单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-03-16	Single-Cell Sequencing: Genomic and Transcriptomic Approaches in Cancer Cell Biology 2025-Feb-27, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26052074 PMID:40076700	综述	本文综述了单细胞测序（SCS）在癌症生物学研究中的影响	SCS提供了基因组、转录组和表观基因组的高分辨率分析，揭示了癌症和肿瘤异质性、克隆进化以及癌细胞与肿瘤微环境之间的复杂相互作用	NA	探讨单细胞测序在癌症生物学研究中的应用及其对个性化癌症诊断、预后和治疗的推动作用	癌细胞和肿瘤微环境	癌症生物学	癌症	单细胞测序（SCS）、空间转录组学、原位测序	NA	基因组、转录组、表观基因组数据	NA
62	2025-03-16	Single cell analysis identifies distinct CD4 + T cells associated with the pathobiology of pediatric obesity related asthma 2025-Feb-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-88423-4 PMID:40000680	研究论文	本文通过单细胞转录组学分析，识别了与儿童肥胖相关哮喘病理生物学相关的不同CD4+ T细胞亚型	首次揭示了CDC42上调在CD4+ T细胞中的具体亚型及其对类固醇抵抗的贡献	研究局限于儿童肥胖相关哮喘，未涉及其他类型哮喘或成人患者	探讨儿童肥胖相关哮喘中CD4+ T细胞的分子机制及其对类固醇抵抗的影响	儿童肥胖相关哮喘患者的CD4+ T细胞	生物信息学	哮喘	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	涉及肥胖哮喘、单纯肥胖和健康体重对照组的CD4+ T细胞
63	2025-03-16	Cancer-Associated Fibroblasts Genes and Transforming Growth Factor Beta Pathway in Gastric Cancer for Novel Therapeutic Strategy 2025-Feb-26, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17050795 PMID:40075643	综述	本文综述了胃癌中癌症相关成纤维细胞基因（CAFGs）的分子特征及其在肿瘤进展和预后中的作用，探讨了其与TGFB通路的相互作用，以开发新的治疗策略	通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析揭示了CAFGs不仅在CAFs中表达，还可能反映周围细胞的激活状态，并验证了多个CAFGs在胃癌中的预后相关性	与其他癌症相比，CAFGs在胃癌中的功能机制尚不明确，且由于现有微解剖数据的限制，CAFGs在胃癌中的表达模式尚未得到确认	探讨CAFGs在胃癌中的分子特征及其与TGFB通路的相互作用，以开发新的治疗策略	胃癌中的癌症相关成纤维细胞基因（CAFGs）	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
64	2025-03-16	Comprehensive SHAP Values and Single-Cell Sequencing Technology Reveal Key Cell Clusters in Bovine Skeletal Muscle 2025-Feb-26, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26052054 PMID:40076676	研究论文	本研究通过SHAP值和单细胞测序技术揭示了牛骨骼肌中的关键细胞群	首次结合SHAP值和单细胞测序技术，成功构建了476基因的SHAP值矩阵，并绘制了骨骼肌的单细胞图谱	研究仅针对牛骨骼肌，未涉及其他物种或组织	揭示牛骨骼肌中不同类型细胞群的重要性排序及其在肌肉生长和发育中的关键作用	牛骨骼肌中的细胞群	生物信息学	NA	单细胞测序技术	SHAP值分析模型	基因表达数据	NA
65	2025-03-16	Identification of Prognostic Genes Related to Cell Senescence and Lipid Metabolism in Glioblastoma Based on Transcriptome and Single-Cell RNA-Seq Data 2025-Feb-21, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26051875 PMID:40076502	研究论文	本研究旨在通过转录组和单细胞RNA测序数据，识别与细胞衰老和脂质代谢相关的预后基因，以改善胶质母细胞瘤的预后和治疗	结合细胞衰老和脂质代谢相关基因，构建了具有优秀预测能力的风险模型和列线图，并识别了SOCS1和PHB2作为预后标志物	研究依赖于公共数据库的数据，可能存在数据偏差或局限性	改善胶质母细胞瘤的预后和治疗	胶质母细胞瘤（GBM）	数字病理学	胶质母细胞瘤	转录组测序, 单细胞RNA测序（scRNA-seq）	WGCNA, 单变量Cox回归	RNA-seq数据	公共数据库中的胶质母细胞瘤样本
