单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
661	2025-02-06	Single-cell transcriptomics and metabolomic analysis reveal adenosine-derived metabolites over-representation in pseudohypoxic neuroendocrine tumours 2025-Feb, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70159 PMID:39902723	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
662	2025-02-07	IgG Signalling Involves in Skin Inflammation of Atopic Dermatitis 2025-Feb, Experimental dermatology IF:3.5Q1 DOI:10.1111/exd.70058 PMID:39912287	研究论文	本研究探讨了IgE产生B细胞及其他免疫球蛋白同种型（特别是IgG）在特应性皮炎（AD）皮肤病变中的作用	揭示了IgG在AD皮肤炎症中的潜在作用，特别是通过激活巨噬细胞促进Th2炎症	研究主要依赖于已发表的单细胞RNA测序数据，可能受限于数据的质量和可用性	研究IgE产生B细胞及其他免疫球蛋白同种型在AD皮肤病变中的角色	特应性皮炎患者及非过敏性健康个体的皮肤病变和外周血单核细胞	免疫学	特应性皮炎	单细胞RNA测序	NA	mRNA数据	特应性皮炎患者及非过敏性健康个体的皮肤病变和外周血单核细胞样本
663	2025-02-06	Single cell RNA sequencing of hematopoietic cells in fresh and frozen human atheroma tissue 2025-Feb-05, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvaf014 PMID:39907372	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了新鲜和冷冻保存的人类动脉粥样硬化组织中造血细胞的活性和转录组特征	首次评估了冷冻保存对脆弱和坏死动脉粥样硬化组织中造血细胞在单细胞RNA测序分析中的影响，证明了冷冻保存样本的可行性	研究中观察到颈动脉样本中LYVE1+巨噬细胞的缺失，可能是由于内膜切除术中失去外膜层所致	确定冷冻保存是否影响动脉粥样硬化组织中造血细胞的活性和转录组特征，以便未来研究中使用冷冻保存的样本	人类动脉粥样硬化组织中的造血细胞	单细胞RNA测序	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	五对新鲜和冷冻保存的动脉粥样硬化样本（三对来自冠状动脉，两对来自颈动脉）
664	2025-02-06	An abnormal increase in CD26(-)CD28(-) cytotoxic effector CD4 and CD8 T cell populations in patients with systemic lupus erythematosus 2025-Feb-04, International immunology IF:4.8Q2 DOI:10.1093/intimm/dxae062 PMID:39383111	研究论文	本研究通过分析系统性红斑狼疮（SLE）患者和健康成人的外周血单核细胞，发现SLE患者中CD26(-)CD28(-)细胞毒性T细胞亚群的异常增加	首次揭示了SLE患者中CD26(-)CD28(-)细胞毒性T细胞亚群的异常增加及其与自然杀伤T细胞的相似性	研究样本量有限，且治疗效果因患者而异，需要进一步研究以验证这些发现	探讨SLE患者中CD26(-)CD28(-)细胞毒性T细胞亚群的异常增加及其在疾病病理中的作用	57名SLE患者和31名健康成人的外周血单核细胞	免疫学	系统性红斑狼疮	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	57名SLE患者和31名健康成人
665	2025-02-06	BRD4 Induces Esophageal Squamous Cell Carcinoma Progression via the Wnt/β-catenin Pathway 2025-Feb-04, Biochemical genetics IF:2.1Q3 DOI:10.1007/s10528-025-11043-0 PMID:39903433	研究论文	本研究探讨了BRD4在食管鳞状细胞癌（ESCC）中的作用及其分子机制	首次全面探索BRD4在ESCC中的功能，并揭示了其通过Wnt/β-catenin信号通路促进ESCC进展的机制	未提及具体样本量，且未讨论BRD4在其他类型癌症中的潜在作用	研究BRD4在ESCC中的作用及其分子机制	食管鳞状细胞癌（ESCC）细胞	癌症研究	食管鳞状细胞癌	单细胞转录组测序	NA	基因表达数据	NA
666	2025-02-06	Single-cell omics in inflammatory bowel disease: recent insights and future clinical applications 2025-Feb-04, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-334165 PMID:39904604	综述	本文综述了单细胞组学技术在炎症性肠病（IBD）研究中的应用及其未来临床应用的潜力	单细胞组学技术克服了传统批量分析的局限性，揭示了多细胞组织的复杂性，并发现了与疾病活动或并发症发展相关的新细胞类型和功能	尽管单细胞组学技术在IBD研究中显示出巨大潜力，但其在临床实践中的应用仍处于早期阶段，存在一定的局限性	探讨单细胞组学技术在炎症性肠病（IBD）研究中的应用及其未来临床应用的潜力	溃疡性结肠炎（UC）和克罗恩病（CD）	数字病理学	炎症性肠病	单细胞RNA测序	NA	单细胞组学数据	NA
