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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2026-03-02 |
HMGA2 Expression Predicts Subtype, Survival, and Treatment Outcome in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma
2025-Feb-17, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2200
PMID:39680021
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研究论文 | 本研究旨在确立HMGA2作为胰腺导管腺癌基底样疾病的标志物,并探索其作为预后和治疗抵抗生物标志物的应用 | 首次将HMGA2蛋白表达与基底样PDAC细胞关联,并通过多路免疫组化结合单细胞RNA测序数据,证明HMGA2与GATA6联合状态能预测生存期、化疗反应和肿瘤微环境特征 | 研究基于回顾性队列,样本量虽大但可能存在选择偏差,且未进行前瞻性验证 | 探索HMGA2在胰腺导管腺癌中的表达模式及其作为预后和治疗反应生物标志物的价值 | 胰腺导管腺癌患者样本,包括单细胞RNA测序数据和免疫组化分析的组织样本 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序,多路免疫组化 | NA | RNA测序数据,图像数据 | 172例单细胞RNA测序样本,580例多路免疫组化样本,外加30例多样化患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 62 | 2026-03-02 |
Single-Cell Transcriptome Decoding Umbilical Cord-Derived Mesenchymal Stem Cell Heterogeneity Reveals a Unique IL1R1HighPDGFRAHigh Ultroser-G-MSC With Osteogenesis and Chondrogenesis Signatures
2025-02, Journal of cellular physiology
IF:4.5Q1
DOI:10.1002/jcp.70004
PMID:39956958
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了人脐带间充质干细胞在不同培养系统中的异质性,并鉴定出一个具有高成骨和软骨生成潜能的IL1R1HighPDGFRAHigh Ultroser-G-MSC亚群 | 首次创建了hUC-MSC在不同培养系统中的单细胞转录组图谱,鉴定出具有独特IL1R1和PDGFRA高表达的Ultroser-G-MSC亚群,并发现其在骨关节炎模型治疗中的优势 | 研究主要基于体外培养系统,临床转化效果需进一步验证 | 阐明hUC-MSC在不同培养系统中的异质性来源,以指导其精准临床应用 | 人脐带间充质干细胞 | 单细胞组学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 63 | 2026-02-22 |
MAP3K4 signaling regulates HDAC6 and TRAF4 coexpression and stabilization in trophoblast stem cells
2025-02, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2024.108116
PMID:39710325
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研究论文 | 本研究揭示了MAP3K4信号通过调控HDAC6和TRAF4的共表达与稳定性,在滋养层干细胞中影响胎盘发育的机制 | 首次发现MAP3K4、TRAF4和HDAC6在滋养层干细胞中的共调控机制,以及它们在胎盘迷路分化过程中的表达转换 | 研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验,人类胎盘中的具体机制尚需进一步验证 | 探究MAP3K4信号在胎盘发育中的作用及其与TRAF4和HDAC6的调控关系 | 小鼠滋养层干细胞和胎盘组织 | 发育生物学 | 胎盘功能不全 | 单细胞RNA测序,shRNA敲低,蛋白质复合物分析 | NA | RNA测序数据,蛋白质表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 64 | 2026-02-22 |
Laser-capture microdissection for spatial transcriptomics of immunohistochemically detected neurons
2025-02, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2024.108150
PMID:39736395
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研究论文 | 本文开发了一种名为IHC/LCM-Seq的空间转录组学方法,用于对免疫组化检测的神经元进行转录组分析 | 开发了一种创新的IHC/LCM-Seq方法,结合了免疫组化、激光捕获显微切割和RNA测序技术,首次实现了对免疫组化检测的神经元进行高灵敏度空间转录组分析 | 方法基于4%甲醛固定脑组织的游离切片,可能不适用于其他固定条件或组织类型 | 开发并验证一种用于免疫组化检测神经元空间转录组分析的新方法 | 纹状体胆碱能中间神经元和促性腺激素释放激素(GnRH)神经元 | 空间转录组学 | 不孕症 | 激光捕获显微切割,RNA测序,免疫组化 | NA | RNA测序数据 | 成年雄性大鼠和小鼠的GnRH神经元 | Illumina | bulk RNA-seq | NextSeq | Illumina NextSeq平台进行批量测序 |