66	2025-03-16	Uncovering the Signatures of Cellular Senescence in the Human Dorsolateral Prefrontal Cortex 2025-Feb-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.19.639091 PMID:40027780	研究论文	本文通过Visium空间转录组学和单核RNA测序技术，构建了人类背外侧前额叶皮层（dlPFC）衰老和细胞衰老的转录组图谱	结合空间转录组学和单核RNA测序技术，首次在非病理人类组织中揭示了dlPFC衰老和细胞衰老的异质性特征	研究局限于非病理组织，未涉及疾病状态下的细胞衰老特征	探索人类背外侧前额叶皮层（dlPFC）衰老和细胞衰老的转录组特征	人类背外侧前额叶皮层（dlPFC）的非病理组织	生物信息学	NA	Visium空间转录组学（ST）、单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
67	2025-03-16	Spatial Transcriptomic Analysis of Surgical Resection Specimens of Primary Head and Neck Squamous Cell Carcinoma Treated with Afatinib in a Window-of-Opportunity Study (EORTC90111-24111) 2025-Feb-20, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26051830 PMID:40076457	研究论文	本研究通过空间转录组学技术评估了阿法替尼治疗头颈部鳞状细胞癌后肿瘤及其微环境的变化	首次在阿法替尼治疗的头颈部鳞状细胞癌手术标本中应用空间转录组学技术，揭示了肿瘤在抗HER治疗下的演变和组成变化	研究样本量较小，仅分析了三个患者的样本	探索抗HER治疗下头颈部鳞状细胞癌的肿瘤演变和组成	头颈部鳞状细胞癌患者的手术标本和肿瘤活检	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	空间转录组学, RNA测序	NA	RNA测序数据, 空间转录组数据	三个患者的样本（ID08, ID15, ID30）
68	2025-03-16	Deciphering the generation of heterogeneity in esophageal squamous cell carcinoma metastasis via single-cell multiomics analysis 2025-Feb-04, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06154-6 PMID:39905485	研究论文	通过单细胞多组学分析揭示食管鳞状细胞癌转移中异质性的生成机制	首次在单细胞水平上结合scATAC-seq、scRNA-seq、ChIP-seq、CUT&Tag、Hi-C、bulk RNA-seq和bulk ATAC-seq数据，全面解析了ESCC转移过程中的染色质可及性及其对细胞异质性的影响	样本量较小，仅包括四名ESCC患者	研究食管鳞状细胞癌（ESCC）转移过程中染色质可及性对细胞异质性的影响	四名病理分期为T1a、T2b、T3b或T4a的ESCC患者的癌组织和邻近非癌组织	数字病理学	食管鳞状细胞癌	scATAC-seq, scRNA-seq, ChIP-seq, CUT&Tag, Hi-C, bulk RNA-seq, bulk ATAC-seq	NA	单细胞多组学数据	四名ESCC患者的癌组织和邻近非癌组织
69	2025-03-16	Differences in immune cells and gene expression in human milk by parity on integrated scRNA sequencing 2025-Feb, Clinical and experimental pediatrics IF:3.2Q1 DOI:10.3345/cep.2024.01585 PMID:39810510	研究论文	本研究通过整合和分析公开的单细胞RNA测序数据集，探讨了胎次对人类母乳中免疫细胞异质性和基因表达的影响	首次通过单细胞RNA测序技术系统地分析了胎次对人类母乳中免疫细胞组成和基因表达的影响	研究依赖于公开数据集，可能受限于数据的多样性和样本量	阐明胎次对人类母乳中免疫细胞异质性和基因表达的影响	人类母乳中的免疫细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但使用了公开的单细胞RNA测序数据集
70	2025-03-15	Pro-Fibrotic Macrophage Subtypes: SPP1+ Macrophages as a Key Player and Therapeutic Target in Cardiac Fibrosis? 2025-Feb-27, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14050345 PMID:40072075	研究论文	本文探讨了SPP1+巨噬细胞在心脏纤维化中的关键作用及其作为治疗靶点的潜力	揭示了SPP1+巨噬细胞在心脏纤维化中的核心作用，并提出了针对这些细胞的新型治疗策略	目前的研究主要基于动物模型，尚未在人类患者中进行验证	研究心脏纤维化的病理机制及治疗策略	SPP1+巨噬细胞	病理学	心血管疾病	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	动物模型
