单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
721	2025-01-31	Airway stenosis: classification, pathogenesis, and clinical management 2025-Feb, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.70076 PMID:39866837	综述	本文综述了气道狭窄（AS）的分类、发病机制及临床管理，并探讨了基于发病机制开发的多种治疗方法	本文综合了AS的多种发病机制，并探讨了基于这些机制的新型治疗方法，如基因治疗、干细胞治疗等	尽管提出了多种治疗方法，但许多仍处于临床前阶段，尚未广泛应用于临床	揭示AS的发病机制并加速其临床转化	气道狭窄（AS）患者	NA	气道狭窄	单细胞RNA测序、16S rRNA基因测序、shotgun宏基因组测序	NA	NA	NA
722	2025-01-31	A deep learning framework for in silico screening of anticancer drugs at the single-cell level 2025-Feb, National science review IF:16.3Q1 DOI:10.1093/nsr/nwae451 PMID:39872221	研究论文	本文介绍了一个名为Shennong的深度学习框架，用于在单细胞水平上进行抗癌药物的计算机筛选	利用泛癌和泛组织的单细胞转录组数据揭示恶性细胞、癌前细胞以及癌症相关基质和内皮细胞的异质性表达模式，并开发了Shennong框架进行药物筛选	未提及具体的数据集大小或实验验证的详细结果	提高抗癌药物的筛选准确性和效率，加速药物发现过程	恶性细胞、癌前细胞、癌症相关基质和内皮细胞	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	深度学习	单细胞转录组数据	NA
723	2025-01-31	Single-cell RNA Sequencing Analysis Reveals Cancer-associated Fibroblast Signature for Prediction of Clinical Outcomes and Immunotherapy in Gastric Cancer 2025 Feb-Mar 01, Journal of immunotherapy (Hagerstown, Md. : 1997) DOI:10.1097/CJI.0000000000000539 PMID:39206772	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了胃癌中癌症相关成纤维细胞的标志物，用于预测临床结果和免疫治疗效果	开发了一种新的评分方法CAF score (CAFS)，用于预测胃癌患者的预后和免疫治疗反应，并识别了CAFS高和低亚组的不同特征	研究中未提及样本量的具体信息，且未讨论CAFS在其他类型癌症中的适用性	探索能够预测胃癌患者免疫治疗效果的生物标志物，以指导个性化治疗	胃癌患者及其肿瘤微环境中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
724	2024-12-09	NLRP3 inflammasome mediates pyroptosis of alveolar macrophages to induce radiation lung injury 2025-Feb-15, Journal of hazardous materials IF:12.2Q1 DOI:10.1016/j.jhazmat.2024.136740 PMID:39642726	研究论文	研究探讨了NLRP3炎症小体在辐射诱导的肺损伤中通过介导肺泡巨噬细胞的焦亡作用	首次揭示了NLRP3炎症小体在辐射诱导的肺损伤中通过介导肺泡巨噬细胞的焦亡作用，并提出了潜在的治疗策略	NA	探讨辐射诱导的肺损伤中肺泡巨噬细胞焦亡和炎症小体激活的机制	肺泡巨噬细胞、T细胞、B细胞和上皮细胞	NA	辐射诱导的肺损伤	多色流式细胞术、单细胞RNA测序、质谱分析、共免疫沉淀和Duolink技术	NA	细胞和组织微环境数据	NA
725	2025-01-03	SPP1-mediated M2 macrophage polarization shapes the tumor microenvironment and enhances prognosis and immunotherapy guidance in nasopharyngeal carcinoma 2025-Feb-06, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113944 PMID:39742726	研究论文	本研究探讨了SPP1在鼻咽癌肿瘤微环境中的作用，并建立了一个基于机器学习的SPP1驱动的M2巨噬细胞特征来预测患者预后	首次揭示了SPP1在鼻咽癌中通过激活CD44/JAK2/STAT3信号通路促进M2巨噬细胞极化的机制，并建立了一个新的SPP1相关M2巨噬细胞特征用于预后预测和个性化治疗	研究主要基于体外实验和转录组数据，缺乏体内实验验证	探讨SPP1在鼻咽癌肿瘤微环境中的作用及其对预后的影响	鼻咽癌患者和肿瘤相关巨噬细胞	数字病理学	鼻咽癌	单细胞RNA测序	机器学习	转录组数据	来自福建肿瘤医院的鼻咽癌队列、Gene Expression Omnibus队列和单细胞RNA测序数据集