| 65 | 2026-02-17 |
Dissection of Gαs and Hedgehog signaling crosstalk reveals therapeutic opportunities to target adenosine receptor 2b in Hedgehog-dependent tumors
2025-Feb-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.21.639530
PMID:40060632
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研究论文 | 本研究通过组织学、bulk RNA测序和单细胞RNA测序,揭示了Gαs信号通路失活驱动的基底细胞癌(BCC)与经典Hedgehog SMO驱动肿瘤的相似性,并提出了靶向腺苷2B受体作为潜在治疗策略 | 首次发现Gαs通路失活可导致SMO独立的致癌Hedgehog信号,并证明激活Gαs偶联的腺苷2B受体能抑制Hedgehog信号和肿瘤形成 | 研究主要基于小鼠模型和人类BCC突变分析,临床转化潜力需进一步验证 | 探索Gαs与Hedgehog信号串扰在基底细胞癌中的作用,寻找新的治疗靶点 | 小鼠BCC样肿瘤和人类基底细胞癌 | 肿瘤生物学 | 基底细胞癌 | 组织学分析、bulk RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据、组织学图像 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 66 | 2026-02-10 |
Hepatic Arterial Flow-Induced Portal Tract Fibrosis in Portal Hypertension: The Role of VCAM-1 and Osteopontin-Expressing Macrophages
2025-Feb-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.31.634947
PMID:39975181
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研究论文 | 本研究探讨了门脉高压中肝动脉血流增加通过VCAM-1和表达骨桥蛋白的巨噬细胞驱动门管区纤维化的分子机制 | 揭示了肝动脉缓冲反应诱导的动脉血流增加通过VCAM-1介导的巨噬细胞招募和Spp1+巨噬细胞驱动纤维化的新机制 | 研究基于大鼠模型,结果在人类中的适用性需进一步验证;未涉及长期疾病进展或治疗干预的评估 | 探究门脉高压中肝动脉血流增加导致门管区纤维化的分子机制 | Sprague-Dawley大鼠门脉高压模型中的肝脏组织、巨噬细胞和门脉成纤维细胞 | NA | 门脉高压 | 单细胞RNA测序、RNA-FISH、微CT、免疫细胞分析、转录组分析 | NA | 图像数据、转录组数据、血流动力学数据 | Sprague-Dawley大鼠门脉高压模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 67 | 2026-02-08 |
Longitudinal single-cell profiles of lung regeneration after viral infection reveal persistent injury-associated cell states
2025-Feb-06, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2024.12.002
PMID:39818203
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学结合谱系追踪技术,探索了小鼠肺部在流感损伤后的再生过程,揭示了不同细胞区室的异步响应和持久性损伤相关细胞状态 | 首次利用纵向单细胞转录组学结合谱系追踪,系统描绘了肺部损伤后的再生动态,并鉴定出一种持久存在的损伤诱导毛细血管内皮细胞(iCAP),该细胞状态与人类肺部退行性疾病中的内皮异常相似 | 研究基于小鼠模型,可能无法完全反映人类肺部再生过程;且未深入探讨iCAP细胞在疾病中的具体功能机制 | 理解肺部损伤后气体交换表面功能再生的细胞和分子机制,并探索其与人类发育和疾病的相关性 | 小鼠肺部细胞,特别是肺泡微环境中的细胞,包括损伤诱导的毛细血管内皮细胞(iCAP) | 单细胞转录组学 | 肺部疾病 | 单细胞转录组学,谱系追踪 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 68 | 2026-02-07 |
Consequences of training data composition for deep learning models in single-cell biology
2025-Feb-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.19.639127
PMID:40060416
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研究论文 | 本研究系统探讨了训练数据组成对单细胞转录组学深度学习模型行为的影响 | 首次系统研究训练数据组成对单细胞基础模型性能的影响,揭示了模型泛化能力与数据多样性的关系 | 研究主要聚焦于人类造血系统,结论在其他生物系统或疾病中的普适性有待验证 | 探究训练数据组成如何影响单细胞转录组学深度学习模型的性能 | 人类造血系统的单细胞转录组数据 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞转录组测序 | 深度学习模型 | 单细胞转录组数据 | 包含成体和发育组织、疾病状态及扰动图谱的多种细胞类型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 69 | 2026-02-07 |