71	2025-03-15	Inhibition of bone morphogenetic protein 4 alleviates angiotensin II-induced abdominal aortic aneurysm by reducing inflammation and endothelial-mesenchymal transition 2025-Feb-21, Atherosclerosis IF:4.9Q1 DOI:10.1016/j.atherosclerosis.2025.119134 PMID:40081251	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序系统研究了血管紧张素II诱导的腹主动脉瘤小鼠模型中内皮细胞功能和表型的变化，揭示了BMP4在疾病进展中的关键作用	首次揭示了BMP4在腹主动脉瘤进展中的关键作用，通过诱导内皮间质转化和内皮细胞从抗炎到促炎表型的重编程促进疾病进展	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探讨腹主动脉瘤的发病机制，特别是内皮细胞功能和表型的变化	血管紧张素II诱导的腹主动脉瘤小鼠模型	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
72	2025-03-15	Mitochondrial Regulator CRIF1 Plays a Critical Role in the Development and Homeostasis of Alveolar Macrophages via Maintaining Metabolic Fitness 2025-Feb, Immune network IF:4.3Q2 DOI:10.4110/in.2025.25.e9 PMID:40078782	研究论文	本研究探讨了线粒体调节因子CRIF1在肺泡巨噬细胞（AMs）发育和稳态中的关键作用，特别是通过维持代谢适应性来支持其功能	首次揭示了CRIF1作为特定调节因子在肺泡巨噬细胞中的独特作用，区别于其他广泛作用的线粒体调节因子	研究主要基于小鼠模型，未在人类样本中验证CRIF1的作用	探索CRIF1在肺泡巨噬细胞代谢适应性和功能维持中的具体作用	肺泡巨噬细胞（AMs）	细胞生物学	肺疾病	单细胞RNA测序和转录组分析	NA	RNA测序数据	NA
73	2025-03-14	Deciphering Precursor Cell Dynamics in Esophageal Preneoplasia via Genetic Barcoding and Single-Cell Transcriptomics 2025-Feb-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.26.637920 PMID:40060545	研究论文	本文通过整合遗传条形码和单细胞RNA测序技术，揭示了食管癌前病变中前体细胞的动态变化	开发了一种结合遗传条形码和单细胞RNA测序的谱系追踪工具，并引入了eXamined Ridge (XR)评分来准确识别高可塑性细胞	未提及具体样本量，可能限制了结果的普适性	研究食管癌前病变中前体细胞的起源和谱系轨迹	食管癌前病变中的前体细胞	数字病理学	食管癌	遗传条形码，单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	NA
74	2025-03-14	The forkhead transcription factor FKH-7/FOXP acts in chemosensory neurons to regulate developmental decision-making 2025-Feb-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.17.638733 PMID:40027766	研究论文	本文研究了叉头转录因子FKH-7/FOXP在化学感应神经元中的作用，揭示了其在幼虫进入发育停滞的dauer阶段决策中的功能	首次描述了FKH-7/FOXP在化学感应神经元中的功能，并展示了人类FOXP1可以替代FKH-7的功能，同时通过单细胞转录组学发现了与自闭症相关的钙激活钾通道的下调表达	研究主要集中在特定神经元类型和发育阶段，可能无法全面反映FOXP1在其他神经元类型或发育阶段的功能	研究FKH-7/FOXP在化学感应神经元中的功能及其在发育决策中的作用	化学感应神经元和幼虫发育决策	神经科学	自闭症	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	NA
75	2025-03-14	General and individualized changes in T cell immunity during aging 2025-Feb-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.1093/jimmun/vkae033 PMID:40073079	研究论文	本文探讨了T细胞免疫在衰老过程中的普遍和个体化变化	利用单细胞测序技术，识别了新的T细胞亚群，并描述了T细胞转录组和TCR克隆型随年龄的变化	未提及具体的研究限制	研究T细胞免疫在衰老过程中的变化	T细胞亚群、转录组和TCR库	免疫学	老年疾病	单细胞测序	NA	单细胞数据	NA