726	2025-01-04	Unveiling the role of ACTL6A in uveal melanoma metastasis and immune microenvironment 2025-Feb-06, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113841 PMID:39746274	研究论文	本研究通过生物信息学分析揭示了ACTL6A在葡萄膜黑色素瘤（UM）转移和免疫微环境中的作用	首次发现ACTL6A在UM中的低表达与不良预后相关，并揭示了其与癌症干细胞和免疫浸润的关联	研究主要依赖于公共数据库的数据，缺乏实验验证	预测和评估ACTL6A在UM预后和发展中的可能机制和临床价值	葡萄膜黑色素瘤（UM）	生物信息学	葡萄膜黑色素瘤	scRNA-seq, QUANTISEQ, MCP-counter	NA	基因表达数据	来自TCGA和GEO数据库的数据，以及8个GSE数据库的分析
727	2025-01-06	Shared chemoresistance genes in ESCC and cervical Cancer: Insights from pharmacogenomics and Mendelian randomization 2025-Feb-06, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113933 PMID:39755112	研究论文	本研究通过孟德尔随机化和药物基因组学方法，探讨了食管鳞状细胞癌（ESCC）和宫颈癌中共同的化疗耐药基因	利用单细胞RNA测序和孟德尔随机化方法，首次揭示了CD8 + T效应记忆细胞在ESCC和宫颈癌化疗耐药中的关键作用，并鉴定了与耐药相关的关键基因	研究主要依赖于基因组数据，缺乏对耐药机制的深入功能验证	探讨ESCC和宫颈癌中共同的化疗耐药基因，以促进个性化治疗策略的开发	食管鳞状细胞癌（ESCC）和宫颈癌患者	药物基因组学	食管鳞状细胞癌, 宫颈癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）, 孟德尔随机化（MR）, MTT实验, 免疫组化	孟德尔随机化模型	基因组数据, 单细胞RNA测序数据	多个队列的基因组数据及耐药样本
728	2025-01-28	The analysis of transcriptomic signature of TNBC-searching for the potential RNA-based predictive biomarkers to determine the chemotherapy sensitivity 2025-Feb, Journal of applied genetics IF:2.0Q3 DOI:10.1007/s13353-024-00876-x PMID:38722458	研究论文	本研究旨在通过RNA测序分析三阴性乳腺癌（TNBC）患者的转录组特征，寻找与化疗敏感性相关的RNA生物标志物	首次通过RNA测序技术结合单细胞RNA测序数据，筛选出24个与TNBC患者新辅助化疗反应和生存率显著相关的基因	样本量较小（46例FFPE样本），且需要进一步验证这些基因作为预测标志物的临床实用性	识别与TNBC患者新辅助化疗疗效显著相关的基因，以预测化疗敏感性和生存率	三阴性乳腺癌（TNBC）患者	数字病理学	乳腺癌	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	RNA测序数据	46例FFPE肿瘤样本（26例pCR，20例pPR），63个乳腺癌细胞系，TCGA数据集
729	2024-09-28	Dysfunction of Endothelial Cell-Mediated Intercellular Communication and Metabolic Pathways in Age-Related Macular Degeneration 2025-Feb, Current eye research IF:1.7Q3 DOI:10.1080/02713683.2024.2407361 PMID:39329213	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序数据，分析了年龄相关性黄斑变性（AMD）样本中的细胞间通信和代谢途径的异常	首次通过单细胞RNA测序数据整合分析，揭示了AMD样本中细胞间通信和代谢途径的异常，并发现了不同类型AMD中的特定信号通路和代谢状态	研究仅限于分析已有的单细胞RNA测序数据，未进行新的实验验证	通过分析高吞吐量测序数据，寻找年龄相关性黄斑变性（AMD）的特定特征	视网膜和视网膜色素上皮/脉络膜组织中的AMD样本，以及黄斑和周边位置的样本	数字病理学	年龄相关性黄斑变性	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	六个项目的单细胞RNA测序数据
730	2025-01-28	Exosomal miRNA reprogramming in pyroptotic macrophage drives silica-induced fibroblast-to-myofibroblast transition and pulmonary fibrosis 2025-Feb-05, Journal of hazardous materials IF:12.2Q1 DOI:10.1016/j.jhazmat.2024.136629 PMID:39603130	研究论文	本文研究了二氧化硅纳米颗粒（SiNPs）通过诱导巨噬细胞焦亡和释放外泌体，进而驱动成纤维细胞向肌成纤维细胞转化，促进肺纤维化的机制	揭示了SiNPs通过诱导巨噬细胞焦亡和外泌体释放，调控TGF-β信号通路，促进成纤维细胞向肌成纤维细胞转化的新机制	研究主要基于体外和动物模型，尚未在人体中进行验证	揭示二氧化硅诱导肺纤维化的分子机制	二氧化硅纳米颗粒（SiNPs）、巨噬细胞、成纤维细胞、外泌体	数字病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、高通量miRNA测序、高光谱成像、人工智能病理识别	NA	RNA测序数据、高光谱图像	体外和体内矽肺模型
