单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
681	2025-02-05	Immunophenotyping of Synovial Tissue in Adolescents Undergoing ACL Reconstruction: What Is the Role of Synovial Inflammation in Arthrofibrosis? 2025-Feb, The American journal of sports medicine DOI:10.1177/03635465241305411 PMID:39772756	研究论文	本研究探讨了青少年前交叉韧带重建（ACLR）后滑膜炎症在关节纤维化中的作用	首次通过流式细胞术和单细胞RNA测序技术对ACLR患者的滑膜组织进行免疫表型分析，揭示了三种不同的免疫表型，并发现T细胞浸润与术后早期运动范围（ROM）呈负相关	样本量较小（n=17），且为前瞻性试点研究，证据等级为4级，结果需要更大规模的研究验证	探讨滑膜炎症在ACLR后关节纤维化中的作用	10至18岁接受初次ACLR的患者	NA	关节纤维化	流式细胞术，单细胞RNA测序	NA	滑膜组织样本	17名接受ACLR的患者
682	2025-02-05	Dynamic evolution of TCF3-PBX1 leukemias at the single-cell level under chemotherapy pressure 2025-Feb, HemaSphere IF:7.6Q1 DOI:10.1002/hem3.70071 PMID:39901941	研究论文	本文通过建立TCF3-PBX1条件性敲入小鼠模型，研究了化疗压力下急性淋巴细胞白血病（ALL）在单细胞水平的动态演化	首次在单细胞水平上揭示了TCF3-PBX1白血病在化疗后的克隆动态演化和表型多样性，并发现了与化疗耐药相关的信号通路	研究主要基于小鼠模型，结果在人类ALL中的适用性需要进一步验证	研究TCF3-PBX1白血病在化疗压力下的动态演化和耐药机制	TCF3-PBX1条件性敲入小鼠模型和化疗后的白血病细胞	数字病理学	白血病	下一代测序技术（NGS）和质谱流式细胞术	小鼠模型	单细胞RNA测序数据和质谱流式细胞数据	TCF3-PBX1白血病小鼠模型
683	2025-02-05	Single-cell transcriptome atlas of male mouse pituitary across postnatal life highlighting its stem cell landscape 2025-Feb-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.111708 PMID:39898054	研究论文	本文构建了雄性小鼠内分泌垂体的单细胞转录组图谱，涵盖了健康与损伤状态下的重要出生后年龄段，重点研究了垂体干细胞及其复杂身份和微环境	通过单细胞转录组技术揭示了垂体干细胞的标记物和调控因子，并利用垂体干细胞类器官功能验证了转录组发现，特别是KLF5、AP-1复合物和EGF通路在垂体干细胞调控中的作用	研究主要基于小鼠模型，尽管部分发现可转化至人类，但仍需进一步验证	揭示垂体干细胞的生物学特性及其在衰老过程中的变化	雄性小鼠的垂体	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组测序	NA	单细胞转录组数据	涵盖健康与损伤状态下的雄性小鼠垂体样本
684	2025-02-05	New Anti-Fibrotic Strategies for Keloids: Insights From Single-Cell Multi-Omics 2025-Feb-04, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13818 PMID:39902627	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了瘢痕疙瘩的细胞异质性和分子机制，揭示了不同成纤维细胞亚群在瘢痕疙瘩中的不同作用	首次利用单细胞RNA测序技术深入研究了瘢痕疙瘩的细胞异质性和分子机制，并识别出POSTN+间充质成纤维细胞和IGFBP2+成纤维细胞在瘢痕疙瘩中的不同作用	样本量较小，仅包括三个瘢痕疙瘩组织和三个正常皮肤样本	研究瘢痕疙瘩的细胞异质性和分子机制，探索新的抗纤维化治疗策略	瘢痕疙瘩组织和正常皮肤样本	数字病理学	皮肤疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	三个瘢痕疙瘩组织和三个正常皮肤样本