76	2025-03-14	Single-cell transcriptome analysis of the early immune response in the lymph nodes of Borrelia burgdorferi-infected mice 2025-Feb, Microbes and infection IF:2.6Q3 DOI:10.1016/j.micinf.2024.105424 PMID:39306236	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，分析了Borrelia burgdorferi感染小鼠淋巴结淋巴细胞在早期感染阶段的免疫景观	首次在单细胞水平上揭示了Borrelia burgdorferi感染早期淋巴结中的免疫反应特征，包括B细胞增殖、免疫球蛋白类别转换至IgG3和IgG2b同种型、浆母细胞分化等	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类样本	探讨Borrelia burgdorferi感染早期淋巴结中的免疫反应机制	Borrelia burgdorferi感染小鼠的淋巴结淋巴细胞	免疫学	莱姆病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	未明确提及具体样本数量
77	2025-03-14	Opportunities and challenges in the application of single-cell transcriptomics in plant tissue research 2025-Feb, Physiology and molecular biology of plants : an international journal of functional plant biology IF:3.4Q1 DOI:10.1007/s12298-025-01558-6 PMID:40070535	综述	本文综述了单细胞转录组学在植物组织研究中的应用、挑战及整合多源数据的方法	探讨了整合多源单细胞RNA测序和多模态数据的方法，以构建全面的细胞图谱并揭示基因调控机制	单细胞RNA测序实验无法全面捕获所有细胞和基因，单模态数据不足以解释细胞状态和系统性变化	总结单细胞转录组学整合方法的基本原理、应用价值及其在揭示生物变化中的作用	植物组织中的单细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据、多模态数据	NA
78	2025-03-13	A novel signature predicts prognosis in pancreatic cancer based on tumor membrane-associated genes 2025-Feb-28, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2025.e42791 PMID:40066030	研究论文	本研究基于肿瘤膜相关基因构建了一个新的签名模型MaGPS，用于预测胰腺癌患者的预后，并探索了潜在的治疗靶点	通过整合单细胞RNA测序、空间转录组学和蛋白质表达数据，首次构建了基于肿瘤膜相关基因的预后预测模型MaGPS，并揭示了其与药物敏感性的关联	研究依赖于外部数据集进行验证，可能受到数据质量和样本异质性的限制	开发一个基于肿瘤膜相关基因的预后预测模型，以改善胰腺癌患者的治疗策略	胰腺癌患者	数字病理学	胰腺癌	scRNA-seq, 空间转录组学, 蛋白质表达分析	LASSO, Cox回归	RNA-seq, 蛋白质表达数据	来自TCGA、ICGC和GEO数据库的患者队列
79	2025-03-13	CellSP: Module discovery and visualization for subcellular spatial transcriptomics data 2025-Feb-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.12.632553 PMID:39868198	研究论文	本文介绍了CellSP，一个用于识别、可视化和表征mRNA亚细胞空间模式的计算框架	提出了'基因-细胞模块'的概念，用于识别在许多细胞中具有非随机亚细胞转录分布的基因集，并提供了直观的可视化方法	未提及具体的技术限制或数据限制	开发工具以识别和解释亚细胞转录分布的功能相关空间模式	小鼠大脑中的髓鞘形成、轴突生成和突触形成，以及肾癌和健康样本中的免疫反应相关模块	空间转录组学	阿尔茨海默病、肾癌	空间转录组学	NA	mRNA分布数据	涉及多种组织和技术的小鼠大脑和肾癌样本
80	2025-03-13	A comparative study of statistical methods for identifying differentially expressed genes in spatial transcriptomics 2025-Feb-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.17.638726 PMID:40027680	研究论文	本文提出了一种在广义估计方程（GEEs）框架下的广义得分检验（GST），用于空间转录组学（ST）数据中的差异基因表达分析，并与现有方法进行了全面比较	提出了广义得分检验（GST），该方法能够有效结合空间相关性，相较于非参数方法（如Wilcoxon秩和检验），在控制I型错误率和提高准确性方面表现更优	尽管GST在模拟和实际数据中表现出色，但其在更广泛的数据集和应用场景中的表现仍需进一步验证	研究目的是开发一种更稳健的统计方法，用于空间转录组学数据中的差异基因表达分析	空间转录组学数据，特别是乳腺癌和前列腺癌的数据	生物信息学	乳腺癌, 前列腺癌	空间转录组学（ST）	广义估计方程（GEEs）, 广义得分检验（GST）	基因表达数据	NA