Single-cell transcriptomics of X-ray irradiated Drosophila wing discs reveals heterogeneity related to cell-cycle status and cell location
2025-Feb-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.10.627868
PMID:39990483
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学分析了X射线辐射对果蝇翅盘的影响,揭示了基于细胞周期状态和细胞位置的异质性 | 首次在果蝇翅盘中应用单细胞RNA测序研究X射线辐射效应,并采用Herfindahl-Hirschman Index量化基因表达异质性,发现辐射响应在区域间和区域内均存在非均匀性 | 研究仅聚焦于果蝇翅盘这一相对简单的组织,可能无法完全代表更复杂组织或哺乳动物系统的辐射响应 | 探究X射线辐射对组织细胞异质性的影响,特别是基因表达在空间和功能上的差异 | 果蝇翅盘中的上皮细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确指定样本数量,但涉及果蝇翅盘细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 70 | 2026-02-05 |
A Temporal and Spatial Atlas of Adaptive Immune Responses in the Lymph Node Following Viral Infection
2025-Feb-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.31.635509
PMID:39975238
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研究论文 | 本研究介绍了一种名为AIR-SPACE的整合方法,结合高分辨率空间转录组学与配对的高保真长读长T/B细胞受体测序,用于解析病毒感染后淋巴结内适应性免疫应答的时空动态 | 开发了AIR-SPACE这一创新方法,首次实现了在原生空间背景下同时分析细胞转录组和适应性免疫受体库,并构建了病毒感染后淋巴结适应性免疫应答的全面时空图谱 | 研究目前仅应用于小鼠模型和痘苗病毒感染场景,尚未在人类样本或其他病原体感染中得到验证 | 解析病毒感染后淋巴结内适应性免疫应答的时空动态和组织结构 | 小鼠腘窝淋巴结在痘苗病毒感染后的适应性免疫细胞 | 空间转录组学 | 病毒感染 | 空间转录组学,长读长测序,T/B细胞受体测序 | NA | 空间转录组数据,受体序列数据 | 五个不同时间点的小鼠腘窝淋巴结样本 | NA | 空间转录组学,单细胞多组学 | NA | NA |
| 71 | 2026-02-05 |
Frizzled5 controls murine intestinal epithelial cell plasticity through organization of chromatin accessibility
2025-02-03, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2024.10.021
PMID:39579769
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研究论文 | 本研究揭示了Frizzled5(Fzd5)作为Wnt通路受体,通过调控染色质可及性来控制小鼠肠道上皮细胞的可塑性,影响干细胞自我更新和谱系生成 | 首次整合单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序分析,阐明Fzd5通过组织染色质可及性来调控肠道上皮细胞命运,特别是在干细胞和祖细胞中 | 研究仅限于小鼠模型,未涉及人类样本或临床验证,且机制细节仍需进一步探索 | 探究Fzd5在肠道上皮细胞可塑性中的调控作用 | 小鼠肠道上皮细胞,包括Lgr5标记的肠道干细胞和Krt19标记的细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),单细胞ATAC测序(scATAC-seq) | NA | 单细胞转录组数据,单细胞染色质可及性数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 72 | 2026-02-03 |
Single-Cell RNA Profiling of Ocular Adnexal Sebaceous Carcinoma Reveals a Complex Tumor Microenvironment and Identifies New Biomarkers
2025-Feb, American journal of ophthalmology
IF:4.1Q1
DOI:10.1016/j.ajo.2024.10.001
PMID:39393421
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研究论文 | 本研究首次通过单细胞RNA测序技术深入分析了眼附件皮脂腺癌的转录组特征,揭示了其复杂的肿瘤微环境,并鉴定了CALML5作为敏感的诊断标志物 | 首次在单细胞分辨率下对眼附件皮脂腺癌进行转录组分析,揭示了肿瘤微环境的细胞组成和分子通路变化,并发现CALML5作为新的生物标志物 | 样本量较小(仅6例患者标本),且为回顾性观察性病例系列研究,可能限制结果的普遍性 | 探究眼附件皮脂腺癌的肿瘤组成、转录特征及潜在治疗靶点,以推动医疗进展 | 眼附件皮脂腺癌患者标本(包括原发性肿瘤、Paget样扩散肿瘤及正常组织) | 数字病理学 | 眼附件皮脂腺癌 | 单细胞RNA测序,免疫组织化学 | NA | 单细胞转录组数据,免疫组织化学图像数据 | 6例患者标本(3例原发性肿瘤,2例Paget样扩散肿瘤,1例正常组织),共29,219个细胞;另加存档队列(28例OaSC,25例鳞状细胞癌和OSSN,12例基底细胞癌) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 73 | 2026-02-03 |