685	2025-02-05	Fusobacterium nucleatum promotes colorectal cancer through neogenesis of tumor stem cells 2025-Feb-03, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI181595 PMID:39656543	研究论文	本研究揭示了Fusobacterium nucleatum通过激活LY6A+复兴干细胞（RSCs）并促进其转化为肿瘤干细胞，从而加速结直肠癌（CRC）发生的机制	发现了F. nucleatum通过LY6A受体上调RPS14，驱动RSCs过度增殖和肿瘤转化的新信号轴	研究主要基于小鼠模型和临床样本分析，尚未在人体中进行干预实验验证	探讨Fusobacterium nucleatum在结直肠癌发生中的作用机制	结直肠癌患者和小鼠模型中的肠道隐窝细胞	肿瘤生物学	结直肠癌	单细胞测序分析	小鼠模型	基因表达数据	结直肠癌患者和小鼠模型
686	2025-02-05	Single-cell RNA sequencing of neonatal cortical astrocytes reveals versatile cell clusters during astrocyte-neuron conversion 2025-Feb-03, Molecular biology reports IF:2.6Q3 DOI:10.1007/s11033-025-10309-5 PMID:39899158	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了新生小鼠皮层星形胶质细胞在体外转化为神经元过程中的细胞异质性及其转化潜力	首次在单细胞水平上揭示了新生小鼠皮层星形胶质细胞的异质性，并识别出具有较高神经元转化潜力的Astrocyte 3亚群	研究仅限于体外实验，未涉及体内环境下的转化过程	探讨星形胶质细胞在神经元转化过程中的异质性及其对转化效率的影响	新生小鼠皮层星形胶质细胞	单细胞组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	新生小鼠皮层星形胶质细胞在体外培养的第1天和第9天的细胞样本
687	2025-02-05	Single-cell transcriptomic profiling of heart reveals ANGPTL4 linking fibroblasts and angiogenesis in heart failure with preserved ejection fraction 2025-Feb, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.02.006 PMID:38346487	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了保留射血分数心力衰竭（HFpEF）中心脏成纤维细胞与血管生成之间的联系，并提出ANGPTL4可能是潜在的药物靶点	首次在单细胞分辨率下全面描述了HFpEF心脏中的血管生成障碍，并提出成纤维细胞通过分泌ANGPTL4与内皮细胞系交叉连接，显示出抗血管生成功能	研究仅基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探讨HFpEF的细胞异质性和潜在机制	HFpEF小鼠模型的心脏细胞	单细胞转录组学	心血管疾病	单细胞测序、免疫组织化学、免疫荧光染色	NA	单细胞转录组数据	HFpEF小鼠模型的心脏细胞
688	2025-02-05	COMPREHENSIVE CHARACTERIZATION OF CYTOKINES IN PATIENTS UNDER EXTRACORPOREAL MEMBRANE OXYGENATION: EVIDENCE FROM INTEGRATED BULK AND SINGLE-CELL RNA SEQUENCING DATA USING MULTIPLE MACHINE LEARNING APPROACHES 2025-Feb-01, Shock (Augusta, Ga.) DOI:10.1097/SHK.0000000000002425 PMID:39503329	研究论文	本文通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，结合多种机器学习方法，全面表征了接受体外膜氧合（ECMO）治疗患者中细胞因子的表达模式及其潜在生物学过程	首次结合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，利用多种机器学习算法构建了一个包含九个关键细胞因子相关基因的预测模型（CRG分类器），并揭示了细胞因子在ECMO治疗中的潜在机制	研究依赖于公开数据集和医院队列数据，可能存在样本选择偏差，且模型的临床实用性需要进一步验证	研究旨在全面理解ECMO治疗期间细胞因子的表达模式及其对患者的潜在影响，并构建预测模型以指导个体化治疗	接受ECMO治疗的患者	机器学习	心血管疾病	RNA-seq	SVM, RF, Lasso, XGBoost, ANN	RNA测序数据	三个ECMO支持数据集（两个批量RNA测序和一个单细胞RNA测序）
689	2025-02-05	PD-L1 promotes tumor metastasis by regulating the infiltration of FGFBP2(+)Tm cells in colorectal cancer 2025-Feb, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-024-03223-w PMID:39558101	研究论文	本文研究了PD-L1在结直肠癌中通过调节FGFBP2(+)Tm细胞的浸润促进肿瘤转移的机制	揭示了PD-L1通过减少CXCL9和CXCL10的分泌抑制记忆T细胞的浸润，并发现FGFBP2(+)Tm细胞在肿瘤转移中的作用	研究主要基于小鼠模型和单细胞测序，尚未在更大规模的人体临床试验中验证	探讨PD-L1在结直肠癌中促进肿瘤转移的机制	结直肠癌患者和小鼠模型	肿瘤学	结直肠癌	单细胞测序	小鼠转移模型	单细胞数据	外周血、淋巴结、结肠息肉、原发肿瘤和肝转移样本
690	2025-02-05	Integrated analysis and systematic characterization of the regulatory network for human germline development 2025-Feb, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao DOI:10.1016/j.jgg.2024.11.005 PMID:39571792	研究论文	本文通过整合多组学数据，系统表征了人类原始生殖细胞（PGC）发育的调控网络	构建了人类PGC数据库（hPGCdb），揭示了人类PGC发育的关键转录因子和调控网络，并验证了部分关键因子在生殖细胞发育中的重要作用	由于人类PGC发育过程的复杂性，部分调控机制仍未被完全揭示	研究人类原始生殖细胞发育的调控机制	人类原始生殖细胞（PGC）	生物信息学	NA	RNA-seq, ATAC-seq, ChIP-seq, 单细胞RNA-seq, CRISPRi	NA	多组学数据	581个RNA-seq样本，54个ATAC-seq样本，45个ChIP-seq样本，69个单细胞RNA-seq样本
691	2025-02-04	Exploring the tumor microenvironment of colorectal cancer patients post renal transplantation by single-cell analysis 2025-Feb, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.16409 PMID:39623744	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，探索了肾移植后结直肠癌患者的肿瘤微环境，揭示了免疫抑制药物对肿瘤免疫微环境的影响	首次在肾移植后结直肠癌患者中应用单细胞RNA测序技术，详细比较了移植与非移植患者的肿瘤免疫微环境差异，并发现了CD8效应T细胞和CD4FOXP3调节T细胞的功能变化	样本量较小，仅包括4名肾移植后结直肠癌患者和23名非移植结直肠癌患者的数据	研究肾移植后结直肠癌患者的肿瘤免疫微环境变化及其对免疫治疗策略的影响	肾移植后结直肠癌患者的肿瘤和正常组织	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	4名肾移植后结直肠癌患者和23名非移植结直肠癌患者
692	2025-02-05	Comparison of differences in transcriptional and genetic profiles between intra-central nervous system and extra-central nervous system large B-cell lymphoma 2025-Feb, Neoplasia (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.neo.2024.101119 PMID:39733690	研究论文	本研究通过多组学测序技术，比较了中枢神经系统内外的弥漫性大B细胞淋巴瘤（DLBCL）在转录组和遗传学上的差异	首次通过单细胞RNA测序和全外显子测序，揭示了PCNS-DLBCL特有的B细胞亚群和免疫抑制肿瘤微环境，以及BCR-NFkB和TLR通路的突变富集	样本量相对较小，仅93名患者参与全外显子测序分析	探索PCNS-DLBCL的特定发病机制和治疗靶点	PCNS-DLBCL、SCNS-DLBCL和ecDLBCL患者的肿瘤样本	数字病理学	非霍奇金淋巴瘤	单细胞RNA测序、全外显子测序	NA	RNA测序数据、外显子测序数据	93名患者的肿瘤样本
693	2025-02-05	β-Catenin mediated TAM phenotype promotes pancreatic cancer metastasis via the OSM/STAT3/LOXL2 axis 2025-Feb, Neoplasia (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.neo.2024.101096 PMID:39740539	研究论文	本文研究了β-catenin信号在调节肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）表型和功能中的作用，揭示了其在胰腺导管腺癌（PDAC）进展中的分子机制	发现了一个新的β-catenin/OSM-STAT3/LOXL2信号轴，介导TAM诱导的PDAC进展，揭示了β-catenin在调节TAM功能和表型中的新机制	研究主要依赖于体外和动物模型，尚未在临床环境中验证	探讨TAMs在PDAC进展中的作用，特别是β-catenin信号在调节TAM表型和功能中的机制	胰腺导管腺癌（PDAC）和肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）	肿瘤生物学	胰腺癌	RNA-seq, 单细胞RNA-seq (scRNA-seq), 体外共培养系统, 体内Panc02肺转移模型	THP-1来源的巨噬细胞, Panc02肺转移模型	RNA-seq数据, 单细胞RNA-seq数据	PDAC标本, THP-1来源的巨噬细胞, Panc02肺转移模型
694	2025-02-05	MAZ-mediated tumor progression and immune evasion in hormone receptor-positive breast cancer: Targeting tumor microenvironment and PCLAF+ subtype-specific therapy 2025-Feb, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102280 PMID:39805182	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了激素受体阳性乳腺癌的肿瘤亚型，揭示了C3 PCLAF+肿瘤细胞亚型在肿瘤进展和免疫逃逸中的作用，并提出了新的预后模型	通过单细胞RNA测序技术识别了C3 PCLAF+肿瘤细胞亚型，并发现MAZ在该亚型中的关键作用，提出了基于PCLAF+/MAZ调控网络的新型预后模型	研究主要基于数据库和体外实验，缺乏临床样本的验证	揭示激素受体阳性乳腺癌的分子机制，特别是肿瘤异质性和肿瘤微环境的变化，以克服治疗耐药性并开发新的治疗靶点	激素受体阳性乳腺癌（HR+BC）	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	预后模型	RNA测序数据	NA
695	2025-02-05	Histone methyltransferase KMT2A promotes pulmonary fibrogenesis via targeting pro-fibrotic factor PU.1 in fibroblasts 2025-Feb, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70217 PMID:39888275	研究论文	本研究探讨了组蛋白甲基转移酶KMT2A在肺纤维化中的作用及其通过调控PU.1转录因子促进纤维化的机制	揭示了KMT2A通过催化PU.1基因启动子区域的H3K4me3修饰来上调PU.1表达，从而促进肺纤维化的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体中进行验证	探讨KMT2A在肺纤维化中的作用及其潜在的治疗靶点价值	肺纤维化患者和小鼠模型中的成纤维细胞	表观遗传学	肺纤维化	微阵列分析、单细胞测序、生物信息学分析	小鼠模型	基因表达数据、蛋白质表达数据	IPF患者和小鼠模型的肺组织样本
696	2025-02-05	Vaccine-induced T cell receptor T cell therapy targeting a glioblastoma stemness antigen 2025-Feb-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56547-w PMID:39893177	研究论文	本文探讨了使用疫苗诱导的T细胞受体工程T细胞（TCR-T）治疗胶质母细胞瘤的潜力，特别是针对与胶质母细胞瘤干细胞相关的抗原PTPRZ1	首次从接种疫苗的胶质母细胞瘤患者中鉴定出HLA-A*02限制性的PTPRZ1反应性TCR，并验证了其在体内外的治疗效果	研究主要基于实验模型，尚未进行大规模临床试验验证其安全性和有效性	探索TCR-T细胞疗法在胶质母细胞瘤治疗中的应用	胶质母细胞瘤干细胞和星形胶质样细胞	生物医学工程	胶质母细胞瘤	单细胞测序	TCR-T细胞	细胞数据	未明确提及具体样本数量，但涉及了原代胶质母细胞瘤细胞系