731	2025-01-28	Ferroptosis-Related Gene Signatures in Epilepsy: Diagnostic and Immune Insights 2025-Feb, Molecular neurobiology IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s12035-024-04385-0 PMID:39052183	研究论文	本研究探讨了铁死亡相关基因（FRGs）在癫痫中的作用，并开发了一个基于这些基因的诊断模型	首次系统地研究了铁死亡相关基因在癫痫中的角色，并发现这些基因与免疫反应和神经炎症有显著关联	研究样本量相对较小，且主要依赖于已有数据集，缺乏更大规模的独立验证	探讨铁死亡相关基因在癫痫中的机制及其作为诊断标志物的潜力	癫痫患者和小鼠的脑组织	生物信息学	癫痫	qRT‒PCR, CIBERSORT, MCP-counter, WGCNA, scRNA-seq	诊断模型	基因表达数据	91名癫痫患者和小鼠脑组织样本
732	2025-01-28	Modulation of the Immunological Milieu in Acute Aneurysmal Subarachnoid Hemorrhage: The Potential Role of Monocytes Through CXCL10 Secretion 2025-Feb, Translational stroke research IF:3.8Q2 DOI:10.1007/s12975-024-01259-4 PMID:38780865	研究论文	本研究探讨了动脉瘤性蛛网膜下腔出血（aSAH）后免疫系统的反应，特别是单核细胞通过CXCL10分泌在其中的潜在作用	首次通过单细胞RNA测序（scRNAseq）分析了aSAH患者脑脊液中的CD8+CD161+细胞，并发现单核细胞在aSAH中高表达CXCL10	样本量较小，且仅比较了aSAH和非动脉瘤性SAH（naSAH）的差异，未涉及其他类型的脑出血	研究aSAH后免疫系统的反应，特别是单核细胞在其中的作用	aSAH和naSAH患者的脑脊液样本	免疫学	脑出血	单细胞RNA测序（scRNAseq）、RT-qPCR	NA	RNA测序数据、基因表达数据	aSAH和naSAH患者的脑脊液样本
733	2025-01-28	Resident synovial macrophages in synovial fluid: Implications for immunoregulation 2025-Feb, Clinical immunology (Orlando, Fla.) DOI:10.1016/j.clim.2024.110422 PMID:39701169	研究论文	本文探讨了常驻滑膜巨噬细胞（RSMs）在滑液中的存在及其对免疫调节的影响	创建了一种新型的体外模型来验证人类滑膜中的RSMs，并发现这些细胞在炎症性关节炎中上调了促纤维化和促破骨细胞途径	滑膜屏障破裂后，这些细胞是否持续或引发滑液中的慢性炎症仍未知	识别人类滑液中的RSMs作为滑膜屏障完整性的间接测量	人类滑液和滑膜	免疫学	关节炎	scRNA-seq	体外模型	基因表达数据	NA
734	2025-01-28	Circulatory age-associated B cells: Their distinct transcriptomic characteristics and clinical significance in drug-naïve patients with rheumatoid arthritis 2025-Feb, Clinical immunology (Orlando, Fla.) DOI:10.1016/j.clim.2024.110425 PMID:39746429	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了类风湿性关节炎（RA）患者外周血中年龄相关B细胞（ABCs）的独特转录组特征及其临床意义	首次在RA患者中通过单细胞RNA测序技术全面解析了ABCs的基因表达特征，并发现SYK是定义ABCs髓样表型的关键调节因子	研究样本仅限于未接受药物治疗的RA患者，可能限制了结果的普遍性	探讨ABCs在RA中的基因表达特征及其临床意义	类风湿性关节炎患者的外周血B细胞	生物医学	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但涉及RA患者的外周血样本
735	2025-01-27	Multimodal Profiling of Peripheral Blood Identifies Proliferating Circulating Effector CD4+ T Cells as Predictors for Response to Integrin α4β7-Blocking Therapy in Inflammatory Bowel Disease 2025-Feb, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2024.09.021 PMID:39343250	研究论文	本研究通过多模态分析外周血，识别出增殖的循环效应CD4+ T细胞作为炎症性肠病对整合素α4β7阻断疗法反应的预测因子	通过整合多模态参数和机器学习，识别出治疗前非应答者中增殖的CD4+记忆T细胞的显著增加，这一预测性T细胞特征具有激活的T-helper 1/T-helper 17细胞表型，并表现出较高的整合素α4β1水平	研究样本量有限，且仅针对接受抗整合素α4β7抗体vedolizumab治疗的患者	寻找炎症性肠病对整合素α4β7阻断疗法反应的可靠预测因子	接受抗整合素α4β7抗体vedolizumab治疗的炎症性肠病患者	数字病理学	炎症性肠病	质谱流式细胞术、单细胞RNA测序、单细胞B和T细胞受体测序（BCR/TCR-seq）、血清蛋白质组学、多参数流式细胞术	机器学习	外周血样本	2个队列的炎症性肠病患者
736	2025-01-27	Prenatal exposure on nanoplastics: A study of spatial transcriptomics in hippocampal offspring 2025-Feb-01, Environmental pollution (Barking, Essex : 1987) DOI:10.1016/j.envpol.2024.125480 PMID:39644950	研究论文	本研究利用空间转录组学技术，研究了母体暴露于聚苯乙烯纳米塑料（PS-NPs）对大鼠后代海马区的影响，揭示了纳米塑料对后代海马发育的神经毒性及其与学习记忆功能下降的关联	首次使用空间转录组学技术系统性地研究了纳米塑料对后代海马区的影响，揭示了细胞类型特异性基因表达谱的变化及其与神经发育障碍的关联	研究仅针对大鼠模型，尚未在人类中验证；未探讨长期暴露的累积效应	探究母体暴露于纳米塑料对后代海马区发育的影响及其机制	大鼠后代海马区	空间转录组学	神经发育障碍	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
737	2025-01-27	DEHP-mediated oxidative stress leads to impaired testosterone synthesis in Leydig cells through the cAMP/PKA/SF-1/StAR pathway 2025-Feb-01, Environmental pollution (Barking, Essex : 1987) DOI:10.1016/j.envpol.2024.125503 PMID:39657860	研究论文	本研究探讨了环境中的增塑剂DEHP如何通过氧化应激影响Leydig细胞（LCs）的睾酮合成，揭示了cAMP/PKA/SF-1/StAR通路在其中的作用	首次结合单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析与体内外实验，揭示了DEHP通过氧化应激抑制cAMP/PKA/SF-1/StAR通路，从而损害LCs睾酮合成的机制	研究主要聚焦于DEHP对LCs的影响，未涉及其他环境污染物或细胞类型的潜在作用	探究DEHP对Leydig细胞损伤的分子机制，特别是其对睾酮合成的影响	Leydig细胞（LCs）	生物医学	男性生殖系统疾病	scRNA-seq分析、体内外实验	NA	单细胞RNA测序数据、生化指标数据	未明确说明样本数量，但涉及体内外实验
738	2025-01-27	Single-cell transcriptome sequencing analysis of physiological and immune profiling of crucian carp (Carassius auratus) gills 2025-Feb, Fish & shellfish immunology IF:4.1Q1 DOI:10.1016/j.fsi.2024.110087 PMID:39662647	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）和组织学分析，首次在单细胞水平上注释并分析了鲫鱼鳃的细胞类型及其功能异质性	首次在单细胞水平上注释并分析了鲫鱼鳃的细胞类型及其功能异质性，揭示了ILCM的代谢活跃状态和免疫调节的主要途径	研究局限于鲫鱼鳃的细胞类型和功能分析，未涉及其他鱼类或器官	探索鲫鱼鳃的生理和免疫功能，特别是在单细胞水平上的功能异质性	鲫鱼（Carassius auratus）的鳃	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），加权基因共表达网络分析（WGCNA）	NA	单细胞RNA测序数据	鲫鱼鳃的19种细胞类型
739	2025-01-27	Anxiety-like behavior and altered hippocampal activity in a transgenic mouse model of Fabry disease 2025-Feb, Neurobiology of disease IF:5.1Q1 DOI:10.1016/j.nbd.2025.106797 PMID:39788162	研究论文	本研究通过转基因法布里病小鼠模型，探讨了法布里病与焦虑样行为及海马体功能改变之间的关系	首次结合行为学、转录组学、功能和形态学评估，揭示了法布里病小鼠海马体中神经元和非神经元细胞群的转录和功能改变	研究仅使用雄性小鼠，未涉及雌性小鼠或其他动物模型	探讨法布里病与神经精神症状（如焦虑）之间的潜在机制	转基因法布里病小鼠模型	神经科学	法布里病	单细胞测序、行为学测试、电生理记录	转基因小鼠模型	行为数据、转录组数据、电生理数据	雄性法布里病小鼠
740	2025-01-25	TRAIL induces podocyte PANoptosis via death receptor 5 in diabetic kidney disease 2025-Feb, Kidney international IF:14.8Q1 DOI:10.1016/j.kint.2024.10.026 PMID:39571905	研究论文	本文探讨了TRAIL通过死亡受体5（DR5）在糖尿病肾病（DKD）中诱导足细胞PANoptosis（凋亡、焦亡和坏死性凋亡）的机制	首次揭示了TRAIL/DR5在DKD中通过激活PANoptosis诱导足细胞损伤的关键自分泌作用	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人类临床试验中验证	研究TRAIL/DR5在糖尿病肾病中诱导足细胞损伤的机制	足细胞和糖尿病肾病模型	生物医学	糖尿病肾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	3个正常人类肾脏样本和3个DKD人类肾脏样本