The critical role of endoplasmic reticulum stress and the stimulator of interferon genes (STING) pathway in kidney fibrosis
2025-Feb, Kidney international
IF:14.8Q1
DOI:10.1016/j.kint.2024.10.021
PMID:39566842
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研究论文 | 本研究探讨了内质网应激和STING通路在肾脏纤维化中的关键作用 | 揭示了STING作为内质网应激的上游激活因子,并发现STING与PERK的物理相互作用,以及STING激动剂诱导PERK激活的新机制 | 内质网应激在肾脏疾病中的精确激活机制仍不完全清楚 | 研究内质网应激在肾脏疾病中的激活机制及其在肾脏纤维化中的作用 | 慢性肾脏病患者、小鼠急性及慢性肾损伤模型(顺铂、单侧输尿管梗阻、叶酸和TFAM敲除小鼠) | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 转录组学分析、空间转录组学 | NA | 转录组数据、空间转录组数据 | 慢性肾脏病患者及多种小鼠模型 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 74 | 2026-02-03 |
Single-Cell Transcriptomics Identifies Selective Lineage-Specific Regulation of Genes in Aortic Smooth Muscle Cells in Mice
2025-Feb, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.124.321482
PMID:39744838
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学技术,识别了小鼠主动脉平滑肌细胞中第二心场和心脏神经嵴谱系特异性基因的差异表达 | 首次在对照主动脉中探索了两种谱系来源的平滑肌细胞之间的转录组差异,并识别了谱系特异性上调基因 | 研究仅基于14周龄雄性小鼠,样本量有限,且未涉及疾病模型 | 探究主动脉平滑肌细胞中谱系特异性基因调控的差异 | 小鼠主动脉根部和升主动脉的平滑肌细胞 | 单细胞转录组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 单核转座酶可及染色质测序, RNA原位杂交 | NA | 单细胞RNA测序数据, 染色质可及性数据, 空间表达数据 | 14只14周龄雄性小鼠(SHF追踪和CNC追踪各半) | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 75 | 2026-02-03 |
Opportunities and challenges in the application of single-cell transcriptomics in plant tissue research
2025-Feb, Physiology and molecular biology of plants : an international journal of functional plant biology
IF:3.4Q1
DOI:10.1007/s12298-025-01558-6
PMID:40070535
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综述 | 本文综述了单细胞转录组学在植物组织研究中的应用、挑战及整合多源单细胞多模态数据的方法 | 总结了整合多源单细胞RNA测序和单细胞多模态数据的方法,以构建全面的细胞图谱并探索跨模态的因果关系和基因调控机制 | 单细胞RNA测序实验通常无法全面捕获所有细胞和基因,且单模态数据不足以解释细胞状态和系统变化 | 探讨单细胞转录组学在植物组织研究中的机遇与挑战,以及整合方法在揭示生物变化中的应用和价值 | 植物组织 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞多模态 | NA | NA |
| 76 | 2026-01-28 |
Uncovering the Signatures of Cellular Senescence in the Human Dorsolateral Prefrontal Cortex
2025-Feb-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.19.639091
PMID:40027780
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学和单核RNA测序技术,构建了人类背外侧前额叶皮层衰老和细胞衰老的转录组图谱 | 结合Visium空间转录组学和单核RNA测序,首次在非病理人类组织中系统揭示了背外侧前额叶皮层细胞衰老的异质性和细胞类型特异性特征 | 研究基于非病理组织,可能未完全反映疾病状态下的衰老特征;细胞衰老的罕见性和异质性仍带来识别挑战 | 探索人类背外侧前额叶皮层在衰老过程中的细胞衰老特征和转录组变化 | 人类背外侧前额叶皮层的非病理组织样本 | 数字病理学 | 老年疾病 | 空间转录组学,单核RNA测序 | NA | 空间转录组数据,单核RNA测序数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | 10x Visium,10x Chromium | Visium空间转录组学用于空间基因表达分析,单核RNA测序用于细胞类型特异性转录组分析 |