697	2025-02-05	Integrating bulk and single-cell RNA sequencing data: unveiling RNA methylation and autophagy-related signatures in chronic obstructive pulmonary disease patients 2025-Feb-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-87437-2 PMID:39893187	研究论文	本研究通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，揭示了慢性阻塞性肺疾病（COPD）患者中RNA甲基化和自噬相关特征的关键作用	首次整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，揭示了RNA甲基化和自噬在COPD中的关键作用，并识别了关键RNA甲基化相关基因FTO和IGF2BP2	研究主要依赖于公开数据库的数据，且样本量有限，需要进一步实验验证	研究RNA甲基化和自噬在COPD发病机制中的作用	COPD患者和非COPD患者的RNA测序数据	数字病理学	慢性阻塞性肺疾病	RNA测序（RNA-seq），单细胞RNA测序（scRNA-seq），RT-qPCR，流式细胞术	NA	RNA测序数据	COPD和非COPD患者的RNA测序数据集，来源自GEO数据库
698	2025-02-05	Spatial integration of multi-omics single-cell data with SIMO 2025-Feb-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56523-4 PMID:39893194	研究论文	本文介绍了一种名为SIMO的计算方法，用于通过概率对齐实现多组学单细胞数据的空间整合	SIMO不仅整合了空间转录组学和单细胞RNA测序数据，还扩展到了其他单细胞模态，如染色质可及性和DNA甲基化，这些模态以前未在空间上进行过共分析	NA	解决空间和单细胞组学测序中的技术限制，以在空间尺度上捕捉和描述多模态信息	多组学单细胞数据	空间生物学	NA	空间转录组学、单细胞RNA测序、染色质可及性、DNA甲基化	概率对齐	多组学单细胞数据	NA
699	2025-02-05	Comprehensive analysis reveals the tumor suppressor role of macrophage signature gene FCER1G in hepatocellular carcinoma 2025-Feb-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-88071-8 PMID:39893200	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和基因组分析，探索了肝细胞癌中巨噬细胞的特征基因及其对患者预后的影响	利用单细胞RNA测序技术识别了482个巨噬细胞相关特征基因，并开发了基于LASSO回归的预后预测模型	未观察到微卫星不稳定性（MSI）和肿瘤突变负荷（TMB）评分在高风险组和低风险组之间的显著差异	探索肝细胞癌中巨噬细胞的特征基因及其对患者预后的影响	肝细胞癌（HCC）患者	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序，基因组分析	LASSO回归模型	单细胞RNA测序数据	7个HCC样本
700	2025-02-05	MSC-EVs and UCB-EVs promote skin wound healing and spatial transcriptome analysis 2025-Feb-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-87592-6 PMID:39893214	研究论文	本研究探讨了从脐带血和脐带血浆中分离的间充质干细胞外泌体（MSC-EVs）和人脐带血浆外泌体（UCB-EVs）对皮肤伤口愈合和疤痕形成的影响	使用空间转录组学（ST）分析MSC-EVs和UCB-EVs对小鼠皮肤组织中主要细胞类型异质性和伤口愈合途径的影响，揭示了其通过调节TGF-β和Wnt信号通路促进伤口愈合和减少疤痕形成的机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探讨MSC-EVs和UCB-EVs对皮肤伤口愈合和疤痕形成的影响及其潜在机制	小鼠皮肤组织和人真皮成纤维细胞（HDF-a）	再生医学	皮肤伤口	超速离心、透射电子显微镜、纳米颗粒追踪分析、Western blot、细胞划痕实验、细胞迁移实验、细胞增殖实验、空间转录组学（ST）	NA	细胞实验数据、小鼠皮肤组织样本	小鼠皮肤组织样本和HDF-a细胞