667	2025-02-06	Learning Phenotype Associated Signature in Spatial Transcriptomics with PASSAGE 2025-Feb-04, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202401451 PMID:39905872	研究论文	本文介绍了一种名为PASSAGE的深度学习框架，用于在空间转录组学中有效表征与表型相关的特征	PASSAGE框架能够利用样本的生理/病理状态信息，在多个异质性空间切片中表征与表型相关的特征，突破了传统无监督方法的局限	未明确提及具体局限性	开发一种深度学习框架，用于在空间转录组学中识别与表型相关的特征	空间转录组学数据	数字病理学	NA	空间转录组学	深度学习框架	空间转录组学数据	未明确提及具体样本数量
668	2025-02-06	Shining a light on cell biology of the nucleus with single-cell sequencing 2025-Feb-03, Current opinion in cell biology IF:6.0Q1 DOI:10.1016/j.ceb.2025.102468 PMID:39903993	review	本文综述了单细胞测序技术在细胞核生物学中的应用及其对理解细胞核过程的新见解	综述了单细胞测序技术的最新进展及其在揭示细胞核机制和细胞状态之间相互作用中的应用	NA	探讨单细胞测序技术在细胞核生物学中的应用及其对理解细胞核过程的新见解	细胞核生物学中的单细胞测序技术	生物信息学	NA	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	NA
669	2025-02-06	Single-cell transcriptomic analysis reveals efferocytosis signature predicting immunotherapy response in hepatocellular carcinoma 2025-Feb-03, Digestive and liver disease : official journal of the Italian Society of Gastroenterology and the Italian Association for the Study of the Liver IF:4.0Q1 DOI:10.1016/j.dld.2025.01.196 PMID:39904693	研究论文	本文通过单细胞转录组分析开发了一个与efferocytosis相关的基因签名（ER.Sig），用于预测肝细胞癌（HCC）患者的预后和免疫治疗反应	开发了一个新的efferocytosis相关基因签名（ER.Sig），并利用多组学方法深入解析了HCC的预后特征	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到数据质量和一致性的限制	预测肝细胞癌（HCC）患者的预后和免疫治疗反应	肝细胞癌（HCC）患者	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序，批量RNA测序	随机生存森林模型	RNA测序数据	多个公共数据库中的HCC患者样本
670	2025-02-06	Single-cell transcriptomics analysis reveals dynamic changes and prognostic signature in tumor microenvironment of PDAC 2025-Feb-02, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-86950-8 PMID:39894886	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析揭示了胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤微环境（TME）的动态变化，并开发了一个预后模型	定义了新的Treg和耗竭T细胞特征基因TNFRSF4，并识别了一个预后基因集，开发了一个新的预后模型，识别了三种潜在的治疗药物	样本量相对较小，仅包含31个样本，可能影响结果的普遍性	阐明PDAC进展过程中TME的动态变化，并开发一个预后模型	胰腺导管腺癌（PDAC）的肿瘤微环境（TME）	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	预后模型	单细胞RNA测序数据	31个样本（包括8个PDAC I期，9个PDAC II期，6个PDAC III期，8个PDAC IV期）