| 77 | 2026-01-24 |
Immunomodulatory effects of traditional chinese medicine on cancer: insights from network pharmacology and single-cell RNA sequencing data on the treatment of lung adenocarcinoma with shenling baizhu powder
2025-Feb-28, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-025-01550-z
PMID:40019596
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研究论文 | 本研究结合网络药理学和单细胞RNA测序数据,探讨了参苓白术散治疗肺腺癌的免疫调节机制 | 首次整合网络药理学与单细胞RNA测序技术,系统揭示了传统中药复方通过调节巨噬细胞相关基因(ALOX5、IL2RA、MMP9、PPARG)影响肿瘤免疫微环境的分子机制 | 研究主要基于生物信息学分析和分子对接模拟,缺乏体内外实验验证;临床样本量未明确说明 | 探究参苓白术散治疗肺腺癌的免疫调节作用机制 | 肺腺癌患者样本(正常组与LUAD组) | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序,网络药理学,分子对接 | 机器学习 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 78 | 2026-01-24 |
Single-cell profiling and clinical characteristics analysis of lung squamous carcinoma
2025-Feb-27, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-025-01556-7
PMID:40014154
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了肺鳞状细胞癌的肿瘤微环境和临床特征,构建了预后风险评分模型 | 首次结合TCGA和GEO数据库对504个LUSC样本进行单细胞RNA测序,并利用计算算法分析免疫细胞浸润和免疫检查点基因特征,识别出具有不同免疫和临床特征的两个基因簇 | 研究主要基于公共数据库的回顾性分析,缺乏前瞻性验证,且样本量虽大但可能受数据来源异质性影响 | 阐明肺鳞状细胞癌的肿瘤微环境景观和临床特征,并开发预后预测模型 | 肺鳞状细胞癌患者样本 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序,q-PCR,免疫荧光 | COX比例风险模型,加权基因共表达网络分析 | 基因表达数据,临床数据 | 504个肺鳞状细胞癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 79 | 2026-01-07 |
Spatially distinct cellular and molecular landscapes define prognosis in triple negative breast cancer
2025-Feb-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.10.637503
PMID:39990419
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术,深入分析了三阴性乳腺癌中不同预后患者的细胞和分子异质性 | 首次利用空间转录组学技术,系统揭示了三阴性乳腺癌不同预后背后的空间和分子异质性,并识别出能高精度分类预后的上皮基因特征 | 研究样本量相对较小(32例),且为回顾性设计,可能限制结果的普遍性 | 探究三阴性乳腺癌不同预后的细胞和分子基础,以推动精准诊断和治疗策略 | 三阴性乳腺癌患者的FFPE组织样本 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 空间转录组学 | 卷积神经网络(CNN) | 空间转录组数据 | 32例女性患者(17例良好预后,15例不良预后) | NA | 空间转录组学 | GeoMX® Digital Spatial Profiler | GeoMx人类全转录组图谱(WTA)面板 |
| 80 | 2026-01-01 |
Annexin A's Life in Pan-Cancer: Especially in Glioma Immune Cells
2025-02-26, Neuromolecular medicine
IF:3.3Q2
DOI:10.1007/s12017-024-08827-9
PMID:40011350
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研究论文 | 本文通过整合多组学数据,全面评估了ANXA2和ANXA4在多种癌症中的表达模式及功能影响,特别聚焦于胶质母细胞瘤 | 利用单细胞测序分析揭示ANXA2和ANXA4在胶质母细胞瘤中主要由M2巨噬细胞表达,并强调了使用多种分析方法识别差异表达基因的重要性 | 分析工具之间存在差异,可能影响结果的一致性 | 研究ANXA家族在泛癌分析及胶质瘤中的预后意义和功能作用 | ANXA2和ANXA4基因,以及胶质母细胞瘤和低级别胶质瘤 | 生物信息学 | 胶质瘤 | 单细胞测序分析,多组学数据整合 | NA | 基因组数据,单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |