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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2025-10-06 |
MAIT cells protect against sterile lung injury
2025-Feb-25, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.115275
PMID:39918959
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序等技术发现MAIT细胞在无菌性肺损伤中发挥保护作用 | 首次揭示MAIT细胞通过促进cDC1细胞积累来防御无菌性肺损伤的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类数据验证相对有限 | 探究MAIT细胞在无菌性肺损伤中的功能作用 | 小鼠肺组织MAIT细胞和特发性肺纤维化患者样本 | 免疫学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序, 光谱分析, 过继转移 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 小鼠模型和特发性肺纤维化患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 62 | 2025-10-06 |
Unveiling the cell-type-specific landscape of cellular senescence through single-cell transcriptomics using SenePy
2025-Feb-22, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-57047-7
PMID:39987255
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研究论文 | 开发了基于单细胞转录组学的细胞衰老分析算法SenePy,用于识别不同细胞类型和组织中的衰老细胞 | 创建了首个能够定义细胞类型特异性衰老特征的分析平台,优于体外研究获得的衰老特征 | NA | 开发识别细胞衰老的分析工具并研究其在衰老和疾病中的作用 | 小鼠和人类细胞 | 生物信息学 | 肿瘤发生、炎症、心肌梗死 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 72个小鼠样本和64个人类样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 63 | 2025-10-06 |
Emergence of inflammatory fibroblasts with aging in Hermansky-Pudlak syndrome associated pulmonary fibrosis
2025-Feb-22, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-07589-9
PMID:39987372
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了Hermansky-Pudlak综合征相关肺纤维化中炎症性成纤维细胞随年龄增长而出现的机制 | 首次在HPS小鼠模型中鉴定出年龄依赖性的SAA3炎症性肺成纤维细胞增加,并发现HPS1和HPS2亚型中不同的细胞相互作用机制 | 研究样本量有限,仅包含小鼠模型和三名HPS1患者 | 探究肺纤维化发生和发展的纵向细胞相互作用机制 | 年轻和年老HPS小鼠模型及HPS1患者的肺组织 | 单细胞基因组学 | 肺纤维化 | scRNA-seq, 共培养实验 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 多亚型HPS小鼠模型和3名HPS1患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 64 | 2025-10-06 |
Single-Cell Omics for Transcriptome CHaracterization (SCOTCH): isoform-level characterization of gene expression through long-read single-cell RNA sequencing
2025-Feb-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.29.590597
PMID:38746128
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研究论文 | 开发了一套名为SCOTCH的计算方法套件,用于长读长单细胞RNA测序数据的转录组表征 | 利用Oxford Nanopore R10流动池降低测序错误率的优势,无需传统短读长条形码空间构建方法,通过亚外显子识别策略和动态阈值实现精确的异构体比对和新异构体发现 | NA | 开发针对长读长单细胞RNA测序数据的计算方法,提升转录组复杂性分析能力 | 单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 长读长单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | Oxford Nanopore, PacBio, 10X Genomics, Parse Biosciences, Illumina | 单细胞RNA测序, 长读长测序 | Nanopore R9流动池, Nanopore R10流动池, PacBio测序平台 | 支持Nanopore和PacBio测序平台,兼容10X Genomics和Parse Biosciences单细胞文库制备方案 |
| 65 | 2025-10-06 |
Longitudinal single-cell profiles of lung regeneration after viral infection reveal persistent injury-associated cell states
2025-Feb-06, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2024.12.002
PMID:39818203
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研究论文 | 通过单细胞转录组学结合谱系追踪技术研究流感感染后小鼠肺再生的细胞动态变化 | 发现了损伤诱导的毛细血管内皮细胞(iCAP)状态,该状态在损伤后持续存在并具有发育肺内皮和人类退行性肺疾病的特征 | 研究仅基于小鼠模型,人类相关性需要进一步验证 | 解析肺损伤后气体交换表面功能再生的细胞协调机制 | 小鼠肺组织细胞 | 单细胞生物学 | 肺疾病 | 单细胞转录组学, 谱系追踪 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 小鼠肺组织单细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 66 | 2025-10-06 |
Frizzled5 controls murine intestinal epithelial cell plasticity through organization of chromatin accessibility
2025-02-03, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2024.10.021
PMID:39579769
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研究论文 | 本研究揭示了Frizzled5通过调控染色质可及性控制小鼠肠道上皮细胞可塑性的机制 | 首次发现Fzd5通过调控染色质可及性来协调肠道上皮细胞命运决定,揭示了Wnt通路受体在表观遗传调控中的新功能 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类细胞中验证;未详细阐明Fzd5调控染色质可及性的具体分子机制 | 探究Frizzled5在肠道上皮细胞可塑性调控中的作用机制 | 小鼠肠道上皮细胞,特别是Lgr5肠道干细胞和Krt19细胞 | 单细胞多组学 | 肠道疾病 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | 基因敲除小鼠模型 | 单细胞转录组数据, 单细胞表观基因组数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq, single-cell ATAC-seq | NA | NA |
| 67 | 2025-10-06 |
Ag-driven CD8 + T cell clonal expansion is a prominent feature of MASH in humans and mice
2025-Feb-01, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000000971
PMID:39047085
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研究论文 | 本研究揭示了抗原驱动的CD8+T细胞克隆扩增是MASH(代谢功能障碍相关脂肪性肝炎)在人类和小鼠中的一个显著特征 | 首次证实T细胞在MASH进展过程中经历抗原依赖性克隆扩增和功能分化 | T细胞在肝脏中积累的具体原因和后果尚未完全阐明 | 解析MASH中T细胞的功能及其在疾病中的作用 | 人类肝硬化患者和饮食诱导MASH小鼠模型中的肝脏驻留T细胞 | 免疫学 | 代谢功能障碍相关脂肪性肝炎 | 5'单细胞测序,流式细胞术 | NA | 单细胞测序数据,流式细胞数据 | 人类肝硬化患者和MASH小鼠模型的肝脏T细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 68 | 2025-10-06 |
Single-cell spatial transcriptomics reveals distinct patterns of dysregulation in non-neuronal and neuronal cells induced by the Trem2R47H Alzheimer's risk gene mutation
2025-Feb, Molecular psychiatry
IF:9.6Q1
DOI:10.1038/s41380-024-02651-0
PMID:39103533
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研究论文 | 通过单细胞空间转录组学分析Trem2R47H阿尔茨海默病风险基因突变对非神经元和神经元细胞的差异性调控模式 | 首次使用MERFISH空间转录组技术系统揭示Trem2突变在不同脑区细胞类型中的特异性转录调控,发现独立于淀粉样蛋白病理的神经元BDNF信号通路改变 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类样本中验证;样本数量相对有限(19个脑切片) | 探究Trem2R47H突变在阿尔茨海默病背景下对大脑不同细胞类型的转录调控影响 | 野生型、Trem2突变、5xFAD和Trem2;5xFAD基因型小鼠的皮层和皮层下脑区细胞 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病 | MERFISH空间转录组学 | 自定义分析流程 | 空间基因表达数据、神经病理学数据 | 19个小鼠脑切片 | NA | 空间转录组学 | MERFISH | MERFISH空间转录组技术 |
| 69 | 2025-10-06 |
Spatial transcriptomic clocks reveal cell proximity effects in brain ageing
2025-Feb, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-08334-8
PMID:39695234
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研究论文 | 本研究通过构建空间分辨单细胞转录组脑图谱,开发空间衰老时钟模型揭示细胞邻近效应对脑衰老的影响 | 首次开发空间衰老时钟模型,系统揭示T细胞和神经干细胞通过邻近效应对脑组织衰老与再生的调控作用 | 研究主要基于小鼠模型,在人类组织中的适用性需要进一步验证 | 探究细胞间邻近效应在脑组织衰老过程中的作用机制 | 420万个脑细胞,涵盖20个不同年龄阶段和两种再生干预措施(运动和部分重编程) | 空间转录组学 | 神经退行性疾病 | 单细胞转录组测序,空间转录组学 | 机器学习,深度学习 | 空间转录组数据 | 420万个细胞,20个年龄阶段 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 70 | 2025-10-06 |
Deciphering the cell type-specific and zonal distribution of drug-metabolizing enzymes, transporters, and transcription factors in livers of mice using single-cell transcriptomics
2025-Feb, Drug metabolism and disposition: the biological fate of chemicals
DOI:10.1016/j.dmd.2024.100029
PMID:39919554
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研究论文 | 利用单细胞转录组学解析小鼠肝脏中药物代谢酶、转运蛋白和转录因子的细胞类型特异性及区域分布 | 首次系统性地表征了药物处理基因在不同肝脏细胞类型和区域中的基线mRNA富集情况 | 基于已发表的单细胞和细胞核转录组数据集进行分析,未进行新的实验验证 | 解析小鼠肝脏中药物处理基因的细胞类型特异性和区域分布特征 | 小鼠肝脏细胞(包括肝细胞、胆管细胞、内皮细胞、库普弗细胞、星状细胞、肌成纤维细胞和免疫细胞) | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组测序, 空间转录组学 | Seurat V5 | 单细胞转录组数据, 细胞核转录组数据 | 已发表的单细胞和细胞核转录组数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 71 | 2025-10-06 |
Multiple Myeloma Insights from Single-Cell Analysis: Clonal Evolution, the Microenvironment, Therapy Evasion, and Clinical Implications
2025-Feb-14, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers17040653
PMID:40002248
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综述 | 通过单细胞技术解析多发性骨髓瘤的克隆演化、肿瘤微环境相互作用及治疗耐药机制 | 系统整合单细胞多组学技术揭示多发性骨髓瘤细胞异质性、克隆演化轨迹及肿瘤微环境在治疗抵抗中的作用机制 | 单细胞技术临床应用面临成本高昂、数据复杂性、缺乏标准化分析流程及伦理问题等挑战 | 探讨多发性骨髓瘤的疾病进展机制并推动个体化治疗策略发展 | 多发性骨髓瘤的肿瘤细胞、肿瘤微环境及临床患者 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞转录组学、单细胞基因组学、单细胞多组学 | NA | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 72 | 2025-10-06 |
Suppressing recurrence in Sonic Hedgehog subgroup medulloblastoma using the OLIG2 inhibitor CT-179
2025-Feb-04, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-54861-3
PMID:39904981
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研究论文 | 本研究探讨OLIG2抑制剂CT-179在SHH亚型髓母细胞瘤中抑制肿瘤复发的治疗潜力 | 首次发现脑渗透性口服OLIG2抑制剂CT-179可通过破坏OLIG2二聚化、磷酸化和DNA结合来靶向肿瘤干细胞 | 研究主要基于临床前模型,尚未进行人体临床试验 | 开发针对SHH亚型髓母细胞瘤OLIG2+肿瘤干细胞的特异性治疗方法 | SHH亚型髓母细胞瘤外植体类器官、PDX模型和GEM模型 | 癌症研究 | 髓母细胞瘤 | 单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据 | 多种临床前模型(未明确具体样本数量) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 73 | 2025-10-06 |
BRD4 inhibition rewires cardiac macrophages toward a protective phenotype marked by low MHC class II expression
2025-Feb-01, American journal of physiology. Heart and circulatory physiology
DOI:10.1152/ajpheart.00438.2024
PMID:39716819
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研究论文 | 本研究揭示BRD4抑制剂通过调控心脏巨噬细胞表型转化,减少促炎单核细胞招募并促进修复性表型,从而改善心脏缺血再灌注损伤 | 首次阐明BRD4抑制剂通过细胞自主机制调控心脏巨噬细胞MHC-II表达和NF-κB信号通路,实现巨噬细胞表型重编程 | 研究主要基于小鼠模型,临床转化价值需进一步验证 | 探究BET抑制剂改善心脏结构和功能的细胞机制 | 心脏巨噬细胞、单核细胞、心脏成纤维细胞 | 心血管疾病研究 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 基因敲除 | NA | 基因表达数据 | 小鼠心脏组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 74 | 2025-10-06 |
Variants and vaccines impact nasal immunity over three waves of SARS-CoV-2
2025-Feb, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-024-02052-z
PMID:39833605
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析不同SARS-CoV-2变异株和疫苗接种状态对鼻黏膜免疫反应的影响 | 首次系统比较了原始毒株、Delta和Omicron变异株感染下鼻黏膜单细胞水平的免疫反应差异,并揭示了疫苗接种对鼻腔巨噬细胞的激活作用 | 样本量相对有限,未涵盖所有SARS-CoV-2变异株,且主要关注急性感染期 | 探究SARS-CoV-2不同变异株和疫苗接种状态如何影响人类鼻黏膜的细胞免疫反应 | 接种和未接种疫苗的成人Delta和Omicron SARS-CoV-2急性感染者的鼻咽拭子样本 | 单细胞基因组学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确具体样本数量,包括接种和未接种疫苗的Delta、Omicron和原始毒株感染者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 75 | 2025-10-06 |
SELP+ TEC:CD8+ T cell crosstalk associates with improved radiotherapy efficacy in cervical cancer
2025-Feb-03, Molecular cancer
IF:27.7Q1
DOI:10.1186/s12943-025-02244-7
PMID:39901166
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研究论文 | 本研究探讨了宫颈癌中SELP+肿瘤内皮细胞与CD8+ T细胞通过ACKR1-CCL5轴的相互作用对放疗疗效的影响 | 首次发现SELP在宫颈癌特定内皮细胞亚群中的表达与抗癌免疫反应相关,并揭示了SELP TEC与CD8+ T细胞通过ACKR1-CCL5轴互作的新机制 | SELP影响抗癌免疫的具体机制及其在放疗反应中的确切作用尚未完全阐明 | 探究SELP在宫颈癌中对抗癌免疫的影响及其在放疗反应中的作用机制 | 宫颈癌患者肿瘤组织样本、单细胞RNA测序数据和批量RNA测序数据 | 癌症免疫学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 205例宫颈癌患者肿瘤组织样本,8例患者的42,159个细胞的scRNA-seq数据,187例放疗患者的批量RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 76 | 2025-10-06 |
Inhibition of methylthioadenosine phosphorylase provides protection from experimental acute kidney injury
2025-Feb-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.19.639065
PMID:40027701
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研究论文 | 本研究探讨抑制甲基硫腺苷磷酸化酶(MTAP)对实验性急性肾损伤的保护作用 | 首次提出MTAP抑制作为急性肾损伤的新型肾脏保护策略 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床适用性有待验证 | 开发急性肾损伤的新型治疗策略 | 急性肾损伤小鼠模型和人类单细胞RNA测序数据 | 肾脏病学 | 急性肾损伤 | RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据, 组织学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 77 | 2025-10-06 |
A single-cell transcriptomic atlas of developing inhibitory neurons reveals expanding and contracting modes of diversification
2025-Feb-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.19.636192
PMID:40027755
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研究论文 | 本研究通过构建发育中抑制性神经元的单细胞转录组图谱,揭示了SST+神经元多样化的三种不同模式 | 开发了计算流程富集和整合稀有细胞类型,构建了包含超过51,000个SST+神经元的发育图谱,首次发现抑制性神经元多样化的三种模式:不变、扩张和收缩 | 主要基于小鼠数据,人类数据验证有限;稀有细胞类型的捕获仍存在技术挑战 | 探究大脑皮层抑制性神经元多样性在发育过程中的形成机制 | 小鼠和人类胎儿的生长抑素表达(SST+)抑制性神经元 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNAseq) | 计算分析流程 | 单细胞转录组数据 | 超过51,000个小鼠SST+神经元 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 78 | 2025-10-06 |
Tissue extracellular vesicles suppress neonatal cardiac regeneration: a Pak2-Erk1/2-mediated macrophage paracrine signaling
2025-Feb-14, Acta biochimica et biophysica Sinica
IF:3.3Q1
DOI:10.3724/abbs.2024193
PMID:39949198
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研究论文 | 本研究揭示了新生儿心肌组织来源的细胞外囊泡通过Pak2-Erk1/2轴调控巨噬细胞旁分泌活动,从而抑制心肌细胞增殖的机制 | 首次发现出生后第8天心肌组织来源的细胞外囊泡通过Pak2-Erk1/2信号通路调控巨噬细胞功能,进而影响心肌细胞增殖能力 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类样本中验证;具体囊泡内容物的作用机制仍需进一步探索 | 探究心肌组织来源的细胞外囊泡对新生儿心脏再生能力的影响机制 | 小鼠心肌组织、细胞外囊泡、巨噬细胞、新生儿心肌细胞 | 心血管生物学 | 心血管疾病 | 生物信息学分析、高通量组学、单细胞测序、共培养实验 | NA | 单细胞测序数据、组学数据 | 小鼠出生后第1天和第8天心肌组织 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 79 | 2025-10-06 |
Similarities and differences in the response and molecular characteristics of peripheral sensory neurons associated with pain and itch
2025-Feb-14, Acta biochimica et biophysica Sinica
IF:3.3Q1
DOI:10.3724/abbs.2024202
PMID:39953797
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研究论文 | 本研究通过双光子钙成像和单细胞RNA测序技术,探索了背根神经节神经元对疼痛和瘙痒刺激的响应差异及分子特征 | 首次系统比较了多感觉神经元和单感觉神经元对疼痛和瘙痒的响应差异,并揭示了不同神经元亚群在慢性疼痛和瘙痒发展中的独特转录组变化 | 研究主要聚焦于背根神经节神经元,未涉及中枢神经系统的调控机制 | 探究外周感觉神经元对疼痛和瘙痒刺激的响应差异及分子机制 | 小鼠背根神经节神经元 | 神经科学 | 慢性疼痛和瘙痒 | 双光子钙成像, 单细胞RNA测序 | NA | 钙成像数据, 单细胞转录组数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 80 | 2025-10-06 |
The impact of ambient contamination on demultiplexing methods for single-nucleus multiome experiments
2025-Feb-10, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5977005/v1
PMID:39989953
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研究论文 | 本研究评估了基因型分型解复用方法在单核多组学实验中对环境RNA/DNA污染的敏感性 | 开发了ambisim基因型感知读取水平模拟器,能够灵活控制环境分子比例并生成真实的联合snRNA/snATAC数据 | 研究主要基于模拟数据,虽然验证了两个真实数据集,但样本数量有限 | 评估不同解复用方法在单核多组学测序实验中对环境污染的鲁棒性 | 单核RNA-seq和ATAC-seq数据 | 单细胞测序分析 | NA | 单核多组学测序,基因型分型解复用 | NA | 单细胞多组学测序数据 | 两个联合snRNA/snATAC数据集 | NA | 单核多组学,单核RNA-seq,单核ATAC-seq | NA | NA |