdb的数据库，用于探索T细胞来源的小细胞外囊泡（TcEVs）的表达和聚类，基于单细胞RNA测序数据	通过SEVtras方法从T细胞单细胞RNA测序数据中构建了首个全面的TcEV数据库，揭示了TcEV的异质性及其在免疫调节和肿瘤微环境中的作用	数据库的覆盖范围可能受限于现有的单细胞RNA测序数据，且技术限制可能影响EV分析的准确性	构建一个全面的数据库以探索TcEV的表达和聚类，促进基于EV的诊断和治疗研究	T细胞来源的小细胞外囊泡（TcEVs）	生物信息学	弥漫性大B细胞淋巴瘤	单细胞RNA测序	SEVtras方法	RNA测序数据	包含277,265个EV液滴，来自51种T细胞类型，覆盖221个样本和21个项目，涉及9种组织来源和23种疾病状态