671	2025-02-06	FBXO2 as a switch guides a special fate of tumor clones evolving into a highly malignant transcriptional subtype in oral squamous cell carcinoma 2025-Feb, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1 DOI:10.1007/s10495-024-02033-5 PMID:39487312	研究论文	本文通过单细胞RNA测序数据构建了口腔鳞状细胞癌（OSCC）肿瘤细胞的进化轨迹，识别出具有高度恶性特征的克隆的特殊转录状态，并确定FBXO2为导致肿瘤细胞向这一特殊状态转变的关键开关基因	首次通过单细胞RNA测序数据构建OSCC肿瘤细胞的进化轨迹，并识别出FBXO2作为关键开关基因，揭示了其在肿瘤细胞恶性转化中的重要作用	研究主要基于单细胞RNA测序数据，可能缺乏对FBXO2具体作用机制的深入探讨	揭示OSCC肿瘤细胞的克隆异质性及其对肿瘤进展的影响，探索FBXO2在肿瘤细胞恶性转化中的作用	口腔鳞状细胞癌（OSCC）肿瘤细胞	数字病理学	口腔鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
672	2025-02-06	Dysregulation of R-loop homeostasis shapes the immunosuppressive microenvironment and induces malignant progression in melanoma 2025-Feb, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1 DOI:10.1007/s10495-024-02039-z PMID:39487313	研究论文	本文探讨了R-loop稳态失调在黑色素瘤发展中的作用，特别是其对免疫抑制微环境的影响和恶性进展的诱导	建立了基于单细胞RNA测序数据的R-loop评分模型，揭示了R-loop在黑色素瘤进展中的新机制，并提出了基于R-loop或R-loop调节剂的抗癌治疗策略	研究主要基于单细胞RNA测序数据，可能缺乏对R-loop动态变化的全面理解	研究R-loop稳态失调在黑色素瘤发展中的作用及其对免疫微环境和治疗反应的影响	黑色素瘤细胞及其免疫微环境	生物信息学	黑色素瘤	单细胞RNA测序，DNA/RNA免疫沉淀测序	R-loop评分模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
673	2025-02-06	Single-cell RNA sequencing analysis reveals the dynamic changes in the tumor microenvironment during NMIBC recurrence 2025-Feb, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1 DOI:10.1007/s10495-024-02044-2 PMID:39633115	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了非肌层浸润性膀胱癌（NMIBC）复发过程中肿瘤微环境的动态变化	识别了与NMIBC复发相关的肿瘤相关成纤维细胞（CAF）亚型和具有显著免疫抑制特征的巨噬细胞亚型，并发现雌激素在复发性尿路上皮癌细胞中的上调	样本量较小，仅包括10个原发性和复发性NMIBC样本	深入了解尿路上皮膀胱癌（UBC）复发过程中肿瘤微环境的变化	非肌层浸润性膀胱癌（NMIBC）患者	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	10个原发性和复发性NMIBC样本
674	2025-02-06	Regulation of fibroblast phenotype in osteoarthritis using CDKN1A-loaded copper sulfide nanoparticles delivered by mesenchymal stem cells 2025-Feb-01, American journal of physiology. Cell physiology DOI:10.1152/ajpcell.00573.2024 PMID:39819042	研究论文	本研究探讨了通过间充质干细胞（MSCs）递送载有CDKN1A质粒的硫化铜（CuS）纳米颗粒（NPs）对成纤维细胞表型的调控及其在骨关节炎（OA）软骨修复中的作用	引入了MSCs@CuS@CDKN1A这一纳米工程化的MSC平台，通过调控CDKN1A表达，不仅增强了软骨修复，还有效减轻了成纤维细胞驱动的炎症，标志着OA治疗领域的显著进展	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	研究目的是探讨MSCs递送CuS纳米颗粒载有CDKN1A质粒对成纤维细胞表型的调控及其在OA软骨修复中的作用	成纤维细胞和软骨细胞	生物医学工程	骨关节炎	单细胞RNA测序、PCA降维、tSNE聚类、伪时间分析、GO/KEGG富集分析、WGCNA	小鼠OA模型	RNA测序数据、显微CT扫描数据、组织学分析数据	小鼠OA模型
675	2025-02-05	Immunophenotyping of Synovial Tissue in Adolescents Undergoing ACL Reconstruction: What Is the Role of Synovial Inflammation in Arthrofibrosis? 2025-Feb, The American journal of sports medicine DOI:10.1177/03635465241305411 PMID:39772756	研究论文	本研究探讨了青少年前交叉韧带重建（ACLR）后滑膜炎症在关节纤维化中的作用	首次通过流式细胞术和单细胞RNA测序技术对ACLR患者的滑膜组织进行免疫表型分析，揭示了三种不同的免疫表型，并发现T细胞浸润与术后早期运动范围（ROM）呈负相关	样本量较小（n=17），且为前瞻性试点研究，证据等级为4级，结果需要更大规模的研究验证	探讨滑膜炎症在ACLR后关节纤维化中的作用	10至18岁接受初次ACLR的患者	NA	关节纤维化	流式细胞术，单细胞RNA测序	NA	滑膜组织样本	17名接受ACLR的患者
676	2025-02-05	Dynamic evolution of TCF3-PBX1 leukemias at the single-cell level under chemotherapy pressure 2025-Feb, HemaSphere IF:7.6Q1 DOI:10.1002/hem3.70071 PMID:39901941	研究论文	本文通过建立TCF3-PBX1条件性敲入小鼠模型，研究了化疗压力下急性淋巴细胞白血病（ALL）在单细胞水平的动态演化	首次在单细胞水平上揭示了TCF3-PBX1白血病在化疗后的克隆动态演化和表型多样性，并发现了与化疗耐药相关的信号通路	研究主要基于小鼠模型，结果在人类ALL中的适用性需要进一步验证	研究TCF3-PBX1白血病在化疗压力下的动态演化和耐药机制	TCF3-PBX1条件性敲入小鼠模型和化疗后的白血病细胞	数字病理学	白血病	下一代测序技术（NGS）和质谱流式细胞术	小鼠模型	单细胞RNA测序数据和质谱流式细胞数据	TCF3-PBX1白血病小鼠模型
677	2025-02-05	Single-cell transcriptome atlas of male mouse pituitary across postnatal life highlighting its stem cell landscape 2025-Feb-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.111708 PMID:39898054	研究论文	本文构建了雄性小鼠内分泌垂体的单细胞转录组图谱，涵盖了健康与损伤状态下的重要出生后年龄段，重点研究了垂体干细胞及其复杂身份和微环境	通过单细胞转录组技术揭示了垂体干细胞的标记物和调控因子，并利用垂体干细胞类器官功能验证了转录组发现，特别是KLF5、AP-1复合物和EGF通路在垂体干细胞调控中的作用	研究主要基于小鼠模型，尽管部分发现可转化至人类，但仍需进一步验证	揭示垂体干细胞的生物学特性及其在衰老过程中的变化	雄性小鼠的垂体	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组测序	NA	单细胞转录组数据	涵盖健康与损伤状态下的雄性小鼠垂体样本
678	2025-02-05	New Anti-Fibrotic Strategies for Keloids: Insights From Single-Cell Multi-Omics 2025-Feb-04, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13818 PMID:39902627	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了瘢痕疙瘩的细胞异质性和分子机制，揭示了不同成纤维细胞亚群在瘢痕疙瘩中的不同作用	首次利用单细胞RNA测序技术深入研究了瘢痕疙瘩的细胞异质性和分子机制，并识别出POSTN+间充质成纤维细胞和IGFBP2+成纤维细胞在瘢痕疙瘩中的不同作用	样本量较小，仅包括三个瘢痕疙瘩组织和三个正常皮肤样本	研究瘢痕疙瘩的细胞异质性和分子机制，探索新的抗纤维化治疗策略	瘢痕疙瘩组织和正常皮肤样本	数字病理学	皮肤疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	三个瘢痕疙瘩组织和三个正常皮肤样本
679	2025-02-05	Fusobacterium nucleatum promotes colorectal cancer through neogenesis of tumor stem cells 2025-Feb-03, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI181595 PMID:39656543	研究论文	本研究揭示了Fusobacterium nucleatum通过激活LY6A+复兴干细胞（RSCs）并促进其转化为肿瘤干细胞，从而加速结直肠癌（CRC）发生的机制	发现了F. nucleatum通过LY6A受体上调RPS14，驱动RSCs过度增殖和肿瘤转化的新信号轴	研究主要基于小鼠模型和临床样本分析，尚未在人体中进行干预实验验证	探讨Fusobacterium nucleatum在结直肠癌发生中的作用机制	结直肠癌患者和小鼠模型中的肠道隐窝细胞	肿瘤生物学	结直肠癌	单细胞测序分析	小鼠模型	基因表达数据	结直肠癌患者和小鼠模型
680	2025-02-05	Single-cell RNA sequencing of neonatal cortical astrocytes reveals versatile cell clusters during astrocyte-neuron conversion 2025-Feb-03, Molecular biology reports IF:2.6Q3 DOI:10.1007/s11033-025-10309-5 PMID:39899158	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了新生小鼠皮层星形胶质细胞在体外转化为神经元过程中的细胞异质性及其转化潜力	首次在单细胞水平上揭示了新生小鼠皮层星形胶质细胞的异质性，并识别出具有较高神经元转化潜力的Astrocyte 3亚群	研究仅限于体外实验，未涉及体内环境下的转化过程	探讨星形胶质细胞在神经元转化过程中的异质性及其对转化效率的影响	新生小鼠皮层星形胶质细胞	单细胞组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	新生小鼠皮层星形胶质细胞在体外培养的第1天和第9天的细胞样本